2C16 | Genus

Total Genus 114

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	333
structure length	325
Chain Sequence	FTPANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAYASAYYGPFRDAVGSNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6068501233539658__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6068501233539658__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2C16/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6068501233539658__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6068501233539658","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2C16/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6068501233539658__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfcbd31a939983f3dad274b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfcbd31a939983f3dad274b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfcbd31a939983f3dad274b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfcbd31a939983f3dad274b/pdb.gz): 117 ms

reading 325 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

325 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:324});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Pseudomonas aeruginosa
publication title	Probing the Active Site of Pseudomonas Aeruginosa Porphobilinogen Synthase Using Newly Developed Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus	114
structure length	325
sequence length	333
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2005-09-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2c16A00

4OWGA 2FB2A 3EWWA 4N4PA 3PR2A 2DZXA 1I4NA 3STFA 1PV8A 4AWTA 2JBMA 3TFCA 3F1QA 4GWEA 3MI3A 4W9TA 2Y7GA 2GUUA 4YL2A 3OA3A 5EL1A 1KFCA 3C2VA 4LVDA 3S5ZA 3QMSA 2QF7A 1TPB1 3GYEA 5FEZA 1UBSA 3A23A 3LB0A 3PWAA 5LHFA 5BW6A 1SSGA 1W37A 1C9DA 4IX0A 1TQJA 3EX4A 4PTNA 6ALDA 3DFOA 1O60A 1AW2A 5J5DA 2QCLA 3O15A 3O05A 4K37A 1TPWA 5TBOA 3LBCA 2J88A 2YPIA 3UWVA 2YFNA 1LRNA 5K3VA 3QQ0A 1HTIA 1SO6A 1MEWA 4LVGA 4XTDA 4ZQMA 2DORA 2NWRA 1L6WA 3TW6A 5A5WA 3UNDA 1LROA 1QPQA 4FHAA 3FJ6A 4N6EA 1BWLA 1VC4A 2A7RA 4O28A 2Q8LA 3UY7A 3TCEA 4AF0B 2ZZ1A 4BI7A 3WK1A 1DOSA 3UWWA 3BGJA 5BRBA 3W1NA 2CU0A 5FF7A 4WQ6A 3EX1A 3LTPA 1X6UA 3IVSA 3OIXA 3W7OA 1XUUA 5BOOA 5AHNA 3ABRA 3G1YA 2QCHA 5EKYA 3CWNA 5I3GA 1IXQA 2XN2A 3HF3A 3SJ3A 4ML9A 2X1TA 1WYIA 3INPA 1K8XA 3THQA 1ME7A 4O0ZA 2A7NA 4LC8A 4UXDA 3NNTA 4LW7A 