2DP3A

Crystal structure of a double mutant (c202a/a198v) of triosephosphate isomerase from giardia lamblia
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFVEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNCEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disulfide Bridges in the Mesophilic Triosephosphate Isomerase from Giardia lamblia Are Related to Oligomerization and Activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Giardia intestinalis
total genus 95
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2006-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2dp3A00
4LY8A 5HR6A 3GNNA 4HNUA 2E09A 3E96A 3JS3A 1R30A 2ZZ1A 3L5AA 3NVTA 5DXYA 1TMHA 4ZL1A 4N6FA 1JCYA 3MW7A 4LOCA 3NEVA 3BG9A 3QZEA 4UIOA 3FJLA 4IMCA 3DH7A 3KHJA 1YYAA 1G69A 3PAJA 5KZEA 4ONVA 5AHMA 4WXYA 3UY7A 3IIVA 4DXVA 4LVAA 2YXGA 3HF3A 1KFLA 5DN1A 2V2CA 5KZMA 4MY8A 5E93A 4LT9A 2Z1BA 5C6MA 1J2WA 1WOBA 3TQVA 3HMJG 3O16A 3SZ8A 3WJXA 4O0KA 4FX7A 4L4LA 3P81A 2ZZ5A 3NL2A 3PVFA 1GG0A 1WA3A 3TIMA 3LLDA 4HKPA 3QM3A 4S1FA 4H6KA 5E0KA 3M5ZA 3ELFA 1JUBA 3GB6A 5IM51 1TJRA 1TYGA 2E6YA 1C8VA 4HHPA 4Q33A 4AWTA 3LX9A 2V2HA 3TFCA 2V30A 4RR4A 2Q3OA 2DJXA 1WBHA 5AYYA 3S9YA 1PV8A 1RR2A 5MHBA 3W86A 5D38A 3THAA 4UTUA 3E49A 5A5WA 4AAJA 4E38A 3IV3A 2NUWA 1Q6LA 1MZHA 4POCA 3W6YA 4PC8A 1MEWA 3OVPA 4UFHA 3W7QA 4IQLA 3W72A 2QJGA 2BTMA 3C2FA 4MY9A 5CPMA 1PIIA 5I3GA 5G4EA 3LDVA 4AH7A 1OK4A 4JTUA 3SY5A 4PFMA 3S42A 5AYZA 4GUJA 4GWEA 4JX4A 3GR8A 2JBMA 3M41A 1S5TA 1OVDA 1W37A 3LRMA 3CWNA 3LTSA 4ICNA 1ME7A 3LHWA 1EIXA 5K4XA 2ALDA 1P1XA 1W3IA 4DO6A 3KRUA 2R94A 1YDNA 1TPH1 3EKZA 1BKSA 2GVLA 4K7VA 4M5PA 1LBFA 2B7PA 2Q8ZA 1AW2A 3SECA 2JGQA 3MP5A 2G95A 3DKLA 3W74A 3VE9A 1SZGA 2CLKA 4ZQPA 2DZXA 4LUIA 1W54A 5ABTA 1R2RA 3KVLA 3SW6A 3L0GA 3K30A 4Y90A 1XDLA 1P5BA 1VPXA 1W3TA 4MJMA 4NT0A 5H91A 2E1DA 4R33A 4JTGA 3EX1A 5EA9A 1OF6A 4OE7A 5J5DA 5CZJA 1RQHA 1O5XA 4CCCA 2FJKA 1C9DA 4MZYA 4UFKA 3ABQA 3M7WA 4LS1A 3E9AA 3EWUA 2BSLA 5DCEA 4ZQCA 1I2OA 5AHLA 