2FTPA

Crystal structure of hydroxymethylglutaryl-coa lyase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MNLPKKVRLVEVGPRDGLQNEKQPIEVADKIRLVDDLSAAGLDYIEVGSFVSPKWVPQMAGSAEVFAGIRQRPGVTYAALAPNLKGFEAALESGVKEVAVFAAASEAFSQRNINCSIKDSLERFVPVLEAARQHQVRVRGYISCVLGCPYDGDVDPRQVAWVARELQQMGCYEVSLGDTIGVGTAGATRRLIEAVASEVPRERLAGHFHDTYGQALANIYASLLEGIAVFDSSVAGLGGCPYAKGATGNVASEDVLYLLNGLEIHTGVDMHALVDAGQRICAVLGKSNGSRAAKALLAKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of hydroxymethylglutaryl-CoA lyase from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 112
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature ec 4.1.3.26: 3-hydroxy-3-isohexenylglutaryl-CoA lyase.
pdb deposition date 2006-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2ftpA00
1OFPA 2V30A 4UTLA 1AW1A 3MJYA 5CZSA 4HSOA 3W1QA 5FI8A 4ML9A 3PWAA 1K7FA 4LV4A 3MWAA 2YXGA 3H53A 2C3ZA 3CU2A 1TREA 1VH7A 1I8JA 4MJZA 3W2MA 1WDWA 2H3BA 5A8GA 3E02A 1KFJA 1N7KA 2CLMA 1TV7A 3Q94A 1S5TA 1KLZA 3THQA 3DHDA 4HNNA 3LXBA 2NXHA 4DO6A 1LBLA 4WQ6A 5LHFA 3TSDA 3FIGA 3DFPA 4GUHA 1PHQA 4XBKA 2VOMA 3NPWA 1PVNA 3LLFA 3A5VA 2H90A 3NQ2A 3QSTA 1K3UA 3LRMA 3BK0A 3HMJG 2C15A 3E49A 1F2JA 1R2SA 1JULA 2VFEA 4J9JA 1KFCA 3T40A 3O15A 1WXJA 4FNQA 2ABBA 3LCFA 1SZEA 4I7WA 1B57A 5A5WA 3W72A 4RCXA 3UXAA 1QMLA 3S1WA 1IF2A 3W2JA 3LBMA 1YTKA 1M6JA 5DBTA 2CLEA 4EIVA 4JIPA 1VCFA 1S5VA 2YYUA 5KMYA 1QR7A 3S5YA 2CZEA 1C8VA 1JCJA 4RX0A 2Y7DA 1LYXA 1R2TA 5CZJA 2UV8G 2E6YA 3FA5A 5CZTA 4AH7A 1EIXA 1KLYA 5J5RA 3C8FA 1CX9A 4ZVJA 1H7XA 1M5WA 5AOUA 4GJ1A 3FS2A 3B04A 3C2EA 2CW6A 3MO7A 5HR6A 3N14A 1OFRA 3SGUA 3L5LA 5BOOA 3L68A 4RKAA 3DKLA 4Y8FA 3MYPA 4DBEA 4LOCA 1O95A 2WO5A 1IXNA 2BTMA 2WJZA 4O11A 1UJPA 4X3ZA 1WBHA 1WYIA 4NJIA 4Y96A 5G1YA 1KFEA 1JCMP 2Y89A 1H7OA 1W5PA 3V75A 3I6RA 4YCPA 3GB6A 4UTUA 3KRSA 3W9ZA 1O94A 5AYXA 2OCZA 3LXAA 4MUZA 1TYGA 4Y6GA 2VFFA 4GUJA 3UWWA 1K8ZA 1TPB1 3MMTA 1IGSA 5D2XA 5K7JA 3QW3A 4LUIA 2NUXA 1TPFA 3MBDA 4AAJA 2C19A 4UFMA 3LCGA 1L2UA 3BW4A 4HNTA 5LNRA 5LNSA 4Z0SA 4MLRA 4NT0A 4IPIA 1PHWA 