2DQXA

Mutant beta-amylase (w55r) from soy bean
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
491
structure length
491
Chain Sequence
SNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVRWGIIELKGPKQYDWRAYRSLFQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Kinetic and structural analysis of enzyme sliding on a substrate: multiple attack in beta-amylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-amylase
molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
total genus 176
structure length 491
sequence length 491
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2006-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dqxA00
1W1YA 2CEQA 3WY1A 3QHNA 3AIUA 1R85A 2OWCA 4MAZA 3VPLA 4CD6A 1EO7A 1ZU8A 3OA5A 2VCCA 2ZUUA 1K6AA 4QCEA 5CLTA 5LA0A 1W9BM 2WMKA 4FF5A 5LYRA 1R8LA 2EPLX 3GBEA 2WK2A 4P8XA 1BVZA 1G01A 1Q6EA 1JFXA 4KWUA 2AOSA 1WE5A 2WSPA 1ODZA 1CXIA 1EHAA 4P8VA 4KRTA 5CPTA 3K8KA 1JGIA 4FMVA 3PZTA 1H09A 1RPKA 1JDCA 3U7VA 5LA1A 1ZS2A 1KR1A 4D6EA 1FHDA 1DWAM 2XJ7A 1R87A 1HJSA 1JF6A 1K9TA 1LWHA 5CPQA 3W6MA 2DDXA 3NDZA 4LXFA 3W81A 3BXWA 2ZX6A 2YDSA 1CGTA 1B3VA 2WVVA 6A3HA 1E1EA 1MYRA 1Q6FA 2A3HA 5GQBA 2GJPA 1HJQA 3EDJA 1OCQA 1V08A 1EO5A 4F8XA 4AZCB 1L8NA 1E43A 2OSXA 1E6QM 1UOKA 5JIPA 3L4ZA 1JFHA 4M81A 1U33A 1ZBKA 2XGIA 1M7XA 4MB5A 1US2A 1LG2A 7A3HA 3GNOA 3TOPA 3CGTA 3N04A 1BHGA 2HISA 4CGTA 5IXEA 1BGAA 3WUFA 2OWWA 1MFVA 3DHUA 2D2OA 4JKMA 1N82A 3KZSA 2PC8A 1GOKA 3VD7A 1JDDA 2ZXBA 4HTYA 3GTNA 3THDA 1W2VA 3VGDA 1J10A 2G4FA 3CHEA 3OZPA 1UD6A 2ESCA 3BLPX 2AAAA 3A3HA 1QBAA 3WIJA 4CD5A 1QHOA 3JUGA 2X1IA 2G41A 3MKKA 4Z2GA 4WSKA 1HL8A 1CXFA 3CZGA 3CHCA 3N9KA 3PZNA 3BAYA 3GH4A 2D24A 1H41A 5A6KA 5JIWA 2D0FA 3K46A 4XB3A 3W29A 1KB3A 1JXKA 3D5HA 4MAVA 3M46A 1UH3A 3AXXA 3WD2A 2FHCA 3VD3A 5AY7A 3WMSA 2E40A 5HNNA 1UA7A 1E6SM 