2E40A

Crystal structure of intracellular family 1 beta-glucosidase bgl1a from the basidiomycete phanerochaete chrysosporium in complex with gluconolactone
Total Genus 190
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
459
structure length
459
Chain Sequence
AKLPKSFVWGYATAAYQIEGSPDKDGREPSIWDTFCKAPGKIADGSSGDVATDSYNRWREDVQLLKSYGVKAYRFSLSWSRIIPKGGRSDPVNGAGIKHYRTLIEELVKEGITPFVTLYHWDLPQALDDRYGGWLNKEEAIQDFTNYAKLCFESFGDLVQNWITFNEPWVISVMGYGNGIFAPGHVSNTEPWIVSHHIILAHAHAVKLYRDEFKEKQGGQIGITLDSHWLIPYDDTDASKEATLRAMEFKLGRFANPIYKGEYPPRIKKILGDRLPEFTPEEIELVKGSSDFFGLNTYTTHLVQDGGSDELAGFVKTGHTRADGTQLGTQSDMGWLQTYGPGFRWLLNYLWKAYDKPVYVTENGFPVKGENDLPVEQAVDDTDRQAYYRDYTEALLQAVTEDGADVRGYFGWSLLDNFEWAEGYKVRFGVTHVDYETQKRTPKKSAEFLSRWFKEHIEE
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Phanerochaete chrysosporium
publication title Crystal structure of intracellular family 1 beta-glucosidase BGL1A from the basidiomycete Phanerochaete chrysosporium
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 190
structure length 459
sequence length 459
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2e40A00
5A8NA 1UD4A 2J7EA 2VZSA 1BYBA 4AD0A 1KXVA 4X9YA 2ZXAA 4LYPA 4X0VA 1Z32X 4BCEA 1ISVA 1GJWA 2ZUTA 2VX5A 3CZLA 3AIRA 4UCFA 1HKKA 2XIBA 3VILA 4LQ1A 5ABFA 3RMEA 1KR1A 4MAZA 1JYXA 1JZ8A 2J7HA 3KL5A 3SUVA 1CEOA 1J0IA 3SCVA 2BY3A 2YA1A 5IHSA 3ARUA 4QFUA 4X0NA 1K9FA 3EDFA 4EAMA 3ARRA 2BVDA 4V27A 3VD4A 3WDHA 5CPTA 3WF0A 4H8VA 4CU7A 1WDQA 2XIIA 4C7GA 4AD1A 4UQEA 1EQCA 3W28A 4A3HA 1VENA 3CGTA 1B1YA 5A8PA 4EANA 2G3MA 2WZEA 2VZUA 4GINA 1QI2A 4CD6A 2YL8A 4UNIA 3WNPA 4CGTA 3NUKA 2G3IA 5HXMA 3HJEA 4AZBA 2C7FA 1VB9A 1CXLA 1XYZA 1E55A 1ODUA 3BAIA 1JF5A 3IAPA 5EFDA 4AD4A 4WJXA 3PN8A 3SCOA 3VD3A 2EXOA 4HPGA 3GH4A 4HMEA 3ZJ7A 3U5UA 1GQIA 2BFGA 3UR7A 4UQ9A 1UD6A 2WXDM 4CCDA 4MPKA 1C91A 5TD4A 1BSIA 3KEHA 4M24A 2RGMA 5IDIA 4JKMA 3VGGA 5D9MA 1J01A 2WYSA 4OKDA 