2DP3A

Crystal structure of a double mutant (c202a/a198v) of triosephosphate isomerase from giardia lamblia
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFVEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNCEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disulfide Bridges in the Mesophilic Triosephosphate Isomerase from Giardia lamblia Are Related to Oligomerization and Activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Giardia intestinalis
total genus 95
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2006-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2dp3A00
1XUUA 1RQHA 4RXFA 3LTSA 1TV5A 4PTNA 1NF7A 3GZ3A 3W1UA 1NF0A 5F4XA 2V8ZA 2ZQ0A 2H3DA 3CLMA 4MLRA 1QPQA 5BW6A 2VFFA 3CT7A 3W7CA 3LDVA 3MUXA 1AW5A 4AWUA 4CCEA 1FCBA 2B7QA 4IX2A 1THFD 2Y7EA 2QCLA 5I3IA 3H53A 1H7OA 4IMFA 4D2JA 1S3HA 3TJLA 1RZMA 5J5DA 3G1XA 3M9YA 1LYXA 5SWUA 3NQMA 2Z6IA 3GR7A 3TQKA 4KKXA 4DF2A 4RK8A 2RDUA 1H7NA 2ZRWA 4WZHA 4JS3A 3LBCA 3UZ5A 2DZVA 1A5SA 1TPWA 4XKYA 3E9AA 3VKJA 1AW1A 5K9XA 4W9TA 3G18A 4FNPA 4MLJA 1CW2A 4GJ1A 1OABA 3W71A 1QPOA 3LCLA 3PS7A 1LOQA 3GIYA 3LRLA 1SW7A 4S2CA 1KM3A 3DH7A 4MZYA 1ZALA 2CLEA 1OK6A 3LHZA 3ABQA 3P60A 3VI2A 1W5PA 5L6UA 3Q2DA 1XFBA 3INPA 3LCFA 5AYYA 3GX9A 4XBSA 3CEPA 3TQ0A 4LS1A 3BG3A 1OHLA 4LVGA 5AB3A 3OBKA 3TXVA 2QF7A 2PRHA 3KVMA 4GUFA 1SO6A 1ME8A 1SUXA 5DN1A 4LWWA 4FIRA 1CI1A 1NEYA 1K7EA 3TFXA 1TPVA 2ZZ3A 3G0UA 2ZA2A 1XI3A 2WJZA 3W22A 3LCIA 1Z48A 2FPVA 3NNTA 1F7BA 2PURA 2ZZ6A 4Q32A 5FESA 4JTLA 2VOMA 4CLMA 4XQ6A 2CZ5A 1DOSA 3NQAA 5BMWA 1T99A 4HNTA 2W0UA 1I2NA 4UC5A 1AL8A 3BGJA 4YXGA 4N9DA 4JTIA 3TA6A 3G1FA 2CLKA 3TAOA 3W7QA 4XWUA 1QPRA 3C0JA 3N14A 4IGHA 5F1UA 4WD0A 3W7EA 1H7XA 3CU2A 4IMGA 4Y6GA 2QCDB 1KA9F 2VEPA 1ZFJA 2YFNA 1B4KA 1LORA 5HULA 1TCDA 4Y8FA 3EXTA 3NAVA 3GXTA 1AL7A 4EF9A 2YSWA 4Z0JA 3NQ8A 3KAOA 1L6SA 3KXQA 4TIMA 1JCJA 3R8RA 3PB2A 4ZQMA 1KM4A 1D3HA 1LTDA 1H1YA 5DCBA 4O4WA 1ZAJA 3MWAA 4FNRA 3DKLA 3UWUA 4AWSA 2ZA1A 5CGQA 3SFKA 1DJQA 4FO4A 4HPXA 3M5YA 2DU2A 