4GNJA 1QPOA 5D30A 3WK2A 5AHMA 3D0CA 4UMBA 1CW2A 1RD5A 4UTKA 4GC4A 4RV8A 2QCMA 3GNDA 4QITA 1YPIA 1KM5A 1FCUA 2NZLA 1LLWA 2C1HA 1W3IA 1WOBA 2VEPA 1BEUA 3CM4A 5K4XA 4C1KA 3SGZA 1I2PA 4POCA 4EOUA 4Y9AA 2VXNA 4IPJA 3EX6A 2C16A 3C56A 4N9EA 3M0ZA 4AAJA 3C2EA 3G8EA 3W1QA 2CWNA 4RCXA 1EA0A 3C2FA 3IGXA 2DZPA 3FOKA 3W1XA 1TSIA 3LM7A 4RXFA 4UTUA 2GOUA 4GRSA 4AVFA 5HWMA 4O4VA 5LKYA 4DF0A 1RPXA 3TIMA 3BPWA 3DKJA 3G0XA 3LX9A 2CLKA 2EGZA 4M7SA 4CNOA 1MXSA 1WXJA 3FYOA 4Z1CA 2DZSA 4A29A 4UTHA 2ZZ2A 2PC4A 3KX6A 2ZRXA 2E77A 5F2LA 5KZDA 4QAIA 5AC7A 3P5YA 4WZHA 4WOQA 2V5LA 4DBEA 3BLEA 4QSHA 3TDFA 4XZ9A 2JK2A 3PUDA 1DQXA 4O10A 1Q6QA 1LRTA 4MLRA 2YR1A 4E2BA 1VHNA 3I7RA 4MYAA 5DCEA 4HKPA 4LY8A 4K8EA 3L0GA 1A5SA 2RDTA 3W2MA 4IMGA 3TSDA 5DN1A 1KBIA 4UMAA 1I2NA 3W86A 1KFJA 4FXSA 2YZRA 2AAMA 2ZBTA 3W7HA 1YLVA 3LLDA 2ZZ7A 1TPDA 3AJXA 1G7UA 4N4QA 1JJKA 2DU2A 2Y88A 3EWZA 1UB3A 4MZYA 4GUGA 3W2LA 3ZS4A 4JGDA 5G1YA 4JTUA 2GQAA 3DFPA 4BK9A 3A24A 1SFJA 4MIMA 1OX4B 1FY6A 2VFDA 1W3NA 4LVFA 1WBJA 5FI8A 2ZFAA 5HR6A 2C0AA 5MHBA 1H7WA 1H7RA 3KHJA 3SI9A 2QR6A 1TREA 2J9YA 3UWUA 3PAJA 5HJLA 4FNRA 1SO5A 2H90A 3S1WA 1GJPA 5K7JA 3ATZA 4JIPA 2DZWA 1YTEA 2B0MA 1GWJA 1XUZA 4BR1A 4BI5A 5DXXA 2QAPA 1H7XA 1QPRA 3UXAA 1TPVA 4Y8FA 2B7QA 4AHOA 3L5MA 3TXVA 5F1VA 2VEIA 2O7QA 2PRHA 1P0KA 3VFLA 3DGRA 5I3HA 3W22A 3NDOA 3HGSA 1FUYA 5D38A 1UCWA 3LRMA 3PBUA 1TIMA 3EX2A 3C8FA 3O06A 1EP3A 3LHUA 4TMCA 4C1LA 4NU7A 1IIHA 3O16A 4IXXA 3W7KA 5DY3A 1WBHA 4Z1BA 4FNSA 5C55A 4K6AA 1X8FA 2ZRUA 1RQHA 1W0MA 1KM4A 2R8WA 2ZZ4A 2XN1A 1GQNA 3TV8A 2FPTA 3FYPA 1EPXA 2LLEA 1T99A 2IQTA 2EF9A 5DCDA 1GT8A 1B9BA 4Q33A 5CPNA 3W85A 3MBFA 1T0OA 3W6YA 2A5HA 2DZVA 3HPXA 3UD6A 3LXCA 2QKFA 1BWKA 3VI2A 3LCGA 3UZ5A 3O6CA 3DFNA 1OYCA 3FEMA 3LERA 5F4SA 3GKAA 3A9IA 1JUBA 1SQ7A 1TPC1 3IRDA 1XI3A 1YDNA 2FQIA 1WV2A 3G22A 4HSOA 4CLMA 5J5RA 3TQ0A 1JRCA 3DHDA 3SW6A 2ZA2A 4UFHA 4JY8A 1VZWA 1A53A 4Q32A 4WX2A 4L4LA 4JYDA 1MSSA 1PHWA 3GXNA 1JCXA 2FTPA 1H63A 4G1KA 2ISSA 3L5AA 3M47A 3L21A 2RFGA 3B0VC 1A5BA 1AL8A 3W7NA 1KFBA 3W73A 1PE1A 2EPHA 1QO5A 3WJXA 2ALDA 3EEGA 5IBXA 4NJJA 3M6YA 2Y85A 1TV5A 2E1DA 3UPWA 2TPSA 3M16A 1H7NA 4X3ZA 4FNPA 3L5LA 1H62A 2RDWA 4GE8A 3NQVA 2P10A 3ABQA 3A5VA 1FDZA 4TX9A 4O0KA 2A21A 1S5WA 2Y7FA 1LM1A 2NXHA 5IM51 3GXPA 1ZHAA 2VFIA 1Y0EA 3E49A 4GBUA 3NM1A 5DBTA 3S9YA 3NYZA 2Y62A 2ZCGA 1DKWA 1F05A 3LLFA 4LTSA 1TTPA 3TSBA 4Y90A 3BG5A 5G1TA 3STCA 2ZZ6A 4NX0A 3OEXA 3C52A 2HSAA 