2CLOA

Tryptophan synthase (external aldimine state) in complex with (naphthalene-2'-sulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (f19)
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
266
structure length
257
Chain Sequence
ERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Allosteric Regulation of Substrate Channeling in Tryptophan Synthase: Modulation of the L-Serine Reaction in Stage I of the Beta-Reaction by Alpha-Site Ligands.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 102
structure length 257
sequence length 266
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2006-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2cloA00
2WO5A 1EA0A 5FF4A 1GVRA 5LHFA 4OHQA 2FIQA 4DELA 5C54A 3CB8A 3WK3A 2TRSA 3O16A 4ONVA 4AWTA 4KWVA 1R47A 1JUEA 1M6JA 3MP3A 1JUKA 1IXPA 1H7WA 1FDZA 4O1CA 5D2XA 4XBSA 4QISA 2I14A 3TXZA 1K02A 3TV8A 3CEUA 5I3IA 4A21A 2G5WA 3EXTA 4ORMA 4M7SA 2Y7FA 5F2GA 4IMGA 1SO4A 4YMZA 3G3DA 1FCVA 1OFQA 2NUYA 3UQNA 4WOZA 3CIWA 1H1YA 5DXXA 4Z0SA 3RK8A 1H5YA 2C0AA 3PR2A 4M6VA 3LGEA 2E5DA 3LI0A 1ZAJA 1NFBA 2QAPA 1KM6A 1B4KA 5D2YA 5HWJA 3BW4A 1RQEA 3KHJA 1H7RA 4CNOA 3QMRA 1P4CA 3L2IA 4O0ZA 4RZ4A 1LOSA 1UB3A 3QSRA 3NPXA 1OFEA 3ZWTA 4BFAA 1S5TA 4Q33A 4BWLC 4TMCA 3NQMA 1TPC1 3G8RA 4JTFA 5CPOA 4KFOA 2AGKA 4N2YA 3NPUA 3EX4A 3TUUA 4JGDA 2Q3OA 2WPBA 3HPZA 5AOUA 3QC3A 3SJ3A 1A53A 3SY5A 3L5AA 4O28A 3TX9A 1DKWA 1JCJA 2EPHA 2X1RA 1ICSA 2FPTA 3R89A 1THFD 3M5ZA 3STFA 3GKAA 3EKLA 5LNSA 4JYFA 3S8HA 4O12A 1GYNA 3K30A 1XBYA 3FKRA 1QPNA 4AWUA 1SO6A 1OFPA 3M7WA 4UTUA 1SO5A 4HSNA 2YSWA 5AHFA 5FESA 1B4EA 3W7PA 4CQAA 5G4EA 3LRKA 1Q6LA 2YYTA 3DI0A 1HUVA 3NZRA 3IGUA 5CGQA 4GUJA 1KM1A 2E09A 1YDNA 2VOMA 3GR7A 1WBHA 5AHLA 2G97A 5EY5A 2X30A 1YXDA 2YFNA 5IBXA 3W7IA 3QF0A 2VC6A 5TQLA 3A9IA 3W1AA 1WDWA 1QO5A 3N9RA 1ZFJA 