2DJLA

Crystal structure of trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with succinate
Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCCTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTI
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (4-6)TIV2 (11-14)S2 (9-11)TIV1 (5-8)S3 (15-17)EMPTYS4 (40-45)TII1 (18-21)TIV3 (20-23)AH1 (26-34)AH2 (76-86)TI2 (88-91)TIV8 (127-130)S7 (94-98)TVIII1 (46-49)TIV7 (100-103)AH3 (103-120)S5 (58-61)TIV4 (54-57)TII2 (133-136)TIV5 (69-72)AH8 (272-277)S6 (64-67)TI1 (61-64)AH6 (225-239)TIV10 (221-224)S14 (217-221)TIV6 (89-92)S10 (187-192)S8 (123-127)S16 (267-270)3H1 (139-141)AH4 (143-157)TI3 (184-187)AH5 (171-183)S15 (244-248)S11 (196-200)3H2 (214-216)TI4 (204-207)TIV9 (203-206)S13 (208-209)TI5 (240-243)AH7 (254-263)AH9 (280-296)TII3 (304-307)TVIII2 (265-268)S9 (161-164)3H3 (301-303)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Trypanosoma cruzi
publication title Crystal structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with succinate
rcsb
molecule keywords dihydroorotate dehydrogenase
total genus 107
structure length 312
sequence length 312
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date 2006-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01180 DHO_dh Dihydroorotate dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.26.10 Mainly Beta Roll Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 2djlA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2djlA01
3C4UA 3PBWA 4GE8A 1EUAA 2QDGA 3G22A 3M16A 1W5PA 4BF9A 4IUOA 2Z1BA 2O7SA 3TH6A 3HB9A 4O1DA 2Q8ZA 1J4EA 4UXDA 1IXPA 3C52A 5HWJA 3LI1A 4TMBA 3W7JA 1ICPA 3O16A 5I3IA 1XFBA 4FNSA 3EWZA 5CZTA 4AXKA 1G67A 3W84A 2FTPA 4UTTA 1QPQA 3NL3A 3FYPA 3W1XA 1GVQA 4EWND 4IXXA 3UD6A 1BKSA 2Y6ZA 3C8FA 4RX0A 4EF8A 3M5ZA 1YTEA 3MO7A 2PRMA 1KM5A 3PG9A 4JTFA 2QJIA 1OF6A 4CQAA 1SW3A 3NQ7A 1FWWA 5BOOA 4MIMA 1R30A 5F4XA 1OK6A 1LOLA 4DPPA 3NQDA 3N14A 5KMYA 1TTPA 2QCCA 1OX4B 3PR2A 