4UR8A 3EWXA 1AMKA 4EVZA 2E6YA 1LBMA 4XQ6A 3W83A 3UWYA 3NPXA 4YCOA 4L4MA 1VHCA 5LHEA 2NV2A 5DLCA 1S5TA 1C29A 1K8ZA 4NZJA 4O1DA 1VPXA 4CQAA 5U4NA 1ICPA 3U8GA 3F4WA 4OQVA 3LRKA 5F4WA 2XFWA 4J9JA 4M5PA 1ZAJA 3W1RA 1SFLA 2CLMA 3M1ZA 2C14A 1NF7A 1L6SA 2VFGA 3TK7A 5HWJA 3TUUA 1GVSA 3W72A 4U4MA 1VCFA 1Q6RA 1JCMP 4KKXA 4LVAA 3LCIA 3JR2A 3VE9A 4JTGA 1H5YA 2NUYA 1F6PA 3M5VA 4MKNA 6TIMA 1OYBA 3W7LA 1TMHA 2DP3A 4CCCA 4JYEA 3FKRA 3QH2A 4NX5A 1JRBA 3DI1A 2YFOA 3GAKA 4JR5A 3QRHA 4GUHA 3PUOA 1ZAIA 3LCLA 4JNMA 3E0IA 4DXVA 3TQVA 1MEHA 3ANYA 3P80A 3IGSA 2BLEA 2QAFA 3NOEA 3W74A 3NQ6A 1GEQA 1R30A 3LOTA 4MFDA 3DI0A 4LC6A 1ICQA 2J9ZA 4BF9A 2QUVA 3MHUA 2A0NA 3LI1A 4WXZA 1VJIA 3A22A 4N2YA 3F03K 3HG5A 5CZJA 2PE4A 1JCYA 4OT7A 4QJ1A 2E09A 1A5AA 4XKYA 1LCOA 1NF0A 4PC8A 1U83A 1G4EA 2ZDRA 1R2SA 3RLUA 5KSWA 4Z0JA 5CZ0A 4XUGA 3N2MA 2NUXA 3N34A 2DZUA 3M41A 2ZTKA 3T7VA 4HNTA 1B4EA 2JKEA 3W76A 1F74A 1XBYA 4FX6M 4P2VA 3N19B 3OG3A 5LNWA 3NQGA 4S1FA 5AHIA 1ME9A 1GPWA 4K36A 1TPH1 1LBLA 5HWNA 4FIRA 5H91A 4ZVJA 1KTCA 1H61A 5DY2A 1TV8A 4EF8A 4B5NA 3W1UA 1I2RA 5C2XA 4OV4A 3EWUA 2ZYFA 2ZA1A 2V0TA 1F6KA 2NLIA 3G18A 4UNKA 1D3GA 4TMBA 2BSLA 2F7FA 3K30A 5FESA 1I2OA 1WA3A 3ZR4A 4BWLC 1R47A 3M9YA 3I7SA 2Y7EA 4IGHA 3NO5A 1OFOA 1EUNA 4JD4A 2FPVA 3C3NA 3ZFHA 2PRMA 1F2JA 1PHQA 3W2KA 3FFSA 5D2YA 1ZENA 1EX5A 3P61A 4NXSA 3KVMA 1ICSA 3LCWA 4TO8A 5K9XA 2OCZA 5AC6A 2CFFA 3W75A 4RKAA 4N9CA 2GJLA 4KWWA 3BARA 1OFDA 1XBVA 5I3IA 1G4SA 2R91A 4MY9A 2ATMA 4S2BA 1JVNA 1F7BA 1KFEA 2TRSA 1F5ZA 1FXPA 2PURA 3B06A 4PCFA 3EXSA 4ADSA 3HB9A 1GZGA 3QM3A 1LDCA 5HUOA 1DHPA 1YXCA 1PIIA 4WXYA 3S1XA 2Q8ZA 4GUIA 1QDSA 3LHYA 3STEA 3TW7A 1HO4A 4M6PA 3NQ8A 1TCDA 1ML1A 5D37A 4NUWA 4NJIA 4DO5A 4O19A 4GFSA 4M7TA 4UFKA 1DV7A 2QJHA 3NG3A 1YPFA 3C2OA 2ZZ5A 4Z08A 3SGUA 1KTNA 1EEPA 2BXVA 2CZFA 1SZNA 3FS2A 1TTJA 1FCQA 3IIOA 3U6WA 3NR0A 2TMDA 3P81A 2EAWA 3KXQA 2QUUA 4E38A 5BMWA 3BO9A 1SO4A 3WJWA 3N9SA 3EB2A 3G1HA 3WJZA 2V9DA 3PULA 3FJLA 3KRSA 2OZ0A 4MY1A 1W5OA 3CTLA 5CZTA 3B0PA 2J24A 3QW3A 1OJXA 2VKZG 3NVTA 3E96A 4JN6A 3B04A 3GZ3A 1W8SA 1FDJA 1ALDA 2PRLA 1VH7A 1VYRA 1VQTA 3MYOA 3P62A 3QFEA 4E2DA 3MW7A 1H60A 4P61A 5AHLA 3IVTA 4X9SA 3HJZA 1QMLA 3TAOA 1O5XA 1N8FA 5FEPA 2E5DA 4CQ8A 1DJQA 1TQXA 4EWND 2A6NA 1KFLA 5HUPA 4HNUA 4LVBA 3N14A 3W1MA 2I1OA 2CW6A 2WKJA 2WQPA 3BW3A 3DXIA 2E6AA 4R33A 3Q2DA 3BLFA 3SY5A 1V5XA 4UCGA 4JTKA 1GG0A 4X2RA 3DBPA 1O5KA 1G69A 5CPOA 3OVRA 4HPXA 4R53A 