2BTM | Genus

Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	RKPIIAGNWKMNGTLAEAVQFVEDVKGHVPPADEVISVVCAPFLFLDRLVQAADGTDLKIGAQTMHFADQGAYTGEVSPVMLKDLGVTYVILGHSERRQMFAETDETVNKKVLAAFTRGLIPIICCGESLEEREAGQTNAVVASQVEKALAGLTPEQVKQAVIAYEPIWAIGTGKSSTPEDANSVCGHIRSVVSRLFGPEAAEAIRIQYGGSVKPDNIRDFLAQQQIDGALVGGASLEPASFLQLVEAGR

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__80601697861821__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__80601697861821__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2BTM/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__80601697861821__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"80601697861821","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2BTM/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__80601697861821__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Geobacillus stearothermophilus
publication title	Lys13 plays a crucial role in the functional adaptation of the thermophilic triose-phosphate isomerase from Bacillus stearothermophilus to high temperatures. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE)
total genus	88
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1999-01-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2btmA00

4QNWA 1EP2A 3MP3A 2JKEA 2R14A 3QH2A 4AXKA 3T40A 1H1YA 1OG0A 5D03A 2RDTA 3CTLA 3W07A 3W86A 5FI8A 3GDLA 2ZZ1A 3P74A 4BFAA 3PSVA 1OFOA 1TSIA 3P5ZA 3C3NA 1RD5A 5G2HA 1X7FA 3UPWA 1D3GA 1UCWA 4UFHA 3P80A 2RDWA 1O60A 2RHGA 3G24A 2QEZA 2CLIA 1FWWA 1LLWA 4M5PA 3P67A 3LOTA 1IF2A 3M9YA 4LVGA 3SSJA 3W1UA 4A22A 3W9ZA 3LCGA 3KXQA 4K37A 1QAPA 4GBUA 4XKYA 1JJKA 4NUWA 1QFEA 3PUDA 3U2OA 2NWSA 2Y62A 1WQ5A 4OV9A 4LOCA 1R2SA 3ZWTA 5CG7A 1EP1A 1QPOA 1JUBA 1SSGA 1WBHA 2ISSA 5AHNA 5D37A 3BARA 5K9DA 4QISA 3OEXA 5HWJA 2VFHA 3BLFA 1TPEA 3W7DA 2B7QA 3G18A 5LNVA 4NJJA 3F4NA 4RV8A 2ZBTA 4Z1AA 4FF7A 3DFPA 3WJYA 4AMAA 4UTLA 4LW7A 3T44A 