2FLI | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	TLKIAPSILAADYANFASELARIEETDAEYVHIDIMDGQFVPNISFGADVVASMRKHSKLVFDCHLMVVDPERYVEAFAQAGADIMTIHTESTRHIHGALQKIKAAGMKAGVVINPGTPATALEPLLDLVDQVLIMTVNPGFGGQAFIPECLEKVATVAKWRDEKGLSFDIEVDGGVDNKTIRACYEAGANVFVAGSYLFKASDLVSQVQTLRTALN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	d-Ribulose 5-Phosphate 3-Epimerase: Functional and Structural Relationships to Members of the Ribulose-Phosphate Binding (beta/alpha)(8)-Barrel Superfamily(,). pubmed doi rcsb
molecule keywords	ribulose-phosphate 3-epimerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Streptococcus pyogenes
total genus	80
structure length	217
sequence length	217
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature	ec 5.1.3.-:
pdb deposition date	2006-01-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00834	Ribul_P_3_epim	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2fliA00

2NV1A 1Q6OA 3BO9A 3OG3A 4MLRA 3HB9A 3I65A 5G2IA 3EXSA 1GWJA 1GTEA 5LNUA 3PS7A 1VJIA 1VCVA 1Z42A 3WJZA 5H2ZA 3LERA 2FPYA 1OFBA 3TE9A 1OJXA 2FB2A 1K3UA 1RZMA 2PURA 4DPPA 1SQ7A 5FEPA 4BWLA 4ML9A 4DBEA 4MFDA 2QUUA 1R30A 2WSYA 3G24A 4DO5A 1T96A 2FTPA 2ZZ5A 4N9EA 3F4NA 3G1YA 1TV7A 1JUKA 4NQ1A 2VXNA 5D09A 1GYNA 4NX0A 3HPZA 3GDLA 2W6RA 3QW4B 1KV5A 4UFKA 2RKXA 1GTHA 2WSRA 3HQ1A 5HNRA 2FFCA 3MUXA 1NAL1 3BK0A 1Q3NA 2V5BA 1V5XA 3R2GA 5C6MA 2DORA 3RMJA 4LW7A 3NO5A 1O4UA 4BK9A 1H61A 1D9EA 2J9YA 5HJLA 2VFGA 1IXNA 1WXJA 3B8DA 1Q45A 1KM6A 4C1LA 1GVFA 2ATMA 3W1XA 1I45A 4WD0A 1WDWA 4I7WA 3TUUA 1W54A 3W70A 3NQMA 3CHVA 2VFEA 4CCCA 3B03A 3N9SA 1G4TA 3S0CA 1JCNA 4QIUA 3S1UA 1Q6LA 1SO4A 2TYSA 1SPQA 5K2ZA 2HS6A 1TPWA 1SO3A 1FCBA 1VPXA 2X1RA 3W1AA 1YDOA 1YPIA 4OU1A 5EA9A 1ZALA 4O54A 4O1BA 1EWEA 4ADUA 3GIYA 3TNOA 4BFAA 3W1RA 3GDKA 4UTKA 4JNMA 3BLEA 3LCGA 4M6PA 5AHIA 4FEZA 1GPWA 4RX0A 2GQ9A 5SWUA 1BWLA 2UV8G 4OV9A 1G7VA 4LU0A 3HMJG 3GX9A 2EF9A 3W22A 5EYWA 1RVGA 3DU0A 4HIBA 4EF8A 3L5LA 3BLIA 4RXGA 5GVJA 3P67A 1IXQA 1B57A 2C16A 4KWVA 1EIXA 2ZTKA 3GB6A 3PR2A 1L2UA 4JTKA 3KFTA 3SW6A 2Y70A 3C61A 