1YYAA 3PAJA 4RZ6A 3QC3A 3STGA 1FY6A 5MHBA 1QAPA 4MYAA 3AJXA 2ISVA 2Y62A 3G18A 4IMFA 2H3DA 1TV5A 3C0JA 1G6CA 4LVGA 1GTHA 1XBZA 2VFHA 2R14A 3LLDA 2ZA2A 2JK2A 3P62A 3TK7A 4NJHA 2C1HA 4O1CA 4O50A 3DU0A 3MUXA 4ORIA 5D2TA 4Z1BA 1MSSA 4O1BA 1LDCA 5LKYA 3NPUA 5H2ZA 1NF0A 3HGRA 2YX0A 4HIBA 3PR2A 3HPZA 4B5NA 4K38A 5I3KA 4QJ1A 3S1XA 4IMEA 5BMXA 3P60A 1HTIA 2ZA1A 4K8HA 4MFDA 1ZFJA 5D09A 5G5IA 1ALDA 5EA9A 3W7OA 3W1XA 3GDMA 4QAIA 2G97A 5K9DA 3EEGA 3W23A 4GBUA 4WY0B 3LTPA 5CSSA 4CNPA 2DJXA 4DF0A 4WY0A 4M7TA 1FWRA 2NX1A 3M5XA 4OHQA 2PC4A 1F5ZA 4MY1A 3PG9A 3HG5A 3U2OA 3P5YA 2J27A 3O63A 4FNTA 3NVTA 4WD0A 5AYZA 3TQKA 3OHIA 2V2DA 4DXVA 2FPYA 1TO3A 2CZ5A 2A85A 1SR9A 3G3MA 4RJEA 4QIUA 4OBTA 1W5MA 3PVFA 2P10A 2QCCA 3EXTA 4PL1A 3GXTA 3EX2A 2V2CA 3T4CA 1TQXA 3BVJA 5I3HA 2VEKA 3B4UA 4BK9A 3FFSA 5K4XA 1I2OA 5LHEA 3P7YA 4N02A 5D2YA 3IIXA 3KVMA 3N2XA 4RXGA 1WBJA 3B05A 4DPPA 4BR1A 1ZCOA 5D38A 2F84A 4RZ4A 3STEA 1GVOA 1IIGA 2R8WA 5FEZA 2XN2A 2X16A 3MP5A 4IMDA 1T99A 5LSMA 1FWSA 2A4AA 3UWUA 1UUMA 5DN1A 1ADOA 1X1OA 3DI0A 5G4EA 4Q4KA 3W7CA 1CI1A 1VYSX 1TSIA 1OX6A 1QFEA 2FJKA 2D73A 3SECA 1YTDA 4NXSA 4HN4A 3GVGA 3LCLA 3ANYA 2J6XA 3SY5A 1TRDA 3D0CA 3LCIA 4K37A 1QCWA 3TW6A 3KXQA 3HQ1A 3IVSA 3PC0A 4UNLA 3R13A 3TXVA 3NNTA 3W76A 3RU6A 2EGZA 1C29A 1J4EA 2EKCA 4UR8A 3GR8A 2I1OA 1K8XA 3OIXA 3KVLA 2A7NA 3MYOA 4JTSA 4W9TA 3G24A 3SSJA 3M6YA 3QPZA 1WQ5A 1OABA 2CLLA 4JX4A 3TC7A 5D2WA 1VYPX 3P8JA 1KM2A 2QUUA 2A0NA 2CZFA 3HJZA 2PRHA 4PC8A 3WK1A 1W37A 4LTSA 1JCLA 3VNDA 3KRUA 3ZR4A 4P61A 4FIQA 2E09A 3QZEA 1SZGA 5CGQA 3UY8A 1DBTA 4JTKA 2E5CA 2WNNA 3Q2DA 1D9EA 4GRSA 3PB0A 4LV9A 1JUKA 1RVGA 5E1QA 4IUOA 1QDSA 3QW4B 4O14A 4O12A 3KX6A 3O6CA 4ALDA 4JN6A 2J9YA 2DZVA 1SFJA 4O1DA 1XDMA 1RQBA 4PFMA 3HGJA 4UTMA 2E5BA 2Y88A 2ZTKA 3LBCA 1AG1O 4KWVA 5D33A 3C3NA 1JCYA 2ALDA 2V0TA 2FLIA 5HUPA 2WSRA 2X1RA 2ZDRA 1SSGA 4Z0JA 1I2QA 2GPTA 3IIPA 2NX3A 4O4VA 1MO0A 4UFIA 2B7OA 5F2IA 2GJNA 2QJGA 2Q3RA 3I7SA 3B0VC 3WK0A 2YFNA 3HG2A 5F2GA 3TAOA 2DZUA 3SR7A 3QH2A 4AXKA 3CQ0A 3L0GA 5G1TA 4OQVA 2ZZ7A 2WOQA 