2GFT | Genus

Total Genus 145

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	145
sequence length	386
structure length	386
Chain Sequence	GLYVEKVSGLRKDFIKGVDVSSIIALEESGVAFYNESGKKQDIFKTLKEAGVNYVRVRIWNDPYDANGNGYGGGNNDLEKAIQIGKRATANGMKLLADFHYSDFWADPAKQKAPKAWANLNFEDKKTALYQYTKQSLKAMKAAGIDIGMVQVGNETNGGLAGETDWAKMSQLFNAGSQAVRETDSNILVALHFTNPETSGRYAWIAETLHRHHVDYDVFASSYYPFWHGTLKNLTSVLTSVADTYGKKVMVAATSYTYTAEDGDGHGNTAPKNGQTLNNPVTVQGQANAVRDVIQAVSDVGEAGIGVFYWEPAWIPVGPAHRLEKNKALWETYGSGWATSYAAEYDPEDAGKWFGGSAVDNQALFDFKGRPLPSLHVFQYVDTGTP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Oligosaccharide binding of Bacillus licheniformis endo-beta-1,4-galactanase rcsb
molecule keywords	Glycosyl Hydrolase Family 53
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus licheniformis
total genus	145
structure length	386
sequence length	386
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date	2006-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07745	Glyco_hydro_53	Glycosyl hydrolase family 53

