2C19A

5-(4-carboxy-2-oxo-butylsulfanyl)-4-oxo-pentanoic acid acid bound to porphobilinogen synthase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
333
structure length
332
Chain Sequence
FTPANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the Active Site of Pseudomonas Aeruginosa Porphobilinogen Synthase Using Newly Developed Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 124
structure length 332
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2005-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2c19A00
2ABBA 1IXPA 1OF8A 4BWLC 3TQ0A 4XBSA 3TW6A 3WJSA 5T26A 5DCBA 3GAKA 2Y63A 2CW6A 2YSWA 3ABOA 1ICPA 1ZALA 3NPWA 3INPA 4JNMA 4LS2A 5G1YA 1EP2A 3L9CA 3PY2A 4XZ9A 1C29A 2GQAA 3W1TA 1FWSA 4IX0A 4E38A 3NA8A 5A5WA 3BW2A 3QFEA 6TIMA 4N02A 3TDFA 3NQ6A 1TIMA 2VELA 4A22A 4XWUA 5AHIA 3STCA 2Q8LA 4OHQA 1W5OA 3IIOA 1RVGA 2QCCA 3U2OA 1KA9F 3DI1A 3HG4A 4TU1A 4AHPA 2ABAA 1TJRA 3N34A 1H62A 3LX9A 4UFJA 2DZUA 4LVDA 1K8ZA 1CW2A 4UTIA 1LDCA 3VFLA 1UASA 4JIPA 2V2CA 1PHWA 4IJBA 2W6RA 5F1UA 2Z2UA 3UPBA 3NQDA 2WJZA 3LERA 4UTMA 3BW4A 4YMZA 2XFWA 1H7OA 3D0CA 1TPVA 1LLWA 3M16A 1OFOA 3SGZA 1NEYA 2Y85A 2Z6IA 2J27A 2J9ZA 3STFA 3EWXA 1SR9A 2Y88A 2E6FA 1DBTA 4JY9A 3W6YA 2BSLA 3NM3A 3GDKA 4QQ3A 3G22A 2YR1A 4GJ1A 1SQ7A 4E2BA 4K36A 3DU0A 2CZEA 3I7RA 4HPXA 1DVJA 3P62A 2C18A 4WY0B 1AW1A 3LCIA 5EYWA 1ZHAA 4ZQNA 3PBVA 3PUDA 4FNRA 4NJJA 4Z1CA 5HMSA 1IIGA 1F7BA 1H60A 3IGUA 1FCVA 3UXAA 3NGJA 3PC0A 1DQXA 1H1ZA 4K7VA 1L2UA 2RDUA 4RCXA 4M6VA 2ZZ3A 3F4WA 1MEIA 2W79A 4IMDA 3KXQA 3ANYA 3T40A 4JTKA 1SFLA 4O16A 3W73A 1LRTA 5F4SA 1BWKA 3CLMA 2QCNA 1AL7A 4LOCA 2H90A 5D2WA 2R94A 3DGRA 1OK4A 1GVQA 1YTEA 3BG9A 4LU0A 4I7VA 5F2MA 4NUWA 3DFOA 3ZS4A 2E6AA 4UXDA 4LUJA 4YXGA 1FUYA 4LRTA 4NNCA 2VEKA 5K3VA 4IMFA 4IXHA 4AF0A 3G1HA 1YTKA 2RFGA 3SR7A 3S8HA 3P60A 2EF9A 1QDSA 2AGKA 1H51A 3LHVA 4TR9A 4U28A 4CQ8A 3UYCA 5HINA 3NDOA 3S6DA 1O95A 3L67A 1JVNA 2GJLA 2OCZA 4MJZA 3IVTA 1TPB1 4ML9A 3FFSA 3ZWSA 1A5CA 5I3JA 5D2XA 