2EHH | Genus

Total Genus 115

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	294
structure length	294
Chain Sequence	MFQGSIVALITPFKEGEVDYEALGNLIEFHVDNGTDAILVCGTTGESPTLTFEEHEKVIEFAVKRAAGRIKVIAGTGGNATHEAVHLTAHAKEVGADGALVVVPYYNKPTQRGLYEHFKTVAQEVDIPIIIYNIPSRTCVEISVDTMFKLASECENIVASKESTPNMDRISEIVKRLGESFSVLSGDDSLTLPMMALGAKGVISVANNVMPREVKELIRAALEGDFRRAREIHYYLHDLFKVLFIETNPIPVKTACWMLGMCEKEFRLPLTEMSPENENKLREVLKKYNLPLKN

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7286498307625422__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7286498307625422__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2EHH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7286498307625422__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7286498307625422","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2EHH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7286498307625422__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Aquifex aeolicus
publication title	Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from aquifex aeolicus rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	115
structure length	294
sequence length	294
chains with identical sequence	C, D, E
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2007-03-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2ehhA00

1W1ZA 3L66A 4I7VA 1I2NA 2JGQA 1L9WA 3M41A 3L68A 3L21A 1JCJA 3QYQA 3FEMA 3TSDA 1SSGA 1LRNA 2I14A 3OG3A 5D38A 1TRIA 3CIXA 5HINA 4Z08A 1Y0EA 4IQLA 2YDAA 1VJIA 3P60A 1U5JA 4BI7A 3S9YA 3FFSA 4NZJA 4M6PA 3LRLA 4LVAA 1ZNNA 4XQ6A 3HPXA 2QR6A 4MZ8A 3M5VA 5DXYA 5FEXA 1QCWA 1X7FA 4K38A 4DF1A 3TNOA 4OBTA 1AL7A 4MFEA 2TSYA 2VENA 1H1ZA 3UWUA 1SO3A 1BTMA 1GOXA 3QQ1A 2ZZ2A 2CLMA 2QCMA 3INPA 3ZWSA 4NVTA 4WY0F 3BARA 3PUDA 1W8SA 4NJIA 4LU0A 3SI9A 2CLEA 4EF9A 3W7RA 1W5NA 4DBDA 3H54A 2TRSA 3GXTA 1SZEA 3NQCA 1LCOA 5LNUA 3E49A 1YDOA 1E51A 5CPMA 3O8AA 1JCYA 3LRMA 1SPQA 3EWZA 4UTLA 1K3UA 2EAWA 4HHPA 3ABSA 1SFLA 1TTQA 2YYTA 1W0MA 3NPVA 1L6WA 5AHMA 2X1UA 3W1LA 5HJLA 2GQAA 1EX5A 5CKSA 3GVGA 4AWUA 5EMUA 4A29A 3TH6A 