2DZVA

Structure of mutant tryptophan synthase alpha-subunit (d146a) from a hyperthermophile, pyrococcus furiosus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
248
structure length
244
Chain Sequence
MFKDGSLIPYLTAGDPDKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPAERLKVIDDMTTGFVYLVSLYGTEEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Pyrococcus furiosus
publication title Structures of mutant tryptophan synthase alpha-subunits from a hyperthermophile, Pyrococcus furiosus
rcsb
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 95
structure length 244
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2006-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2dzvA00
2DZUA 4LC6A 1LM1A 5EYWA 3MO7A 2PRLA 5EBUA 1AW5A 4MKNA 3GDMA 1DORA 5EA9A 2ZCGA 4AHPA 3L5AA 2DZSA 1OFDA 5CPMA 4MJMA 5HWMA 1AL7A 4A3UA 1X6UA 4MPQA 1TTPA 1P0NA 2ZDRA 1FDYA 2AGKA 4JTEA 5CPNA 2X1SA 2PC4A 3UWWA 3L68A 4OGZA 3EXTA 1EWDA 1K7XA 1Q3NA 3O8AA 4LV4A 1N8FA 1FUYA 3F03K 4ML9A 4ZVJA 1VCGA 3W6YA 5AHIA 3MMTA 4Z0SA 2GVLA 2CWNA 2QJIA 4GE8A 3LXBA 3P82A 5AYYA 1XUUA 3O1NA 2YFOA 1C29A 3PS7A 1JUBA 3GR7A 3LM7A 2RHGA 5AN7A 1FY6A 1W5MA 1VCVA 1QOPA 2QCLA 5AOUA 5L6UA 2P10A 4A2SA 4MZYA 1ML1A 1GOXA 3RF9A 1H7PA 4JEQA 1QPOA 3JS3A 4S2BA 1RD5A 1RQBA 3FKRA 1FWNA 1TYGA 3NL3A 3GAKA 1YPIA 3W86A 3Q37A 3FJLA 3TR2A 3S5OA 2RDTA 1ZY9A 3W73A 1IXOA 3UYCA 5KZEA 2WPBA 3M1ZA 3I68A 2BTMA 5HR7A 3N9RA 1B9BA 2HSAA 2V82A 5MHBA 2A0NA 3W1XA 2A1YA 4XQ6A 3BK0A 4PH6A 1S5TA 1Z41A 3PUDA 4O13A 3CEUA 3IGXA 1ICQA 4GWEA 4UTHA 1HUVA 3TC6A 1ZAIA 5SWUA 3PC0A 3HG2A 4K37A 1GVOA 4H6KA 2BLEA 3BGGA 3STGA 3NAVA 4FNPA 4PCFA 2DORA 2V9DA 4U4MA 1J2WA 3G18A 4P2VA 2VFGA 1I2NA 3DFPA 1TCDA 3SSJA 4FNSA 3EWZA 2ZTJA 2HS6A 2GQAA 2JKEA 3KAOA 1S5VA 1TMHA 4K6AA 3WJXA 3TC7A 5TBOA 1HL2A 1AMKA 3C4UA 3W1MA 1PE1A 4LNYA 1OYCA 4EF8A 1MZHA 1M6JA 4CLMA 1NEYA 4O53A 2YXGA 4UTWA 4JY9A 3W7LA 1OX4B 3QSTA 3QMSA 4GUGA 5D32A 3GZ3A 3VI2A 2Y63A 5AB3A 5K4XA 1W5OA 3CC1A 4RZ6A 4RZ5A 1GG1A 2NWSA 3HG5A 3LV6A 4KFPA 3E49A 4IGHA 