1EHNA 2E0PA 1CLXA 4AZ6A 4DUVA 1BYAA 3T09A 5ABFB 1A3HA 2C8NA 2YIHA 4WJXA 4NI3A 1AMYA 3O6AA 2W4XA 1V6WA 2DT2A 5HDRA 5A2CA 2VC9A 3OLEA 1WB0A 1ISVA 3MUZ1 4H8HA 1LJYA 1XH0A 5A2AA 3TA9A 2GDVA 3L4XA 3VD4A 1V3MA 3PZGA 1ESWA 2QMKA 1VEOA 3WEOA 1TUXA 1VEMA 5D9NA 4JKKA 1X6NA 1XD0A 2CPUA 3SCSA 3TP4A 1OGBA 1E6RA 5I5RA 2VNCA 4DWSA 5M5DA 2J7DA 3W38A 1GOMA 4GO9A 4GPNA 2ZOXA 2A3AA 3CUHA 3W53A 1EOKA 1V02E 1OD8A 1W9PA 3WQ5A 2FH6A 2CXGA 3AICA 5HPOA 3AXIA 2VX7A 2ZWZA 4UQDA 3RJXA 3GNPA 4QLKA 4AD1A 3RJYA 4QP0A 4J28A 4B15A 4AWEA 1UWUA 3CZLA 1W2PA 3BSGA 4OOZA 2D23A 3MUAA 1S46A 3AMKA 5DT5A 1J0ZA 1VIWA 4J3UA 5BRQA 1C3FA 3EMZA 3MV01 3VMPA 4PUEA 2WM0A 3GM8A 3S6TA 1CENA 5CLWA 3TTOA 2CKRA 2BY0A 1TFVA 2YL8A 2WYSA 2XM2A 3PZUA 4AMCA 3WFZA 2W5FA 1E5NA 4M24A 2YL9A 3W6LA 1RD6A 4U31A 1VFOA 1ZBWA 3PN8A 1XSKA 1UZ1A 3WD3A 1VBUA 3L4WA 3FW6A 3FAXA 1CXHA 1UH2A 2ZXAA 4CU8A 3OIHA 4AISA 2YOCA 2VCBA 5A6MA 2ZUWA 2J7GA 5BXRA 4OIFA 2QMJA 1DWJM 1HIZA 2PWHA 1VFFA 1BG9A 2J25A 1AVAA 3WDPP 4J3SA 2WB5A 2WW5A 2XPKA 4IPNB 4KGLA 4AD5A 1AQ0A 3KE0A 1CTNA 1OT1A 2E9BA 4HU0A 1JZ5A 3ZT5A 3VGBA 3CZEA 2JF6A 3WF1A 4PMNA 5ABHA 3VIKA 2JEPA 3L2LA 2ZX5A 1WDSA 2XVNA 4GXPA 1W1PA 3AMLA 2XSBA 4PYSA 4M56A 3W27A 5AYIA 2VR4A 4GINA 3THCA 2WKGA 3WDRA 4E8DA 2ZUVA 1OGGA 2YLLA 1CPUA 4Z2IA 1XCXA 1UWQA 1ZBVA 2GJRA 3QHOA 3QR3A 1VAHA 1LG1A 4J3TA 3TONA 2QV4A 4HA3A 4GI6A 3B8SA 3CH9A 1E0WA 1WCGA 3SCOA 3A6OA 1GNXA 4ATLA 4OOUA 4KH2A 1FH8A 2VQTA 4LYPA 3GBDA 4F66A 4HZ6A 1PX8A 1QNOA 1DWGM 1GW1A 2BXZA 2ZX7A 4X9YA 3SUTA 2WPGA 2W92A 3PZQA 3BAXA 4ACYA 4QFUA 1HF6A 3RPMA 3WNMA 1J0YA 5C70A 3W0KA 4PTMA 1Y7VA 3EMCA 4HP5A 4U5IA 4F9DA 2XVGA 3K1DA 1HKJA 1GORA 2WC7A 4UFKA 1EIBA 1QNPA 1CECA 3SUWA 2WVSA 3VINA 3T2PA 5TD4A 1V3LA 1E73M 4MNKA 1QI3A 1LWJA 3WDJA 3ZJ8A 4P7NA 5IHRA 1B30A 4UR9A 3MUIA 3FNDA 2NW0A 2VX5A 1MQRA 3PZVA 1M03A 4FK9A 4LYQA 