2AQW | Genus

Total Genus 115

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	321
structure length	321
Chain Sequence	HFKTKLKNRRSEVNTCLCIGLDPDEDDIKNFMKNEEQNGYKNIKNNMNSNNNGIENIIKIGKEILLTDGENIQNLSEEDKFFYFFNHFCFYIINNTKEYALVYKMNFAFYIPYGSVGINALKNVFDYLNSMNIPTMLDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTINVYMGTNMLKDICFDYEKNKYYSAYVLIKTTNKDSFIFQNELSINDKQAYIVMADETQKMATELKIEQNNEFIGFVVGSNAFEEMKIIRNKFPDSYILSPGIGAQNGDLYKTLKNGYNKDYEKLLINVGRAITKSPDPKKSSESYYNQIIQIFKD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__992303037017533__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__992303037017533__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2AQW/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__992303037017533__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"992303037017533","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2AQW/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__992303037017533__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structural genomics, unknown function
source organism	Plasmodium yoelii
publication title	Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. pubmed doi rcsb
molecule keywords	putative orotidine-monophosphate-decarboxylase
total genus	115
structure length	321
sequence length	321
ec nomenclature
pdb deposition date	2005-08-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2aqwA00

4M7SA 1JUBA 4ZMGA 3CM4A 1XDMA 3E0IA 4I9AA 1QDSA 3R89A 1H61A 2TRSA 3W7EA 1FY6A 5LNSA 2C6QA 4IMEA 3W1MA 4NU7A 3BG3A 3M1ZA 1DORA 3NQEA 3CWOX 1R2RA 4FX6M 2CZDA 1YTEA 1F73A 1ZFJA 1TQXA 3IVSA 5D04C 1O5XA 3L67A 3GK0A 4WUIA 3TV8A 1H7NA 1OFPA 1TPVA 2NUXA 3WJXA 3P84A 1D3HA 3PAJA 4GRSA 1XXXA 2J9XA 4YXGA 4TMBA 3W7KA 3LHUA 4MY8A 3VCRA 3RMJA 3TIMA 3W7OA 3C0JA 5HWNA 3W9ZA 3TQKA 4JTJA 1LOLA 3L0KA 3W23A 5K2ZA 2DZXA 1O60A 2OT1A 5HINA 5AHNA 4NQ1A 2YR1A 5F4SA 2FTPA 3RLVA 4CNOA 4GUHA 3F03K 4UTWC 2BTMA 3TW6A 1YPFA 3VE7A 1OFOA 1GG1A 1FDYA 3IVUA 4BFAA 4GUGA 2DZPA 4M6VA 3RFAA 3S1UA 2ZTKA 3EX3A 4X2RA 5L6UA 3DU0A 1IIHA 4NX5A 3QYQA 5CGQA 1Z41A 3MHGA 3LRKA 1QOQA 3P5YA 