3SECA 2NXHA 4MUZA 4B5NA 4AF0B 3DFSA 1E51A 1Q6OA 3NQGA 4WUIA 2NX9A 4K37A 3UNDA 3TSMA 2EAWA 2ZZ1A 1JCLA 1I2OA 3A24A 4O14A 4UTUA 5I3FA 2DZSA 2E5CA 1JCXA 2NXIA 3DKJA 1IXPA 3W83A 4JTFA 3W9ZA 4IXHA 4XTDA 4BWLC 2V5LA 4O52A 3M5ZA 1IF2A 2A85A 4JYFA 2DZPA 4E0CA 4DF1A 1M7OA 1FDJA 3SZ8A 2ZTJA 4UIOA 2W6RA 4UFHA 5U4NA 2HTMA 2YPIA 5C2XA 2A21A 1SSDA 3LXCA 3CWOX 5CZTA 4HPJA 5DBUA 2D73A 3M41A 2QKFA 1EWEA 3PUOA 4GBUA 2Y85A 3IGUA 1HO1A 3HG2A 4S1FA 1EUAA 4ZQNA 3DFTA 8TIMA 3BLFA 2BX7A 5FI8A 1O60A 4GUGA 3FEMA 3HPSA 1H61A 2Y70A 1LROA 4QM1A 1OX4A 1QO2A 3PBWA 4S2BA 2Q8ZA 2GUUA 4FHAA 1TIMA 3B4UA 3NPXA 2FPYA 4KFNA 1WV2A 4C1KA 5EY5A 4EIVA 5K2ZA 4IMDA 5CZ0A 4NZFA 3GDMA 4FF7A 3LB0A 3H54A 4O54A 4ZQOA 2CZEA 1Z44A 3C4UA 3W2JA 2X1SA 2YDAA 3QPZA 2E5DA 3MJYA 1W54A 3IVSA 4OE7A 4CCCA 1MXSA 1K8XA 5F2MA 4GWEA 3U8GA 2ISSA 3LHWA 1I2PA 2XFWA 1VLIA 1G69A 3EX4A 3BK0A 1OFRA 2A7PA 3TU9A 3GAYA 1FCQA 2R91A 5KITA 5LGZA 4TU1A 3UWWA 3IV3A 1RQEA 4DEFA 3E49A 1OG0A 1F05A 1QAPA 4DBEA 3ZR4A 1QDSA 3G0XA 3MYOA 3BO9A 4QJ1A 3NDOA 3L5LA 3L0KA 3HQ1A 3NYZA 2QCCA 4HT3A 2O7SA 1GVQA 4FNTA 3W7RA 1GTEA 4UR8A 5DCDA 3NG3A 1P0KA 2DJLA 2NV2A 3G0SA 3B04A 3SW6A 3ATZA 1SO3A 3HO8A 4HSNA 4MFEA 4MVAA 4ML9A 4O4VA 2WNQA 3L9CA 2TPSA 2YZRA 2WNZA 2X1TA 2QDGA 4JR5A 5G1TA 1BWKA 1AMKA 2VKZG 3R2GA 4IQLA 2BLEA 1Q3NA 2WV8A 1R2RA 3LTYA 4H6KA 1J2WA 2A7NA 4N4PA 1KM1A 1PHQA 1YDNA 3UXAA 3Q37A 4EWND 1PE1A 1A5CA 2PRMA 2X1UA 5AC6A 2Q3RA 1TJRA 4JTHA 4IOTA 1GOXA 1GVSA 2EGZA 5FEPA 4N9BA 3EX6A 1VYPX 5D30A 2HS6A 1SO5A 5D05A 2DZTA 2JBMA 2QJGA 4JY8A 3MI2A 3MBDA 3N2XA 3L5MA 3NL2A 4N6FA 2CLIA 2VC6A 3KRSA 5LHFA 4MJMA 4PH6A 3OIXA 4MIMA 1RV8A 1KTNA 2I1OA 4LTSA 5BRBA 4Z1CA 1W5NA 4GNJA 1O94A 3S5ZA 5HUOA 3LRMA 3EWBX 1GG1A 1YPFA 3MW7A 3IVTA 4ADSA 1OFEA 1PIIA 3GKFA 3M44A 4LT9A 1JQVA 1W56A 2OCZA 4DPQA 3QEZA 4UTWC 4M6QA 3QMSA 2C14A 4WY0F 2V2CA 1U5JA 1TSIA 2YYUA 4N02A 1F6PA 4NVTA 1GEQA 3F4WA 3UXDA 4O0ZA 4RX0A 1KBJA 3NQFA 3K30A 4UMBA 2J6XA 2VELA 3UZJA 2G5WA 2HMCA 2NUYA 3QH2A 4FX8A 3QMTA 3OVRA 4O0KA 2C18A 3HB9A 4RZ5A 