3G0SA 3WK2A 4NX0A 5G2WA 1AW1A 1FXPA 1DV7A 1G4SA 5K4ZA 1TTPA 5F4XA 3NPUA 1OFQA 1XKYA 1MEIA 3WJWA 2VFIA 4X22A 4WD0A 1JQVA 3GYEA 5D33A 3ZFHA 4NNCA 4KKXA 2C18A 4UTKA 3W2JA 5AFDA 5FI8A 3LI1A 4S1FA 3IGSA 3C8FA 2G96A 5DLCA 3LXCA 2ZA3A 4RJEA 1VH7A 2NXGA 3CWNA 2KZHA 4Y90A 3PAJA 3SJ3A 3DENA 2YW4A 1KTCA 1GTHA 4GJ1A 3NO5A 3UWYA 2C1HA 3C2RA 3CB8A 3LCGA 3TFXA 5U4NA 3G1AA 4CCDA 3R13A 1JUKA 3EKZA 1OFRA 4LUJA 3MP3A 2ZRVA 5AYXA 1H7WA 1G67A 4LVBA 1IIHA 3F1QA 1JULA 2ZBTA 1OABA 4IUOA 3Q2DA 3W1QA 1KFCA 3G1YA 3PG9A 4UTJA 3M47A 1DQWA 3QPYA 2EF9A 4O52A 4BFAA 3B0UX 1YADA 3C2FA 4HNTA 2QEZA 2ZZ4A 1TB3A 3FLUA 1YXCA 3W85A 1Q3NA 3NL6A 3S1VA 1GTEA 1W56A 2CZDA 2JBMA 3Q37A 3NQAA 1DL3A 2A4AA 4JX6A 4QITA 3CIWA 4FX8A 3EX1A 4GBUA 6TIMA 5C54A 4AMAA 1EP2A 2A7NA 3O07A 3QF0A 2ZRZA 3TCEA 3UZ5A 1A53A 4O28A 2ZRWA 5FF4A 2DZXA 3L0GA 5TBOA 3CWOX 3NQEA 3CPRA 1KW1A 4BF9A 3BK0A 1IXNA 1SUXA 1M5WA 1FCQA 2R14A 4JD4A 3EWUA 1O94A 2C13A 3L0NA 3S42A 2H8ZA 1GJPA 3O05A 3E9AA 4Z1BA 3RU6A 1XDLA 1ONRA 1AW2A 3CTLA 2J88A 1GVOA 2V2CA 2C15A 3W1TA 1QOPA 4EWND 4MUZA 1F6KA 1A50A 3PUOA 5DBUA 4GUHA 5AHFA 1WBJA 3HPSA 4AVFA 5U7SA 3C3NA 1OJXA 3BG9A 1XBXA 3GXPA 4DF0A 2ZZ1A 5C2XA 1ZAHA 1PE1A 4E38A 3W23A 4CQAA 1K7FA 4TX9A 4IXHA 1EWDA 1F05A 3W07A 4K7VA 4Y6GA 4MLJA 3W22A 4LOCA 3DHDA 3RK8A 4FNUA 3FYPA 3A23A 5F4WA 1W5PA 2CU0A 1H7PA 1VQTA 3DXIA 1ZAIA 2J27A 3C4UA 4O12A 2F7FA 2GVLA 4OV9A 2A6LA 4DPQA 5SWUA 3PWAA 3NOEA 4UFHA 2VFEA 4MYAA 3T44A 5LNVA 3DFQA 1L6YA 2XFWA 5I3GA 1RD5A 4IMCA 3EB2A 3EXRA 4IXXA 1TRDA 2FIQA 1MZHA 2FB3A 3W72A 4IGHA 1VYRA 1AL8A 3I7SA 5KZMA 2X1TA 1ZY9A 4ICNA 1KFKA 4FB7A 2DZPA 4LNYA 3PULA 1QPQA 2V0TA 5K9XA 4FNPA 1ME8A 3LCIA 3DI1A 2J24A 1XBVA 1SFJA 4FIQA 3R5EA 1VR6A 4FNSA 4XKYA 5I3FA 1KFLA 2V30A 2WJZA 4BK9A 1S5TA 1UB3A 3WJZA 3PVFA 1RR2A 3MYPA 4FNTA 3F4NA 4NXSA 3ATYA 3TQVA 4TMBA 3FA5A 1KTNA 3G18A 1UJPA 1QMLA 5EL1A 5H2ZA 1W54A 3LTPA 1KTBA 3N2XA 4YMZA 1EA0A 1OX6A 5LNSA 3KX6A 1ZENA 4FHAA 1GEQA 4ZL1A 2WSYA 4GUIA 2G5WA 3I65A 3UPBA 4NXKA 3OVQA 3S1XA 1LBLA 3NQFA 1QDSA 5CGQA 3OIXA 1OK4A 5AN7A 3BGGA 3M5YA 1ZAJA 2A6NA 1KBJA 2VC6A 4YLWA 4H3DA 2XN2A 3NXFA 