2C18A

5-(4-carboxy-2-oxo-butane-1-sulfonyl)-4-oxo-pentanoic acid bound to porphobilinogen synthase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
333
structure length
332
Chain Sequence
FTPANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the Active Site of Pseudomonas Aeruginosa Porphobilinogen Synthase Using Newly Developed Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 121
structure length 332
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2005-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2c18A00
1MSSA 3ANYA 1T99A 1VHNA 2DJXA 4MYAA 1NAL1 3HPXA 3HJZA 4Z1BA 1H60A 4AF0B 4JTSA 3P67A 4WY0F 3W72A 5F2IA 1KM2A 4QM1A 3GDKA 3W87A 1CX9A 4POCA 1UBSA 3LCGA 3R5EA 4MKNA 3O06A 4Y6GA 4JTEA 1WOBA 1I2RA 1ZY9A 2A6NA 3GLCA 3C2EA 4O1AA 2X30A 1EB3A 3IIPA 3GZ3A 3DFQA 4HIBA 4JS3A 2NX1A 3W7EA 5I3KA 2QJIA 3EX6A 5HULA 1VPXA 2ZZ4A 1IXPA 4NNAA 2Y6ZA 1A5CA 1W5OA 3TSDA 5CZ0A 3MWAA 2FLIA 2DJLA 3CT7A 3QPYA 4E2DA 4ZQOA 5KZEA 1F73A 3FS2A 2QCDB 3MI3A 4UIOA 3NQAA 1SR9A 3DGRA 2ZA1A 3RLVA 4X2RA 1FCQA 5F2LA 4Z0SA 1JUBA 2CZFA 2C1HA 1FCUA 2PCQA 1XBVA 3M0ZA 3BGGA 3PS7A 3TXVA 2QEZA 3LRLA 4TIMA 3STFA 3Q94A 3NYZA 4NJIA 1ICQA 1ZCOA 3G1SA 2E1DA 4N2YA 4JTLA 4UNKA 4PL2A 3LLFA 2DP3A 3W7NA 2ABBA 1FCVA 5L6UA 3NPUA 3FYPA 2B4GA 3NQEA 3VCRA 5D2YA 1QPOA 4LC6A 3CM4A 1LROA 4N6FA 4UNLA 4AWSA 4X3ZA 1EIXA 5KSWA 2ZCGA 4AWTA 4JTTA 2RFGA 3GNDA 3EXSA 4M6QA 4DO5A 1IGSA 1I2PA 1LBLA 1Q3NA 3ABOA 1NF0A 3P80A 2VEPA 5LNUA 2HSAA 5EMUA 4DQWA 2XFWA 4LVGA 4P2VA 5IM51 3TQ0A 3W1RA 5K2ZA 2DZXA 2V2HA 4O15A 3FLUA 3PG8A 1WA3A 4DPQA 1KV8A 4HKPA 5C55A 3L0KA 2A4AA 4LT9A 3W7KA 2JKAA 4O13A 3R12A 3G1FA 4Y90A 4AHPA 2NV2A 1TPWA 1SO3A 1THFD 3W9ZA 4N02A 3G0SA 3PBVA 2V5LA 5EKYA 3C3NA 3O15A 3NQ7A 2QUTA 3PB0A 5KMYA 4CQ8A 2CLHA 3L0NA 1K8YA 2Q8LA 1A5AA 4LNYA 3WJYA 1XBYA 4ZQPA 1HL2A 2ALDA 3QZEA 3M1ZA 1VYPX 3WJXA 4PODA 1GTEA 1SUXA 1JR1A 4NVTA 4O53A 1LYXA 5FF7A 4X9SA 3EXTA 5EYWA 1WQ5A 3QMRA 1U5JA 5HR7A 1HG3A 3QQ1A 3B0VC 2R91A 4WX2A 1VGAA 4IX0A 1LOQA 1OYCA 