2EAW | Genus

Total Genus 98

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	98
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	ELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__792338443113635__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__792338443113635__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2EAW/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__792338443113635__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"792338443113635","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2EAW/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__792338443113635__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfce26a602b290cf3167122/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfce26a602b290cf3167122/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfce26a602b290cf3167122/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfce26a602b290cf3167122/pdb.gz): 938 ms

reading 256 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

256 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:255});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Human UMP Synthase (C-terminal Domain - Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase) rcsb
molecule keywords	Uridine 5'-monophosphate synthase
total genus	98
structure length	256
sequence length	256
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date	2007-02-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2eawA00

2NX9A 2E5DA 2Q3RA 1JR1A 3O6CA 4CCCA 4IMGA 3INPA 3W7RA 1TSIA 1K8YA 1KFEA 3DFOA 1JUBA 1AG1O 1K8ZA 3CT7A 3F03K 4ORMA 4J9JA 3NXFA 3B0VC 4ICNA 3IVTA 2BXVA 2J9YA 1EWEA 1KTNA 1GG0A 1G67A 1KTCA 4DXVA 1SFLA 1YTEA 5L6UA 2WNQA 2WPBA 3ZR4A 4JX5A 2WOQA 1GVRA 5G4EA 1C29A 1OF8A 3G1YA 2BWGA 3EXTA 3L5MA 3TXVA 1R2TA 2TSYA 5DCDA 2EF9A 2QCLA 4Y9AA 3RFAA 4R33A 3IGXA 5AYYA 3M5ZA 2V5LA 2X1SA 5DELA 3ATZA 3SI9A 3SZ8A 1N8FA 4FB7A 1VRDA 3S5ZA 6TIMA 2VOMA 3TK7A 5C2XA 4DO4A 3PBVA 1C8VA 3TC7A 4ZL1A 3NPVA 4UMBA 4YLWA 3W6YA 3GXNA 4GC4A 3P5ZA 1W0MA 1G69A 1YDVA 3BARA 5HQEA 3LBMA 4JR5A 1LLZA 1FY6A 4JTEA 3MP3A 4S2BA 