1RQHA 3W1RA 1WBHA 4JD4A 1VYPX 3BG3A 2EF9A 5I3JA 1M7PA 5BMXA 4QISA 1A5SA 5E93A 3O16A 1GYLA 1H7XA 3FFSA 4UFKA 2AAMA 2LLEA 2YCEA 3BLIA 1GVFA 4H3DA 1YDVA 1Q45A 3W07A 4O1BA 5KZDA 3MBDA 2C14A 3DGRA 2Z0IA 4OT7A 2G95A 2J6XA 3QC3A 2VKZG 3A21A 4WY0F 3LCLA 4LWWA 1YXCA 4ZMGA 1SFJA 1D3GA 2Z6JA 4N2YA 2QCDB 2DP3A 1BTMA 1F05A 1D3HA 3LI1A 4NVTA 3W88A 4FX8A 4AAJA 1YDNA 5AC8A 1VH7A 2WV8A 1VCFA 3GXPA 1F5ZA 3NPXA 1TJPA 3CT7A 3PF3A 4Y96A 2G5WA 5DELA 2CZ5A 2BX7A 3LV5A 5BRBA 1UASA 4TIMA 3TQ0A 4OV9A 3M43A 4D2JA 1H1YA 5F2LA 4LVBA 3E0IA 1LBFA 3G22A 2CLFA 2BXVA 3PWAA 4B5NA 3RLUA 1KTNA 1J4EA 2X1TA 4POCA 1DVJA 4NX5A 2VEPA 3P8JA 1PIIA 5D09A 2ZFAA 4GBUA 3OEXA 1W8SA 3INPA 2ABBA 2V81A 2C15A 4K8EA 3HO8A 3UZJA 4O1AA 1O60A 1ZFJA 2QAPA 3S1XA 3C61A 1TTQA 1FCVA 4X22A 5H2ZA 3L9CA 4AF0A 3OIXA 1OYAA 2E6FA 4LS0A 3LRMA 3N19B 3P81A 4PC8A 3KOFA 1HO4A 3CQ0A 3RFAA 1C9DA 3STCA 1GWJA 3FYOA 1GQNA 4IMDA 4TMCA 2Y62A 1I4NA 5I3FA 3LB0A 4HIBA 3BW4A 1VZWA 3BVJA 4G1KA 3L5MA 4YWIA 3N2MA 4NNCA 3L0NA 3S8HA 3SJ3A 4LVDA 1LOLA 1PL9A 2RDWA 1VC4A 3P7YA 4YCPA 1RR2A 4UTLA 3NEVA 1QFEA 1VHNA 2CLIA 1PS9A 5HUPA 2ZQ0A 3B0VC 1SO5A 3SW6A 2VEKA 4R34A 2QUUA 3A23A 1TV5A 1ME9A 4UFIA 1QMLA 1H50A 2QCCA 3WK0A 1GTHA 4FB7A 3UXAA 1I2PA 3PY2A 3M16A 5AYZA 3CWOX 1FCQA 2CU0A 4NJIA 3NGJA 4GJ1A 3WFAA 5HWNA 3I65A 1OF8A 5DCEA 3W9ZA 3HBLA 4I9AA 5DXYA 3KRZA 3TKFA 1ICSA 3FIGA 1FWRA 4JTKA 4FXSA 5DY2A 1DQWA 1JUEA 3O15A 3TSBA 3LX9A 2X1UA 2IQTA 1JULA 4LS2A 4HNVA 4WXZA 3PB2A 4X9SA 2YPIA 2V0TA 1G69A 2YGYA 4N4PA 5LNRA 1JJKA 1WXJA 4AWUA 4ORMA 3HGRA 4RKAA 5A8GA 1KM3A 5LGXA 3W7QA 4RXGA 4UTUA 3NQ7A 4UR8A 4S1FA 1DOSA 3S5YA 2ZZ2A 1E51A 5LZLA 2C3ZA 4QM1A 3NYZA 4ZQNA 2RDUA 1TV8A 3NVTA 4I7VA 3W1LA 4FNTA 3IIXA 3Q2DA 3W76A 1P5BA 1U83A 2NUXA 4QIUA 1FQ0A 1UCWA 4K39A 4QNWA 5F2MA 2VENA 3GLCA 4FX7A 4O17A 2VEMA 1TRDA 1TPC1 1VYRA 3F4NA 4NUWA 3W3OA 5LNSA 3TAKA 4LRTA 4O16A 1NF7A 3SGUA 4C1LA 2GOUA 3LCWA 3NQDA 2CLHA 3S5NA 1KFCA 2G96A 3CPRA 3R2GA 1CW2A 4Z1CA 2VELA 3PUEA 4O28A 5G1TA 3MHUA 5E0KA 3PVFA 3G1VA 2JGYA 3CM4A 5LHEA 1O95A 