2BVD | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	276
structure length	276
Chain Sequence	GLKIGAWVGTQPSESAIKSFQELQGRKLDIVHQFINWSTDFSWVRPYADAVYNNGSILMITWEPWEYNTVDIKNGKADAYITRMAQDMKAYGKEIWLRPLHEANGDWYPWAIGYSSRVNTNETYIAAFRHIVDIFRANGATNVKWVFNVNCDNVGNGTSYLGHYPGDNYVDYTSIDGYNWGTTQSWGSQWQSFDQVFSRAYQALASINKPIIIAEFASAEIGGNKARWITEAYNSIRTSYNKVIAAVWFHENKETDWRINSSPEALAAYREAIGAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	How Family 26 Glycoside Hydrolases Orchestrate Catalysis on Different Polysaccharides: Structure and Activity of a Clostridium Thermocellum Lichenase, Ctlic26A. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE H
molecule tags	Hydrolase
source organism	Clostridium thermocellum
total genus	113
structure length	276
sequence length	276
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2005-06-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02156	Glyco_hydro_26	Glycosyl hydrolase family 26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2bvdA00

2VZOA 3ZMRA 2J77A 2EJ1A 1H1NA 4YN5A 5D4YA 2OWCA 4UOQA 3VIHA 3VIOA 1UR1A 3VPLA 5BROA 3UERA 3BGAA 1NWSA 2D22A 2O92A 3CMGA 1PIGA 4HZ6A 3FAXA 2VL4A 1V08A 2CCRA 2WWCA 2Z1SA 1GOQA 1H4PA 4AYSA 1MYRA 3AHZA 3WNKA 4CU6A 4AW7A 1WZKA 4R27A 3GYCA 3AIRA 2B31A 2BV9A 4RE3A 3M46A 1BVNP 3WSUA 1Y7VA 3L4ZA 5I77A 1V3KA 3GNPA 1JG9A 4TX8A 4XB3A 3RCNA 1JYWA 1E43A 4FLSA 3PZGA 2JF6A 4PTWA 2F61A 1JXJA 4E8CA 3MS8A 1CXEA 3F5LA 5A6LA 2PB1A 1FHLA 1QW8A 2J7EA 3RO8A 1HNYA 2WB5A 3VGFA 2J75A 2XIBA 3DHPA 1K6AA 2QV4A 1G9HA 2PWDA 3BAIA 1WDPA 4PSRA 2FDMA 3AISA 3CUJA 1BGAA 4D72A 3T2PA 1UWIA 1ISWA 1JZ5A 3ZOAA 3VIJA 4TTUA 3F5KA 3EMZA 3K8LA 1JDDA 4KRUA 4HMCA 3POHA 1PX4A 1JAKA 4GO8A 4J3UA 3W0KA 3KE0A 5EB8A 5GNYA 2YBUA 2WMIB 4L4OA 3DYPA 3OLEA 2GK1B 1K9TA 1OSEA 3BCDA 1HJUA 1CEOA 5DMYA 5LYRA 3T0BA 1QNSA 5A6SA 2Q8XA 1HX0A 2W63A 1ISYA 4JKKA 5AY7A 4J7RA 1O7AA 2J79A 2J8FA 3OGRA 1NM9A 2E9MA 1G01A 1M53A 1W9BM 3CUFA 3WNOA 1P6WA 3MMWA 1H11A 2WWDA 4FF5A 4W88A 2CHNA 2EPNA 3B9EA 3AIVA 4KRTA 3HMCA 2AOSA 1YQ2A 1CECA 2YBTA 4AY1A 4GO9A 5A2CA 4P8WA 3ZJ7A 1V03A 5HPCA 3OBAA 1HVXA 1GHSA 