2DDXA

Crystal structure of beta-1,3-xylanase from vibrio sp. ax-4
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
LDGVLVPESGILVSVGQDVDSVNDYASALGTIPAGVTNYVGIVNLDGLNSDADAGAGRNNIAELANAYPTSALVVGVSMNGEVDAVASGRYNANIDTLLNTLAGYDRPVYLRWAYEVDGPWNGHSPSGIVTSFQYVHDRIIALGHQAKISLVWQVASYCPTPGGQLDQWWPGSEYVDWVGLSYFAPQDCNWDRVNEAAQFARSKGKPLFLNESTPQRYQVADLTYSADPAKGTNRQSKTSQQLWDEWFAPYFQFMSDNSDIVKGFTYINADWDSQWRWAAPYNEGYWGDSRVQANALIKSNWQQEIAKGQYINHSETLFETLGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic resolution analysis of beta-1,3-xylanase catalytic module from Vibrio sp. AX-4
rcsb
molecule keywords beta-1,3-xylanase
molecule tags Hydrolase
source organism Vibrio sp.
total genus 135
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.32: Endo-1,3-beta-xylanase.
pdb deposition date 2006-02-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ddxA00
2AMGA 4NI3A 1W2VA 1W1VA 3VD7A 4GPNA 5IFPA 3U7VA 1WO2A 7A3HA 3OB8A 2Z1KA 4D6CA 3ARQA 3HU7A 3EMZA 3MU7A 3CZ8A 1QOXA 3QOMA 3WDIA 1ITCA 3E1F1 4PYSA 4GO9A 3AS3A 1FH7A 1E0VA 1VF8A 3CTTA 3VD9A 1HVXA 4W8BA 4DUVA 1EOMA 3SEPA 3TTYA 2WHKA 4GZEA 1CYGA 1QBAA 3MMUA 3WDRA 1AQMA 2CBJA 1ZL1A 2JEPA 1XSKA 1JAKA 4YN5A 2XJ7A 1QBBA 1OBAA 3BMVA 3CZJA 4JFTA 4F9DA 3ECQA 2CXGA 2HISA 1G94A 1FOBA 2J4GA 1WZMA 4UFJA 3G6LA 1WDSA 2YLAA 5A6LA 1MW0A 4CUCA 1KR1A 2UY4A 2FDMA 3ZR6A 2WLZA 1TVPA 2XGIA 3AJ7A 5HXMA 1R7OA 1V6VA 1WB0A 4B15A 4KRUA 1JXKA 5JBDA 3N15A 3A3HA 1CTNA 2EO7A 2JFEX 4Z2LA 1Q6GA 5A2BA 2DIEA 3N1AA 1XD1A 3SCOA 4X0VA 1CGYA 4MDOA 2W5FA 4LYQA 3QGVA 2DQXA 3AI0A 2DSVA 3ALFA 2XFYA 1M03A 1JG9A 1EQCA 4CD8A 5CLWA 2V5DA 3CZKA 4TVUA 1HKKA 4UFMA 1KCKA 1DEDA 2VURA 2DT3A 3K8MA 5M03A 4PTWA 4A3YA 1G0CA 1K9DA 3M6DA 4AZCB 3CHDA 2WC3A 3WMCA 2Y5EA 1CGTA 1GPFA 1VAHA 1NWRA 2VVSA 4PSPA 1BVZA 3ARTA 1QNSA 5BXPA 4MNLA 2FGZA 2GFTA 1R7AA 4UZUA 3VTRA 1E6QM 1HVQA 1SMAA 4D6DA 1OGSA 