4R34A 4JX5A 3W1NA 2Y63A 4FX6M 4MYXA 2I9EA 3W7JA 4M19A 2ZDRA 3DBPA 1VZWA 4ZMGA 4UTHA 2ATMA 4Z08A 3B03A 4MKNA 3S1UA 1SSGA 3OHIA 2VFHA 3S42A 3HG4A 3KOFA 5G2IA 2NUWA 3BG5A 1JRBA 4DPPA 3VCRA 1BKSA 3B0VC 3BVJA 2WOQA 3VNDA 5EA9A 5AC8A 3TQVA 3VE9A 5KTLA 3W75A 3M5VA 4GXMA 5LNVA 1V5XA 1C8VA 1IXOA 4DO4A 1X1OA 2QCNA 4O10A 4JNMA 5HUPA 5D04C 5E93A 5DBTA 1XL9A 2DJXA 4BK9A 1FUYA 3PBVA 1JUBA 4KWVA 1LBMA 4IPIA 2X30A 2H6RA 4M6VA 2FFCA 3W7NA 3LHVA 2CLLA 3QYQA 4CQ9A 5KZDA 2WSQA 3MI3A 1L6WA 3W1PA 1TTIA 3UY8A 1A5BA 1TB3A 4QITA 2C6QA 5CPOA 1V7YA 5AHIA 4POCA 4UNKA 3IVUA 3NZ1A 4NJJA 4RCXA 5KSWA 3WJYA 1MEWA 4TO8A 3ZS4A 3DGRA 4AHOA 1WDWA 5FF7A 4Q33A 4ZL1A 1LLWA 4L4MA 3S8HA 3CPRA 4JTTA 2VENA 1OFDA 3GDLA 4Z1DA 5CSSA 5F1VA 1OYBA 1DHPA 3L0NA 3CHVA 1H1ZA 1CX9A 3UY7A 1JR1A 1Z42A 1GTHA 4JTJA 2FQIA 4YL2A 1RVGA 1UBSA 3W7PA 1I2QA 4AXKA 5D2TA 4K6AA 1H7WA 4O8RA 3O16A 3JRKA 4JEQA 1LRTA 3RLVA 1R2SA 3EXRA 3W87A 1P0NA 1J4EA 3TV8A 1G6CA 2B7PA 3MYPA 3W1LA 5D32A 3KVKA 1SZNA 4UFJA 4HIBA 3S1VA 3I7RA 3E12A 4PODA 5HR6A 3T4CA 1PCKA 3OEXA 5K3VA 2NLIA 3TW6A 1SU5A 4I7UA 4DO6A 1GQNA 1XUZA 2PCQA 3RU6A 3L5AA 2DZWA 4OHQA 4JY9A 1XBZA 1OFOA 3S9YA 5IM51 1KTBA 3O8AA 3S1XA 2C15A 1TPEA 4AVFA 4DO5A 7TIMA 2BSLA 1L9WA 3W1RA 4EF8A 1I45A 1KBIA 1VCVA 1W8SA 2VFDA 2V9DA 2VFGA 3ATYA 3FYPA 3STGA 3WK3A 4LS0A 1G67A 1ZHAA 2B7NA 4PA8A 5BOOA 3W7DA 3P80A 3PR2A 1G4TA 1H62A 1W3TA 2NWRA 1H60A 3NPVA 3LI1A 4E2BA 4BWLA 4TX9A 4UXDA 4JIPA 4CCDA 5C54A 2G96A 1UUOA 1TPUA 3DENA 1PCWA 1LDCA 2FB2A 1L2UA 4LC8A 4NQ1A 5DXXA 2Q3OA 2OMAA 4LVAA 1OF6A 3MHUA 4PCFA 5FF3A 4KWWA 3OVQA 2E6FA 4GUJA 3OA3A 1OJXA 5D09A 4N6EA 1X7FA 1I2RA 3P82A 3CM4A 1Q45A 4I7WA 4BI5A 5HINA 3MHFA 1ZCOA 5LGXA 1GVFA 4NJGA 1TPC1 3TXZA 3ZWTA 1N7KA 1YTDA 3KFTA 2OT1A 3NQ6A 4CNNA 2ZZ5A 5K9DA 4K7YA 2GQAA 3M47A 3UD6A 3QW4B 3WJSA 2F84A 3F4NA 2ZYFA 1JUKA 3DZ1A 1ZAIA 3LCWA 2QCDA 2RDTA 3B8DA 3WJWA 1C9DA 1O95A 1G7UA 3C2VA 2QCEA 4N9EA 2A5HA 3G8EA 1O5XA 1BTMA 5T26A 1LCOA 1M5WA 2C0AA 4X2RA 3P8IA 5F4WA 2GOUA 4Z1BA 1ZNNA 1FXPA 3C2RA 4RZ4A 4DELA 2ZZ7A 