3W1MA 5CZJA 2DZWA 1LLZA 3E02A 3IIVA 2RHGA 1FWTA 1GZGA 4XBKA 3MBDA 1KM0A 1ZHAA 4JTEA 1HFBA 2X1SA 4O13A 2ZTKA 1I2OA 1K7XA 3YPIA 1N55A 3OA3A 1MSSA 4PL1A 3L5LA 2FLIA 4MZYA 2VOMA 2PRHA 3STEA 2V81A 4DF2A 2X1RA 2C0AA 4UTHA 1A5SA 2V2DA 3LLFA 4N9DA 1VRDA 2YYUA 3W6YA 1M6JA 2YPIA 5AC6A 4OWGA 2FTPA 5G2IA 1T8XA 1DORA 5IM51 4JTUA 4Z0SA 1NVMA 3DFPA 3M5ZA 5A8GA 2E09A 5G4EA 3TKFA 2E77A 3UXDA 3W7QA 3NGJA 5D09A 4HIBA 3ABQA 3DHFA 3VFLA 5KINA 3W71A 3LB0A 1SW0A 4ADTA 3NYZA 7TIMA 1OYBA 3USBA 2IQTA 3BLIA 4KFOA 3QMRA 1PCWA 4O17A 3S1UA 5BW6A 4LV9A 5DCEA 1KLYA 4LY8A 1WOBA 3FKRA 2Q8ZA 1J5TA 2BSLA 4MOZA 3KVKA 4ZQNA 4O18A 2E5CA 1I8JA 1X8FA 4JICA 3STCA 4XKYB 5F2LA 2NV1A 1OFPA 4DO5A 1PV8A 2V5LA 3H55A 2A5HA 4WOQA 4MJMA 3RMJA 5D32A 3N14A 1HO1A 1GWJA 5KZEA 4RR4A 3W75A 1KA9F 3KRSA 2NXIA 5FF2A 2X2GA 5D37A 4RK8A 3NNTA 2ZA1A 4DBEA 2VEKA 3TDFA 1SZNA 3UY8A 4Y9AA 1K8YA 1H7RA 4UFJA 1YYAA 2PURA 2HTMA 5FF3A 3TK7A 1O4UA 2E5BA 5D2TA 4NJHA 3LHZA 3TV8A 3IVSA 2PE4A 4RCXA 3O6YX 3S5ZA 1DJNA 4ZQMA 1VC4A 3C52A 3LTSA 4NJJA 3NR0A 5HR7A 5LGZA 1DKWA 5FEPA 4O10A 3GDLA 1QWGA 3TIMA 1KM4A 1WYIA 2BTMA 1G69A 3PBYA 4NUWA 1H7OA 4GRSA 4JYFA 2NLIA 4JN6A 4FEZA 2ALDA 4GXMA 2ZDRA 4AAJA 3W1UA 3B04A 2A2IA 4O15A 1H7XA 3LI0A 3A24A 3MUXA 5L9FA 3W1PA 1YTDA 4UFKA 1VHCA 1YXDA 2FQIA 3LBCA 3BW3A 4JTJA 1M7PA 3PR2A 4FNQA 4MZ1A 3DH7A 1F2JA 4JTSA 1BKSA 4Z1DA 4X9SA 3TX9A 1OF6A 3P74A 1LTDA 5GVJA 3NL2A 4N4PA 3CU2A 3G1FA 5F2MA 2B4GA 1GG0A 3C2VA 1TYGA 2P1FA 5AYYA 1EEPA 4C1KA 1KFBA 3M7WA 3FJLA 4P61A 2R91A 4GC4A 5G1TA 3NL5A 4EIVA 4NJKA 3HB9A 2Y70A 3KVMA 3IIZA 1QPRA 4M6VA 4MJZA 2VEPA 1B4KA 1NF0A 1Z42A 5CPLA 4UTTC 3IIOA 4TMCA 5KTLA 4WXZA 5AC7A 1LRQA 3GKFA 1ALDA 4HSNA 3QC3A 4OU1A 2DZUA 1GYNA 1C9DA 1OX4A 3QMTA 4NNAA 5HQEA 4RZ5A 4XWUA 2CZEA 3EEGA 5A5WA 1BWKA 4N2YA 2V5BA 1J4EA 5CSRA 3GK0A 1I2PA 1TTIA 3N73A 3GIYA 2Q8LA 4MY1A 1EWEA 2VKZG 1DOSA 3HF3A 4N9EA 2Z0IA 5FEWA 2QCNA 3LHYA 3WJYA 2J6XA 1IXPA 3A5VA 1YPFA 2HSAA 4FXSA 1THFD 3M5XA 1FQ0A 1Q6LA 5E1QA 4HN4A 1LOSA 3TAOA 2QJIA 1UCWA 4Y8FA 2GOUA 3OEXA 2NUXA 3SECA 3WK1A 2CZFA 1CW2A 3PB0A 3SZ8A 5BMWA 3HGRA 1PS9A 3LHUA 2I1OA 3MW7A 