2ATS | Genus

Total Genus 109

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	292
structure length	292
Chain Sequence	MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIKEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2566388905015544__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2566388905015544__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2ATS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2566388905015544__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2566388905015544","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2ATS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2566388905015544__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfca249e0f6540cec760c5b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfca249e0f6540cec760c5b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfca249e0f6540cec760c5b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfca249e0f6540cec760c5b/pdb.gz): 477 ms

reading 292 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

292 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:291});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	The co-crystallisation of (S)-lysine-bound dihydrodipicolinate synthase from E. coli indicates that domain movements are not responsible for (S)-lysine inhibition rcsb
molecule keywords	dihydrodipicolinate synthase
total genus	109
structure length	292
sequence length	292
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2005-08-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2atsA00

3KVMA 4LRTA 1OVDA 4PTNA 5G1TA 1JCMP 4AWUA 1B57A 4GUGA 2BLEA 4EWND 4DBDA 1THFD 5AHLA 2PURA 1OX6A 1KM6A 2GVJA 4O14A 5DLCA 1W5NA 1EX5A 3EWWA 2NXGA 5AYZA 1TPWA 3UZJA 1FQ0A 3S5ZA 1VPXA 2YYUA 1AL7A 3TSMA 1FCBA 4UTTC 4IQLA 3IVTA 4N02A 1DKWA 4K37A 1TPFA 1W5MA 4QAIA 2TMDA 1ZHAA 4FNUA 2AAMA 4NZFA 5HWNA 1YYAA 2WV8A 5HUPA 2CU0A 3GR8A 4UC5A 1LROA 2ZZ4A 3ZFHA 3CB8A 1F5ZA 4AXKA 2B7QA 3EX2A 3DXIA 5KITA 2VKZG 3CU2A 5CSSA 3PSVA 5LGXA 4JTLA 3IVSA 1H7PA 3MP5A 3IGUA 3PB0A 4IXXA 2G95A 1IIHA 5E1QA 3W2NA 3GIYA 3KVKA 2Y6ZA 1H51A 4IUOA 1KTCA 3DFNA 4FIQA 5AHNA 2NXIA 1TO3A 4IMGA 1RV8A 4CNPA 3KRSA 3M5XA 3Q37A 4LV4A 3TSDA 3QRHA 3HB9A 3NGJA 2NZLA 1E51A 1XC4A 1SW3A 3W22A 4JEQA 3T7VA 3W7RA 3TMLA 2EAWA 3O06A 3MJYA 2ISVA 4WY0B 3NQDA 1EP3A 1EWEA 3FLUA 2C6QA 3E02A 3HG4A 3LOTA 1FBAA 1JCXA 1O5KA 