2FFC | Genus

Total Genus 125

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	125
sequence length	332
structure length	318
Chain Sequence	NLKIKLQKRRDEVNTCLCIGLDPDEADIKSFMQSEKQNGYQSVKKNLSNSGELFAPQMGGQMLLATPPKEAQEKDEFFYFFNHFCFYIINETKEYALAYKMNFAFYLPYGSLGVDVLKNVFDYLHHLNVPTILDIKMNDIGNTVKHYRKFIFDYLRSDSCTANIYMGTQMLRDICLDEECKRYYSTFVLVKTTNADSHIFQNRLSLDGKEAYVVIAEEVQKMAKQLHLEENGEFVGFVVGANCYDEIKKIRELFPDCYILAPGVGAQKGDLRKMLCNGYSKNYEKVLINVGRAITKSGSPQQAAREYHQQIKEVLAEL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1728070181891366__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1728070181891366__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2FFC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1728070181891366__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1728070181891366","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2FFC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1728070181891366__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Plasmodium vivax
publication title	Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. pubmed doi rcsb
molecule keywords	orotidine 5-monophosphate decarboxylase
total genus	125
structure length	318
sequence length	332
ec nomenclature	ec 4.1.3.23: Transferred entry: 2.3.3.2.
pdb deposition date	2005-12-19

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2ffcA00

1R46A 3G1YA 3NL5A 5D32A 4X22A 1EP2A 3SGZA 2QUVA 4YL2A 3GNNA 3NA8A 3OG3A 6ALDA 3C8FA 1N55A 3NQMA 3P8IA 1RV8A 4O0ZA 3W1NA 4DF1A 1GYLA 2YW4A 1S5WA 4O18A 1W5PA 4AF0A 4CNPA 1TTPA 1ICSA 1NVMA 4O17A 5AHFA 3VCRA 1Q6LA 1WQ5A 3LDVA 3DENA 4M6PA 3PSVA 4KFNA 5D02A 4JTJA 4TR9A 5EY5A 3NXFA 4PC8A 3LTYA 1I45A 4TIMA 1H7NA 2ZA1A 3HF3A 1NF0A 3DI1A 3W85A 2PRMA 3G1FA 3N9SA 3L0NA 4IMDA 2PURA 1YTKA 1TCDA 4HNTA 1UUOA 2FLIA 3ZS4A 4O54A 3W76A 3LXAA 5EA9A 1SU5A 3UD6A 5LHEA 1XDLA 5LNVA 4QM1A 3GDTA 1I2NA 4MPQA 3W7OA 1QFEA 3IGSA 1EA0A 5HINA 