2BX7 | Genus

Total Genus 116

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	311
structure length	311
Chain Sequence	MLNTTFANAKFANPFMNASGVHCMTIEDLEELKASQAGAYITKSSTLEKREGNPLPRYVDLELGSINSMGLPNLGFDYYLDYVLKNQKENAQEGPIFFSIAGMSAAENIAMLKKIQESDFSGITELNLSCPNVPGKPQLAYDFEATEKLLKEVFTFFTKPLGVKLPPYFDLVHFDIMAEILNQFPLTYVNSVNSIGNGLFIDPEAESVVIKPKDGFGGIGGAYIKPTALANVRAFYTRLKPEIQIIGTGGIETGQDAFEHLLCGATMLQIGTALHKEGPAIFDRIIKELEEIMNQKGYQSIADFHGKLKSL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4688325250505745__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4688325250505745__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2BX7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4688325250505745__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4688325250505745","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2BX7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4688325250505745__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Lactococcus lactis
publication title	Interaction of Benzoate Pyrimidine Analogues with Class 1A Dihydroorotate Dehydrogenase from Lactococcus Lactis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
total genus	116
structure length	311
sequence length	311
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2005-07-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	2bx7A02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2bx7A01

3GAKA 2X30A 3N73A 5J5DA 2A0NA 3L9CA 4C1LA 4GJ1A 4P61A 5F2IA 1MZHA 4JYEA 1KBJA 1QNVA 3EXRA 3GKAA 4X2RA 4NUWA 1TYGA 2WKJA 4N9CA 5D2TA 3U8GA 3TJLA 1Z41A 4AXKA 1G69A 3Q58A 1WYIA 5AN7A 3RU6A 3NPWA 1K02A 3NQGA 1UUMA 1Q6OA 1UASA 1VS1A 3EX2A 3LHTA 3KRZA 1VHCA 4MY9A 1KW1A 3P61A 3HPZA 4CNOA 1TV8A 3EWBX 1ME7A 4IPIA 5E93A 3B03A 4JTSA 5D2VA 4DELA 1UJPA 5C55A 4WJEA 1C29A 3YPIA 5GVJA 4UTHA 3O06A 2CWNA 4Z08A 5G4WA 3P80A 3OHIA 1WOAA 5I3HA 