1QOPA 3DAQA 4MPQA 3MWAA 1XFBA 1ICSA 3W3OA 1H50A 2QDGA 4O1BA 1EP2A 1KFLA 3TJLA 3USBA 1F6PA 2WPBA 1EB3A 3LXBA 3NQ8A 4Y6GA 4WUIA 3WFAA 4JDYA 4ALDA 3LTSA 1X1ZA 2DZWA 3DHFA 1C9DA 2H3DA 2WKJA 3BLIA 3NG3A 3TR2A 5DN1A 1YTKA 1LBMA 1Y0EA 1A53A 1BKSA 1P1XA 2Z0IA 3W2LA 4E2BA 2A7PA 3G3DA 3C6CA 5AOUA 2UV8G 3P62A 4ZL1A 5I3GA 3QH2A 2EGZA 3W2JA 4O16A 1EEPA 3OG3A 4UTLA 4Y96A 3CC1A 4AHQA 1S5TA 3OVQA 3LHUA 1Q6QA 4DF2A 3M44A 4O1CA 2G97A 3L65A 4YCPA 2FFCA 1UBSA 3NXFA 3I65A 2ATMA 1O4UA 1B4KA 3NEVA 3LRMA 3DH7A 1MXSA 3NZ1A 4XBKA 3TXVA 1NAL1 2H3BA 4LS2A 1YDVA 2C16A 1KFKA 4K39A 4K36A 3QMTA 4H4IA 4TR9A 3L68A 5LNRA 3MUXA 2C19A 3NQ2A 3V75A 1YDOA 1WA3A 3A9IA 1VHNA 2CZ5A 4RXGA 3LI0A 3MP4A 2GPTA 1TPEA 4IXHA 3HO8A 1O94A 1TTIA 4M6PA 3L2IA 4UTWA 2VFDA 3W7HA 3PWAA 4B5NA 2ZA1A 5KZDA 2A4AA 5FESA 3W84A 3L66A 3P7YA 4I7VA 1SZNA 3O1NA 2EPHA 5HWJA 3CHVA 3G1DA 1JRBA 3EX1A 4JTSA 5K9XA 2ZRWA 2A5HA 5IBXA 3SZ8A 3M43A 4M19A 2ATSA 4DF0A 5EKYA 1EP1A 2VFHA 4LNYA 3TXZA 5C6MA 3LCXA 4P61A 4IX2A 2DU2A 3LHYA 3OBKA 2TPSA 3E12A 2FIQA 3S0CA 4S1FA 1W3IA 1QO2A 5FF0A 2H6RA 3ZR4A 1GVQA 3MI2A 1F7BA 1EWDA 1Z44A 2J9ZA 3TW7A 4FEZA 4PH6A 3HIJA 4LVGA 4UMBA 2C13A 3SGUA 3UYCA 4UTTA 3OVPA 2ZA3A 1U83A 3DU0A 3QSTA 2ZRZA 4AHOA 3TUUA 1KBIA 2ZRYA 3U8GA 3TU9A 3BVJA 2QUUA 3PBWA 1ML1A 2OJPA 3STEA 3CT7A 3MYPA 4A2RA 5I3KA 2OT1A 1XBXA 5F1UA 4O19A 3EXSA 3NR0A 2B7OA 1YPIA 5BNKA 3T4CA 3IRDA 4OBTA 2Y70A 1SO3A 4JX5A 2VEMA 5HQEA 5I3IA 2QCMA 4BI6A 2OX1A 1R2TA 3SFKA 2CW6A 1EIXA 5D30A 1SSGA 2ZFAA 3N19B 1FCVA 1MZHA 4LTSA 2TYSA 3C2EA 4YCOA 4JXCA 2WSQA 1CX9A 1JR1A 4HSOA 3BPWA 5HULA 2P10A 3QMRA 3NQ6A 3R12A 4RK8A 1X7FA 3LI1A 2ISWA 1SO4A 3CWNA 3EWBX 5AHIA 5I3HA 4MVAA 4IMEA 4LC6A 3NQVA 5D2XA 2Z1BA 4JTEA 3BW3A 3BGGA 3NYZA 1X6UA 4YMZA 3D0CA 1X1OA 2DJXA 1IF2A 1U5JA 5AHMA 2WNZA 4LV9A 4M6VA 4PFMA 4BR1A 3E49A 3A23A 3L0GA 2BXVA 3SY5A 3PSWA 3FOKA 1JUBA 4MUZA 1W37A 4AWTA 3LRKA 3P8IA 3EWUA 2YZRA 4JS3A 2VFEA 4Z0JA 2B0MA 3EWXA 1PV8A 1N8FA 5LGZA 1BEUA 3T55A 3W7EA 1HO4A 3HGRA 4GE8A 2ABBA 3ATZA 4LY8A 4Q32A 1H7WA 1IIGA 3W88A 4PODA 5LSMA 4UTKA 4MJMA 3KHJA 2J88A 1TTJA 3KVJA 3U6WA 3W9ZA 4DBEA 1QNVA 1JVNA 2PCQA 5HJLA 1JRCA 2BWGA 4RZ4A 3LLFA 3H53A 4H3DA 4RCXA 2A7RA 2WSYA 3H55A 4POCA 4JR5A 4CQ9A 1H62A 1RQEA 3BW4A 1RPXA 1K02A 1KLYA 1XBVA 1GVOA 1G7UA 4UTHA 1ZY9A 1QPRA 3TKFA 3Q2DA 4NT0A 3PBYA 2B7PA 2VFGA 4DPQA 3H54A 3MHUA 3T78A 1XI3A 1NF0A 5CKSA 3EB2A 1UUOA 3L21A 1AL8A 2GUUA 3BG3A 3F03K 3NOEA 2BX7A 3C56A 