2F84 | Genus

Total Genus 118

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	118
sequence length	323
structure length	323
Chain Sequence	MGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__726331524280011__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__726331524280011__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2F84/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__726331524280011__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"726331524280011","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2F84/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__726331524280011__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Crystal Structure of an orotidine-5'-monophosphate decarboxylase homolog from Plasmodium falciparum rcsb
molecule keywords	orotidine monophosphate decarboxylase
total genus	118
structure length	323
sequence length	323
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2005-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2f84A00

3EWWA 1OFOA 1T0OA 3WK1A 3PSWA 4PODA 5A8GA 2Y7FA 5EL1A 5F2GA 3TQVA 3L0KA 4ONVA 3IIZA 3NQ7A 5C55A 1EPXA 4GWEA 1QOPA 2DJLA 3MHGA 3HG5A 3W1XA 3UWYA 1LM1A 2ALDA 2XN2A 4Q4KA 2ZTJA 3HBLA 4BWLA 3G1HA 1VYRA 1YXYA 4O4VA 1I2NA 1NEYA 1LOLA 4BFAA 4W9TA 3TDFA 3KFTA 2QCHA 4A2RA 3N9RA 5H91A 3A9IA 3D0CA 2ABBA 5FESA 3C61A 3TFXA 2DZWA 4N6EA 3P74A 3IEBA 3LCFA 4FF7A 4DXVA 2GQAA 3DFNA 4HT3A 1XI3A 4AWTA 2WSYA 2RKXA 3TAOA 1LRQA 1UB3A 1GT8A 5C54A 3PUOA 1HFBA 3M0ZA 3BW3A 1OX6A 1MEIA 3CHVA 1H7RA 4JX5A 3G24A 5F1VA 2QUVA 5FI8A 1K8XA 2WV8A 1GZGA 1JCXA 2DZPA 4EVZA 2E6FA 5FF3A 1VQTA 3MI2A 1XUUA 5HJLA 3GR8A 1OFEA 2ZRXA 4GUJA 4LVBA 3A5FA 5KITA 5SWUA 2WNNA 1ZALA 1H63A 5H2ZA 4XBSA 2GVLA 3DFTA 2NUWA 3L0GA 2FFCA 5D37A 4MVAA 1ZENA 1UUMA 2DP3A 2CLIA 4TO8A 4RK8A 4NZFA 3G3DA 2ZDRA 1YPIA 4NJKA 3IIOA 3LHUA 4WY0F 2J9XA 5TIMA 1ZAIA 4NJHA 2A6NA 3TK7A 2UV8G 3S1UA 5CPNA 4Z08A 3W1TA 3TV8A 2QCMA 1DJQA 3SGZA 1ZFJA 3C56A 2A2IA 3W2KA 3LXCA 4K36A 5J5DA 5TQLA 3I7SA 