2FB2 | Genus

Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	327
structure length	327
Chain Sequence	EQIKDKLGRPIRDLALSVTDRCNFRCDYCMPKEVFGDDFVFLPKNELLTFDEMARIAKVYAELGVKKIRITGGEPLMRRDLDVLIAKLNQIDGIEDIGLTTNGLLLKKHGQKLYDAGLRRINVSLDAIDDTLFQSINNRNIKATTILEQIDYATSIGLNVKVNVVIQKGINDDQIIPMLEYFKDKHIEIRFIEFMDVGNDNGWDFSKVVTKDEMLTMIEQHFEIDPVEPKYFGEVAKYYRHKDNGVQFGLITSVSQSFCSTCTAAALSSDGKFYGCLFATVDGFNVKAFIRSGVTDEELKEQFKALWQIRDDRYSDERTAQTVANRQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0368003070646847__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0368003070646847__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2FB2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0368003070646847__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0368003070646847","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2FB2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0368003070646847__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfcf61cb014550d5621a9e3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfcf61cb014550d5621a9e3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfcf61cb014550d5621a9e3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfcf61cb014550d5621a9e3/pdb.gz): 269 ms

reading 327 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

327 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:326});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Ligand binding protein
source organism	Staphylococcus aureus
publication title	Binding of 5'-GTP to the C-terminal FeS cluster of the radical S-adenosylmethionine enzyme MoaA provides insights into its mechanism pubmed doi rcsb
molecule keywords	Molybdenum cofactor biosynthesis protein A
total genus	105
structure length	327
sequence length	327
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.99.22: GTP 3',8-cyclase.
pdb deposition date	2005-12-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04055	Radical_SAM	Radical SAM superfamily
A	PF06463	Mob_synth_C	Molybdenum Cofactor Synthesis C
A	PF13394	Fer4_14	4Fe-4S single cluster domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2fb2A00