3WDIA 2E4TA 4MB4A 1E6QM 3OGSA 4M81A 1NM9A 3VM5A 1E6SM 2PBOA 3UEQA 4TVCA 3WH9A 3ARVA 3QR3A 4FLSA 5AC5A 5GNYA 3ALGA 1GHRA 3T0BA 3ZMRA 5GQBA 1LWHA 1N82A 5DMYA 4HOWA 3WQ5A 1H49A 1EGZA 3J7HA 2ZX5A 2V38A 2WMIB 4AIUA 1JZ7A 1VRXA 5A6KA 2JEPA 2YKKA 1OIFA 4WIWA 1DWJM 1RH9A 3ECQA 5M17A 3OA5A 2WZIA 1ZS2A 2XSBA 3WL0A 2B31A 1PBGA 2GDVA 4UFJA 1OT2A 1K6AA 1NP0A 4WK9A 1WPCA 1GVIA 2X0HA 3VIKA 1TZ7A 2X05A 4D71A 3CZGA 1VBRA 1WDPA 5EBAA 1DEDA 4EE9A 4FLQA 1V6VA 2XHYA 3FHQA 4TX6A 1J0YA 1TVPA 2FGLA 3FXYA 2CXGA 2DSZA 4AZCB 3WSUA 3WFLA 1G9HA 4H04A 1UD3A 3CO4A 4N42A 1JD9A 2WHMA 1UHVA 3BSHA 1ITXA 1O7AA 2GDUA 1DWGM 3E1F1 5C70A 1DHKA 3OZPA 1QOXA 1W3LA 4JAWA 3TTQA 2WZHA 2PWGA 2WKLA 3NDYA 4KRUA 4LPCA 4IPNB 3SIMA 4WKHA 5FKYA 4J3WA 2BHZA 3K46A 3W82A 2BY0A 2J77A 2OWCA 3K1DA 1CLXA 5EMYA 4P8WA 1W9UA 3S6TA 3QOKA 1BHGA 5I24A 4FK9A 2Y2WA 4HA1A 5IXEA 2CBUA 2D22A 4UZSA 5JUVA 3O6AA 4MJ2A 3PTMA 1TFVA 4MNJA 2WAGA 3GXDA 4LGXA 3VIIA 3WENA 3LPFA 3W4RA 1C8QA 1OGGA 4GKLA 4MAVA 1BPLB 3G6LA 3GZAA 4OBRA 1W9XA 4NRRA 2RGLA 3W24A 3A4XA 1E4IA 4DUVA 2VTFA 3THDA 3UG3A 2F61A 4J3UA 1UD8A 3O9NA 2WWCA 1BF2A 1V3LA 2X1IA 1M04A 2VQTA 3AHTA 4B3KA 2Q8XA 1KWKA 1FH9A 1W3HA 1US3A 2WCGA 3ZR5A 5A8OA 3AIUA 3WH6A 1V6UA 2DSWA 2OSXA 3WF1A 3F5JA 3VGBA 2O9PA 2VOTA 3MSGA 2XJ7A 1CNVA 3DECA 2D0FA 3VIMA 4Z2KA 1EIBA 3FW6A 4JL1A 4MNMA 3CUHA 4B9ZA 1GHSA 3VX0A 4HZ8A 5E0FA 3PZMA 2WMJA 2W66A 4TVDA 1CXKA 1E5NA 1UKSA 4C7FA 3VIJA 1E56A 3WH5A 3CUGA 1GUVA 3SCWA 1JZ6A 2CCRA 2PWHA 1EOMA 3OGRA 3AOFA 3W0KA 4JFWA 1CXIA 5I78A 1D7FA 5CSUA 1UZ1A 1TA3B 1DTUA 1F4AA 3FY1A 1GOIA 3WD4A 2VI0A 2UWFA 3W81A 2CNCA 4HMDA 1H09A 1W9DM 4JFUA 9CGTA 5CG0A 3WQ8A 2E3ZA 3DYPA 1HL8A 3VGDA 1AMYA 2BY1A 2G4FA 1B3ZA 1CXEA 3K8LA 3VGHA 2OLHA 4TXEA 1OD8A 1IV8A 1E9LA 4UFIA 4UOQA 3KWXA 1W2VA 3AXXA 2WCAA 2JFEX 1LG1A 5D9PA 2IXVA 4W5UA 4AMCA 1KXQA 5HPOA 4UFHA 3POCA 3EMCA 3RM9A 1BQCA 1KQYA 2WC7A 4KH2A 1B90A 3CHFA 2HVMA 1MW0A 1ISWA 2WB5A 3GBEA 2YDQA 