2E6YA

Covalent complex of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase (odcase) with 6-iodo-ump
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Potent, Covalent Inhibitor of Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase with Antimalarial Activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2e6yA00
3CEPA 1ZAJA 3G1AA 3TK7A 4M7SA 4NJHA 1ONRA 3NL3A 1A5AA 3SFKA 4Z0SA 1GVOA 4FXSA 4HNTA 1OYAA 4MZ8A 2WSYA 4TX9A 5DLCA 3W1TA 5DN1A 3GKFA 3NPWA 4WQ6A 4UC5A 5KITA 4KWWA 5FI8A 4LVDA 3HG4A 3L21A 4O12A 3M5YA 2ZRVA 4JTGA 3UZJA 4OU1A 3W9ZA 3G8RA 4GNJA 2ZZ1A 3KRZA 2NUWA 3VCRA 4KKXA 5LKYA 2FTPA 5LNUA 3VI2A 3W87A 2ZA1A 4M6PA 3EWWA 4O54A 4QAIA 2QCDB 1KA9F 3HGOA 4M5PA 3W22A 1QWGA 4S1FA 2QEZA 4QITA 3TQ0A 3G3MA 5U7SA 1Z41A 4JIPA 1XC4A 4U4MA 2RKXA 1TQXA 3LV5A 4CLMA 3CM4A 1YTEA 3Q2DA 3HPXA 4HN4A 3TJXA 4POCA 1RZMA 3M6YA 5EA9A 4Y96A 5LHEA 3MHUA 2HMCA 3B0VC 4HHPA 5BW6A 1KTNA 5HR7A 3P67A 3TAKA 3W1LA 5E0KA 1TPB1 1XBZA 5HWJA 5AYXA 3W1RA 1VQTA 3GXPA 4I7VA 1QOQA 3SI9A 2PE4A 5I3FA 3GXTA 3HOJA 3C8FA 4CCCA 4ML9A 3UWZA 2PURA 1FQ0A 2ATSA 3UPBA 4NJIA 1IXQA 1I2QA 4UTWA 1KM4A 2CLLA 1Q6QA 3C2VA 3NR0A 3LBMA 4RCXA 2ZZ7A 1SFJA 3OIXA 4TIMA 3BVJA 3IRDA 1TPC1 4QISA 1OK6A 3UY8A 5CSRA 1FX6A 1LCOA 1IXPA 3HBLA 4AAJA 4K6AA 4NVTA 4O28A 4JX4A 5G2WA 5CKSA 3DBPA 4M7TA 3OHIA 4P2VA 1XBYA 3NGJA 3DHDA 2QCHA 3TC6A 3DFSA 5KSWA 1TPEA 1F6PA 1A5BA 3CC1A 3LHVA 1N7KA 5GVJA 1QAPA 3QFEA 4E38A 3OVQA 3CB8A 2R14A 1EUNA 1SZGA 2A7NA 3G1SA 3M44A 1ZNNA 1SO3A 1FCVA 5U4NA 3UWYA 1ME8A 3I6RA 2VOMA 1H7NA 4K8EA 3IIOA 2I1OA 1OFBA 2Q3OA 3KHJA 1EA0A 1OFPA 3H53A 1LRQA 4EIVA 2BLEA 1VRDA 3G1VA 3LOTA 1Q6OA 1LBLA 1F74A 1EP2A 2NUXA 1ZCOA 2JKAA 5EL1A 5G4EA 1VS1A 4IJBA 3S9YA 1KM6A 1Q6RA 1RVGA 1J5TA 3O16A 3HF3A 4A21A 