2VZVA 1VRXA 2CXGA 3BLKA 3OLDA 3VD3A 1EQPA 1JZ7A 1E3XA 2Y24A 1GORA 4U5KA 1TR1A 3QHOA 5CGMA 5HBFA 5BRPA 3KWXA 3ZO9A 5GQBA 4CKQA 2BHZA 2YDQA 2QLYA 3WDRA 3B9DA 1R7OA 3SURA 2WZHA 4LXFA 1BG9A 4CUCA 3TP4A 1E15A 3CZLA 3CHDA 2VO5A 3L4XA 2ZX5A 1TG7A 2D24A 1PX8A 1CLXA 5A8QA 3GZAA 1XYFA 1H09A 1K9FA 1CYGA 1UD5A 5KZ6A 3ARSA 1WE5A 2EBNA 2XIIA 1R86A 2WBGA 5EBAA 3AYSA 4LYQA 2VX7A 1WZMA 1AMYA 1XD1A 5E0CA 4MB3A 1WP6A 1PX3A 1BSIA 2GDVA 1MXDA 3LPPA 3GBDA 2WANA 5DEZA 3NCOA 4CD5A 3WF3A 4MNJA 1XHGA 5GPRA 2VZUA 4PMRA 1UA3A 1E6RA 1EOMA 3W4RA 4PCTA 4HZ7A 4F9DA 3SCVA 4N42A 1I1WA 3ARTA 5CZKA 4JKMA 2DT3A 2F2HA 4OBSA 2JF7A 1UOKA 4KGLA 2VJXA 2WC3A 4NRSA 4DUXA 3SIMA 3N12A 4GZEA 5ECUA 2CHOA 1J9YA 3ZM8A 1GHRA 4A3YA 3WH6A 1RD6A 3VO0A 5A2AA 3ZT7A 4UR9A 3THDA 2WNWA 3WMBA 4UZSA 1XSIA 3WQ5A 1ODZA 5A95A 3M6DA 1CBGA 3WNMA 3W28A 4UQDA 1JYNA 1KXVA 1KCLA 1SMAA 3APGA 5BRQA 1A3HA 4XUYA 4AIOA 1JYVA 3IJ8A 1E72M 3LPOA 4FLQA 3WMCA 4AIEA 2OSYA 1D3CA 1VFFA 3ARPA 2E9LA 1UQZA 2VCAA 3NIYA 2DSKA 1EO7A 2WMHA 3AICA 2XVLA 5A94A 1E71M 4CN4A 1E1EA 1JAEA 3DYMA 3VIFA 2BY1A 2O9OA 1X1NA 3W37A 4C7DA 1UD2A 3WH8A 3DHUA 4XX6A 2JALA 1Q6GA 2VC9A 4D6FA 2D0GA 1H41A 2VT0A 4W87A 2EPOA 4AISA 1XD0A 3SCUA 3VIKA 2NT1A 1XGZA 4NZCA 3WUGA 3ARQA 1BTCA 2HISA 3AZTA 3EDDA 1J10A 3ZJ6A 3MUIA 4CCEA 4UFLA 2WCSA 2ZICA 3CZGA 2CITA 4PMUA 1KWKA 1OT1A 3G6MA 1E6SM 4W5ZA 3OLIA 1QHZA 3AHTA 3N13A 3MV01 4FLOA 2YLAA 3U5UA 1JGIA 4IPLA 2YL8A 3U5YA 3AZRA 3PZTA 4J3VA 1V0MA 2G41A 2X09A 2YDRA 2DSVA 2XGBA 3WUEA 1CXLA 4GKLA 2W67A 2ZX8A 2J4GA 4LGXA 4XZBA 1M04A 3WY1A 4JIEA 5E9AA 3AIQA 2Y2WA 3MV11 5CGTA 3A3HA 4QLKA 2YDSA 4MNMA 4PMOA 1UKSA 4M81A 5TD4A 1ESWA 4M8UA 1EGZA 4HU0A 4D6EA 3VD7A 3AHYA 1NH6A 3VOCA 4NI3A 2FH6A 1JD7A 1DWAM 1E4MM 1HF6A 1F4HA 2CERA 2DH3A 5I6SA 4GINA 5CLTA 4PYSA 5I0DA 3A4WA 1LG2A 4W7UA 1R7AA 1XCXA 3VMNA 5M03A 4D6DA 4M29A 3ZJ8A 2VVSA 4V28A 4HU8A 3WBEA 1BQCA 1UWUA 1BGGA 2DH2A 1JI2A 1OIFA 4B16A 3GH5A 1BLIA 4AWEA 4QDMA 1WKYA 3BLPX 1HJVA 1CXHA 1VEOA 2WVSA 3ARUA 3L4WA 4PEEA 3W6LA 5I3DA 4P8XA 1B3WA 3VIMA 4CU7A 3QOMA 3KEHA 4NSBA 5D9OA 1WDQA 1NWRA 2ZUVA 2ZWYA 2G3IA 1A47A 1CXIA 1V3LA 5A6JA 1HIZA 3WQWA 