2BVD | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	276
structure length	276
Chain Sequence	GLKIGAWVGTQPSESAIKSFQELQGRKLDIVHQFINWSTDFSWVRPYADAVYNNGSILMITWEPWEYNTVDIKNGKADAYITRMAQDMKAYGKEIWLRPLHEANGDWYPWAIGYSSRVNTNETYIAAFRHIVDIFRANGATNVKWVFNVNCDNVGNGTSYLGHYPGDNYVDYTSIDGYNWGTTQSWGSQWQSFDQVFSRAYQALASINKPIIIAEFASAEIGGNKARWITEAYNSIRTSYNKVIAAVWFHENKETDWRINSSPEALAAYREAIGAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	How Family 26 Glycoside Hydrolases Orchestrate Catalysis on Different Polysaccharides: Structure and Activity of a Clostridium Thermocellum Lichenase, Ctlic26A. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE H
molecule tags	Hydrolase
source organism	Clostridium thermocellum
total genus	113
structure length	276
sequence length	276
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2005-06-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02156	Glyco_hydro_26	Glycosyl hydrolase family 26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2bvdA00

1E40A 3GNPA 4GO8A 3UG5A 3ZOAA 1EQPA 4UFLA 3VD5A 1XGZA 4J27A 3WELA 1C8QA 5A8OA 1UOKA 4PMYA 5A6LA 1UWSA 4HPHA 3K8LA 4EAMA 3OZOA 5I23A 1JD9A 1DWJM 1E0WA 3CZJA 4D6HA 1QI2A 1DWIM 3WUGA 1W9BM 2J8GA 1NP0A 2YDQA 2YL8A 2BHUA 3VIFA 3UG3A 1CPUA 3WH6A 1CXIA 3TTQA 1GOMA 2A3EA 3ARXA 1KR0A 2VZSA 2CKSA 2UY5A 3QOMA 3F5JA 2HISA 1X6LA 1K9FA 3U57A 2DSVA 4WKHA 4CCEA 5E0FA 2CPUA 3TA9A 1UG6A 3IAQA 1ITCA 3EDKA 4B9YA 2WWCA 1MW2A 1R86A 3N9KA 2PWFA 2WKGA 5A8PA 2VX5A 1VAHA 2XTKA 1W9UA 4NI3A 4E8CA 1JNEA 1QI5A 4OBRA 5AC5A 3VGDA 1AQMA 4IISA 1W3HA 4XB3A 3D3AA 5CPTA 2Y5EA 2ZOXA 5D9MA 5ECUA 3WD2A 5IFPA 3BGAA 3GDBA 3OLIA 1ISXA 2QLYA 1FHLA 4AY1A 4HZ7A 2J7CA 3ARZA 2O9TA 3AMCA 1HJUA 3A47A 5HPCA 1GOWA 2Z1KA 1GCYA 4K68A 4A3HA 1K9TA 3B9EA 4FLRA 1ZU8A 4QFUA 3AQUA 2X2YA 5D9PA 3CHDA 3W6MA 5BRQA 1H4PA 4UQCA 2D0GA 5FOOA 4M80A 1DHKA 3WUBA 4QCEA 2PBOA 3VGEA 2WYSA 3ZR5A 1OD8A 