2DU2A

Crystal structure analysis of the l-lactate oxidase
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
374
structure length
374
Chain Sequence
MNNNDIEYNAPSEIKYIDVVNTYDLEEEASKVVPHGGFNYIAGASGDEWTKRANDRAWKHKLLYPRLAQDVEAPDTSTEILGHKIKAPFIMAPIAAHGLAHTTKEAGTARAVSEFGTIMSISAYSGATFEEISEGLNGGPRWFQIYMAKDDQQNRDILDEAKSDGATAIILTADSTVSGNRDRDVKNKFVYPFGMPIVQRYLRGTAEGMSLNNIYGASKQKISPRDIEEIAGHSGLPVFVKGIQHPEDADMAIKRGASGIWVSNHGARQLYEAPGSFDTLPAIAERVNKRVPIVFDSGVRRGEHVAKALASGADVVALGRPVLFGLALGGWQGAYSVLDYFQKDLTRVMQLTGSQNVEDLKGLDLFDNPYGYEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of L-lactate oxidase from Aerococcus viridans at 2.1A resolution reveals the mechanism of strict substrate recognition
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactate oxidase
molecule tags Oxidoreductase
total genus 131
structure length 374
sequence length 374
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.13.12.4: Lactate 2-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2du2A00
3LXBA 3WK1A 3WJXA 3ZWTA 1H7RA 3R89A 3THQA 3A5VA 5LNWA 4UTLA 3CIWA 4AXKA 3VE7A 2EKCA 4JDYA 4GJ1A 3BG5A 1HG3A 1WX0A 2NWSA 1H60A 1VGAA 4NZJA 4QJ1A 4N9CA 1SW7A 1FCUA 1FUYA 3OEXA 5I3HA 3C52A 3T55A 1Q3NA 3IIOA 2JKPA 1R46A 1HO4A 3A23A 3M5VA 4O15A 3W84A 4FNRA 1OYBA 3QF0A 1ICQA 2Z1BA 3THAA 2NXHA 2V82A 3TFXA 3U8GA 3NAVA 1Z48A 1GJPA 2VOMA 1K8YA 1FWSA 3AO0A 3P61A 5K2ZA 2WOQA 3CTLA 3O63A 2ATSA 3O6DA 5DXYA 1OFOA 1JCXA 2NXIA 3GDTA 4DPPA 4UFHA 2YR1A 3BK0A 2HS8A 3BVJA 4FNUA 4ICNA 1L6YA 1T96A 2QCNA 1K7XA 2WV8A 1I45A 1TPDA 3MI3A 1ZY9A 3S1UA 1LROA 3M5YA 4J9JA 5AHFA 3ANYA 1ME7A 3UYCA 3VFLA 2V30A 3VE9A 3G1HA 3FOKA 4O8RA 5FI8A 4KKXA 1YDNA 4IGHA 4XWUA 3BV4A 4AEOA 3W1QA 2VC6A 1OFBA 1XUZA 1F6PA 5EBUA 2GVJA 4NNAA 4DPQA 3L5LA 1VLWA 3WFAA 4C1KA 1OFQA 3TKFA 4YWIA 3E02A 1IXQA 2A6NA 4N9BA 4WJEA 3C2EA 4UTTA 1DKWA 2BLEA 1TTQA 2GPTA 3P81A 2A2IA 5LNUA 4JY9A 4M5PA 2GVGA 1LRQA 1RD5A 5BMWA 2X1RA 2QCDA 3GIYA 1KTCA 3EXRA 3G8EA 1THFD 4Z1AA 4WXZA 2ZTJA 3GXPA 4S2BA 3LHUA 1FBAA 4GWEA 2Y62A 2CLIA 2BWGA 2CW6A 4X2RA 3SSJA 1TPH1 3DZ1A 1JCNA 3GDMA 4ADTA 1UASA 4EOUA 