2TRSA 4UR8A 3L0KA 2V2DA 2BWGA 4FB7A 3MP4A 4DF1A 4O8RA 4N6EA 4TMBA 2OCZA 4C1LA 3MMTA 4PH6A 4TO8A 1W5OA 4ORMA 3O6CA 3LCXA 3LHUA 1KFEA 4NQ1A 4DELA 3RF9A 1ICQA 3STEA 1LOQA 4GC4A 5EKYA 3ELFA 5F4SA 1VZWA 3FIGA 2O7QA 3BGGA 2QCCA 2C19A 1JVNA 2QKFA 4UFIA 4Z0JA 3C6CA 3IGSA 4FNTA 1PVNA 1TRDA 1ZHAA 2DU2A 1XKYA 3N34A 1W5MA 4GWEA 1R2SA 1SR9A 1OVDA 4PTNA 2WOQA 3NQGA 1QPNA 3GXNA 2OX1A 2P10A 1LLWA 3LI0A 4AWSA 3FLUA 5EBUA 3KVKA 4HNNA 1VYPX 1WX0A 3M5XA 1V7YA 1H7PA 5TBOA 2VXNA 2FB3A 3I7QA 5AHLA 1KM0A 5G5IA 4WD0A 2WJZA 3GDRA 4JTIA 5BMXA 2NX1A 4XKYB 2Y7GA 4AWTA 1LBMA 2X1TA 3G22A 5I3IA 3FJLA 4UMAA 4K37A 4FNRA 4FIRA 3T40A 1SZEA 1XCFA 1P0NA 4JY9A 3NQAA 4NZJA 4YWIA 1WBJA 1YLVA 4BI6A 1TIMA 1YPIA 3UWQA 4IX2A 1H5YA 1JCYA 4XQ6A 4O0ZA 3EB2A 4EWND 5DXXA 5TQLA 1WOAA 4O15A 3UD6A 1KBIA 1KTBA 4BWLA 4AHPA 1K03A 3PBYA 4YL2A 3CPRA 5KZEA 2YGYA 2YFNA 4O1DA 3TX9A 4JY8A 4KWVA 1RV8A 2ISWA 4ZQCA 3Q94A 2ZBTA 3W88A 1JCJA 3W7RA 4NJGA 2FB2A 2ZDRA 3QJAA 1SO4A 2C15A 2FQIA 1KLZA 1THFD 5KMYA 3MBDA 3TE9A 5ABTA 4Y90A 3TXVA 1JJKA 4UMCA 4Z1CA 1YXDA 4Y6GA 1S5WA 2Y62A 3FOKA 4UTIA 2CW6A 3E96A 2CZFA 4KFOA 2VKZG 5AC8A 3LRMA 3UWUA 3KX6A 4JTSA 1PL9A 4NX0A 2OZ0A 3PG9A 4BR1A 2YX0A 4GUGA 3U6WA 2OT1A 3EWBX 3GDTA 2QCGA 4NXSA 1MZHA 4YXGA 1EWDA 4MZ1A 3FKRA 1AG1O 1PHQA 5DCEA 1TPDA 4GBUA 5AHIA 1W5PA 3NPUA 3KXQA 1RQEA 1YDVA 1DV7A 3QF0A 3PULA 4O52A 1OK4A 1GWJA 3W1AA 5I3HA 3W7CA 1GG0A 3NM1A 1SZNA 3G24A 2DJLA 3TA6A 1H61A 1OYCA 1AL7A 1VCFA 2EKCA 3NO5A 3GAKA 4FXRA 1DBTA 4CNNA 3MW7A 2E09A 1LDCA 3EKZA 2QUUA 5J5RA 2JKPA 3TXZA 2E6AA 5HWMA 4FEZA 1X7FA 4GUHA 5AN7A 4OV4A 1H7OA 1R2TA 2WQPA 3DI1A 3LGEA 1V5XA 2C16A 1H1YA 2GOUA 1QNVA 3BO9A 1Q6LA 3NZ1A 4GXMA 1KV8A 1XBVA 3GDKA 1KM1A 2GQAA 1B4EA 3RLUA 1F5ZA 3EWUA 3ZR4A 3PUDA 1D3HA 3TSBA 1X8FA 1HL2A 