2BVD | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	276
structure length	276
Chain Sequence	GLKIGAWVGTQPSESAIKSFQELQGRKLDIVHQFINWSTDFSWVRPYADAVYNNGSILMITWEPWEYNTVDIKNGKADAYITRMAQDMKAYGKEIWLRPLHEANGDWYPWAIGYSSRVNTNETYIAAFRHIVDIFRANGATNVKWVFNVNCDNVGNGTSYLGHYPGDNYVDYTSIDGYNWGTTQSWGSQWQSFDQVFSRAYQALASINKPIIIAEFASAEIGGNKARWITEAYNSIRTSYNKVIAAVWFHENKETDWRINSSPEALAAYREAIGAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	How Family 26 Glycoside Hydrolases Orchestrate Catalysis on Different Polysaccharides: Structure and Activity of a Clostridium Thermocellum Lichenase, Ctlic26A. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE H
molecule tags	Hydrolase
source organism	Clostridium thermocellum
total genus	113
structure length	276
sequence length	276
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2005-06-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02156	Glyco_hydro_26	Glycosyl hydrolase family 26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2bvdA00

4PMUA 1BSIA 1JDAA 4DWSC 2VRKA 4TXEA 3VDCA 1JI1A 1A3HA 3W53A 2XFYA 4FMVA 5E0CA 3AIEA 3WUFA 3WH8A 4MB4A 3WBEA 2VTFA 1H1NA 1XGZA 2O9TA 2XSBA 1W9BM 5BYWA 5CQ1A 1R8LA 3BSGA 2GDVA 1NWUA 1J12A 2CCRA 3SIMA 4HA4A 4ZEPA 7TAAA 5ECUA 5DT7A 3PZOA 1UH3A 1FP8A 2WKLA 2AAAA 2G3IA 3FAXA 4EKJA 1E5JA 1VBUA 2CESA 1CWYA 4H04A 1LF1A 1JFHA 5E70A 1BPLB 2D23A 2F61A 1B2YA 3UG3A 4CCEA 1CZ1A 2J62A 3GBEA 3RJYA 2FGLA 4M56A 3CTTA 1W9DM 3IJ7A 4PEEA 3F5LA 1CGXA 1UR4A 2XFFA 2XWEA 1CYGA 3WL1A 2V3GA 5D4YA 3ZR5A 3B9EA 3MKKA 4AZ5A 2W66A 4U5IA 4M24A 2OYKA 1BYDA 1RPKA 3FXYA 1E1FA 2XFRA 1ZBCA 1MQQA 4LGXA 3ZMRA 4J3SA 3RCNA 3I3DA 3WN6A 5IHSA 5CZKA 1WO2A 2XVGA 1UQYA 4PTXA 2BHYA 4FK9A 1EDTA 4UZUA 1TMQA 5A2BA 1HKMA 5EMYA 3UCQA 4XZWA 4AD4A 4PSPA 1D3CA 5FOOA 2EPKX 4W84A 4D6FA 1J11A 3N13A 2YA1A 1JYVA 1ITCA 3CZKA 2ZX7A 4Z2IA 4QLLA 2XPKA 3POHA 2YKKA 1UH2A 4AZGA 1QI5A 1DTUA 5IXEA 4CCCA 5A2CA 3AQUA 3AIRA 5CGTA 1QI2A 4JIEA 4J28A 1W1YA 1US3A 4FLRA 5JUVA 2JIEA 1H09A 4LX4A 1GUVA 3WUEA 3NCOA 1MQPA 2XIBA 1GNXA 1C7TA 1OGBA 4M29A 1JFXA 1CGTA 2JALA 2A3EA 1W2PA 3WH7A 3W24A 4W7WA 4B16A 