2Y89A 2J9XA 1SQ7A 2QCEA 3W7LA 7TIMA 2C1HA 1SZGA 4WXYA 2A4AA 3W1TA 2Y63A 3LBCA 1PL9A 2FB3A 4RJEA 4WY0A 3WK2A 5T26A 3G1SA 3W07A 1ZHAA 3USBA 4ZZ9A 3ABQA 5D2YA 2B7NA 1DQWA 3M41A 3W7GA 4QNWA 2GJNA 4QAIA 3HGSA 4BI5A 5HWNA 3G1VA 4MJMA 1IIHA 1KTNA 1YXDA 2YW3A 4DO6A 1TV5A 2B4GA 2WSYA 3L67A 1GVSA 3LCGA 1SZFA 1M6JA 2W6RA 1F5ZA 3QMSA 3O16A 3P82A 4MYAA 2V5BA 3ATZA 2IQTA 4R53A 4JTKA 2ZZ2A 3KVMA 2WO5A 2WPBA 4N9EA 4IMGA 1VJIA 3FA5A 3W6YA 3KVKA 1C9DA 2QEZA 2XN1A 3QYQA 2JK2A 3F4NA 2CLHA 5FEZA 1LM1A 4K7YA 3CM4A 3N2MA 4JY8A 4NXSA 4CNPA 1KM0A 1BTMA 3OHIA 4RZ6A 1TV7A 1U83A 3BPWA 4JTEA 4NJHA 4NXKA 2QDGA 3LV6A 3TUUA 2OMAA 5HWMA 5CPLA 3KFTA 3EX6A 4UNKA 1Y0EA 1GVOA 2VELA 1W5QA 3W1MA 2C15A 3S8HA 1K7FA 3S42A 3TW7A 4FIRA 4IX2A 3NEVA 4Z1BA 2H3BA 1SW3A 1QOPA 1XM3A 1RVGA 3PULA 1SR9A 5F4XA 3HGRA 4HPXA 4NVTA 1UJPA 5KITA 1GT8A 4XUGA 1L2UA 4CNOA 4IOTA 1DORA 4TIMA 4ZQPA 3LRMA 1O94A 3NL5A 3EX4A 3W2UA 3M47A 2FPVA 3MYPA 3F1QA 4CCDA 4PEKA 1YPFA 1R2TA 4GC4A 5A8GA 1YDVA 5LGZA 1OHLA 3MWAA 4NJIA 4U4MA 1MO0A 6ALDA 1B4KA 4E38A 3N9RA 3NQVA 3UWQA 4NJGA 3GDLA 1RPXA 4UR8A 2NWRA 3G1XA 1QOQA 2WNZA 2ZTKA 3HPZA 3NPVA 4FF7A 4DF2A 3NQEA 1GVQA 4IPIA 3WJYA 4NZFA 3SGUA 1F7BA 3LLFA 3MI6A 3CQ0A 5G4EA 3BARA 4NU7A 4O1CA 2TMDA 3ATYA 2QCHA 2P10A 3NQ2A 4LS1A 4OV4A 2C3ZA 2A21A 3H55A 5CGQA 1ZCOA 4NUWA 3VCRA 2HS6A 1A5CA 4KFPA 1JR1A 2J9ZA 1EEPA 4P61A 3N9SA 2B7OA 5K4ZA 3CU2A 3LBMA 5C2XA 2Q8LA 4YCPA 1GEQA 2GOUA 3NG3A 1LCOA 1XXXA 1S5WA 1B57A 4JTLA 3O6YX 3RNDA 2WNNA 4LWWA 2J6XA 5EMUA 4ZVJA 3HG5A 4JGDA 3TJLA 3KX6A 3PVFA 2VFEA 3CT7A 4GNJA 2A1YA 4BFAA 4O14A 3PUDA 4RZ5A 2YW4A 2GQAA 1PCKA 1ZAIA 5C5YA 3UPWA 3HIJA 4MIMA 3TAKA 1VYSX 4CNNA 1SFJA 3FJ6A 2VKZG 4YXGA 4JIQA 2NV2A 3PB2A 4Q4KA 3W2NA 1SO3A 1YLVA 2V8ZA 4RLIA 3W22A 1FDYA 3CWOX 4IX0A 1GTEA 1PE1A 2QR6A 1VYPX 5DY3A 3PBYA 1TO3A 3FLUA 2V2HA 3KRZA 3STGA 2YDAA 4QSHA 2PCQA 5DCEA 2JKAA 3CWNA 2DZWA 3NL2A 3TAOA 5AFDA 3RLUA 2R94A 2RKXA 1JULA 1CI1A 4MJZA 3F4WA 5FEXA 4FIQA 3E12A 1OFAA 4MY9A 1OYAA 3NQCA 5AOUA 3W74A 1FX6A 3PB0A 4G1KA 3GZ3A 1JUBA 3ZS4A 4AF0B 4KFNA 4TX9A 1QPQA 3R8RA 5I3FA 4EF9A 5D33A 4TR9A 4YLWA 1G6CA 1Q6RA 