2EG8 | Genus

Total Genus 115

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	343
structure length	342
Chain Sequence	SQVLKIRRPDDWHLHLRDGDMLKTVVPYTSEIYGRAIVMPNLAPPVTTVEAAVAYRQRILDAVPAGHDFTPLMTCYLTDSLDPNELERGFNEGVFTAALYPANATTNSSHGVTSVDAIMPVLERMEKIGMPLLVHGEVTHADIDIFDREARFIESVMEPLRQRLTALKVVFEHITTKDAADYVRDGNERLAATITPQHLMFNRNHMLVGGVRPHLYCLPILKRNIHQQALRELVASGFNRVFLGTDSAPHARHRKESSCGCAGCFNAPTALGSYATVFEEMNALQHFEAFCSVNGPQFYGLPVNDTFIELVREEQQVAESIALTDDTLVPFLAGETVRWSVK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0279064339860211__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0279064339860211__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2EG8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0279064339860211__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0279064339860211","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2EG8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0279064339860211__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfce5d2602b290cf316720e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfce5d2602b290cf316720e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfce5d2602b290cf316720e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfce5d2602b290cf316720e/pdb.gz): 321 ms

reading 342 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

342 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:341});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
publication title	Structures of Ligand-free and Inhibitor Complexes of Dihydroorotase from Escherichia coli: Implications for Loop Movement in Inhibitor Design pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dihydroorotase
total genus	115
structure length	342
sequence length	343
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.5.2.3: Dihydroorotase.
pdb deposition date	2007-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01979	Amidohydro_1	Amidohydrolase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.140	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Metal-dependent hydrolases	2eg8A00