1HO4A 3P5YA 4RKAA 3E96A 5D03A 1EX5A 4UFLA 1Z41A 3RMJA 3C61A 3NPUA 3GAKA 3PBYA 5CSRA 3LV5A 1R46A 4OBTA 3W2MA 3DFOA 3LLFA 3THAA 3HGOA 2V82A 3LXBA 4AF0A 2OT0A 3EX1A 1W5QA 3DAQA 3ABRA 2WSRA 3C2FA 3PC0A 2TSYA 3QJAA 5DLCA 2JK2A 2VFIA 3P7YA 4CNOA 2G97A 5FF2A 3MO7A 3NQEA 4RXGA 3W1MA 4NUWA 2E09A 1TMHA 3GNNA 4AHQA 1FWSA 1KLZA 2CW6A 2OX1A 3SJ3A 5K7JA 3GK0A 1K03A 2GPTA 1OYCA 4TMCA 3HIJA 3IGXA 1SPQA 4NXSA 1P1XA 1MO0A 2ISVA 2E6AA 4FIQA 3W85A 3NGJA 1SW0A 3NL5A 4HNUA 1ALDA 3MMTA 3HOJA 3FYOA 1FWWA 1WX0A 2YCEA 4A21A 3TSBA 3KVJA 3A21A 1SZFA 4JYDA 3LHTA 4AMAA 1F73A 1LM1A 1QOQA 1FY6A 1ADOA 1EPXA 4O1CA 1KM0A 4NJKA 1FXQA 2AAMA 3RNDA 5FEZA 5LNUA 4YCOA 4UTWA 2FPTA 3GDRA 1DJNA 1GPWA 2H90A 4GUIA 2HS8A 5TIMA 3W88A 2J24A 3C56A 3VFLA 3NQDA 4LV4A 4P2VA 3PAJA 3RK8A 4HSOA 2JKEA 2A4AA 2VEKA 2XN2A 5G4WA 1M7PA 1PS9A 3R13A 5EKYA 1HFBA 3W2UA 3L68A 5AHLA 4P61A 5I3GA 1DL3A 1LRNA 3GXPA 2XN0A 1EUNA 1SQ7A 4LY8A 4AAJA 5E1QA 4MJZA 1K3UA 4YLWA 1TTPA 3N9SA 1JJKA 1AK5A 1JCMP 3IIVA 4FXSA 1G4PA 3HPZA 2R14A 3LCXA 2B4GA 5LSMA 3P81A 4R53A 2UV8G 3P61A 4LV9A 1DV7A 2B7OA 3W7LA 3GKAA 4XZ9A 5DY3A 3L21A 1C29A 1JVNA 1WBHA 4CQAA 3N34A 4XUGA 2YFOA 4UNLA 2Y7DA 3DFQA 3GNDA 3UQNA 1G4SA 1YADA 2A0NA 2CLFA 5AHFA 5CG7A 3WJZA 1R47A 3FKRA 3N2MA 1VR6A 3Q94A 4KFOA 2YW4A 3PSVA 1ME9A 1U83A 4UFKA 1WAUA 3QZEA 5AYZA 4C1LA 1JRCA 3A9IA 4FNQA 4NNBA 1ZY9A 4MY9A 2QCFA 4ADTA 4Z1AA 3NL6A 3ZFHA 2ZA3A 3SI9A 4TR9A 4ZQRA 2E6YA 4CQ8A 2ATSA 2GJLA 1PHWA 1XDMA 3NZRA 3I6RA 2X2GA 4IXXA 5AHEA 2PE4A 3NQCA 4O18A 4PL2A 1TRIA 5G4EA 1LZOA 2Q8LA 2O7QA 4Z0SA 4WOZA 4M6PA 3QFEA 2YYTA 3CIWA 2RDWA 2EKCA 5AYXA 3LCHA 5AN7A 3GDKA 3I68A 5DELA 3EKZA 3I7SA 1KM6A 1OX5A 2Y6ZA 3G3MA 3G8RA 2CWNA 4H4IA 3LCGA 3NQ2A 2ZRUA 3TAKA 4R33A 1KTCA 3MI6A 2Z0IA 4FB7A 1X8FA 1TYGA 4ALDA 1LOSA 2WQPA 4DXVA 2RH9A 2BTMA 3EKLA 3W7OA 3H55A 2Y7FA 1LBFA 4RLIA 1Q6RA 2E77A 3TH6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 2RFG A;  3NQV A;  3UPW A;  1VJI A;  1DKW A;  1O4U A;  3PM6 A;  1H7P A;  1SFJ A;  5K9C A;  3QC3 A;  2B0M A;  2DP3 