2ABBA

Structure of petn reductase y186f in complex with cyanide
Total Genus 134
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
KLFTPLKVGAVTAPNRVFMAPLTRLRSIEPGDIPTPLMGEYYRQRASAGLIISEATQISAQAKGYAGAPGLHSPEQIAAWKKITAGVHAEDGRIAVQLWHTGRISHSSIQPGGQAPVSASALNANTRTSLRDENGNAIRVDTTTPRALELDEIPGIVNDFRQAVANAREAGFDLVELHSAHGFLLHQFLSPSSNQRTDQYGGSVENRARLVLEVVDAVCNEWSADRIGIRVSPIGTFQNVDNGPNEEADALYLIEELAKRGIAYLHMSETDLAGGKPYSEAFRQKVRERFHGVIIGAGAYTAEKAEDLIGKGLIDAVAFGRDYIANPDLVARLQKKAELNPQRPESFYGGGAEGYTDYPSL
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (4-7)TII'1 (11-14)AH1 (39-48)S2 (14-16)S14 (319-322)TVIII1 (51-54)S3 (20-22)TVIII2 (349-352)3H1 (63-65)TIV1 (31-34)TII1 (68-71)TIV2 (32-35)S4 (53-60)TII2 (355-358)TIV3 (60-63)3H2 (110-112)TII'2 (104-107)AH2 (77-93)AH3 (156-173)S10 (177-182)S5 (97-102)TI'1 (183-186)AH4 (187-192)TIV5 (121-124)3H3 (114-116)S6 (120-121)TI4 (193-196)TIV6 (239-242)TI3 (135-138)S7 (130-134)S9 (149-150)3H4 (153-155)AH5 (207-224)3H5 (227-229)S12 (267-271)AH6 (249-263)S11 (230-234)TIV7 (246-249)TI'2 (240-243)AH7 (283-292)TI7 (274-277)AH8 (305-314)TIV8 (300-303)AH9 (323-328)TI8 (329-332)AH10 (332-338)TIV11 (358-361)TIV9 (356-359)TIV10 (357-360)S1 (9-11)TI2 (48-51)S8 (140-144)S13 (296-300)TI6 (201-204)3H6 (347-349)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Enterobacter cloacae
publication title Proton transfer in the oxidative half-reaction of pentaerythritol tetranitrate reductase
pubmed doi rcsb
molecule keywords pentaerythritol tetranitrate reductase
total genus 134
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature ec 1.7.99.-:
pdb deposition date 2005-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2abbA00
2P1FA 3JRKA 5F1VA 3NL3A 4QQ3A 4CCCA 1DVJA 1EIXA 4O17A 3EWBX 5H91A 1K7XA 3GYEA 4MVAA 5AN7A 1EEPA 3LX9A 4RXFA 4FHAA 1Q45A 4QITA 2RHGA 1QAPA 1VS1A 1OF6A 1LZOA 1SW3A 2A6NA 1MZHA 4I7UA 1B4EA 2PRHA 2YR1A 4JYFA 3WFAA 5K9DA 1FWWA 3CT7A 2I1OA 5AB3A 2FQIA 2QR6A 3IGXA 3HPZA 4X2RA 5D2WA 3TQVA 5L9FA 4TMBA 3GDMA 4QSHA 2EF9A 3EWYA 5A5WA 3NGJA 1G4TA 3PBVA 4FX7A 1EUNA 3MYOA 1JVNA 3PG9A 1F5ZA 4UNKA 1JUKA 2ATMA 1R2RA 3NL5A 5MHBA 2QJHA 5FF7A 4P61A 2Y85A 5EKYA 3OEXA 2JKAA 5F1UA 3W1AA 1KM4A 4RK8A 3LCFA 1VZWA 2YZRA 