1TJPA 1X8FA 3GDLA 3TFCA 1DORA 1XL9A 4IQLA 2Y7EA 5CSSA 4FX8A 3MP4A 4ICNA 2W0UA 1M7OA 3CHVA 1SPQA 3W7LA 3I65A 2GVLA 4JN6A 4AHQA 2BX7A 3PBUA 1KFJA 4JDBA 1KFKA 4A3UA 3L21A 1ZENA 2ZZ2A 4DPQA 1D3HA 3LERA 5LZLA 4H4IA 5G1TA 3KOFA 1WA3A 1KBIA 2YR1A 3EX1A 1Z48A 3EX6A 4GJ1A 1JUBA 4L4LA 1CI1A 1KFBA 3DBPA 1JR1A 1S5WA 2VFEA 5DELA 1TB3A 1LOQA 3S42A 5FF0A 1YTEA 3CPRA 1TV8A 2Q3RA 3CWOX 4LC6A 3GB6A 4LU0A 1TQJA 3OHIA 3NQAA 3IVTA 1GVSA 4H3DA 5AYYA 5C5YA 3W2KA 4HNTA 3CQ0A 2G96A 5EA9A 3FKKA 4NXKA 1FWTA 4FX7A 1H7PA 3N73A 3NQEA 2ZBTA 4O4VA 3W86A 3MMTA 3SGUA 2GUUA 2PE4A 1W3IA 1W8SA 3HGJA 2RDTA 4N02A 1UCWA 4PL2A 2NZLA 3LRMA 4ZQPA 3W2NA 5LNWA 5FF7A 4O16A 1TPVA 5HWMA 4IXHA 2A6NA 4POCA 2ZZ1A 3DFSA 1W5QA 1WV2A 1LRQA 3W2JA 2OT1A 4FNSA 4MVAA 2R94A 3IEBA 4M19A 2NXHA 1C8VA 4K38A 5I3HA 5CZJA 3NQ7A 4NX0A 3UWWA 2Y63A 2P10A 4MLJA 3NQ8A 3TE9A 2OZ0A 2ZZ7A 3BGJA 4NJIA 4Q32A 4LUJA 4YXGA 5EL1A 3UYCA 3BW2A 1VYPX 4LWWA 3DH7A 4N6FA 3E96A 3PF3A 4AWSA 2OMAA 5EPDA 1F6PA 3FFSA 4UMAA 5BW6A 3KVMA 1SFLA 4UTTC 2ALDA 2CZDA 3HGRA 2CLEA 3PVFA 3DHDA 5I3KA 3G0UA 3O15A 4WXYA 4YWIA 4MIMA 5LNUA 2ZCGA 3MBFA 2A21A 3STGA 1R46A 4LS1A 3OA3A 3RMJA 2CFFA 2FQIA 3C6CA 2QDHA 1VR6A 1KFEA 3W1MA 4PCFA 3STCA 3B05A 3TSBA 1RZMA 2QCEA 1H1ZA 1FWRA 4JTUA 1OK4A 4XKYB 1WX0A 1VLWA 1W31A 1MZHA 4AAJA 4Z1AA 1OABA 3ATYA 4IUOA 1XBZA 1F7BA 3GLCA 1GTHA 1G4TA 4QAIA 5KZEA 3T40A 3MHUA 2VFFA 3NL5A 5KINA 3NQ2A 3W7MA 1TTIA 1J4EA 1O94A 1JCLA 2P0OA 2Y61A 2QKFA 4YLWA 2Y70A 1BWLA 3BVJA 3IRDA 2FDSA 3T7VA 2ISSA 2ATMA 1H62A 4E2BA 2YCEA 4IPIA 4JY9A 3DFTA 2UV8G 4EVZA 2EF9A 1DL3A 4MZYA 3CU2A 1GG0A 3R2GA 2ZRZA 1F74A 4CQ9A 3GYEA 1XCFA 1OF6A 2Y62A 3M0ZA 4FB7A 2CLKA 1EP1A 2C13A 4GRSA 5A5WA 3G1YA 2Y88A 3WK2A 1H51A 3B8DA 3FEMA 2E6AA 1X1ZA 5G2IA 2QCNA 4LV9A 2XN0A 3SECA 3L0GA 4OV9A 4LV4A 3M5VA 3G8EA 5F4SA 3EWWA 1KLYA 5G5IA 1I45A 