3GIYA 3NO5A 5E0KA 3B0PA 1O4UA 1SZEA 3WJXA 3QW3A 2V2DA 1FXPA 2XN1A 3IRDA 3GAYA 1G4TA 4DF2A 3CIWA 1OG0A 5D2YA 1GEQA 1Z41A 1Q6OA 2NWSA 1ML1A 1SO3A 1QFEA 3NG3A 3NQDA 3P7YA 1ICPA 1EUAA 4DPQA 4RCXA 4N4QA 3TC6A 2NV1A 4RX0A 4UFKA 2Z6IA 3CPRA 2JKPA 3O6CA 3LLFA 5LNUA 3BV4A 3E49A 1CI1A 3F4WA 1KLZA 3FKKA 3W75A 4BI6A 3FLUA 3GDTA 1MEHA 3EX2A 2J27A 4E38A 3LDVA 4HNTA 1VRDA 2Y61A 2PRHA 5E93A 3M5YA 2B7OA 3NL5A 3W7HA 3HIJA 5BNKA 4NNAA 4TMBA 3W7NA 2XFWA 1L6WA 3G1XA 1P4CA 1GJPA 4OE7A 3OVQA 3G22A 3OG3A 3RNDA 2J9ZA 5LKYA 3L5MA 4Y8FA 3NZ1A 1MEWA 3HG3A 1WA3A 3HPSA 1LYXA 3BG9A 3M5VA 4ZZ9A 1KBIA 4M6PA 4OT7A 5U4NA 3FJ6A 4GXMA 1P5BA 2ZTKA 3EWUA 5BW6A 4UIOA 3QF0A 1FCUA 1SW3A 1RV8A 2YGYA 2DZSA 2ABAA 1B4KA 2ZBTA 2FQIA 4O54A 4S1FA 1NAL1 2A1YA 3R12A 2C16A 3M9YA 4ADTA 4O53A 2PCQA 3CU2A 4S2CA 3W87A 5C6MA 2J6XA 3B8DA 4O1AA 3HGOA 2VFIA 2A7PA 2WSQA 4PA8A 2E5DA 1FXQA 3O6YX 4MY1A 2ISWA 2ATMA 3S5OA 1GYLA 1VPXA 2CLHA 2VFDA 2AGKA 4C1KA 5FF7A 1W5PA 5T26A 1TREA 1YTKA 3MI3A 3HPZA 4Y9AA 1XCFA 2QAPA 5EY5A 3P80A 1VCVA 4LS0A 4MLJA 4YL2A 1FDZA 2DZTA 3MP4A 1DV7A 5DLCA 3KVMA 1KTBA 3I65A 3U8GA 1O95A 2GJNA 1RQEA 2C19A 3NOEA 1K02A 5IBXC 2CFFA 4RR4A 1H50A 4I7VA 2V8ZA 2ZRYA 3W2UA 3PC0A 3DGRA 1OHLA 5ABTA 4LRTA 4NJJA 5K2ZA 4NZJA 3NQ2A 2V2CA 3UD6A 4ICNA 3TU9A 4BWLC 4LS1A 3V75A 4WXZA 4EF9A 3O07A 1K7EA 3STCA 2H3BA 3NM1A 3PBWA 3E02A 5BOOA 3NNTA 3OEXA 3NQMA 1TYGA 3HMJG 1G6CA 3EKLA 3G1DA 5DN1A 2Q8ZA 4PL2A 3A23A 1LBLA 5AC6A 3RFAA 2ZZ2A 3PG8A 2Z2UA 4U28A 1FUYA 2FIQA 4JTSA 1B57A 1VLIA 4R33A 1KA9F 1W37A 3Q58A 2Q3RA 1EP3A 3GNDA 1OJXA 1J5TA 2BZNA 5LSMA 4WXYA 4O14A 1D3HA 3PBVA 3FOKA 3TFCA 1IXPA 5I3HA 1WOBA 2E09A 3G18A 2FJKA 1CX9A 2GOUA 4WUIA 3AJXA 3HG4A 3IGXA 3CEPA 1LLWA 1XFBA 5D2XA 5CSRA 1JCLA 1UCWA 4IQLA 3M7WA 3TE9A 4O1BA 2Y88A 4E0CA 4JN6A 1RPXA 4LC6A 2Y7DA 3W07A 2OCZA 2YSWA 3DFSA 3GX9A 1G7VA 2A0NA 3HQ1A 4WOZA 3SJ3A 1D9EA 4IJBA 4QIUA 1PVNA 3DI1A 3N14A 1Q45A 1F2JA 1HO1A 3VKJA 4OBTA 5G4WA 2PRLA 4FHAA 2NXHA 3TROA 2R91A 2A85A 2CZ5A 1TRDA 5HULA 1H5YA 3S9YA 4NX0A 3FIGA 4FO4A 