2C0H | Genus

Total Genus 141

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	353
structure length	353
Chain Sequence	AAVRLSVSGTNLNYNGHHIFLSGANQAWVNYARDFGHNQYSKGKSTFESTLSDMQSHGGNSVRVWLHIEGESTPEFDNNGYVTGIDNTLISDMRAYLHAAQRHNILIFFTLWNGAVKQSTHYRLNGLMVDTRKLQSYIDHALKPMANALKNEKALGGWDIMNEPEGEIKPGESSSEPCFDTRHLSGSGAGWAGHLYSAQEIGRFVNWQAAAIKEVDPGAMVTVGSWNMKADTDAMGFHNLYSDHCLVKAGGKQSGTLSFYQVHTYDWQNHFGNESPFKHSFSNFRLKKPMVIGEFNQEHGAGMSSESMFEWAYTKGYSGAWTWSRTDVSWNNQLRGMQHLKSRTDHGQVQFGL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__695655914212778__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__695655914212778__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2C0H/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__695655914212778__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"695655914212778","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2C0H/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__695655914212778__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Mytilus edulis
publication title	Three-Dimensional Crystal Structure and Enzymic Characterization of Beta-Mannanase Man5A from Blue Mussel Mytilus Edulis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	MANNAN ENDO-1,4-BETA-MANNOSIDASE
total genus	141
structure length	353
sequence length	353
ec nomenclature	ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date	2005-09-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2c0hA00

1TR1A 1DWJM 4DM1A 1OT2A 3RILA 5EFFA 4BS0A 2JE8A 1ZL1A 4DUXA 4MJ4A 4AW7A 1NP0A 5D4YA 4CU6A 2HISA 3EYPA 2DSKA 2WMFA 4YHEA 1HN1A 4CKQA 3VDAA 1VBRA 5GNYA 3WD0A 3BC9A 4P8XA 3CZEA 1FOBA 2XVGA 4NI3A 2YA1A 2OWWA 4UFJA 1WDSA 3WNMA 2WVVB 3TOPA 4FLRA 2XFYA 1DWGM 4D6FA 2X1IA 2BXYA 5HOSA 1E6XM 1ECEA 4U5KA 3AMGA 5BCAA 4HU0A 1UWQA 1LWJA 1MW1A 2DQXA 1JXKA 2VI0A 5M5DA 2BHYA 2WMIA 1FFQA 1CXFA 3RJYA 4LGXA 4D6GA 2XM1A 2WXDM 3ALGA 4UQDA 5CSUA 2W62A 1NOUA 3BLPX 2EEXA 2O92A 2XIIA 4B3LA 5I24A 1XSKA 2CITA 4P7LA 3WIJA 1QHPA 2W67A 1V6VA 1JZ4A 5DF0A 5A6MA 3B9DA 3DYMA 1UH4A 5TD4A 3GBEA 2VCBA 1TZ7A 2VVNA 1D2KA 5CQ1A 4HMCA 2QF8A 5A2CA 1EO5A 4OUEA 4PMOA 2DGAA 2PWEA 3IJ9A 4ZENA 4W7WA 3WDQA 1JZ2A 1E0WA 4UZSA 3AMCA 1QNPA 2WYSA 4QDMA 1H0GA 