2O7QA 4FEZA 2NLIA 1N55A 2WJZA 3KRUA 4PL2A 4UMBA 4EWND 4ONVA 3TW6A 4CQ9A 3P5ZA 4ADUA 4GE8A 3W73A 4NJKA 2WQPA 3P7YA 1VH7A 1AW1A 2ZZ6A 4FX8A 1I2NA 3PM6A 3MP5A 3KVJA 2DU2A 1GOXA 2J88A 1VS1A 3T78A 1XDMA 1DV7A 1EUAA 5HINA 4LOCA 5CSRA 5G1TA 1KFLA 3UY8A 1AL7A 5U7SA 1NAL1 4GUGA 3MI2A 3M5ZA 3LM7A 4GXMA 3MHGA 1OG0A 5AHMA 3DAQA 4R7JA 2ATMA 1SSGA 5LHFA 2FTPA 3NXFA 3I65A 3M9YA 5G5IA 1OX5A 4IMEA 3IIPA 4O10A 2R8WA 5HR6A 3NVTA 5BRBA 2EF9A 1K8XA 2QCMA 1UBSA 4LRTA 1I2PA 2O7SA 3DENA 1EA0A 4JX5A 3NM3A 1MZHA 3E9AA 3S5ZA 3TJXA 5C54A 2HTMA 2DJLA 4K7VA 1GYNA 4OGZA 5DBTA 4AB4A 3PG8A 5ABTA 1VCVA 2XN0A 3HOJA 3PSWA 5D02A 2V5LA 3C6CA 3M16A 3KHJA 3IVTA 1DL3A 2VENA 1JUKA 2B7PA 2BSLA 1TPEA 5F4WA 3W2JA 1EP2A 1K03A 2XFWA 4GUHA 1FXPA 4JTUA 3IV3A 1C29A 1JCYA 4RCXA 3G1FA 1IXNA 3TXVA 3DH7A 3G1AA 3LHYA 1LYXA 1YTDA 1MEWA 3B06A 4O1DA 3TX9A 4JEQA 4WD0A 1XBXA 3HBLA 1PHWA 5C55A 3FJLA 3W1UA 5D09A 4NX5A 1Z41A 2ZRYA 1GZGA 3QSRA 4JTFA 3PSVA 4P2VA 3BGJA 3W1PA 2ABAA 2QCGA 3NQ8A 3N73A 3EXSA 4CCCA 1M5WA 3DKLA 3SZ8A 2WSRA 2QAPA 4I7UA 4WQ6A 2VFGA 3L21A 4HHPA 1WBHA 3QC3A 1LOSA 3P84A 1H7OA 1YTKA 1B3OA 3I68A 5C6MA 3MO7A 3NZ1A 1H1ZA 1WA3A 1NF7A 1ME8A 3W7PA 1SPQA 4K8HA 4MY8A 3V1PA 4HSNA 3LCFA 2FQIA 2BX7A 4O18A 3LXAA 1EWDA 3LX9A 4LU0A 4L4LA 4QITA 4LNYA 4WZHA 1ZENA 3FEMA 3SIZA 5HWJA 1H1YA 5AHEA 3S5OA 1AL8A 3MP3A 3TE9A 4LS0A 2E6DA 3W1RA 3G18A 3HJZA 4MFDA 5HQEA 3G0XA 2RDTA 1LP6A 4RR4A 2LLEA 2Y7GA 1X8FA 4TU1A 4MOZA 4LV4A 5CZSA 1QCWA 1Q6OA 3OVQA 4I9AA 4O16A 4UTTC 3S1XA 3STCA 4IMCA 1DBTA 2C19A 1G4EA 4O54A 2BZNA 1KA9F 4MPQA 3CEUA 2ZA1A 3TSBA 2Y85A 1FDJA 2G97A 3GKFA 1BWKA 2AGKA 4QIUA 3BG3A 1GVRA 5D2TA 3S1VA 5FESA 2EAWA 1NFBA 1H61A 3DFSA 4UCGA 1SZEA 3R12A 3Q94A 1VHNA 3GAKA 4UFIA 1EB3A 1IGSA 1T99A 4JTIA 1JUEA 3TH6A 5D37A 3B04A 3R13A 4Z1CA 4RX0A 3LTPA 3W70A 3NNTA 4CQAA 1VZWA 2YCEA 3RLVA 2DZUA 3GXNA 1SUXA 3EWWA 1KLZA 3W85A 5LNSA 3FFSA 2QJIA 2YPIA 3TR2A 4O50A 5HMSA 1LOLA 1JRCA 5CG7A 4MZ8A 4UFMA 5AC7A 4Z0JA 4AHOA 2RFGA 4XKYA 5F2MA 1QFEA 1J5TA 2D73A 3MBFA 5A5WA 3YPIA 3HMJG 3EEGA 2DP3A 5F2GA 1ME9A 2E6YA 3ABSA 1O95A 3GB6A 3LTSA 1J4EA 1TPUA 3M1ZA 5D2VA 1EX5A 