8TIMA 5G1YA 4O50A 1FXQA 3M7WA 4I7WA 2X2GA 3K30A 3INPA 1OYAA 4JDBA 4RCXA 1KFKA 3C2FA 1QFEA 3C6CA 3HG5A 3LTSA 5E1QA 1A50A 4JY8A 2Q8LA 2RKXA 1OFRA 1KTBA 4FIQA 3C56A 2XN0A 3BW3A 2F84A 1VCGA 3W88A 2I14A 4X22A 4FNRA 3NGJA 5DBTA 1GJPA 3USBA 3MO7A 3NQGA 1AMKA 1Z44A 2QCFA 3BG9A 4OBTA 2OT0A 5AC6A 4QAIA 2EPHA 3PG9A 3NXFA 4HHPA 5AOUA 4XZ9A 4LVFA 4IX0A 4E2BA 4TMCA 3TXVA 4O10A 1ZHAA 4GUJA 4UIOA 3QQ1A 1LM1A 2J27A 3THAA 2VFDA 1XI3A 3GNDA 5KZDA 1OX4A 1S3HA 4WZHA 4YL2A 1QPRA 2RDWA 2AGKA 3FLUA 3QMSA 2QAFA 2H90A 3W7HA 4HNNA 3S5NA 4LS1A 1XBVA 4O8RA 3FEMA 3W2MA 4ORMA 5IBXA 2V5BA 1H5YA 2ZCGA 2O7SA 3PUEA 3I68A 4M7TA 2C16A 1G69A 3MW7A 4N6FA 3QSRA 2QCHA 4MZYA 2ZZ1A 4UTUA 3ABQA 2NXHA 3LTPA 3QW3A 4MOZA 5DXYA 5DY2A 1VHCA 4NZFA 2VFGA 1LYXA 4JX4A 5F2GA 1O5KA 1GYNA 3EKZA 2Y61A 1OFBA 1JRCA 2EKCA 2OMAA 1FBAA 2DORA 1SSGA 4CNPA 1OF8A 2ZZ3A 2C18A 4TIMA 3LDVA 4JGDA 4AWUA 2VC6A 1OFQA 4UNLA 5I3KA 1WXJA 3TAKA 1YXDA 3W1AA 1EP2A 3E02A 5BMXA 2YW3A 2CLMA 2UV8G 4MPQA 1B4KA 3RU6A 4MYXA 4UTHA 4BWLA 1O94A 3E49A 2CFFA 1LOSA 1GG0A 3EX1A 1ONRA 3R8RA 1P5BA 4GWEA 5AC7A 3TU9A 1XKYA 1RR2A 1UUMA 3T78A 3VNDA 2B7NA 1SW7A 4AHOA 3LGEA 3IV3A 4NJHA 1HO4A 1JULA 3L9CA 4R7JA 1TB3A 1KLZA 4GJ1A 4O18A 3GNNA 4KWWA 2Q8ZA 4UFJA 5FI8A 3HF3A 4JIQA 4UR8A 4AAJA 2FPTA 3UWVA 4KFNA 2FQIA 1SFJA 3YPIA 1ZAHA 2X1TA 1BWKA 5LNWA 3PR2A 1JRBA 4RKAA 1QR7A 1MZHA 3TH6A 3GR7A 1S5VA 3KFTA 1H7XA 4FNTA 1A5SA 1XDLA 1L6WA 3KX6A 1OK6A 1WQ5A 1VGAA 3GXNA 2HSAA 4R33A 1PHQA 2VOMA 4L4MA 5KTLA 5D09A 2Y89A 1ML1A 1RD5A 2Z0IA 3P5ZA 3TJXA 3DI1A 4Y90A 4JTHA 5J5RA 4TX9A 3OVQA 1JQXA 1SU5A 2CZFA 2GVGA 5CSSA 1J2WA 1SPQA 1JQVA 5G2HA 1TQJA 1F6KA 1R46A 1H63A 1G4PA 3KVKA 2C1HA 3NM3A 1TV7A 4YLWA 4N9CA 1AW2A 2AQWA 1SUXA 2QJIA 3DKLA 3LLFA 4I7VA 1LROA 3FKRA 4O17A 1GVFA 1GTHA 3LOTA 2CLHA 5AHFA 3P67A 4MLRA 3W7CA 3W1XA 4DEFA 1TYGA 1TPFA 1N55A 1SO4A 3B06A 4NXSA 3UWYA 4LWWA 5BOOA 2ZTJA 2YPIA 5EY5A 1N8FA 1Q6RA 3VI2A 4O0ZA 2R91A 2ZRXA 1W8SA 5CPNA 5D2WA 3O07A 1VR6A 3IGXA 5TBOA 1Q6LA 3ZS4A 1T8XA 2LLEA 3SIZA 5F1VA 4JTIA 5LSMA 3M43A 1W5OA 4FX8A 2NV2A 5LZLA 4N6EA 2ZZ7A 5HQEA 2H8ZA 3W71A 4WXZA 3HPXA 1OYCA 3TSBA 3BLEA 5D33A 5HMSA 