4OHQA 3MW7A 3TMLA 3NQCA 5DY3A 1TPVA 4QSHA 3G22A 2C3ZA 4LRSA 4ZQRA 1R2RA 2FLIA 4KFPA 2C6QA 2G97A 4Z1BA 1TPFA 1TV8A 3BW3A 3M16A 4IMFA 4JX5A 4LU0A 2GUUA 2BLEA 3PB2A 5KZEA 1Y0EA 3DENA 4XBKA 4JS3A 1JRBA 5D2VA 3E0IA 3MBFA 1XBYA 4KWWA 2BZNA 3W75A 1Q6OA 3TFCA 1X1ZA 3I65A 3QQ1A 3W7JA 3QSRA 3WK1A 4E38A 4DPPA 3S8HA 1TTQA 2RH9A 2PC4A 3CIXA 1YDNA 4MZ8A 1X8FA 2CWNA 3P5YA 3T7VA 1EPXA 4DELA 3L5LA 1M6JA 1ZJIA 1A53A 1VYRA 1SU5A 3IRDA 2J88A 3UZ5A 4AF0A 4IMCA 3GDTA 5CSRA 1EWEA 1F05A 1UASA 4UMCA 3S9YA 3MHFA 2NX1A 2NZLA 2QCDB 2NLIA 1H7RA 3P81A 2A7RA 2G96A 4JGDA 3O6CA 3C2FA 1ME8A 2H8ZA 4FNQA 3C2RA 3BK0A 3L0NA 1JQXA 3TW6A 2Y85A 2G95A 1K8XA 4O53A 4WQ6A 2ZFAA 4X2RA 2AAMA 1Z44A 3V1PA 4Y90A 3IGXA 2W6RA 4M6VA 1AL7A 2FTPA 2E6DA 1VH7A 3G3MA 3FIGA 2V2CA 3L0KA 3C8FA 2R8WA 2P1FA 1ZALA 4ZMGA 5G2WA 3M5YA 5GVJA 2ZA2A 1FWRA 1LTDA 1TJRA 2ZRZA 3E9AA 3LHYA 1AK5A 2ISVA 4IX0A 1KM3A 3W2KA 3A5FA 3BLEA 2YW4A 1KLYA 3CPRA 5CKSA 5K3VA 4BK9A 2YYTA 2FQIA 2NXHA 1PCKA 1TPDA 4YXGA 2C1HA 5LGXA 4U28A 1DHPA 3B0PA 4I7UA 2JGQA 1LLZA 3KRSA 2WJZA 3B06A 2VOMA 1W37A 5F2LA 2QF7A 3NPVA 2NUYA 1JUEA 3WK0A 1LRTA 3TR2A 1YPFA 1OABA 3PBYA 3R5EA 3GKAA 3CEPA 3UWYA 3OVPA 3PUEA 4PH6A 4UTTC 5CZJA 3LDVA 2CZFA 2J9XA 4K8HA 3UQNA 1GJPA 2OMAA 4TO8A 4S1FA 4N4QA 2VFDA 2DZUA 4IQLA 2GVGA 4NT0A 5DELA 3B05A 4AEOA 1LCOA 4ORIA 3N2MA 4CNNA 1L6SA 3E49A 1KBIA 1H7OA 3Q94A 5ABTA 4QITA 1VC4A 3EWXA 4FNSA 4JY8A 2TPSA 3W1LA 4UTTA 3LBMA 3PY2A 3GKFA 4PFMA 3GB6A 4NQ1A 2I9EA 1IXQA 2YR1A 4B5NA 2CU0A 4WJEA 1T8XA 2HS8A 3TW7A 3W2LA 1UBSA 3MP5A 4ZVJA 4GWEA 4OT7A 1OFPA 4RZ5A 1YDOA 4UTIA 2FB3A 3LHVA 1TYGA 2A5HA 3T55A 4YCOA 5CPNA 2VENA 4DF0A 3HGRA 5G1TA 3G1YA 3L68A 3LX9A 3NQEA 5I3KA 5DXYA 3PB0A 3QJAA 5K2ZA 3SZ8A 5HUOA 2EAWA 1BWKA 1GVQA 3WJZA 1MO0A 2WV8A 4O1DA 4M6QA 3SY5A 4ONVA 1M7OA 3P60A 1FDYA 4G1KA 1DBTA 2GVLA 3W7PA 4JTKA 4MKNA 4FHAA 5MHBA 1NF0A 2PCQA 4E2DA 5U4NA 4GRSA 4PODA 2FDSA 3TIMA 3G3DA 2ZRVA 2WNNA 3ZWSA 4OU1A 4GXMA 