3N14A 5LNWA 2C13A 3TROA 2VEMA 4N9DA 1GTHA 3FKKA 1W3IA 3STCA 1O4UA 3C2VA 3PVFA 1FXPA 3R5EA 1F73A 1VPXA 2CLIA 1KM3A 5AYYA 4CCCA 4NVTA 3TC7A 1FXQA 3WJZA 3C2FA 2CZFA 1VCVA 2G97A 3GDRA 1QOPA 1B4EA 3W7KA 3MI3A 5EMUA 1WAUA 1SO4A 1P5BA 4DO4A 4ADUA 5LNVA 3DFPA 1OYBA 4MJMA 3ELFA 3DAQA 2H8XA 3G8EA 5AHMA 3NOEA 3H54A 2BX7A 5HJLA 1DQWA 1H60A 3W7HA 2DZWA 4ZQNA 5G2WA 4Y8FA 3LV5A 3A5VA 1TQXA 1BKSA 3G1YA 3LB0A 4A2RA 3QRHA 4NJIA 3G18A 5AHEA 2DZUA 4FHAA 5G1YA 3I65A 3UWWA 2W0UA 2Z6JA 3OVRA 4AWTA 5K7JA 3HF3A 3BO9A 2NUYA 3UZ5A 4GUHA 4JD4A 4JY8A 3CQ0A 1FX6A 1JUBA 3JRKA 4JTJA 3SGUA 4TMBA 1LOLA 4LV9A 2J9ZA 1RQHA 1V7YA 4R53A 4LS1A 4O4WA 1H63A 4LVDA 1FCBA 2NV1A 1GJPA 1NVMA 3UPWA 3LCXA 3IVTA 2VELA 1IIHA 3N9RA 3O15A 1L6YA 1TCDA 2DZSA 3ATZA 1ZCOA 4ZQRA 3AO0A 3L0KA 3HBLA 3NL3A 3CT7A 3IGSA 1HTIA 3W1XA 5CGQA 1W31A 1R2RA 3FJLA 1PCWA 2R94A 2O7QA 2HMCA 1F5ZA 3BLFA 5G2IA 3HG5A 1KFKA 3THAA 2AQWA 4FIQA 3BARA 1LDCA 2JK2A 2YGYA 3TMQA 4X22A 3NQDA 5TIMA 4YL2A 3LBCA 4O1BA 1X7FA 2NLIA 3KX6A 2WOQA 4DBDA 1PV8A 3LDVA 1OFEA 3LLDA 1K8XA 2P0OA 3H53A 3QW4B 3BG3A 2Z1BA 1WQ5A 5AYZA 1JCJA 1YADA 5D30A 5HWMA 2YCEA 1PHWA 2NUXA 4GNJA 1IXNA 4AB4A 2EGZA 4HSOA 3U6WA 3LERA 2NZLA 3P82A 1M5WA 3DHDA 3S0CA 2TRSA 4ZMGA 5FI8A 5KINA 4I7VA 3HJZA 3L67A 1EP3A 4WY0B 1TPH1 4FNUA 2C6QA 1DJNA 1DHPA 3PBVA 2ABBA 4DF1A 2ZZ5A 1TMHA 1JCXA 1H7RA 1OFOA 1YTEA 2A7RA 3M16A 3TNOA 4M6VA 4XBSA 2E5DA 2FB2A 3EEGA 1YDVA 4UTWC 2YW3A 1KTBA 1VHNA 3MO7A 5A5WA 4AEOA 4ZQPA 3W3OA 2VFIA 3QC3A 2NX9A 4NT0A 3BGJA 3HB9A 2WNNA 1X1OA 2Q8ZA 3C61A 1P0NA 4A2SA 3NDOA 1QMLA 4WY0A 3MBFA 2Y85A 3L5LA 1MEHA 3G8RA 1EUNA 4D2JA 1TIMA 3L21A 1YDNA 3PG9A 3QMSA 3RNDA 4QITA 2EHHA 3W7CA 4UTWA 3FJ6A 5HQEA 1OFRA 3NAVA 4UTUA 4O53A 5DELA 4FEZA 3GXNA 1R2SA 4EOUA 5AHFA 4CQAA 3LRKA 4AWSA 5DY3A 4J9JA 2YDAA 2GQAA 2NX3A 2B7NA 3TQ0A 4RKAA 3STGA 1JCMP 1GPWA 2ZRXA 4IUOA 1ICQA 2VFFA 3KRUA 4H6KA 2XFWA 1H5YA 3DFOA 3KVJA 1W37A 2ZZ4A 1FCQA 