5I77A 2F2HA 1HKIA 3L4TA 2E8YA 4GO8A 3EYPA 1UWRA 3T0DA 4W8LA 5DFAA 2OWXA 1G94A 3WH7A 3BH4A 3CMGA 1NWTA 1Q6CA 5A8MA 3WBAA 2XG9A 4A3YA 3GXFA 2VTFA 4R5EA 4PBGA 4UQEA 3LPFA 2CBVA 4D6FA 5I6SA 3L2MA 1CGYA 1JI2A 1C93A 4C7GA 3AS0A 1J0JA 1WPCA 3ZM8A 1LL4A 1B3YA 3WDIA 4GQQA 2WZHA 3BCFA 5ABFA 4YHEA 1CIUA 4FLQA 1M53A 2BY3A 3PZIA 2D3LA 2WXDM 4BCEA 1UD3A 3E1F1 4ZEPA 3WQVA 2MANA 1OBAA 1ZBCA 4AXNA 2DSKA 5A69A 3VUPA 5IFTA 2CERA 3EDDA 3DYPA 1RP8A 1ZJBA 3AZTA 4B3KA 2W63A 4JFWA 1UZ4A 1GVIA 3IK2A 3VIHA 4QDMA 3AIVA 4W7UA 3N15A 1H4PA 1FP9A 3CLWA 4M29A 5A2BA 4W8BA 4MJ2A 2VUYA 2XHYA 1HN1A 1UR4A 4F79A 3ALGA 3ALFA 4W88A 2CYGA 3RMEA 3T0BA 2VVNA 3FAWA 4JAWA 3IJ8A 5BXSA 1QW9A 2BV9A 1GHRA 2XFRA 3WUGA 3NSNA 3TTSA 4NF7A 1GOIA 1KXTA 1W3LA 5BYWA 4RE2A 1X1NA 1G1YA 5DO8A 4MNJA 2WC3A 2WMIB 1CEOA 4UFMA 2PB1A 2XVPA 3LPOA 3NJ3A 4ZXLA 5E0CA 1JG9A 4UOQA 2WLZA 4UNIA 5EBAA 2XVKA 3NUKA 3NDYA 3KL0A 1JDAA 1UKTA 1BTCA 1UYQA 3POCA 1SR0A 1H0IA 3PZ9A 1TA3B 5FL1A 3AIEA 4H41A 3WH9A 2XSAA 2JF7A 1WZKA 1PZ3A 2J8GA 2X2YA 2J8FA 4TOQA 5AYBA 4BQ5A 5A6AA 1V3IA 4JL1A 1JYVA 2J4GA 4MADA 1V3JA 5FL0A 3APGA 3U5YA 3OLIA 1HKKA 5A8NA 1KQZA 1E6XM 4U2ZA 4GQRA 4Q7NA 3VTRA 2DT1A 1VJZA 4P7LA 2EO7A 3EDEA 4OKDA 2DH2A 4JFSA 1BYBA 4P7QA 2J77A 4DUWA 4CCCA 1AQMA 1CXLA 1SFSA 5GNZA 4E8CA 1BYDA 4TX8A 1CXKA 3SCRA 2J62A 1ZJAA 2G3MA 4WKHA 3ZO9A 2PI6A 3BAJA 3TTYA 1ISZA 3AHXA 2WLYA 4UQCA 5A6JA 1G0CA 1I1XA 2JFEX 2DH3A 1TCMA 3F5LA 4CCEA 1E4MM 1QNRA 3K8LA 4HMCA 3ZOAA 1UD4A 1GJWA 2XVLA 4D6IA 3VGFA 2WMHA 3VVGA 4W8AA 3ARTA 3W28A 2J7HA 1GOOA 2OSYA 2YJQA 3CHFA 4WKFA 1PIGA 2D0HA 1NM9A 8CGTA 3IAQA 1UKQA 1MWOA 1V0KA 3MMWA 4MNMA 1JZ2A 1W3HA 2J47A 5D9PA 1UR1A 1EA9C 1XH2A 3EDKA 2VVSA 2XM1A 5E70A 3SCQA 3WMBA 3AXHA 4LX4A 4IM4A 3W82A 2VR5A 4YHGA 3OB8A 3WH6A 1NP0A 3VIOA 3GXMA 3AJ7A 3UG3A 1LL6A 4HMDA 3NIYA 4J27A 4GKLA 3AI0A 2J78A 4JFUA 