1HUVA 2QJGA 2GVJA 3CEPA 3DI0A 1AG1O 1X6UA 2Q3OA 1DL3A 1G7UA 1OHLA 4K39A 4WY0A 4YMZA 1H62A 1OFDA 3G8EA 3M5XA 3NQVA 1TPC1 2V0TA 2YW4A 3T55A 1VCFA 2FB2A 2V8ZA 5LGXA 2JKAA 2NZLA 5KITA 2VFFA 3GVGA 4DO5A 3B03A 5HUOA 1ALDA 3A9IA 1T0OA 3HGOA 2NX3A 1U5JA 1Q45A 1FCQA 1ZCOA 4GUFA 3G22A 2QCCA 2EGZA 1H7PA 1SZGA 1W0MA 3LCXA 3FYOA 2YDAA 1UB3A 3M0ZA 3TMQA 2V30A 1AL8A 1PIIA 2ZZ2A 3PC0A 1VCVA 4LW7A 2QUTA 3UY7A 4DO6A 4FXSA 2A5HA 4RJEA 2B0MA 4NZJA 1R2TA 1KFEA 3LCLA 3HOJA 3L66A 4MY1A 3FKKA 2QJHA 5CZSA 3OG3A 4K37A 4RLIA 3HGJA 1NF0A 3LCGA 1WDWA 5IBXC 5SWUA 4R53A 1QPQA 3QJAA 4WX2A 4UTKA 2ZRVA 5KINA 4AF0B 3DGRA 2X16A 1DQXA 4JTFA 1XL9A 1H50A 3O6CA 1R2SA 3PULA 5EBUA 1S5TA 5I3IA 4CQ8A 2TPSA 3TE9A 4DF1A 4K6AA 3O6DA 1F2JA 2FLIA 3SSJA 4MZ8A 4AVFA 1CW2A 3TW7A 1FCUA 4ICNA 1TPEA 4O0KA 4N4QA 1UCWA 3S1XA 3G1SA 2VELA 3PS7A 1K7FA 1I2QA 1AW1A 1XBXA 2P10A 1HG3A 1TPH1 4Z1BA 3LLDA 3A5FA 5CPLA 4PEKA 4J9JA 1W54A 2CU0A 4BWLC 3M44A 3Q94A 2QEZA 3DFSA 2JK2A 3A24A 4A2SA 1TPWA 2ALDA 4O4VA 4WOQA 3KRSA 1WOAA 5FEXA 5DN1A 4MVAA 4W9TA 2J24A 3NQFA 1W56A 2QCNA 3QW4B 2QAPA 4AHQA 3FFSA 4JX5A 1Q6OA 2QKFA 4JYEA 5IM51 1DHPA 1GVQA 5MHBA 2OCZA 1LLWA 2TSYA 3W75A 3EB2A 1HFBA 4UMCA 4PC8A 3PB2A 3L5LA 2Y6ZA 1I45A 1JCYA 3P74A 1GZGA 3HJZA 1SO6A 3G1AA 4LUJA 4UXDA 2JGQA 1KFLA 3V1PA 2VENA 1M7OA 4ZQRA 5K7JA 3EKLA 4RV8A 3THQA 2Z6JA 2NWRA 3G1FA 2QCGA 4JTKA 4JTUA 3W87A 1NEYA 5AHLA 3IVTA 3ZWTA 3BK0A 1ME7A 3M6YA 4HPXA 4O4WA 4RR4A 3WK3A 1OK4A 3BW2A 2QCLA 3C2OA 1QPNA 3HB9A 3S6DA 3TJLA 1KA9F 2DZVA 1WYIA 4K36A 3S8HA 2QUUA 4DBDA 3NL3A 3Q58A 3T40A 1DQWA 1MEHA 3ZFHA 3P62A 4GE8A 3ZWSA 1FQ0A 4XBSA 4N02A 1T96A 1YXCA 4KKXA 1B4EA 4AEOA 4FF7A 5FF2A 2R94A 1SO5A 3W7NA 4WQ6A 1C9DA 3WK0A 2GVLA 5F1UA 1S5WA 1VYPX 2GQ9A 1TJPA 2YFOA 1JCXA 2Z6IA 2WSRA 4Z1AA 2P1FA 1L9WA 1SO3A 1CX9A 3TSMA 1AL7A 5FF7A 4HNVA 1AK5A 2BSLA 1RQEA 1WA3A 2FJKA 1SSDA 5GVJA 3VKJA 3FOKA 3U2OA 2ZZ4A 3UPBA 4FNUA 6TIMA 4AWSA 1VRDA 3HG4A 2ZRWA 3LCIA 2PCQA 4UUIA 1DJQA 4LVDA 5C55A 2NWSA 1ZY9A 2J88A 3G3DA 3LERA 4JX6A 3GXTA 2PRMA 3N2MA 1TPB1 3W70A 4K8EA 4CNNA 1H51A 3G0XA 4QJ1A 3C8FA 4O1AA 5AC8A 1LRQA 1BEUA 4XQ6A 1EP3A 5KZEA 2ZRYA 4ZQPA 2E5BA 