2C13A 2Y61A 1GWJA 2X30A 4PL2A 1AMKA 4LC8A 1ME7A 2F84A 4ML9A 1WA3A 2OMAA 1RZMA 1OK4A 4NJIA 1TMHA 1XCFA 1EWEA 1ZJIA 4PEKA 4TO8A 1VH7A 2GVLA 2NWRA 3LLFA 3O6CA 2Y7EA 3LBCA 4JXCA 5HUPA 4H6KA 2V0TA 1U83A 3C56A 1LCOA 1SFLA 3STGA 4Y8FA 3W2UA 4K39A 3E12A 3TJLA 5IBXC 3BPWA 3FJLA 5AHIA 3WK3A 1R47A 3QQ0A 1TTJA 2HS6A 1I2RA 3C61A 2GQ8A 3U8GA 1PIIA 2CU0A 2VEPA 2CZDA 3TAOA 1LOSA 1XBZA 3Q37A 3VKJA 4GC4A 2B7OA 5AC7A 3W2MA 5K4ZA 3W7CA 3SW6A 2GUUA 2CFFA 2QCHA 3WJYA 2G96A 1O5XA 3UY7A 1P5BA 5KMYA 4UR7A 4ADTA 4TMBA 3DFNA 2ZFAA 3B4UA 4G1KA 1L2UA 4UMAA 4AAJA 4JTIA 2Q3OA 4K8HA 1FX6A 1GTEA 1TQXA 1OX4A 1HG3A 3R13A 3EWUA 3CEUA 3YPIA 2IQTA 4XKYB 4JTUA 2VFEA 1AL7A 4UUIA 4UNLA 3I65A 3PSWA 2RDWA 4CNOA 3W1MA 2QKFA 4MY9A 4ONVA 1OFOA 1XBVA 2GJLA 4ADSA 1EWDA 2OCZA 2NXGA 3SFKA 3W83A 3TSDA 3A21A 3CWNA 5EPDA 1DJNA 3B0VC 2H8XA 1F5ZA 1VYSX 4PL1A 1FCUA 2UV8G 1FWSA 4O1BA 5AHLA 4GBUA 1KTCA 4A3UA 1SO3A 4GE8A 3I68A 3LHZA 4HPJA 2ZRUA 3A22A 1SPQA 1DKWA 5TIMA 1H1YA 3GVGA 4AB4A 4RR4A 1O60A 1VQTA 3GDLA 3EX4A 2Y88A 3TC7A 3BGGA 2TPSA 1NF7A 2DZTA 1H7RA 2CZEA 3TXZA 3NQ2A 4KFPA 5E1QA 1F2JA 4KKXA 4YLWA 2WQPA 1W5MA 4RJEA 5C6MA 3CQ0A 1KV8A 4MLRA 3C52A 5HNRA 1JCNA 5G4EA 2FPVA 4K8EA 4UTTC 3PWAA 3TK7A 3MWAA 3EEGA 1D9EA 3F4NA 3L65A 1F6KA 1ICPA 3M6YA 3BV4A 2I9EA 5TBOA 5BOOA 3W87A 1W5QA 3TMLA 4WY0F 3QW4B 3TU9A 1M7PA 3L5MA 1I2QA 4UR8A 5D05A 2WPBA 3FJ6A 5EBUA 3TA6A 3C0JA 1GG1A 4DO5A 3S1VA 4WZHA 3N34A 3NQAA 5D2YA 2KZHA 4O8RA 2HS8A 3UWWA 2CLLA 3NO5A 2RH9A 1KM6A 4EF8A 4DBEA 3TQVA 3NZRA 2VOMA 1OX4B 3MHFA 1XKYA 4RX0A 1TTQA 1TPUA 3P67A 1GVSA 3QH2A 2DZPA 1OVDA 4Q4KA 4GUJA 1JR1A 5D38A 4QJ1A 4FNUA 4LRSA 5FEPA 2Y6ZA 3CEPA 3TSBA 3M44A 3LV6A 3LHVA 3CPRA 3P8JA 4OGZA 1JRBA 3ABQA 1SO6A 3DHFA 1FQ0A 3GR8A 3C2FA 2PRHA 2AAMA 4X2RA 2EF9A 2X1SA 3ABRA 1G6CA 1OFEA 1JUBA 1FDYA 2WSYA 3HBLA 3IIOA 4WOZA 1FCVA 3ATZA 5CKSA 4O1AA 1OFAA 5AYXA 2A0NA 2TRSA 5IBXA 1PHQA 3BARA 1VLIA 5FF4A 2I14A 4AEOA 5FF7A 4NJKA 3EX6A 1VHNA 3W1AA 3DBPA 2DORA 