2FTPA

Crystal structure of hydroxymethylglutaryl-coa lyase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MNLPKKVRLVEVGPRDGLQNEKQPIEVADKIRLVDDLSAAGLDYIEVGSFVSPKWVPQMAGSAEVFAGIRQRPGVTYAALAPNLKGFEAALESGVKEVAVFAAASEAFSQRNINCSIKDSLERFVPVLEAARQHQVRVRGYISCVLGCPYDGDVDPRQVAWVARELQQMGCYEVSLGDTIGVGTAGATRRLIEAVASEVPRERLAGHFHDTYGQALANIYASLLEGIAVFDSSVAGLGGCPYAKGATGNVASEDVLYLLNGLEIHTGVDMHALVDAGQRICAVLGKSNGSRAAKALLAKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of hydroxymethylglutaryl-CoA lyase from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 112
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature ec 4.1.3.26: 3-hydroxy-3-isohexenylglutaryl-CoA lyase.
pdb deposition date 2006-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2ftpA00
3LRMA 2I14A 2CZ5A 4S2BA 3UYCA 3LCIA 4MYAA 3I68A 3W1RA 2B7QA 5AHNA 3IIXA 2E5DA 5KMYA 3UPWA 3QQ0A 3N2MA 3DFSA 4Z0SA 4H3DA 1LTDA 5KZMA 3LLFA 2C3ZA 2G95A 2QCGA 1RQHA 3E02A 2C19A 3GR8A 1AK5A 1Q6RA 3Q58A 1U5JA 1VCVA 3NDOA 1R47A 4NT0A 4R53A 4WXZA 3UPBA 5AYZA 3W73A 1ALDA 3P5YA 4IOTA 1FWTA 4DO5A 2ABBA 1RQEA 1FCQA 1EP1A 3T55A 3UWYA 4PL1A 2Z6JA 1G4SA 4UTLA 2CLFA 1GJPA 4ZQRA 3S5NA 1VZWA 4M6PA 5F2LA 5EL1A 3BG3A 4MIMA 2A4AA 2EGZA 4BI7A 3R12A 5DBTA 3EX1A 5KTLA 3KHJA 2D73A 3LHYA 2H6RA 1EWDA 3FJ6A 2P0OA 1W5PA 3C2FA 1SW0A 2ZZ2A 5LNVA 2VFHA 3FEMA 2VKZG 3L21A 4DF1A 3W70A 1G69A 4RV8A 3TFCA 4WXYA 1VR6A 2JGQA 1KM5A 3LRLA 3P5ZA 1TPEA 2VENA 2C14A 3HG3A 3TSBA 1I2RA 2ZCGA 3MHUA 3WK1A 4CQ8A 3TQKA 4WY0F 4YLWA 3HQ1A 2A7PA 2X30A 3B05A 2A7RA 2TMDA 4ZMGA 1F76A 5LNUA 1WOBA 4R34A 1SSDA 1TIMA 1OK4A 3W76A 3FLUA 1GPWA 1YDVA 3N3MA 4KKXA 2E6DA 2ZA1A 3W7HA 3NQVA 6ALDA 5D05A 1W5MA 1XBVA 3CIWA 4E38A 1B4EA 4O4WA 3W7KA 1CI1A 5CPLA 3LX9A 4NVTA 3H53A 1OFPA 1SPQA 1GTHA 3LCLA 3W2NA 3UXDA 5C54A 4QSHA 2CLIA 2ISVA 3W2MA 4DBEA 1DHPA 1W54A 5U7SA 1ME7A 2R94A 4PH6A 4DXVA 3LCGA 2WPBA 2F84A 1NF0A 5H91A 3DI1A 5KZDA 4I7VA 1XKYA 1LYXA 3VKJA 2O7QA 5F2MA 3C2EA 4DPQA 2G97A 4UFJA 2VFFA 2JKAA 5D02A 2Y62A 3G1YA 1QR7A 4NQ1A 4JY9A 1R2TA 1O95A 4Y8FA 5KITA 