3BH4A 4PSPA 5DT7A 4MJ2A 1DWFM 1LWJA 4PMYA 5BXPA 5F7UA 2WBKA 3CH9A 1VENA 3PZQA 5CSUA 2V3FA 3CUIA 3UETA 4GXPA 4UZUA 1KFWA 1ZBVA 3UESA 3M07A 4KGJA 4ML4A 3T0AA 3AMCA 1XSKA 1I75A 3K8MA 4JFWA 1ECEA 2AMGA 3SUVA 3VM5A 1US2A 3VIPA 2D2OA 3KL5A 4OUEA 3AMLA 2E4TA 1E4IA 2G3JA 2OLHA 4QP0A 2JIEA 1W2VA 1BYAA 3BAWA 5ABFA 1B3VA 1DEDA 1XSJA 3CBWA 4AEEA 5CJ5A 3OZOA 4YHGA 5AC5A 1E6PA 3VDHA 2JIWA 4J3XA 2PF0A 1B3XA 4D1IA 3L2LA 2BY3A 4P7NA 4PMQA 1BFNA 3SCOA 2WVVA 1V6YA 3CZEA 2E8ZA 2ZX6A 3VUPA 3PTKA 2OWWA 1W2PA 1FH8A 1V6XA 3GNOA 2VRQA 2J25A 4H41A 4CCCA 1D7FA 2XYLA 1J01A 1US3A 1LJYA 2C0HA 2WM0A 3A6OA 2QPUA 1ZBWA 1GZJA 3S2CA 3WUFA 2GFTA 1OGSA 1FFQA 1VFUA 2HVMA 1WDRA 1XCWA 1CNVA 1UD8A 3RJYA 1HJQA 4J3SA 1W9DM 1SFSA 5LA0A 2XVNA 4J27A 5IHRA 4D71A 1FH9A 1PJ9A 1UG6A 4CD4A 3UR7A 2FHCA 3WQ6A 1VFOA 4MDOA 1GQIA 1MW2A 3WD4A 5BYWA 1JYXA 2VX4A 3AZSA 2XVGA 2G3MA 1KXHA 4AZIA 3W82A 2BXYA 4LQ1A 1PZ2A 1WZLA 4AD5A 3BC9A 3L4VA 5C8BB 1UUQA 1L0PA 3NSXA 1E73M 2FGZA 3FXYA 1NWTA 2Y5EA 2ZXDA 3POCA 1J0KA 4HPHA 3I3EA 2DT0A 4JAWA 2WKLA 3AJ7A 2VCBA 3A4XA 4PUEA 3BCFA 2EQDA 3I3BA 1MVYA 1RH9A 1RP8A 2IXUA 3VIGA 2XG9A 4BQ5A 1UD3A 4HOZA 2WYSA 2BY0A 1GNXA 2ZUNA 4AD3A 5CQ1A 3AHXA 3MUAA 4U3CA 3MANA 2GVYA 2X0YA 1OIMA 4JL2A 1HVQA 1XH2A 2GJPA 5EFFA 3WNPA 1E4LA 4HP5A 3ECQA 3FHAA 4OZOA 1B9ZA 2ESCA 3RJXA 2VMFA 1NARA 2PC8A 3FY1A 1NP2A 2VX5A 4Z2HA 5FCZA 2GJXA 2A3HA 1JF6A 1HL9A 4D6GA 4IISA 1TA3A 1GOOA 1UWSA 1FHDA 2PWGA 1CZ1A 4QAWA 3U57A 1BYDA 1KGUA 1GVIA 4LYPA 3B9AA 1LQ0A 1UWRA 1YHTA 4GPNA 4WK9A 6A3HA 3K4DA 3ZSTA 1B30A 2EXOA 3PZMA 5D9NA 5HDRA 4HMEA 1MFUA 2JE8A 4W5UA 5IFTA 1MXGA 1PBGA 3WL1A 2BXZA 1JZ4A 2TAAA 1UH4A 2WC4A 3VDAA 3F5JA 1LL7A 6CGTA 4P8UA 4PRWA 4K68A 3AMDA 3WDHA 4OOUA 4W93A 4MJ4A 5JBFA 2XM1A 1C90A 1CGXA 1HN1A 4TUFA 2EPLX 1Z32X 4Y7EA 1UD6A 2XSAA 1Q6FA 1HKIA 3TTYA 2CBUA 1UR8A 1N82A 4MAVA 1R8LA 1GOWA 5A6AA 4ATDA 4PN2A 2BHUA 3VGDA 2DIJA 1UKOA 1TMQA 3ARVA 1CGTA 3N18A 4Z2JA 4Z2GA 3VX1A 4ZENA 3BMWA 3W24A 3WDPP 3PZIA 4Z2KA 4JFSA 3BAKA 8CGTA 1W9PA 2ZOXA 2WKGA 4ATLA 3U7VA 1R85A 3RM4A 2XPKA 3VDCA 3VIIA 5JIWA 1CGWA 1JZ8A 2WHJA 3WF2A 1FP9A 2D23A 4PCSA 4U3AA 5A6KA 1L8NA 