4PA8A 4NJHA 2ZQ0A 1QPQA 1X6UA 5KZDA 1KFCA 1A5SA 4FNUA 5DY2A 3W23A 5FEZA 4LNYA 3ATZA 3NPWA 2BSLA 4O4VA 1QOPA 3G0XA 4UTJA 1KV5A 1XC4A 5D2XA 4HNUA 4IPJA 1KFLA 4MYAA 3C52A 5E0KA 2ZTJA 1YXDA 3LV6A 1EWDA 5DBTA 2J9YA 1LP6A 2VKZG 5D32A 3W85A 3ZR4A 1KM1A 1AL8A 4NXKA 4GUIA 4JTSA 1VS1A 1IXNA 1DV7A 4FX8A 1YTEA 1ADOA 1YXCA 1JRCA 2EPHA 3DKLA 5TQLA 2A85A 2HTMA 3C4UA 3W73A 1DJNA 3UY7A 1VCFA 1ZAJA 1UB3A 1SR9A 2EKCA 3CU2A 4NNCA 3GNDA 1OYCA 3PSWA 4UTWC 3TE9A 2DORA 2Y61A 2VFFA 1WBJA 4O4WA 2A7PA 2CLMA 1KW1A 4POCA 2EHHA 2YPIA 4NNAA 2J27A 2XFWA 3QW3A 3L0GA 5K9CA 4XKYB 1U83A 4X22A 3S6DA 1GOXA 3C2EA 1IXOA 2F84A 2NUXA 2WSRA 2E68A 3INPA 1GYNA 3O6YX 4H6KA 4R7JA 4TIMA 2ZRYA 2PE4A 1HFBA 5I3IA 3CHVA 5LKYA 4FIQA 2J6XA 1YADA 1MZHA 1XDMA 5AOUA 5C6MA 5AYYA 1EEPA 1PV8A 1V7YA 2QR6A 2QJHA 3PBVA 2Q8LA 3NQFA 2DZPA 3NL3A 2FIQA 5BNKA 2PURA 2CZDA 3R13A 3TSMA 3VFLA 3BO9A 3QRHA 3NM3A 2YYUA 2DJXA 1RQHA 2C15A 4WOZA 2V9DA 5DCDA 2PRMA 4N9EA 4UTHA 2YFNA 3TJLA 2CLFA 3W87A 1M7PA 4FIRA 5KSWA 3DXIA 2EGZA 1C9DA 3R89A 3W1MA 2V2HA 1FWSA 1TQXA 3D0CA 4Z08A 3SECA 4NX0A 5C2XA 5CPMA 4FEZA 2E6AA 1FX6A 4CNOA 1WDWA 2TMDA 2Q3OA 1G6CA 1PIIA 1FUYA 2VFGA 2Y6ZA 1RV8A 5LZLA 3F4WA 3C56A 5F4WA 3N2XA 1OK6A 1G4TA 1NSJA 1SZFA 3UXAA 3UD6A 3W2NA 2CW6A 4PC8A 3TMQA 5L6UA 5DXXA 3FJLA 3GXTA 3W22A 2WNZA 1ALDA 5AHLA 1GEQA 1TPH1 4M7SA 1KLZA 2ZCGA 4RKAA 1AMKA 3HQ1A 2OT0A 1B57A 1OVDA 1G7UA 1FXQA 2B7PA 3DFQA 2ZZ6A 2ZZ7A 3NQ2A 4WOQA 3NNTA 4DBEA 1DQWA 2JK2A 4GE8A 3NQ6A 5U7SA 4X9SA 4DXVA 2GQ9A 4K7YA 3TQ0A 5SWUA 4ALDA 4PEKA 1ZAHA 3NM1A 4AF0B 4A2SA 3B8DA 5EA9A 3MYPA 4QIUA 3S42A 5F4SA 1TV5A 1VCVA 3B0UX 3OBKA 3PAJA 4O14A 1THFD 4LTSA 2FPTA 5FF3A 3UWVA 3H55A 3N3MA 5HUPA 4W9TA 1H62A 1EP3A 1DOSA 1IIGA 2XN0A 3A9IA 2QKFA 5FESA 1Q3NA 4MUZA 5H91A 2V8ZA 3N14A 2DJLA 4QJ1A 3LCXA 3EX2A 3GXNA 3EXSA 3NZ1A 1P0KA 3LB0A 4M7TA 1XCFA 3NZRA 3IIXA 3WFAA 3Q58A 1QMLA 3EWUA 4JTLA 3NQAA 3EX6A 4NNBA 4QM1A 4UFMA 2V5BA 5I3FA 3CM4A 2Y88A 1I2PA 