3N9SA 4S1FA 3BGGA 5FEWA 3N3MA 4JTLA 4IGHA 1G4TA 1RV8A 1H7WA 3NDOA 1KLYA 2CLFA 4NJJA 5FF3A 1QMLA 3W7DA 3CWNA 4OV9A 3E96A 4Z1DA 2QF7A 4IJBA 3L5AA 4HN4A 3LX9A 2NX9A 3WJSA 5E0KA 2JKPA 4LRSA 1VC4A 3GKAA 3EWWA 3W3OA 1MO0A 1HTIA 5KSWA 3NQ2A 3NQCA 2EAWA 3C2EA 4ZQNA 3TAOA 1TREA 4HT3A 3QH2A 3NG3A 2A4AA 3QFEA 1XC4A 1VLIA 2V9DA 3SFKA 1PVNA 1JJKA 1KV8A 2YCEA 3DXIA 3W1UA 4MZ1A 4NJKA 1W3TA 2Q3RA 5G1TA 3HPSA 2E5CA 5FESA 3LV6A 1OX4B 4JIPA 3BG5A 3S0CA 3STGA 2DZTA 4O1BA 3TNOA 3WK1A 3F4WA 1ICQA 1YDOA 3C61A 3FJ6A 3I7QA 3HO8A 3P80A 3R5EA 1GPWA 2FIQA 4PA8A 4U4MA 3TX9A 3WK2A 1I2NA 4FNQA 4M19A 3UY8A 1XBYA 4HSNA 3NQ8A 4TR9A 2RDTA 4LVAA 3IIXA 1TV8A 1TTPA 1WBJA 3ABRA 1L6SA 2E5DA 4Y96A 5DBUA 1KW1A 4O13A 5LNVA 3QPZA 3ATZA 4E0CA 4PL2A 5AN7A 2G97A 3QPYA 2BWGA 3VE9A 3W7RA 3GIYA 4QIUA 3H53A 3EWBX 4UFLA 1LBLA 1JR1A 4BR1A 3B8DA 3H55A 3OBKA 4K7VA 5DXXA 5FF4A 3MUXA 4LU0A 4ZQCA 2YFNA 2HS8A 2WOQA 3G18A 1PL9A 4DPQA 4RXFA 4U28A 5CPOA 1BTMA 2YZRA 3UWZA 5DELA 1OFAA 3LCWA 1FUYA 3IIVA 3TMLA 4OQVA 4UTLA 1SR9A 2A1YA 2E6FA 3MBDA 4OWGA 3W74A 4A22A 4NVTA 4NNBA 4ALDA 1KM3A 3HG3A 3M5ZA 1T99A 2G95A 4LNYA 1FWTA 5D2VA 4UMBA 2B7OA 1X1OA 4H6KA 3W2UA 1F6PA 2QCMA 4N9BA 2O7QA 2YYUA 3F4NA 4IXXA 4OT7A 3RK8A 5D2XA 3DH7A 3GAYA 3L0NA 4WXYA 4X3ZA 2E68A 2X1RA 1IXQA 2ATMA 4HIBA 4FXRA 3TXZA 4EF9A 2QDGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3M0X A;  1R8L A;  1K4G A;  3EZ4 A;  2A7R A;  1XQL A;  3O2L A;  1MEI A;  1MW3 A;  4F0H A;  2CWN A;  4WY0 F;  4B16 A;  2VEK A;  2VGG A;  1Q4W A;  3WBW A;  2DJL A;  1E4N A;  3RF9 A;  4Q22 A;  2PCE A;  4C90 A;  3D3F A;  4MWA B;  1AW5 A;  1NOW A;  1UD8 A;  3WQ4 A;  3ANY A;  3BTN A;  3WDQ A;  2RHG A;  5H6H A;  2YYT A;  1HJQ A;  2ICS A;  3RIL A;  4AU0 A;  1VHN A;  1RCX B;  4M0X A;  5I03 A;  3N9K A;  3CU2 A;  1Z69 A;  3M5Y A;  5BYW A;  1K8X A;  3VZX A;  4Q8M A;  1U22 A;  5HJY A;  1IE7 C;  2CLL A;  3U57 A;  2P50 A;  1M41 A;  2H9A A;  4AZC A;  2NT0 A;  1JUK A;  1XH1 A;  3EWX A;  4M6Q A;  3VNI A;  1S38 A;  4S3E A;  4UFK A;  3UF9 A;  1KTC A;  2J4G A;  2OFJ A;  2TYS A;  1UR8 A;  4FNP A;  4FNS A;  1UJP A;  4O52 A;  3S2N A;  3QR1 A;  