3MHGA 1KFKA 5A8GA 2V82A 3IEBA 3O63A 1H50A 3E96A 3FFSA 2QUUA 1M6JA 3ANYA 1IGSA 4A29A 5E93A 3LI0A 5G5IA 3JS3A 3LM7A 1O5KA 1TYGA 4JYDA 1VCVA 4BK9A 4CCDA 4FX7A 5BW6A 1QPNA 3A23A 3QW3A 3P7YA 1RQHA 3C2EA 4HSOA 1D3HA 1FWNA 4N9BA 1MEHA 4IX2A 3UY8A 1PCWA 3UYCA 1KM3A 1G4TA 3GK0A 2ZZ4A 3TCEA 4FNTA 3V1PA 2CZFA 3CWOX 1J2WA 3W1QA 1NSJA 4L4LA 3PC0A 3TKFA 2OJPA 3PF3A 5AN7A 1B4KA 1SW0A 3B05A 4BI7A 3PBVA 1EEPA 3GB6A 4CLMA 4JY8A 2CZ5A 3NQFA 3M43A 3GXNA 4FF7A 1YPIA 3WK2A 5AHEA 3BW4A 3LXBA 3GNDA 4DEFA 2OX1A 1U5JA 2AGKA 3LCWA 3PG9A 3S1XA 1TV8A 2W6RA 1SZGA 4ZQRA 3UWUA 3AO0A 4S1FA 1KW1A 2Y63A 1QO2A 2FTPA 3HGSA 2Q3RA 2A6NA 2Q8ZA 1TV5A 2A6LA 4ZQMA 2X2GA 1OF8A 3T44A 2GVJA 3QJAA 2Z0IA 5J5DA 2C0AA 4Z1BA 3P5ZA 3O06A 3O6YX 3NQVA 5LNWA 5KZDA 4FX8A 4JGDA 4OV4A 1B9BA 1UASA 1LTDA 1TTIA 3F03K 4N9DA 1W56A 3UXDA 3DXIA 4UTTA 1S5VA 1OFDA 3KVMA 3DFOA 1LBLA 3P84A 2QCDB 2YCEA 3LOTA 1KM5A 2WNNA 3FYOA 4TU1A 3HMJG 2QCEA 3HG4A 5I3KA 2X1TA 3EX2A 3SIZA 4ZQOA 4Z1DA 1AL8A 2YYUA 1I4NA 1ZY9A 4UIOA 3KRZA 3PVFA 3B03A 3DFPA 5D04C 4Q32A 1ZAIA 4NX0A 5AYYA 5G2WA 1C29A 3SJ3A 4NNCA 3SECA 3SI9A 5E0KA 3U6WA 5AHMA 3S1UA 1XBXA 1EX5A 1PV8A 1LRTA 4UFJA 2BWGA 1G7VA 3RF9A 1KTNA 4A22A 1JUKA 3C2OA 2ABBA 3LHYA 3CT7A 3W74A 3W6YA 2YSWA 3L9CA 3DHDA 2G95A 4OE7A 3UNDA 2RDUA 1JUEA 5LHFA 1TB3A 4UTUA 2E77A 5CSSA 3LTPA 3W1TA 3STCA 5DLCA 5DCDA 1F7BA 5AOUA 3E0IA 4XTIA 2NX3A 1Z48A 3LB0A 4JDYA 1UCWA 3IGUA 3MBDA 4YXGA 4JY9A 3W7PA 2C6QA 5D2VA 1VGAA 3U2OA 1LM1A 3MYOA 4NU7A 1KTBA 1GQNA 4JD4A 1VHCA 2OT0A 2VEMA 3NYZA 4NZFA 4GUIA 4S2CA 1YTDA 2A7NA 4Z1AA 3MP5A 4N9EA 3W7EA 3W7MA 2VFFA 2X1RA 3N19B 4O16A 4PFMA 1HL2A 3G0SA 3SZ8A 1HUVA 3NQCA 4JS3A 3W07A 4NNBA 3GAYA 4A2SA 3PUDA 1QAPA 2JGYA 3VFLA 4EOUA 4XKYA 3P80A 4Z0JA 2A4AA 5BMWA 1AK5A 4POCA 3LRMA 3C4UA 3MJYA 4KFOA 2B4GA 1YLVA 5K4XA 1KM2A 4GUFA 3NQ8A 2C15A 2NXIA 1I2PA 2FJKA 3HPZA 2DZSA 2EGZA 1KLYA 3FKRA 4DBDA 4FO4A 1K3UA 3PAJA 1G4SA 2DZUA 4UFIA 3EKLA 4LRTA 1ZALA 4FNPA 1GZGA 4XUGA 4O10A 3LLDA 