1KM4A 3WK0A 1NVMA 5SWUA 1AK5A 1FWWA 4GRSA 3L66A 1LROA 4LU0A 4DELA 1YTDA 4MJZA 3ZWSA 3T40A 3UWZA 2QR6A 3CT7A 3ABQA 3N3MA 3T4CA 4NJHA 1TB3A 4NJGA 1DQWA 1VGAA 2WSYA 4IOTA 3KRSA 1ME7A 4FNQA 2BXVA 1XXXA 1ZAIA 3MHGA 3NM3A 4LRSA 3DFQA 1TPWA 2ZRYA 2YW4A 4WOQA 1B57A 3C3NA 4ZVJA 2QUTA 1LP6A 1SO3A 3TSBA 5F4SA 3G0UA 3S8HA 1XBVA 2YW3A 3FKKA 5FESA 2V0TA 3W7DA 3KVMA 2H3DA 2QCCA 2VEMA 1EPXA 4WXZA 4JD4A 4FNTA 2J9YA 3UZJA 3MYOA 3DAQA 3VI2A 4LUIA 2E6DA 3LGEA 3W7GA 2FQIA 4K7VA 2C18A 3B04A 3LCWA 5D09A 3QEZA 3IGSA 3DBPA 3TC6A 4DF0A 1PHWA 3LTSA 3UPBA 3RK8A 1K3UA 2E77A 2NX3A 1JULA 3DFTA 1IIHA 1VYRA 1UJPA 4WY0F 4XKYA 1GJPA 1Z48A 3BG5A 4IXXA 5AB3A 1W8SA 2J88A 1SSGA 4XZ9A 3OHIA 1SW7A 3L0KA 4DPPA 1O95A 3MO7A 4Z0JA 3W23A 1GYNA 4UXDA 3TMLA 4HNTA 3DFSA 2BLEA 2V8ZA 2X1TA 5EMUA 4AAJA 1KFCA 3HOJA 5J5RA 4NXSA 2XN1A 4XBSA 1Q6RA 3OA3A 5C55A 1VLWA 2DZWA 3HGSA 2WNNA 4ICNA 3BGJA 1PIIA 4RZ6A 3NZ1A 4UTMA 4MOZA 2DZPA 1TPH1 2ZZ5A 1KTBA 2NLIA 1TO3A 5E1QA 4UTWA 2FIQA 3CM4A 3M5XA 1GG1A 4RXGA 1HFBA 2Q8ZA 1FCUA 4LVGA 2GJLA 3G1VA 3W7MA 4NJJA 2BTMA 2VFDA 3NQ6A 2DORA 1TTIA 1DL3A 5D03A 2ISSA 4GJ1A 2GQ9A 3PC0A 1QPNA 2BZNA 1VQTA 1OFAA 4K6AA 3C61A 4JN6A 3DFPA 4FIRA 5DXYA 4CQAA 4N6EA 3WJYA 3NL5A 1VHNA 3STEA 1G6CA 3BLEA 3QPYA 1J5TA 1JCMP 1XBYA 1JUEA 4UIOA 4JNMA 4MKNA 4XTIA 5K9XA 1OX5A 2YX0A 3S5NA 2C16A 1JUKA 3GNDA 3CC1A 4IGHA 3IVUA 1MZHA 1MEHA 3B0PA 1XFBA 4BF9A 4Y96A 3NQMA 3VNDA 2ZRXA 1XDLA 1FXQA 4O15A 4NJKA 4UNKA 3QRHA 3LOTA 5HUOA 5HINA 5D02A 3NL6A 4WZHA 4NU7A 4YXGA 2GVJA 4Z1CA 3W2JA 1MEIA 3NQFA 1CI1A 5AYYA 3MP5A 1FWSA 3WJXA 4FNPA 3TQVA 1GT8A 1GWJA 3QMRA 4XQ6A 5EL1A 1K7XA 1F6KA 5LZLA 3PM6A 4JY8A 4I7WA 4KKXA 5AC8A 2CLFA 1EP1A 1GYLA 4N9CA 4YCPA 2QCNA 4UTTC 3LV5A 1M5WA 5CZJA 1KM5A 3TXZA 2A7NA 2C14A 3PBUA 3PBYA 1ALDA 1JR1A 1YDNA 3IIXA 4CQ9A 2FPVA 1WX0A 2Y7EA 1QOQA 3HGOA 2B7PA 4JR5A 4HNUA 1LBLA 3BG3A 1TTQA 2DU2A 2EF9A 3SIZA 3HGRA 1W31A 3I68A 5U4NA 4LRTA 1T96A 4BFAA 3MHFA 2ZZ7A 1C9DA 5G5IA 2GJNA 2QUUA 1BTMA 3TQ0A 4GE8A 2E09A 1KM0A 1ZFJA 2OCZA 3A23A 2VKZG 1TTPA 3GXPA 1KFBA 1W3IA 4IUOA 2O7SA 1VHCA 2NUYA 3DH7A 3C2OA 1TQJA 1D3GA 1VH7A 2A7RA 3P82A 3MI2A 3HPZA 2WV8A 3GLCA 1X6UA 3RLUA 1W5MA 4WD0A 4ORMA 2WPBA 1G4SA 3W2LA 3S5ZA 3BPWA 3HG4A 4OHQA 1P0KA 3W7LA 2ABAA 4JTJA 4JYEA 2NV2A 2YYUA 2DP3A 3M41A 2QCDA 3P8IA 4MFDA 3R2GA 2VELA 4OU1A 3M7WA 3P81A 3EXTA 3N14A 5CG7A 2G96A 4LWWA 4O8RA 3UZ5A 1WBJA 3LHYA 3R5EA 3G1AA 2RDTA 4R33A 3CEUA 1YXDA 1ADOA 1Z42A 1EUNA 3NQVA 4MZ1A 2Z6IA 1UUMA 3NQ2A 1DJQA 4QIUA 3LHTA 4S2BA 5KZMA 3S0CA 3NZRA 3CLMA 3FIGA 1FCBA 1VJIA 1AMKA 1VR6A 2R91A 1Z44A 3GYEA 3HQ1A 3TK7A 3S1XA 4JIPA 2DZUA 3MBFA 4UC5A 4HIBA 1T99A 5EA9A 2BWGA 1AW2A 1P1XA 3TNOA 5BW6A 1LRQA 2PURA 3TCEA 4TU1A 1JRBA 1B4KA 1A5CA 1FDYA 1JQXA 4UR7A 4N6FA 2GQ8A 3C4UA 3GKFA 3W7JA 3GDLA 2R14A 3LTPA 4DF1A 1TYGA 4IMFA 5U7SA 1RPXA 3CIWA 4TMCA 2YPIA 4IWWA 3W22A 1J4EA 2ABBA 3WJWA 