1KV5A 3PC0A 3ABRA 2B0MA 3FFSA 2ATSA 4AHOA 3CEPA 4PTNA 1Z41A 4MY9A 3SW6A 3PUEA 3MP5A 4MY1A 2CZDA 1IIGA 3P62A 5HQEA 2Z2UA 4XQ6A 5F4WA 3HG4A 2Q8LA 1EWEA 1TTPA 5LGZA 3PS7A 2WKJA 1ADOA 4WZHA 2A5HA 3W7CA 1MSSA 3FKRA 2ZRWA 4LNYA 3CT7A 3NQAA 4R33A 3LHTA 5DCDA 1G7UA 4JS3A 3RNDA 1LOQA 3KVMA 3G1XA 1K8YA 2RDUA 4RZ4A 3QW3A 1JUBA 4LOCA 1SZEA 3SR7A 3EWBX 4BWLA 2DZPA 1WX0A 1A5AA 3O63A 1NEYA 3INPA 1ZNNA 1PHWA 3PG8A 1KM4A 1PS9A 4LVGA 2ZZ3A 4FXRA 4UUIA 5CZSA 2OCZA 1ZCOA 5AYXA 5FEXA 4JX5A 1ZY9A 1I2QA 1Q6LA 3G3DA 4ZZ9A 2CLMA 3E96A 3L5AA 5CKSA 3TW6A 1TO3A 3I7RA 5C6MA 1TYGA 4JYFA 1UB3A 2QCCA 3A23A 3MMTA 2YW4A 1K7EA 5DN1A 2E1DA 4ICNA 3DHFA 1WXJA 2GVJA 2EPHA 2ZYFA 4WOQA 3W7OA 1JRBA 2V2DA 1SW3A 1KLZA 3O15A 4MJZA 3NZRA 1X8FA 2E77A 4A22A 3OA3A 1JUEA 4LS0A 1MEHA 5LGXA 5IBXC 4EVZA 2OMAA 1A53A 3HF3A 3HIJA 1JULA 2ZZ4A 1KW1A 1IXNA 1JCXA 4FNUA 5MHBA 5LNSA 3C2VA 3EWXA 2QAPA 3TE9A 5EY5A 5BNKA 4IMEA 4O28A 2B7NA 3WFAA 5D33A 3VNDA 1T99A 1G4PA 3HPZA 5CG7A 4HPXA 5DBUA 1YDNA 5E1QA 3M7WA 3NQMA 4UTUA 3DKLA 3ABSA 3STEA 2A6LA 2NWRA 4MOZA 1SFLA 1VCFA 3EXRA 1LM1A 3P8IA 2GQ9A 4S1FA 3DFOA 1YADA 1DKWA 1H1ZA 4OV9A 2ZFAA 2CU0A 4RLIA 4AXKA 4UTMA 5D03A 3TUUA 3BK0A 1QDSA 3MBFA 3HGJA 4FXSA 3HOJA 3WJXA 3GNDA 3F03K 1WA3A 2BTMA 4N6FA 5DELA 4RJEA 5I3JA 1I2NA 3W3OA 5BMXA 1HL2A 1GOXA 4HNTA 3GR7A 4JICA 1BWLA 2CZFA 3EWZA 4O13A 1X1ZA 4NNAA 2A85A 2Z0IA 1GEQA 5DXXA 5DY2A 5G1TA 3GKFA 1F74A 3QFEA 3WJYA 5HR6A 1OX4B 2QUVA 3THQA 2H3BA 2O7SA 3T78A 2YGYA 3KRUA 1VH7A 2J88A 2QCEA 1XUZA 4A21A 3PULA 3RF9A 1VLIA 1SFJA 2RHGA 4NZFA 3QM3A 3QF0A 3RK8A 3S0CA 4UFMA 4AEOA 4CQAA 2HS8A 3I6RA 1JCLA 1AW5A 4JIQA 1W5NA 1MXSA 3QRHA 4Y96A 3NM3A 3C4UA 4POCA 4PFMA 3P61A 5DCEA 4CNNA 1QOQA 1B57A 4ORIA 1ZHAA 4K36A 4NXKA 3QW4B 4H6KA 4ADTA 2ZA2A 5C5YA 3DGRA 4NJGA 1TRIA 3UY8A 1KM3A 5FF2A 4X2RA 2BZNA 1B4KA 2YXGA 4Q32A 1RZMA 3M5XA 2EKCA 5L9FA 2JKPA 1W31A 3W7NA 1QMLA 4UFLA 3W7PA 3A22A 2BXVA 3OVPA 2Y61A 3LTSA 4NX5A 2EF9A 4L4MA 3B0PA 3MWAA 3E9AA 5AHFA 1ZJIA 1SO3A 3M44A 4BK9A 3D0CA 3BG9A 2GOUA 2DORA 1F6PA 1E51A 4AWSA 3UZ5A 4MFDA 4UNLA 3RFAA 