2DZSA 2GUUA 5FF4A 1JULA 1Q6OA 4MY1A 5K9CA 3RF9A 4O1CA 3N14A 4KFNA 3LBMA 3TC7A 1XBVA 4A22A 4IPIA 3EB2A 2BX7A 3UWYA 3E02A 4UXDA 3N73A 1XUZA 2NWRA 1ZNNA 5LNUA 3MHUA 1OYAA 3LB0A 3B4UA 2WV8A 2Y70A 3M7WA 3PUOA 1KFEA 1KFJA 3S1VA 3QPYA 1AW2A 1OVDA 1TQJA 1H7XA 2ABAA 3TX9A 3CM4A 3MBDA 5KINA 1FBAA 1IXNA 4AF0B 2B7QA 3BV4A 1EP1A 1AW5A 3NOEA 4PCFA 4O16A 1NAL1 4O4VA 5KZMA 4LVFA 3BPWA 4N2YA 3SZ8A 4DF0A 4E2BA 3BGGA 4M19A 1ALDA 4WY0A 3L67A 4N4QA 1L6YA 2ZA1A 2ZRWA 1PL9A 3LCGA 3CEPA 2UV8G 1C29A 1G7UA 1TQXA 2B0MA 2X2GA 3A5FA 1JR1A 2Y89A 4FF7A 4CLMA 3GK0A 3QMRA 3INPA 2WOQA 3R2GA 4FX8A 4M7SA 2JGQA 2VENA 1GZGA 1KLYA 2CZ5A 4AHOA 1LBFA 2OT1A 4X3ZA 4L4LA 2YFNA 4P2VA 2VELA 4IMEA 1THFD 1HO1A 1JCXA 4KFOA 2ZRVA 4GRSA 3SIZA 1ME7A 4CQ9A 1TMHA 2NX1A 1WX0A 2BLEA 2Z6IA 4ZZ9A 3DFPA 3NQDA 4E38A 4PEKA 3OA3A 3Q94A 4CCDA 3W86A 1G6CA 3PSWA 3I7RA 3M41A 1WQ5A 4ALDA 5C6MA 1VCGA 1EP2A 3CTLA 1OFAA 2X1SA 4RX0A 1B4KA 1KFBA 2E5CA 2NXIA 2B7NA 1H63A 2J24A 4NT0A 4UFMA 4WJEA 2Q8LA 1JUEA 4H3DA 5HMSA 3PUDA 2E6AA 1MEHA 3O6DA 3DH7A 4O8RA 1LLZA 1SZEA 3ANYA 3GDTA 1NVMA 2TPSA 3EX2A 2ZZ7A 1GG1A 4DO6A 3WJYA 4HT3A 4IMFA 1HL2A 1R2SA 3U6WA 3FEMA 3LM7A 2GQ8A 2ZZ6A 3G0UA 4O1BA 4NJHA 3PM6A 3W75A 5D32A 3MP5A 5AYYA 3W7NA 2ZFAA 3ELFA 3KXQA 3W74A 4ZQPA 1OF8A 4NJKA 2CLKA 3Q58A 1Y0EA 4RJEA 3TUUA 3UYCA 2H3DA 1FWRA 3FKKA 2ZA3A 4U28A 3GZ3A 2XFWA 1WA3A 3UWQA 1LTDA 2ZDRA 5CZTA 3C3NA 1FCQA 5K9XA 2QDHA 2E6YA 5CPOA 4CNNA 2YW3A 1W5OA 1UB3A 3EX1A 5FF0A 3P82A 3MP4A 1WV2A 3S5OA 5HQEA 3W87A 2GOUA 1KW1A 2TRSA 3TDFA 2XN0A 3PBUA 3E96A 4H4IA 4MZ8A 1QWGA 2R8WA 3RFAA 3G1FA 1ZALA 1L2UA 3BLFA 2Y7FA 3MI3A 4PA8A 3T44A 5K4XA 3DFSA 2YW4A 2ZTKA 1FDYA 3EXRA 3KAOA 1FX6A 3LCLA 1G4PA 3E12A 3TC6A 1X1ZA 4JX5A 1VCVA 3WJXA 1A5BA 1TRDA 4LW7A 3WK2A 1O5KA 1TV5A 3P5ZA 3KVKA 4JTEA 1OFEA 3QMSA 2P0OA 1RR2A 3M0ZA 3MMTA 1TPB1 4HPXA 4XUGA 4XBSA 5HUOA 1TV8A 3CEUA 2PRMA 1KFCA 1LYXA 3GX9A 2GVLA 1IXOA 2VFIA 5L6UA 2PURA 2R14A 4Z1DA 1RZMA 1FXQA 1IIHA 2HMCA 3E49A 4O50A 3SY5A 3L0KA 3ZR4A 1PHWA 1VH7A 1TPUA 3KRUA 4MLJA 3DXIA 3IVTA 5G1TA 5F2MA 1WOAA 1TB3A 3G1DA 4JTFA 2V5LA 2ISVA 1NEYA 3A22A 3TFCA 4W9TA 3UD6A 2R94A 1YDOA 4UIOA 1LOLA 3BW2A 4YWIA 5FEPA 5D03A 1YPFA 5SWUA 4UMAA 3GDLA 4LV9A 3DI1A 1DORA 1W3IA 1OFQA 2PE4A 3KVLA 3W88A 3DHFA 1YTKA 3CPRA 1OX5A 4WX2A 1S5WA 1W0MA 