2ATMA

Crystal structure of the recombinant allergen ves v 2
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
324
structure length
323
Chain Sequence
RVFNIYWNVPTFMCHQYDLYFDEVTNFNIKRNSKDDFQGDKIAIFYDPGEFPALLSLKDGKYKKRNGGVPQEGNITIHLQKFIENLDKIYPNRNFSGIGVIDFERWRPIFRQNWGNMKIHKNFSIDLVRNEHPTWNKKIELEASKRFEKYARFFMEETLKLAKKTRKQADWGYYGYPYCFNMSPNNLVPECDVTAMHENDKMSWLFNNQNVLLPSVYVRQELTPDQRIGLVQGRVKEAVRISNNLKHSPKVLSYWWYVYQDETNTFLTETDVKKTFQEIVINGGDGIIIWGSSSDVNSLSKCKRLQDYLLTVLGPIAINVTEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of recombinant Ves v 2 at 2.0 Angstrom resolution: structural analysis of an allergenic hyaluronidase from wasp venom.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Hyaluronoglucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Vespula vulgaris
total genus 124
structure length 323
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.35: Hyaluronoglucosaminidase.
pdb deposition date 2005-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01630 Glyco_hydro_56 Hyaluronidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2atmA00
3KVKA 1S3HA 2YGYA 3C56A 4JIQA 4FB7A 2VEMA 2WNZA 1KM6A 4O15A 4LNYA 4JTKA 5U4NA 1MZHA 1TRIA 4KFNA 4XZ9A 3EXTA 2OMAA 5I3IA 3FKKA 1HTIA 1ZENA 3DKLA 3IIVA 3H54A 3OVQA 3W1MA 1KM0A 3HGRA 1NEYA 4BF9A 3I7QA 5CSSA 5FEZA 5KITA 1ZAJA 1QPNA 5I3FA 4ONVA 3LI1A 3CT7A 3GAKA 2JGYA 2CLKA 3LI0A 1ZFJA 2JKAA 2R14A 2CZEA 4CQ9A 1WBHA 2QCDB 3DGRA 1UCWA 3PULA 4MYXA 3NNTA 2ZA2A 1KM5A 4UTKA 5AC6A 3G1DA 2J6XA 2XFWA 2G96A 3CWOX 3HIJA 3HMJG 3W7IA 2DZWA 3HG5A 4IQLA 1GT8A 3W7PA 5EA9A 1ZHAA 3N19B 5CZJA 2FTPA 3S5OA 2YPIA 5FEXA 1DQWA 3M5VA 1HL2A 3P67A 1WV2A 4MKNA 3AJXA 4HSOA 3ATZA 5HUPA 3HGSA 4JTGA 4JNMA 3BG5A 5DELA 1H61A 3K30A 1G67A 3LLFA 1PVNA 3THAA 3MHFA 4PA8A 1YPFA 4IGHA 3R12A 3GXNA 1YYAA 5J5RA 3WJYA 3W86A 1QNVA 4AWUA 3TQVA 4U28A 3W23A 4LVAA 4GUHA 3NG3A 4CCEA 2P1FA 3E9AA 1HUVA 1JUKA 4H6KA 3W9ZA 1W0MA 4YCPA 1YXCA 2NLIA 1OFEA 3EX4A 2RKXA 3EKZA 3NQMA 2X16A 4H3DA 1VCGA 4LV9A 3VKJA 4L4MA 3JS3A 1YTDA 3B03A 1KV5A 3M5ZA 4S2CA 1LORA 1PV8A 1FQ0A 2VFHA 4ALDA 3DZ1A 1KBIA 