1VLIA 5AYZA 2V2CA 5FEWA 4JTJA 1PCKA 1RQBA 3P81A 2OMAA 3YPIA 3R2GA 3G8EA 3A23A 3STFA 2CLIA 3M16A 4WY0A 2VFGA 3MHFA 1FWTA 4GFSA 1LLZA 1SW3A 5HINA 3W7PA 5MHBA 4WXZA 3NQ7A 2BZNA 3FFSA 4UIOA 5D02A 3EWXA 1WOBA 3W1UA 1TQJA 4JYFA 4O1AA 1O94A 1GTEA 1FWRA 2H6RA 1F7BA 2ZRZA 3R8RA 1PHWA 4TR9A 3W7JA 3HPSA 3LCFA 1I2PA 3QQ1A 4IPIA 1OX5A 3CIXA 3C2RA 1XFBA 4BWLC 2QCEA 1W3TA 1MO0A 1KM2A 2WO5A 4FHAA 2YSWA 5K4ZA 4QNWA 4FF7A 4AHQA 2GVLA 3IGUA 1L6YA 5AB3A 3I65A 5FEXA 5AOUA 4JNMA 3M5VA 1F73A 3C2OA 4W9TA 1K8YA 3DH7A 1OFQA 4DF2A 1JCLA 3QYQA 2ZZ3A 5HR6A 1ME9A 4ZQRA 3B0PA 3UYCA 2WPBA 3R13A 4PODA 3NM3A 4NXKA 3P74A 3L9CA 3WJSA 4Z1AA 2PRMA 3NL2A 3EXRA 1ME7A 3PC0A 4IWWA 3C56A 3B8DA 5HQEA 1FCUA 5F1UA 3W1XA 1IXOA 1R2RA 1K8ZA 4YLWA 1CX9A 2X1SA 1UB3A 4LS1A 2I14A 5D37A 4AXKA 3TROA 2DJXA 1DJQA 4E0CA 4A29A 2W0UA 4K8HA 3KOFA 4HKPA 1TV8A 4XZ9A 2Z1BA 3W7IA 2NLIA 4UFLA 1VHNA 1K7EA 1XM3A 5G1TA 3C52A 3S5ZA 2V81A 2A7RA 4N9CA 3W75A 1G7UA 3LCLA 2V5LA 3HG5A 1TTPA 1VJIA 3DFNA 2Y88A 1GVQA 1GZGA 3W86A 2A2IA 3W71A 5F2MA 1ALDA 2BTMA 5HNRA 5CZSA 1QR7A 2NWSA 4JN6A 4UFKA 4O0KA 1J2WA 3GVGA 4RZ6A 3W7KA 3A9IA 1I45A 3D0CA 3NQVA 1BWKA 3DI0A 3M1ZA 3CEUA 3NQCA 3R5EA 2J24A 3NQDA 4MY9A 4ORIA 2WNNA 1VLWA 4MFEA 2QCLA 3LRKA 3N19B 1O60A 4K36A 1G67A 5F2LA 5F2IA 5SWUA 4NT0A 4WJEA 3TFXA 2PRLA 5LGZA 1GT8A 2CU0A 4Q33A 1KFLA 2BX7A 3VKJA 2EGZA 5FF4A 1AL8A 3OG3A 4S2BA 1SW0A 1AMKA 5EMUA 4H3DA 3T55A 4FNUA 4AMAA 2Z6IA 3SY5A 3NVTA 4NUWA 1Q45A 3MJYA 1NF7A 3W7EA 4RXFA 1MXSA 3QEZA 1X6UA 4JGDA 2J88A 3CLMA 3SZ8A 3W1QA 1UUOA 4L4LA 3GYEA 3S1VA 4TMCA 1GPWA 4IPJA 5HUOA 4BI5A 4Z08A 1R46A 4Y8FA 1HFBA 3DFPA 1D3GA 2JGYA 4DF0A 3NNTA 1BTMA 3M47A 1K02A 3O6DA 2X2GA 4DBEA 3HMJG 1SSDA 2PRHA 2CZDA 3QRHA 4N9DA 3TW6A 3ZFHA 3KVJA 4QQ3A 5LNVA 1T99A 1VR6A 