3KEH A;  4LUI A;  1GVR A;  7TIM A;  2GJR A;  3UCQ A;  5K9D A;  2VCB A;  3MMT A;  1NQ6 A;  3AIW A;  2AQV A;  5F2M A;  3KAO A;  2ZA1 A;  2DZU A;  1EB3 A;  3KVL A;  1JUE A;  5BWF A;  1BFN A;  3RAO A;  1YTD A;  1UD3 A;  5C2C A;  3FYP A;  3WNL A;  4B5V A;  1XLM A;  2OZ3 A;  4HME A; 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 4XB3 A;  1EOM A;  4EIV A;  2Z00 A;  4R27 A;  4M80 A;  2GPT A;  4MMW A;  1HW6 A;  3B04 A;  4PCN A;  3MHF A;  4MJ4 A;  1HKI A;  4XD6 A;  3CIX A;  4EKJ A;  3DFT A;  1BSL A;  1WDQ A;  1WO2 A;  3O9N A;  4ADT A;  1E5N A;  4FR6 A;  3DHD A;  2DUX A;  1OIM A;  4RE3 A;  4NZ1 A;  1SZE A;  1SYT A;  2ZA2 A;  3WL0 A;  4GG9 A;  1HX0 A;  2D2G A;  3R0K A;  3FYY A;  1LRT A;  5LGZ A;  2QCE A;  1FWF C;  1DVJ A;  3BLF A;  3Q4D A;  1NDV A;  2A2I A;  3AS0 A;  1G4S A;  1AUS L;  3U4F A;  1GJW A;  2E7F A;  2GGG A;  4KF1 A;  9RUB A;  3VOG A;  1SZF A;  3LHT A;  3GDM A;  3PTK A;  1GZJ A;  4QX4 A;  3T1G A;  1PE1 A;  2I5Q A;  2OEJ A;  1YKW A;  3B8T A;  4WK9 A;  2FHF A;  4HK6 A;  4Z08 A;  4HHL A;  3AYR A;  1CLK A;  1W6T A;  2BV9 A;  3GDB A;  4DEL A;  4H7V A;  1H7R A;  4OU1 A;  3MUA A;  1H1Z A;  4O16 A;  1EIB A;  4EOU A;  4JQ4 A;  1BD0 A;  1YTK A;  4JKK A;  5CQ1 A;  2AOS A;  4YYC A;  3IJ9 A;  5DT5 A;  1ITX A;  3AXK A;  2XVG A;  3IJD A;  4G56 A;  1YIX A;  3CHD A;  3KTC A;  1VFU A;  4U3C A;  5A6M A;  4DWS A;  4UTI A;  2P0O A;  1C93 A;  1EJS C;  1M9H A;  3TTO A;  5A95 A;  1K02 A;  3RCN A;  1N7K A;  1JDC A;  2PTX A;  2CBI A;  4B9Z A;  1IR2 A;  1SZN A;  4OV4 A;  2RJH A;  3LTY A;  4IQE A;  1WV2 A;  4JD4 A;  1CLV A;  3C8N A;  2NV1 A;  4LT9 A;  1RXO B;  5F4X A;  4A3U A;  4QQU A;  3RGT A;  2WVT A;  4NG3 A;  4HYW A;  4QG6 A;  1HQT A;  3GRI A;  5AHM A;  2PTD A;  1Q6D A;  4GUI A;  5J5D A;  2WNW A;  3MMU A;  1JD9 A;  1YDN A;  3EXT A;  1QBB A;  1E0W A;  3FY1 A;  4H8H A;  3SQL A;  1N82 A;  1IEX A;  2J78 A;  4FHA A;  4DBW A;  1IXN A;  1T41 A;  4XBK A;  3K4A A;  3WUF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2AQWA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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