1E40A 3A47A 3CZKA 4JFVA 1GQLA 4HOXA 4ML4A 2WMFA 3WBEA 3ZSSA 1CYGA 2BV9A 5JBFA 1PEZA 3BC9A 1C7TA 1PX3A 2WMGA 3PZGA 2D3LA 1JXKA 2PWFA 2V3GA 2XGBA 5F7UA 2JF6A 1TVNA 3VPLA 2ESCA 3QOMA 5BXSA 3ZO9A 1TCMA 2EPLX 5LA0A 5GNZA 3GXIA 1CGWA 2DT1A 1XSKA 4EK7A 1MQPA 1V0NA 3PBGA 3SUUA 1WO2A 2J8FA 2G3JA 4ACZA 1XCXA 3BCDA 1QW8A 1K9DA 1QNQA 2QF8A 1NOWA 4E2OA 3M6DA 2YA0A 5C71A 1FFQA 1WB0A 4M80A 4F9JA 1K9EA 3SCSA 3GNOA 4ZFMA 4CD8A 4L4OA 5I77A 1JYWA 1QBBA 1JL8A 3RCNA 2D3NA 3WBAA 3NIYA 4URIA 2D2OA 3FN9A 1UR4A 4GXPA 1JFXA 2XVLA 2J47A 5FD0A 3AIWA 1P6WA 2WHKA 1ZBCA 2ZICA 1KBBA 1B3WA 1CDGA 2ZUUA 1KFWA 1JZ2A 2J7CA 3N13A 4PMVA 7A3HA 2ZUNA 1ISXA 1MWOA 4B15A 2VCCA 1FH7A 1L8NA 2CERA 3EDEA 2J75A 2A3BA 3W25A 2XVNA 1PX4A 1UR9A 1W91A 4UR9A 2J78A 4P7LA 1G94A 3AHVA 3T08A 4P8VA 6TAAA 3L4TA 5ABHA 3VINA 2YOCA 3VD7A 1WDSA 1V02E 3K4AA 4WKFA 1L0PA 1US2A 3GXFA 3WD3A 1W1PA 3WH8A 3MMUA 2WC4A 4PN2A 4WLCA 3U7VA 3VOCA 3F5KA 1RD6A 1SYTA 1WZKA 3WKZA 1JI1A 4UZUA 1E6RA 3AJ7A 2E40A 3AYSA 2WMKA 1XH1A 1WZLA 1UA3A 4ZEPA 3AQUA 1TG7A 1R8LA 1VFFA 1KXHA 5BWFA 5BRPA 3AMKA 2ZE0A 2IXUA 2YL5A 1XCWA 3EMZA 1BGAA 4KWUA 4F8XA 2JALA 4U5IA 4W8AA 5D9NA 2GK1B 1C7SA 1MW2A 1W3KA 3U57A 3KL3A 3GM8A 2WSPA 1OGBA 3NJ3A 1UOKA 1V6YA 4GPNA 4HTYA 4UOJA 3ARPA 2DT0A 5A6LA 3M07A 2GFTA 4BZYA 5A95A 4YN5A 3CZEA 4MTVA 1RP8A 4DWSB 1QPKA 4DWSD 2VX6A 2D1ZA 2J7BA 3N12A 1VEMA 4ACYA 3WY1A 1KXTA 2F2HA 3O2LA 1TE1A 2VRQA 4V2XA 3AMDA 1M03A 3OLDA 4AZ6A 1XH0A 1B9ZA 1PJ9A 2WVTA 1BG4A 2VRJA 2A3CA 2X2YA 1H11A 2NT1A 3OG2A 3RPMA 2FH6A 1JXJA 1GORA 2WVVA 1JG9A 3AIVA 1HIZA 3SCRA 1FFRA 4CUCA 2E9LA 4PSRA 4HP5A 1GJUA 3RM8A 4IUGA 5DEZA 1CENA 1QBAA 3L2LA 4GI6A 3BAWA 3MUZ1 3M46A 1RPKA 5D9OA 1BAGA 1EO5A 1V02A 1LJYA 3WUGA 2WC3A 2E8ZA 4N0RA 4JKLA 3SUSA 3VDAA 4HOZA 2WBGA 3SCTA 3VMNA 4F66A 4JKKA 1J9YA 1VFUA 1FHDA 4M29A 2Z1SA 5IHRA 4QAWA 3APGA 1JZ4A 4MNLA 5FL0A 3AZTA 3VIPA 2J25A 4C7DA 4JHZA 1FP8A 1HP4A 1E70M 1UWUA 4AYSA 1X1NA 3PTKA 1OB0A 