3GDLA 4UR8A 1VZWA 3BLFA 3P60A 4LRSA 3S0CA 1SZGA 4P61A 3NNTA 2HS6A 3N9SA 1YDNA 1TJRA 1NSJA 4LWWA 4HT3A 4GUGA 3BG3A 3WK3A 2QF7A 5TBOA 2C0AA 3NQ2A 1H7PA 4K38A 1R46A 1QOQA 3UWWA 2C15A 5DELA 3HG2A 1W1ZA 5D30A 2YCEA 4UMAA 3P74A 5CZJA 5LNRA 1C8VA 4AWUA 1IXNA 1WBHA 2NWRA 2DZSA 3OVRA 3CU2A 2W6RA 2RDUA 3VFLA 1YYAA 4Y9AA 3C56A 3ABQA 3RK8A 1ALDA 2QDGA 4WOZA 3W88A 3BW2A 4DO6A 5DY3A 1IXOA 4O17A 1KA9F 1TJPA 5CG7A 4JNMA 1N8FA 1WBJA 4NUWA 1JCJA 2Y7GA 3ZWSA 1FDYA 1VCGA 5CGQA 5AB3A 3W7LA 1EUNA 5IBXA 3QMTA 2ZTKA 2VFFA 5C5YA 2NLIA 1XXXA 1OG0A 3KHJA 5J5RA 2ZZ3A 4UXDA 3U2OA 4AVFA 1QO2A 3HG4A 1DORA 2EKCA 4YMZA 2H3DA 3UWUA 2VKZG 4UTWC 1TPFA 5CPOA 3EKZA 1WAUA 2LLEA 5D38A 4O16A 1VCVA 4UTMA 1MEWA 5AC7A 3W2KA 3W7RA 2VFEA 3B06A 1W5MA 2Y7DA 4N9DA 5CKSA 1KM3A 4RCXA 4O10A 1K03A 3S42A 2B7OA 3IGUA 2O7SA 4NNCA 1JUEA 5K4XA 3M41A 5FEPA 4E0CA 1TB3A 4Y8FA 1TV5A 3G0UA 5DBUA 3S8HA 4I7UA 4FF7A 2NXHA 4LC8A 1CW2A 2AAMA 1C9DA 4NJGA 4LVFA 3SGUA 1L2UA 4ZL1A 5AOUA 2G5WA 4FNSA 1XKYA 1T8XA 4GUFA 4NZFA 2FIQA 3PG9A 4YWIA 2FB2A 1P0KA 1TSIA 1H7XA 1Q6OA 1B57A 3W2UA 5HWMA 1RPXA 3LCLA 1B3OA 3N73A 2ZRWA 3GKFA 3O6DA 3GR8A 1VR6A 2C13A 2V81A 4FB7A 4PC8A 1X6UA 2Z1BA 1LOLA 3MI2A 2ZTJA 4ZMGA 5BMWA 1VYRA 1YPFA 3IRDA 1XUUA 4H3DA 3KRZA 2O7QA 4GE8A 2YGYA 4GBUA 1F6KA 4JN6A 3FJ6A 3TW7A 1SZEA 5F4SA 3QH2A 2OT1A 3BW3A 1MZHA 3A9IA 3EWUA 2Y89A 3HF3A 3DHDA 2ZZ5A 1JRCA 4FX8A 4N4PA 3AO0A 2CLFA 3FIGA 2Y63A 4LUJA 1ADOA 3EX3A 2EF9A 1GVSA 1KLYA 1WOAA 3NA8A 3W7JA 1TO3A 1OX6A 2BXVA 3E96A 1VCFA 3M5VA 3GVGA 1BEUA 5L9FA 2C18A 3LXAA 3G1AA 3W1XA 1WX0A 3DI1A 3PSVA 3MHGA 3SSJA 4WJEA 5D33A 3M6YA 3LXBA 1FWNA 4CCDA 1AW5A 3R89A 1GZGA 3CB8A 5F2GA 1EX5A 3H53A 4RZ6A 1OYAA 4CQAA 3CWOX 4ZQMA 4KFOA 1GTHA 4ORMA 4IPJA 3F4WA 3N3MA 3LXCA 3NEVA 1TPUA 4JTKA 4S2BA 2PURA 1JVNA 5F4WA 3TC7A 1Q6LA 4O4WA 1YTKA 3EWZA 1NEYA 3PAJA 4K36A 1YTEA 4N6EA 4O28A 2BSLA 3RF9A 3UWZA 1P4CA 5LHEA 2WPBA 4LY8A 5F1VA 3UPBA 1SFJA 1OFBA 3S5ZA 2YPIA 3BLIA 1OFAA 1BTMA 5AYYA 2DZPA 4XTDA 4HPXA 3I7SA 4S2CA 3T55A 4FHAA 3OG3A 