5DN1A 1WOBA 1TQJA 2C18A 5D2YA 1TPDA 2J24A 4A29A 4UUIA 4UFIA 3W83A 3W88A 3D0CA 2ATSA 4EIVA 5FF2A 4O10A 2DJXA 1KA9F 4FF7A 1EEPA 2G96A 3A21A 3R8RA 3OA3A 3LXCA 3DFQA 3N19B 3DFTA 1F6PA 3UNDA 4A3UA 1TTJA 1GVQA 5LNRA 1SSGA 4QJ1A 4Z1DA 3CM4A 4MVAA 3W1AA 1WA3A 1S5WA 4OT7A 2YW4A 1OFQA 3A22A 2YX0A 3FKRA 3P5ZA 4WY0F 1ONRA 4IMCA 4PL1A 4PL2A 2OT1A 2VEKA 5I3FA 3MHUA 4WXZA 1O94A 4QSHA 1W5MA 5DXXA 3LHWA 1PCKA 1XUZA 5C6MA 3HGOA 3S1UA 1LBFA 2ZA2A 3HGJA 4BFAA 4RZ6A 3M5YA 2Y70A 3O8AA 4PH6A 3L2IA 4K37A 3GKFA 5KITA 1L6WA 5C2XA 1TREA 3O16A 4DBEA 4YXGA 3DBPA 4LS0A 2A7PA 3EWZA 3TSDA 3CEPA 4LU0A 4L4MA 5AOUA 3W07A 3V1PA 1GEQA 3W2LA 1KM0A 2VFHA 3TA6A 1AW2A 4RLIA 2ZQ0A 4N6EA 3NGJA 4IMEA 4ALDA 3SR7A 3M0ZA 4O15A 1IF2A 5TQLA 1GG0A 3TR2A 3AJXA 4IJBA 4JX6A 1TPEA 3B06A 1K7EA 4O0ZA 1Q45A 3E9AA 3LTSA 1GG1A 3WJWA 1VYSX 4AWUA 1VZWA 1OHLA 3QZEA 4JR5A 2C16A 4AH7A 4MJZA 3TFXA 4CNPA 1GVSA 1RD5A 1VYPX 3PBWA 1SW7A 3UYCA 1M7OA 4JEQA 1QO2A 1AG1O 1WBHA 2C0AA 1R2TA 1G4PA 1OX4B 4W9TA 1C9DA 4KFNA 3IV3A 4N02A 1Q6RA 1SZFA 3WK0A 1A5CA 2GVGA 5LNSA 3VNDA 1GVOA 3G24A 1G67A 3KFTA 2J6XA 3VE9A 2Y88A 4QNEA 5CSRA 3IRDA 3PUOA 3MHFA 4WX2A 1KM4A 1JQVA 4UFLA 3NPUA 4H4IA 1XBZA 4EF8A 1XXXA 1ZAIA 4JDBA 4ORMA 4X9SA 3TXVA 3SJ3A 3VI2A 4KWVA 5D33A 3CU2A 3TMLA 1NF7A 1OFPA 1TPB1 2OJPA 2CW6A 1OX4A 1P0KA 3USBA 1RQBA 5LKYA 3NQ6A 2W79A 1ZFJA 4MPQA 5BMXA 2Z6IA 1QAPA 4O57A 5U4NA 5H2ZA 1G7VA 2NV2A 1D3GA 2WNQA 4GFSA 4MZ1A 3NQCA 2ZTJA 1JRCA 2H3BA 3LCIA 3QW3A 4JTEA 1ICSA 2ISWA 4K8HA 1KV8A 5HR6A 1ZAJA 1N55A 1QPNA 1UB3A 3CB8A 1LLZA 2KZHA 3TQKA 1I2RA 4YLWA 3EX6A 4AHQA 3W75A 1DJQA 1SZEA 4LUIA 5BNKA 3G22A 3ZFHA 1VC4A 1FUYA 1O5XA 1LLWA 5CG7A 3W1RA 3NZ1A 3B04A 4ZL1A 2EF9A 2QCGA 3BW4A 3HOJA 1OFAA 3OG3A 2FPVA 1W5OA 5G5IA 3A5FA 3BW2A 1KLYA 3THQA 2QCHA 1KFLA 4OV9A 3W7RA 4XWUA 2Y63A 4DO6A 2E09A 1XL9A 3SFKA 2Y61A 2PC4A 3GLCA 2Y7DA 3LHVA 3E12A 2CFFA 4OHQA 1SPQA 1HFBA 3TFCA 1L6SA 3CWNA 4NNBA 