3G22A 2NX3A 3LV5A 3C0JA 3CC1A 3WJZA 3QMTA 4MFEA 1FY6A 4JTIA 4IXHA 3PY2A 2VEMA 5AFDA 3NPVA 4XBSA 3CIXA 1B9BA 4KFNA 2RH9A 1D3HA 1F5ZA 1W0MA 4UR8A 4DF2A 1YXDA 4LRTA 3PSVA 3L65A 2GQ8A 5AC7A 3SGZA 1VYSX 3C8FA 3SGUA 3W1LA 1JCMP 1H51A 1H7OA 4OV4A 5G2IA 1LLWA 4DBDA 3NGJA 1FBAA 1XUUA 2NV2A 2DZSA 1OYAA 4JYDA 4OE7A 3FJLA 2WQPA 4LTSA 1OFRA 4TMBA 4I9AA 3LTYA 4N2YA 4WQ6A 1BEUA 3FA5A 4M19A 5IM51 2QCDB 1EP2A 1DQWA 4OGZA 3IV3A 1YXCA 3BPWA 4RXFA 1XC4A 4FNQA 4I7WA 2NLIA 1R30A 2QCFA 2QCMA 2B4GA 1U83A 3T4CA 1DJNA 4XTIA 1QO5A 4UTWC 4H4IA 2WSYA 1FQ0A 3P60A 4Z08A 4RK8A 3MUXA 1PCWA 3C56A 1AW1A 3THAA 3PB0A 3P8JA 4B5NA 3HBLA 3KX6A 2CW6A 1UUMA 1GVOA 2W0UA 4YWIA 3PF3A 3W23A 1P4CA 1JCYA 3ABOA 3TH6A 1X7FA 4L4LA 3DFTA 3MJYA 4NX0A 3PAJA 1P5BA 3LTPA 1GYNA 2VFEA 4FNTA 4LC6A 3IGXA 5EMUA 3DU0A 3QQ1A 1OJXA 4JTEA 5K9XA 2PURA 1A50A 2DJXA 1TSIA 4UNKA 3NO5A 2LLEA 3G1VA 1H7NA 1VS1A 3ANYA 3O06A 4UTKA 3M43A 3NXFA 4BI6A 1FWNA 1J2WA 4JDYA 5FF0A 4AWUA 1H7WA 2ABAA 3CB8A 2QR6A 1XXXA 3IIZA 3L9CA 1KFEA 5L6UA 5F1VA 4GJ1A 1J4EA 1S5TA 3STCA 4UTTC 3QYQA 2QUUA 1Q3NA 4O14A 1WQ5A 4O4VA 1ZAJA 2AQWA 5I3GA 1EA0A 2YZRA 5FF7A 3IRDA 5KSWA 2TRSA 2CLKA 4JN6A 4ADSA 1Q45A 2V5BA 4RKAA 3W2LA 4UMBA 1W3IA 3I7SA 4K8HA 1O4UA 3B06A 1JVNA 4AMAA 4Z1AA 3NL5A 1PV8A 1EP3A 4JTTA 3TC7A 1WDWA 2FJKA 2C15A 5G5IA 1G4TA 5K4ZA 1T8XA 3NG3A 3SECA 2NXHA 3K30A 3IIOA 4J9JA 4JTGA 1KTNA 4TR9A 2NUWA 3G3MA 3PBUA 5CGQA 2X1SA 1SZNA 4TO8A 2V5LA 3FYOA 1EUAA 1CW2A 4N6EA 4XZ9A 4QIUA 4S2CA 3LERA 1TTQA 5LSMA 1RPXA 2Q3RA 1LP6A 3EX4A 3OEXA 1TV5A 1GVQA 3DZ1A 3SY5A 2QCHA 4DELA 3O16A 5AN7A 1QPQA 4NZJA 2Y63A 1H1YA 5J5RA 5SWUA 1OF6A 3M9YA 4ZL1A 1AL8A 5AC8A 3W74A 3W1AA 2DP3A 3HG5A 2H8XA 4GUIA 3HGSA 2CWNA 1YYAA 2V0TA 3F4WA 3LHZA 4XTDA 1BKSA 3TQVA 3P67A 4ML9A 5D2VA 3VFLA 5TBOA 5EBUA 1FX6A 2J6XA 5D2TA 1HUVA 3L5LA 1GG1A 1H50A 2HS6A 4O10A 5FF3A 4GC4A 3S9YA 1JJKA 4JEQA 5A5WA 3VE7A 2ZRVA 1XFBA 3W1UA 4O0ZA 2QJIA 2NUYA 3EWWA 4WY0A 2ZBTA 5CSSA 3HG2A 3PM6A 4MKNA 2YR1A 3M47A 2PRHA 1XDLA 4GUFA 3LV6A 4X9SA 4P2VA 1L9WA 2WNZA 3QEZA 2C0AA 1I4NA 4JTJA 1QOPA 1W5OA 