3NO5A 3KVMA 1QPRA 2GQ8A 3QQ1A 3BO9A 4OE7A 3G0UA 1W37A 4LOCA 4IXHA 4GUGA 3T40A 3AJXA 5AHIA 5DCEA 1YPIA 2TPSA 1QCWA 4LVFA 4AWTA 1VYSX 1M6JA 1GQNA 3PUEA 1W3TA 1VZWA 3W7EA 5FEXA 4HKPA 4N2YA 3DH7A 3LI0A 2TRSA 1H1ZA 2Y7DA 1R30A 3N9RA 2A21A 2RDTA 5DXXA 3KOFA 3L67A 4N4PA 2EPHA 1VLWA 3FA5A 2YFNA 1YLVA 3VNDA 2ZA2A 1DHPA 1KLYA 1VPXA 1KM1A 3W1UA 2ALDA 1W56A 3HQ1A 4UTJA 4QNWA 3S42A 3LRLA 3I65A 3GKAA 2Y6ZA 2QJHA 3TAKA 5GVJA 4O52A 1H61A 1PV8A 1L2UA 4BWLC 1YTDA 4Z1AA 4HPJA 1QO5A 4CLMA 4AB4A 1IXOA 1YXCA 3EKZA 1QAPA 5DXYA 1TQJA 4O54A 1O5XA 2H8ZA 1W31A 3NGJA 3NVTA 4DF2A 2ZYFA 1LTDA 4WUIA 4FF7A 1OFOA 3PWAA 3BGGA 4LS0A 3W73A 3NEVA 3VE7A 3WJSA 2ISVA 5EMUA 5K2ZA 2ATMA 3W7CA 4KWWA 3LCFA 4IUOA 4AF0B 4PCFA 3W70A 4CCDA 3W7NA 4MZ1A 4N02A 1CX9A 4TU1A 3P60A 1FDJA 3ZWSA 3EX2A 3B0UX 4MIMA 3QJAA 1N7KA 1SZFA 3GDKA 1L6WA 2V2CA 3I6RA 1Z41A 5CZSA 3R13A 3TSMA 3CU2A 4Y90A 4X22A 4XWUA 4RCXA 3HPXA 2VFEA 1G4EA 3QYQA 1IXQA 3QFEA 1G7VA 1F2JA 1TJRA 1I2OA 1A53A 3CIXA 3PG8A 4WY0B 3W87A 1MEHA 3V75A 3P5YA 2OX1A 1H7OA 1GVFA 2WNNA 2C18A 1MO0A 2Z6JA 4LWWA 5HINA 2OT0A 2Y62A 1XBVA 4EF8A 2CLHA 2FLIA 3S1UA 1GVOA 3TA6A 4JX6A 5DY2A 1G4TA 1XL9A 4KFPA 3BPWA 1TPFA 2ZTJA 4OWGA 3W88A 1JCXA 3WK0A 2R94A 3O07A 4OGZA 3HMJG 1D9EA 2CLKA 3OVPA 1LP6A 3EWYA 3GR7A 1B57A 1UUMA 2CWNA 3EB2A 4Q4KA 3W7GA 3F1QA 1B9BA 1CI1A 1OG0A 4QM1A 3RF9A 2V30A 1T0OA 3GYEA 4R7JA 2V81A 2ZRWA 4PC8A 1JCYA 1LRQA 5KZDA 1P1XA 3S5OA 3L5AA 1WDWA 3DFPA 1ICPA 4JEQA 3N34A 5EL1A 3QC3A 2QCDA 4Y8FA 2WNZA 3EX1A 3EWXA 3T55A 5D2VA 4HN4A 3W75A 3JR2A 3FYPA 4M5PA 1D3GA 1KV8A 4ZQMA 3P8JA 5DN1A 4QITA 5D2YA 4WOQA 3W2UA 3Q2DA 1DKWA 1EPXA 4UFHA 5AYXA 4CQ8A 1MXSA 3L68A 4E2DA 1KV5A 2OMAA 2KZHA 5AOUA 3W7LA 4M6PA 3LBCA 5D04C 3UWQA 3UXAA 3QQ0A 1QNVA 4FXRA 4O57A 4XTIA 1VCVA 4K6AA 4NJKA 3NYZA 4JTKA 3GXPA 2A2IA 1Z44A 4O50A 5KTLA 3NR0A 2Z1BA 2QCEA 3P8IA 1DVJA 2H6RA 2V2DA 4JTIA 1I2NA 5AC6A 3HJZA 3NQVA 1WOAA 2ZRZA 2DZVA 3HGRA 2GJLA 4UMAA 3UXDA 2ZZ5A 1S5TA 3C3NA 1E51A 2QCGA 2NV2A 1HL2A 1LOSA 3EWWA 3GB6A 5G4WA 5EPDA 2YX0A 5FF2A 1S5VA 5HMSA 3GK0A 3ZS4A 4QISA 4UR8A 4Y6GA 2V2HA 3ABRA 2GVJA 1J5TA 1LBMA 1H7NA 4YCOA 3M6YA 3G1XA 3EWZA 5KSWA 2NXIA 