3A5VA 3WJSA 2W6RA 5I3HA 3SGZA 3CIWA 3G1SA 4UTTA 2BZNA 2E1DA 3RMJA 1DHPA 3ZS4A 3ZWTA 2ISSA 3T55A 4W9TA 1I2QA 3VFLA 2ZYFA 4BR1A 2Y85A 4PTNA 5LNVA 3KRUA 1F74A 1OFRA 4A21A 1OX6A 1ZENA 1UB3A 4RX0A 4RZ4A 2NX3A 3MBFA 3LOTA 4NZFA 1T99A 4GXMA 1R2SA 5HQEA 3W2KA 1PCWA 4NXSA 3B04A 3TK7A 3W2JA 4IMCA 3CB8A 3W87A 1KLYA 1TV7A 1EP1A 3QF0A 1W3NA 3UWYA 3A5FA 2WNQA 3P5ZA 3MI6A 5LNWA 4O54A 1B3OA 3VKJA 4KFNA 2FQIA 4FEZA 4BI6A 3UY7A 4LUJA 3A24A 4E2BA 2VXNA 4FXRA 2ATSA 1GJPA 3QZEA 3SY5A 4FNQA 3VCRA 3QPYA 1OG0A 1I45A 3TFCA 5KZMA 1L6SA 2A7RA 3JR2A 3QRHA 1SO6A 4KWVA 2OT1A 3QW3A 5K2ZA 3TJXA 1DJNA 3NQVA 3BARA 3G0SA 1XDMA 3PB0A 1TPDA 3I6RA 3I7RA 1XUZA 3ABQA 3M6YA 3BLFA 3IIZA 5F2IA 1TIMA 4QNEA 2YYUA 1YXDA 3VNDA 2C6QA 2NWRA 3WJWA 4UCGA 3LHVA 6TIMA 3ZR4A 4MIMA 4A2RA 2VC6A 1SFLA 4DBEA 3H54A 1SSDA 4RR4A 1OFEA 5HNRA 1WOAA 5DLCA 5LSMA 3W7OA 1TPH1 2J9XA 5G4EA 4YXGA 3B4UA 4AVFA 4EF9A 2FJKA 1VR6A 5D2TA 1MEIA 4JTFA 1DV7A 4HKPA 2B7NA 4BWLA 1BEUA 3EX4A 1TO3A 1S5WA 1TQXA 4O15A 3QW4B 1AW1A 4QAIA 3BG9A 2UV8G 1DBTA 1QPRA 2PRMA 5AHEA 4K7YA 1KA9F 4Q33A 4O50A 5CKSA 3OHIA 3EWWA 4UMBA 3VE9A 3NPVA 2ALDA 4WZHA 2B7PA 3LRKA 3N73A 3G1XA 4O12A 3O6CA 1JCYA 4MY1A 1THFD 3CLMA 3SZ8A 3LERA 5E1QA 2Q8LA 4M6QA 2YDAA 4MY9A 1TREA 4UFJA 3U2OA 3B8DA 4O0ZA 5D02A 4XBKA 3HOJA 3C2VA 4LY8A 2H3DA 3G1FA 1GVSA 1WYIA 4GUIA 3F1QA 5DBUA 3NA8A 2QCFA 3OA3A 3UXDA 3GKAA 3TXZA 1QAPA 1HO1A 2ZZ5A 5D33A 4N9EA 4DO4A 2WNZA 4R33A 1KM2A 1KTCA 3W1TA 3HPSA 4BI7A 4OHQA 4TX9A 5K9DA 1GYNA 1MEWA 1W5NA 2PRHA 4NJGA 1GT8A 3S42A 1LLWA 2FB2A 1OK4A 3UD6A 2QCEA 4H4IA 3B0UX 3GNNA 3NM3A 3YPIA 1JCXA 2V5BA 5D05A 1EWEA 2YW3A 4UXDA 3GKFA 1LCOA 2D73A 2FB3A 3W84A 4CCEA 2PURA 2X16A 2YR1A 4PFMA 2WO5A 1A5BA 3ABRA 5F4XA 1KFKA 3V1PA 2VEIA 2KZHA 4HNUA 3PG8A 1ME7A 1M7OA 1TPFA 4N9BA 1NSJA 2W0UA 1W37A 3T44A 4C1KA 3GDRA 4N02A 3WK2A 2JGQA 1Z48A 5G2IA 1H63A 4MLJA 1K7FA 2GUUA 2ZRYA 1VGAA 3L0GA 2FPYA 3LTSA 2EAWA 3L66A 3FKKA 3RLVA 3TU9A 3DKJA 3O06A 3HB9A 4Z08A 2WKJA 3DFQA 3TV8A 2EKCA 3EX1A 4UIOA 1ZHAA 2HS8A 3DFNA 1LRQA 3STEA 3NL2A 4Y90A 