2NXGA 1C9DA 2F7FA 4NZFA 3TC7A 1LRTA 3FFSA 3PSWA 3S5OA 4Y90A 3G0XA 4FIRA 5LNSA 1GOXA 2QCDA 3GDRA 4IX0A 1F2JA 3HGRA 4QM1A 4O18A 2BWGA 2VENA 3G8RA 4RZ6A 1FUYA 3G3DA 1H61A 1M6JA 2DU2A 1R2TA 3DU0A 3OVPA 3LXAA 5IBXC 3LOTA 1HO1A 2J6XA 4JTTA 1JCLA 2F84A 1VHCA 3ANYA 5AHFA 3DENA 5CSSA 1AMKA 3O6CA 1O94A 1ZJIA 2X1RA 3QMTA 4LC6A 2NZLA 4ZL1A 4XUGA 1JRBA 4CCDA 3TE9A 4OU1A 2Y70A 4C1KA 3E96A 1VZWA 1WA3A 2G5WA 2O7QA 1EPXA 1X8FA 2YPIA 3TKFA 4IPJA 4EIVA 3CEUA 5I3HA 2CZ5A 3ABSA 2YW4A 3FOKA 1ZCOA 5D2WA 4BFAA 1T99A 1OVDA 1L6WA 4FEZA 4UTWC 1UUMA 2CLHA 4JTHA 3MMTA 2JKPA 5G4EA 3L5MA 3OIXA 4MY1A 1Y0EA 1HTIA 3TQ0A 2QR6A 1OK4A 4IMGA 1VYSX 4ORIA 1VYPX 4ADSA 4FB7A 2EF9A 4JDYA 2ISVA 4TMCA 5KSWA 1DJQA 4YXGA 3UWWA 4U28A 3W75A 2GQ9A 1QFEA 1K02A 1H7OA 4HNTA 2V2DA 4DBEA 1IIGA 1TTQA 1GYLA 2Y88A 3IIVA 1RVGA 2CLLA 3S6DA 3IEBA 5F2IA 3V1PA 3MHUA 3FA5A 1U83A 4GFSA 5EA9A 1YDNA 4YMZA 3VI2A 3DGRA 1ZY9A 1YTDA 4UFMA 1K8YA 1QDSA 1PVNA 2YYTA 1A5AA 4CNPA 3IV3A 2W0UA 2X1UA 1FWNA 3L21A 1I45A 1H7WA 5HR6A 2A2IA 1SW7A 2ZFAA 3W7RA 1LTDA 1ZAIA 5DXXA 4XQ6A 1B4EA 2VFEA 3W2LA 3WJXA 1LBFA 3G1HA 5F2GA 3LGEA 5CKSA 5HUPA 2E6FA 1H50A 2FPVA 4HPXA 3HPXA 4U4MA 1NSJA 4M5PA 3O6YX 1QO2A 2HTMA 4LU0A 3U6WA 3KRZA 5LZLA 3O1NA 1K7EA 4A2SA 3GB6A 2Y7DA 1RPXA 1EEPA 3DFTA 4RXFA 4JTKA 2NWSA 5TBOA 1SZGA 3BO9A 2B0MA 3HJZA 3DKLA 4QQ3A 3T40A 3C61A 3DKJA 3NXFA 4AF0B 2I14A 3E02A 3MHFA 2VFIA 4LY8A 3IVSA 1R46A 2C14A 4TR9A 2DZTA 5L6UA 1H5YA 3M5YA 4K8EA 5H2ZA 4WQ6A 3W87A 1D3GA 2YFOA 4UTUA 3QW3A 3N3MA 2FB3A 4M6QA 1SO5A 4XTIA 1C29A 4MPQA 2NV1A 3FJ6A 3O63A 3NG3A 3MI3A 3P61A 2QDHA 1ICSA 2CU0A 3S9YA 5AN7A 1UB3A 2NUWA 1VPXA 1OG0A 4HPJA 3LI0A 1F74A 5DN1A 5G5IA 1WAUA 3R89A 1AG1O 1DQXA 5CZJA 5DLCA 1GVRA 5HR7A 1GJPA 1XXXA 2PC4A 5K9DA 2J9XA 2ZA3A 3CU2A 2YR1A 5BRBA 3EXTA 2P10A 4KWVA 1W3IA 5DCEA 3G0SA 4LS1A 3RU6A 3VE7A 3STCA 3VNDA 1GZGA 1FCBA 3TC6A 1SZFA 3KVMA 4FIQA 1RR2A 1BTMA 1XCFA 2VFDA 1JR1A 2VEPA 1N7KA 3BLFA 2A85A 1HL2A 4Z1CA 4JTJA 4XKYA 2GQAA 3M7WA 2ZQ0A 3ATZA 2C16A 5G1YA 1XL9A 3NA8A 