2FDS | Genus

Total Genus 126

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	324
structure length	318
Chain Sequence	HFKTKLKNRRNEVNTCLCIGLDPDEDDIKNFMRNEEKNGYKNVKNNMNNNNRIENVIKIGKEILLTDEENIENLSEEDKFFYFFNHFCFYIINNTKEYALIYKMNFAFYIPYGSVGINALKNVFDYLNSMNIPTMLDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTINVYMGTSMLKDICFDYEKNKYYSAYVLIKTTNKDSFIFQNELSINDKQAYIVMAEETQKMATDLKIDQNNEFIGFVVGSNAFEEMKIIRNKFPDSYILSPGIDLYKTLKNGYNKDYEKLLINVGRAITKSPNPKKSSESYYNQIIQIFKDIEN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. pubmed doi rcsb
molecule keywords	orotidine-monophosphate-decarboxylase
molecule tags	Structural genomics, unknown function
source organism	Plasmodium berghei
total genus	126
structure length	318
sequence length	324
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2005-12-14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2fdsA00

1DBTA 4GUHA 4AF0A 1QFEA 3S0CA 4LTSA 3LERA 2W6RA 2YW4A 1SW3A 3QSRA 3CT7A 3MHGA 1KM4A 1LBLA 3L5AA 2TMDA 1TSIA 5EA9A 4FXRA 4JEQA 1Q45A 2CLHA 2GQ8A 1Z48A 2IQTA 3N14A 4TR9A 5K4ZA 2VELA 3HOJA 3BLIA 4JY8A 4Y6GA 1XI3A 1OG0A 2E77A 4O10A 3TW7A 2V0TA 5G2IA 3DHDA 3LCWA 1GYNA 5G5IA 1QO5A 4LS1A 2UV8G 4EIVA 4DF1A 3N9SA 3NQCA 2TRSA 5C55A 3P67A 4PA8A 4MIMA 3P84A 2WOQA 2C3ZA 3N2MA 4JYFA 4FB7A 4DBEA 3CM4A 4JR5A 1NAL1 5DY3A 1NVMA 2I14A 5I3HA 1TJRA 2JK2A 1G7UA 3W7CA 3BVJA 4Z08A 5FEWA 4NNAA 5D32A 1JCYA 3L67A 4R34A 3G8RA 3B05A 5EKYA 3P8IA 1WOBA 4XQ6A 2B7OA 5EY5A 3HF3A 1EEPA 1PHQA 4CQAA 1HO4A 1H7NA 4PEKA 3L0NA 1WAUA 3G0SA 1WA3A 1XBVA 3GDTA 4NJIA 2V82A 2LLEA 4UTUA 4GWEA 2ZZ6A 5G4WA 1K02A 1K7FA 3TSBA 3A5VA 4R53A 4EVZA 4AF0B 1JUBA 2CZEA 1TPEA 4JYDA 4XBKA 3B0UX 3UWZA 1PL9A 1JQVA 3KRUA 3M44A 3MP4A 3W83A 2A2IA 1I2RA 2BWGA 3A23A 2VEPA 4IX0A 3WJXA 4EF9A 1GVOA 1F6PA 1GEQA 1UB3A 2ISWA 4FNRA 3W6YA 3SECA 1GG1A 4LV9A 1GVSA 1OABA 4O4WA 1VQTA 3G1DA 3LHVA 3G3MA 2OZ0A 5H91A 1TB3A 3GR7A 1KM0A 1R47A 3S1UA 2QUUA 2QUVA 3LHYA 4S1FA 4JX5A 2RKXA 1WV2A 2QEZA 1DQXA 1AL8A 4JTGA 4DO6A 3WJZA 3HGSA 3NNTA 3G1SA 5HWMA 3M16A 3LHTA 5K9XA 2WSYA 2CFFA 3HGJA 3MBDA 