3V75A 3M5XA 1GYNA 3DKLA 3O07A 1QO5A 2V9DA 1H51A 3MHGA 3UQNA 3UPBA 4AAJA 3P81A 3C2EA 2Y7GA 4M5PA 5LSMA 1H1ZA 4ZQMA 3W1TA 3P67A 5CSSA 4M6QA 3LHZA 1RQEA 2V2DA 5CZTA 2A6LA 1NF0A 3B0VC 1VCGA 1Z48A 4L4LA 1BTMA 1EA0A 3WK1A 4UTKA 3C2RA 3KVKA 4BI6A 4UTMA 3W23A 2HSAA 1A5BA 4Z1AA 3MP4A 5HWNA 2JKAA 4Z0JA 4UFHA 3DFNA 3FEMA 4JTTA 4MY8A 4UFMA 1P1XA 1ME9A 4ZQCA 3FIGA 4EWND 4LT9A 2YSWA 4WOZA 3EXSA 4QQ3A 2CLEA 3W76A 5FEZA 3T78A 2Y62A 2ZRYA 1F2JA 3UD6A 5CPNA 1WDWA 4ONVA 1OK6A 3IGXA 1ICPA 1UUOA 1GYLA 1VYRA 1OYCA 2Q3OA 1FWNA 5AC7A 5K4XA 6ALDA 1ZJIA 4Q33A 5I3IA 4ADSA 3U2OA 3SGZA 2ZBTA 4QAIA 3M43A 4JIQA 4GUFA 3E0IA 1TPVA 1SR9A 1UCWA 2X1RA 5D03A 3S1VA 3M44A 2H90A 1SQ7A 4UIOA 1I2NA 4DQWA 2QCNA 3PSWA 1KTCA 4Q32A 2WSQA 4N4PA 5TBOA 3HG2A 2VEIA 1KM1A 4AF0B 4K36A 1FDJA 2QJIA 1GWJA 1K7XA 3CWOX 5BMWA 3Q2DA 1BEUA 1LOSA 4O54A 1WX0A 2H8ZA 5FESA 4E2DA 1HL2A 3M9YA 7TIMA 3MW7A 3BV4A 2QCCA 3GVGA 4DPQA 1ADOA 4NU7A 1MEWA 3GDMA 5AYXA 3QFEA 3WJXA 5LZLA 1VR6A 1DQXA 4GE8A 2V5BA 1FWSA 3HIJA 3EWWA 4O50A 3IIZA 3MMTA 4XTIA 1B57A 3UXDA 5EA9A 4AF0A 4OWGA 4QIUA 4PFMA 5C54A 2LLEA 2QCEA 1NEYA 2Y7FA 2I9EA 2V81A 1PL9A 1FWWA 4C1KA 1FWRA 3DI0A 3PUDA 2A4AA 4FNQA 3GR8A 3RF9A 3FYOA 2YPIA 4IMFA 5KZMA 3PULA 3TC6A 4GXMA 1Z44A 5CZJA 4ICNA 2QEZA 3M6YA 3W1LA 4UFJA 2JKPA 5HUPA 2W6RA 1OX6A 3EWYA 3EXTA 1AMKA 2E6YA 1JRBA 3NQMA 1A5SA 1X6UA 3W7GA 1K3UA 4BR1A 3IVSA 3PB2A 2ZRWA 5EY5A 2BXVA 1LRQA 4DXVA 4CCEA 4IMDA 3TX9A 1GT8A 4DF2A 2F7FA 1JJKA 3HPSA 1YXDA 1TV5A 5D38A 4XBKA 4WUIA 1XFBA 4S2CA 2E68A 1JCLA 2I14A 1QOQA 4PEKA 4UMCA 1IIGA 5SWUA 4NQ1A 3WFAA 4P2VA 3KXQA 3W73A 2VC6A 3LCGA 2DJLA 1SZNA 4U4MA 4RXFA 2QJHA 1L9WA 2A6NA 4JICA 4LWWA 3ABQA 3W86A 5KZEA 4LOCA 1F7BA 2TPSA 5FF7A 4LVAA 3BLIA 2Y89A 3TQVA 1G4SA 2DZVA 4UMBA 3W2NA 4PA8A 4FO4A 3S1WA 3MI2A 3QF0A 4KFPA 4M6PA 3FLUA 3OIXA 3S6DA 3GZ3A 4MKNA 1KFBA 3G1DA 1T99A 2C14A 4PODA 3W7EA 3B4UA 2VOMA 1W5PA 1OFDA 1W3NA 3W7NA 4HN4A 1DV7A 