2CFFA 1XDMA 2PC4A 4LOCA 5AHFA 1OX4A 4PFMA 1NSJA 1OK4A 1QR7A 4ONVA 3W75A 4M6PA 1AW5A 3TC7A 3QSRA 5LGXA 3DZ1A 2G97A 4A22A 4ZQNA 3B05A 2Y7GA 3MUXA 3DFOA 2CZDA 3M44A 3NQ7A 4ZL1A 2RHGA 2I1OA 5D05A 4BWLC 2A5HA 3W1XA 5FEPA 3L0NA 2QCGA 4ZQRA 1BWLA 3NOEA 5EKYA 3G8EA 1ZAHA 2X1RA 4FNUA 4UFHA 2J9XA 3C8FA 3IGUA 3P5YA 4Z1DA 1VYPX 5I3HA 4M6VA 5FF7A 1SO5A 4ML9A 5DY3A 1I2OA 4YLWA 3CU2A 1OYCA 4O11A 1KLYA 3SI9A 2ZRWA 4WJEA 2HS6A 3ZS4A 5E0KA 1TPEA 3FKRA 1SO6A 1KM3A 2W6RA 4JX5A 1I2RA 4L4LA 2TRSA 2QAFA 3CQ0A 1TJRA 2H90A 3GR7A 3LRMA 1H50A 3P5ZA 4JTKA 3C0JA 3F1QA 2QKFA 4RX0A 1G4EA 3BV4A 4R34A 2ZZ4A 2DJLA 4FX8A 5D32A 4O10A 3NPVA 2C19A 4TMBA 1YDVA 3STFA 3PSVA 1EUAA 5FEZA 5G2HA 3TDFA 3PUEA 2WNQA 1N7KA 3EB2A 2CZFA 3W1UA 2NWSA 3KRZA 4UR8A 1GVOA 4CNOA 3M5ZA 5GVJA 1EEPA 1FUYA 1OG0A 3L5AA 3O6CA 1H7OA 2ZQ0A 1L6SA 3GNNA 3N2XA 2ZRZA 2PRMA 1EIXA 4UMAA 3C2EA 3S5YA 4MY8A 5H2ZA 1UBSA 4FX6M 5DBTA 3RF9A 2FPTA 2YYTA 5G4EA 5D33A 3G1DA 4GBUA 3Q37A 3GK0A 4Y9AA 4OE7A 4AEOA 4K8HA 4CCEA 2ZZ2A 1EB3A 3HPXA 2E6AA 4LS0A 2DJXA 2RH9A 3W70A 1H7PA 4J9JA 3LLDA 3MMTA 1W3NA 3QF0A 1JCXA 4I9AA 4Z1AA 1GZGA 3N34A 1C8VA 1FQ0A 2H8XA 2JGYA 5DCDA 3O15A 3QSTA 4ZQOA 4PC8A 1AG1O 5EY5A 4EOUA 3PWAA 3WK3A 2DZTA 3W6YA 1KTCA 1L6WA 3LXBA 2E1DA 4BK9A 1YYAA 1S3HA 5CSSA 2ZFAA 3C2FA 1FY6A 3F4NA 3GDRA 4N2YA 3NQEA 2ZZ6A 3W1MA 4GUFA 1SZGA 5BNKA 1KTNA 3NQ8A 4O0KA 5TIMA 1VCGA 4Y90A 3FOKA 5DCBA 5CKSA 3EWXA 2W0UA 2J9ZA 3W74A 5I3JA 5CPNA 5BMWA 1M7OA 3O16A 3B0UX 4UTLA 3BW4A 2WJZA 4EVZA 3W2UA 4PH6A 4NJIA 4CNNA 2HSAA 1QNVA 2GVGA 1RVGA 4O28A 4OBTA 5H91A 4DF2A 4HT3A 1TREA 3TW7A 1L2UA 5F1UA 4O16A 1AL8A 3PF3A 3GAKA 5HJLA 2Y70A 3LLFA 1JRCA 1VPXA 3BLFA 3LHWA 1VZWA 4DXVA 5AYXA 4NQ1A 5AN7A 3HGJA 3KRUA 4LS1A 4DO4A 4ADTA 1MO0A 2VEPA 3O1NA 3W9ZA 4XTDA 4IPIA 2E6YA 1X7FA 4QM1A 1TV5A 4WUIA 3TKFA 2EAWA 1PHQA 7TIMA 4OWGA 1TV7A 3P67A 5FF0A 1D3HA 4AHPA 1A5BA 3UY8A 5K3VA 4JX4A 5F4WA 4FNSA 4Z08A 1V5XA 2DZVA 3MHUA 3ELFA 1RQBA 4AWSA 1PL9A 2QJHA 1MSSA 4JTGA 5ABTA 3FJ6A 5HR6A 3USBA 3R13A 1TPUA 2B7QA 3JS3A 2EGZA 3HJZA 3PB2A 1PCKA 3S6DA 3KOFA 4JTEA 3PBWA 1ICSA 3JR2A 4MZYA 2C15A 3W2NA 1U83A 2C0AA 3W83A 3EWYA 5AHMA 1FX6A 3OIXA 4Q33A 4RV8A 3H54A 3EKZA 1THFD 5IBXA 3HF3A 1H63A 1QOPA 3E12A 5BMXA 5I3IA 4LV9A 4MFEA 3IRDA 1B9BA 4YWIA 4ADUA 1DVJA 2QDHA 3UWVA 4AMAA 2AGKA 1Q6OA 1G69A 1TMHA 1W3TA 4ORIA 2DZXA 3TU9A 3O6YX 1IXOA 2A85A 4FXRA 1TPVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2FB2A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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