1FQ0A 1OFOA 4LUIA 2C3ZA 4HNVA 2QCGA 3STEA 2ZRUA 3TC7A 3VFLA 2V8ZA 2P1FA 3VE7A 1X6UA 3AJXA 1ADOA 3EWUA 1S3HA 4DF0A 4O53A 4O19A 3MUXA 2J9YA 1W54A 1FDJA 2W6RA 4TO8A 4FEZA 4H6KA 4JD4A 2V5LA 2Y85A 3S5YA 5HULA 3QEZA 5CSRA 3QW4B 1KM5A 3TR2A 1L6SA 4O50A 4LW7A 1ME7A 4BK9A 5K9XA 3L66A 1D9EA 3CTLA 2XN1A 4O10A 2WNQA 5E1QA 1YDVA 1QWGA 1B57A 4RK8A 1N7KA 3O6DA 1VYRA 2ZRYA 3W9ZA 3M41A 3C2OA 2VFHA 1ZNNA 4CNPA 3S1UA 5C55A 2C14A 2F7FA 2B7QA 2BTMA 2ZFAA 4UFKA 3C3NA 3VE9A 2QAFA 2A7PA 1BTMA 1VC4A 1OX4B 3FLUA 1LLZA 2ZRWA 3OEXA 4JYEA 3VKJA 1TV7A 3M16A 3UZ5A 5U7SA 1YXYA 1H61A 1YPIA 4Z1BA 4AB4A 3SI9A 3A24A 4DO4A 1PV8A 3M47A 1OK6A 1JRCA 3S9YA 1F5ZA 1QO2A 5A8GA 3TAOA 1TPH1 1K8ZA 4K7VA 3IIZA 3W7EA 2Y89A 2WNZA 3W7NA 3OVPA 3GKFA 2BLEA 1TQXA 1MXSA 4C1KA 3NAVA 4MZ8A 3G0SA 3TROA 3GIYA 1K3UA 4FNUA 2YW4A 2E5BA 3C61A 1KTNA 2G95A 4NX5A 4XTDA 3UD6A 5E0KA 2WQPA 3L0NA 5DCEA 5D03A 5LNVA 4M6PA 3CT7A 1TSIA 4AXKA 5T26A 4JEQA 1QFEA 1EX5A 5EKYA 1LLWA 3I68A 1I2PA 5TBOA 1IIHA 4KFNA 4YCOA 4K8HA 4NUWA 3CLMA 4NU7A 2OX1A 3GR8A 3NQCA 1G67A 4FIQA 3B0PA 4HNNA 3PSVA 4IX0A 3HQ1A 3L67A 3PUOA 3UWQA 5HR6A 3DI1A 4JTJA 1OX5A 5K9CA 1HL2A 5F2MA 3FS2A 5K7JA 1I8JA 1SZFA 3BG9A 3W7DA 3UXAA 4KWWA 2GQAA 1S5VA 1VQTA 2TMDA 5IBXC 4DO6A 2DZPA 5D2TA 4HKPA 3NDOA 4JTHA 3IIVA 2C18A 4R33A 3JS3A 2FB3A 1VLIA 2VKZG 3GDMA 5F2IA 1VHCA 4MY9A 3P8IA 1GPWA 1KV5A 2JGQA 3LLFA 3DFQA 4BI6A 2VFGA 5HMSA 1JQXA 4Y8FA 2NUXA 4X3ZA 3EWXA 1OFBA 3R13A 4ADSA 5K4ZA 3TDFA 2A0NA 3O8AA 1EEPA 4CLMA 2B7OA 4GWEA 1LP6A 3HPXA 1TTJA 2AAMA 4JX4A 2E1DA 4UTWA 3M43A 1YLVA 3PULA 4CCEA 3P7YA 2RHGA 4FNTA 1G4SA 3KX6A 4MY8A 4Y96A 3TU9A 3S0CA 3NM1A 4HSOA 1AW2A 1A5CA 1H7NA 4UFLA 4AEOA 1N55A 5LGZA 4NZJA 2EKCA 4IMEA 1F05A 5AYZA 4NQ1A 5CPLA 1TIMA 1VH7A 4WOQA 3TSDA 4ADTA 4B5NA 1LRNA 2X1SA 3INPA 5D02A 5DBUA 3F4WA 3ATZA 3LXAA 3E0IA 1M5WA 1FXQA 3DFNA 