2C13 | Genus

Total Genus 123

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	123
sequence length	333
structure length	331
Chain Sequence	FTPANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Probing the Active Site of Pseudomonas Aeruginosa Porphobilinogen Synthase Using Newly Developed Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
molecule tags	Lyase
source organism	Pseudomonas aeruginosa
total genus	123
structure length	331
sequence length	333
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2005-09-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2c13A00

1PS9A 2QCEA 4UUIA 4LS0A 5KMYA 5I3FA 3CIWA 3M43A 1GG0A 4JTUA 1LRQA 3F4WA 4K7VA 2E6DA 3NL3A 3FJLA 1UUOA 1TO3A 3E02A 3L0NA 3G22A 3N34A 3KFTA 3G1FA 3V75A 2V2DA 4WQ6A 1B4EA 4OBTA 5EPDA 4O8RA 4PCFA 3MJYA 2DZUA 4FNUA 2E09A 2E1DA 1KLZA 4JXCA 3SGUA 2C3ZA 3NL5A 2VFFA 4WXYA 1M6JA 1QPOA 1A50A 1H7OA 5DBTA 1NEYA 4LVFA 2JGQA 5CZSA 1DJNA 3G1XA 3NPWA 3FA5A 5BMXA 4ZQCA 1S5WA 2WJZA 2ISVA 4H6KA 5BRBA 3M5ZA 3B0VC 5I3KA 4XUGA 3TQKA 4ZL1A 4YCOA 4Z0SA 3T7VA 1W5NA 2H6RA 4JTJA 4EWND 1TPFA 5HUPA 3VCRA 4X2RA 4ZQOA 3ABSA 1Z42A 4QITA 3B4UA 1GQNA 4RK8A 1TPEA 3EB2A 4MPQA 4YCPA 2NX9A 3QSRA 1YYAA 3ELFA 3M1ZA 3FOKA 4DF2A 1GVOA 3IGXA 2I14A 1QDSA 3S1WA 5I3GA 1FBAA 4UMBA 2YYTA 2YW4A 4MY9A 4OT7A 2VC6A 1TV5A 1Q6OA 2A2IA 3RNDA 4UTTC 1KBJA 1QO5A 4TIMA 2CU0A 4EIVA 3DH7A 2ZDRA 3NQ2A 1K8XA 1SFJA 4Q33A 2C15A 3KOFA 2UV8G 4A22A 3TUUA 1TIMA 2A5HA 3TCEA 3BGJA 3MP3A 2FB2A 4LVDA 1I4NA 1FDZA 3L21A 3W1XA 1VRDA 4R33A 1EX5A 1LTDA 4IJBA 1QCWA 3F03K 1S5VA 1P5BA 3A21A 4IX0A 4JX5A 4OV9A 2Y6ZA 3C2RA 5DLCA 4OV4A 1EWDA 1VCGA 5CPMA 2H8ZA 3Q37A 1FCQA 3EX2A 5CGQA 4IXXA 3HMJG 3BG9A 5F1VA 3GDRA 5G2HA 2ISSA 5AYXA 1VHCA 4HN4A 3DFTA 3O15A 3B8DA 1O60A 2CZFA 2GVLA 1ME7A 3ANYA 2YFOA 1JCMP 1WBJA 4CLMA 1FUYA 3NQDA 2DU2A 3C2EA 3A23A 1JUBA 1I2RA 1OK6A 4NXSA 1F73A 3IRDA 4AHQA 4ADSA 2E77A 1IXPA 5FESA 3EX3A 3TAOA 3STFA 5D38A 1DV7A 3KVKA 1VQTA 3PVFA 2FPVA 1W54A 4GWEA 3H54A 3P5ZA 3LCLA 