1RH9A 4DWSC 4RE3A 1JAKA 4UZUA 3VDHA 4JAWA 1UA3A 2JIEA 3U5UA 2EBNA 4CD6A 3WH5A 4BQ5A 1XYZA 2DDXA 5M17A 1VFMA 4CN4A 3ZT5A 3OGSA 2QHAA 1E4LA 3L4ZA 2J7DA 2GJXB 2W61A 3IJ8A 2CESA 3VDCA 1VRXA 1UWUA 4D1IA 1C8QA 1XH0A 2DSVA 5IFPA 4GZEA 4W86A 1HKMA 1LWHA 1RP9A 1XRVA 4X9YA 1UR4A 2CBJA 1H3GA 2UY3A 4J28A 2BS9A 2PB1A 3W82A 3AFBA 1E6SM 3GNPA 1ZBVA 3WNOA 3DYPA 2ZUMA 1B3VA 3MUZ1 1H2JA 1Z32X 2J78A 2ZX9A 3WBAA 1MXGA 3WNNA 1W3JA 1UQYA 1CNVA 2XVPA 1E6PA 4QLLA 3QR3A 1W32A 2YIHA 3NIYA 1A47A 3UR8A 3PN8A 5EFDA 4LYQA 3WUGA 3BCDA 2RGLA 5A8QA 4GQQA 1UYQA 4HTYA 3OZPA 2GK1A 2WHMA 2TAAA 2X2YA 4GXPA 4D6EA 2JF7A 2E9LA 3WSUA 4U31A 5GNXA 2EPMX 2AOSA 1BHGA 4NRSA 2D0FA 5F7UA 2BVYA 2E0PA 4AYSA 3F4VA 1E1FA 1MXDA 3W24A 2NSXA 1W1TA 1XGZA 1KXVA 1QBAA 4PUEA 4AD5A 3FY1A 1TG7A 1UQZA 3T0AA 2OLHA 1JAEA 4PTXA 3WF2A 4W93A 2WKLA 5IHRA 3EMQA 3AHZA 2WHKA 3IK2A 3HU7A 1UOKA 3BAJA 1GOMA 1MWOA 1X6NA 2BV9A 1NWSA 4P8VA 1OWQA 1V6WA 1V3JA 1G1YA 1W3KA 5CPTA 4NF7A 4ATDA 3LMYA 1MW3A 3WF3A 4GZIA 1GJWA 2X0YA 2J7EA 3WBEA 3WMSA 4D6DA 2RGMA 1KCLA 4PEEA 1DWFM 3MUY1 2QLYA 4TVUA 3S6TA 3DC0A 1KR1A 4NZCA 1PIGA 2V38A 2YJQA 2CCRA 1ZBCA 5FL0A 1WAWA 1R8LA 3PZGA 4PRWA 3SUVA 3VUPA 1V6YA 3OGVA 1WDQA 1A3HA 1KB3A 3GXFA 3HN3A 4DWSB 3T0BA 1J9YA 2W66A 2DPEA 4TOQA 2W5FA 3CPUA 3FAXA 5EMYA 3PTKA 2BNJA 2PC8A 1WKYA 1VB9A 4K68A 4GQRA 1V3HA 4MJ2A 3THDA 1W9XA 5IDIA 3SCUA 3VIHA 1LF1A 1DWHM 3VGEA 3DHPA 1E4MM 1XSIA 1PPIA 1E1EA 2J8FA 1CXIA 1J01A 5AC5A 4Q22A 4CU7A 1V6UA 3WEMA 5CPSA 3VIFA 1PZ3A 3G6MA 4S3JA 2IXUA 3AIWA 4GKLA 2VJXA 5LA0A 3F5LA 4HA1A 1UD2A 4FK9A 4JCLA 5JBEA 2J7BA 1ITCA 1PEZA 3W25A 3GH4A 4MPKA 3L4WA 1OB0A 3VINA 3U7VA 1CWYA 3PZIA 5ABGA 1J10A 4XV0A 2WVUA 2WAGA 2WW5A 4KH2A 3AOFA 1MQPA 1JDDA 3ZM8A 3TTYA 1EHNA 1BVZA 4HZ6A 1GOKA 1NOFA 2OWCA 2GDVA 1UR1A 1VJSA 2VX6A 1NQ6A 1OSEA 4JL2A 4B9YA 3L2LA 4RE2A 1QOXA 2QMJA 1FA2A 3W0KA 2CKSA 2ZIDA 2VT0A 4CCDA 2WC4A 1ODUA 5I78A 4IUGA 5A95A 4TVCA 1ODZA 1KR0A 4MB3A 4HMEA 3WH9A 3AROA 1B3ZA 3VIPA 4TTGA 4PTWA 1UWSA 2ZE0A 2WLZA 2J47A 4PMNA 2XVKA 3L4UA 2DIEA 4U3CA 3PTMA 2YL6A 4JFSA 1B3WA 4V27A 2MANA 2G4FA 3BAIA 3PZNA 2EJ1A 2ZICA 3M07A 3UEQA 3CHDA 4D72A 5D8ZA 2CIPA 1E3XA 4KRTA 4ZFMA 2DIJA 1HF6A 3ZIZA 3AZSA 3VIMA 3W4RA 2YLLA 2OSXA 3U5YA 1AQHA 2BHUA 3N17A 1OIFA 1GQJA 3ZJ7A 4AXNA 5DMYA 