2JE8A 4AYSA 4EAMA 4HZ7A 4HA1A 5BRPA 3I3DA 3BC9A 2V3EA 1TVNA 1OINA 1ITXA 1QPKA 5FOOA 4AIEA 4NZCA 1UR0A 1D7FA 1W1TA 4H04A 1CWYA 2E3ZA 3WL1A 3ZR5A 4E4PA 1J0KA 2GJXB 5DEZA 2A3CA 3CUGA 1QI5A 4BA0A 4MB4A 2VZVA 1KGUA 4OBSA 1EDTA 2YKKA 1VB9A 4U3AA 4MB3A 5BWFA 2DGAA 4WIWA 1HJUA 1EDGA 3UR7A 5KZ6A 4D6HA 1CXEA 1D3CA 2WMFA 3B9DA 4PN2A 1HVXA 1V3HA 2O9OA 4HU8A 1PZ2A 4KMQA 3MANA 1YQ2A 2D22A 2Y4SA 1H1NA 1YHTA 2WCGA 5JBDA 3MMDA 1UD5A 1E6NA 4W86A 3KL5A 4MB1A 4Y7EA 4CD7A 4ACZB 2CHNA 1HNYA 1E56A 3RIKA 3WDQA 1OT2A 1JYNA 2HVMA 1HT6A 1Z32X 1E70M 3WN6A 1CZ1A 1HP4A 4MJ4A 3KWXA 2DQXA 4TUFA 4ZFMA 2YBTA 3BAIA 2BS9A 1W3KA 4PMDA 3M6DA 3VGGA 2VL4A 3BSHA 5E6YA 4BQ3A 3WEMA 2DIJA 4P7RA 1JIBA 4D72A 2Y5EA 4PTWA 4WSJA 2EXOA 3WQ6A 3GNRA 4CVUA 1H49A 4MNLA 1V6UA 4UQAA 2FGZA 1TMQA 3QGVA 3MUY1 2EPOA 3L4VA 2GFTA 1LL7A 4W87A 3EMQA 1RP9A 3WD4A 2FGLA 1MW1A 2Q8XA 4URIA 3WKZA 3SCNA 4UOJA 2YA2A 1JL8A 4HOZA 3PTQA 2G8ZA 1BAGA 5BXTA 3ZQ9A 1NOWA 3SCUA 3N12A 3WF4A 1B9ZA 4WKAA 5JUVA 3A4XA 4LPCA 2XIIA 4C7FA 4HPHA 4PMOA 1KWGA 5BROA 3MU7A 7TAAA 2J74A 1KBKA 1O7AA 1WKYA 1F4HA 1IZJA 2GK1B 4PUDA 1OGSA 1US3A 3U5UA 1AQHA 4XV0A 2Z1KA 1UH4A 4AZGA 3CZKA 4V28A 3SCWA 4AEEA 3T2QA 3ZJ6A 1Q4NX 2YL5A 5M03A 2WNWA 4M82A 5I79A 1KQYA 1BVNP 2EPMX 4NSBA 1GOQA 1W1VA 3OGRA 2BHZA 3VIFA 2WBKA 2CBUA 2VO5A 3VD9A 4GZIA 2XGBA 4BQ2A 4W93A 4D6DA 4XUYA 4AZ7A 5A8PA 1JZ7A 1L0PA 5EFFA 3AMCA 1Q6GA 4EANA 4LQ1A 4UCFA 2J7FA 3AHZA 3KL3A 5JBEA 3GH5A 2D1ZA 3FY1A 2X0HA 3ARRA 3T2OA 1E4NA 2JEQA 3CPUA 2WCSA 3W4RA 2UY5A 4U33A 2D3NA 1XD1A 2BVYA 2OSWA 4UTFA 2PF0A 3PTMA 3WH5A 2ZX8A 1EH9A 1V0NA 1GUVA 2E9MA 3L4UA 5FIPA 1OB0A 2ZICA 1UQZA 1V6VA 3U57A 4AZCA 1ISWA 2PWFA 4AD4A 2O9TA 2D0GA 1E55A 5F7UA 4UFHA 5A6BD 5I2UA 3T0AA 3WNPA 4PMVA 4EKJA 1OM0A 4NRRA 1K9DA 4AD3A 2WVVB 1VFUA 3WH8A 4WK9A 4TVCA 4RE3A 3FHQA 2BNJA 1WO2A 1PJ9A 2VURA 1JZ3A 4GI8A 