1EUAA 1RPXA 5C55A 4AHOA 5D2VA 1RV8A 3PSVA 5BNKA 4GUFA 3W70A 4PL2A 4NNAA 1KFBA 3EXRA 1F05A 3MBFA 4BFAA 3W1UA 3LDVA 3GDMA 3PF3A 3ZFHA 3W7QA 3Q2DA 3O1NA 1JQVA 5TBOA 1BEUA 4YLWA 1LM1A 3I7RA 1H62A 3ABRA 4UTWA 3GR8A 2QCHA 2ZRZA 3VFLA 2D73A 2Q8LA 4Z1AA 3GDTA 1F76A 3SR7A 1KW1A 1Z48A 4EF9A 2VEKA 3BGGA 1IIHA 2J88A 4EF8A 1HTIA 1VJIA 2Q8ZA 2ZZ4A 1QOQA 3HG4A 2V5BA 4JGDA 2OCZA 3W07A 3L5MA 3MYPA 2DORA 4G1KA 2CLIA 2Z0IA 2WO5A 3W74A 1LOQA 4K6AA 3LCGA 5K9XA 3QQ0A 1SO3A 4HT3A 4GBUA 4NUWA 5MHBA 1TQJA 4M7TA 3R8RA 4NJHA 5TIMA 1QFEA 3G1DA 1R2SA 4MLJA 1L6WA 3P84A 1OHLA 4NX5A 2QJIA 4RZ5A 5K4ZA 4PH6A 3GAKA 2ZZ6A 1SO6A 1C29A 2NV1A 1H7NA 4A2SA 3O07A 1GVFA 3Q58A 4CQ8A 3S5OA 3TSDA 2EF9A 2QR6A 1XBYA 2PE4A 1L6SA 3S8HA 3IIVA 3IIOA 3FEMA 5F2IA 1LROA 1ICPA 2RKXA 5LZLA 2V2HA 4JTEA 2NXHA 3BV4A 4S1FA 1XM3A 2Y7DA 2QKFA 3PUOA 1GVQA 5L9FA 3STEA 3BLIA 4IMDA 2ZZ1A 2JKEA 3WK3A 4JY9A 3KAOA 2C19A 5I3JA 1LRNA 2B7NA 4NNCA 3B0UX 4P61A 3NXFA 3W2LA 3RLVA 3F4NA 4NJKA 1W3NA 3LTYA 3NM3A 4O4VA 3CTLA 1VH7A 5FEPA 5GVJA 3B04A 4IUOA 1VZWA 3TA6A 2CZEA 2NUYA 1QPRA 3LHWA 3C52A 3DI0A 4K37A 5K9CA 2ZFAA 3TFCA 3TK7A 1VYRA 1GJPA 5C6MA 3EKLA 2CLHA 2BTMA 5D33A 5A5WA 4LUIA 1TQXA 4Z0JA 4N9DA 3P7YA 3DFSA 4BK9A 3KRSA 4IPIA 3WJXA 1OYCA 2WKJA 1QNVA 5HQEA 3QRHA 2A7NA 4TMCA 2GQ8A 2EAWA 4O10A 1UASA 4K36A 1K8ZA 3E0IA 2FFCA 3RFAA 5LHEA 1FXPA 5F2LA 3SW6A 4M6VA 3P67A 5F2MA 3G1AA 2JGYA 4J9JA 4IOTA 1YPFA 1SUXA 3NVTA 4KFPA 4UTTA 1TPWA 5J5DA 1OFAA 4UFIA 2ZA2A 5K4XA 1X7FA 2VELA 1BWKA 2C6QA 5BW6A 4MLRA 2CLEA 4CNNA 3PAJA 3LV5A 4LV9A 1TCDA 1FWNA 4NXKA 5LSMA 3PC0A 5DBUA 1HUVA 1OX5A 3BW3A 4CNPA 4WY0B 3FJ6A 4Q4KA 4UNLA 2QDHA 4N4PA 3MP4A 4Y6GA 4O15A 1GZGA 3PR2A 1VR6A 1ZALA 3DHDA 1KTBA 4OU1A 4TMBA 2G97A 3VKJA 1XI3A 3TNOA 1XXXA 5AHMA 3CWNA 1PV8A 3EWXA 4K8EA 1TPB1 4MZYA 3M9YA 5CZ0A 1TRIA 3M44A 1HO4A 4LC8A 3DXIA 3NM1A 1MXSA 2F7FA 1H5YA 4UNKA 5HWMA 4JTHA 4C1LA 3W88A 1PHQA 5D04C 3W87A 1TTIA 1HG3A 2FDSA 3L67A 3G0UA 3A9IA 2PRLA 3S5ZA 3CEPA 5AC8A 3PG9A 3C61A 3KHJA 3HOJA 4GJ1A 3E96A 1TPDA 