3MUXA 1JQXA 3MP5A 3L66A 3PS7A 2VFGA 3M41A 2OCZA 5D32A 1TTPA 1JCNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3UWQ A;  4N2Y A;  1LF1 A;  1XSI A;  3N2B A;  1JUE A;  4BEQ A;  3B05 A;  3W85 A;  4H83 A;  1JUK A;  1HNY A;  4BWL A;  4B9Y A;  1NH6 A;  1I0B A;  3FX4 A;  4IX0 A;  2I7G A;  4L65 A;  2BS9 A;  4K39 A;  4HU3 A;  3LQG A;  2J7H A;  3MYP A;  1VKF A;  1QCW A;  4F79 A;  1XS2 A;  2E0P A;  2BY1 A;  2F6K A;  1JPH A;  3WF2 A;  3W25 A;  7ODC A;  5DCB A;  3WJY A;  1Q66 A;  1VAH A;  1S39 A;  5E0K A;  1F4H A;  4DZI A;  2HS8 A;  1OK4 A;  4OU1 A;  2VEN A;  2UY5 A;  1ALD A;  2OT0 A;  1E6Z A;  4NJJ A;  1R38 A;  4QQU A;  3P8J A;  1B90 A;  3QTG A;  1GOR A;  1UH2 A;  1K8Y A;  4KRU A;  1UG6 A;  4PCP A;  3M4H A;  1C9W A;  1QVB A;  2QHA A;  3CQK A;  3SSJ A;  3MSD A;  2X16 A;  5CC3 A;  4A21 A;  2WO5 A;  2GL5 A;  4P5U A;  3ITG A;  1D8C A;  1B3X A;  1Z42 A;  2OG9 A;  2I9U A;  2WMK A;  3WQ5 A;  1UP0 A;  2FHB A;  1JZ5 A;  1TPC 1;  3BQ5 A;  3FDK A;  3MWA A;  1HJX A;  5HUL A;  2ZX8 A;  2NUW A;  3UXA A;  3KZS A;  4CN1 A;  4N4Q A;  1EH9 A;  1TPW A;  3TWB A;  4D6I A;  1P6C A;  1OIM A;  2XH4 A;  3HGS A;  1J5T A;  3HQ1 A;  4S2B A;  4KQN A;  1XV8 A;  1JXJ A;  2G3F A;  1A50 A;  1UD2 A;  3R1Z A;  1DED A;  2X2G A;  3ITO A;  3HO8 A;  2X42 A;  3U2E A;  1JAK A;  2VO5 A;  1FWA C;  2E77 A;  2PDC A;  2ABA A;  3OW1 A;  4IIF A;  2R24 A;  3GR4 A;  3JVA A;  4CGT A;  2ADA A;  4Y9O A;  1EUA A;  2VD8 A;  4MDP A;  5D04 C;  1KBB A;  4B5W A;  4HNO A;  5BRB A;  2GLK A;  3G1X A;  3GC4 A;  3H55 A;  1WUE A;  3PZQ A;  4QJ4 B;  2EPN A;  2VGG A;  2QDG A;  3SW6 A;  2NSX A;  2BTM A;  3RLV A;  1GOI A;  1AOD A;  2E1W A;  2WLY A;  1OVD A;  2UBP C;  2QXW A;  4JHO A;  1US3 A;  2CLM A;  2OEK A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2BX7A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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