3W7IA 1I2QA 4MYXA 1LRQA 3Q37A 4MY9A 2QCDA 2BSLA 3W2NA 2CZDA 1C8VA 4KFPA 1DQWA 1H7PA 2C6QA 3R12A 3M5XA 4IX0A 3I65A 3O16A 1EUAA 3BLIA 1D3HA 3G22A 2V30A 4MKNA 5C55A 4MY8A 4YLWA 1IF2A 4DELA 1UBSA 2ISWA 4GUGA 4ORIA 1BWKA 2J9XA 5CGQA 1GVOA 3IIVA 3M43A 3TROA 3LLFA 4O11A 5F4SA 5BW6A 4ADUA 1KFKA 4HNNA 1NF0A 2V2DA 3NM3A 1ZFJA 1TPVA 3NL2A 1JJKA 5I3FA 3GB6A 4UMBA 1H61A 3QMTA 4A3UA 3QH2A 4JNMA 4MIMA 3WJZA 3GNDA 1DKWA 4MOZA 3CIXA 4NJIA 1ZAIA 3G3DA 1EP3A 3TAOA 1QPQA 5KITA 5F2LA 4TR9A 1XI3A 5HWNA 3W84A 1TTPA 4HN4A 2C16A 4QIUA 4CQ8A 5LNWA 1SUXA 2RKXA 3W07A 2C18A 3Q2DA 1PS9A 2NWSA 3UXDA 4UTTA 4QM1A 1K3UA 1ZHAA 1OFBA 3MUXA 3W7LA 3QQ1A 4NXSA 3N2MA 1YTDA 3TXZA 3W7JA 3D0CA 4OWGA 4FNRA 3LCIA 1DJNA 2RDTA 4J9JA 1M6JA 4UFKA 3NXFA 5AHLA 2WJZA 1SSDA 3NG3A 4EWND 2A4AA 3V1PA 3NL6A 4I7WA 3IRDA 3A21A 1FXPA 1VR6A 5HR6A 1H50A 1KTBA 2QCMA 4UTUA 2H8XA 4WY0F 4DBEA 3S1WA 2G5WA 5FF3A 4EIVA 3DFOA 1DQXA 3IGUA 3JR2A 4FXRA 1SR9A 4LV4A 5G2WA 4FNQA 2J9YA 3H55A 3B8DA 1FWSA 4N6FA 4ZVJA 1H5YA 4KWVA 4IMDA 2ABBA 3P5YA 1QPNA 3TR2A 1E51A 3NQ6A 3W7KA 4UTIA 2AAMA 3PWAA 4FX6M 4RLIA 2QCDB 2JKEA 3U8GA 4N9DA 1OYCA 3G0SA 5LNVA 2FPVA 3S5NA 4BF9A 3CWOX 2E6FA 3BW3A 4D2JA 4RZ5A 3C2EA 2JKPA 3L68A 1F73A 4UFLA 3GR8A 1EA0A 3VCRA 2Y62A 4NX0A 1IXQA 3S6DA 3IVSA 1J5TA 3M9YA 3L9CA 2FB3A 3LI0A 4NJJA 3MI2A 3N34A 5F2GA 4OHQA 4MLRA 5DCDA 3EKLA 4GWEA 1P5BA 1BKSA 1B57A 1XXXA 5D2XA 1W31A 2E68A 2NX9A 1W37A 4R53A 5EA9A 2QJIA 1ICQA 1A53A 1YLVA 4M6PA 1N55A 3QEZA 4LUIA 3SI9A 4O4WA 4Q4KA 3UXAA 3STFA 2A21A 2NZLA 1GG0A 4GC4A 4DQWA 3S5ZA 3ZFHA 1H1YA 4YXGA 4TO8A 2ISSA 3SFKA 3EWUA 3ZWTA 2OJPA 5EMUA 3PC0A 2A2IA 1LM1A 1WBJA 2GVJA 4WUIA 1T96A 3BLEA 1ADOA 3U2OA 1XBZA 3P62A 5D2YA 3PUEA 4LVDA 2WO5A 2DZXA 3NPXA 3G3MA 3UPBA 1TSIA 5CSRA 4UR7A 1EPXA 3C2VA 2NUWA 1FWNA 2V82A 4QJ1A 4Z08A 3W1PA 3W7CA 4NUWA 2J27A 2QCGA 3BG5A 2V9DA 2E1DA 3NQ2A 3QC3A 4KWWA 4RKAA 3N19B 1I45A 2A0NA 2A7NA 3PVFA 1K8XA 1X8FA 3NQVA 3DGRA 4PL1A 2DZVA 1SFLA 4QISA 5LKYA 5DXXA 3STEA 5AHIA 1FWTA 1GOXA 4LS2A 1WXJA 4G1KA 1IGSA 1L6WA 2TYSA 4OBTA 1G4EA 1SZGA 4O10A 4ML9A 3FKRA 1FCUA 1A5CA 2QCFA 3HG5A 1X7FA 2FDSA 4C1LA 2DZPA 3QW3A 3KVJA 3P60A 4ICNA 3GXPA 1FDZA 3QSRA 4UTLA 3B06A 5AFDA 4HSOA 1ZENA 1JCNA 3W2UA 4O18A 4R33A 5D09A 2VEPA 3EWZA 1M5WA 4NZFA 5CPLA 4ZQMA 1YPIA 2QAPA 