3NQ6A 4PCFA 3B4UA 2E68A 2Z0IA 3HPSA 2A21A 5D37A 5CZ0A 3W07A 1SW0A 3BW4A 4O13A 2W79A 2ISWA 4N9BA 4Z0JA 3OVQA 3STFA 2ZYFA 4GUJA 4XKYB 4JX5A 5DCEA 3N3MA 3TSMA 2WKJA 4NT0A 3W87A 1WBJA 2QF7A 1DBTA 3NPXA 3HG4A 5E0KA 3QFEA 1G4EA 4LRSA 2ZRXA 2CZEA 4MYXA 1SSGA 1C8VA 5F1VA 3LBMA 1M6JA 6TIMA 1EA0A 3I7QA 1PE1A 3YPIA 2BTMA 4Y9AA 2QCDA 3NAVA 2ATSA 1MXSA 1TIMA 1U5JA 2CFFA 3M0ZA 4NJHA 4OGZA 8TIMA 1XUUA 1TCDA 1TB3A 1LBFA 4J9JA 1R46A 1TPDA 3NZ1A 4JY8A 2J9XA 2QDHA 5FEXA 2IQTA 3A5FA 2WNNA 3LRKA 3W7RA 5CSSA 3LI1A 3SY5A 1LCOA 4KFOA 3S8HA 3GAKA 4GUHA 3GVGA 3TCEA 1IGSA 1JUEA 2NWSA 4JYEA 3UY8A 3SI9A 2P10A 4NJIA 1LLWA 3QSRA 3TK7A 2YZRA 4UFIA 4WY0F 3FA5A 1BKSA 3BV4A 3GYEA 1LROA 3CTLA 1YDNA 3FOKA 4O0KA 5G1TA 3ZWSA 3QQ0A 4N6FA 1H1YA 4W9TA 1T0OA 3SJ3A 4LVFA 5AHMA 2Z6IA 2Y61A 3CM4A 3IIVA 4O19A 1EP2A 2A85A 3LCIA 3BPWA 2NX9A 3QSTA 2ZRZA 2QCMA 3M5YA 3EWZA 4ZL1A 3HF3A 5EMUA 4AB4A 3KVKA 2CLKA 3LHZA 4Z1DA 1XDLA 1FXPA 4UR7A 4WOZA 2P0OA 2ZZ4A 4RZ4A 5EKYA 4MY1A 1VCFA 1WOBA 1XBYA 3W7IA 3C2OA 1OX4B 3A22A 4U28A 2QUTA 1WA3A 5BRBA 5F2LA 1H51A 3PUDA 4XTIA 2G96A 3NQVA 4MZ8A 3HGOA 3W85A 3I6RA 3WJSA 3L0KA 3LBCA 4CCDA 2EKCA 4BWLC 1K7EA 2Y63A 3HG3A 1OABA 5D03A 3UNDA 4YLWA 2YX0A 4U4MA 1ME7A 1TPVA 5AN7A 1AW2A 4N6EA 3TC7A 1VYSX 4UFLA 4CNNA 5FEZA 5KINA 2OX1A 3EXRA 3U6WA 3TKFA 4UTTC 1OX6A 4XBSA 1S5TA 5DCBA 4PL2A 2WPBA 2CLHA 1I2NA 1TQJA 3S9YA 4WZHA 1Q6QA 3N19B 4UMCA 2DU2A 1YPFA 3WK3A 1SZFA 2R94A 1EEPA 2C1HA 3F1QA 3M41A 1W5MA 4O28A 3G8RA 4DQWA 3TIMA 3MHUA 1QMLA 2NWRA 3W1LA 3RU6A 3W74A 1FY6A 1ADOA 1JR1A 3LI0A 1ZNNA 3L5AA 4UTWA 5AC7A 1V7YA 4HSNA 2YSWA 3G0UA 5T26A 1FUYA 4IXHA 4L4MA 3PSWA 1F05A 1WX0A 3USBA 2CLLA 2DZSA 4OBTA 5CPMA 3L5MA 2C14A 3UPWA 4RR4A 2QAFA 2ZRYA 5DCDA 1XFBA 2Z2UA 4KFNA 3S5YA 2NLIA 5D2VA 1QPNA 3M16A 2WNQA 2Y6ZA 3TH6A 2TRSA 3S1VA 3B04A 2ZRUA 3BGGA 1XCFA 3F03K 1D3HA 3W84A 3IGXA 2NUXA 3IGSA 1XKYA 2X1SA 3LHYA 2W0UA 1H1ZA 4YCOA 4K36A 5D2WA 1AW5A 4RLIA 1VYPX 3W7HA 1JCXA 1VCGA 4N4QA 2FLIA 2OT1A 1KV8A 4Z1CA 1OK6A 3LXAA 4ADSA 1YXDA 1LOLA 1L6WA 4XQ6A 4O16A 4MZYA 3LV6A 1VR6A 3G3MA 3GZ3A 4JTGA 4Y8FA 4ORIA 4EVZA 4E0CA 