4IOTA 3NNTA 3W22A 2OT0A 3L66A 2EKCA 4DEFA 3NM1A 1TRDA 1V5XA 1GPWA 3P8JA 2NUXA 2FFCA 4GUGA 4MLRA 5LNRA 1Z42A 1R2TA 3M16A 3S5YA 3IVUA 4MKNA 2X1SA 3OBKA 2VELA 2Y7FA 3TV8A 1KTBA 3BLFA 3W7HA 2J6XA 3NM3A 3F03K 1BWKA 1X6UA 2VFDA 4GBUA 5L9FA 1B4EA 2DU2A 2QCGA 3R8RA 3O05A 4ZVJA 4OV9A 1FWNA 1FWWA 2VEKA 1RQBA 1WOAA 1X1OA 1SSDA 3GLCA 5TQLA 3W73A 5AC7A 3PB0A 4HT3A 4LUJA 2CWNA 5G2IA 1PHWA 3PR2A 1TIMA 4MFDA 3LGEA 1DJNA 1H51A 3ABOA 5DY3A 6TIMA 4A29A 4RZ6A 1OX6A 5I3IA 1CI1A 2EAWA 1MEHA 3P61A 1ZNNA 3ATZA 3N3MA 3CU2A 2A6LA 4OWGA 2QCNA 4RK8A 3LERA 3INPA 3W83A 4ADSA 1ICQA 3G1AA 1ME8A 1LM1A 2QUTA 3N19B 2H8XA 4IXHA 3BG3A 4BI7A 7TIMA 3T78A 1RZMA 1XM3A 3NQEA 3PB2A 2QKFA 3TQKA 4IXXA 4IGHA 4QM1A 3QQ1A 2FB3A 2QCHA 3ABRA 2RHGA 4UFLA 4YCOA 3EB2A 4IX0A 3M47A 5BMWA 2E6AA 1SO4A 4UTMA 3MI6A 3A24A 2VENA 3GXNA 2ZRYA 2H6RA 4O11A 3LTPA 4BI6A 4Z08A 4UFJA 1L6YA 2ZQ0A 4YWIA 5G1TA 3IEBA 3F4WA 5IBXA 3FIGA 5AHEA 4QISA 3Q37A 2TPSA 1LRNA 2JK2A 2OJPA 1G4EA 3VCRA 1OK6A 4QNWA 3PC0A 4X9SA 4Z0JA 4LVDA 2EPHA 1S3HA 4UTTC 3GK0A 1VYPX 1YXDA 5FF4A 2XN1A 3W7JA 1L6WA 3S5ZA 4ADTA 1P4CA 5TIMA 3DZ1A 4UNKA 3KAOA 2GJNA 3LCWA 1LLWA 2CLMA 5FF2A 4AF0A 1I8JA 3L21A 3B4UA 3BW4A 1GZGA 1OF8A 2Y61A 2QEZA 2FPYA 4UCGA 3LLFA 3H54A 1OFEA 4UNLA 2G96A 3OVQA 3NZ1A 1H1ZA 4MVAA 3FLUA 3W1AA 4AWSA 1A50A 1RPXA 3G18A 4JXCA 1RD5A 3W1NA 4IMEA 4JD4A 4MZ8A 3UWUA 4JR5A 3TMQA 4UFMA 3M5XA 2P1FA 3HG5A 4O13A 4CCEA 3BARA 3S0CA 2W0UA 3DKJA 4RX0A 4HSOA 3FKRA 4KKXA 4JN6A 1XKYA 4FB7A 1YXCA 3HGJA 3QEZA 5FEPA 1HL2A 4UMAA 2DORA 5F2MA 2HMCA 3E02A 2ZRZA 5HJLA 2RFGA 3M9YA 3NQ6A 1FY6A 1QO2A 1W5PA 4PODA 1KBIA 5G1YA 1ZCOA 3G8RA 5HUPA 3RLVA 2C18A 4AB4A 4JX5A 3CHVA 3EWXA 3A22A 4O15A 4ZQMA 1FCQA 4NJHA 2C14A 2CZ5A 4JYDA 1M5WA 3AO0A 1ZALA 2XN2A 2V9DA 5KZDA 5KITA 4FIQA 2ZBTA 6ALDA 1X8FA 5HWNA 2A21A 1LCOA 5BNKA 4JY9A 3CEUA 4WXZA 4M6VA 1N8FA 1FDJA 3PBYA 4JTSA 3F1QA 3NQ7A 3GXTA 1LBMA 3AJXA 3W1QA 5LHEA 3SGZA 1EUNA 4K38A 4EF8A 4UMBA 1VLWA 2GOUA 1KM4A 2E5CA 4JTTA 3RFAA 4N9BA 3GDTA 2YYTA 3OG3A 1WYIA 2YW4A 1TPWA 