5I3FA 3UZJA 1H7XA 4QNWA 1H51A 1FCQA 3LTSA 3QQ1A 5D05A 2C1HA 3NQEA 4M6QA 1PHQA 3BLFA 1R2SA 1LBMA 3O16A 4DO6A 3NPUA 3G8EA 2R14A 1KM2A 1WV2A 4K37A 3PR2A 3C8FA 1WX0A 5CZTA 1ZY9A 1FWNA 4FEZA 1THFD 2ZQ0A 4Y90A 5D2VA 4EF8A 3PUDA 2JKAA 2QCDA 3CTLA 3BO9A 1CW2A 4CCCA 3S1VA 2BTMA 4YWIA 4FX8A 1FWWA 3W71A 5EA9A 1KTNA 3SGUA 3MHUA 4AHOA 3MW7A 3QSRA 3RK8A 1IXNA 4GUIA 5DCBA 4D2JA 3W88A 3A21A 5D2TA 4B5NA 3FFSA 2GQ8A 1XBYA 1DQXA 1WDWA 2VFHA 1L6YA 3P8JA 1W56A 1EX5A 2P10A 3TIMA 1XKYA 4LVGA 4O8RA 5HINA 1MXSA 3VCRA 2QDHA 2JBMA 3R2GA 3LCIA 4KWVA 1SU5A 1AL8A 3W7DA 1IF2A 1ZNNA 4DO4A 3QJAA 4ZQPA 5E1QA 4JY9A 3UY8A 3TKFA 5HNRA 1I2RA 4MZ8A 2VXNA 4Z1DA 3NPVA 3T55A 3LGEA 5EBUA 3W1LA 5BMXA 1F6PA 2DU2A 4LRSA 4IMDA 3RMJA 3MWAA 1TTJA 2NXGA 4I7WA 1A5BA 1VLWA 1M7OA 4HSNA 4BI7A 3QPZA 4HPXA 3LXBA 2WNZA 1H7NA 3W70A 2C13A 3BARA 4ZMGA 4IPJA 3S0CA 2PE4A 3LCGA 5AN7A 3W1UA 3W7GA 1P0KA 2PRMA 3LB0A 5CZ0A 3P67A 4LU0A 3SR7A 1F6KA 3NQAA 2QCLA 2H8ZA 4RZ5A 1WBHA 4FXSA 3Q94A 4K39A 5FF0A 5LNWA 1IXOA 3Q2DA 4O15A 1WQ5A 1XM3A 5CPMA 5DXXA 3O1NA 4K38A 2YX0A 1KV5A 2CLMA 1JVNA 2RDWA 5DY3A 4JR5A 6TIMA 1SQ7A 4O11A 2QR6A 2J24A 2VKZG 1X6UA 5CZJA 2FB2A 4HNVA 1KM0A 1J4EA 1KFEA 4R7JA 5DELA 3PULA 4NJGA 3PG9A 5C2XA 4LS2A 3RF9A 2QJIA 4AWUA 4IUOA 3NR0A 1JRCA 2CW6A 4UTJA 4K8HA 3SECA 4HSOA 1T99A 2ZRZA 2QUUA 4O1DA 1QPRA 3GDLA 3DBPA 5CZSA 1ME9A 3UQNA 2OZ0A 3QH2A 5CG7A 4HIBA 2B7QA 5HWMA 4UFHA 1TJRA 4NXSA 4ZQOA 4AF0A 3W7QA 2XN0A 2Z6JA 2C15A 2YXGA 4GJ1A 3WK0A 2E1DA 1L2UA 4N9DA 1R2TA 4WD0A 1G4SA 3UXAA 3N73A 3R5EA 8TIMA 2X2GA 5EYWA 4AHQA 3G0XA 1GTEA 3OBKA 4MLRA 1ALDA 4QNEA 4Z0JA 3OVRA 4JX4A 1TJPA 4JTFA 2NX1A 3LLDA 5AC8A 4TMCA 2OT1A 3TSBA 4X3ZA 2AAMA 1HUVA 5G2HA 4UNKA 2B4GA 1QMLA 1YXDA 4JEQA 5CKSA 1C9DA 1A5CA 2EAWA 1TCDA 5D33A 3IV3A 1X7FA 2EHHA 3GK0A 3PBYA 4PFMA 4NXKA 2NX3A 1N7KA 2F84A 3W2NA 2A21A 4EIVA 3C2VA 3W7KA 5AHFA 3LHYA 1BWLA 1F7BA 3T44A 1TV8A 4O1CA 1EWDA 4CNPA 1H1ZA 5DXYA 4FNTA 2CU0A 4RXGA 1TO3A 3ABQA 1JCNA 4WJEA 2ISSA 3NVTA 1TQXA 1GQNA 1QNVA 4L4MA 2VENA 3THAA 4FB7A 3B0VC 1OYCA 