1I75A 5ECUA 1S46A 1QNPA 4PMXA 1JYVA 4F9JA 3WFLA 1ISZA 4N42A 2J7EA 3BCDA 2YJQA 3OBAA 3NJ3A 1H49A 3W27A 3WNKA 3VX1A 4W7VA 4HU8A 4NRRA 3SCTA 3VGDA 1TCMA 5E9AA 3AMDA 2Y24A 4W88A 1XCWA 4TTUA 3SCVA 1V3IA 2XM2A 1JYWA 2OYKA 2VCBA 2W63A 3LPOA 3GNPA 4J28A 5I77A 1DWGM 1V02A 2EPMX 1J0JA 4XV0A 4IPNB 2D1ZA 4PTVA 5A6AA 1ESWA 4GQRA 1J10A 3RCNA 5JIWA 3AYRA 1GCYA 2XVKA 4ACYA 4GIAA 5BWFA 1XD0A 1VBRA 2DSZA 1ZBVA 3DECA 3LPFA 5CSUA 2WMFA 3BAKA 1UD3A 4W86A 3MUZ1 3NYDA 1H0GA 3EDDA 4ATDA 1W9PA 2WVSA 3WUEA 1PJ9A 3TP4A 3L2MA 3DYOA 2X0HA 3LPGA 3ARWA 4D6GA 3PZIA 1UH3A 2YKKA 2E40A 1UYQA 2CKSA 4ZENA 1DWHM 4PMNA 1US2A 2VT0A 1CDGA 3VOCA 2WWDA 4J3TA 2JIWA 4LXFA 4QCFA 4TVCA 4E8DA 1WP6A 3GH5A 1UUQA 3IJ8A 3WUBA 4P7OA 1CXIA 2XIIA 1EHNA 4ZE5A 1R8LA 3UR7A 1OB0A 3L4WA 3BH4A 1G9HA 1W3LA 4LPCA 4U5IA 1UR4A 1NH6A 3VD4A 1BPLB 5LA0A 3ARUA 2O9PA 5GNZA 2GJRA 3BCFA 1PEZA 3EDFA 1O6IA 3HN3A 4AMCA 3AXXA 4P7QA 5KEZA 2ZWZA 4EKJA 1XYFA 2V3GA 2XSBA 2D0FA 1GW1A 5A6BA 4QCEA 2PBOA 4M56A 4CKQA 1LL7A 1E6XM 1FFRA 1UH2A 3ZJ7A 2ZUTA 1VENA 4IPLA 4U2YA 3SUUA 4CD4A 1QW9A 1LF1A 2YA1A 3RM9A 5CG0A 4MAZA 2X1IA 2Y2WA 3GBEA 2VNCA 1HL8A 1RPKA 2BY2A 4AZ7A 2QLYA 2VO5A 3PZNA 3SCUA 3ZSSA 4ACZB 4AZGA 2BY0A 2DH2A 5CPSA 4F8XA 4AC1X 4TX6A 3WDHA 3OGSA 4R27A 3BAIA 2WSKA 3AHYA 3PZOA 2ZXDA 3CGTA 4ZE4A 1E70M 3WD0A 3AIEA 4P8UA 5C70A 1J0HA 1W9VA 3MANA 2XVLA 2VX7A 2WMHA 3VGFA 1H11A 3NDYA 3ZR5A 3IAQA 4JKKA 4MADA 5CLTA 3OGVA 1GONA 3WSUA 5IHSA 4LYRA 4D1JA 2JEQA 2HVMA 4P8VA 1EDGA 3ARPA 5IDIA 1HJXA 1J01A 2C7FA 4WKFA 1GZJA 1R87A 2D3LA 1GHSA 1E6SM 3GXDA 4AYSA 2Z1SA 3CUGA 1H0IA 4XUYA 1GOOA 2IXVA 4TOQA 1E6NA 1VEMA 1ODZA 1MFUA 4A3HA 2J79A 3W82A 4CU8A 4DUWA 1GOKA 3F5KA 5D4YA 2ZUVA 4HPGA 3WUGA 4PTXA 3VKKA 4OBRA 1ZJAA 1V0NA 1DHKA 1HNYA 1R85A 1UD4A 1L8NA 3U7BA 1G5AA 3LPPA 4W7WA 3W38A 1PBGA 1C93A 5HDRA 3GNOA 2PBGA 2BHZA 3WNPA 4M8UA 4R5EA 4JL2A 1VFOA 1WZKA 2CKRA 3W24A 