3EKLA 4FNUA 3SIZA 1LLZA 3QMRA 5DLCA 4RXFA 1Z48A 3C56A 4AF0B 2Y7EA 1O5KA 4X22A 3TXZA 3TMLA 5LNSA 5K9DA 2ZA1A 5EYWA 1YDVA 4HNTA 3W1UA 4LC6A 5K2ZA 1AL8A 2ZA3A 1DBTA 4QAIA 2HS8A 4RZ4A 4M6QA 1THFD 3NR0A 3WK0A 2Y6ZA 3W2LA 4Y96A 1O4UA 1YPIA 1GYNA 3TW6A 1JCMP 1DKWA 3ZS4A 1TPFA 4E2DA 3PF3A 3LHZA 4MPQA 4PEKA 4O16A 2TSYA 3S1XA 4MYXA 3Q2DA 4IMFA 4PL2A 3PY2A 4HPJA 2AQWA 4XKYA 3W2MA 5F4XA 1Y0EA 2ZCGA 3QPZA 3C0JA 3C6CA 4LVFA 2G5WA 3W71A 1RVGA 3P84A 2LLEA 4KFPA 1ML1A 4N9EA 2Y88A 1JUKA 2A7PA 3TA6A 2OX1A 3HB9A 1A5AA 1ICPA 1ICSA 1WBJA 1H7PA 1KM0A 4MUZA 2UV8G 3W70A 4WUIA 1X7FA 3FYOA 2Q3RA 4O18A 1VS1A 3LBMA 1IXQA 4IWWA 1XC4A 1PHQA 2ISSA 3O6CA 1SW0A 4UTWA 3SI9A 1G4SA 2Y7DA 5LNUA 1SZFA 1QR7A 1ZHAA 4NNCA 1OYAA 3UZJA 3D0CA 1ALDA 2FIQA 5K9XA 3G0SA 1QAPA 3CPRA 3MI3A 2NWRA 4O10A 3B03A 4W9TA 5CG7A 1K8ZA 3IVSA 1L9WA 5I3KA 1VZWA 4BR1A 2TMDA 4LS0A 3G24A 5EKYA 3FYPA 3B0VC 2BX7A 5T26A 3GIYA 2WKJA 4DF0A 4Q4KA 3S1UA 4AHQA 4NJGA 3B0UX 3PULA 4NX0A 3ZR4A 3DFSA 4RV8A 2A1YA 3NQGA 3QRHA 1TCDA 1NAL1 1M6JA 1JRBA 2YGYA 3CTLA 1T99A 3L67A 5HWMA 1TO3A 3LXCA 2QJHA 3NQDA 1OFBA 3M5VA 2A0NA 3P8IA 1G6CA 2ZDRA 1IF2A 2VEIA 3R5EA 4LC8A 3TC6A 4HNNA 5DXXA 1A53A 1R47A 3LCXA 3QQ0A 1W5OA 3BGGA 1YTEA 2PCQA 2O7QA 3N9RA 1EB3A 1FBAA 2AAMA 3W84A 4O1BA 1W5QA 5F4WA 3W7DA 3FKKA 4XKYB 3TH6A 5C55A 2E68A 4RKAA 1ONRA 3VE7A 5AB3A 2JKAA 4A2SA 4LTSA 3EWYA 3O6YX 1Q6OA 4YMZA 1OX4A 5CGQA 1IXNA 1GVSA 1YADA 4R7JA 2EHHA 5HMSA 3W1TA 2C15A 2QCFA 3N9SA 1D3GA 1ZENA 2YDAA 2CFFA 2A5HA 3W1MA 3A23A 3W7PA 4K37A 2DZTA 4UTIA 4E2BA 1LOLA 3KVMA 2V5BA 4J9JA 4O8RA 3PG8A 3QYQA 3OIXA 2ZRWA 1SW7A 3W1LA 3TXVA 3MUXA 1DQXA 5F2IA 1EUAA 3C2OA 3MP4A 3MI2A 3BW2A 4LVGA 4YCPA 2I14A 1I2NA 5CSSA 4O14A 2DZUA 4JTEA 5D05A 3DENA 3P67A 1MO0A 3ABSA 3W7GA 4A2RA 3IIOA 3QMTA 4IUOA 1DL3A 2NUYA 2VFHA 5D03A 3UWWA 3G0UA 3EXSA 4TIMA 4WD0A 3CT7A 1QNVA 2TYSA 1Q3NA 5F4SA 3MP3A 2HTMA 1XDMA 5K3VA 1G7UA 3MYPA 3U2OA 3NDOA 1LYXA 4FO4A 1SU5A 2DZPA 3GVGA 1G67A 5DBUA 2KZHA 4MY1A 1UUOA 3UNDA 2FDSA 1TV5A 2DJLA 3PM6A 1FWRA 3EXTA 