4TO8A 3CTLA 1LP6A 4M6QA 5KINA 3SI9A 2OT0A 1TPC1 3S1XA 1Q6LA 2QAFA 1G67A 1HL2A 4JDBA 3GXPA 1W5QA 1KM0A 3GK0A 1OG0A 4Z08A 3WJYA 1FX6A 1W5OA 3QYQA 4FO4A 1F2JA 4ZMGA 3LTPA 4LVFA 3FEMA 2QJHA 2DZUA 3QPZA 1VRDA 3W1XA 1DL3A 2V0TA 5F4WA 1PCKA 3KOFA 2YW4A 5CPNA 3HGJA 4O8RA 3G3MA 3MBDA 4JTGA 5FEZA 4GXMA 1KFEA 4DO4A 1Q6OA 1WDWA 2NV2A 3LCIA 2WQPA 4UTMA 5TIMA 3UPWA 3W7IA 3E9AA 1H61A 1M6JA 3WK3A 5D2YA 4JD4A 4NXSA 1AMKA 4ZQRA 2A6LA 2J9XA 4O4WA 5AC8A 3G22A 1WYIA 3IVUA 4UTJA 4OGZA 4ADUA 4FNPA 4BF9A 1XCFA 4IOTA 2ZDRA 3B4UA 4ZQNA 1NFBA 1G4TA 1OFRA 1TMHA 3C0JA 1GVRA 1QFEA 3N9SA 3IIVA 3FS2A 3L9CA 5D05A 3UPBA 4JTKA 3B8DA 1OX5A 3LTYA 2EKCA 4BFAA 2QCDA 4Q4KA 1OABA 1LYXA 2Y7FA 3O07A 1TPVA 3F4NA 3VI2A 4OV9A 4UMCA 1LZOA 3PULA 2VEPA 4LC8A 3C2OA 4XKYA 2JBMA 4NU7A 2JK2A 5U4NA 3P60A 1TPB1 3W7NA 1R2SA 5F2LA 3DFTA 2B7NA 1TTQA 1J4EA 3RU6A 4IMFA 5DCBA 3LLDA 4Z1BA 3LX9A 1NVMA 1K8ZA 2ZBTA 1W1ZA 3NL3A 3NQ7A 1KM1A 1JQXA 3IGXA 1AW1A 1I45A 3HPXA 3W7JA 3DENA 5F2IA 4QNEA 4K7VA 4D2JA 4N4QA 1QWGA 4K7YA 2QJIA 2YPIA 1TPH1 4RV8A 2NUYA 4O12A 3TH6A 3W87A 4GUHA 4PCFA 4HPJA 4X22A 1RR2A 4N9DA 4WY0F 3VE7A 1WXJA 5KTLA 3GZ3A 4RX0A 3PAJA 3KX6A 1W3NA 1GEQA 4WZHA 5AC6A 4U28A 4PC8A 2C3ZA 1JCNA 4C1KA 2RHGA 3CIXA 3O63A 4O0ZA 1VCFA 2QCNA 1MSSA 3NAVA 4UFKA 4QISA 3QPYA 3U2OA 3EX6A 3W73A 1OYBA 1XM3A 3LHZA 2ZRUA 1H7XA 3E96A 1K8XA 5FF2A 3BGJA 1O95A 1AW5A 1OYAA 2RDWA 5D2VA 3GNDA 2Z2UA 5CG7A 3UWVA 3NA8A 4MY9A 2H90A 2Y85A 5AFDA 3C52A 2CFFA 4X2RA 4BWLC 5HR6A 2C18A 1OFPA 3UZ5A 5AC7A 3O6DA 1KBJA 3HJZA 4HT3A 1HUVA 1MEWA 1VYSX 2A7NA 1MO0A 2YGYA 3TNOA 1TTPA 1MEHA 4JYFA 1SR9A 3PUOA 5GVJA 2QAPA 3GAYA 4WQ6A 4O17A 2E09A 4O52A 1FWNA 3DFSA 1VYPX 1PE1A 3W1RA 3UWWA 1EUNA 3SGZA 5MHBA 1HO1A 4KWWA 1H60A 3ZWTA 1QPOA 4KFOA 1G4EA 1O5XA 5U7SA 1YADA 1YXYA 8TIMA 2VXNA 3UNDA 4HNVA 1PIIA 2HS8A 4RKAA 5I3FA 5KZMA 1AK5A 1OYCA 1VS1A 1OFDA 3QMSA 1WQ5A 3TA6A 4GWEA 2Y89A 4M7TA 4O1DA 5EA9A 4E38A 1KM5A 2YX0A 3LV5A 4QQ3A 1GT8A 1D3GA 1JUKA 1GTEA 3BW2A 3W86A 3ATYA 2ABAA 3ELFA 2YCEA 3ZWSA 1HG3A 4JICA 1A5SA 1VH7A 1YDNA 1Q6RA 3S8HA 3SW6A 1M7OA 3O8AA 2CLKA 2H8XA 1YTEA 4GFSA 2I1OA 1H5YA 4UFJA 4ZQMA 4TMBA 3G8EA 5CPMA 1FCUA 3NO5A 3GXNA 1GYLA 2FPYA 1LCOA 2FB3A 2ZZ7A 3RLUA 2E5DA 3B0PA 5FI8A 2VENA 3E0IA 1WX0A 3LV6A 2P0OA 2V2CA 3EX3A 3LHTA 2C15A 4WY0A 5K9CA 2TRSA 1W56A 3GR7A 1LLZA 1Z41A 3GB6A 3HGSA 4DO6A 1H1YA 5HR7A 2PRMA 2Q3RA 2OCZA 3N73A 4M7SA 4NZJA 1T8XA 3LERA 4OU1A 1IXOA 3VE9A 3PB2A 2JGYA 1D9EA 