4MJMA 3IIOA 3W3OA 3HGRA 1T0OA 1OFPA 3LBCA 3UWUA 3C2OA 4Z0JA 1L6SA 2YYTA 1WOBA 2CW6A 5G4EA 3STCA 4IUOA 3TNOA 3OVPA 3LHTA 1I2OA 5AC8A 3SW6A 4BI5A 2ZZ3A 3L2IA 4O0KA 1Z41A 3W1UA 4QNWA 1QDSA 2KZHA 3C0JA 3A5VA 1LOQA 3ABSA 4LC8A 2FTPA 3FLUA 2FFCA 2Y7GA 4Y9AA 5D04C 1V7YA 2WNZA 4DF2A 2ZRYA 4LY8A 1GYLA 5LGZA 1TV7A 5FF2A 4IWWA 3KOFA 4JN6A 4O12A 3P8IA 4ZMGA 3DZ1A 3T7VA 5AC7A 1UCWA 3B0PA 1N8FA 4O28A 3BARA 1LBLA 4BK9A 1LP6A 3C52A 2EPHA 2NUXA 2TSYA 4FB7A 3W6YA 1S5VA 4LOCA 3O8AA 4DF1A 3EEGA 4XKYB 1F6PA 3O15A 4JIPA 3VFLA 3CHVA 2CLFA 3DKLA 3A9IA 4O54A 3W73A 3FJLA 4LVGA 2VXNA 3UPWA 1I2RA 2GJLA 4AMAA 3OIXA 3TSBA 4X22A 1S5TA 5E1QA 5I3JA 3NR0A 2ZZ5A 3TQKA 4AHQA 1XDLA 4JEQA 2Z1BA 3LTSA 3QSTA 3MYPA 1UASA 1ME8A 3G24A 1UJPA 4FNUA 2CLLA 1NSJA 1LDCA 3W1LA 1KM3A 1RD5A 4AH7A 1GQNA 1OJXA 2OCZA 3PSVA 3NPVA 4JDBA 4A2SA 2E5DA 1I2PA 1LRNA 4DEFA 4ZQNA 1U83A 4GFSA 4OGZA 3QW4B 2PCQA 2CZFA 4LRSA 4GXMA 1HO4A 3SECA 3W83A 1H7RA 4WOZA 3YPIA 4JTSA 2J88A 2CLMA 3MBFA 5FI8A 3W7GA 3H53A 4AAJA 5C54A 1WYIA 4NNCA 2YGYA 4O57A 1J2WA 5BOOA 4UTKA 5DXYA 4GJ1A 4BR1A 2BWGA 1VYSX 2HTMA 5LHFA 2ZBTA 2EGZA 3TU9A 4UTJA 5DELA 3TKFA 3W22A 4O19A 3C8FA 3S5YA 2WSYA 3LHVA 3ABOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4FNP A;  1VLW A;  3IIX A;  1VYP X;  3M47 A;  3NEV A;  1F7B A;  1OHL A;  1QR7 A;  2QF7 A;  2Y88 A;  4BFA A;  4YCP A;  2Y61 A;  3L5A A;  5KTL A;  1GTE A;  4LS0 A;  3NQM A;  3G8E A;  3M1Z A;  3TCE A;  7TIM A;  4U4M A;  1H7O A;  4GNJ A;  3PBW A;  4XTD A;  5HIN A;  3R89 A;  1TYG A;  3UWW A;  1R46 A;  4RZ6 A;  3M44 A;  3C4U A;  4FXS A;  5LZL A;  1RVG A;  1JCL A;  4WZH A;  3KFT A;  4RV8 A;  1JQV A;  5K7J A;  3HJZ A;  4HSN A;  4BI6 A;  3G0X A;  4O1A A;  2CLE A;  4MFE A;  1KM1 A;  3LRK A;  4FEZ A;  4AF0 A;  3UZJ A;  1GPW A;  5AOU A;  3DU0 A;  4UCG A;  3GXT A;  1GTH A;  1KTN A;  1MO0 A;  4HIB A;  3LI1 A;  3NPU A;  3NQ8 A;  1FCB A;  4K7Y A;  3WK0 A;  3W7E A;  1W8S A;  3NYZ A;  1H51 A;  2X16 A;  4UTH A;  2VEM A;  3M6Y A;  3EKZ A;  4FNS A;  2EAW A;  1ML1 A;  4EF8 A;  1ME9 A;  1Z48 A;  2NX3 A;  1LRT A;  2BZN A;  1FCV A;  1R47 A;  1XBX A;  3WK3 A;  1VPX A;  3GLC A;  1T99 A;  1IXP A;  3I6R A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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