2HMCA 3KXQA 4K6AA 5AN7A 1AK5A 2V5BA 3QFEA 3B0VC 3DFPA 1LM1A 3PG8A 4RXGA 2FFCA 1KW1A 5DY3A 1QCWA 1JJKA 1FWSA 1QPRA 5CKSA 1SW3A 1IXOA 3W1UA 1JULA 1SU5A 5AC6A 3LTSA 4Q4KA 4FIRA 3LTYA 2V2HA 4RJEA 4JTTA 4LVDA 5CZ0A 2Q8ZA 1ZJIA 1FX6A 1LOLA 3B04A 3LBMA 1SW7A 3N2XA 1AMKA 1IIGA 3C2EA 5LHEA 1UBSA 3D0CA 3EXRA 3H54A 1TCDA 3NQVA 3G1FA 3W6YA 2FB2A 2E77A 3AO0A 3NL3A 3V75A 3VI2A 1OYAA 2H90A 5I3GA 4J9JA 3MHFA 2ZTKA 3PAJA 1DQWA 4I7WA 4UTLA 5KZMA 4BR1A 1QOPA 3QQ0A 5AHNA 3NG3A 2YW3A 1ZHAA 4JX6A 3BW3A 1TPDA 2B0MA 4XZ9A 2VENA 4RZ5A 5KITA 3QJAA 4NXSA 2O7QA 2RDWA 3MHGA 4TIMA 3W23A 5FEPA 1YTKA 2DU2A 1T8XA 1H7OA 2VFDA 3W7QA 1F73A 2AQWA 1GOXA 5LKYA 1NEYA 3HB9A 2X1TA 1NSJA 4JYDA 1U83A 4JICA 4DF1A 1SZEA 2RKXA 1LYXA 4EF9A 3OBKA 3LRLA 4GBUA 3FJLA 1H7XA 1O95A 1PE1A 4LOCA 4Z1CA 1DJQA 1SO3A 1Z41A 2DZTA 4ZMGA 3TFXA 4PH6A 2TYSA 4PEKA 1KM0A 2CLFA 5FEXA 4DF2A 1MEIA 1Q6RA 3P62A 4K8EA 4KKXA 1W3TA 2DZXA 1KM2A 3LCFA 5D2WA 2GQ9A 2NUWA 1BKSA 1W1ZA 2QJHA 3B0UX 3LX9A 4UNKA 1X1OA 3NXFA 2FPYA 3PS7A 2V82A 3S1VA 5F1UA 1SW0A 4DBEA 3TKFA 1ME9A 5DCDA 5K2ZA 2JKPA 1K7EA 4NVTA 1PCKA 3TJLA 3PBVA 4TR9A 3CC1A 3UPWA 3C0JA 1QPQA 5FF2A 2VEKA 1EIXA 4P61A 3O05A 3N19B 1SFJA 4XQ6A 2YZRA 4MUZA 4NJHA 1GJPA 2WJZA 3BV4A 3M5XA 1ZAHA 4JTLA 1KV8A 1TO3A 4JTGA 4QJ1A 1XDMA 3TMQA 2A4AA 1JRBA 2H6RA 1W0MA 2FJKA 3G1XA 4HIBA 1DJNA 4NNBA 4UMBA 1YXCA 1UUMA 2E6DA 3P81A 4CNNA 4O15A 1ML1A 1Y0EA 1FY6A 2QCLA 4BI7A 4LVAA 2JGYA 4W9TA 2VELA 3HG5A 2B4GA 1FWWA 4LC8A 2DORA 3IV3A 3DU0A 4ALDA 2Z0IA 5H2ZA 1XUUA 4MFDA 1SZNA 4JIPA 3SSJA 5G2WA 4WUIA 1QR7A 2JBMA 1M7PA 4MZ1A 2NX3A 3G1AA 1FWNA 4ML9A 3NR0A 3T44A 3BLIA 4JNMA 4RLIA 4IPJA 1VHNA 4BWLA 4XKYA 1FCBA 2H8ZA 1VPXA 3DENA 3KRZA 2NXIA 1TPB1 4JTEA 4O57A 2E6YA 3ABRA 4XBKA 3P60A 1L6YA 4JTKA 3TC6A 2ZYFA 4NJJA 3S6DA 3O1NA 3UPBA 5D32A 3WJZA 4ZQOA 3BPWA 4O1AA 1I2OA 1WYIA 5CZSA 