2QR6A 3QMRA 1ZY9A 4DO4A 4LWWA 1O60A 3E96A 3W7EA 4YCOA 3L9CA 2QCFA 3WJZA 5I3JA 1OF6A 1D3GA 4DPQA 1FDYA 3H54A 4HNUA 1QWGA 1H1ZA 2Z6JA 1W0MA 2ZZ2A 3G8EA 2QCHA 1GEQA 3MBFA 1P1XA 1ZAIA 3B8DA 5F1UA 2EF9A 2AAMA 3INPA 3RLUA 4O16A 2Z1BA 1H62A 2VKZG 3P67A 4LU0A 4O1AA 3GXNA 4O54A 1O4UA 1FWTA 4UR7A 3TFCA 5AC8A 5HULA 4KFOA 4NX5A 3NA8A 3W1PA 3C2RA 3LHWA 3EX4A 3EWXA 4CCDA 1JUBA 3EX3A 1FBAA 1LLWA 4I7UA 4UMBA 1NF7A 3ELFA 4DELA 1FCVA 4A21A 3TROA 1OK6A 2A1YA 2QCEA 3P61A 3VE9A 2NV1A 1H7WA 3R12A 5DXXA 1ZHAA 4IOTA 1KBIA 4IPJA 1T96A 4BI7A 4NJKA 1YXDA 3NM1A 4E38A 3PBUA 4MPQA 1CW2A 3PUOA 1GTEA 4MYXA 3SJ3A 3LCHA 1KTCA 3ATYA 5C54A 3U6WA 5K9XA 3TCEA 4K39A 2I14A 1D3HA 5G2WA 3UPBA 3BG5A 3Q37A 1FCBA 3ABSA 4XKYA 1G7VA 3LDVA 3HGSA 1QOPA 2FB3A 1VLIA 4NVTA 3FKKA 1W1ZA 1TPDA 2YFOA 4MOZA 2R94A 1TV8A 2PE4A 4JTGA 5SWUA 2C0AA 3O07A 4GXMA 1TPVA 2WSYA 4CQAA 3STFA 3W7PA 4Z1CA 1LLZA 5FESA 3IIZA 3TQVA 1U83A 3NL5A 4TX9A 1EPXA 2QCMA 3EX1A 4N6EA 2JBMA 1FQ0A 4FXSA 2J9XA 3T78A 2CWNA 4Z1DA 1A5BA 4N9DA 1GG0A 3LRKA 3TXZA 3BPWA 1TTIA 3LHVA 2GVJA 1GOXA 2Q8ZA 3W7LA 3LV5A 2R91A 5KZEA 5HNRA 3VFLA 1NEYA 3HG3A 3S42A 2CLOA 4OV9A 3VKJA 1KM6A 3M43A 2ZRXA 3B03A 2EPHA 5KITA 2B7NA 4DEFA 3SZ8A 2QCDA 5KINA 2V82A 4ZL1A 4JTEA 1OF8A 3SW6A 1O5XA 3TQ0A 4QSHA 4LVBA 1SSDA 2YPIA 4UFKA 3CB8A 3PUDA 4RK8A 3BGGA 2Y85A 2NWRA 2VFDA 3GLCA 3G8RA 3P74A 1YPIA 4H3DA 3W7DA 2X1TA 3DENA 5CPOA 3NQGA 2Q3OA 1ZENA 2WKJA 4GNJA 1L6WA 1H50A 1TB3A 2YR1A 1W31A 1JR1A 2B4GA 3MHUA 4UNKA 5IBXC 1TQJA 4GE8A 4FIRA 2GQ9A 4AMAA 3CWNA 4LT9A 3S6DA 3DBPA 1UB3A 1SPQA 3EKZA 5G4WA 2B7QA 2ZZ4A 4WUIA 3O06A 4QQ3A 3TA6A 1OYBA 4K36A 2VENA 3T55A 1EP2A 4MIMA 4K7YA 4A3UA 4O8RA 4AVFA 1OX4A 4N9EA 3KHJA 1YADA 2YDAA 2Y7FA 1ICPA 3WK2A 4O17A 3C6CA 4WXYA 3FYPA 4FHAA 3GX9A 2J9ZA 3ABRA 1N55A 3FJLA 2QCNA 1OFBA 3UD6A 3W7NA 4FO4A 3LHZA 4KFPA 1FWWA 1MEIA 2OX1A 3GNDA 3RMJA 3MHGA 5HWJA 4LS1A 2VEMA 1BTMA 3C61A 5EBUA 5EY5A 5AC7A 3NQFA 5LGZA 2DU2A 1LOSA 3MI3A 1SFLA 5GVJA 1A5AA 3STCA 4DBDA 3TSMA 1K8YA 4NJGA 4TIMA 3W1TA 3CWOX 1EP1A 2W79A 4PA8A 5EMUA 1W5OA 1W8SA 3DHFA 