3TC7A 4AWUA 3DGRA 3LLDA 4LY8A 1Y0EA 3DFQA 1SSGA 4HPXA 4IMFA 4OGZA 3P8IA 1Z41A 1KM5A 5DCEA 3GXNA 1C8VA 4S2BA 3EX6A 3LHYA 2Y7FA 4BI6A 2YGYA 3W75A 2KZHA 1I45A 1G6CA 4WX2A 1WYIA 3L66A 2QUVA 5J5RA 1FXQA 3H55A 3LRKA 3LHUA 4HNNA 3R5EA 1GVRA 1TPC1 1OFBA 2GUUA 3IVTA 1OX4A 2Y89A 3QFEA 4FNQA 3S1UA 3IV3A 4JEQA 4BR1A 1F6KA 3GNDA 2IQTA 2ZRWA 5HJLA 3N73A 1JCJA 2C13A 3KVMA 1JR1A 3L65A 2ABBA 3RLUA 1O5XA 5KTLA 2V0TA 2V82A 3B03A 3QMRA 2BLEA 2Z6JA 4UMAA 2DP3A 5KSWA 3TH6A 3VI2A 3EKZA 3BO9A 3TX9A 3OVQA 3R13A 3W73A 3WK0A 3FYPA 1K3UA 2BZNA 2LLEA 4FNPA 4PFMA 3OEXA 2VXNA 1KBIA 1HO1A 3OG3A 1T96A 2NZLA 3PBYA 4O16A 5T26A 3QW3A 2YFNA 4ZQRA 5EBUA 1KFLA 1EEPA 5AHFA 2NUWA 3DFOA 3IEBA 3N2MA 4JNMA 5D30A 4XBKA 2XFWA 4WY0A 1NVMA 2E6FA 4BI7A 1UB3A 3QMSA 2R8WA 2NWSA 3INPA 3LHTA 1AW5A 5L6UA 5DCBA 3CHVA 5D2WA 5CZTA 2YW3A 4C1KA 3VNDA 1YXYA 4BI5A 3EWWA 3KRZA 2E6YA 2GQAA 3BLEA 5C2XA 3ZWTA 1LRTA 1T0OA 5AN7A 4Z1CA 4UTHA 2Y7GA 3L5LA 3WJYA 3N3MA 3D0CA 2FQIA 2QJGA 4O1CA 3NGJA 4IGHA 3W7HA 3NZ1A 2QCMA 1FWRA 1I2NA 4N02A 5AYZA 2EKCA 4IPJA 1XKYA 2BX7A 4GUJA 3SJ3A 1MEIA 3LB0A 1JUEA 4GC4A 3G0XA 3L68A 3HJZA 4EOUA 3PULA 3P60A 2ATSA 4M5PA 3NNTA 3UWWA 1EB3A 1I2OA 3GDKA 4QISA 1TPVA 5U4NA 3LXAA 2DZWA 2W0UA 3MHFA 1THFD 3S1XA 3HGOA 4E38A 1SR9A 1H7RA 1A5BA 1XDLA 4A3UA 3DFPA 2B7QA 1GG1A 4BWLC 3HG2A 1QPQA 4RV8A 1SFLA 3HF3A 1YXCA 4BF9A 5ABTA 3W1MA 2H3BA 1MZHA 5BMWA 4UFLA 5I3IA 3TXVA 1BWLA 1VYSX 3NPUA 1PE1A 2Y62A 2PRHA 3PS7A 4MY1A 2GJLA 4ZZ9A 2DZVA 4JYFA 4A21A 2E68A 1KTNA 4MZ1A 1LDCA 1KM4A 3R12A 2Y70A 5AYYA 4WY0F 5FF7A 3STCA 5EMUA 1Q6RA 4N4QA 5SWUA 3EWYA 3CU2A 3O06A 1ML1A 3W2NA 5C5YA 5DXYA 4GUHA 2JK2A 4JYDA 2GOUA 3W71A 5EA9A 4M7SA 1XC4A 5LNVA 1YLVA 1I8JA 3TC6A 2CLOA 4LUJA 2X30A 4WD0A 4QIUA 3B05A 3NQFA 3QF0A 2WPBA 5D2YA 1UJPA 3LXBA 4Z1BA 1X1ZA 4WJEA 4PTNA 3NEVA 1IGSA 2QCNA 8TIMA 1FQ0A 4LT9A 4DO6A 3W7GA 2Y85A 3NL6A 4R7JA 4XQ6A 5LHFA 2FB3A 3G8EA 5G4WA 1OF6A 3MI3A 3SZ8A 2EHHA 1DHPA 2FPYA 4RJEA 1KV8A 3FYOA 3LCHA 1EWEA 4W9TA 2CWNA 5F4XA 2HS6A 1X6UA 4FX7A 5DELA 