2J27A 5HR7A 2I1OA 1OF6A 1F7BA 5D2XA 4DELA 3L68A 3MYOA 4FNSA 3OIXA 4ZQMA 1EP3A 3W1QA 3G1AA 1G69A 3TAOA 2F84A 1B4EA 4XWUA 2ZQ0A 2XN0A 4WY0A 3RFAA 5E1QA 3EX3A 2EHHA 2H3BA 1HO4A 1XBVA 2TSYA 3FYPA 1YLVA 3E12A 1EP1A 4MLJA 3W3OA 1W5PA 5KSWA 2B7NA 3NPWA 1DOSA 1OG0A 3HG2A 5CPNA 2ABBA 1J2WA 5D04C 2TMDA 2ZRWA 5D32A 4DF0A 2E6DA 5DY3A 4O8RA 5CG7A 4CQ8A 1I4NA 5CZJA 3UZJA 3O06A 1VRDA 4LC6A 1H63A 2VELA 2G95A 3QM3A 3S6DA 1A5CA 1GOXA 3BARA 3SGUA 3MP3A 1PIIA 2DZVA 2VEIA 4R33A 5IBXC 3W23A 3GR8A 5F2IA 3DFPA 3WJXA 3NNTA 1L6YA 2QCDB 3IVTA 1H5YA 2QCGA 3KHJA 4X3ZA 3L0NA 2BSLA 2G5WA 3ABQA 3GNNA 5DXXA 1FCUA 4LVBA 3IVUA 4ADTA 3I7RA 3DAQA 3WK2A 4NVTA 1KM5A 1TPEA 3EB2A 3HG5A 4FNQA 4NJJA 1A50A 2G97A 4FXRA 4N02A 5FF0A 1OYBA 5AC8A 4LT9A 4PFMA 5TBOA 2Q3RA 2BWGA 5F4XA 4HNVA 3B05A 2NX3A 3W88A 1PS9A 2V0TA 2QKFA 4JS3A 3OVPA 1FWTA 3MW7A 1PL9A 3IV3A 3FJLA 1ZAJA 1KFJA 3W7LA 3NR0A 1KFEA 4QJ1A 3NG3A 4IPJA 1R2TA 3NM1A 4C1KA 1OFPA 3NL5A 4PEKA 5TQLA 3C6CA 1VHNA 2KZHA 3B0UX 3MHFA 5DXYA 1W5OA 2VENA 3ZR4A 1W31A 4N9CA 1KM0A 4I9AA 4O52A 2V82A 1QAPA 4IJBA 3STEA 5D38A 2ZCGA 4O4VA 1TREA 3M43A 1OFDA 5AHEA 1SZEA 2I9EA 3O6DA 1K8XA 3CT7A 3THQA 3DKJA 3M9YA 3TW7A 5HINA 2XFWA 4O4WA 4IMDA 1H7RA 5G4EA 2X30A 3SECA 4UMBA 3NZRA 1YTDA 1JCMP 4Z08A 2GJNA 4DXVA 3MO7A 5LNWA 3Q37A 3G0XA 1AL7A 1TTIA 4O11A 3W76A 2GQ8A 3L65A 4JDYA 3KVLA 4ZZ9A 4EF9A 3E02A 5HWNA 3GDMA 4UTTA 4FF7A 2JKAA 4RK8A 2ZA1A 2HMCA 1KFKA 4QSHA 4L4LA 1DHPA 3STCA 5I3GA 3O8AA 2OZ0A 4WQ6A 2Y85A 1YDVA 4DF2A 4DO4A 2ZZ2A 3E9AA 4AHPA 4JTHA 4GNJA 1P4CA 5J5RA 3WK0A 3CU2A 1A53A 2X1UA 3CIWA 1GEQA 3W9ZA 2D73A 3TSDA 4FNRA 4ZQCA 3W75A 3N34A 3BG5A 4JR5A 5D30A 4QISA 4E2BA 3NQ2A 1FDZA 3LDVA 4AF0B 1GYLA 1M7OA 1XBZA 2H8XA 3NQFA 1TV8A 3IRDA 4POCA 3W71A 4LTSA 4UFJA 2E5BA 3O07A 4K38A 4R34A 5AYZA 4UFMA 4GWEA 2EPHA 3C8FA 4K7YA 2CZFA 1O94A 3W7OA 1LP6A 3QJAA 1MEIA 4XBKA 3UWUA 3RLUA 4UTWC 4YWIA 3E0IA 2I14A 1QPQA 1NEYA 3GKFA 2BZNA 1LOSA 1DV7A 1VLIA 3BG9A 3G1FA 1JUBA 2GVJA 4OQVA 3DZ1A 3P80A 4NXSA 1ZFJA 1B9BA 1JCLA 4EOUA 4IX2A 4H6KA 3LCWA 2O7SA 4TU1A 2YDAA 1C9DA 2YXGA 3LCFA 4O18A 5CSRA 1KBJA 4JDBA 