4ACZB 2AMGA 3WL0A 2VO5A 2CEQA 3VIIA 3ZJ6A 2O9TA 4JFUA 5CLWA 1L0PA 1QNRA 3EBVA 5A6BD 1NP2A 1UH3A 1FFRA 5HXMA 4P7QA 1E9LA 1ISYA 1US2A 2WWDA 3QHOA 5ABFA 2FH8A 2QPUA 1GJUA 4PTVA 4BQ2A 4MB1A 2O9PA 3WF1A 5AYBA 4HMDA 4BQ4A 1HX0A 2DT1A 4UOQA 3OBAA 5A8NA 6A3HA 5A8MA 1BYDA 4J3XA 3GM8A 2F8QA 3VIOA 3VKKA 2ZUSA 5DT5A 1SMAA 2DT3A 3QOMA 3CBWA 4YHGA 3K8MA 2OYLA 3OZOA 1KGXA 7TAAA 5IXEA 3PHAA 3VIJA 1N82A 2VNCA 4P7NA 1O7AA 1GONA 4BCEA 3GXMA 4P8UA 2VX4A 4P7OA 1E4NA 2FGLA 2A3BA 2OSWA 3WF0A 4TTUA 4C7GA 4AD3A 4M80A 3ZT6A 3CLWA 4UCFA 1DTUA 4XZBA 3WQ5A 1C7TA 3ARZA 1E6ZA 1VFOA 1MW2A 2WLYA 1GOWA 3OGRA 3BCFA 4YPJA 1LQ0A 5ABEA 4F9JA 1HJXA 3UG4A 2WCAA 1KXHA 1MFVA 1X6LA 4UQAA 1PJ9A 4AWEA 3WDRA 3AYSA 1OM0A 3FW6A 3B9EA 3UR7A 1YQ2A 3QOKA 4ZE5A 1JG9A 1J0YA 4TVDA 2A3AA 2Q8XA 9CGTA 2WM0A 4PMDA 1V0LA 2D3LA 3W37A 1VEMA 1JL8A 1NWRA 4Y7EA 2XPKA 1J0ZA 2D23A 1SFSA 3AIVA 1Q6EA 2FGZA 5BRQA 1UKSA 3ZSSA 1Y7VA 4PMRA 5IFTA 2Y8VA 1JYWA 3VILA 5D9OA 3E1F1 4UQCA 5A6SA 4U5IA 3MV11 3OLEA 1KGUA 1DEDA 1IZKA 2OSYA 4FLOA 2WSKA 3VNZA 5CG0A 1E6RA 2OYKA 1VIWA 2ZX5A 5E09A 1OGSA 1XCXA 4TUFA 3ZSTA 4AIEA 4OOUA 1I1WA 3LPGA 4FMVA 1BYBA 1HJQA 3O2LA 3ARSA 3CHEA 1JZ5A 3PZQA 3VM5A 1US3A 3SCOA 3WFZA 1W9DM 4HPGA 4JKLA 1L8NA 1UD6A 3TP4A 1C8YA 3CUIA 2D0HA 1EA9C 4E8DA 1KXTA 2YBUA 1UWTA 2VCCA 3KEHA 4IPNB 3GYCA 4OKDA 5A3HA 1B90A 4AD1A 1BF2A 3IAPA 3W6LA 3L4VA 5HPCA 1U2YA 3NYDA 3T2QA 2CXGA 1JD9A 1VENA 1HL9A 1B3YA 1R87A 5A8PA 2GJRA 5FOOA 3L4TA 1FHLA 1UUQA 2CBUA 4M81A 2B31A 5A6KA 3AMLA 3OA5A 3VTRA 3VMNA 4QLKA 2F2HA 3ARRA 4JL1A 1MVYA 1GQLA 4W84A 4GPNA 2V3GA 1VFUA 3CZKA 3MMUA 2E8YA 4PCSA 3W38A 2WMIB 1QNQA 4PSPA 4EANA 3SUUA 3SUTA 5AY7A 3T2OA 2V3EA 4FF5A 4PMUA 4H8UA 2YDQA 1ITXA 3F5JA 4R5EA 3CGTA 4HOXA 2EPOA 4GZJA 3M46A 5JIPA 3L4YA 1XSJA 2ZX8A 1WZKA 3AHTA 4OBSA 4F8XA 3WN6A 4Z2GA 4AZIA 3N15A 1I75A 4AD0A 3AIUA 5A6LA 2J74A 1M03A 1UKPA 3VDBA 4PSRA 3KWXA 3CHFA 1EDQA 4AY1A 6CGTA 3S2CA 1ZS2A 3CMJA 4UOZA 1E5JA 8CGTA 4BQ3A 3CTTA 4W5UA 3MSGA 1QNOA 1QI0A 1KWGA 3ARXA 3A4XA 3RIKA 1UHVA 2FHFA 4PYSA 1HJWA 4F9DA 3SCPA 3N04A 3KL0A 2VZOA 1HVQA 1WP6A 2VL4A 2VQUA 4J7RA 1BPLB 3AHVA 4AZHA 1QI4A 1E40A 4LXFA 3AICA 3D5HA 4AZGA 1K9DA 4XUYA 1CGXA 2XYLA 3WDJA 4CD7A 2ZXQA 3TTSA 2X09A 4D6JA 2XGBA 4AZ7A 1CYGA 3GXIA 4M82A 1C3FA 1UZ1A 1EXPA 