2HTMA 3P7YA 4UR7A 4MJMA 2E5BA 4O1BA 2J24A 3I65A 4YL2A 3HB9A 4X3ZA 4IMFA 1SSGA 2FPYA 4M7SA 4BI5A 4UCGA 2DZVA 2ISSA 3LCXA 1SO5A 3S1VA 5T26A 4UTJA 2Y6ZA 3G8RA 3N19B 4JXCA 3CWOX 5HMSA 3G1DA 1SQ7A 2NWSA 1PL9A 3NQFA 3QPZA 4QISA 3QMRA 4Y90A 1GVFA 4AHPA 4HKPA 4IWWA 4CQ9A 4N9CA 3EB2A 3LGEA 3P82A 3AO0A 3C2OA 5K4XA 3TKFA 5D32A 4PODA 3NQ7A 1Z48A 5D09A 1UUOA 3GIYA 3DBPA 1W5QA 3PUOA 1OFOA 3E0IA 5BMWA 5TQLA 1OFDA 1GQNA 5I3IA 3S42A 3A9IA 2A0NA 3IIVA 3C2RA 1YTEA 2W6RA 1FXQA 4BR1A 1QWGA 4NNBA 3G0XA 3CQ0A 1K8XA 3U6WA 1OG0A 1ICSA 3A5FA 4XWUA 1ZAIA 4AH7A 4XBKA 1B3OA 3H54A 1OX4A 2Z1BA 4NJJA 3W22A 3MYPA 1IXQA 3BW3A 4JTKA 3CTLA 4PA8A 4O15A 2VFDA 1DBTA 1K03A 4Z1CA 3SZ8A 4FHAA 1SZGA 2A7NA 4MZ1A 3UY7A 2V8ZA 1ZALA 4RXGA 2KZHA 5DCBA 1T0OA 1I2OA 1KFJA 3CEUA 4N02A 1QFEA 1H63A 3SIZA 1NFBA 1A5CA 5DLCA 1D3GA 4ALDA 2WJZA 3NNTA 4JX6A 2PRMA 5I3KA 3HPSA 1LZOA 2E6AA 3UWWA 3I7QA 1XI3A 3NA8A 4Y6GA 1FWSA 2FPVA 2A1YA 4CLMA 2TPSA 3M5ZA 1VPXA 4HSOA 1LOLA 4GBUA 4IMCA 4AF0B 3TIMA 2P1FA 5DXYA 4P61A 3TROA 3P81A 1GT8A 1YTKA 1ML1A 2FDSA 2XN1A 2ZRYA 3C61A 4HSNA 4OBTA 1X1OA 3KRSA 4XKYB 1HO4A 3MI6A 5CPMA 7TIMA 1I2PA 3KRZA 3F1QA 1LORA 3DFQA 1TB3A 1KBJA 3B8DA 2GJLA 4EOUA 5K7JA 4WX2A 3HJZA 1OYCA 5LZLA 4DEFA 5D2YA 1FCUA 2TSYA 2JK2A 2GUUA 3BW2A 4IMGA 1O5KA 3G18A 4JIPA 1JCNA 1HG3A 2FTPA 2QKFA 5AB3A 1HFBA 1LDCA 5BW6A 3KOFA 3USBA 1WBHA 3BV4A 2E09A 1VQTA 3MHGA 3MBDA 1EUNA 1QPRA 4UMAA 1O94A 1M6JA 2VEIA 1Y0EA 2ZZ6A 3NL2A 3T40A 2H90A 4WOZA 3N9SA 1P1XA 3W7RA 3FKKA 3TV8A 2J9XA 5AHIA 1X6UA 5F4SA 1M5WA 1F05A 5AYYA 3TXZA 5HWNA 3PWAA 5G2WA 3GXTA 3VI2A 3LI0A 1VGAA 3O6DA 3AJXA 3L68A 3TAKA 4LY8A 2DJLA 3NZ1A 5D30A 1MZHA 5EA9A 2VOMA 1JR1A 3W9ZA 3O05A 2OZ0A 5FESA 4NJIA 3LBMA 3KVLA 4M7TA 3S5YA 3MI2A 3C6CA 2QCDA 3ABQA 5KZEA 2I1OA 1K7FA 1OFBA 4TIMA 2V82A 4FO4A 2C18A 4AAJA 2ZDRA 4PCFA 1J5TA 1TPC1 1NF7A 2XN2A 3R5EA 1DV7A 3O6YX 1LRTA 4LVBA 2Y89A 4O57A 3LCFA 5EPDA 3W7EA 4LS2A 2QF7A 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 1YPI A;  1FWR A;  1G7V A;  2Z6I A;  3ATZ A;  4NXS A;  1MEI A;  1C8V A;  2DZU A;  