5DBTA 5FF4A 3DBPA 3PVFA 3KVLA 3W23A 1IXNA 3GAYA 1VCVA 4A21A 3R2GA 3VE7A 2VFDA 4FNQA 5AC8A 4L4LA 4HPJA 3UZJA 3QM3A 3ABQA 5HQEA 1D3HA 3PAJA 2X2GA 2B0MA 3W7LA 4JX5A 1WBHA 3B4UA 2J24A 5D37A 1KFJA 3TU9A 4Y96A 3AO0A 1QPOA 2H3DA 3MW7A 4ZVJA 4WY0A 4M7TA 1L6WA 1UUMA 1JRBA 3WFAA 2Q3RA 2Z6JA 3LHWA 2H6RA 1TB3A 3NQ2A 4QM1A 3SY5A 1KM1A 4O19A 3EXSA 4QITA 5D02A 1ICQA 4C1LA 4JY8A 3PBYA 3CB8A 1X1OA 4BK9A 3PB0A 2QCLA 2NX9A 3L65A 4R33A 4DO4A 3PBWA 5D2VA 4JDBA 3LCHA 1GG0A 1O60A 2A4AA 4ONVA 1YXDA 1P4CA 4RX0A 5F4XA 2QCDA 1G7UA 3LLDA 4NXSA 3PUEA 5HULA 4I9AA 3EXTA 4O54A 1S5WA 3DKLA 3LXAA 1ME9A 4K37A 2X1UA 1VCGA 5LNVA 3KX6A 3WK3A 3IIVA 3QZEA 3HBLA 1OJXA 1GQNA 3IEBA 3NL3A 4M6QA 3MHUA 4AWSA 1G6CA 3LLFA 3EWYA 4UTLA 4MY1A 2YXGA 3DAQA 3LGEA 1TTIA 3M0ZA 3W7NA 3S5ZA 3OBKA 3TE9A 1A53A 3IV3A 3WJYA 5FEWA 2QUUA 3LCFA 3SFKA 3T44A 4Y8FA 2QCFA 1SSGA 3LCGA 5LNSA 3W86A 2GVJA 3PULA 4RLIA 4YLWA 4XTIA 1TPEA 2ALDA 3W7EA 1KV8A 2D73A 3N19B 4L4MA 3DXIA 3NM1A 5G2WA 4GBUA 5DCEA 3RU6A 5KTLA 2TRSA 2B4GA 2JBMA 1H7NA 1FQ0A 3B0VC 1R47A 1I2PA 4UIOA 2QF7A 1TPUA 5AHLA 4BF9A 1AW5A 4WZHA 3P7YA 2X1TA 5AYZA 1KTNA 4JTUA 1RPXA 2JGQA 1VH7A 5KINA 4HSOA 5AC7A 3FYOA 1L9WA 4UFLA 4PFMA 3W2KA 1SPQA 4ORIA 2CWNA 3UWZA 4JEQA 3ATYA 2E09A 1FDJA 2ZZ2A 3CT7A 2VXNA 2XN1A 2BX7A 3I6RA 3L0KA 3HGSA 2ZZ7A 2BZNA 4UTWC 4MOZA 5CGQA 3B05A 3M6YA 1S5VA 1GTHA 1O5KA 3A23A 4OT7A 4OV4A 1J4EA 2B7OA 2AAMA 2E5DA 3TW7A 3NQVA 3HF3A 4DQWA 3MUXA 3W7GA 1RQBA 3OVRA 4OGZA 1UUOA 3MMTA 4FX8A 5D2TA 1VR6A 1F73A 1LRNA 4UMBA 1Y0EA 4N2YA 3ATZA 3K30A 4X22A 1SW3A 1HG3A 1JCNA 5HR7A 3OVPA 4HHPA 5EMUA 4LTSA 1ALDA 3T4CA 1VRDA 3NEVA 4HKPA 3N2XA 3NQ8A 3TV8A 3I65A 4Z1AA 1P5BA 4G1KA 1JCMP 2JGYA 2WOQA 2WQPA 3SGUA 4MLJA 3EXRA 1YDNA 4LWWA 1RZMA 1KW1A 3W7PA 3LHZA 4Z1DA 4N6EA 3RFAA 4YCPA 4JGDA 2QEZA 1I2OA 1SO5A 1G4TA 3HPZA 1LBFA 1ZAJA 4AWTA 4CNOA 2Y7EA 1R2SA 2V5LA 3O6YX 5KZDA 4RV8A 2VEPA 2A1YA 4XTDA 3U6WA 1XBVA 1KFEA 5HWJA 3CTLA 4AEOA 3EB2A 2C19A 2V5BA 3B06A 1DJQA 5J5RA 4CCDA 2C3ZA 3BW3A 2DZWA 