2V5CA 3WELA 5CJ5A 1E40A 1XGZA 1W9VA 1DWIM 1KXHA 3DECA 4PMQA 1UQYA 1C8QA 2W66A 2F8QA 2DT0A 5BCAA 2EPNA 2ZXDA 1H0GA 2BY2A 4KGJA 3WFLA 1B1YA 4CVWA 1XYZA 4GI9A 4CUCA 2IXVA 2V3GA 3AOFA 3LMYA 2V3DA 4D6JA 1UKSA 3GH7A 4ATWA 2VT0A 1CLVA 5A95A 3ARVA 2BY1A 4WLCA 4AEFA 3POHA 1VEPA 4Z2KA 4D71A 2DIEA 4ZE4A 3IJ9A 3HMCA 1PX3A 1KCLA 2VRKA 1QW8A 1F4AA 2CITA 5I0DA 2DSVA 3N18A 1A47A 1NWSA 4K68A 4A4AA 3VX0A 1DEDA 3CUFA 3WBEA 4E2OA 5D4YA 3PHAA 1K9EA 1EQCA 1NOUA 4D1IA 1C7TA 3KEHA 1U2YA 2Y8KA 3WDHA 1WAWA 2DSUA 4J3WA 4LGXA 2WVUA 2ZE0A 5D9MA 3CUIA 3VM7A 4HA4A 3ZT6A 3B9EA 4W84A 1C8YA 1E6PA 4H8VA 3AIQA 4M1RA 4ACZA 4RL3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W1Y A;  2CEQ A;  3WY1 A;  3QHN A;  3AIU A;  1R85 A;  2OWC A;  4MAZ A;  3VPL A;  4CD6 A;  1EO7 A;  1ZU8 A;  3OA5 A;  2VCC A;  2ZUU A;  1K6A A;  4QCE A;  5CLT A;  5LA0 A;  1W9B M;  2WMK A;  4FF5 A;  5LYR A;  1R8L A;  2EPL X;  3GBE A;  2WK2 A;  4P8X A;  1BVZ A;  1G01 A;  1Q6E A;  1JFX A;  4KWU A;  2AOS A;  1WE5 A;  2WSP A;  1ODZ A;  1CXI A;  1EHA A;  4P8V A;  4KRT A;  5CPT A;  3K8K A;  1JGI A;  4FMV A;  3PZT A;  1H09 A;  1RPK A;  1JDC A;  3U7V A;  5LA1 A;  1ZS2 A;  1KR1 A;  4D6E A;  1FHD A;  1DWA M;  2XJ7 A;  1R87 A;  1HJS A;  1JF6 A;  1K9T A;  1LWH A;  5CPQ A;  3W6M A;  2DDX A;  3NDZ A;  4LXF A;  3W81 A;  3BXW A;  2ZX6 A;  2YDS A;  1CGT A;  1B3V A;  2WVV A;  6A3H A;  1E1E A;  1MYR A;  1Q6F A;  2A3H A;  5GQB A;  2GJP A;  1HJQ A;  3EDJ A;  1OCQ A;  1V08 A;  1EO5 A;  4F8X A;  4AZC B;  1L8N A;  1E43 A;  2OSX A;  1E6Q M;  1UOK A;  5JIP A;  3L4Z A;  1JFH A;  4M81 A;  1U33 A;  1ZBK A;  2XGI A;  1M7X A;  4MB5 A;  1US2 A;  1LG2 A;  7A3H A;  3GNO A;  3TOP A;  3CGT A;  3N04 A;  1BHG A;  2HIS A;  4CGT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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