3MMWA 3LPOA 4TTGA 5AY7A 2YLAA 3WUBA 2ZXQA 2DH2A 4ZE4A 2YDSA 1KGXA 2ZXDA 1E0XA 1AQMA 3QHNA 3T0DA 3RM4A 4CU6A 1Q6CA 1ISZA 2WLZA 4H8HA 1E6NA 2NW0A 4OIFA 1CGTA 2WK2A 1MW3A 1GW1A 3B8SA 5C8BB 8A3HA 4PUDA 3S2CA 1XH2A 1BFNA 1D3CA 3CZ8A 4J3TA 4AZHA 1E43A 3N9KA 4PRWA 4HU0A 1B3YA 1E1FA 1HJVA 3VNYA 2CBVA 2DDXA 3WQ4A 1GOKA 3SUWA 3IK2A 5A6JA 2UY4A 2ZWYA 2F8QA 1YQ2A 3W27A 1CZ1A 1QHZA 2CEQA 1E0WA 1ITCA 1CGXA 2A3HA 3HU7A 2DIJA 2CESA 1KB3A 4ZE5A 3NSMA 3DYOA 3FHAA 1JAEA 1RP9A 4CD5A 4D1IA 1UKOA 3WEMA 1H0IA 4U2ZA 3LPGA 2VZVA 2JIEA 2W4XA 3WELA 3TTSA 4AD3A 4AZ7A 4D6IA 2OYLA 4PMOA 2DSUA 1C90A 5A3HA 1DWIM 3N1AA 1PZ3A 4PMNA 3MUAA 1AQ0A 4F79A 3WNKA 2YIHA 2J8GA 4CVUA 1HJUA 1KQZA 4W8LA 4FLOA 1H2JA 1C8XA 1E72M 4J3XA 3SURA 5A6BD 4PMUA 1MQQA 5M3WA 5A94A 4GQRA 4DWSA 1MFVA 1FOBA 1QNSA 1TUXA 4PMDA 2DSKA 3BLKA 1NARA 3QHMA 3QGVA 3L4VA 4BS0A 3GH5A 5E6YA 3AHXA 4R5EA 2WHLA 2XSAA 4AZIA 3CH9A 4XB3A 1NWSA 2VURA 3TTYA 1V3HA 4PMRA 2OSWA 2OWXA 4OBSA 2VX7A 4H41A 1GVYA 3BMVA 3L4ZA 1J0HA 4JIEA 3VMPA 4PTMA 1UG6A 1CBGA 4FMVA 1J11A 4U31A 4J3VA 2XTKA 4P7NA 2Y8KA 2WHJA 2WVUA 1EOKA 2WANA 1EQPA 1H1NA 4W5ZA 3B9DA 3WDJA 4W88A 3AFBA 3I3BA 4BQ2A 3DHPA 2YL6A 1JNDA 3POHA 1SMDA 3I3DA 3TTOA 1DWAM 5CPSA 3RJYA 1JF6A 4Q7NA 3UETA 4JFSA 1QNPA 1VEOA 3L4WA 3VU2A 4JFTA 5GPRA 3WQWA 2CIPA 1GOMA 4LXFA 3ARZA 1MXDA 2ZUVA 1W9VA 2JF7A 3AMGA 2OWWA 4WKAA 3T0AA 2XPKA 5CLTA 2ZX8A 2BHUA 3W6MA 2W61A 4U3CA 4UFMA 2EO7A 5HPCA 2V3EA 3PZTA 3PZIA 3WF2A 3WUEA 5M03A 2Y8VA 2ZOXA 2PWDA 3VM7A 1B31A 4H2CA 4OJYA 4AWEA 4W93A 2WVSA 1MXGA 2G8ZA 1G0CA 1PAMA 1OINA 4AY1A 4J27A 5JIWA 1UKTA 1LG2A 4M56A 1HVXA 4KGLA 4CN4A 1WNOA 2WKGA 5BCAA 3ZT5A 4MDOA 1WP6A 5JBEA 1ESWA 3VVGA 2XVKA 3WN6A 3RILA 5HOSA 1C8YA 1YHTA 1DWFM 2X8RA 4DWSC 4D1JA 4RE3A 1UWQA 2A3EA 2FGZA 4PCTA 1XD1A 3CTTA 3EDJA 2WMIA 5DF0A 4AD2A 3VTRA 1B3VA 1NWUA 2BY2A 3BGAA 5I6SA 4JCMA 3SCPA 2V5CA 4NZCA 7CGTA 5I2UA 5E9AA 4PBGA 3PZNA 3VDCA 3CHCA 1ECEA 4HPHA 1UQZA 