4L6DA 1GKQA 1UIOA 3ID7A 4V1YA 2GZXA 2ICSA 1WXYA 4B92A 3SO7A 4H9ZA 1R9YA 4XAYA 1J79A 2KAUC 1RK6A 1K6WA 4C6OA 1KRMA 4GX8A 4RZBA 3A3XA 4GYFA 1YBQB 3OOQA 3RYSA 1A5LC 1RA0A 1A5KC 4HK6A 1V7AA 3IARA 4IH3A 4QSFA 2YB1A 3GTFA 5HMEA 2HQAA 1EJVC 4ZSTA 4EP8C 1ITQA 4EPKA 2ZC1A 1XWYA 3B0XA 3FDGA 1UIPA 2PAJA 3JZEA 3ORWA 3MTWA 3QY8A 4XD6A 4B91A 3E74A 4GX9A 4RE0A 4YIWA 3S2JA 3F2DA 4XAZA 4NI8A 3HPAA 4UBPC 1BF6A 3URNA 3F2CA 1V77A 4PBFA 1EYWA 3MVIA 1EJTC 2R1NA 3GIPA 4LCSA 2OGJA 3MKVA 2E25A 4CEXC 3QGKC 4IG2B 4IGMA 1A4MA 1EJRC 2Z4GA 4B3ZA 2Z2AA 1ITUA 3OQEA 2BGNE 4HK5A 1V51A 2W9MA 3S2NA 3QGAC 1EF2A 1WXZA 4H9MA 3SFWA 3UR5A 1M68A 3HTWA 4DI9A 3F4DA 3URQA 4C6IA 1QXLA 3GU1A 2BB0A 2RAGA 4KERA 4WVXA 3D6NA 4GC3A 1POJA 3IGHX 2GOKA 3N2CA 1YMYA 3E0FA 1FKXA 4C6FA 1PTAA 1RJRA 1RJPA 3AUOA 4CQCA 4EPEC 1FWJC 2I9UA 3UPMA 3GIQA 1A5OC 4C6DA 2Y1HA 4CNTA 2PGRA 2P50A 4C6PA 3C86A 1V79A 4WGXA 1YRRA 1HZYA 3BE7A 3OJGA 4ICMA 5CH9A 4LH8A 1NDZA 3DCPA 1O5RA 2GWGA 3S4TA 4F0LA 4J5NA 1RK5A 2QPXA 4AC7C 3E3HA 2FVKA 4F0SA 4IFKB 1NDWA 3NURA 4ZSUA 3UBPC 3CAKA 1K1DA 3QY6A 2FFIA 4Z42C 3GU2A 3QY7A 1FWIC 2AQOA 3ISIX 2OB3A 2DVUA 2EG6A 4XAFA 4C6CA 1GKPA 2VM8A 3UF9A 1M7JA 1YNYA 3MJMA 4BJHA 2QT3A 2Q01A 1UMLA 4KIRA 1IE7C 4KEUA 4KQNA 1E9ZB 4C6NA 2FTWA 1KRCC 3IJ6A 3O7UA 2VC7A 1DPMA 4CQDA 4CQBA 3GG7A 3DUGA 2Z24A 4NG3A 2GWNA 1YBQA 2Z29A 3B0YA 2EG7A 4XD4A 2ANUA 1XRFA 3GTHA 3OU8A 4LAMA 3GTXA 4L9XA 4QRNA 4LALA 3IACA 4GXWA 2R1PA 4IFRA 1P6CA 3O0FA 2UBPC 4KEVA 2Q09A 2DVTA 3DC8A 3G77A 2OODA 4I6KA 3PAOA 4P5UA 3LSCA 4I6VA 2EG8A 1UBPC 4H9TA 4LCRA 2A3LA 1PO9A 4IQJA 2WJEA 4JOMA 4CNUA 4HJWA 3AU6A 4LANA 5A6TC 3RHGA 4XD5A 4DZHA 2IMRA 1FWFC 1EZ2A 3UR2A 2QVNA 4IG2A 2G3FA 2VC5A 3S2MA 3URAA 4QS6A 3PNUA 3WYZA 3GRIA 3A3WA 2R1KA 3EWCA 3MDWA 2Z25A 4C6QA 3S2LA 3K5XA 4M51A 1KRAC 4QROA 3NQBA 2F6KA 2AMXA 1FWCC 1YIXA 4C6BA 3MVTA 4C6JA 4C6EA 2I5GA 1J6OA 5HMDA 1RA5A 4QS5A 2VR2A 3LGGA 2OQLA 4UB9A 4RDYA 3EWDA 3F4CA 1ZZMA 2Z7GA 1RAKA 1EJXC 2O4MA 3IRSA 3TN4A 3WZ0E 2VUNA 2R1MA 3RCMA 2PLMA 3R0DA 4C6MA 2GSEA 1R9ZA 1EJUC 4TQTA 1JGMA 4ERGA 2HBVA 4ERAA 4B90A 4R7WA 4GZ7A 4C5ZA 1POKA 4ERIA 1XGEA 1NDYA 4J35A 4DNMA 4RDVA 1M65A 3LNPA 4RDWA 1GKRA 2FTYA 2E1WA 3A4JA 4IFKA 3OODA 4DYKA 3E2VA 5G4HC 1ONXA 3MDUA 4C6KA 4IF2A 4CNSA 4GK8A 1PB0A 3MPGA 1K70A 4C65A 2Z00A 3LS9A 3PBMA 2OOFA 4HK7A 2ADAA 2HBXA 4DLMA 4D8LA 