4Z2HA 4ACZA 4JFWA 1GOKA 3NJ3A 3VD4A 2JEPA 2DDXA 3DHPA 4W85A 3SEPA 1V02E 2YDRA 4D6HA 1UKQA 4GO8A 2X8RA 4CVWA 5A8NA 1ITXA 2EJ1A 2CITA 3ARTA 3THCA 2XM2A 5JBFA 4DUVA 5D9NA 5E6YA 4KH2A 3WD3A 3CMGA 3ZR6A 2J7FA 1UWUA 1QW8A 1JZ2A 3BAXA 2J4GA 3BLKA 1E3XA 1BVZA 5BWFA 2XGBA 4ATDA 4W8BA 4JZ5A 1PJ9A 4JCMA 4MDPA 3W81A 4AIUA 1LL7A 1H49A 4CU8A 2X0HA 4W5UA 1CGYA 2ZXQA 4JHOA 5GNYA 1UWQA 1WE5A 3VGEA 2JFEX 2WKGA 2AMGA 1V3KA 3ZSTA 4PMZA 1XHGA 1GPFA 1HVXA 3NYDA 1H41A 3CHFA 1BGAA 5BROA 3QR3A 2XTKA 5HXMA 1QNSA 1L0PA 5EBAA 2J75A 3CUFA 5A6AA 4PCTA 1QI0A 1H11A 1HJWA 3OB8A 4CN1A 3LMYA 3MMWA 4MAVA 4PMNA 4OKDA 1XD0A 4CU6A 4UQBA 4MJ4A 4IISA 3WDHA 2WMIB 1HP4A 4X0NA 3UESA 1OINA 3I3EA 1CXEA 2J77A 2PWEA 1GHRA 1H4PA 4D1JA 4W8AA 5I6SA 1TUXA 1PIGA 3AS3A 1BTCA 1OT1A 2UY3A 4ZE5A 1HXJA 5BXPA 3BAWA 4BA0A 1B3ZA 1BGGA 1QNRA 4WK9A 1UR1A 4CCDA 4AD3A 3AHTA 1RP8A 3GM8A 1GVYA 4ACYA 4DUXA 4P8WA 2VZSA 3AMKA 4PBGA 2NW0A 4HMDA 3WY1A 4H41A 1UKOA 1VAHA 4A3HA 2G41A 3KE0A 3G6MA 1FH9A 4LQ1A 3PBGA 3BAIA 4W5ZA 3WD0A 3TTOA 2VUYA 2B31A 3FY1A 1UHVA 4PRWA 2JF6A 4CD5A 4GIAA 2V5DA 1UWSA 1XSKA 3A4AA 3AYRA 1FH7A 1TZ7A 1FFQA 1XSIA 2V38A 2ZX9A 1DWJM 3WD1A 2VCBA 3KZSA 4W86A 4UQ9A 1LLOA 1UD5A 2EEXA 1GONA 2C0HA 2OLHA 2VX5A 3PZGA 1QBAA 3SUTA 3KL3A 2GDUA 2G4FA 1HVQA 4E2OA 2DGAA 4AZIA 4GZJA 4XZBA 1OCQA 3SCPA 2DSVA 3ARUA 3ZO9A 4PMOA 1HKKA 1HJQA 1V0MA 3VIJA 1H0GA 3AYSA 5GQBA 4MB3A 4PMXA 2VX7A 1E9LA 2WB5A 4X9YA 1VJSA 3VDHA 3T2QA 3WF4A 3ZOAA 1M7XA 1VEMA 1XH2A 2GVYA 1BQCA 1GOIA 2PWGA 2OYMA 2ZUUA 3MSGA 3UEQA 1TR1A 3GH4A 3AS2A 1LL6A 4UFKA 4H8VA 1PPIA 1NWSA 3GBDA 5TD4A 2WK2A 3VD3A 1JYXA 4URIA 2E8YA 5JBEA 2JIWA 1ZJAA 2VL4A 1C8XA 1VENA 2X09A 2CKSA 2IXVA 1GCYA 1NM9A 1JZ3A 2J47A 3A47A 3T08A 1WB0A 3EMCA 1VFFA 1W1VA 3S2CA 3GXMA 1E73M 3SUSA 1JYNA 3VDBA 4H8UA 1OGSA 3PZQA 2VX4A 3FW6A 1VEOA 1GW1A 2BV9A 2VZTA 3W82A 5CJ5A 2GUYA 3IJ9A 3U7BA 1YHTA 3VMNA 3WEZA 3ARPA 2ZUMA 4HA3A 3DECA 2ZUNA 2ZXBA 2VZUA 2CEQA 3MSDA 2G3MA 3VGBA 5AC5A 4MNJA 3AHYA 1E4NA 3ARWA 2YA2A 1R7OA 1E72M 1OSEA 1U2YA 1JYWA 2DPEA 5A1AA 3WDRA 1ZB5A 3OBAA 1LG1A 2DSWA 1HJUA 1MXDA 4MAZA 4WF7A 1QHOA 1UZ4A 2FHFA 2WCSA 1G5AA 3AXHA 5ABHA 