1TIMA 5BRBA 3W7HA 1O94A 1SUXA 3HPSA 3RU6A 2QCFA 4XKYA 3IGSA 2BSLA 3LHWA 2DZUA 3I68A 1K3UA 2O7QA 5LGXA 3TFCA 3NL3A 1Q45A 1OFRA 3OIXA 4UTIA 5AHLA 5CZ0A 4ORIA 3QH2A 3LRKA 4MUZA 2R14A 3G1HA 1KBJA 3VFLA 3W74A 4TO8A 3RLUA 4BFAA 2FTPA 4DPQA 4JD4A 2BLEA 3OG3A 4MKNA 4FX6M 4WOZA 4KKXA 1H1YA 3G24A 2A0NA 4ZQOA 5D2TA 2JK2A 1H50A 3W1PA 3W1RA 4PEKA 3FLUA 4NX0A 3M43A 1O5KA 1WAUA 4PL2A 4H4IA 1HO4A 1M7PA 5HWNA 1LM1A 5LSMA 1ADOA 4DQWA 4PH6A 3C2EA 3LCIA 2G97A 4NZFA 5CSSA 3MWAA 2Z6IA 2A6NA 1VYPX 3QMTA 4O4WA 3A5FA 2NXHA 1VCGA 3LB0A 1M7OA 1AL8A 3QPYA 1VGAA 4N4QA 2CLIA 1JULA 4K7VA 3IIPA 3LGEA 5FF7A 1EWDA 2VFHA 3L21A 3C8FA 3NZRA 3C56A 1JCLA 4JXCA 3HG5A 4LUIA 4UCGA 3W2LA 2NZLA 3C52A 4IMCA 4K8EA 4UXDA 1TQXA 1OFDA 2P1FA 5KZEA 1XKYA 1R2RA 2J6XA 5LGZA 4D2JA 1JCMP 3ANYA 5FEPA 5G5IA 5TQLA 2PURA 4R53A 1QR7A 1X8FA 4WXZA 4Z0SA 4MJZA 2QCMA 4PFMA 3N9SA 3BLFA 3LLDA 4LS1A 1WBJA 4Z08A 1I45A 4NJIA 3M0ZA 4LTSA 5FEWA 1UJPA 1GG1A 4MPQA 3TU9A 1EIXA 3CM4A 3HBLA 4JDYA 3D0CA 3B04A 5E93A 3QSTA 4JYFA 4NJGA 2Z2UA 4P2VA 1QOQA 1DJNA 1MEWA 3GDRA 1ME7A 3ABQA 2QCDB 1ME8A 2FB3A 2ZRYA 1H62A 4I7UA 2YR1A 4NJJA 5AHMA 3W83A 3UD6A 2CLEA 1I8JA 1BKSA 2ISSA 3AO0A 5D30A 4XBKA 3S1WA 1S5WA 3PUDA 3GX9A 1FX6A 3BVJA 4Z1BA 2GQ9A 3CTLA 3DI0A 3MMTA 1XXXA 5EYWA 1F73A 1ZHAA 1LZOA 1NEYA 4IMEA 1BEUA 4DEFA 3BW2A 4XTDA 1QWGA 1ZAIA 3MP4A 1TYGA 2X1TA 3MW7A 1OFEA 3SR7A 1ML1A 3MI2A 1DBTA 5I3IA 2PRHA 3MP5A 3L65A 3OEXA 4MY8A 4JTFA 4ML9A 1LLWA 4UNKA 3QF0A 1D3HA 1KFCA 1YADA 3ATYA 3DGRA 3OA3A 4K38A 4EIVA 4EWND 3DXIA 4X3ZA 3TSBA 1NAL1 3O6YX 4AH7A 3G0XA 4IPIA 3O06A 1ONRA 1VJIA 4BI7A 4CQAA 1SSGA 4AVFA 1W5QA 4GUIA 1UB3A 4AWUA 1KTBA 2C6QA 1VCFA 4L4MA 3EWUA 1FWSA 3L0NA 1SO3A 3P84A 3G22A 5H2ZA 3TMLA 3W1TA 1TPH1 1OX4A 4GUHA 3TQ0A 1ICQA 3NQ6A 3PULA 4DO5A 3HF3A 1YDOA 4U28A 1ZNNA 5HNRA 4IX2A 1F76A 5DBTA 3W22A 1UBSA 1WX0A 4XKYB 3LHZA 3LHVA 4ZQRA 5BMWA 3TROA 2Y70A 3I7RA 5HJLA 5F1UA 1EA0A 2X16A 1U5JA 1HUVA 1TV5A 4ADSA 2YW4A 2ZDRA 4O1BA 4MZ8A 1Q6OA 2V9DA 1KW1A 2G96A 3BV4A 5L9FA 1W5NA 3CEPA 1DL3A 1IXNA 1PIIA 3WFAA 1HO1A 5SWUA 1LDCA 2J24A 4RX0A 2J88A 3P81A 5LKYA 1YDNA 1H60A 2PC4A 5F1VA 4JX4A 3W86A 3TIMA 4MOZA 4X9SA 