1EO7A 2VX5A 3W29A 3W28A 2X05A 3UETA 3K1DA 1XYZA 2WNWA 2VX4A 3MUY1 1CGVA 3VIOA 3O9NA 1KBBA 2JF6A 5LA2A 1OIFA 1XGZA 2V38A 3WENA 1WZLA 1LG1A 3PZTA 1EXPA 2AOSA 4PUDA 4HMEA 3S6TA 2ESCA 5D9NA 1E3XA 2X09A 3T08A 3WIJA 1KFWA 5D8WA 1KWGA 4D6JA 5FL1A 4HOWA 4PCSA 1R86A 4IUGA 4AZCA 4M29A 3WDQA 4HOZA 2XFFA 3WUFA 1CGXA 1WCGA 3BAXA 1EOKA 1RP9A 1VFMA 2VCAA 3WD2A 2VOTA 5E6YA 2EXOA 2F8QA 2TAAA 1B3XA 3U5YA 3K8KA 3F5LA 4MJ4A 1EH9A 4Y7EA 1HKJA 3ZQ9A 3CMGA 1N82A 1BHGA 1JDCA 2WWCA 4M81A 1BYBA 3M7SA 2CHOA 1XH1A 2BS9A 3DYMA 3HMCA 4UCFA 1HXJA 3WN6A 1NWSA 3A4XA 2ZXQA 2YL5A 1JIBA 1IT0A 4DWSD 1C8XA 2BXYA 1GQLA 3ZJ6A 2O9OA 3II1A 4PMOA 4KH2A 1QI0A 1RD6A 3DHPA 3B9EA 3CMJA 4M80A 4V27A 8A3HA 4AD3A 4CVWA 1XV8A 1QHPA 3PTMA 3PZQA 3VD5A 1PX8A 2D22A 1KGWA 3VILA 2VZTA 2VC9A 1QNRA 4HZ7A 2J75A 1J0YA 1B1YA 1UWQA 1JZ5A 2G4FA 1JF6A 4HA4A 4KMQA 4F66A 4QLJA 1J0IA 1OM0A 4PTMA 3SURA 3UESA 5IFTA 2D24A 1BVNP 1MVYA 3QHOA 2VR4A 1V0KA 2YL6A 3OIHA 5FIPA 5I5RA 3RO8A 3T0AA 4RE3A 4PMYA 5JUVA 1E4LA 5ABHA 4CVUA 3BSHA 2EPNA 1TE1A 1KXHA 2WCSA 3CUFA 4U2ZA 1VIWA 4H7VA 3RM8A 1KQYA 2OWWA 5HNNA 4IISA 4JAWA 2XSAA 2WVUA 1JXJA 1V6UA 3NSNA 1JNDA 4E2OA 2J25A 2CESA 2VZUA 1W9BM 3RDKA 2YDQA 1CEOA 1GQIA 3BLPX 5A6JA 2J77A 5A8OA 4MDPA 1JDAA 3RIKA 1NOFA 3WD3A 4ZFMA 4UQEA 4D6FA 2ZX7A 1BF2A 3SIMA 3WEMA 1GQJA 4PMDA 1E4IA 1UR2A 1JI1A 3VM5A 4BQ5A 1JZ6A 1V3HA 4C7FA 3OLDA 1EA9C 3AMLA 5DFAA 2RGLA 1P6WA 1EHAA 3GDBA 3FHQA 3EYPA 4JCLA 4KRTA 1D7FA 4MB3A 3WDJA 5D9OA 3W53A 2QF8A 5BRPA 5HPCA 5M3WA 4TXEA 1UQYA 2CIPA 4D6HA 1V0LA 2V3EA 4WSJA 1E43A 2XWEA 2W91A 4DM1A 4HOXA 3MSGA 1D2KA 4KGJA 4CD5A 1WDRA 2WVVB 1CXKA 4JKLA 3KE0A 3VVGA 1G1YA 1C8YA 4WSKA 1XSJA 5I24A 1E5NA 1FH8A 3NIYA 2WBGA 5CJ5A 4YHEA 1C92A 1BTCA 3EMQA 4AD1A 1W2PA 3WFZA 4UZSA 1CECA 1W9UA 1AMYA 1JFHA 4AXNA 3CHCA 4LQ1A 2XTKA 2J7CA 4W8LA 3WL0A 5EB8A 4ACZA 5DT5A 3PTQA 4W7UA 4HA3A 5JBFA 1HJVA 3FN9A 2ZX8A 1V3MA 