1HKJA 4ZEPA 3DYMA 5IDIA 4W7WA 1E1EA 2EJ1A 2VQUA 1HT6A 3L2LA 4OZOA 2DT0A 1VBRA 3W27A 4W5ZA 1QI0A 1C7SA 2VCCA 4PMDA 4AZCA 1C93A 4XX6A 3NSXA 1XYZA 1JF6A 2FH8A 1WDRA 2D3NA 1E6PA 4HA4A 4U5KA 4DWSB 3WKZA 4Z2GA 2EEXA 2WMIB 1OGBA 1Y7VA 2V38A 2BHZA 4JFVA 7CGTA 2EPLX 4ZXOA 2VT0A 4QLJA 5A94A 5JUVA 5BXTA 2E9LA 3VTRA 2VCAA 3CZKA 2ZUUA 1NARA 1P6WA 4S3JA 1ZBWA 3SCOA 3GXIA 3MANA 4LGXA 1NOUA 1C90A 4JCLA 1MW3A 4H2CA 4DUWA 2FH6A 4ZFMA 3QGVA 4BQ2A 3T08A 2Y24A 4HOZA 2WB5A 2XVLA 3F4VA 4P7QA 3AROA 1WE5A 3FAXA 4J3WA 1M7XA 1BHGA 1PIFA 3U5YA 1V3JA 4UQ9A 3TOPA 3PZMA 3UESA 2J7FA 3FN9A 4IPLA 3F5KA 4L4PA 3WQWA 4W7VA 1OINA 3TTSA 2E40A 1E4MM 3M6DA 1WZMA 1UR2A 5BXPA 1C8YA 3ARRA 5GQBA 5HDRA 3WH8A 1EH9A 3UCQA 1CYGA 1V6UA 1EOKA 3UR8A 1FH8A 2DT3A 3G6MA 2DIEA 3CHFA 1J01A 3L4TA 2X0HA 2VR5A 4PCTA 1WZKA 3ECQA 3VINA 3JUGA 8A3HA 1LJYA 2BY0A 2OWWA 3PHAA 3KL3A 3GH7A 1MFVA 3SEPA 2VVSA 1DWGM 1XCXA 3VGBA 4PTMA 1MW1A 1LF1A 1W3JA 1JDAA 1LL4A 1J18A 1UQYA 3BAXA 1NH6A 1MW0A 1UD3A 2C8NA 2QF8A 3SURA 3SIMA 3U7BA 1YHTA 1EQCA 3AOFA 3ALFA 1GZJA 4WF7A 1KXHA 3ZM8A 3CH9A 1QBBA 1UA3A 1UKOA 3WNLA 4PSRA 1U33A 5AYBA 1QNPA 2CETA 3POHA 3ZSTA 3EDEA 3VDHA 5CGMA 3IANA 3ZJ7A 3PZTA 1W1VA 3LPOA 5HOSA 4JFTA 3QHOA 2V5DA 2JFEX 2PI6A 3WD0A 1B31A 5ABGA 5JBEA 2GVYA 2YLLA 3AXHA 4IUGA 2IXUA 2VX6A 2WHJA 4M8UA 2CNCA 1CXFA 2X8RA 4LX4A 2CERA 1H49A 1LG2A 2YA1A 3AZRA 3EMCA 2EPOA 3GYCA 2DH2A 3MU7A 1QW8A 1JG9A 3AYRA 4HMCA 4CKQA 4AD0A 5AYIA 4CU6A 1E1FA 1BVZA 4TUFA 3PBGA 5BRPA 3K4DA 2QPUA 2E3ZA 1JZ7A 3MV11 3QOKA 4PCSA 1RD6A 1QW9A 3UEQA 1WZAA 3VD4A 1VJSA 1V3HA 1DWHM 1C91A 1VJZA 4AD3A 1E0VA 4AD4A 1UKSA 2IXVA 5IFTA 1OSEA 3MS8A 1VFOA 5A6BD 5DT5A 1OIMA 4PMOA 3WQ8A 1OCQA 1QPKA 2PWEA 1EXPA 4TTUA 3WMCA 2GJPA 3IJ9A 2DEPA 3WFLA 1N82A 3T0DA 2XWDA 1KGXA 1MQRA 1HVXA 4U31A 1A47A 2ZUTA 2CITA 3WBEA 1ODZA 1UD5A 2ZX6A 1CXEA 2GK1A 4URIA 3VNZA 4P7OA 5E6ZA 1KR1A 1OGGA 3VIMA 3WNMA 2BV9A 2D3LA 1MWOA 1M01A 2J7EA 3WNOA 