4LVAA 2FJKA 2V8ZA 2DZSA 4EOUA 1J4EA 2ZDRA 3W7KA 3HBLA 3NXFA 2Q8ZA 4G1KA 1LM1A 3F1QA 1ADOA 2WNQA 5L6UA 5CPLA 1HO1A 2X16A 2YGYA 3O8AA 3O1NA 3GZ3A 4H4IA 2FIQA 2HSAA 3W87A 1GWJA 5E93A 4QISA 2XN1A 2Q3OA 4UMBA 3W86A 5HJLA 2NWRA 3TMQA 4NX5A 4O1AA 2R14A 1QPNA 5D03A 2CZDA 3QM3A 2F84A 1X8FA 5D2XA 1O95A 2A7PA 4JS3A 3KHJA 5D04C 1FCBA 3G18A 2CU0A 1DKWA 2EF9A 3NQAA 5EYWA 3EX4A 3PVFA 1Q6RA 1V5XA 3IGUA 5AYXA 3EX3A 3SFKA 1C8VA 4KWVA 2ZRXA 4RX0A 2B7PA 1SPQA 1DV7A 3RLUA 3GDLA 3TXVA 1OFRA 3KAOA 4HKPA 1YPFA 5D33A 2P1FA 1Q6QA 3UWYA 3EWXA 4KWWA 1JR1A 4E0CA 4Z1CA 1ZENA 1TPWA 2FLIA 2YDAA 2AGKA 3W1XA 1FWSA 3JRKA 1RR2A 3PSVA 1XC4A 3TR2A 2NXGA 1K03A 1Q3NA 4KKXA 4TO8A 4JTIA 3CU2A 3SI9A 4QAIA 2Y6ZA 4ORIA 5LZLA 3QFEA 2Y7DA 1UJPA 3NQ6A 1VLIA 4O1BA 5C54A 1EUNA 2CZFA 1LYXA 5LHEA 4QNEA 4GUFA 3P5YA 1VLWA 2ISVA 3HPSA 1K7EA 4K38A 3W71A 4JTSA 3DFQA 4QJ1A 5CZJA 4Y9AA 4LC6A 4BI7A 1FXQA 1VYPX 4N02A 2JGYA 4FF7A 3VNDA 2J88A 4LUJA 3S8HA 2EGZA 2Y7EA 2ZZ5A 1UUMA 1TPC1 3NEVA 2Z0IA 4M6PA 3MW7A 1L6WA 3LBMA 3DXIA 4WOZA 1G4PA 1ML1A 1YDOA 4N4QA 4S2BA 2B4GA 1GPWA 1OFPA 1XUZA 3WJSA 2CLKA 4MYXA 1LRNA 1G4EA 1L9WA 1JJKA 4RZ4A 4PC8A 4MY9A 2A0NA 1IXPA 3IVTA 5HWNA 2G95A 4UTTA 2RH9A 4BFAA 4ZMGA 1LTDA 3U2OA 3G1HA 1RPXA 1LOQA 1TREA 3SSJA 3W75A 3OHIA 5AC6A 4JICA 4HNNA 4IUOA 3LXCA 4X22A 4YCPA 1J2WA 3PBWA 3PM6A 1O5XA 1WBHA 2QCDA 1FBAA 1VCGA 4UR8A 1W0MA 1WOAA 1FQ0A 2ZZ1A 3YPIA 2GJLA 4DELA 5FEPA 8TIMA 4LS0A 1A5CA 2OJPA 3EXTA 1UBSA 4RJEA 5K4XA 4NU7A 2YSWA 1H7XA 4UTIA 5J5DA 1XM3A 3GAKA 4RXGA 5BRBA 1SQ7A 4A2SA 5D38A 3MMTA 1H7PA 3LX9A 5I3FA 3BG3A 1EIXA 1OX6A 3LXAA 3NO5A 4O1CA 1K8XA 5C5YA 2DP3A 3E49A 3RNDA 5LSMA 3L65A 4XTDA 5CZ0A 3RF9A 1U83A 4MPQA 2PRLA 4NJJA 1TPDA 3LLDA 3R13A 5FF3A 1YTKA 1QOQA 5KTLA 3ZR4A 3L21A 3GK0A 1XCFA 4N6EA 1ME8A 1FWWA 1K8YA 2C1HA 1I45A 3LLFA 4TIMA 3WFAA 2I1OA 1G67A 2JBMA 3NQFA 4OT7A 1OFOA 2Y63A 4RR4A 2NX9A 3D0CA 3ABOA 1LROA 2EPHA 1H1YA 1VC4A 4QQ3A 1L6YA 2WNZA 1XFBA 1FCVA 3NDOA 3DFOA 5F2LA 3KFTA 1FDZA 4O8RA 4YWIA 2NV2A 4K7VA 3PF3A 2EAWA 3G0UA 2AAMA 3GIYA 5D2YA 3SJ3A 4WZHA 2X1RA 1TYGA 3C2RA 2VOMA 