1JD9A 4P7QA 4AZBA 3T09A 5CPTA 1EO7A 5A6JA 2QHAA 3CHCA 1E4LA 1V6WA 1H5VA 1JZ4A 1QHZA 3BCFA 2VX6A 1PBGA 1W9UA 2WWCA 1GHSA 1LWHA 1ZJBA 3KWXA 5M5DA 1QVBA 4M8UA 4AD5A 1UKSA 3SCRA 4D6GA 3SCUA 4AZ6A 2E9LA 4S3KA 3K46A 6A3HA 4PMRA 4E8CA 1VEPA 2ZWZA 5HBFA 5GPRA 2PBGA 4C7FA 1GOWA 5I79A 1W91A 1BF2A 5A69A 1EQCA 2CETA 1KQZA 2PBOA 3AMLA 2W67A 3MUIA 1EH9A 1J0KA 5C8BB 4V27A 1EDGA 4FLOA 1M03A 4KMQA 1GQIA 2FH6A 4AYSA 3ZJ8A 3HJEA 1OBAA 3DYMA 3EDKA 1CXIA 1GORA 1WP6A 1R7AA 3MUY1 4GZEA 3U5UA 5D9OA 1U30A 3L2LA 2J25A 4UR9A 1EHAA 2CERA 1E0XA 4UZSA 1AQHA 3O6AA 4ZXLA 1WPCA 1GOMA 5IFTA 2DH3A 1HNYA 1QW9A 3WNPA 1G9HA 1O7AA 2BHZA 2XJ7A 3QOMA 2CXGA 2ZUVA 4TVUA 2ZXDA 5A6LA 3E1F1 1MXGA 2XVLA 2OSWA 2WVSA 3WMCA 2BY3A 4IPNB 1V08A 1KBBA 5BCAA 3VD5A 4P7NA 2G3NA 4OUEA 1ISZA 1J9YA 3AIVA 4Z2JA 1E4MM 3VNZA 5LYRA 3RIKA 4QCFA 3CHDA 4JCLA 1BLIA 1E6RA 3W28A 4D6DA 5EB8A 4M1RA 3TP4A 3WL0A 3MU7A 2CBVA 4DM2A 3PTKA 3NDZA 2BVYA 3ZQ9A 2IUZA 4UFIA 4PMDA 2J7HA 1DHKA 3EBVA 2WW5A 3B8SA 3VILA 5AY7A 1E6NA 1MYRA 4FLSA 2DQXA 1CNVA 4W93A 2CKRA 2V5CA 4UQCA 1X1NA 1CIUA 3FN9A 3GZAA 2XIIA 4BF7A 4JL1A 1KGWA 4B15A 1QHPA 1W9VA 1TCMA 2WWDA 3APGA 1V6YA 2PF0A 4X0VA 3B9DA 4UQEA 3N18A 2WVUA 3SCQA 4D1IA 4KRUA 4K68A 1GQJA 1ZU8A 2BY2A 1B31A 2NSXA 2WNWA 1MW0A 4J27A 3VU2A 4MNKA 4QLJA 3L4ZA 3A6OA 4W89A 4HTYA 4CD8A 1BG9A 1UD8A 5AYIA 5A6KA 2Z1KA 4CD6A 2WVVB 4JKLA 4OBRA 4XX6A 1G94A 3OLEA 3W37A 5A8QA 3AICA 1V6XA 3CPUA 1OD8A 2ZIDA 3L4UA 3ZJ6A 1CENA 3KL0A 5A8MA 5FD0A 4PTWA 1E5NA 2QLYA 1C92A 4R5EA 4HZ6A 3VMPA 1O6IA 2NT1A 1IZJA 2WXDM 3VGHA 2VQUA 4D72A 5I77A 4UFLA 4Z2KA 1J18A 4HZ8A 3RILA 4HU8A 4GI9A 1J0IA 2VT0A 1A47A 3NSMA 3BSHA 1XH1A 3QOKA 1JZ5A 1E0WA 1W3HA 3ARRA 1V3IA 3CLWA 3SCTA 5FKYA 3MV01 1IV8A 4QLKA 2XVNA 4ATLA 2OWXA 3ARSA 2UY2A 2GJXA 1UH4A 3QHMA 3CZJA 1RD6A 3RM8A 3WELA 2XSAA 3WDJA 4JKKA 2PWHA 2WLZA 4P8XA 4W87A 1J0ZA 2WZEA 3MUZ1 1VFOA 2XVKA 2E9BA 1CXKA 3N9KA 1GOQA 4H2CA 1BHGA 1F4HA 2BXZA 5HPOA 1KQYA 1V6VA 1JZ6A 4U31A 3LPFA 3SUWA 3VIIA 3EDDA 5JIPA 2XYLA 4JAWA 1SFSA 3OGSA 4EK7A 2QPSA 3VM5A 3VM7A 1V02A 4WLCA 3RJXA 1V0LA 3W6MA 4P8VA 1CGWA 3WF1A 3PZ9A 2YLAA 1XD1A 3K8KA 3PZUA 3SCOA 