3QSRA 3MP3A 3TROA 1PHQA 5LNUA 3W7CA 1GOXA 3L0NA 5K4XA 1W5PA 1Z42A 1VR6A 2EF9A 3HG2A 3TC6A 4UXDA 3FYOA 3LM7A 3HPSA 4JX6A 1XDLA 3W70A 5F2GA 2A1YA 2NWRA 2NLIA 4WXZA 4XZ9A 5G1YA 4CCEA 4UNLA 1LM1A 5KSWA 4NQ1A 4AF0B 5DY3A 1TPDA 2QCGA 1KM4A 4LVAA 4OV4A 3TK7A 3OEXA 1T99A 4MY8A 4EVZA 4GJ1A 3W71A 1I2RA 5EL1A 2XN1A 1ZAIA 5F2MA 1IGSA 1GTHA 3B05A 3ABSA 1A5BA 2A21A 1BTMA 3PBVA 2FQIA 1FCQA 1ME9A 3UWYA 4ZZ9A 3F1QA 3I7SA 4TMCA 2WJZA 3GDLA 2V30A 3N9RA 5KZEA 4L4MA 4O13A 4UNKA 3MHFA 2E6FA 4LS0A 1Q45A 5CZJA 4GUIA 1JQVA 4ZVJA 1A5CA 3BK0A 3LB0A 4DELA 1IXNA 3C4UA 3A21A 2DP3A 4NNBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LOR A;  4X9S A;  2V5B A;  5M3W A;  3S2J A;  4JII X;  3I6T A;  5BOE A;  4FNT A;  4GH3 A;  2P1F A;  2X30 A;  1KXV A;  1UR0 A;  2WMI A;  4WDT A;  5IRP A;  1DOR A;  1Q6G A;  4AYS A;  3CTT A;  3RPM A;  4ZFC A;  4S3E A;  3GYE A;  5D8Z A;  2O7S A;  3MPG A;  4B5W A;  5CZ0 A;  3K4D A;  4JBR A;  3QW3 A;  1W8S A;  4LUT B;  5DBT A;  1VBG A;  4HTB A;  2ALR A;  3NQM A;  1OZM A;  4D6C A;  4O10 A;  3WUG A;  3R58 A;  2P8B A;  3BO9 A;  4GIS A;  4D71 A;  4F4R A;  1JZ5 A;  3JRK A;  1XGD A;  3GE7 A;  1ENU A;  1SYT A;  3G1S A;  2ZZ6 A;  3OIH A;  4OWG A;  4L65 A;  1SFS A;  3R6I A;  3PZU A;  2W0U A;  2V82 A;  1UC4 A;  3CL6 A;  3M9Y A;  5BW6 A;  3TFC A;  1KQY A;  1IZK A;  3BUR A;  2HEJ A;  3W2U A;  2PDU A;  3PPC A;  2YBU A;  2QCD B;  3OW1 A;  4XX6 A;  1V4Y A;  3RAO A;  2HSA A;  1PO9 A;  1Z89 A;  2J25 A;  3O7U A;  2A2I A;  1UP2 A;  3SRH A;  3ANY A;  3LEN A;  3EAU A;  2Z27 A;  1ME8 A;  1UP3 A;  2FVL A;  4RXF A;  1DWG M;  2GJR A;  1N82 A;  1WZA A;  1GVY A;  1L6S A;  3AZS A;  3SY8 A;  2IXU A;  2PGR A;  3M0Z A;  1YTD A;  4S2B A;  1QI3 A;  3WBA A;  2Z2A A;  2W5F A;  1PJ9 A;  4NJK A;  2QR6 A;  3WF1 A;  1VFO A;  1NQK A;  4XZB A;  2AKM A;  2YA2 A;  1NFG A;  1R0M A;  5DFA A;  3OZM A;  4M56 A;  4ZBC A;  4B4F A;  1TSI A;  4O54 A;  1AH0 A;  2GSJ A;  4GUF A;  3EEG A;  3DBN A;  2A0N A;  2PGW A;  4AZG A;  2WMF A;  1HTI A;  3URQ A;  4CLM A;  4GC3 A;  2C0A A;  4N9B A;  1MRQ A;  4GY7 A;  3ARQ A;  3QQ1 A;  3QR1 A;  1K03 A;  4LBR A;  1A4M A;  1CYG A;  3K5X A;  5A94 A;  2Y62 A;  1E3Z A;  4UCF A;  3S46 A;  2O0T A;  3QXB A;  1O12 A;  4UFL A;  1TRE A;  3VNK A;  5LNW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2ATSA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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