5FESA 4ICNA 4MZYA 5CG7A 1OYCA 2XFWA 1WXJA 4UC5A 2QCDB 4Q32A 3NQEA 1IGSA 2CWNA 2ZRWA 4I9AA 1ZAHA 5AHNA 4CQ9A 2RDUA 4HNTA 2DZXA 4OBTA 5I3IA 5HQEA 4R7JA 3B0VC 1H7WA 3KOFA 4JTLA 3NQGA 2CZ5A 1NSJA 2WSRA 3B4UA 1RV8A 4CCCA 3PG8A 1IIGA 4ZZ9A 3BLFA 3RMJA 3N2XA 4MKNA 2A4AA 5F2GA 2PE4A 1CI1A 4HSOA 5HULA 1RVGA 1TV5A 1H62A 1KW1A 3QSTA 3DFPA 2YYTA 4DXVA 1PVNA 5BMXA 2GQ9A 5K3VA 3FS2A 3BW2A 4Q4KA 2OMAA 3WK0A 2YCEA 3QQ1A 3DKJA 3CIWA 5F1UA 1ZAIA 1P1XA 3TROA 4LVDA 3C2OA 4NX0A 1G6CA 4Z0SA 1OFAA 3L2IA 2PCQA 3EKLA 2CLLA 1A5AA 4TU1A 3W76A 4YL2A 1EP3A 1H60A 4PODA 3I7QA 2E6FA 1XKYA 1KTBA 2A1YA 3H53A 4O13A 3BG5A 2J9ZA 3W2NA 1TIMA 2NXIA 5FF2A 3W7IA 5F4SA 1HUVA 3M9YA 4QSHA 2VEIA 3NQMA 4OV9A 5CPMA 1FDJA 2H3BA 1ZHAA 4FXSA 5CPNA 2ZFAA 3IV3A 4K36A 4RCXA 1AW1A 1H50A 3GVGA 4OHQA 1LLWA 4BF9A 1ONRA 2C0AA 1MO0A 3HG2A 3T4CA 4DEFA 1FCQA 1VCVA 2WPBA 4ZQPA 3C56A 5DCDA 4A22A 3ATYA 2FPTA 1YXDA 4LRTA 4ZQNA 4HNVA 1THFD 3O15A 3MWAA 1W3NA 3BGJA 1NEYA 3EWBX 3IVSA 2C14A 3M47A 4GNJA 4JDBA 1AL7A 2BTMA 1ZY9A 5CSSA 2DJLA 1EPXA 3GDKA 1SO5A 3HGRA 4AH7A 3O63A 3N73A 1Q6LA 4FNSA 4YLWA 1GG0A 1GTEA 2ZTJA 1Q6OA 2Q3RA 3FKRA 1GVQA 4BR1A 4NZJA 1MSSA 3CC1A 4QNWA 2GJNA 1FUYA 5AHMA 1KV5A 5IBXC 2W79A 1XBYA 4JTEA 4WUIA 4M6QA 2NX3A 1DORA 1YLVA 3M5ZA 4X2RA 4U28A 1G4TA 3SR7A 4MVAA 3PBYA 4JTTA 4IQLA 1TQXA 1KLZA 1VYRA 3KVKA 2QF7A 5HINA 3ELFA 1I8JA 1H61A 4HPJA 3W7RA 5LNVA 4JN6A 1NF7A 1ME9A 3ZWTA 3B8DA 4UR7A 4JTHA 3V1PA 2F7FA 3W2KA 5LKYA 4N9CA 4WQ6A 5HUPA 4LVFA 4PH6A 1EWDA 2NWSA 3UZ5A 4CCEA 3C2FA 3C0JA 5I3GA 1HL2A 3EWZA 2YXGA 2QJGA 3LTPA 1ALDA 2GVLA 4UNKA 4XZ9A 2QR6A 1L2UA 1E51A 1KFJA 4POCA 1OYBA 3M5YA 1FWNA 5BW6A 5SWUA 5AHLA 2VEKA 1H1ZA 4LV4A 1SW7A 4LVGA 3W3OA 4UTHA 3RK8A 3L0GA 4MZ8A 2X2GA 1ICQA 4E2BA 4FIQA 1DJNA 4FEZA 1KM6A 4Z1AA 4GUIA 2CW6A 3F4WA 2CLEA 5D2VA 3FA5A 1RQEA 3SGUA 2QJHA 3NA8A 1NF0A 3OBKA 1M7OA 2X30A 3STGA 4AHPA 3CB8A 3BGGA 3GXTA 5F2IA 5LGXA 3FYOA 4C1KA 2QCMA 3KVJA 1EA0A 2CLMA 1D9EA 1QNVA 1R30A 3CEUA 3MUXA 3SGZA 4JXCA 1OK6A 4FHAA 2YYUA 1FXPA 3RU6A 1VYSX 3TJLA 4MOZA 1I2QA 4BWLC 5G2HA 2V9DA 4IMGA 2YPIA 3T7VA 1SSGA 