1DQX A;  3O1N A;  3QH2 A;  4GNJ A;  3RMJ A;  4WD0 A;  1JUK A;  1XL9 A;  1TPB 1;  4KWV A;  4O1C A;  3TMQ A;  3NQE A;  3G1H A;  4LRS A;  4HHP A;  3L5M A;  1QO2 A;  4Z1B A;  4IX2 A;  1ME8 A;  4QQ3 A;  5HNR A;  3W2U A;  3PVF A;  5HIN A;  3EKZ A;  1K3U A;  3OG3 A;  1SW7 A;  2OJP A;  1KM2 A;  2RKX A;  3U8G A;  3M0Z A;  1UCW A;  3GB6 A;  3TCE A;  4HT3 A;  5CZT A;  3DI0 A;  2IQT A;  1QCW A;  3YPI A;  1JQX A;  1W1Z A;  4LVA A;  1SUX A;  2Y70 A;  2EAW A;  2ZA3 A;  4JDB A;  4FX7 A;  1H62 A;  1P0K A;  2WNQ A;  4DF0 A;  3UWV A;  1THF D;  1L6Y A;  2GVG A;  3IGS A;  2YYU A;  4N9D A;  3MHF A;  1TQX A;  2QJG A;  5BRB A;  5D04 C;  3HGO A;  4AWT A;  3LHV A;  3PBW A;  4ZQN A;  5LHE A;  3SFK A;  2GPT A;  2E5C A;  3DKJ A;  1KFC A;  3TSM A;  1YDO A;  2V2H A;  3BO9 A;  2A21 A;  3UWU A;  1QPO A;  3PBV A;  4O8R A;  4IPI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3BLL A;  3LRM A;  1PUD A;  4HYW A;  3PTD A;  1RBL A;  4WKF A;  5FIP A;  4UNI A;  2WMG A;  3UXL A;  2B7Q A;  1S38 A;  5AHN A;  3WQW A;  3NSM A;  2V3D A;  3UPW A;  1V6Y A;  3PZG A;  3SCQ A;  4H83 A;  3M0K A;  1RQH A;  3RIT A;  3EEZ A;  5HBF A;  2C19 A;  3R79 A;  1YPX A;  3Q58 A;  4IIC A;  4AD5 A;  1KXQ A;  3SN4 A;  1PKL A;  4WXZ A;  1TX0 A;  3OO2 A;  1AQM A;  4R9O A;  1ALD A;  1FWT A;  1FCQ A;  1RY0 A;  3IJI A;  1G4S A;  1ZS2 A;  2NT1 A;  2W3Z A;  2Y24 A;  4DRS A;  4AIO A;  1MUW A;  2EGZ A;  3R12 A;  5KTL A;  2D73 A;  4R7W A;  2QUM A;  1AA1 B;  4WK9 A;  1IWP A;  4FPS A;  3FJ6 A;  2P0O A;  2E25 A;  2P53 A;  3GE7 A;  4MTV A;  4ZXL A;  3N17 A;  5LNV A;  2VKZ G;  3L21 A;  1G69 A;  5CBJ A;  3TFC A;  3WLI A;  1I1W A;  2W61 A;  2C14 A;  1QAS A;  3WQ6 A;  2ONE A;  2R6O A;  3TQK A;  3RR4 A;  4C6E A;  4YLW A;  3HQ1 A;  5CBB A;  3ZZ1 A;  1XLK A;  3QR0 A;  2X30 A;  3B05 A;  4ZMG A;  4LF1 A;  5LNU A;  4M82 A;  4DLF A;  4XKM A;  4E2V A;  4K1W A;  3KBJ A;  1JD7 A;  4WJX A;  4KKX A;  2E6D A;  1VIW A;  3W7H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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