1J2WA 3QF0A 4MY8A 1FXPA 3G1HA 4ZQRA 3HQ1A 3W1NA 3G8RA 2I9EA 2YW4A 3I65A 3W2JA 4JEQA 1W3IA 3W85A 3R2GA 3STGA 3G8EA 1B4KA 1B4EA 3A21A 4XKYB 3TA6A 3W1QA 1H51A 1H5YA 3E49A 4KWVA 2H8XA 3C2FA 4A21A 3GXPA 2G95A 4ADTA 2YYTA 1I2QA 3DFNA 3L0GA 1XDLA 4MPQA 2CW6A 5F1UA 2F84A 3MUXA 4JIPA 4UTLA 3IIZA 3NL2A 5D09A 2NXIA 3GAKA 2JBMA 2DU2A 2FPVA 3N2MA 3DXIA 1K7EA 3W23A 3TE9A 3Q58A 5AFDA 1SZNA 3S1XA 3QJAA 2ZRXA 2OZ0A 5HR6A 3JR2A 4W9TA 3ABRA 1W56A 1MXSA 4M7TA 1H62A 4PL1A 3UNDA 2C14A 4IWWA 2E09A 3C2RA 1ONRA 2CZEA 1FWRA 1VJIA 3C0JA 2VFIA 5FESA 4QNEA 1FDJA 2GJNA 1SW3A 3P84A 4EF9A 3GDTA 1ZNNA 2NZLA 1I45A 3GDMA 3PWAA 4O1DA 4JGDA 3V1PA 4WOQA 4AHOA 3O6CA 1G67A 1IF2A 5BNKA 4TU1A 3WK0A 4HPJA 2AGKA 3W3OA 3G0XA 3LCIA 5DXXA 3OHIA 2ZFAA 5DN1A 3EX2A 4ONVA 3G1VA 3VE9A 1N55A 3FKRA 4XBSA 2DORA 3ZS4A 3W2MA 4JY9A 2I1OA 3T7VA 3GAYA 4JXCA 4JDYA 3U6WA 4QAIA 3NM3A 3LTPA 3C8FA 4UTWA 1TYGA 3L5LA 1KBIA 2EAWA 2B7PA 3MHFA 2P10A 2NUXA 2Y61A 1PE1A 3A23A 5G1YA 1LM1A 5BRBA 2ISVA 3TXZA 3MHUA 1AW2A 3AJXA 2WV8A 1V5XA 4OV9A 4Z1DA 3DKJA 2VENA 4FX7A 2X1RA 2QCEA 2TPSA 5AHEA 3E9AA 4O57A 3PUEA 4R53A 3W7IA 3NDOA 2CU0A 3HB9A 1K8ZA 4JICA 2E68A 1QDSA 5BW6A 1E51A 1H1ZA 1QNVA 2YXGA 3B0PA 4NU7A 3W83A 8TIMA 1Q6RA 3RU6A 1OK6A 1ICSA 1LRTA 4MFDA 2VEKA 3TNOA 1ZALA 4GUHA 5DCEA 3QW4B 2V9DA 4O12A 2XN1A 3I7RA 5I3FA 2E6FA 3MW7A 4BK9A 1KFBA 3CQ0A 1YXYA 4K37A 4JYEA 3I68A 2B7NA 1UUOA 5E0KA 2IQTA 5U4NA 5LSMA 4MJMA 3M9YA 2R14A 5K7JA 3MP3A 2PC4A 3PY2A 1R30A 5D2XA 3YPIA 4B5NA 1TPVA 3O16A 2Z2UA 4ORIA 4NJJA 2QCMA 1U83A 2VELA 1LBFA 4OQVA 1S3HA 1F2JA 3M44A 3DHFA 4OBTA 1GG1A 1K7FA 3MYOA 3GKAA 5EL1A 4K6AA 3O63A 3F1QA 5D2VA 3KX6A 2R94A 1ME8A 5LGZA 1A5BA 4Q4KA 2GPTA 2XN0A 1TRDA 2C6QA 2J9YA 1ME9A 3W22A 3SI9A 3L68A 2ZA2A 4HNTA 2GOUA 3IVUA 4N9EA 4LUIA 1GVOA 4UFLA 3CHVA 1SU5A 1KM4A 4HNVA 3BARA 2ABAA 3ELFA 3IGXA 4JYDA 4LTSA 5EBUA 3M5YA 3CIXA 1G4SA 3P5YA 2DZTA 3TSMA 4UMCA 4A3UA 1PVNA 2BLEA 3B0UX 4HNUA 1TPH1 3I7QA 1Z42A 1O5XA 1SQ7A 5DY2A 2YFOA 4HSOA 2A7RA 4JIQA 4KFNA 3W74A 3TSBA 1G6CA 