2GVLA 4AMAA 3NO5A 3IRDA 1A5AA 2VFFA 2GPTA 4JX5A 3CLMA 3QSTA 2CWNA 3L5AA 5AYYA 3W1PA 5DXYA 2QUTA 1RQEA 3DKJA 1O5KA 1D3GA 4WY0F 3TROA 1ICQA 3QW3A 3T7VA 2BSLA 5AN7A 1DVJA 3JRKA 1T8XA 5I3GA 2VEKA 4K7VA 3I7SA 1F6KA 5EYWA 3IGXA 4ZL1A 3DFTA 1VGAA 2ZZ7A 1TJRA 3RMJA 3W07A 3L5MA 1NVMA 1TIMA 1GJPA 2VFEA 1BTMA 3LTSA 3MYPA 3W7LA 1PCKA 1I45A 1BWKA 3PF3A 5HJLA 3W7GA 2OT0A 4LS1A 4Q4KA 3NQ7A 4UTWA 2JK2A 4FXRA 2YW3A 5DCBA 3W1QA 4JEQA 4UTIA 2H8ZA 1D9EA 5AFDA 1TTQA 4O11A 3DI1A 3MI2A 3FS2A 3DU0A 1VCVA 3E0IA 3PSVA 1FDZA 5HNRA 5LSMA 2C16A 2CLEA 4NXKA 3W72A 2DZSA 3A5FA 3LCLA 1TV7A 3GZ3A 1Z41A 3USBA 2YZRA 5I3JA 3P7YA 4FX8A 3MWAA 1XBYA 5AYXA 3PB0A 2YDAA 5KMYA 3RLVA 3BW3A 3UZJA 2Z2UA 2QCNA 4K38A 1Q6LA 3PR2A 2VKZG 4BFAA 3DFPA 4OBTA 2YXGA 3W7QA 1C9DA 3CPRA 3G0SA 1I4NA 2Y63A 1R2SA 3NL6A 2B4GA 1DV7A 2F7FA 3FJ6A 1A50A 1LLZA 2QCGA 3W7MA 5CZSA 3W1RA 3C2RA 3HPSA 3SI9A 2J24A 4BR1A 1WA3A 4LC6A 3DBPA 1AMKA 1WXJA 2HSAA 1LM1A 2ZBTA 3P61A 1JCXA 3QMSA 3QRHA 1AG1O 1GG0A 1PCWA 4ADUA 1RV8A 3GLCA 1Q6QA 3P8JA 4O50A 4LUIA 1ZAHA 4O1AA 1ME9A 6TIMA 4FF7A 4MOZA 1Q6OA 1SZEA 1YLVA 3LCFA 4Z1DA 1K03A 3CIWA 2E6AA 2QAFA 2ABAA 3EEGA 4UCGA 5D05A 2E6FA 1V7YA 2AAMA 3FLUA 2CLIA 3IVUA 3W7JA 4XKYA 1TO3A 4NXSA 2EKCA 5TIMA 3UWVA 3W75A 3F4NA 3ABQA 4TIMA 2GJNA 3L5LA 1THFD 4O19A 4Y8FA 1R2RA 5BMWA 2W6RA 2TSYA 4LT9A 4O57A 4IMCA 1EWEA 3TC7A 2YFNA 1F74A 1W5MA 3BLIA 2Y88A 3M43A 3TQ0A 3ZS4A 1FCBA 1BEUA 3L0GA 3LOTA 1JCMP 4YL2A 2AQWA 3VE9A 1GG1A 3WJZA 4O4VA 2ZTKA 3W7OA 3W7RA 4HKPA 3TW6A 4MVAA 3SECA 1KM3A 3GDLA 5I3HA 1XCFA 2YX0A 1VYSX 2WKJA 2C18A 1KM1A 4UTMA 4K37A 2PRMA 5CKSA 5E1QA 1NAL1 2Y70A 3VI2A 3O8AA 3SW6A 1I2PA 3PAJA 3QF0A 3L67A 3S0CA 1OX4B 1AW2A 2CLOA 3GXPA 4EF9A 4NU7A 3Q37A 3W84A 4M5PA 1TPC1 1XBZA 2YCEA 1K3UA 1QOPA 1ZJIA 2ZRWA 1PHQA 5CPMA 5F2IA 3W2LA 1KFEA 1WOAA 3MP4A 1SSDA 2GQAA 3LHWA 2X1RA 3OVRA 3BGGA 3BPWA 4IPIA 3M16A 1OX6A 1FWTA 1PL9A 3W1TA 1A53A 3MMTA 5LNWA 1YDNA 2X1TA 4M7SA 3NQEA 4O18A 1VHNA 1SO4A 3TAKA 2OJPA 2QUVA 5A5WA 1XDLA 4NQ1A 1Z44A 4XBSA 4N9CA 4GJ1A 4O52A 1QPOA 4JTTA 1CI1A 1TMHA 3S1XA 3M1ZA 4ZVJA 3BV4A 4RCXA 1GEQA 1SW0A 1OK6A 3C2FA 2ZZ2A 2RDUA 