5M17A 1OD0A 1BSIA 5A3HA 2CYGA 2VQTA 1TZ7A 2CBVA 1WDQA 2JIEA 1HP5A 4D6IA 1UZ4A 1H09A 1K9FA 2WKLA 1MFVA 3GZAA 3MUIA 4U3CA 4W87A 1WNOA 2OWXA 4HMDA 2RGMA 4OZOA 1U33A 1TA3B 3GH7A 1TR1A 2YL8A 3WNLA 2J7FA 4AEFA 2GDUA 1HN1A 2OSYA 4Q7NA 4P7LA 1M01A 1UR1A 1XC6A 4W89A 3WF3A 4J3VA 3AQUA 2NT0A 4H04A 1E40A 2O9RA 1BAGA 3TTQA 2J8GA 1E1EA 3NCOA 2ZUMA 3ARZA 3WQ5A 4AD5A 4AZ5A 3W26A 1J9YA 1GHRA 1QW8A 1OINA 3ZOAA 1KBKA 3VIMA 4CCCA 1E6RA 1GOMA 2W62A 3WNNA 4OKDA 3POCA 1CPUA 5LYRA 3WQWA 1HL9A 4CD7A 4WIWA 4MPKA 3AXIA 1HJQA 4V2XA 5BXRA 2DSWA 3U57A 3TA9A 3N17A 1J11A 3N9KA 2WCAA 2X8RA 2DH3A 2GSJA 4DWSB 4MB1A 3PZGA 1E56A 2YDRA 1VB9A 2BVYA 3OZOA 5M5DA 3GBDA 1U30A 2GJPA 4FLSA 1UD2A 2NT1A 1EDTA 1HKMA 2D2OA 3CPUA 1B0IA 3TOPA 5A2AA 4UOZA 1UQZA 1UKTA 4H2CA 2J7GA 3AXHA 4PUEA 1UD6A 1LG2A 4WKHA 1NOUA 1UWSA 3SUVA 4UNIA 5A94A 2EPLX 3VIHA 3B9DA 3UCQA 2YBTA 4LX4A 3IJ7A 1AQHA 5FCZA 1UHVA 3BLKA 1UKSA 1ZBCA 1TFVA 2ZX9A 2A3HA 3AS0A 1LJYA 3AMKA 4JFUA 1B9ZA 4B3LA 4BQ4A 4JL1A 4N0RA 7TAAA 3T09A 1ISVA 1PZ3A 2E8YA 3VU2A 3K4AA 4GO8A 1C91A 1RH9A 1C90A 4LGXA 2FHCA 2WSPA 2VUYA 2A3EA 1E0XA 1GOIA 2WVTA 4CGTA 1SMDA 4P7NA 2E0PA 1PX4A 2QHAA 2ZWYA 3SUTA 2WKGA 3WQ6A 3PZ9A 2ZUNA 1X6LA 4ATLA 5BXSA 4QLKA 3UEQA 1UWIA 2PWEA 1HJSA 4FLOA 2BV9A 7CGTA 4FLRA 3RJXA 1G01A 5TD4A 1ODUA 1CNVA 1EGZA 1H1NA 3O2LA 3VIIA 2FH8A 1X1NA 4ZXOA 3PN8A 3W0KA 5CGTA 2WHJA 2E9LA 3BAYA 3AMCA 2WAGA 1FFQA 3BC9A 4D6EA 2VJXA 2WC7A 3D5HA 4W84A 3W25A 3SUWA 3VX0A 3S2CA 1GNXA 4CN6A 1B3ZA 2YOCA 4AZIA 5I78A 4AIOA 1VFUA 2J74A 4HPHA 4MNKA 4MTVA 4UTFA 1Q6EA 3W6LA 3CBWA 2VTFA 2X0YA 4DWSC 3SCWA 2CERA 4L4OA 2CITA 3D3AA 1V6YA 3ARRA 1CENA 1JZ4A 1V02E 2PWGA 1RP8A 2XHYA 1W3JA 4MJ2A 4BQ2A 3VMOA 3WF1A 3AROA 1QHOA 4PMQA 2Q8XA 4JFSA 4DUXA 2UY2A 3FHAA 2J78A 3WY1A 3CHFA 1DWFM 4E8CA 2OLHA 1B30A 1JZ8A 5A6KA 1VRXA 1UD8A 2XG9A 5AYBA 4GZIA 3CZLA 2C0HA 4JHOA 2XIBA 3RMEA 1XH0A 1OGBA 2WANA 3F5JA 