1TPDA 4M6VA 3LHWA 1EWDA 3NL5A 2Y70A 3CLMA 3DFOA 4XTIA 3W6YA 3QPZA 1CI1A 3MJYA 3LCXA 3LBMA 2KZHA 2EHHA 3TU9A 4O1BA 4C1LA 1R2SA 3DKLA 2UV8G 4JX4A 2I14A 4FIQA 5KTLA 2QDHA 3JS3A 4AMAA 5AYZA 1OFRA 4KWWA 3TFXA 5C2XA 3TQVA 3WJZA 2FPTA 4RK8A 1F5ZA 1GG0A 1SW0A 1TQXA 4A22A 3KVKA 2H3BA 1UB3A 3INPA 1SO6A 4NXKA 1LLWA 1O60A 4FIRA 4FNTA 4UTUA 3NGJA 2E6AA 4CNPA 3KRUA 3NR0A 1KM0A 4XWUA 5G2HA 2EPHA 1LOSA 3THAA 2HTMA 1VHCA 3WK1A 1UJPA 3OA3A 1L6SA 3W1AA 1KV5A 1YDVA 2WNQA 3VE7A 2C19A 3PUDA 3UPWA 2CLEA 5F2MA 1AL8A 1OFQA 4BI6A 4LU0A 3CTLA 2RKXA 2VOMA 3UWYA 2BTMA 3NO5A 4LW7A 1RQHA 4PTNA 1AMKA 2QUVA 4QISA 2YFNA 3I6RA 5TIMA 5D32A 2A5HA 5E1QA 2C3ZA 3NL6A 1IXQA 1I2OA 4I9AA 3SJ3A 3EKLA 4JX6A 5TQLA 1W54A 5LGXA 3F4NA 1HO4A 1FWSA 3LV5A 1XFBA 5EY5A 3MI6A 3CWNA 1LBMA 3NVTA 3PSWA 1LTDA 1PHWA 5EA9A 1H1YA 3W1UA 3GR7A 3S5NA 3W71A 4DF2A 4IMGA 1AG1O 5DBTA 1NVMA 1W3NA 3TH6A 3LCFA 1F7BA 1ICPA 1RVGA 3QRHA 1SO5A 1Z44A 4N9CA 4XZ9A 3A5FA 1DVJA 2TRSA 4AHQA 4EF8A 5FEWA 5G5IA 1JULA 3DBPA 3NQGA 1RQEA 3GYEA 1RQBA 1BWKA 3EWWA 4R33A 2D73A 3LHZA 3VKJA 4LS1A 4GUJA 2HMCA 5FEXA 2ZRVA 3GB6A 2QCLA 4KKXA 3KVLA 2NX9A 4FO4A 5LHFA 3QQ0A 1EWEA 4K8EA 1O94A 4MOZA 4UFKA 3QEZA 3W07A 1LP6A 3G1YA 4DO4A 1S5WA 2W0UA 3LHYA 2P0OA 4AB4A 3B04A 4IPIA 3WJSA 4GNJA 2X1TA 4ADSA 2Q8ZA 3SW6A 1KTNA 3JRKA 4WXZA 3EX4A 1X1OA 5DXYA 1OVDA 4UMBA 1VRDA 1JQVA 4UFMA 1GYNA 3NPVA 1GVFA 1OX4B 1RR2A 2XN2A 2CFFA 3W75A 3NQ8A 3BG5A 4FNUA 3SY5A 2WKJA 1WXJA 1AW1A 4O8RA 4YCOA 1XDMA 4BI7A 3B03A 3C52A 2RH9A 3IVTA 4BFAA 1TCDA 5D2WA 1HFBA 3E0IA 1G4EA 2F7FA 2GQ9A 3ABSA 3SR7A 2V82A 3TC6A 3M7WA 3UY8A 2ZZ6A 4S1FA 3TJLA 3NL3A 1JUKA 4FXRA 5SWUA 5D37A 3EX1A 4J9JA 3V75A 1GVRA 4AAJA 2E5DA 2YDAA 4DELA 2BZNA 2CLLA 1KTBA 2ZBTA 5C54A 3CIWA 4GXMA 2X1SA 4QJ1A 1GQNA 3HBLA 3A22A 4JD4A 4JTJA 2GQAA 3S1WA 2QJGA 3M43A 2A7NA 1LORA 3LTYA 3PULA 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 1G4T A;  2J88 A;  1OYB A;  1MEI A;  1KTC A;  4FNP A;  2DZU A;  1FDZ A;  5HMS A;  5HUO A;  3KOF A;  4BF9 A;  4LVB A;  2TMD A;  