2VEIA 5D33A 4ICNA 5LNWA 4XBSA 3LV6A 3MYOA 3SW6A 5DCBA 1FDZA 3BW3A 5KZDA 4AWTA 4FX6M 4LV9A 1L9WA 1S5VA 4N9CA 5E0KA 1WX0A 2R91A 1IXNA 3GXPA 3K30A 4LOCA 3L5AA 3E12A 2Q8LA 1VYRA 2C13A 4OBTA 4NJGA 4FX8A 3M5XA 1EB3A 3LHWA 3PWAA 2VELA 3LHZA 1GEQA 2XN0A 3ZWSA 2V81A 4O13A 5FEWA 2WKJA 3TSMA 4GXMA 5AHMA 3EX1A 1JJKA 2V82A 3SGUA 4JS3A 1R2RA 2CZEA 1U5JA 3MP4A 4QNWA 1KM3A 3C2EA 2Y62A 8TIMA 1AL8A 2QAFA 3GNNA 4WXZA 5HQEA 2H8ZA 1W3TA 3DI1A 3NQ6A 3O05A 3P5ZA 4K8HA 4MVAA 4RK8A 1CI1A 5AHLA 1X1ZA 3MP5A 3W7GA 1FDYA 2ZRZA 2R14A 1TV5A 2FFCA 3IGXA 1LZOA 1OFEA 2QF7A 3A5FA 1RV8A 4WOQA 3A21A 4IMCA 4DF2A 4FO4A 4A21A 5D30A 4Q4KA 4LW7A 3LDVA 3DXIA 2ATMA 3S1XA 1LP6A 5HINA 2RDWA 4LS2A 2CFFA 4HNNA 3NPWA 3Q2DA 3ABOA 3LTYA 4JEQA 1SPQA 5BMXA 3L66A 2C1HA 1C8VA 3B4UA 1I2QA 3GR8A 1LDCA 3OVQA 1F6PA 3LCGA 1LOSA 3GKFA 1NVMA 3SIZA 4UTKA 2VOMA 3ABRA 3LHVA 1DVJA 1SSGA 1LROA 3B03A 4LVFA 2BLEA 1GWJA 3SGZA 4Z1DA 1PS9A 3W71A 3UXAA 1XDLA 5CPOA 1HFBA 2A1YA 3P74A 1JRCA 2Y85A 3HF3A 4YL2A 3UQNA 3RF9A 4JX4A 1T8XA 4DO6A 4K37A 2VFGA 2ZZ7A 2CZFA 2A21A 4R33A 2ATSA 3NO5A 4K7YA 1P5BA 2PE4A 4D2JA 1DBTA 4JTIA 3LLFA 4RZ5A 2V0TA 2NUYA 4N4PA 4O50A 2FB2A 3WFAA 1OX6A 4IJBA 2QUUA 3W2JA 5FEXA 2CLIA 3YPIA 1W1ZA 3NQEA 1J5TA 4HN4A 4QISA 5EBUA 1W56A 3Q94A 1DOSA 3BW2A 4UC5A 4UTTC 3IVTA 1SU5A 1KLYA 4BWLA 5FF2A 3W1LA 3TV8A 3W22A 4QAIA 4Z0SA 1IIHA 1OFBA 4FNRA 5HUOA 3W1NA 3B05A 5FI8A 2CLFA 3P5YA 4O57A 4I9AA 1NF0A 4FX7A 2DZSA 3P80A 3W9ZA 1EP3A 5AC8A 1XBVA 1VC4A 3L9CA 3CWNA 3TFCA 3TXZA 3T78A 1DV7A 3OG3A 5I3FA 4QJ1A 4MOZA 2ABBA 5HMSA 3QF0A 1A50A 5EYWA 3M44A 3UY8A 3TFXA 1LBMA 1QPOA 1V5XA 2B7OA 2V5LA 2ZDRA 3I7QA 3NQVA 3OBKA 4JIPA 3BGGA 5T26A 1VH7A 2RKXA 3STGA 1RQEA 1I4NA 2DZPA 5DY2A 4UFKA 2H3DA 3W7OA 3HGOA 1YXDA 3N19B 3B0VC 2D73A 3W2NA 2FQIA 3NEVA 4O0KA 2TMDA 1G4TA 4MYXA 3S1UA 3PG8A 4NXSA 3STEA 4JYEA 3O15A 4ZQRA 4WY0F 4YLWA 1TV8A 1W5NA 3FKKA 4WY0A 4FNTA 2YZRA 1OX4A 4AB4A 4O17A 2DP3A 3M6YA 1H60A 3LLDA 3DFQA 2BXVA 2X1SA 4A3UA 2NXIA 5C55A 1TQXA 2B7NA 3RFAA 3NM3A 5G4WA 4KKXA 