3SFKA 3O15A 1S5WA 1XBYA 5GVJA 3RLUA 3W7CA 2QCMA 5BOOA 2J27A 1ZAHA 5EPDA 2RDWA 3C2RA 1K7XA 3G22A 3FS2A 3TR2A 3GAYA 1XBVA 5CPNA 3IIXA 1A5SA 1SO5A 5FF7A 2QUUA 2QCLA 1IIHA 4UTJA 1CW2A 4CQAA 4XBKA 3PWAA 4NX5A 3NGJA 1MEIA 5CKSA 1LDCA 1P0NA 1H61A 3N2MA 1TTIA 3G1SA 3LCGA 4HN4A 4O57A 4FNQA 2VFFA 4AMAA 4A21A 3EX2A 3I68A 3LHVA 1OX4B 1ADOA 3GZ3A 1OFDA 1H60A 2QR6A 4TO8A 1TRIA 1XBZA 3EX3A 2X2GA 2JKPA 2WNNA 3FFSA 3QW3A 3RMJA 4CNOA 4FNRA 3TNOA 2ZZ7A 3PBUA 4LNYA 1GQNA 4AHPA 1H63A 1OFRA 4JTJA 3RF9A 1LRQA 3BV4A 1KFCA 1ME9A 1UASA 4UTLA 4ALDA 4MLJA 1JR1A 3FA5A 3LOTA 2WSQA 5EBUA 1GVOA 2IQTA 1YXYA 1B3OA 4WQ6A 3Q58A 4JICA 5LHFA 1EP1A 3L5MA 3W23A 1OFPA 5TBOA 3EEGA 2VFGA 2GPTA 4R34A 1KTCA 5H2ZA 5FEZA 4O52A 4UMCA 3TFXA 3S5OA 2C3ZA 2NV1A 2DZVA 3P74A 4TU1A 3QSTA 4I7VA 1SFLA 4PL1A 4JX6A 2ISVA 1VQTA 3W7KA 4I9AA 3SJ3A 5D37A 3B05A 2OT1A 1D3HA 1ZJIA 2NZLA 4HIBA 3LV5A 1N7KA 2CLIA 4O1AA 3W2UA 1PCWA 4Y8FA 1LBLA 2GJLA 2H3BA 4UR7A 2OCZA 3DI0A 2PC4A 3H53A 4XTIA 3M44A 4AVFA 2H8ZA 5FI8A 3W7RA 2RDUA 2WSRA 4ORMA 1AMKA 4Z0SA 4PA8A 3TW7A 3WJWA 1GVFA 1FDZA 3QSRA 3LCLA 1H7WA 4IPIA 4P2VA 3UY8A 5HUOA 2FPTA 2GQAA 3SGUA 3NYZA 3W76A 4QJ1A 4DO4A 2GVGA 5AHFA 4NXSA 1BWLA 3A5VA 1X1ZA 4TR9A 3IGUA 3C4UA 4DQWA 4NQ1A 3HJZA 4NVTA 2EGZA 3O6DA 1GOXA 1EWEA 3F4NA 5SWUA 5AFDA 3JRKA 3T55A 2QCDA 1EP3A 3EX6A 3PSWA 1QFEA 2GQ9A 1TPDA 3UXAA 2FQIA 4XUGA 4IX2A 4UXDA 4XWUA 2X1RA 5IBXC 4LRTA 3CC1A 1O95A 4LS2A 3A5FA 1VRDA 4ML9A 4RJEA 3GR7A 1JCJA 2RKXA 3HBLA 3W7LA 3DFQA 2NV2A 2ZTJA 5D33A 4IMDA 4GUHA 4WOQA 1JCNA 1KW1A 3N34A 4O53A 1TB3A 1LZOA 4ZQNA 4DF2A 2A4AA 2V0TA 3KXQA 3LXAA 3MYOA 5DELA 1LORA 1G4TA 1BTMA 3V1PA 3MBDA 1FXQA 1TTJA 1VHNA 1QOPA 4YLWA 3OVRA 4MOZA 1FCBA 4K36A 4PTNA 1FX6A 4LV9A 4MYAA 2YR1A 2YX0A 2NXGA 4UFIA 5CSRA 1OABA 2YSWA 1ZAIA 1U83A 4ORIA 1QOQA 3CQ0A 1IGSA 3TU9A 4DO5A 4JTHA 1YLVA 3NQ2A 2QJIA 1KFBA 5D04C 4WJEA 4EWND 1J5TA 3NPWA 4RXGA 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 5U7S A;  3EWW A;  1B4K A;  3A21 A;  4KWV A;  4MZ1 A;  3BVJ A;  3HQ1 A;  