3IIV A;  4HHP A;  1TQJ A;  3TV8 A;  3BV4 A;  1QR7 A;  4FXS A;  3ATZ A;  3Q37 A;  3P8I A;  1HTI A;  4NNB A;  3LOT A;  3QM3 A;  4JYF A;  3S6D A;  1HUV A;  3NQF A;  4WQ6 A;  3GDR A;  4CNN A;  3SZ8 A;  1O95 A;  1OFP A;  1JQX A;  2Y85 A;  1PS9 A;  4IGH A;  3PR2 A;  4IJB A;  3WK2 A;  1SPQ A;  5C6M A;  1OX4 A;  2JK2 A;  5E93 A;  1UCW A;  2A7P A;  4O52 A;  1V7Y A;  4UR7 A;  1PHQ A;  1L6W A;  5HJL A;  4AEO A;  4PEK A;  5FEZ A;  2NUY A;  5IBX C;  3D0C A;  3LHT A;  1LZO A;  3P61 A;  2WSR A;  4CQ9 A;  4A2S A;  3TKF A;  1H61 A;  4OT7 A;  4O14 A;  3T4C A;  1FXQ A;  1M5W A;  1KFL A;  1M7P A;  4E38 A;  3B8D A;  4LOC A;  5FF3 A;  1XCF A;  4TMB A;  2ZZ1 A;  3MP4 A;  4PCF A;  3RND A;  1R47 A;  3T78 A;  2FQI A;  3FFS A;  4NQ1 A;  5CZS A;  4EOU A;  5AHM A;  4N9B A;  4JDB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RX2 A;  4Q22 A;  2O4Q A;  1NAL 1;  4M51 A;  3RM9 A;  1G0C A;  4Z1B A;  2ACR A;  2X0S A;  2XFY A;  4KCW A;  3GDK A;  2Y8U A;  4NIR A;  3CUF A;  5HPC A;  1UBS A;  1UPM B;  3LCG A;  1PX4 A;  3O06 A;  4JTE A;  1XIE A;  1NWR A;  1WOB A;  1I2R A;  4NAF A;  3ZQ9 A;  4CN1 A;  1EB3 A;  1TIW A;  3GZ3 A;  4NRR A;  3VIL A;  4Q7I A;  3PHA A;  4ZXL A;  1VPX A;  3K13 A;  1BHG A;  2ZE0 A;  3AQU A;  2XIS A;  2DJL A;  3CT7 A;  1VFM A;  4PUU A;  2ZUW A;  4GIR A;  4D9P A;  3FS2 A;  1PKY A;  3M0V A;  4UIO A;  2PDU A;  4D6F A;  1QW9 A;  4Z42 C;  2BVY A;  3WLM A;  4FK9 A;  2VWS A;  1JUB A;  3WLI A;  2C1H A;  4MB4 A;  3M0Z A;  3A13 A;  3BSM A;  1AFS A;  5C2C A;  4KCT A;  4B15 A;  1EXB A;  4N2Y A;  1GCY A;  1QHO A;  1EO7 A;  3OA5 A;  3D3A A;  3W7N A;  9RUB A;  2OSY A;  1FCV A;  2TAA A;  5FJP A;  2XUC A;  2AAA A;  5D2Y A;  3WFZ A;  2QMJ A;  4M1B A;  3ME3 A;  4HCD A;  3WLN A;  3FA3 A;  3PWG A;  1MW1 A;  3CM4 A;  4UNL A;  1X6N A;  3VNY A;  4X3Z A;  5HOS A;  4KBX A;  5KSW A;  4AWT A;  4MDP A;  2RFG A;  4M6Q A;  1IGS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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