3JRKA 1K7FA 3R5EA 3BG9A 4JDBA 2R8WA 4O0ZA 1TJPA 3W73A 4A29A 5A8GA 4Y8FA 3LRMA 2LLEA 3G1DA 3VCRA 1ICQA 5AYZA 2B7PA 1D9EA 4BR1A 2VC6A 5F1VA 3DBPA 3PBVA 4XBKA 3A24A 1KM0A 3NYZA 1LM1A 3NPVA 1OF8A 3G1XA 1F5ZA 3E49A 2TPSA 4PH6A 2XN1A 4TO8A 4POCA 1WYIA 4IPIA 4UFHA 2YSWA 4FNPA 4MYAA 3EWWA 2HS8A 5G2WA 2ZYFA 3WJYA 3LTSA 5F4SA 3HG2A 3EKZA 4O1CA 4M6VA 2ZRYA 2CZDA 3UPWA 1ME9A 4PC8A 2CLKA 4ZQCA 1XDMA 2Y7GA 1BWLA 1YLVA 4AHPA 1YDVA 1A53A 1NFBA 3T55A 3HO8A 1WV2A 5K4ZA 3GAKA 3QC3A 3O07A 3GYEA 1YXYA 5K2ZA 3AJXA 4NJIA 3S1VA 1Z41A 2ABAA 2YXGA 1X1OA 2NX9A 3PF3A 1TJRA 1FBAA 3EXSA 5DXYA 4O28A 3FS2A 3F4WA 3FYOA 4OHQA 4TU1A 3EXRA 4R53A 4QSHA 5E93A 6TIMA 1D3HA 4DELA 3MHGA 1DJNA 3OVRA 1TIMA 1TB3A 4JX6A 3NOEA 5AHNA 5CZSA 5IM51 1EP2A 1DHPA 1FWRA 1G4EA 3HOJA 1OFDA 3TX9A 4O8RA 3GDLA 5FEPA 3W1AA 3A23A 1UASA 5G2IA 1KBJA 1PHWA 1Z48A 2Y7FA 3A9IA 3C2OA 4IXHA 1VS1A 4WUIA 4S2CA 3PUEA 3F1QA 4Z1AA 1JCMP 3G3MA 3EWYA 3PBUA 4A22A 3LHUA 3QRHA 2AAMA 2J24A 1A5CA 3MUXA 4DO5A 3W2UA 2GVJA 3W1UA 1M5WA 3GVGA 1FQ0A 1ZHAA 1MO0A 2GVGA 2OCZA 2V2HA 4KFOA 3TJLA 3E0IA 4NX0A 5CG7A 3TROA 1R47A 1B3OA 3WK2A 4GUGA 2Y89A 2PRHA 3P60A 4N02A 5EMUA 4O19A 2I1OA 3TR2A 2QCFA 1ML1A 3CIXA 2ZA1A 3U8GA 2HSAA 3W88A 3I65A 4LWWA 1OFRA 3UWYA 1LBLA 3CEPA 2C6QA 4AF0A 3P8IA 2VXNA 4ZQPA 1TPC1 5I3JA 3TU9A 3P7YA 4QIUA 5HULA 3NPUA 3WJZA 1EWDA 5AYYA 3UNDA 3S5NA 3LB0A 1QPRA 3GZ3A 5FF7A 3T7VA 4YWIA 1VGAA 1P0KA 2ZRXA 5AHIA 4IQLA 3PUOA 4E0CA 1KM1A 3G1FA 2Z2UA 3B8DA 3KX6A 1OABA 1B57A 1XBXA 4DEFA 3CLMA 4LTSA 1ZALA 1XKYA 1H63A 5F2MA 4HNUA 3I7RA 1P0NA 1Q6OA 3ATYA 1SZNA 4O12A 2QJGA 4FXSA 3CB8A 4E38A 1THFD 4O10A 4NXKA 3W1QA 2ISSA 5KZMA 3HMJG 2A0NA 4DO4A 2NUXA 1FXPA 4NNAA 3C2VA 3STFA 5K9XA 3CQ0A 4PA8A 4AHOA 3KRUA 1GQNA 4WZHA 3UPBA 1GTHA 1LORA 4XTDA 1YTKA 4IX2A 4ZQNA 1K7XA 2E6AA 5C6MA 1KFJA 1A5BA 1ZAHA 4NQ1A 1HG3A 2E5CA 3GXTA 3PB0A 1KM4A 3M0ZA 1OX5A 1FWTA 3KVLA 3Q58A 4O4VA 3KOFA 3B06A 2JKEA 3W2KA 2EAWA 3B04A 3S5ZA 4YCOA 3W2MA 4TX9A 2V8ZA 2WSQA 3W7DA 3INPA 3OA3A 3WJWA 3SJ3A 2BSLA 