2DZVA 2RDTA 3PM6A 3TSMA 2NUYA 3PG8A 2NZLA 4MLJA 4LVAA 5DCDA 4NNCA 1IF2A 7TIMA 3QW3A 3ABOA 3PSWA 1FXPA 2D73A 2AQWA 2GPTA 2YW4A 1EX5A 4LT9A 2VELA 1TSIA 2A4AA 2B7NA 4JTKA 2I9EA 1OFRA 2YCEA 1RR2A 4TU1A 5AC6A 1QCWA 1VCGA 1UASA 5F4WA 2QCFA 2AGKA 4O57A 4K7VA 3GX9A 4QSHA 5LNWA 1S3HA 3LTSA 4HPXA 4MIMA 1H62A 5C2XA 3INPA 3GZ3A 3F1QA 3PR2A 4ICNA 3ABRA 4H4IA 4Q32A 2ZYFA 2EF9A 1JUKA 2ZFAA 3WJWA 5EPDA 1OABA 4QJ1A 3P8JA 1KFKA 1LM1A 2DZTA 1I8JA 1RQHA 1ZAIA 1VGAA 2XFWA 4O18A 4DEFA 3LLDA 2Z6JA 5T26A 3EXTA 5AC7A 1AW5A 3NL5A 3GNNA 4HNUA 2FJKA 2FPYA 2ZZ4A 1WDWA 4BK9A 4MYAA 5D2VA 4OV9A 3W1PA 1T0OA 5FESA 1G4EA 4YMZA 1GJPA 3B05A 1LZOA 2WNQA 2Y85A 3O05A 4JTHA 1QPRA 3FYPA 4IGHA 1WXJA 4ONVA 3P5YA 3A24A 3G1XA 3OVPA 2NXGA 3TU9A 5K3VA 1O5XA 2OJPA 1UCWA 4LWWA 2XN0A 3FJ6A 1WBHA 4YCPA 4WZHA 3U8GA 4PCFA 1DORA 3PWAA 4QIUA 3EWZA 1W3NA 4ZQNA 4NNBA 1KM3A 4KFPA 1DOSA 3LERA 4UTUA 3NQ8A 1GYLA 5G1YA 1GG1A 5E93A 2WSRA 4LRSA 6TIMA 1M6JA 5CGQA 3MYPA 2W79A 4AWUA 3LX9A 2Z0IA 4RZ4A 3PUEA 2Y70A 4MPQA 1I4NA 1H7WA 3C3NA 4JTLA 4ZMGA 1HUVA 2G97A 1H51A 3N9RA 5A8GA 5K9DA 3WK0A 2PC4A 5D32A 3F4WA 3KVMA 5EY5A 3EEGA 1UJPA 4AF0A 5LNSA 2A6LA 2R91A 3KFTA 2VEMA 3F03K 4IMEA 1L2UA 1R47A 2C0AA 4OQVA 3W23A 2ZRXA 3LCHA 3UWWA 1SW7A 1VHCA 2Y63A 4UTLA 1TPH1 2GJNA 3DKJA 2CZEA 1AK5A 3VE7A 4IMFA 3IIPA 4FX6M 1JULA 3P60A 1OX4A 4HIBA 1UUMA 2J6XA 2CWNA 4X2RA 3TR2A 1H7XA 1VYRA 3G0XA 5LZLA 4PEKA 2G95A 3DKLA 6ALDA 4CNPA 5D2TA 2JK2A 4HSOA 5D04C 3FS2A 2E1DA 3RNDA 1OX6A 2HS6A 3W7MA 4XWUA 4MJZA 5TIMA 2WNZA 4LW7A 4CCEA 3PY2A 1OFAA 5AHNA 4NJKA 1JR1A 3JR2A 2HS8A 2ABBA 3LHZA 3PBWA 3QPZA 3I7SA 3LBCA 2Y7FA 2V82A 3QSRA 4M19A 1NAL1 3KVLA 5FF7A 1XXXA 3BG5A 5BRBA 3OA3A 4HSNA 3MP3A 4X22A 1FDJA 1JUEA 1T96A 1YADA 1W3IA 2Y7DA 1P4CA 2ZRWA 3NPXA 1J4EA 3LDVA 