5AHMA 4A21A 1G4TA 5HWJA 3FOKA 4LC8A 5FF4A 1L6WA 3EWBX 2ZRXA 2CFFA 3HPZA 2OCZA 3W1LA 1OJXA 3NOEA 2ZCGA 1GVRA 1IGSA 3T40A 3MHUA 5D2XA 2HS8A 4XTDA 3C52A 3QQ0A 3CM4A 1TPH1 4WOZA 2PE4A 2Z6JA 4AF0B 2Y61A 3CC1A 4LY8A 3GK0A 5HINA 3TR2A 3Q2DA 2QCEA 4WZHA 1LRNA 2YR1A 3DFSA 4QIUA 1SO6A 3C2VA 3M9YA 1SUXA 4Y90A 2BTMA 2J9ZA 4PH6A 3TSMA 4AWSA 3LRLA 4HPJA 5FF2A 4O0ZA 1YDOA 2ATMA 3G24A 4CQAA 1R46A 1UUOA 3HPXA 3UY7A 3GDTA 4KFOA 1F76A 2XN2A 3NA8A 1YADA 3GIYA 5F1VA 4NJIA 1IXPA 4Z1BA 3MI3A 2EF9A 5CZ0A 4O13A 2ISVA 1L9WA 1LBLA 1LOSA 1E51A 3O63A 4AXKA 5K7JA 3W7DA 4YMZA 1G69A 3BK0A 4A29A 1I2NA 2FLIA 5D37A 7TIMA 3LXCA 2NXIA 3M5YA 3KAOA 5LHEA 1YDVA 3CB8A 5CSRA 4WY0A 5AHEA 4QNWA 1XI3A 2QJGA 2RDTA 3TK7A 4JTIA 2GJLA 4UXDA 4MZYA 3O6YX 4JTSA 2NX9A 1WYIA 3IGUA 4XTIA 3PWAA 2V81A 2ZTJA 5C54A 1FDJA 1H1YA 1G7UA 1W31A 4NNBA 1M7PA 2Z0IA 2OX1A 4POCA 2FQIA 4UTUA 4KKXA 2J88A 2E5BA 2V8ZA 3L2IA 1P1XA 1IXNA 1G4PA 3LXBA 5K2ZA 3OBKA 3TH6A 1JUBA 2QCFA 1QFEA 4ZQNA 5KTLA 2PC4A 4ZQRA 5BOOA 2J27A 3S1WA 3LBMA 4Q33A 4JX4A 2VENA 3G1VA 4UTLA 5C6MA 1KM4A 1JQVA 1VCFA 2DZPA 2W0UA 4CCCA 4HHPA 3MJYA 4DO4A 1GPWA 3C0JA 1JULA 3NYZA 4O1BA 4IX2A 1TPFA 3PB2A 5KSWA 4UNKA 1DQXA 3TJXA 1L2UA 4EF8A 4R7JA 1EWDA 2H90A 2CLLA 4GBUA 1TPUA 2ZDRA 4NJHA 1ME7A 3S1VA 2QCCA 3M6YA 4JYDA 4MJMA 3VCRA 3EWXA 3PBUA 4XWUA 3NQFA 1A5CA 4JIPA 4CQ8A 3ZWTA 3WK0A 3C2OA 3TQKA 3UYCA 2WNNA 3G1AA 4UTJA 3O6DA 3INPA 4IUOA 1XM3A 4QNEA 1SZFA 3LV6A 4M6QA 5TBOA 3MHGA 3KHJA 3B4UA 3LHYA 4DPPA 1WQ5A 3RLUA 3C2EA 2DZXA 4GWEA 5IM51 4MFDA 1H5YA 4JTHA 3VE7A 4UTTC 4RXGA 5HMSA 5EPDA 1QO2A 1ONRA 3P84A 4JTEA 3SFKA 5G1TA 4TO8A 4AVFA 4UFMA 1UUMA 5KINA 2A6NA 1MEHA 1N8FA 1GYLA 2I1OA 4O17A 4UFLA 1QOQA 2CLMA 2QDGA 4JN6A 1SU5A 1W56A 4DF0A 4GC4A 2NUXA 2X1SA 4LS0A 4J9JA 3LDVA 2EPHA 2AGKA 5G2HA 3QM3A 2BX7A 3NQGA 3W71A 3S6DA 1SO5A 4LRTA 4QM1A 4IWWA 2TMDA 4MFEA 4I7UA 1VYPX 4BI7A 3R8RA 2QKFA 3MYOA 4Y6GA 4UR8A 1RQBA 1G4EA 2GOUA 4NZFA 5LNVA 3W74A 3M44A 3P8IA 1TRDA 3W2UA 1OFOA 1PE1A 4DXVA 2DP3A 1C8VA 4AEOA 3SGUA 4AB4A 3SZ8A 5H2ZA 1EP1A 5G2WA 5C2XA 3GNDA 1W3NA 3RFAA 3WK1A 4EIVA 1XFBA 4DBDA 2QCHA 5DCEA 3RNDA 1H51A 3IIXA 