5LXXA 3LGDA 3MSRA 4C6LA 3LY0A 3B40A 4MUPA 3CJPA 1PSCA 1A5NC 2Z27A 4GBDA 4E3TA 4H9VA 2YB4A 3FEQA 4J2MA 1FWGC 1NDVA 4IGNA 4V1XA 2CZVA 2HPIA 4PCNA 3E38A 3PNZA 4PCPA 2UZ9A 3NEHA 1EJWC 3K2GA 4IFOA 3F2BA 1FWHC 2D2GA 2VHLA 2WJDA 4HA0A 4EPDC 1P1MA 5E5CA 3KM8A 3TN3A 2Z26A 4H9UA 3RN6A 3T81A 1NFGA 4WHBA 2D2JA 4LEFA 4QTGA 4GOAA 4BKNA 4EPBC 3K4WA 4XAGA 3E0LA 3IPWA 2AQVA 2QS8A 3IV8A 1FWBC 3T1GA 1S3TC 3OVGA 3AU2A 2FVMA 1QW7A 1O12A 1A4LA 1A5MC 4RDZA 4DIAA 1FWDC 4KESA 4BY3A 4H00A 3FDKA 3TNBA 2WJFA 4G7EB 1ONWA 2YZ5A 5AKQA 4PE8A 4OFCA 2HPMA 2P53A 3HM7A 3GTIA 3LSBA 4DI8A 1E9YB 1J5SA 4F0RA 2DVXA 3V7PA 2O4QA 3ITCA 5FSDC 4LCQA 1P6BA 2Z2BA 2YXOA 1FWAC 4PBEA 4CEUC 4G7EA 3TN6A 5FSEC 4GY0A 1R9XA 3ICJA 2R1LA 2D2HA 4GY1A 3GUWA 3LA4A 1VFLA 4KEZA 3CS2A 4GY7A 2HNHA 1KRBC 2PUZA 4LAKA 4H9XA 4AQLA 4C5YA 1FKWA 2Z28A 4XD3A 4DLFA 4DZIA 5HMFA 4NP7A 1KCXA 4H01A 1J6PA 3PANA 4R85A 1XRTA 2XIOA 4KF1A 4R88A 2WM1A 1RJQA 1W1IE 3EGJA 4C60A 2PGFA 3LU2A 3WMLA 4LAOA 4INFA 3URBA 4G2DA 4KETA 4LFYA 1EJSC 4H9YA 1FWEC 1V4YA 1I0BA 1I0DA 1ADDA 3T8LA 3TN5A 4DO7A 3GU9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3G3MA 4YHEA 4ZQPA 1C93A 4GYJA 2Y8VA 3HZ3A 5H8PA 1B4EA 1SGJA 1WXYA 3PY2A 5HJYA 1DIEA 4H9ZA 2HXUA 1R9YA 1VFTA 2PU1A 4YVPA 3BTNA 4F3HA 1VEMA 4J40A 4KFOA 1RA0A 4QDWA 1RZMA 1LLOA 5D4YA 5CJMA 2C0HA 5GJPA 3KDNA 1EO7A 3TQ0A 2VFHA 3P6LA 2YCEA 1ZHAA 2UV8G 1NH6A 2XVKA 4JTAA 2VCBA 1AW2A 2WC7A 3E74A 2OSXA 1I45A 4MY9A 2F9RA 1E0UA 2X0SA 4GMEA 1W3IA 4ZE4A 4KT2A 4AB4A 4C90A 4QJ3B 5LIXX 1P0NA 1AL7A 1GCYA 3QGKC 4HA1A 1O95A 1WDDA 2WSYA 4K8GA 1E3XA 1VFHA 3QFEA 2AGKA 1F3WA 4XIMA 4KWUA 4P8UA 1ZS2A 1TPFA 3WDJA 2INZA 4Z0JA 1GOXA 3TZFA 1E9LA 4MYXA 4HU3A 3A9BA 1XDJA 3L0NA 1KM2A 2PS2A 3NQCA 2C7FA 3EPOA 3ITTA 3D6NA 4TO8A 4AD5A 2Q3OA 4D6DA 3FGCA 5KZ6A 4NF7A 2V3FA 3FKRA 3N2CA 1W1B1 3ALGA 2Q02A 1HUVA 1VF8A 3LUTA 3QHOA 3AUOA 2V68A 4IM4A 1H5YA 2Q8LA 5G2IA 1XGDA 3C86A 3IUHA 3OJGA 5H8MA 2X2GA 1EH9A 1OT1A 2DW6A 1KBBA 4G6CA 1PXGA 3QZ6A 3CZ8A 1OFOA 2ABBA 3E02A 4PRWA 4O11A 3RXZA 3VIJA 1LJYA 1IXPA 3NAVA 3VOHA 4CN6A 3KOWA 1FWIC 1NOWA 1FH8A 3NA8A 1GJPA 3SUWA 1R47A 1GKPA 4FPSA 4A35A 1W1A1 2CKRA 2VM8A 1XFCA 3VKDA 3N13A 3K8MA 5GNZA 1GVFA 3MUCA 1JCNA 3ZSTA 5I2UA 3W1TA 1Q7QA 3AISA 2C14A 1OFPA 3GDBA 