3BLFA 2ABAA 3W6YA 3R13A 2A4AA 4QAIA 3QH2A 1ALDA 1EWDA 3A9IA 5DBUA 2NUWA 1J5TA 3W1TA 3TR2A 4IOTA 1SO5A 3M47A 5LZLA 1DQXA 2RDTA 1MSSA 3W7MA 4LV9A 2H8ZA 1JCYA 2Y7DA 4RCXA 1IIGA 4MKNA 4AWTA 3VE9A 4AH7A 3IIOA 1ZJIA 3L67A 4X22A 3LXBA 1H50A 5FF2A 3UYCA 4NXKA 2PCQA 5LGXA 5D33A 5D05A 3ABRA 3NQCA 3NQ7A 3S5NA 1PHWA 2C15A 4EWND 3UPBA 1SU5A 3M5VA 4UTLA 1RQEA 3E96A 5K9CA 2YYUA 4N9DA 3DHDA 2QJIA 3W7DA 1I2RA 4YMZA 1P0NA 3CB8A 2RDUA 2QCCA 1RD5A 1ZY9A 3QYQA 4XZ9A 1OYAA 5J5DA 5A8GA 3W86A 3UZ5A 1OFOA 5AHFA 5HULA 5CZTA 5AOUA 3PF3A 1VC4A 3HGJA 5HUOA 3WJWA 3N9RA 3W2NA 5IBXA 1W1ZA 5K3VA 2E09A 2GUUA 3V75A 3UQNA 3W7JA 4QQ3A 1W8SA 3K30A 3LGEA 1S5VA 2VFFA 2V2HA 1AW1A 3TA6A 2VFHA 1TPB1 4NNCA 1Y0EA 2RHGA 5HWMA 3W2LA 3DFOA 1Z48A 3LCLA 3FYOA 4IQLA 6ALDA 4QNWA 2X1TA 2PC4A 2RFGA 4JICA 1U83A 2NXHA 5DY2A 3D0CA 3S5ZA 1G4PA 1GQNA 1F2JA 1KFCA 4OE7A 1ME9A 2GPTA 3OBKA 3C52A 2DZTA 2PE4A 1UASA 1Z44A 1MEHA 3ATZA 3BW2A 3PBWA 4A2SA 2X16A 2EAWA 4DBDA 2WOQA 5AHNA 3DXIA 4M6QA 1KW1A 3UWWA 1E51A 2CW6A 2J24A 3EX1A 3T4CA 5C5YA 2DP3A 2NZLA 3MMTA 3M5ZA 1VQTA 5K9XA 2Q8ZA 5KZMA 5AHLA 5G2WA 2Y88A 2QAPA 2Y7EA 1S5WA 3ELFA 3VI2A 1LDCA 1TO3A 1WOAA 3I7SA 4JN6A 2P1FA 1OVDA 3V1PA 3OEXA 3PUEA 5LGZA 5DLCA 1RQHA 2C3ZA 4GXMA 3NQ8A 1NSJA 3LX9A 4IMEA 1XL9A 1X8FA 4K8EA 3U2OA 3EKZA 3G0SA 4H4IA 4O1DA 3G3DA 3TFXA 5LHEA 5AB3A 2JGQA 3SZ8A 4FIQA 3L2IA 4PH6A 4KWWA 4AEOA 1F74A 4Z1AA 3QMRA 3GXPA 1SSDA 3S1WA 4UNKA 1G6CA 3P81A 3LHWA 1SW3A 1BWKA 3C2VA 3W73A 1SW7A 2ZA2A 1SZNA 5F4WA 3TV8A 1EUAA 2E6FA 3BW3A 2CLIA 3EWBX 3ZWTA 4JIQA 3EX2A 1JQXA 3TQVA 1SO6A 3HOJA 3W1PA 1OHLA 2R14A 5A5WA 3W83A 2GQAA 3EWXA 4YL2A 4MVAA 1K02A 3P8IA 4X9SA 4LVGA 1KFLA 5DBTA 1JQVA 4M7TA 3H55A 1CI1A 3P74A 4O0ZA 1ME8A 4GE8A 2QDGA 5HUPA 3MYPA 3T40A 5MHBA 2YGYA 2QCNA 5C2XA 1QOPA 4UR8A 1Q6RA 3QEZA 1ZAHA 3W7CA 3Q94A 3OA3A 2QCHA 2WO5A 3PB0A 1TSIA 2DZPA 3W7NA 4PC8A 4UCGA 3LRLA 5I3IA 4O1CA 2H3DA 3DFNA 4LV4A 1YTEA 3THAA 3N73A 3A21A 4LUIA 4ICNA 1LOQA 3G1XA 2ZTJA 3LTPA 3Q2DA 1O60A 4LS0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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