2QUTA 1FDYA 4IMEA 2TSYA 3LCLA 1QO2A 2DZPA 4RV8A 1VCFA 1OK4A 3IVUA 3GKFA 3L66A 4KFNA 2NZLA 3TV8A 3TX9A 3HQ1A 3S5YA 3DFTA 3PUEA 4OWGA 2PC4A 3NR0A 1ME7A 3W23A 3PY2A 5KZEA 2ISSA 1KBJA 3HG5A 1Y0EA 1FY6A 1LP6A 3HGOA 4NJGA 1UCWA 3G1AA 1TTPA 2V2HA 2E5CA 1FX6A 4ZQOA 3WK2A 3CIXA 4K8EA 5AC7A 3TNOA 3L9CA 3B0PA 2DZWA 2A85A 3C6CA 1EUAA 2P0OA 4CCDA 4UUIA 5K7JA 2FPVA 5K9CA 4UFKA 3CEPA 3E0IA 4W9TA 4GUJA 2QCGA 4Y8FA 4N6FA 4GJ1A 4MLJA 3QH2A 1SFLA 2QKFA 3R8RA 4TMCA 5G1YA 3LCFA 1ICPA 2Y89A 1H5YA 2E6AA 5EL1A 2BXVA 4IJBA 3E12A 4IOTA 3IIXA 1A50A 3EXRA 1LORA 2YR1A 3QW4B 1ZNNA 4LY8A 1KM1A 3FYPA 1OX4A 5DXXA 2Y70A 4M7TA 3BK0A 5KMYA 1SO3A 3GB6A 4O50A 4PL1A 4UFJA 3UYCA 1W5MA 1TO3A 1JCXA 4FX8A 2E5DA 3NQ7A 3HPXA 5LNWA 2CLOA 3NL3A 3KX6A 1VZWA 1XL9A 2DZVA 1TRIA 2C15A 4XBSA 5BMWA 3C61A 1EP1A 4H6KA 1PS9A 2V5BA 2PURA 1KFKA 1KFBA 3P82A 1KTNA 3MI6A 4WXYA 5TQLA 2O7QA 2RDWA 1M5WA 5ABTA 2A7NA 1I2NA 3STEA 1KFCA 1W56A 2ZZ2A 4UMCA 1J5TA 4HNUA 3S9YA 1GT8A 3T78A 3W1UA 1TV8A 4AWSA 1W54A 1YADA 3G24A 4IPJA 1KV8A 3LHWA 2DU2A 1OJXA 3EX6A 1SO4A 3TK7A 4LUIA 3GDMA 4OGZA 5EPDA 3W2JA 2YZRA 1OFDA 3E02A 4PFMA 1CX9A 3T55A 1LOSA 3E96A 4NUWA 4IXHA 1DL3A 3TAKA 3PULA 3P60A 3QC3A 2C19A 2C16A 3NL5A 3MYOA 1K8ZA 4AWUA 1OX4B 2C13A 3GNDA 4DO5A 4DF2A 1M6JA 2GQAA 4FNPA 3H54A 4JX6A 4O0ZA 5EMUA 1BEUA 2A6LA 2D73A 5KINA 5I3JA 4AXKA 3EX1A 5CKSA 5D2TA 4I7WA 2Y88A 1KFEA 3CLMA 4HHPA 4Z1DA 3MBFA 3IIZA 1ZALA 4Y96A 1JULA 1IF2A 1YPIA 3CWOX 1WQ5A 3DI1A 1H51A 3QQ0A 5D02A 1F74A 3O6CA 2Z2UA 2ZA3A 4LNYA 4ALDA 5J5RA 4ZVJA 3USBA 1QR7A 3ZS4A 1O5KA 1YDNA 3PBUA 1L6SA 2HMCA 1HFBA 1B3OA 3TSMA 3WK1A 4JTJA 3A9IA 4ML9A 5U4NA 1SZNA 3G1YA 4UNLA 1RQHA 3HO8A 2NLIA 5K9DA 2VENA 3P7YA 2JKAA 2AQWA 2FB2A 4JD4A 4A29A 4RXFA 3G3DA 3KXQA 2BX7A 1H7RA 5AYZA 3FOKA 3PB2A 1AK5A 3NZRA 1ZCOA 4CNPA 1GJPA 4FNUA 1TPUA 3ABRA 1CW2A 4CNOA 5KZDA 5KZMA 3B03A 3NOEA 3P61A 3P62A 3N9RA 3NPWA 1DOSA 1BTMA 1YXCA 2ZRYA 5BNKA 2DORA 4AMAA 3QRHA 2J6XA 3Q37A 1LRTA 1NFBA 1VHNA 2E1DA 3IIVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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