3T08A 3ZT6A 4J28A 1HJWA 1QNPA 5HOSA 1MQPA 1WNOA 4YPJA 2D20A 3KZSA 3K1DA 3WH9A 1VB9A 1M01A 2EEXA 1KGXA 2UWFA 2VR5A 4D1JA 3CZKA 1FP8A 3N17A 2D0HA 3SCSA 2WPGA 1TVPA 5C70A 2F8QA 4AXNA 2BHYA 4D6CA 2WK2A 3OA5A 4M1RA 4RE2A 3AS1A 4E4PA 3WN6A 2XTKA 3FW6A 3KL3A 2GJXB 5E6YA 3UCQA 1TA3B 2RGLA 5BWFA 2C8NA 1GONA 3OIHA 3CHFA 1B2YA 2VNCA 3SUUA 2YKKA 4MTVA 1CGYA 1ZBKA 4BQ3A 2PWHA 3IANA 2J78A 2WAGA 5GNXA 4JFUA 4BA0A 3GM8A 4EAMA 1KB3A 1NWUA 2WLYA 2XFFA 4RE4A 3PZOA 1LLOA 5BXTA 4TOQA 2V5DA 1V6WA 4HOWA 1V02E 4PMZA 3WELA 3MSDA 3OZPA 4F9JA 3VD4A 1TFVA 2EPKX 4EANA 2BS9A 1KBKA 4W8AA 3WFZA 1W9VA 1BYCA 4H04A 5LA2A 4P8VA 1QI2A 5AC4A 2Y8KA 2G8ZA 3NDYA 1B3YA 1H3GA 3E1F1 4W89A 3SCRA 1K9EA 3OLGA 4GZJA 2YL5A 4AZHA 4GZIA 2QMJA 3W26A 4MNLA 2WMFA 4U2YA 4ZE5A 3PBGA 3EDKA 1OGGA 2XUCA 5DF0A 5D8WA 4UFHA 3PZNA 2YA2A 7TAAA 1MQQA 2QPSA 5IHSA 3ARXA 2QMKA 4ACZA 2WMGA 4CD8A 2DSZA 1GW1A 3WQVA 1Q6DA 1SR0A 3AYRA 3AHVA 4HMDA 1HL8A 3CO4A 3GXFA 4DM2A 5HXMA 2XM2A 4TTGA 1S46A 4X0NA 5CG0A 1UYQA 4H7VA 1GCYA 5BXSA 2XFRA 3LMYA 1ITXA 2XGIA 4W7WA 3IJ7A 1UKPA 2A3CA 5E6ZA 5CPQA 3AIUA 3VU2A 1C91A 4IPNB 2MANA 1VJZA 1BVZA 1CPUA 3VINA 3MU7A 3ZR6A 1NQ6A 4X0VA 3HU7A 2E40A 1SYTA 3LPGA 1UD4A 2YL9A 2YA1A 3WDJA 4PTMA 1WAWA 1XV8A 1DWJM 4DWSD 4DWSA 4F8XA 2O9PA 4PTXA 1CGVA 4W86A 1UHVA 1O6IA 1V6VA 4BF7A 3WH5A 1G94A 1E0XA 1JNEA 3GXMA 3GTNA 4FK9A 6TAAA 4W7VA 1LF1A 8A3HA 1JFXA 1B0IA 4OIFA 2G4FA 4R5EA 2PBOA 1H5VA 1CTNA 1JXKA 3ZT5A 3OGSA 5FL1A 1JF5A 4UCFA 3MKKA 1VEMA 2WMKA 2PBGA 4WSKA 1JDAA 2BVDA 1QNRA 4JL1A 2WCGA 5EFDA 3WH7A 4KWUA 1QI4A 1W1TA 2UY3A 5JIPA 3QGVA 1ZJAA 4JFTA 1KXQA 1EHNA 2E0PA 5A8PA 2NSXA 3TTSA 3WEZA 3ZSSA 1GQLA 3ZJKA 3RM9A 3CHEA 3PN8A 4JZ5A 4WIWA 1HP5A 2J7CA 3T2OA 2JEQA 1B3ZA 2YA0A 1J0JA 4PBGA 4AMCA 3WL0A 2XVKA 2WLZA 3GH7A 4J3TA 2DGAA 4QCFA 4ACZB 3WDQA 2ZIDA 1OINA 4BZYA 1C8YA 2QHAA 2V3GA 1GPFA 4XZWA 5AYBA 2CBVA 1E6ZA 4PMVA 4MPKA 4EK7A 2WSPA 1EQCA 1MW1A 3VGGA 1BG4A 3N15A 1UZ1A 2VCCA 4OBRA 2CIPA 2ZXAA 4GIAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2BVDA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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