5HUOA 4O28A 3W7IA 3CM4A 3QF0A 4U4MA 5AFDA 1HO1A 4WOZA 3QPYA 3TQVA 4BI5A 1DL3A 2WKJA 3ZWTA 2CLEA 4M19A 3VE9A 4PH6A 3MHGA 4GUHA 4X9SA 4NT0A 3RLVA 3TROA 3W2UA 3E12A 5J5DA 4OV9A 3EKLA 1M7PA 5LGXA 1R46A 4MPQA 1TQJA 3GXPA 4NU7A 4S1FA 2EAWA 1Q6QA 3G18A 3OA3A 3VNDA 1AW2A 3Q58A 3S5YA 3MP4A 4UMAA 3G24A 4KWWA 1XUUA 2ZDRA 1F6KA 2CLMA 2XN0A 3WK0A 5EBUA 1FCQA 3C61A 3KFTA 3UWQA 3SIZA 1Z42A 2WPBA 4UTTC 1PV8A 1GYLA 2C13A 4A29A 1JJKA 1UJPA 1GEQA 3KRZA 4JXCA 1M6JA 5DXYA 2E77A 4K6AA 4UFMA 1EWDA 2HSAA 4JTSA 4CNNA 4ICNA 3BK0A 1W5MA 4H4IA 3TSMA 1W3TA 5D32A 2CZ5A 2DP3A 4IMGA 3W1UA 1E51A 5CZTA 4UTKA 3CWOX 2ATSA 2ZQ0A 1L6SA 4UNLA 2F84A 1QOPA 1ME8A 3C2EA 3SJ3A 3LI1A 1T96A 3A21A 1K8XA 1R2TA 3S1UA 1DQWA 3SECA 3UZ5A 3L5AA 3B03A 3NPXA 4ZZ9A 2E68A 3LRLA 3WK1A 3MP3A 1TSIA 3NL6A 4Y90A 5L9FA 3W1AA 3CPRA 5K7JA 1XC4A 3NO5A 4N9CA 3W2LA 5DXXA 1W0MA 4BI6A 4LVFA 3P5ZA 1R30A 4RXGA 5U4NA 3CU2A 3G0UA 2VFEA 4RJEA 1YTDA 2P0OA 2YPIA 4MKNA 4N9BA 4Y6GA 3UY7A 3S1WA 4K39A 4ZQRA 1KV5A 1OFBA 1X1ZA 1ZY9A 4OBTA 4GWEA 2W0UA 2HS6A 3TJLA 4Y9AA 2DORA 1H7RA 2ZZ1A 3MJYA 2ZZ4A 4LY8A 2FJKA 1GT8A 4HT3A 4TX9A 1THFD 3F1QA 3W7RA 2TPSA 1OFEA 2ISSA 3P80A 2ZRYA 3QC3A 5D2YA 4H3DA 1K8YA 3DKJA 1F76A 1JULA 2VOMA 4Q4KA 1O4UA 1K7XA 2I1OA 3LCWA 4GRSA 4CLMA 5BOOA 3A24A 3LTYA 4ZMGA 1JCJA 5IM51 4UFHA 5TIMA 2Y7DA 4KWVA 3LV6A 4RKAA 3EX2A 3IVSA 4KFNA 5EL1A 1L6YA 1GOXA 2ZTKA 1TTJA 3TK7A 2WO5A 5FEZA 5AYXA 3HPXA 4DPPA 5FEPA 5DY2A 3TIMA 3GK0A 4O50A 4NQ1A 1ZFJA 2VFFA 2ZRUA 3GLCA 1I2QA 4FB7A 1VC4A 1K3UA 4QAIA 3NYZA 2ISVA 1JR1A 1W5QA 5G4WA 1IXOA 1V7YA 3BVJA 1RD5A 3LTPA 1KM5A 4R34A 4TMBA 3N9SA 4ZQOA 4MYXA 2A0NA 4CQAA 1FWRA 4O13A 2VFGA 1RV8A 3GYEA 2VFIA 1W1ZA 1KM0A 1LOQA 4UMCA 1DORA 3KVKA 3LRMA 3P61A 1VPXA 3BLIA 1EA0A 3MP5A 1AK5A 4XQ6A 1WX0A 1KM2A 1TV7A 1QCWA 4A2SA 2RHGA 5K9XA 3Q37A 3QPZA 4LW7A 1RR2A 3L2IA 2JKPA 2NX1A 4N4PA 3C56A 2RH9A 1VS1A 5CPMA 2HS8A 2X1SA 1TTPA 2OT1A 1QOQA 1QFEA 4XBKA 3M1ZA 2A6LA 2WSQA 1UBSA 4PC8A 4UFKA 3STEA 2PURA 3TC7A 2E5CA 2Q3OA 5LZLA 