2GQ9A 1IXOA 3EWZA 1EWEA 1P4CA 4WOZA 2NX3A 3CPRA 2ZRZA 4A2SA 2A5HA 1W37A 3GDRA 3O07A 4UTJA 3DFPA 5E0KA 2QCDB 3OIXA 3B03A 3W86A 4FX7A 4M6QA 3BLEA 4ORMA 1L9WA 4FXSA 1XC4A 3M0ZA 5G2HA 3L68A 4PH6A 4QNEA 3G0SA 4ZL1A 2ZZ4A 1TQJA 4Z08A 3W2KA 4LC8A 3O1NA 4O57A 3OVPA 3AJXA 3IGXA 4HNTA 1OK4A 3F03K 3W1NA 3PBUA 5FF2A 3IGSA 4E2DA 4LRSA 3A9IA 1ML1A 4K6AA 4UFLA 2I9EA 5CZ0A 1W1ZA 4HNNA 3TQKA 4JR5A 1OFEA 4WY0B 3NO5A 1W56A 4O4WA 5KZEA 1DVJA 4TMBA 4BR1A 2AAMA 4O4VA 5F1VA 1EP1A 4M7SA 1F2JA 2JGYA 2QCLA 3S0CA 3EXTA 1OF8A 4LVBA 3OA3A 3IVUA 3L2IA 4IWWA 3ZWSA 3NM1A 4IUOA 2A6LA 3W76A 2EGZA 4XTIA 1RZMA 3E0IA 3EKZA 2PRMA 4GUIA 1NSJA 5AHNA 3UXAA 3N14A 5HUOA 1X1OA 3GKAA 4UTUA 3M6YA 3N2XA 3NQ7A 5LNVA 1AW2A 4N6FA 2CZ5A 2A85A 3TROA 1W5PA 1R2SA 1KW1A 4LY8A 3OBKA 2CLFA 1ICSA 4O28A 5K4XA 3BGGA 4KWWA 1QPRA 1WBJA 2ZYFA 3NQFA 1V5XA 3FKRA 2E77A 4UTWA 1BEUA 2YX0A 1LBLA 2ZZ5A 3C2OA 3MP4A 5CPMA 3O8AA 2WKJA 1P5BA 1QAPA 5EYWA 4QM1A 2JBMA 3O15A 4Y6GA 1Q45A 5FF7A 4K8EA 4Y9AA 3HPXA 4NNCA 3LHTA 4OWGA 2VEKA 1HFBA 3L0GA 1JCMP 2Q8ZA 5AC6A 4LVGA 2P0OA 5D30A 1W5MA 4AH7A 1KBJA 1H7WA 3C61A 2NZLA 5F2IA 4RK8A 3PY2A 3BW4A 3W1LA 3W1XA 3GAYA 1ZJIA 1GQNA 2OJPA 4N6EA 4NJJA 3LB0A 5AC8A 2YGYA 1JRBA 4W9TA 1EPXA 2AQWA 4UTMA 5AYYA 3L0KA 4H6KA 3LDVA 3RU6A 3QM3A 3C2FA 3UPBA 4BWLA 3DBPA 4GFSA 1W3NA 3HF3A 4KFOA 4LUIA 4WX2A 4AVFA 1DJQA 4N2YA 3UZ5A 3UD6A 1MEIA 5AHIA 3L65A 1QDSA 2FB2A 1TPB1 3B4UA 4OHQA 1T8XA 2ZBTA 4LS2A 4LV9A 2E5DA 1WXJA 2Y6ZA 4EIVA 4IQLA 2WNQA 2E09A 5HJLA 3MUXA 3UY7A 1KFEA 2RHGA 3EX2A 3ZFHA 3QFEA 3DI1A 1K02A 2ISVA 1QO2A 4A3UA 2G5WA 3NR0A 5FF3A 1TRDA 5L6UA 4N4PA 4JTJA 3HGJA 1H62A 3W7KA 1R30A 4ML9A 1SW0A 1H7NA 3JR2A 3NA8A 2GVLA 3G1YA 4IMFA 2H8XA 1YXYA 2Z6JA 4JXCA 1PCWA 5IM51 2UV8G 5G2IA 3B0PA 1WYIA 3P8JA 1A53A 2V2CA 1L6WA 4WOQA 4U28A 1TJPA 1W54A 2PRHA 1EIXA 3QW3A 4JDBA 4FNQA 4ADSA 5BMXA 4POCA 3G1DA 4PODA 4QQ3A 4UMAA 4MZ1A 3G3MA 2ZRVA 2HMCA 3V75A 2VEPA 1A50A 4HT3A 3LRLA 4FXRA 3EKLA 3TMQA 3P62A 2ZFAA 4O12A 3N3MA 5TBOA 5J5RA 1M7PA 1TREA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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