1X7FA 2PRLA 3UWZA 1GG1A 7TIMA 3UY7A 3TW7A 3RLVA 3W7JA 2QJGA 5CZTA 3E9AA 4UFIA 4OQVA 1EPXA 5F1VA 3B06A 3QYQA 3FYPA 3W07A 4XUGA 3N3MA 3F4NA 1XBXA 1O4UA 3R12A 5AHIA 3ZWSA 4WX2A 2YGYA 1OG0A 2XN2A 4GFSA 1RQHA 3EB2A 1EWDA 3S5NA 3JR2A 4YL2A 4FXRA 4TX9A 5HJLA 1XBVA 3WK0A 3P74A 1HFBA 5BOOA 1G4PA 3I7RA 3NNTA 4LRTA 3G1DA 3P80A 2J6XA 1RQBA 4GUHA 1VS1A 3H53A 4N9EA 3W72A 1R2RA 3Q94A 3DHFA 1Q3NA 1KBJA 1XM3A 4AMAA 3KRSA 1QDSA 4FHAA 3GNDA 1FDYA 3HPSA 4RXFA 1YTDA 4UIOA 3O07A 2QCDA 3RF9A 4M7TA 4YCPA 3BG3A 3EWYA 2TSYA 5D09A 4MYXA 4UR8A 3LHTA 3C56A 3N9SA 5FEZA 3W7OA 1OJXA 4C1LA 4DPPA 1XKYA 3TQKA 1CW2A 2EAWA 3NGJA 1ZAIA 3QSTA 3GAYA 4JXCA 5G1YA 3LHWA 1NF7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ZJ8 A;  1V3J A;  3U7V A;  2V63 A;  1EA0 A;  1EGZ A;  3VOH A;  1FH7 A;  5LHF A;  3EA2 A;  4DEL A;  4UB9 A;  3CB8 A;  2W9M A;  1VKF A;  2TRS A;  2A3C A;  4H6Q A;  4AWT A;  3VM7 A;  3C3U A;  3MP3 A;  1FDZ A;  1FHL A;  2C0H A;  2PD5 A;  3TV8 A;  1ZPT A;  1JXK A;  4DUW A;  5I3I A;  3MDU A;  5B7Y A;  1EJS C;  4ORM A;  4PMU A;  2J8F A;  4XO7 A;  1HGY A;  5ABE A;  1SJC A;  1SO4 A;  1K1D A;  2DUX A;  4UQ9 A;  2D2J A;  4XD6 A;  3HN3 A;  2EG7 A;  2W61 A;  4ZR8 A;  4UTF A;  4Z0S A;  2QPU A;  4M6V A;  4PTV A;  2E5D A;  1EBH A;  2QAP A;  3E5P A;  1Q85 A;  2D2H A;  4XIS A;  1K8C A;  1RQE A;  3KHJ A;  4DYJ A;  3OJG A;  2G3F A;  3L2I A;  4R27 A;  4RZ4 A;  2A3A A;  4PCT A;  4CVW A;  3NPX A;  3KLL A;  4BFA A;  1IGW A;  4CU6 A;  2CYG A;  1KXT A;  2PLJ A;  2QPS A;  4AC7 C;  5CPO A;  4Q8W A;  2GSH A;  3EX4 A;  4EPE C;  3GNX A;  4KWO A;  3ZR5 A;  3SY5 A;  1PX4 A;  1KGX A;  4C5Z A;  1J0Z A;  4LYQ A;  2EPH A;  2Z26 A;  1KFW A;  4IIS A;  1ICS A;  4K2S A;  2XII A;  3R89 A;  2PDG A;  4AY1 A;  3GXF A;  3M5Z A;  1IEX A; 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