3KVJA 5FF4A 2C6QA 3RU6A 4HN4A 3VNDA 4UR7A 4QQ3A 3KAOA 2V0TA 1YXCA 3CEUA 3VE9A 3JS3A 3HGSA 3P5ZA 2P0OA 4N9BA 1LP6A 3EWBX 3EX4A 4UMBA 1A5SA 4ZQMA 4N2YA 3GNNA 2E77A 4MY9A 1GVSA 3Q37A 1M7PA 3LM7A 5LZLA 3LCHA 3HF3A 3W72A 1X8FA 1LRTA 3MO7A 4MUZA 3RLVA 1TPB1 4ZL1A 1ADOA 3BGJA 2G5WA 3P8IA 4MZ1A 4O28A 4CLMA 3FYPA 5AYYA 1UJPA 4Q33A 2B7NA 4UTTA 5AHLA 1QO2A 1NF0A 3NGJA 4NT0A 3SW6A 2A6LA 3TAKA 3BPWA 3SFKA 3A24A 4UFIA 4JTJA 1QWGA 3QMSA 4XKYB 1AK5A 3N2XA 4CCEA 1YDOA 1E51A 3VFLA 2TMDA 2CLOA 1TTPA 3FJLA 4C1LA 2WSRA 2J88A 4A2SA 4UTWC 1SR9A 3R13A 1XDLA 4RKAA 2PC4A 4O4WA 4O16A 1J2WA 4Z1CA 1TPH1 1TPVA 5K4XA 2VFFA 2GPTA 1KFCA 4QJ1A 3W6YA 1JULA 2YDAA 1SZFA 4E2DA 1OX4B 5C5YA 1F76A 4PEKA 2ZZ3A 4NVTA 3WK3A 4Z1AA 3W2LA 3HGJA 1AMKA 1W8SA 3NA8A 4X22A 3BG3A 4WQ6A 5AYXA 3NAVA 3W7RA 1XBXA 1TV5A 4JGDA 3WJZA 3F1QA 3QEZA 1QDSA 1K7FA 4JTEA 3MP3A 1SW0A 2GQ9A 4RZ4A 1QAPA 3QRHA 1QPOA 3WJSA 5GVJA 4AAJA 4AEOA 1HTIA 3B05A 1BWKA 5LGZA 1LRNA 3ZWTA 1NVMA 5DBUA 3BLIA 1TSIA 2W79A 4JICA 1FX6A 3HPXA 4QAIA 4YXGA 5EPDA 3MJYA 4ORMA 3GB6A 4ZQNA 5F4SA 4NNBA 3PBUA 1W5MA 4MJMA 5D38A 4GNJA 1VS1A 2ZZ7A 4BF9A 5CPLA 1WAUA 1R30A 1YDNA 1O5KA 4YCPA 3DH7A 5AFDA 2QAFA 4Q32A 4LVFA 4WX2A 3QPYA 1WOAA 1GVOA 1S3HA 3UXDA 2E6DA 3C2RA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4ROP A;  4HOZ A;  3O7U A;  1EJ7 L;  1EEP A;  2HNE A;  1KRA C;  4HK5 A;  3LPO A;  1Q6Q A;  5IM5 1;  3EEZ A;  1HJS A;  1CGV A;  4LF2 A;  1Z48 A;  1HL8 A;  3LCL A;  2W4X A;  4UTM A;  1LOR A;  4JXC A;  3BTN A;  1P1X A;  1W3H A;  3VIL A;  4H1Z A;  1OX4 A;  3MDU A;  5C9Z A;  3WJY A;  1UWR A;  3XIM A;  4A29 A;  1EF3 A;  3T07 A;  1V02 E;  3CUF A;  4O10 A;  3OBE A;  2TYS A;  2INZ A;  3O63 A;  3ABR A;  3A6O A;  1TE6 A;  4ENL A;  3E38 A;  5CPO A;  4BJH A;  3LCW A;  4PRR A;  3MSR A;  4DBE A;  3GW0 A;  1AQF A;  3ARW A;  3GXT A;  3W2J A;  1GGO A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2F84A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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