4BI5A 3C8FA 2ZQ0A 2H6RA 1VYRA 5TQLA 1H63A 4O0KA 1S5VA 1WOBA 2OZ0A 5AC8A 4MPQA 2QCMA 3IVTA 5EL1A 3W2NA 3BW2A 3DH7A 3L21A 5L9FA 2CW6A 2I14A 1XBXA 1LRTA 2NUWA 3WJSA 1SFJA 3HQ1A 3A22A 4GUIA 1ZALA 1VHCA 1W8SA 1LLWA 3TNOA 3LHUA 1WX0A 4OWGA 1MSSA 4EVZA 4UR7A 1XBVA 2ZRVA 5G4EA 3NDOA 5G1YA 1QMLA 4FO4A 2VELA 3W7HA 1JRCA 1ME8A 1K7EA 4O10A 1B9BA 5BMXA 1NF0A 3HGOA 1JUEA 2FPYA 1SO3A 1JCJA 3TFCA 4K8EA 5FEPA 3BLFA 3DFNA 4HNUA 1TPEA 1KFJA 4CNNA 4FHAA 1JJKA 2VXNA 1SZNA 1OVDA 4DF2A 2Z6IA 1JQXA 3LERA 4IXHA 1GOXA 3LCGA 4HIBA 3S5NA 1U83A 4HNNA 3BVJA 1KTCA 2Y85A 4YWIA 2C13A 3CTLA 4A2SA 4BWLC 1H60A 2XN0A 3L9CA 2JGQA 5H91A 2HMCA 3PC0A 5G4WA 1PIIA 2A7RA 2BXVA 5K9CA 3G1FA 2QF7A 4N4QA 1XUZA 5FESA 1AK5A 4Z0JA 4UMAA 2TYSA 1HFBA 3KX6A 3PG9A 5E93A 4P2VA 4TMCA 4AAJA 5A8GA 3L66A 1TV5A 4BI6A 1TJPA 3NXFA 1TSIA 2NXHA 3P80A 4M19A 1ICPA 4R34A 2LLEA 3STFA 3GX9A 4AH7A 2G95A 4P61A 3PUEA 3NAVA 4ADSA 5LZLA 3CU2A 2NX3A 3H55A 4WJEA 3G1SA 1KA9F 2A7PA 4QITA 3PUDA 4UMCA 4LRSA 5KZMA 4XUGA 4K39A 3UQNA 3U6WA 3PVFA 2IQTA 3UPBA 4ZQMA 3QH2A 3E96A 4IJBA 4DELA 4PTNA 4QISA 3MP5A 3N34A 1NSJA 3ABOA 1RR2A 5DY2A 3R5EA 2V9DA 2DZVA 3B04A 3B8DA 3U2OA 3TA6A 3W1AA 3HOJA 3PBVA 4LVGA 5AC7A 3UNDA 1TQXA 3KFTA 2A21A 1LDCA 1GQNA 3G3MA 2B7NA 5L6UA 1QAPA 3P62A 3L65A 4ZMGA 3IIPA 4ADTA 2R8WA 2GQ8A 2ALDA 2V30A 3S1UA 2B0MA 2FPTA 2V0TA 2Y7GA 3EWZA 3GKFA 3PBWA 2ZRYA 3M5XA 3G0XA 4GXMA 4FX6M 1X6UA 3BO9A 1Q45A 1W5PA 4JXCA 1FX6A 1K7FA 5D33A 4O12A 4IMEA 3NGJA 5K9DA 4MLJA 4RR4A 2CZ5A 3SJ3A 8TIMA 3W2MA 3NQAA 1XUUA 3CEPA 3ANYA 5D02A 4AHOA 1EX5A 4RV8A 4UC5A 3IGSA 3LM7A 1AW5A 1XC4A 1P5BA 3Q94A 4XBKA 1OF6A 2X1UA 1RVGA 5LHFA 1V5XA 2ZZ6A 2B7PA 1OABA 1XKYA 3OHIA 2VFGA 5AYZA 3TJLA 3QQ1A 5HR7A 1EUAA 5CGQA 2RDWA 1EPXA 1OG0A 1KTBA 3OEXA 3LBCA 5FF7A 4Y9AA 1SR9A 3LCXA 2YW4A 4PCFA 3O07A 3UY8A 2X2GA 1T99A 5MHBA 3LHTA 2PRHA 1LTDA 1KTNA 3VNDA 2VFDA 3R89A 3LXAA 1H7XA 3HBLA 3NQVA 4MY9A 3OVPA 3QMTA 1H50A 4UMBA 3T44A 3C4UA 2P10A 3BW4A 3DHDA 1SZGA 3B06A 1KFKA 4LU0A 3G8RA 4O1DA 1OX4A 1RZMA 3W85A 3GAYA 2X30A 3BLEA 4IXXA 4GE8A 5HQEA 2O7QA 1RQHA 4O14A 4WXZA 4HNTA 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 