2QPSA 5BXTA 3ZR5A 4JFTA 2XM2A 1ISXA 3WELA 5A2BA 1WZMA 2V5DA 1TVNA 5A69A 4GI6A 1KBBA 1DWAM 4EE9A 4D71A 1GW1A 1W9VA 2GDUA 4M8UA 4M24A 2UY4A 3KZSA 4HU8A 5I3DA 2YKKA 2XVLA 3FXYA 1UKOA 1JYXA 4W8AA 2WVTA 4UTFA 3AYRA 1B0IA 3VGBA 2GK1B 5BROA 4M1RA 1OT1A 4DUWA 2J62A 2E4TA 2AAAA 3BH4A 2ZUUA 1UKTA 1YHTA 3NSXA 1W9PA 3GNRA 2VUYA 1JI2A 1M53A 2E40A 3WH7A 1XH2A 3K46A 1C90A 1XH1A 5BRPA 3NSNA 1QHZA 3APGA 1UH2A 5CXPA 2BHZA 5E0FA 4A3YA 5I79A 3TTOA 3QGVA 3WENA 2CYGA 1JNEA 4DM2A 1Q4NX 1BYAA 2ZXDA 3RPMA 4WF7A 4JIEA 3WD2A 2XIBA 2XUCA 2WCSA 4CVUA 3TTQA 2G41A 1WDRA 3MMDA 5E6ZA 1C7SA 1X1NA 1VBUA 2J77A 5KEZA 2GUYA 3ZJ8A 4J3WA 1WZLA 1NM9A 1VJZA 8A3HA 4LX4A 4CVWA 4CCCA 3MUIA 3EMCA 4XB3A 1QPKA 4JHOA 1U33A 1BTCA 4UQ9A 1WPCA 1KQYA 4A4AA 4B3KA 4BA0A 1Q6CA 1J0HA 2ZXAA 2DEPA 1H49A 4PMXA 1GHRA 1GUVA 4QCEA 2XTKA 1HNYA 4AD4A 4DWSD 3W29A 1V08A 2WK2A 1J11A 1EQCA 1C8XA 4JFVA 1IT0A 1E6QM 2J75A 4D1JA 1GVIA 1V02E 3PZTA 3SIMA 2Y4SA 1CXKA 1V0NA 4QP0A 4Q7NA 4H2CA 2CBVA 2G8ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DWJ M;  2OQH A;  3EOU A;  5F2M A;  4IQL A;  2A4A A;  1LOQ A;  1OCJ A;  2JE8 A;  3H6O A;  1YBQ A;  1ZL1 A;  2GOK A;  3IIX A;  4MJ4 A;  1FWI C;  3GHR A;  3MQT A;  5C7V A;  3EYP A;  4IXX A;  1ZJI A;  5U4N A;  4YHE A;  7REQ A;  3ITX A;  3MBD A;  4DAF A;  1BF6 A;  2QJM A;  4HCD A;  5GNY A;  3WD0 A;  3BC9 A;  3GHT A;  4WGH A;  2PDF A;  5HUO A;  1D9E A;  3PFR A;  1QXL A;  1FOB A;  2XVG A;  3S6D A;  1EXB A;  5CC3 A;  4NG3 A;  2XFY A;  1RVG A;  2NQ9 A;  4H6E A;  4IH3 A;  1JCT A;  1ECE A;  1SW7 A;  4IMG A;  5DBT A;  5BCA A;  1IEV A;  3RF9 A;  1TPV A;  2DQX A;  3ZWS A;  4K39 A;  1CXF A;  1XLM A;  3ALG A;  5CSU A;  1JUK A;  2W62 A;  2VP8 A;  2PDU A;  1XBZ A;  3NQ8 A;  1LQ2 A;  1MEH A;  2VDI A;  1LRQ A;  2CIT A;  3HPA A;  1XG3 A;  3HG5 A;  3TCE A;  1Q2S A;  3APY A;  4ZO7 A;  5DCB A;  5A6M A;  1I8J A;  1UH4 A;  3KBS A;  3LV6 A;  1D2K A;  2P3E A;  3P84 A;  3QKZ A;  3M0V A;  4X60 A;  4ZEN A;  3IJ9 A;  3BIC A;  4KQN A;  1JZ2 A;  1QK2 A;  2DZV A;  3AMC A;  4K7V A;  2QV5 A;  4QDM A;  1RH9 A;  1JAK A;  3GXP A; 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2C0HA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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