2QEZA 4E2DA 3B04A 2Y7GA 4LS2A 1P4CA 3L2IA 4R7JA 2QJGA 4XTDA 3BVJA 5LNRA 3JRKA 4BI6A 4QITA 4JX5A 4NNAA 2YFNA 1ZAJA 3F4WA 2QDHA 1XBYA 5DCBA 1I8JA 3TQ0A 2ALDA 3LCFA 3EKZA 3NQEA 1OYCA 3G22A 2NX9A 3OHIA 2WOQA 2PRLA 4HN4A 3P60A 1G67A 3PBUA 3P81A 4LNYA 5KSWA 1W1ZA 1SR9A 4NJHA 2ZRZA 4NXSA 1KFEA 1JCXA 4K36A 3CU2A 5AYZA 4NX5A 3UQNA 3TIMA 1H7PA 4W9TA 1K8XA 3WK0A 3P61A 3EWWA 3LCGA 3HQ1A 4K37A 3FEMA 1KBIA 3QMSA 4LY8A 1QPRA 3G1SA 1JULA 2WKJA 3M16A 1THFD 5J5RA 4U4MA 4O14A 3HB9A 3Q94A 3EXTA 4JR5A 4N02A 3C3NA 2XN0A 1LBMA 3BW2A 1Q6QA 1G69A 3UWYA 3W7HA 1AG1O 3Q58A 1QO5A 2B0MA 4UTJA 1LORA 4FHAA 4R34A 2R94A 2BTMA 1KM1A 1TPVA 3MP3A 5D30A 4MUZA 3TV8A 2Z1BA 3C2RA 4HPXA 3T55A 3NAVA 2V9DA 1QNVA 4RZ4A 1MEWA 1F74A 1KFCA 3CC1A 3PUOA 2B7QA 4XBSA 4FX6M 3L66A 1SO5A 4OV9A 4WD0A 2JKEA 3GR7A 4AMAA 1VYPX 1T8XA 3P5YA 3E9AA 2VEIA 1EUAA 3MW7A 1W5NA 2X1UA 5DN1A 4WXZA 3G18A 5H2ZA 3PM6A 4BF9A 3G1AA 4UMCA 4K7YA 3IVUA 3KVLA 3W73A 1HFBA 2I1OA 4O53A 2NUXA 5C2XA 3NVTA 3HPXA 4AH7A 1Q3NA 2ATMA 1H7OA 3ELFA 1QWGA 1SSGA 5LGXA 2D73A 4JTLA 1OX5A 2VXNA 2H6RA 3HG2A 3FYPA 3LTSA 4HNUA 4DO6A 2BSLA 2YW3A 5CPLA 3GX9A 2DZWA 4N6FA 3NQDA 5HWNA 2QJHA 1WOBA 5DCEA 3BG9A 4YMZA 3GAKA 3RMJA 2GPTA 3EWBX 2CWNA 3NOEA 3NNTA 1DV7A 2QUTA 4IWWA 3O15A 3W7JA 1LROA 1A5BA 4PA8A 2QDGA 3LBMA 4KWWA 3M9YA 2VKZG 1V5XA 3O16A 3CLMA 2TMDA 2NZLA 3LCXA 5EMUA 1RR2A 3W86A 2E68A 5CZJA 1K02A 3QSTA 4XQ6A 1FUYA 1YDOA 3LGEA 3W7IA 2P0OA 3TFCA 2VC6A 3GLCA 3E49A 4GXMA 4O0KA 3QRHA 3LHWA 3VI2A 1H1ZA 1DHPA 4IGHA 4MVAA 4QQ3A 4JTKA 1LRQA 2QCGA 1MZHA 3QMTA 5K2ZA 5F2GA 5CG7A 4I9AA 2JKAA 1QCWA 1B3OA 3FS2A 1H51A 5FEZA 5FEWA 2V30A 3W7KA 3N3MA 3KRUA 5G2IA 2DZXA 1GT8A 4AWSA 1M7OA 3TR2A 1LZOA 4XBKA 4JICA 2ZZ3A 1ZHAA 4GJ1A 1BEUA 3KVJA 1P1XA 4UFMA 2NLIA 2QCLA 3DAQA 3MUXA 2WV8A 3QMRA 2XN1A 4YCPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2FFCA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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