3G18 A;  3PUO A;  1OHL A;  1GZG A;  1O95 A;  3A9I A;  3WJX A;  2WJZ A;  1P4C A;  2NV1 A;  3ZFH A;  1DBT A;  2Y6Z A;  3O16 A;  4WX2 A;  1DKW A;  5F4W A;  1HO4 A;  1R47 A;  4JYE A;  3RK8 A;  2QUU A;  4JTJ A;  3WJW A;  3MUX A;  4N6F A;  5CZT A;  3G1X A;  4UFI A;  2V5B A;  1N55 A;  4RJE A;  1OFQ A;  2ATS A;  5LNR A;  1K02 A;  4Z08 A;  5T26 A;  4XQ6 A;  1MEW A;  5AHL A;  3NQC A;  4YCO A;  4IMD A;  2DZT A;  1VJI A;  1ALD A;  2ZZ5 A;  3OIX A;  3O1N A;  4PL2 A;  3UWQ A;  1B4E A;  1IXO A;  2ZRU A;  1X7F A;  2C6Q A;  3TKF A;  3GVG A;  3NL5 A;  2GQ9 A;  3KRU A;  4E0C A;  1Q3N A;  3EX2 A;  4IMG A;  4MY8 A;  1LP6 A;  2BZN A;  1VZW A;  1W1Z A;  3PM6 A;  4CNP A;  3W87 A;  3DXI A;  4IMF A;  4X9S A;  3TIM A;  2RFG A;  1GVF A;  5AHN A;  1TPW A;  3FKR A;  1M6J A;  4WD0 A;  1SPQ A;  3CHV A;  3GR7 A;  4DBE A;  2Q8Z A;  4M6V A;  1NF7 A;  3Q58 A;  2FB3 A;  4LV4 A;  2DZU A;  4X2R A;  3F1Q A;  2WNQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1S3H A;  3C56 A;  3LSB A;  4KES A;  2QGH A;  1JZ4 A;  2CC0 A;  4XZ9 A;  1Y65 A;  3L2M A;  4Y9N A;  2PF8 A;  1NEY A;  4BF9 A;  2NT1 A;  1WDQ A;  5FEZ A;  5I3F A;  1UR1 A;  4ONV A;  3LI1 A;  3APY A;  1BRL A;  3SB0 A;  1ZFJ A;  3UZZ A;  2WC3 A;  3OGS A;  2V5J A;  4JTD A;  4XO7 A;  1WBH A;  1UWA A;  4X9Y A;  2QCD B;  3DGR A;  4UB9 A;  1UCW A;  4D71 A;  3RCY A;  1E6R A;  3CMJ A;  2J6X A;  5A8P A;  5IFP A;  1A0E A;  2VWS A;  2RJG A;  2YA0 A;  3TNB A;  3HG5 A;  4LJ3 A;  1GT8 A;  3N25 A;  3N19 B;  5CZJ A;  1FHD A;  1HL2 A;  1BYB A;  5HUP A;  5A6K A;  4JTG A;  1XV8 A;  3K30 A;  5REQ A;  1H2J A;  4FXJ A;  4PA8 A;  4AWU A;  5A3H A;  4U28 A;  3W23 A;  4CNU A;  1V3J A;  4LVA A;  4EAN A;  1X6L A;  2J66 A;  1JUK A;  3ALF A;  1UR9 A;  1TX0 A;  1YTD A;  4FAL A;  2VRJ A;  1UR2 A;  1WDS A;  3CHC A;  4LAN A;  3GNP A;  2JEQ A;  2XH4 A;  4ZO7 A;  3UNT A;  2D69 A;  3VGE A;  5ABF B;  3GD6 A;  2CYG A;  1UWU A;  2GPT A;  2D0F A;  3AZS A;  3RLH A;  1QHZ A;  4PBG A;  3VUP A;  3W1P A;  1O1H A;  1SR0 A;  3IJD A;  4XAG A; 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