4JTUA 5HR7A 4WOQA 4Y90A 1H51A 1KM0A 1SQ7A 2A21A 1YDOA 1F74A 1P5BA 1TPH1 1GVQA 4XQ6A 4K7VA 1DORA 4RLIA 4YLWA 1OYAA 3P8IA 3MW7A 3I65A 3W85A 3NPVA 2NXGA 3H55A 1W3TA 4JEQA 4LVDA 4TMCA 2Y63A 1PCWA 1ONRA 3KVKA 2BLEA 1VYRA 2X1SA 1GYLA 4QNWA 4OT7A 2PRLA 4ZQRA 3GDKA 1VPXA 3M44A 5FF4A 4YL2A 5EKYA 5AHMA 2VXNA 4M19A 3GKFA 5HMSA 2ZCGA 2DP3A 2WQPA 4WZHA 5CZ0A 5F2LA 4TMBA 3R2GA 1F05A 5C55A 1V7YA 2IQTA 5TQLA 4DO5A 3DAQA 4GUFA 3G1VA 3L66A 5J5DA 3NQ6A 2QDHA 1P4CA 3C4UA 3AO0A 1ZJIA 2Z6IA 3N19B 1G4EA 3W7RA 5E93A 5BMWA 3W7HA 5CPLA 4R34A 3G1HA 5IM51 3W2NA 3GK0A 2EAWA 4AWTA 1LRTA 4EF9A 2XFWA 4FF7A 3F1QA 5G2IA 3QMSA 3LV6A 5DY2A 4N9BA 3O16A 1EUNA 3P5ZA 1RPXA 2OJPA 2ISSA 4OWGA 3LERA 1YDNA 4MY9A 3EKLA 1H7PA 4QNEA 1QNVA 5DELA 3C2VA 1WAUA 1QPRA 2VC6A 3W83A 4BF9A 1XFBA 3U8GA 3MI2A 1NFBA 4E2BA 3L67A 3UXDA 4JY9A 4FX8A 3W1RA 3TV8A 3IVTA 3TKFA 4A2RA 3PY2A 5F4XA 3TE9A 1B3OA 3L0NA 2QAFA 1XBXA 1KBJA 2G96A 3LHTA 1AW5A 2LLEA 4O52A 2A2IA 1XCFA 4ADSA 3BW3A 3UWVA 2H8XA 4AWSA 1XC4A 4FNSA 2NX9A 3W86A 3B0UX 3IEBA 1WA3A 3BARA 4D2JA 4FEZA 1WV2A 3IIOA 3Q58A 3TUUA 5F4WA 3NL2A 2NXIA 4MZYA 2QJHA 1Z41A 3HB9A 3QQ1A 3P84A 2ZRZA 1Z48A 3GDTA 4FNRA 4H4IA 5KZMA 1THFD 4HKPA 2DZPA 2QCGA 4X2RA 5D05A 1MXSA 3M5YA 3UZ5A 1R30A 3G0XA 1DKWA 3R8RA 4IJBA 4EF8A 1YDVA 3QM3A 4JD4A 3V1PA 5D04C 3BW2A 1LORA 3TC6A 3NEVA 3PUEA 3VCRA 4PEKA 2CLHA 1BWLA 3RFAA 3VE7A 4C1LA 4FB7A 1QPQA 2QF7A 4JIQA 2ZZ3A 5DCEA 1JCNA 5TIMA 5F1VA 3RF9A 5LNVA 4YXGA 1PCKA 5E0KA 1FUYA 3NAVA 2Y61A 2C16A 3TAKA 1KTNA 4S1FA 1P0NA 3G1FA 3S9YA 4WX2A 4JYDA 4HT3A 3G1YA 4PODA 3I68A 1SU5A 2WV8A 3BG3A 1AK5A 2QUTA 1A53A 3ATZA 3DI1A 4PL2A 1VCVA 5U7SA 4JTIA 5DXYA 1JQVA 1UASA 1LBFA 4YWIA 4CCCA 5CKSA 4UTTA 1X7FA 1OYCA 4R33A 2W6RA 4CLMA 2ZTJA 4ZQMA 3L5MA 3CT7A 3LTSA 5U4NA 4ZQOA 4LC8A 2E68A 4E0CA 2O7QA 1I2RA 2FB2A 4OV4A 3DFOA 3KVJA 1S5WA 4FNPA 1FDJA 1TIMA 4AF0A 1GVFA 1W5QA 3QRHA 1ME7A 2QCLA 4GUGA 3M41A 1VJIA 3IIVA 1PIIA 4MY8A 3C56A 1XI3A 3CPRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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