4QSHA 1NVMA 2ZRZA 3HG5A 1KM6A 3OG3A 2GVGA 3MI2A 1B4EA 3A5FA 3W85A 3P8IA 4FNPA 4JIQA 4GUIA 1G7VA 2Z1BA 5HWNA 3HG2A 4FHAA 1X8FA 1ZAIA 2C16A 1QAPA 4O0KA 3OEXA 4BI7A 1IF2A 2WNZA 5CPLA 8TIMA 2ZYFA 1Q3NA 1P1XA 1PCWA 3C2OA 3NQGA 3TJXA 3NQMA 1ICSA 1IGSA 1VYPX 3M41A 2I9EA 1VYRA 3UWUA 3W1PA 3LV5A 2ZRXA 2A7NA 2YW3A 4PL2A 4IWWA 1KFCA 1F05A 3THQA 1WQ5A 3KVMA 1VHCA 1S3HA 3LRKA 3WJWA 1A5AA 1LP6A 1AL8A 5C6MA 3HIJA 3W2NA 5C2XA 4IOTA 1Q6LA 3Q2DA 5FF0A 4NJGA 3IIPA 1TQXA 3GIYA 3EX1A 4K8HA 2CU0A 4GNJA 5CZ0A 1GZGA 2C6QA 1KFBA 3P8JA 4RR4A 3NL5A 3W76A 3IIZA 4RXFA 3KVJA 3W7MA 2C1HA 2QCEA 5I3HA 4YWIA 5D09A 2G96A 2O7SA 3USBA 1TV8A 3V75A 4JR5A 2G97A 4TIMA 3BGJA 4NNAA 4LRSA 4ORMA 1BEUA 2Q8ZA 1FDZA 4P2VA 5D04C 2ATMA 4FIQA 3E96A 3S42A 1YPFA 2NV2A 3GXTA 5EY5A 1LOSA 3EWBX 3EWZA 2GOUA 1XBYA 2QJGA 1WOBA 1JCYA 3UWYA 4JTLA 3W7JA 1YDOA 5I3FA 4FXSA 1O94A 2ZCGA 1OX4B 2FB2A 3FJ6A 4B5NA 2UV8G 3G1VA 3CC1A 2NUXA 3O63A 3W7KA 3G3MA 4IGHA 2V2HA 3TUUA 5FF2A 6ALDA 4XKYB 3FLUA 2C15A 3C2RA 2OT0A 2VC6A 3JS3A 5CSRA 3EEGA 2XN2A 3CWNA 3M9YA 2YYTA 1DKWA 3R13A 1JRCA 4FXRA 4X2RA 5I3KA 2JK2A 3UXDA 5U7SA 5G4EA 4LVAA 4UFIA 3QMSA 3H53A 4JICA 4DELA 3GDMA 4GUGA 3GZ3A 3VI2A 2WSRA 2ZA2A 1TMHA 1OYCA 3DFNA 1TPH1 3HMJG 3H55A 1OG0A 3BG3A 4O4VA 3TCEA 1SFJA 3T78A 3PG8A 3BARA 5F2GA 1MSSA 5G2HA 2CZFA 3NQFA 3TFCA 3CHVA 5I3IA 1OABA 3NQ7A 4NZFA 3QQ1A 2TSYA 3NZ1A 3KRUA 5DY3A 2QR6A 2TMDA 3NNTA 1OFDA 1B3OA 1F2JA 1GTEA 1VHNA 1OF6A 4JTJA 3FA5A 3HB9A 1W56A 4O1BA 4RZ6A 2EHHA 1IIHA 1XI3A 1MZHA 2ISWA 2OZ0A 2X30A 3GKFA 1H63A 4IPIA 2A21A 5AN7A 2DZXA 2ZFAA 3M5XA 3F4NA 1MXSA 4EIVA 1DOSA 2YZRA 4QIUA 2NZLA 5IBXA 4NJKA 3WK2A 4UTHA 4LNYA 3C2VA 1DJNA 2GQ9A 1WA3A 1TPC1 2CLKA 2FPTA 2WNQA 1HTIA 4NVTA 4Z0JA 1SSDA 1WV2A 3QRHA 3Q94A 1W37A 1OYBA 3W1NA 4QNWA 3PB2A 1YLVA 3PBUA 3NQCA 2NXIA 2A7PA 3L5MA 4DEFA 4LS0A 3S5NA 2PRMA 3NQAA 1T0OA 4N9DA 1W3NA 1SZFA 1KTBA 3C8FA 3HPSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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