2QAFA 4MIMA 4FB7A 3M6YA 3W85A 1O94A 2JKPA 3IGUA 5D2XA 1AG1O 3WK2A 3LOTA 3PBVA 3R2GA 1PIIA 2VEMA 4ADTA 3ZS4A 4ZMGA 3MBDA 4UR8A 2FLIA 1I2PA 3CT7A 3P5YA 3M7WA 1GTEA 4NU7A 3MW7A 4FIRA 3SIZA 2EPHA 1S5TA 1WBHA 3GVGA 2A7RA 4NZFA 1LOSA 3YPIA 2OMAA 3PSWA 4LRTA 3O6CA 4O57A 4OE7A 4CCDA 2F84A 3T4CA 1HFBA 2QCGA 3ZR4A 3GNNA 3W1LA 4ZQMA 3KX6A 3T44A 4R53A 4NT0A 2XN1A 2Y88A 3KVLA 2HTMA 4A2RA 2QCLA 3ABQA 5F2GA 4WUIA 3LBMA 4YMZA 1EA0A 4Z08A 1P0KA 1WAUA 3W2KA 1EP1A 4KFNA 1I2QA 1DVJA 4R34A 3SECA 1G69A 4IXHA 3FFSA 2DZPA 4NZJA 5EY5A 3QMTA 1G4PA 1D3GA 1A5CA 3UWZA 3C0JA 5FEXA 3QH2A 3B0PA 4I7WA 2WV8A 5LNWA 2V5LA 5HMSA 4DF0A 4KFOA 4YXGA 4UTMA 1PCKA 4KWWA 4K39A 3S9YA 3TJLA 1LORA 5EKYA 3UZ5A 2QUUA 4K38A 2V9DA 1Z44A 3N9RA 5AHNA 1W8SA 4CNOA 3JR2A 3QEZA 1FWSA 5H2ZA 2FTPA 3M16A 4GRSA 4UXDA 1A5AA 2HSAA 3NQGA 3NOEA 2X2GA 4WOQA 2PURA 1GVSA 3A5VA 1SO5A 2ZTJA 3W7JA 2WNZA 3L2IA 1JRCA 3BW2A 3HQ1A 1IXOA 4MYAA 4RZ4A 1RQHA 2TYSA 1G67A 4X22A 1VCFA 2QUTA 5IM51 3IVSA 1ADOA 4H4IA 2P0OA 2R94A 1R47A 1FWTA 1FWWA 3BPWA 1UCWA 3GK0A 1R2RA 4MUZA 1XUUA 3TXZA 4UMCA 4ORIA 1NSJA 1FDYA 4RX0A 3T40A 3PB2A 1LLZA 3G1SA 3PM6A 4H3DA 2Q3RA 4GXMA 3UYCA 1O95A 1W31A 5AHIA 4IMCA 1QR7A 1YPIA 5LGXA 4LOCA 1P0NA 3CIXA 1MSSA 1TYGA 1W5QA 3GAYA 4TX9A 4N6FA 1B9BA 1TPUA 3M47A 4WOZA 1H7PA 5EYWA 4JIPA 2C14A 2JKAA 2C16A 3P74A 4Q32A 1EUNA 1XFBA 3BLFA 3O63A 2NV2A 3AO0A 4U28A 3FLUA 5DCDA 2AGKA 3R89A 1TB3A 1TPH1 2Y63A 1W3IA 2VFIA 1DKWA 1SZGA 2J9XA 1TREA 2ZRUA 4N2YA 3QPZA 1GWJA 2E5DA 3W7PA 2R91A 3JS3A 2ZRXA 5FF2A 4N6EA 2YCEA 2TSYA 1Q6LA 2YYUA 1KM0A 2YZRA 4O28A 3S6DA 3LLFA 1TMHA 3W76A 4DF1A 2E5CA 4O12A 3U6WA 3LI1A 1CI1A 1TV8A 2QAPA 1IXNA 1LP6A 4E2DA 3EXTA 5G1TA 4QAIA 3AJXA 3O16A 1H1ZA 1OFRA 5FF0A 2JBMA 4D2JA 3M5YA 1K02A 1KM6A 1TJPA 3O05A 2QDGA 3W72A 4JTKA 3TQ0A 4NVTA 4BWLA 1XBVA 1SW7A 3M41A 5CPNA 4JY8A 4UTJA 4JIQA 1OF8A 3UWUA 4UTLA 4FNTA 3NDOA 5IBXA 3N9SA 4QNWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2C13A

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