5C5YA 4JEQA 2VELA 3W2UA 5LHEA 1SO4A 3DGRA 1F73A 3GB6A 4R53A 4AH7A 3WK0A 1RZMA 2H90A 3GLCA 4JTKA 5L6UA 2X16A 2DJXA 2ZCGA 3RF9A 1Q6OA 2WSQA 2RDUA 5F1UA 3U8GA 3RLUA 3OBKA 3N2MA 1ICSA 3NQ2A 3S6DA 3WJSA 4PA8A 3QMSA 5TIMA 3VE9A 4A2RA 5CZ0A 4N6FA 3TW6A 4QSHA 5BNKA 1R46A 1H62A 4LS1A 5CSSA 3QEZA 4IPJA 4A22A 2WKJA 2CLLA 1IXOA 3MHGA 4ONVA 3PBVA 2Q3OA 5CZSA 1PHQA 3G3MA 3MP4A 4U28A 2CFFA 4C1LA 3GKAA 2DZTA 4ORIA 1TPB1 3T78A 3S8HA 3VE7A 2QCLA 2DORA 3TU9A 4I9AA 1OYAA 1QOQA 3C2EA 1WA3A 3TC6A 1V5XA 1WXJA 4HT3A 3GR8A 1YDNA 1Q45A 1D3GA 3PM6A 3BG5A 3EXSA 1AK5A 3CM4A 3NAVA 2R94A 3A5FA 3R89A 1JCNA 1R30A 1OX4B 4HPJA 4S2BA 3W7JA 4UTTA 3C0JA 3UWVA 3P5YA 5K4XA 3NQDA 3O06A 3NL3A 4O11A 2E6DA 1C29A 3K30A 1OHLA 2WQPA 3UXAA 3SGUA 3S5YA 2Y7EA 4DO6A 2QF7A 3HG5A 5J5RA 2Y7FA 2V82A 1HL2A 2Z2UA 1JCLA 4O1BA 1I2RA 1SZFA 4OQVA 5D2XA 1F6PA 5G2HA 2NX1A 3V1PA 1IIGA 2VXNA 1H60A 1FUYA 4OE7A 3L5AA 1GPWA 2QDGA 2FPTA 4POCA 3KVJA 3TMLA 1BEUA 4LVGA 4GWEA 1V7YA 2WPBA 3LCHA 3P61A 3PSWA 3TSMA 5IBXC 1KFEA 3RLVA 2ABAA 1VCFA 1ME9A 1A5CA 3S5NA 2NWRA 1WBHA 2RH9A 4LW7A 3HG4A 5ABTA 1W37A 4K36A 4CQ8A 1FCUA 4DO4A 2OJPA 2PCQA 2AGKA 4G1KA 4JTIA 3GDRA 3EX2A 2A1YA 3MP5A 4K39A 2Q3RA 4AB4A 3HGOA 4UMCA 2G95A 2DJLA 4MKNA 5CPNA 5K3VA 3UWWA 5LKYA 4AEOA 3JRKA 3IVUA 3STFA 3U2OA 4CNOA 2QAFA 4AHQA 1F5ZA 1I45A 2ZQ0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4TXE A;  1FDY A;  3AZS A;  2OT1 A;  1A3W A;  1F76 A;  1QHP A;  1T7L A;  1QWK A;  3T08 A;  4E8D A;  4AZ6 A;  1XYC A;  3PZV A;  3FYO A;  1E4M M;  5AHI A;  3NQB A;  2WCG A;  2SFP A;  2JQX A;  3N6Q A;  4JDY A;  3KXQ A;  3T55 A;  1IXQ A;  1RK5 A;  1QW9 A;  1WKY A;  4WVX A;  3NQ7 A;  4AFY A;  3VX1 A;  3NDZ A;  2TMD A;  1ME7 A;  4HMC A;  1LOQ A;  3NM1 A;  4WSH A;  1ICP A;  1UML A;  3TXV A;  1FOB A;  2QUM A;  5HK4 A;  4KFP A;  3PNU A;  3U2Z A;  4GIE A;  3IRD A;  5T8G A;  4OUE A;  3SIZ A;  3TCS A;  4HMN A;  4PRW A;  2D22 A;  3UF9 A;  5T26 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2EHHA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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