2Z1BA 4O10A 4I7UA 1KM5A 2OX1A 5K9XA 4X2RA 3TDFA 3W7JA 2QCMA 3R8RA 1XCFA 1XC4A 2A7PA 1ZAHA 3MI3A 3TX9A 3CTLA 1EX5A 1L6WA 1T8XA 1OK6A 1W3IA 4FO4A 3M0ZA 4XTDA 3EX6A 1SO4A 1W54A 1LRTA 4Y6GA 1R2RA 1ZAJA 1TPUA 2J88A 1OFBA 4JTIA 4CCDA 4LS1A 1OABA 3MHGA 3W70A 1GPWA 3BW3A 5L9FA 5IBXA 1Q6QA 3IGSA 3E9AA 4LUIA 3PBUA 4CNPA 3NL6A 3NQFA 4JIPA 5HINA 1W31A 3MYOA 5F2GA 4FHAA 2V5LA 2H8XA 2DZTA 1SUXA 1B57A 1LTDA 4JICA 1ZJIA 5DY3A 1NFBA 3TMLA 1WDWA 2ZRUA 2RH9A 3LCXA 2Y61A 2YZRA 3QQ1A 3UWUA 3NPUA 3W1UA 4EIVA 4AEOA 4K8HA 3FLUA 3F4WA 4RXFA 3ATZA 1IXPA 3QEZA 2JK2A 1KTBA 3NQGA 4UR7A 1GTEA 1TTIA 1KLZA 2H90A 3PR2A 5G5IA 4AHOA 4O14A 1EIXA 4OWGA 1ICPA 3NM1A 3NNTA 4O57A 4BFAA 4HNTA 3DKLA 4M6PA 3B0PA 3TSDA 3W85A 1X1OA 1OJXA 1FXQA 5AFDA 1SSGA 3W7EA 3OVPA 3P80A 4WXYA 3L2IA 1O5KA 5EMUA 3HPZA 3GB6A 2DZVA 5AC7A 1W5QA 3PBYA 4ZZ9A 2Q8ZA 3IIOA 3NQ8A 3ZWSA 4LU0A 2GQ8A 4UNKA 3OG3A 3W1QA 3MYPA 4Z0JA 4HPXA 2J27A 2GQ9A 2GJLA 1M5WA 1XDLA 3IV3A 3KRSA 3MHFA 4AB4A 1OFAA 2WSRA 1WAUA 5U7SA 5KMYA 4PA8A 3TSMA 3EXRA 3HPXA 5KINA 5K3VA 4KFOA 4HNNA 3DU0A 3W7HA 3NOEA 1T96A 1J5TA 4NX0A 5EL1A 4HHPA 3DI0A 2A6LA 3QH2A 3WJZA 3C6CA 2X1RA 3W2NA 4CQ8A 3P84A 3LCIA 4MFDA 2OT0A 1H1ZA 3KXQA 3LTYA 2CLOA 1PVNA 1KW1A 2ZZ4A 3EKLA 4M7SA 1H61A 3QYQA 4ZQCA 4QJ1A 1GVQA 4IUOA 4UTWC 3M5XA 4ZL1A 2HTMA 3NQAA 3IRDA 5HUOA 1VPXA 2VFDA 1JRCA 1CI1A 2QJGA 2YSWA 2QJHA 2V8ZA 2XFWA 3P8IA 3P61A 1X7FA 4KWWA 1ALDA 1W0MA 4DF1A 3OBKA 2WNNA 2A6NA 3N14A 2XN2A 2R8WA 3TNOA 1P1XA 2J9YA 1YLVA 5ABTA 4PODA 4JYEA 3EX2A 3NQ6A 5D2WA 3UPWA 3ATYA 3LRLA 2NZLA 2FPVA 3QM3A 4LVGA 2NLIA 5FF0A 3T7VA 1JQVA 4AXKA 4ICNA 3HG4A 1U5JA 1R46A 4KKXA 1A5AA 5J5DA 4IPIA 1FCBA 2CZFA 5BMWA 4Y9AA 3MP5A 1BKSA 3TUUA 3GXNA 3LHUA 3TE9A 3LBMA 1JUKA 1O4UA 1VQTA 5FI8A 4XWUA 1EB3A 2QDGA 4OBTA 3TH6A 3LTPA 4ZQPA 2H8ZA 1SZNA 5U4NA 3L5LA 3G1DA 4GFSA 4UFHA 3QPZA 3C3NA 1EP3A 5FESA 7TIMA 2Q3OA 3EKZA 1N55A 3N2XA 5CZSA 4N6FA 3C8FA 5LHFA 4UTIA 1JR1A 4BF9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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