3TIMA 2V5BA 2VFHA 2X16A 3M7WA 4U28A 1YXYA 5BOOA 2A6NA 4LY8A 3C0JA 2C14A 4M6QA 2CLFA 4MKNA 5KZDA 4WOZA 4UTTA 3L5LA 4WY0B 1L9WA 3JS3A 2Q8ZA 3G1DA 1F6KA 3PAJA 1FCBA 2P1FA 3C2EA 1SQ7A 1G4PA 1TTQA 3RMJA 3GNDA 4LUJA 1O4UA 3W70A 2V30A 2ZA3A 3W1MA 4PL1A 3VFLA 1M7OA 1KW1A 3LB0A 3DHFA 3W7DA 2C1HA 2QJIA 4LVGA 3TQVA 1NEYA 3NQ6A 4O10A 8TIMA 4O4WA 4EVZA 2DP3A 1JRCA 2PCQA 3N9SA 1JQVA 3IIZA 3L2IA 3L65A 5J5DA 1SUXA 4IX0A 5D38A 5D2XA 2KZHA 3THQA 1DKWA 4N4PA 5HUPA 1HG3A 4DO5A 1KLYA 3A22A 4LRTA 1I2RA 5D2YA 3B0UX 2YPIA 2Y6ZA 1TJRA 2QJGA 3OEXA 1YDOA 4AH7A 2ZTKA 1TO3A 1SPQA 5LNRA 1QPOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B54 A;  4DZI A;  1X39 A;  3SFK A;  3G6M A;  4FXS A;  1ODU A;  4MZ8 A;  2X7V A;  1H3G A;  3GKF A;  4QDM A;  3NPW A;  1QT1 A;  2OSW A;  2XH2 A;  1PTD A;  1BYA A;  2DSV A;  4ACY A;  5JIW A;  4OU1 A;  5DT7 A;  2OQH A;  2YL9 A;  3CUZ A;  2E9L A;  4LYP A;  2O9R A;  2QCD B;  3W22 A;  2PDI A;  4AZC B;  1QWG A;  4S1F A;  2ZVI A;  1J0Z A;  1JYV A;  1VPQ A;  3G3M A;  2J62 A;  2B31 A;  1J6O A;  1XPY A;  4LAK A;  1Z41 A;  4CU7 A;  4C6K A;  1XC4 A;  3CL6 A;  3AOF A;  1TQX A;  3KTS A;  2J47 A;  4CLM A;  4ECL A;  2XH4 A;  3CM4 A;  3BL3 A;  4ATW A;  2PF0 A;  3EDD A;  5A2A A;  4AZI A;  1UWQ A;  1RZM A;  1KKO A;  3M64 A;  3TTE A;  3KWS A;  5T9B G;  1PKL A;  4JKM A;  4HHP A;  1KTN A;  4FF5 A;  3CUI A;  1S46 A;  3P93 A;  2WAG A;  4OFC A;  4UQB A;  2IKJ A;  2PLC A;  3W1R A;  4I7V A;  4A4A A;  3VMP A;  3SI9 A;  1HL8 A;  1QPK A;  2VDI A;  4J2M A;  2WHL A;  1IEW A;  3WNP A;  3I4E A;  3GXT A;  3U4A A;  1P0B A;  1XDJ A;  4DXK A;  2EJ1 A;  2PUR A;  2ATS A;  4NJI A;  1IXQ A;  5LIX X;  2CES A;  3GE7 A;  4RCX A;  2XTK A; 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