3VDCA 3L4TA 2EPKX 2FGLA 1EO5A 2G3MA 1ZBKA 2JF7A 4HP5A 3ARXA 2E8ZA 3IANA 2W4XA 3FY1A 1TMQA 2CETA 1QI3A 2IUZA 4HU0A 4J27A 1MW2A 1ZJBA 3SCRA 3SCNA 4D1IA 4UQCA 4YPJA 4JFWA 5F7UA 5I0DA 4PMZA 1YQ2A 2AAAA 3AZSA 1UKQA 2EEXA 4E4PA 2CHNA 4DM2A 2DGAA 3LMYA 1UA7A 5BYWA 1Q6FA 4PMVA 5CZKA 2DT1A 4U5KA 2GJXB 2WVVA 1E5JA 1HIZA 2VZOA 1KCLA 2WZEA 2VVNA 4PN2A 4PMUA 4CD6A 2OYMA 1VBUA 3AYSA 5GQBA 3WMBA 1W9DM 3TONA 3BXWA 1EDQA 4GI9A 1SFSA 1E71M 3AOFA 3CO4A 2BFGA 1UA3A 2WK2A 2F61A 3A4WA 1ZBWA 4GKLA 5I2UA 3W81A 4MAVA 1F4HA 2QPSA 2W92A 3VO0A 4UFIA 1BG9A 4AW7A 2YBUA 3WDPP 3VGHA 5IHRA 4W5ZA 5D9MA 4B9YA 1HF6A 3AHXA 2OYLA 1JL8A 3OZPA 5A95A 4ZEPA 5IXEA 1W1YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AMG A;  4NI3 A;  1W2V A;  1W1V A;  3VD7 A;  4GPN A;  5IFP A;  3U7V A;  1WO2 A;  7A3H A;  3OB8 A;  2Z1K A;  4D6C A;  3ARQ A;  3HU7 A;  3EMZ A;  3MU7 A;  3CZ8 A;  1QOX A;  3QOM A;  3WDI A;  1ITC A;  3E1F 1;  4PYS A;  4GO9 A;  3AS3 A;  1FH7 A;  1E0V A;  1VF8 A;  3CTT A;  3VD9 A;  1HVX A;  4W8B A;  4DUV A;  1EOM A;  3SEP A;  3TTY A;  2WHK A;  4GZE A;  1CYG A;  1QBA A;  3MMU A;  3WDR A;  1AQM A;  2CBJ A;  1ZL1 A;  2JEP A;  1XSK A;  1JAK A;  4YN5 A;  2XJ7 A;  1QBB A;  1OBA A;  3BMV A;  3CZJ A;  4JFT A;  4F9D A;  3ECQ A;  2CXG A;  2HIS A;  1G94 A;  1FOB A;  2J4G A;  1WZM A;  4UFJ A;  3G6L A;  1WDS A;  2YLA A;  5A6L A;  1MW0 A;  4CUC A;  1KR1 A;  2UY4 A;  2FDM A;  3ZR6 A;  2WLZ A;  1TVP A;  2XGI A;  3AJ7 A;  5HXM A;  1R7O A;  1V6V A;  1WB0 A;  4B15 A;  4KRU A;  1JXK A;  5JBD A;  3N15 A;  3A3H A;  1CTN A;  2EO7 A;  2JFE X;  4Z2L A;  1Q6G A;  5A2B A;  2DIE A;  3N1A A;  1XD1 A;  3SCO A;  4X0V A;  1CGY A;  4MDO A;  2W5F A;  4LYQ A;  3QGV A;  2DQX A;  3AI0 A;  2DSV A;  3ALF A;  2XFY A;  1M03 A;  1JG9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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