3L4UA 3CZJA 3L2MA 4XZBA 4UFKA 1IT0A 3II1A 3EDKA 1H0GA 3VIFA 2PC8A 1ZBKA 4DM2A 5GNXA 2XGIA 1XSJA 1V0LA 5JBDA 4TX8A 2EPNA 4CVWA 2XFYA 1B3XA 1UH2A 4ZENA 2XYLA 2VCBA 3WH7A 4TTUA 4PTVA 4AZCA 1G01A 3VIOA 4Z2LA 1C3FA 2EPMX 1UA7A 3A4WA 4FLRA 1TR1A 1CECA 2WPGA 5CSYA 4AIEA 3BLPX 4W86A 3MUY1 1J12A 1UKQA 1V6XA 4MDPA 4UQCA 1HP5A 2G3NA 2IUZA 1NWRA 1PPIA 2X0YA 2CPUA 3WD2A 5I3DA 1GZJA 3W53A 2VZOA 2AMGA 3BAXA 1W3JA 4UQBA 3MV01 4DM1A 5FIPA 5ABFB 5CLWA 3NDZA 1E0VA 2WMHA 2VQUA 1W1VA 2DQXA 4W8BA 2BVTA 3EDDA 4KGJA 2VT0A 3NCOA 4PEEA 3A3HA 4WSKA 5IFPA 2UY5A 3UCQA 4FF5A 3ZT6A 3WEOA 5HBFA 3THCA 2J74A 1XV8A 4GQQA 1U2YA 3IANA 2EPOA 4AW7A 5DT7A 2YDRA 1CLVA 4CCEA 1VFMA 3BAJA 3VNZA 3RJXA 4CU8A 4GZJA 2QHAA 1GONA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A8N A;  1UD4 A;  2J7E A;  2VZS A;  1BYB A;  4AD0 A;  1KXV A;  4X9Y A;  2ZXA A;  4LYP A;  4X0V A;  1Z32 X;  4BCE A;  1ISV A;  1GJW A;  2ZUT A;  2VX5 A;  3CZL A;  3AIR A;  4UCF A;  1HKK A;  2XIB A;  3VIL A;  4LQ1 A;  5ABF A;  3RME A;  1KR1 A;  4MAZ A;  1JYX A;  1JZ8 A;  2J7H A;  3KL5 A;  3SUV A;  1CEO A;  1J0I A;  3SCV A;  2BY3 A;  2YA1 A;  5IHS A;  3ARU A;  4QFU A;  4X0N A;  1K9F A;  3EDF A;  4EAM A;  3ARR A;  2BVD A;  4V27 A;  3VD4 A;  3WDH A;  5CPT A;  3WF0 A;  4H8V A;  4CU7 A;  1WDQ A;  2XII A;  4C7G A;  4AD1 A;  4UQE A;  1EQC A;  3W28 A;  4A3H A;  1VEN A;  3CGT A;  1B1Y A;  5A8P A;  4EAN A;  2G3M A;  2WZE A;  2VZU A;  4GIN A;  1QI2 A;  4CD6 A;  2YL8 A;  4UNI A;  3WNP A;  4CGT A;  3NUK A;  2G3I A;  5HXM A;  3HJE A;  4AZB A;  2C7F A;  1VB9 A;  1CXL A;  1XYZ A;  1E55 A;  1ODU A;  3BAI A;  1JF5 A;  3IAP A;  5EFD A;  4AD4 A;  4WJX A;  3PN8 A;  3SCO A;  3VD3 A;  2EXO A;  4HPG A;  3GH4 A;  4HME A;  3ZJ7 A;  3U5U A;  1GQI A;  2BFG A;  3UR7 A;  4UQ9 A;  1UD6 A;  2WXD M;  4CCD A;  4MPK A;  1C91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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