1SFJA 2H3BA 3C61A 3GXTA 3NL5A 4IGHA 3W7QA 3WK1A 4IX0A 5D33A 2NUYA 4LVDA 4RK8A 1PCKA 1OFPA 3PS7A 1YPFA 4KWVA 1RQBA 5EBUA 4POCA 2X30A 3N73A 1IXPA 3NQEA 1A5SA 3SFKA 2JKPA 1GOXA 1F5ZA 4JY8A 3LCWA 4FO4A 4TIMA 3TJXA 3W85A 2NWSA 2QF7A 1YXDA 1CW2A 3N14A 2QCNA 4NNBA 4QAIA 4GNJA 2GUUA 4JIPA 1NF7A 2YFOA 3C2VA 4UFIA 1HFBA 4MYXA 3H55A 1VHNA 3L0GA 3KRSA 5K3VA 1TCDA 2DJXA 1FWTA 2RHGA 2OZ0A 2YDAA 5CG7A 1W5OA 1LORA 1OX5A 4UC5A 4B5NA 3GKFA 1X7FA 2B7NA 1K7FA 1IF2A 3CWOX 3TXZA 4OBTA 4QSHA 2RDWA 4R34A 1GTHA 2FPYA 4KFNA 2FB2A 1YXYA 4LC8A 3DI1A 2V5BA 5CPOA 2XN2A 3PBYA 2RKXA 4KFOA 1W8SA 3EX6A 4CNPA 4LS2A 4MJMA 3L5LA 3G0SA 4X2RA 2NUWA 2QDGA 1TMHA 2BZNA 4K36A 2CZFA 5FF0A 5AHNA 3HGOA 1PE1A 2Z0IA 1XDLA 2C1HA 3W72A 2ZBTA 3QSRA 1V5XA 4LRTA 1KFLA 2ZZ6A 4HT3A 2CLOA 4UTKA 5HWJA 2VXNA 3C2FA 4YXGA 4O10A 2YYUA 4M7SA 4HHPA 2FFCA 5E0KA 4OV9A 3A5VA 2VFFA 5I3KA 5G1TA 1FBAA 1TPEA 2OCZA 1TTQA 3LOTA 2RFGA 3W3OA 3STFA 4JGDA 4LVAA 4FIQA 1X6UA 2LLEA 1KM5A 3B8DA 3WK2A 3HIJA 1WOBA 2NX1A 3S5NA 3SGUA 1J4EA 3CEUA 4MYAA 4CNNA 1FWWA 3MYPA 5I3GA 2CLMA 3B05A 3M44A 2QUUA 4BI5A 5K7JA 1FQ0A 1SZEA 3DFQA 2J9XA 1SZGA 3NNTA 5F4SA 5IBXA 3V1PA 4WZHA 3CHVA 1WQ5A 1NFBA 4LC6A 1NSJA 2J27A 3NQGA 7TIMA 1VS1A 1BTMA 2WJZA 1PHQA 4JYEA 1GTEA 4UTHA 3UZJA 3FFSA 1THFD 5F2IA 1K7EA 4LVBA 3C2OA 4AEOA 2VEMA 1TPDA 5KITA 3STEA 1T8XA 4GJ1A 2IQTA 3DFSA 4N6FA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5LXE A;  3EXS A;  1UR1 A;  1XLM A;  4L1G A;  4PSP A;  1K77 A;  2ANU A;  1WZL A;  4LBR A;  3TZF A;  3SSZ A;  3S5Y A;  3E74 A;  4YMZ A;  2CKR A;  2RGL A;  5DBU A;  2A3E A;  3GZA A;  3K13 A;  4XO6 A;  3PZV A;  5I03 A;  4ICC X;  3G3D A;  3KEH A;  4O17 A;  3VDG A;  4ZXO A;  3OGV A;  3WEL A;  3EMZ A;  3APT A;  3NXL A;  2PDN A;  1XHG A;  3KRU A;  3L0K A;  1TJ2 A;  5IBX C;  1PXG A;  4NT0 A;  3DG7 A;  4IQJ A;  1A5M C;  4NHV A;  4Z2I A;  4GYJ A;  2FJK A;  2QT3 A;  1CGW A;  1TV3 A;  2QGY A;  1G9H A;  4IPJ A;  1XIF A;  5E0C A;  1IWB A;  1EX5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2EAWA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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