1QPN A;  2RDT A;  4FXS A;  1EEP A;  1JCL A;  2Y62 A;  2Y70 A;  1VR6 A;  4PCF A;  4K7Y A;  3TKF A;  3LCH A;  5G2W A;  4EF9 A;  4NZJ A;  4LWW A;  1ZAJ A;  3HO8 A;  2BXV A;  1QCW A;  3E12 A;  1F76 A;  2ZRV A;  4UC5 A;  2YCE A;  4GRS A;  1DV7 A;  1F74 A;  4O1C A;  1H7R A;  1R2S A;  3G1Y A;  1KM1 A;  2Z6J A;  4N4Q A;  2P0O A;  2I9E A;  3NQ8 A;  3HPX A;  3MBF A;  1KLZ A;  5FF0 A;  4GXM A;  2ATM A;  3P60 A;  4CQ8 A;  3HGS A;  3LHU A;  3L0N A;  4NJI A;  4RCX A;  2CW6 A;  1GVQ A;  4RLI A;  4K8H A;  2ZYF A;  1H62 A;  4FX6 M;  2FTP A;  2V81 A;  5AN7 A;  2D73 A;  2Z6I A;  1NF0 A;  2ZZ4 A;  1KTN A;  4U4M A;  1TV7 A;  2TRS A;  3M43 A;  2JKE A;  4NZF A;  3G3M A;  4Z1C A;  1NFB A;  2E6F A;  4DPP A;  2VKZ G;  5CZS A;  1HG3 A;  3W7O A;  5FEX A;  3G1H A;  3KX6 A;  3GAK A;  2YZR A;  3O8A A;  4A3U A;  1FQ0 A;  2NX1 A;  4PH6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ZB5 A;  5HR6 A;  1S38 A;  4MWA A;  4F3H A;  4QJ5 B;  3G2G A;  3UG3 A;  1JPI A;  1F8M A;  3WQ8 A;  1DE6 A;  3JS3 A;  3WDJ A;  2PA6 A;  1TMH A;  4D6J A;  4LOC A;  3GR4 A;  4OBR A;  3BMV A;  2AL2 A;  1A5O C;  1LL6 A;  3DH7 A;  5RUB A;  4F8X A;  3FVD A;  2GYI A;  4ONV A;  5AHM A;  4WXY A;  2OZ8 A;  1NDY A;  4LVA A;  5FJI A;  1KFL A;  5DN1 A;  2WKL A;  3SAZ A;  1KRM A;  2Z1B A;  5LIX X;  1E6Z A;  3ZVH B;  2YLL A;  2C7F A;  4JQ3 A;  3SZ8 A;  3LNP A;  4O0K A;  1XLL A;  3B0Y A;  3DG7 A;  4L4L A;  2ZZ5 A;  2X0H A;  3MJM A;  5EML A;  1GG0 A;  4B92 A;  1B9Z A;  4FOK A;  1QI0 A;  2C91 A;  4XD3 A;  4LEQ A;  4DHG A;  4S1F A;  3WQ6 A;  3M5Z A;  4HGX A;  2CCR A;  1TYG A;  4JZ5 A;  1Q4W A;  1IYX A;  1OM0 A;  3TFC A;  2WYS A;  4A35 A;  3GVW A;  4J2M A;  3BZG A;  3L4V A;  2V30 A;  4RR4 A;  1OD8 A;  1PSC A;  5A6J A;  1WBH A;  2VX5 A;  2F8Q A;  3EEZ A;  3J7H A;  4HNC A;  3S2M A;  4PTV A;  4H04 A;  3CQJ A;  2NUW A;  2O9O A;  2OQL A;  2GUB A;  3W6Y A;  4QQU A;  4L65 A;  2X1I A;  3OVP A;  1V3M A;  1S2V A;  2Q8X A; 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