2DZXA 3C0JA 2NX1A 3MP3A 3KVKA 2C0AA 2TRSA 3CM4A 1IXOA 3H55A 1VCGA 3PUDA 5DCDA 4E2BA 4ADTA 2ZRWA 5AHEA 2Z6JA 1UCWA 1KV8A 4K36A 5DBUA 1SR9A 1PCKA 1W54A 4N6EA 2ZBTA 3P67A 4WOZA 2DZWA 4GWEA 4K38A 1TPEA 3F4NA 1CX9A 2VFHA 4DBDA 4JNMA 5HWMA 1OYBA 4HSNA 3S8HA 3IGSA 2E09A 2QUVA 4OWGA 1Q6QA 3BV4A 5D32A 3CT7A 3CC1A 3T4CA 2ZZ1A 3TW6A 3RNDA 3L0GA 1O4UA 1PL9A 1UBSA 4LS0A 4CCEA 1S3HA 4FXRA 2BX7A 3NQMA 2YX0A 1SW0A 1OFPA 4ZQMA 4P2VA 3NL6A 4RR4A 1LCOA 1H7XA 2ZRVA 5LNRA 3DHDA 1OFAA 3HG3A 4JN6A 2DZVA 4MY9A 2CW6A 2ZTKA 4LV4A 1W37A 2QKFA 1ZFJA 1JUEA 3LRKA 1M7PA 2OMAA 5L9FA 2WQPA 2TSYA 3GR7A 3W83A 5K4XA 3EWBX 5KTLA 3MJYA 3DFSA 1HO4A 4EOUA 1ZENA 2FPTA 3GIYA 3W72A 4NUWA 5C5YA 3RMJA 3GNDA 3QMRA 3DFPA 4NNBA 4Y96A 2VEKA 1AK5A 1JCXA 2J9YA 1W0MA 3LCLA 2X2GA 4I7UA 2YYUA 3W7HA 3TAKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1H11 A;  4GE8 A;  1HN1 A;  1E9L A;  2GSE A;  3G22 A;  4BF9 A;  4IUO A;  4J3U A;  3TH6 A;  4O1D A;  7ODC A;  4AIU A;  5BRP A;  2OGY A;  1U22 A;  4UXD A;  1J2B A;  4TMB A;  2J7F A;  3BUV A;  1ICP A;  1TVP A;  2QVN A;  4FNS A;  3EWZ A;  1WCG A;  3W84 A;  4UNI A;  2ZE0 A;  4UTT A;  3DIP A;  2HQA A;  1ZP3 A;  3AWN A;  3UD6 A;  3BOF A;  3MCO A;  3QV9 A;  4F0R A;  4KIE A;  2NT1 A;  2RGL A;  4GQQ A;  3BLL A;  4AY1 A;  1SW3 A;  5BOO A;  1OK6 A;  1HL8 A;  1LOL A;  3W81 A;  4DPP A;  2C79 A;  3N14 A;  5CGM A;  2QCC A;  4MM1 A;  3LMZ A;  4J5N A;  2OOG A;  1U30 A;  3BAJ A;  1P6W A;  3TC7 A;  4S23 A;  3FFS A;  1VEP A;  1ZUA X;  3S5O A;  4FIR A;  4QXI A;  2HDJ A;  4IG2 B;  2VEN A;  1EC9 A;  1HKI A;  3G3D A;  2BVT A;  2V67 A;  3SRH A;  3K8K A;  3LOT A;  1YBQ B;  2REQ A;  1HO1 A;  2DSV A;  4JTT A;  3ORW A;  2F84 A;  1VHC A;  3ANY A;  5CSS A;  4QG9 A;  1H09 A;  1WAW A;  1PIF A;  4LC6 A;  2OYL A;  4AD1 A;  4Z1Y A;  1OD8 A;  4RW3 A;  3MSR A;  6TAA A;  4XUG A;  2G4J A;  4OU1 A;  2VQT A;  5LXX A;  4C1K A;  2DDX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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