1W9VA 2VQTA 1E6RA 2B31A 1E3ZA 3RM4A 1B9ZA 1NQ6A 1VRXA 1VIWA 5A2AA 5ABEA 1KQZA 4P8VA 3PTMA 2W67A 2WLYA 3AHXA 1ZBVA 1NWUA 3W4RA 2VI0A 2ZXQA 4LYPA 1CGVA 1LLOA 4XZWA 4AZHA 1W1PA 3WL1A 1QOXA 3AJ7A 2YDRA 3BH4A 4RE3A 1WDQA 1NWSA 1Q6CA 2WPGA 4X0VA 5JBFA 4Z2KA 3ARPA 2XIBA 3W29A 2PWDA 4AEFA 3WF1A 1VEOA 3ZT6A 1NOWA 4M1RA 4OKDA 2PB1A 3PZIA 1TR1A 2YA0A 3OLDA 3SCNA 1UKQA 1JD7A 4CD5A 2F8QA 3MUY1 3GNRA 1EDGA 1WPCA 5FKYA 4MB5A 3VDBA 1BVNP 4YPJA 1JAEA 8CGTA 5EFFA 3PZGA 4JZ5A 4MADA 4HU8A 1CEOA 3AIVA 1XSIA 2YIHA 1UZ1A 1PAMA 4ACZA 5C71A 4D6IA 4UFHA 1U2YA 2JALA 4D1JA 4D6DA 4V28A 5E09A 2Y2WA 3OBAA 5A95A 1JYVA 4Z2JA 2CBJA 4AZGA 1JYWA 2YL5A 4TVCA 1US3A 3EMZA 2BFGA 4BQ5A 1XH2A 3O9NA 1ISWA 3VIOA 4J3TA 4AZ7A 1JZ3A 3BC9A 1U30A 3OIHA 3LPPA 5JBDA 4AZCB 1KB3A 2XVNA 3T09A 1TVNA 4JFUA 1EIBA 1HKKA 2PC8A 4GQQA 4P7NA 5E0CA 2WMHA 1MQQA 1X1NA 2WANA 2V3EA 4U5IA 1WDSA 1FFRA 3WMBA 1OIFA 1UD6A 2VCBA 5LA1A 3QR3A 4L4OA 1I75A 3AYSA 2WK2A 3CBWA 4H8UA 1EOMA 4D71A 1JZ5A 1XRVA 2WMKA 5FL1A 1CGTA 1UD8A 1E4IA 2J78A 4XV0A 3WQ5A 3LMYA 2D1ZA 4NZCA 2XGIA 4WIWA 2OWXA 2EPMX 2GJRA 1US2A 4PUEA 1MFUA 2NT1A 4JL1A 1OM0A 1E5NA 3AFBA 1C8XA 2W63A 4NRSA 1V08A 2C7FA 3IJ8A 4HMEA 2OYKA 4MPKA 1VENA 2JF6A 3AZTA 2JEPA 3POCA 5HNNA 2ZUSA 2G3JA 3AI0A 2PF0A 4H7VA 3CUHA 4C7DA 1O7AA 2A3CA 4OOUA 4C7GA 2YL9A 2J77A 3O6AA 2ZUVA 3N12A 3CUJA 2J7GA 5JIWA 2W61A 1E9LA 1IZJA 4PSPA 2J4GA 4W7UA 4UFKA 1V0LA 3M7SA 1BYCA 1BGAA 5I0DA 4DUVA 4MAZA 2ZWYA 3PZOA 2X1IA 4W88A 5E70A 4CUCA 2BXZA 1ISZA 4JHZA 2WM0A 4W86A 1JL8A 2VUYA 3VIGA 2PBGA 1V0MA 2WCSA 3NIYA 4W8BA 1IV8A 1R7AA 4PTXA 4UOJA 1JXKA 1KWGA 2E8YA 2VRKA 1D2KA 2WC7A 1V02A 3NSNA 3AIQA 3ARTA 5DMYA 2BVTA 3WEOA 2MANA 2OSWA 1SYTA 4P7RA 1UR4A 4KMQA 5FIPA 3VU2A 2XIIA 2BVDA 1WDPA 3WL0A 3THCA 1B3ZA 2A3AA 1BPLB 1ISVA 5EFDA 2C0HA 4AD1A 5I2UA 3AHYA 3A3HA 2Z1SA 1GQLA 4BS0A 1GQKA 1W3LA 4J7RA 3L4XA 5I6SA 1E15A 1S46A 5ABFB 1DWFM 1JZ8A 5A69A 1KBKA 4HP5A 3GBEA 4UOQA 