4WY0A 2E68A 1Q45A 4JX6A 2E5BA 3W7JA 3R13A 1TPEA 1I45A 4UUIA 4IPIA 1XC4A 3TJXA 5KZEA 3LHZA 1O94A 3YPIA 3GK0A 3S1UA 1JUKA 3JRKA 3MI2A 4FX8A 2OMAA 3I6RA 1SO3A 2X16A 5BMXA 2ISWA 3TC6A 1T8XA 5KINA 1FDYA 3NPWA 1QFEA 4IQLA 4NVTA 1OK4A 3E9AA 3I68A 2JGYA 1QPNA 2QJIA 2VELA 1ZALA 1O4UA 2CLLA 2J9XA 3NQMA 4RZ4A 1TYGA 1JUEA 2CLHA 1GG1A 1VCVA 3TAKA 1TPFA 5ABTA 1SPQA 4JTLA 1EP1A 2QJGA 3NAVA 4XBSA 2Z6IA 5BNKA 2A7PA 3S0CA 4O4WA 5F1UA 3G1AA 3ELFA 4BI6A 2NX1A 3G8RA 4UTTA 2W79A 2NXGA 4LT9A 5LNVA 5SWUA 2RH9A 2CLOA 3WK3A 2NX3A 1TRDA 2H8ZA 4FO4A 4S2CA 3KVKA 4HSNA 1X1ZA 3DFQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1KC7 A;  4BZY A;  1BQC A;  1PB0 A;  1L9W A;  3MHG A;  3P60 A;  2WLZ A;  5A3H A;  1TV4 A;  1XIS A;  5AC8 A;  3K8M A;  5I5R A;  1BAG A;  1B30 A;  2YL6 A;  1RK5 A;  1HP5 A;  1SW0 A;  3VK5 A;  4KT2 A;  3VNZ A;  1E3X A;  3ZLF A;  5DO8 A;  2G4J A;  3AIB A;  1ISW A;  5CJ5 A;  1QR7 A;  5E70 A;  2NVD A;  2WOQ A;  4H6R A;  2EBN A;  3D6N A;  3BG9 A;  1NFP A;  4MJ2 A;  2JF7 A;  3UJ2 A;  3W29 A;  4WY0 B;  1XLM A;  2XM2 A;  3G1S A;  4J3T A;  3NL6 A;  1PAM A;  4IP4 A;  4K39 A;  1GTH A;  1QI5 A;  1XKY A;  1QCW A;  2PBO A;  4I5U A;  1K03 A;  2HTM A;  4HK7 A;  4XBK A;  5I06 A;  5G2W A;  1PX8 A;  5A6B D;  6REQ A;  2C6Q A;  4BQ2 A;  3AIS A;  3PZN A;  4MB4 A;  5G5I A;  4D9P A;  1U5J A;  3NQF A;  4BFA A;  3NWR A;  1XRT A;  2IKJ A;  2J7E A;  3OHM B;  3C2Y A;  1RR2 A;  4K68 A;  5ABF B;  4DUX A;  1N8W A;  3CUZ A;  2G3I A;  1JGM A;  3TQK A;  4O11 A;  4MYX A;  3TLQ A;  4DO6 A;  4DJF A;  3GXM A;  3H21 A;  1UWA A;  4KET A;  2PDM A;  4R34 A;  1AH4 A;  5E6Y A;  3B9D A;  3ITY A;  3WG6 A;  1CGU A;  4PA8 A;  3N1A A;  2ICS A;  3LEP A;  3IS4 A;  1VEM A;  2VM8 A;  5C5Y A;  2ZXB A;  4GAC A;  4D8A A;  2V69 A;  4P8U A;  3TN6 A;  1UR1 A;  3IGU A;  1V6Y A;  4CD4 A;  3RHG A;  4NJG A;  1UHV A;  3L4T A;  1EB3 A;  1T7L A;  4YTU A;  3KRZ A;  3GY1 A;  4FF7 A;  5M03 A;  1E1E A;  1JD7 A;  1EBG A;  3P74 A;  3S8H A;  1ADS A;  2Z00 A;  4LUY A;  2BOD X;  5E0K A;  3ZLG A;  4US5 D;  4LAL A;  1P0B A;  1U1U A;  4S3B A;  3QZA A;  2C19 A;  3QGA C;  3W3O A;  3VM5 A;  2FZ8 A;  4MB5 A;  3ZJ8 A;  4DJD D;  3N29 A;  4AWU A;  3LNP A;  3KRU A;  1W1B 1;  2VVS A;  3E0F A;  5D04 C;  3GD6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2C16A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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