A;  2WSY A;  3M5X A;  4JD4 A;  2XN1 A;  3W07 A;  1WOA A;  3M16 A;  3QST A;  3KVL A;  5CPL A;  6TIM A;  3V75 A;  5LNW A;  1KLY A;  1Y0E A;  4UFI A;  4Y96 A;  1GVO A;  1RR2 A;  1YPI A;  4GC4 A;  3EWU A;  3LOT A;  1HG3 A;  1GWJ A;  1VYS X;  4UTM A;  5F2I A;  2C16 A;  3D0C A;  3B0U X;  3R5E A;  4X3Z A;  2QAF A;  1S5W A;  4IME A;  3HPX A;  4QIS A;  2RHG A;  3NO5 A;  4O12 A;  3TCE A;  4K39 A;  1VHC A;  4OT7 A;  2OZ0 A;  2EPH A;  2PC4 A;  4BI6 A;  4JGD A;  2WPB A;  2ABB A;  2QR6 A;  3SGZ A;  1B9B A;  1TPH 1;  1MEH A;  1TTJ A;  3C2O A;  4IWW A;  4JX4 A;  1KFC A;  1WXJ A;  4UTL A;  3KX6 A;  3ABO A;  3OG3 A;  3T7V A;  2FDS A;  3W7H A;  3P67 A;  3BAR A;  4AWT A;  3PUL A;  2A6L A;  1H50 A;  1BWL A;  1JQX A;  1TO3 A;  4FX7 A;  4MY8 A;  5HQE A;  3QQ0 A;  4WOQ A;  1GYL A;  2V2H A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XUU A;  2G8Z A;  4PTN A;  1XYC A;  2BVT A;  3HZ3 A;  4GQB A;  3CLM A;  4BEQ A;  2PP1 A;  1N8W A;  2DW7 A;  2P5N A;  2V3G A;  4C6F A;  3W7C A;  4B90 A;  5JUV A;  1FCB A;  1F3T A;  4TX8 A;  3VAB A;  4ZE5 A;  1RP8 A;  3WLJ A;  5ABG A;  2ALR A;  2FTY A;  3H53 A;  1H7O A;  5E9X A;  2WMI A;  1S3H A;  1DJW A;  1GKP A;  3G1X A;  1NJJ A;  4LQ1 A;  3GR7 A;  3UJS A;  4YHE A;  3W37 A;  3ITY A;  2E28 A;  4RK8 A;  3BLD A;  1AD4 A;  3LEN A;  4CD8 A;  5JIP A;  4WZH A;  2WPG A;  4H7Z A;  4W88 A;  1S2A A;  4XKY A;  3TOP A;  3E9A A;  3VKJ A;  4GK8 A;  2XUC A;  1W1A 1;  3MKC A;  1CW2 A;  1K4H A;  1GW9 A;  4HB7 A;  3W71 A;  2C7F A;  5FAC A;  3H7U A;  1F3E A;  3UG3 A;  3BTN A;  4CNT A;  3P14 A;  3FCP A;  3LHZ A;  3RPT A;  1E1F A;  3P60 A;  5L6U A;  4PE8 A;  3VIJ A;  4U3A A;  4DWS C;  4QGC A;  3UXK A;  3LSC A;  4KES A;  3GX9 A;  4QE5 A;  3TC3 A;  4JTA A;  3GG7 A;  2QF7 A;  1W17 A;  2J8G A;  1SO6 A;  2NLY A;  1QAS A;  4KWU A;  4FIR A;  2GSJ A;  1K7E A;  3TFX A;  4H1Z A;  2A3B A;  1Q4W A;  1EOM A;  4UCF A;  4U2Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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