1FCVA 4JYDA 1KM0A 1SSDA 2V5LA 3SR7A 3LXAA 1H50A 3M44A 4J9JA 5LHFA 3TQKA 1OF8A 1XUUA 4JTTA 3A21A 1C29A 3MJYA 4LV4A 3P8JA 4JDBA 3UZJA 2VFEA 1SO4A 3EWZA 1XUZA 5K9XA 4HKPA 3FJ6A 2R94A 1WV2A 3LRKA 1H7PA 5D09A 3N73A 1IXPA 1CI1A 1BTMA 2X1TA 3RLUA 1GG0A 5AHEA 1TO3A 2P10A 2VXNA 3HG5A 2V81A 3GK0A 4HSNA 1QO2A 1SUXA 1W56A 5D2YA 4XUGA 1R2TA 3GDRA 1JCYA 1RQEA 2O7SA 4IMGA 2ZZ2A 3N9RA 3ABOA 1FWTA 1M5WA 3G1FA 3PG8A 1Z41A 4H4IA 3VI2A 4HNTA 1O94A 3TC7A 2NX3A 5BMXA 2NV2A 1ICPA 3E02A 4ZQMA 3G8RA 4O10A 2DZXA 3B03A 1KM4A 3EB2A 3O16A 1W5OA 3CB8A 3LCFA 1U5JA 4HPXA 5BW6A 5HJLA 1TREA 3M41A 2WSYA 3W83A 4MOZA 1LM1A 3LV5A 5FEXA 3QQ0A 4JTUA 5E1QA 2A7NA 2OZ0A 4ZQOA 2CLHA 3UWZA 2YXGA 3QMTA 3VCRA 3EKZA 1IGSA 3BW2A 4IXHA 1CX9A 4KFOA 4RCXA 3MI2A 3B0VC 1J2WA 5AHIA 4AVFA 4XTDA 2W79A 5KITA 4FXRA 3PVFA 1H7XA 2J9ZA 5HNRA 1SZGA 3STFA 3MYOA 4N2YA 4R33A 4CNPA 1K7FA 2A4AA 4JX4A 3IEBA 1K8YA 1XI3A 2BTMA 2HS6A 3Q37A 4LS2A 4UNKA 3W3OA 4PL1A 4A2RA 3WJSA 1GZGA 3O1NA 1G4PA 1B4KA 4DEFA 4JY9A 4TU1A 1W1ZA 2E6YA 2HSAA 4LC8A 4Y6GA 5D2WA 1ZFJA 3IGSA 4EVZA 3EWYA 4RK8A 1JCNA 4JICA 1K02A 5DCEA 4Y8FA 1G67A 3W76A 3FOKA 1KA9F 1WA3A 5E93A 3CLMA 2D73A 3LGEA 3W7OA 2C19A 5CPLA 1Q6QA 3MHUA 3IIOA 1UUMA 3TAKA 1JUKA 1F5ZA 3TSBA 3GIYA 3W7CA 4IMEA 1VJIA 2QJIA 1XBZA 4C1KA 3DH7A 4N9DA 3W88A 3L5AA 3TA6A 4EWND 3QW4B 4JR5A 3C6CA 3L5MA 2WNQA 3B04A 4UFIA 3PS7A 3FYPA 1GG1A 2Y63A 1QWGA 5HQEA 3LCHA 5CZSA 3W1QA 2I14A 3JS3A 1TPUA 3N19B 4ZQNA 1H51A 3FS2A 5CZ0A 4KWVA 3L67A 4JTIA 4JYFA 2X1UA 1I8JA 3KOFA 3W7MA 1L6YA 3AO0A 5KZMA 2ISWA 3VE7A 4NZFA 4H3DA 1D3HA 2QCNA 3BG9A 3IIZA 3W1PA 4M6PA 3QMRA 5FEWA 4HT3A 2DZTA 5EYWA 1TMHA 4FX7A 3DHFA 2VEMA 1Q6LA 2A0NA 1H60A 3PBWA 2FPVA 4JDYA 1GVSA 5BMWA 1G4SA 2Z6IA 4HHPA 3QPYA 4O28A 4OBTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2BTMA

Total Genus

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Chain Sequence

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