4YHEA 2FHCA 2QMJA 1XH0A 1XHGA 1VBUA 3AIUA 1LG1A 3E1F1 5IHRA 4V27A 1UKPA 1J0ZA 1B90A 1H11A 4PBGA 3EDDA 3ARSA 3BXWA 1WZLA 2BY2A 4W5UA 5CPSA 1MVYA 1UWQA 1ECEA 2CBUA 4ZENA 1C7TA 1RP9A 1G9HA 2WZEA 1JXJA 1B1YA 1HJWA 5CLWA 1MYRA 5A3HA 4MAVA 4CD4A 3FXYA 5CXPA 1TZ7A 3GXDA 5HXMA 3SUWA 2VVNA 3W82A 2WVTA 2EPKX 1CXKA 2W92A 5I5RA 1E56A 2XYLA 3MUIA 4GXPA 4LXFA 4P8UA 4UQAA 4ZE4A 1C92A 1KQYA 4EE9A 3GM8A 1HJVA 4DM1A 1FP9A 4MB1A 3DYOA 1G1YA 3CZEA 2DSZA 2BHYA 1HL9A 5GNZA 3BAKA 4U33A 1QNQA 2E9MA 3AS2A 3W6LA 1UYQA 4MNMA 1VFFA 4QDMA 1GOKA 1QNRA 3BMWA 2GK1B 1NWTA 2XHYA 1UR1A 1XD1A 4UQEA 4DWSC 3NCOA 5A2CA 5GNYA 2D23A 2BY3A 1EHAA 1JGIA 3RJYA 1LL7A 3HJEA 3N18A 3KZSA 3VMPA 4BA0A 3N1AA 3WUFA 1EO5A 1H0IA 2DDXA 4GIAA 4TVDA 1B2YA 4MDPA 4KWUA 2OWCA 1R87A 4PMZA 4M29A 3PZ9A 3W38A 5LYRA 5CLTA 1V6XA 1OT1A 2YBTA 2X05A 3L4ZA 3CZLA 4OBSA 1VFMA 3BAIA 4E2OA 5CGTA 1E6QM 2WW5A 4J3VA 1JDDA 2D0FA 1BYBA 5CG0A 4WLCA 2ZUNA 2XPKA 1UR8A 4MDOA 2JIEA 2VNCA 3AMLA 3HN3A 4ACYA 3WD1A 1XYFA 2W5FA 3W25A 2V5CA 1W9DM 1GNXA 3KL5A 1GJUA 2XFYA 3RCNA 2J62A 3MSGA 4GZJA 4AIEA 4M56A 1CDGA 3N13A 1FOBA 2CIPA 5A1AA 3ZIZA 5I79A 4S3KA 4EANA 1LL6A 1QVBA 3AS0A 2Y4SA 2CCRA 2W91A 1OB0A 5BXSA 1TA3A 1E73M 1Q6EA 3KEHA 3AHVA 3AMKA 5LA2A 4P8WA 3SUTA 2O9RA 2TAAA 2VURA 3VDCA 4DM2A 1FFQA 3ARVA 1D3CA 1XC6A 2XFFA 1J12A 1R7OA 1G94A 1SR0A 3GXMA 4ACZB 4OOZA 3VD7A 1CTNA 1XH1A 1TG7A 4M82A 3B9AA 3VMOA 4U2ZA 2WMGA 5ABFA 3T2OA 2GJXB 5CPQA 2VO5A 2J7HA 1NOFA 2Y8KA 5A6JA 4CD6A 2NSXA 2XJ7A 1CBGA 2ZE0A 4W8AA 4CU7A 2ZX8A 4UTFA 3WD3A 3APGA 1JFXA 3VMNA 4CN1A 2VRQA 3AS3A 2A3BA 4JFWA 4MJ2A 1GVYA 1IZKA 1QHOA 1B3YA 1WKYA 2ZXDA 4BCEA 3DHPA 1Q6DA 3MV01 1R85A 2XVPA 3WF2A 4AZ5A 1UH4A 1UR9A 5E6YA 3VKKA 1CGYA 2OSYA 4B15A 4P7LA 3GXFA 4FLSA 3CLWA 2XSAA 3VO0A 7TAAA 3UG4A 1Q6FA 2YLAA 2ZXBA 3VVGA 5A8QA 1UR0A 5D4YA 4W93A 3OLGA 1EGZA 5DF0A 4BF7A 2BVYA 2DSUA 1KXQA 1ZJAA 2V3DA 3W24A 3VGFA 4CN6A 4MB3A 1J0JA 3EBVA 1E4NA 3CIVA 