4QDMA 2WM0A 3O9NA 4HMCA 2Y24A 1OM0A 2A3AA 3WUGA 1UUQA 4GINA 1HP5A 1PZ2A 1EQPA 5D8ZA 4HOXA 6CGTA 2ZOXA 1JNEA 3SCNA 1ISYA 4L4PA 1CXFA 2W91A 2GK1B 4FLQA 4CD7A 3O2LA 3VGGA 1HF6A 1PEZA 2V3DA 1B9ZA 4OOZA 4AIOA 1WDSA 2QMJA 2WZHA 2W63A 2YOCA 5CPSA 2WCAA 1E15A 4MNMA 3WEOA 2J8FA 3UR7A 8CGTA 1W1PA 4CKQA 1G1YA 2VVSA 3CO4A 4GZIA 4GQQA 3WF3A 1TVPA 2WANA 1PIFA 2WVVA 2YDQA 2CHOA 3F5JA 3GXFA 2W4XA 5BXRA 7A3HA 1NOFA 3W29A 3WDPP 3VO0A 4GPNA 3PHAA 1HL9A 3WF0A 3VIHA 2VO5A 2ZE0A 3M6DA 5E9AA 1JDDA 1V0KA 2XHYA 3ARYA 1KXHA 5A6SA 3GXDA 2WMFA 4UOQA 2D24A 3GYCA 4J3UA 1KBKA 4LYRA 1WKYA 3SURA 2WHLA 4ZE4A 1W1TA 1NARA 1UA3A 3ZT6A 1KGXA 4J7RA 3U7VA 2V3EA 5CXPA 3F4VA 3TA9A 1VB9A 3PZIA 1C3FA 2PB1A 2DT0A 1HL8A 1EDQA 3AROA 1B3VA 1BFNA 1E6PA 3EDJA 3RM9A 4CD4A 5I0DA 1ESWA 2J74A 2WYSA 4BCEA 3TTQA 5C70A 3VD7A 1SYTA 1NP0A 1E70M 1W2VA 3FNDA 4KGJA 1IZKA 3OZOA 2X05A 3W25A 5E0FA 1GVIA 4DM1A 4HPGA 4JKMA 1M04A 1GOOA 2FHCA 1JXKA 2WHJA 3AXIA 3JUGA 4TVDA 1JNDA 3RO8A 2YL9A 4EE9A 1LWJA 3N15A 1N82A 3L4XA 4PTVA 3I3BA 1TA3B 4HPHA 5KZ6A 4JFSA 5HNNA 1KXTA 1OIFA 3FHQA 3BCDA 4C7GA 4U5KA 3THDA 4D6CA 2WMHA 3AMDA 4PSRA 2EPOA 1GJWA 1QNOA 1R87A 3AI0A 4J3VA 4H8HA 4UOJA 5I24A 1X6NA 5CSUA 5ABEA 3K8MA 5HPCA 1HJXA 5AC4A 4H7VA 1OWQA 4PMYA 4MPKA 1WDQA 1XH0A 4AEFA 3WFZA 4F8XA 4YHEA 5FL0A 3VUPA 3UG5A 4AW7A 4HOWA 2DH2A 3L4VA 1U33A 1J01A 1QOXA 2FDMA 3ALGA 4E8DA 1D2KA 2BY1A 2FGZA 2GK1A 4HZ7A 2YDSA 1G01A 3WBAA 4PN2A 1B3YA 3IAQA 1J0HA 2CHNA 3RPMA 4DWSD 1AVAA 1KGUA 1LG2A 2W62A 1MWOA 2OWWA 2OYLA 3DC0A 3NDYA 3M07A 3BAYA 4TX6A 3MMDA 3RMEA 1B30A 3VPLA 2WMIA 3HMCA 3MMUA 2VRJA 4V2XA 1UR2A 3U5YA 1FOBA 4XUYA 1K9FA 1EHNA 4RL3A 2E0PA 5D9MA 3VNYA 4N42A 1XRVA 4WJXA 4DWSB 4Z2GA 1W9XA 1KCKA 2VR5A 2UY5A 1VFUA 3RDKA 4F9DA 2WC4A 3N04A 3OZPA 2XUCA 1UG6A 3EDFA 2ZICA 1BYBA 5D8WA 1ISVA 3IAPA 5A95A 4PUEA 1UWRA 1UR0A 3CMJA 1KFWA 4N0RA 3BH4A 1RH9A 4QFUA 1JL8A 2VMFA 5I2UA 1E71M 1B3WA 2JEQA 3CHEA 1EIBA 1UWTA 2A3CA 5LA0A 1HN1A 3NUKA 2Q8XA 5ABGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2BVDA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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