4U33A 4XBJA 4P7QA 3PPHA 2QCCA 3K4DA 1OVDA 2YCLB 3DUGA 3NNTA 4NG3A 3VA8A 1DJQA 1QAPA 3FJ6A 1FDJA 2YBVA 1GOKA 1XIFA 2GVEA 3G5EA 3BO9A 1BYAA 3UCDA 3W24A 1R38A 3S1XA 1KA9F 2CHNA 1HXJA 2PFHA 1MW2A 3EKGA 1BVWA 1UQYA 2PP0A 1ML1A 4O0KA 1E70M 2QVNA 4JY9A 3EDEA 2G8ZA 2OELA 4ADUA 1SW0A 4N9EA 1Q6RA 1OZQA 3EXRA 3B04A 3RRXA 1KTBA 3S2LA 4M51A 2WBKA 4QG6A 4O15A 4U3AA 4C6BA 3BLDA 4HZMA 2Z1WA 4C6EA 5HMDA 1K4GA 2PDPA 3NGFA 1UC5A 2P3EA 5G2HA 3F5KA 5I24A 4AZGA 3N2OA 2RDWA 4PBGA 1JUKA 3H8AA 4NYYA 3AO0A 2WHLA 4UTWA 2PMQA 3G3DA 5C2GA 5G2WA 3H26A 3DENA 3UYIA 3K46A 2CLMA 2V5KA 1D2KA 1IIGA 1B3XA 5L6UA 1ONXA 3MDUA 4BCEA 4O8AA 1HVQA 1XLHA 1PB0A 3MUIA 5HATA 3R10A 7A3HA 4UFJA 1P4CA 4NZJA 2Y63A 1LG1A 3W7CA 3H12A 3V36A 2DT0A 4C6LA 4GKTA 2V2CA 1ICSA 2NZLA 3B40A 1UBSA 3RMJA 1HGYA 1NWSA 1IWAA 2H9AA 3MCNA 2ZX6A 5AC5A 2IXUA 2QCEA 1BPLB 2E9BA 3GD6A 4H9VA 3FEQA 2WMFA 3AOFA 1OYAA 2X0YA 5IBXA 1E1CA 2FZNA 1NOFA 1W31A 3TEVA 2IQ0A 3H53A 4H9UA 3RN6A 1C8YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3G3M A;  4YHE A;  4ZQP A;  1C93 A;  4GYJ A;  2Y8V A;  3HZ3 A;  5H8P A;  1B4E A;  1SGJ A;  1WXY A;  3PY2 A;  5HJY A;  1DIE A;  4H9Z A;  2HXU A;  1R9Y A;  1VFT A;  2PU1 A;  4YVP A;  3BTN A;  4F3H A;  1VEM A;  4J40 A;  4KFO A;  1RA0 A;  4QDW A;  1RZM A;  1LLO A;  5D4Y A;  5CJM A;  2C0H A;  5GJP A;  3KDN A;  1EO7 A;  3TQ0 A;  2VFH A;  3P6L A;  2YCE A;  1ZHA A;  2UV8 G;  1NH6 A;  2XVK A;  4JTA A;  2VCB A;  1AW2 A;  2WC7 A;  3E74 A;  2OSX A;  1I45 A;  4MY9 A;  2F9R A;  1E0U A;  2X0S A;  4GME A;  1W3I A;  4ZE4 A;  4KT2 A;  4AB4 A;  4C90 A;  4QJ3 B;  5LIX X;  1P0N A;  1AL7 A;  1GCY A;  3QGK C;  4HA1 A;  1O95 A;  1WDD A;  2WSY A;  4K8G A;  1E3X A;  1VFH A;  3QFE A;  2AGK A;  1F3W A;  4XIM A;  4KWU A;  4P8U A;  1ZS2 A;  1TPF A;  3WDJ A;  2INZ A;  4Z0J A;  1GOX A;  3TZF A;  1E9L A;  4MYX A;  4HU3 A;  3A9B A;  1XDJ A;  3L0N A;  1KM2 A;  2PS2 A;  3NQC A;  2C7F A;  3EPO A;  3ITT A;  3D6N A;  4TO8 A;  4AD5 A;  2Q3O A;  4D6D A;  3FGC A;  5KZ6 A;  4NF7 A;  2V3F A;  3FKR A;  3N2C A;  1W1B 1;  3ALG A;  2Q02 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2EG8A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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