3VPLA 2D22A 4H8VA 4AD2A 3VGHA 1B30A 2XM2A 1KXVA 2JEQA 5M3WA 1W3KA 1UH3A 2WHKA 3WSUA 4D6GA 1NWRA 1G01A 3SCUA 1J0HA 4R27A 3TTOA 4MNLA 2VZUA 2YDSA 1PX3A 2YL6A 3U7VA 3RO8A 5DFAA 3ZMRA 3SUSA 5KEZA 1E3XA 1KGWA 1ZJBA 4HA3A 3QHMA 1FH7A 1BTCA 2RGLA 3A4XA 3RILA 4AZBA 1GHSA 3NJ3A 4TVUA 1JI1A 5I24A 1AQHA 3TTYA 4B3KA 3CHEA 1DTUA 3VOCA 2UWFA 4GPNA 3WDQA 4ML4A 2VJXA 3GTNA 4JKLA 1F4HA 2PWGA 1UD4A 1WCGA 1Z32X 2YKKA 1I1XA 1V3MA 2J79A 3L4WA 3N15A 4HTYA 1M04A 2EBNA 1MQPA 1V02E 1QI4A 5D9NA 5A2BA 4KRTA 2DT1A 1GOIA 2JIWA 1GPFA 2AOSA 5EMYA 3M46A 1JYXA 2ZX5A 4ZXLA 4PMRA 3DC0A 1UZ4A 2XWEA 2D0HA 2YJQA 1H1NA 2QPSA 3K8KA 3VGGA 1TMQA 4PTVA 3FNDA 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3MUAA 2OYLA 2DQXA 2WC3A 3KE0A 3SCTA 5A6BA 3VM7A 3MUZ1 3VM5A 4BQ4A 1BGGA 2ZWZA 4LPCA 1JYNA 1QBAA 4AMCA 3K46A 3RM8A 2VR4A 2VZVA 1HP4A 4X0NA 2WMJA 1H2JA 2DPEA 1SMDA 5AC4A 1UD2A 1OGSA 1WO2A 1GQIA 1CGWA 4TX8A 3WDRA 3CO4A 3CTTA 1ZBCA 3WEMA 1ZBKA 2XUCA 2WVVA 1EA9C 3UERA 4PUDA 4CVUA 4U3AA 3I3BA 4GZEA 3AIWA 2JE8A 4R5EA 3OLEA 1W32A 1JFHA 5LA0A 2V3FA 3N11A 4LYQA 4CD8A 1XSKA 1PX4A 1W1TA 4QLLA 9CGTA 4PYSA 3CZGA 1EO7A 4WSKA 3NDZA 2YBUA 2CKRA 1RH9A 4HU0A 3ARWA 1PIGA 3FW6A 4UQBA 4KGLA 4LYRA 2UY4A 5CZKA 3ARQA 4AD5A 1JF5A 2VX4A 3MKKA 4D1IA 3WEZA 1TA3B 1KFWA 4A4AA 1CLVA 2E9BA 3WBAA 1M53A 1PJ9A 4PMNA 4MJ4A 3RPMA 4FLQA 1WP6A 2CHOA 4HZ6A 4KH2A 3LPGA 3WH7A 3ZJ8A 1B3XA 1R8LA 4J3SA 2DIJA 4N42A 3FHAA 1FP8A 1UH2A 4TXEA 1E6NA 3A4AA 5I3DA 1BAGA 2NT0A 5CSYA 1UKTA 3SCQA 4CGTA 2WAGA 5D8WA 2EQDA 5A6KA 3BAYA 4Q22A 2J47A 1W2PA 1KXTA 2ZIDA 3CUFA 4RL3A 3WDJA 3MO4A 3A6OA 2UY2A 5CJ5A 5DT7A 1HKMA 1D7FA 1G0CA 1KBBA 3T2QA 3B8SA 3N17A 1HP5A 1ITXA 1HIZA 2WC4A 4A3YA 3LPFA 4XZBA 2NW0A 1H3GA 2FHBA 4MNJA 1UHVA 3BSHA 4FMVA 3RJXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2BVDA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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