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2gftA00

3UG4A 1V03A 1CXKA 3EDKA 1J18A 1W9VA 1MXDA 5BXRA 1MFVA 2E8ZA 5ABEA 1BHGA 1QHZA 1JIBA 4BQ4A 2WHJA 4WKHA 2J7FA 3WMBA 2J4GA 4ZE4A 3W0KA 1PIFA 2JIWA 3W28A 5CGMA 1KWGA 1CPUA 2XG9A 4HU8A 4Y7EA 1TE1A 4JKKA 3GXIA 2ZX6A 5BXPA 4MPKA 3S6TA 5E6ZA 1JXJA 1E4NA 5LA0A 1GONA 4U2YA 5DT5A 1HP4A 1UWUA 5AYBA 3LPFA 5EBAA 2VT0A 1RP8A 4UQ9A 3KL3A 4IUGA 1FOBA 1WZLA 3K8KA 1G9HA 2DIEA 2WWDA 4AW7A 2GJPA 1DWGM 3AROA 1XSIA 2D3NA 3EDJA 1KFWA 1VFOA 3DECA 5A6MA 2WMGA 1Q6FA 3IJ8A 2DSVA 2W5FA 5A69A 5BXTA 5JBDA 2OLHA 4GPNA 3CUGA 1NQ6A 4B3LA 3MUZ1 2DSWA 2WPGA 3SCSA 1HP5A 1GJUA 3N17A 2D3LA 1VIWA 2J7BA 1V02E 2XVKA 2DH2A 5I6SA 2WHMA 3VINA 4MDOA 1ISYA 1TVNA 2V3EA 4D6CA 2WCGA 2PWDA 3B9AA 3CZJA 4W5UA 5GNYA 3T08A 1MXGA 1LWHA 2VCCA 5CLTA 4FLSA 2PC8A 2E0PA 4J28A 2DIJA 5D9MA 1HXJA 4JFVA 2WKGA 4ACYA 4ACZB 1V0MA 5AC5A 2WWCA 4P8VA 1SMAA 5F7UA 4AZ7A 1CYGA 1B90A 3PZNA 3WD2A 1HJUA 2YLAA 1JYXA 1ITXA 1TCMA 4WKFA 2CNCA 5ECUA 4GIAA 1CNVA 3VGDA 5BWFA 2PI6A 2F61A 1GZJA 2J8FA 4QLJA 1E40A 2WK2A 2J7CA 2ZXDA 4JKMA 3IAQA 8CGTA 3UR7A 2JE8A 2D0FA 1NARA 3II1A 1ODZA 1CLVA 2WKLA 2DDXA 3CO4A 4CVUA 2Y4SA 4E4PA 3WNMA 1E5NA 3L2MA 3CLWA 2XVNA 3GH4A 1UD2A 2J7EA 3APGA 3KL0A 3A6OA 4WF7A 1R8LA 1V6YA 3AIBA 1XYFA 3PZMA 1IT0A 2QMJA 5LA2A 1JFHA 3VGGA 4W84A 2ZXBA 1BFNA 2QLYA 4A3YA 4JHOA 3L4YA 5DT7A 4Z2JA 3ZR5A 1FHLA 3WNKA 1VBUA 1SMDA 4YHEA 2PWEA 1ZL1A 4D1JA 1AQHA 3ALGA 4V2XA 1UZ4A 3VILA 4OIFA 3LPPA 1OSEA 4ZXOA 5C8BB 4LYPA 5CXPA 1UYQA 2UY5A 1E1FA 1K9DA 1B9ZA 3WH9A 1UH2A 5EFFA 4OZOA 5E6YA 1KXTA 7TAAA 1JAEA 2X8RA 4AY1A 4X0NA 4W8LA 1U2YA 1W3LA 4ZEPA 2J47A 2PWHA 1PAMA 1MW1A 3VD5A 4OBSA 1G94A 3WH8A 2CHOA 1ISVA 3AOFA 3CPUA 2FDMA 1G1YA 3IAPA 2XPKA 1M7XA 4UFKA 3N15A 4TOQA 1KR0A 1FP8A 4H7VA 1C3FA 1OD0A 4KRTA 5JUVA 1JZ7A 3FW6A 3PZIA 1GCYA 3GYCA 1UWSA 4D6DA 4JFUA 2VQTA 4PCTA 3W38A 3CUHA 1M01A 1UKSA 1E73M 3ARWA 5GQBA 4Z2LA 2VZTA 2YKKA 2W66A 3L4ZA 5D4YA 2YDRA 1LL6A 4HOXA 4PSPA 1OCQA 1C93A 1CDGA 5I2UA 2W91A 1JZ6A 4MDPA 3N18A 1QI3A 2X2YA 2VVNA 1F4HA 1VRXA 2BXYA 2VZSA 1C8XA 2O9TA 2BHYA 2Q8XA 1OIFA 1CECA 4FLOA 2UY2A 3L4XA 2D1ZA 1XV8A 1VFMA 2XTKA 2OWXA 1XCXA 4D1IA 3I3DA 3VD7A 4U2ZA 2C0HA 1EA9C 4HZ8A 1KBKA 4PMUA 1HNYA 4UOZA 1QOXA 4D6JA 4AZBA 3PTMA 1BVNP 1UZ1A 3WFZA 3VMNA 3K8MA 3AISA 3AMLA 5CGTA 1G01A 1QNPA 1UD6A 1IZKA 1UA3A 3ZT5A 5A1AA 1GHSA 1G5AA 1JYNA 4D6FA 1VF8A 3UERA 1XYZA 3WD1A 3CH9A 3MMWA 5D9NA 1MW0A 2BY3A 1MYRA 3WY1A 3GNPA 3F5KA 2ZWYA 3WDRA 3UCQA 3WF2A 1JYVA 4EK7A 1B3XA 3WD4A 1E3ZA 3OG2A 1JZ5A 2V3GA 3AIRA 4OJYA 1MQPA 1SYTA 4NZCA 5A2AA 3GXFA 3PBGA 1FH7A 1KGWA 3JUGA 5M03A 4CU8A 3VDAA 3WEOA 1R85A 1JYWA 4ZXLA 2XFFA 1V6XA 3QGVA 1HJSA 1EDGA 3CTTA 1QNOA 2WVVA 1EQCA 1WDRA 4PTMA 1EO5A 2YDQA 3BAWA 1BF2A 3RDKA 1CGVA 2IUZA 3N12A 2CETA 2E9MA 4TVCA 4W93A 1XHGA 4QCEA 2DT2A 1HKMA 3M07A 1AVAA 1UWTA 1QI2A 1GPFA 2YDSA 4U3AA 1CGTA 1D2KA 1PX8A 1JF6A 3W6MA 1E6XM 4Q22A 2CEQA 2ZUNA 5FOOA 3WD0A 3MMDA 5BCAA 3W82A 2W92A 3U7VA 2BHUA 4QCFA 4UZSA 2E3ZA 1DEDA 3LPOA 2W4XA 1WZKA 5FKYA 4W8BA 3WEMA 4LYRA 2IXUA 1DHKA 5E0FA 1UR4A 3J7HA 3BH4A 2CBJA 2D24A 1UWIA 1WE5A 1L0PA 3VGEA 3WQ8A 5A6SA 1DTUA 4UOQA 3WDHA 2VX6A 4F66A 3DHPA 4XB3A 1WKYA 3T2QA 3BAIA 3VNZA 2YL5A 3K8LA 1KCKA 1UD8A 4WLCA 3EMQA 1LL4A 2CBUA 1CTNA 1QHPA 1V3LA 4CU6A 3ZIZA 4HU0A 3AIVA 3AXHA 2WCSA 4U5KA 3W27A 2IXVA 3AQUA 3FNDA 5KEZA 1WZMA 5HPOA 3T0AA 3WUFA 4MB3A 2C8NA 1GOWA 3VIKA 3ZJKA 3BAXA 4TXEA 1GOOA 1CIUA 2WMFA 5IFTA 1HJXA 3RM8A 4DWSB 2BXZA 1DWAM 3FXYA 2XSAA 3D3AA 2X0YA 1BYAA 4J3TA 1QBBA 2ZXQA 1CGYA 1BAGA 2GJXB 1V0NA 1E6QM 1WDSA 4MB5A 2RGMA 2A3HA 1MQRA 4TTGA 2PWFA 2XWDA 1FFRA 3IK2A 4PMNA 4H8VA 1E4LA 4QDMA 4URIA 4F9JA 1NOUA 1E56A 3GDBA 5AYIA 2AOSA 1OINA 4UZUA 3ZMRA 2BV9A 3T2PA 1SR0A 2JIEA 2YA2A 4IISA 3AZRA 4A4AA 5I5RA 1GOKA 2F2HA 2JF7A 4GO9A 1UOKA 4AZGA 1QI5A 3LPGA 3AJ7A 4MNMA 3KE0A 2XGBA 1TZ7A 3U7BA 1NOFA 4LYQA 3O9NA 2Y2WA 2OYKA 2WMJA 4GI9A 2OSWA 3WF3A 4JL2A 4IPNB 5TD4A 1H41A 1MW3A 4PTVA 3WSUA 1EQPA 3WN6A 4H8UA 3ZR6A 2DT0A 5ABFB 3T09A 4J7RA 4W8AA 3BXWA 4WSKA 4CCCA 3EDEA 1RH9A 5A8QA 4HTYA 1WO2A 2DQXA 3HMCA 2DSUA 2DSKA 3PTKA 2Y24A 5CPTA 1V0LA 1BG4A 2RGLA 4QLLA 1I75A 3GBDA 4AZCB 3AHYA 3F5JA 2YL6A 3T2OA 2VRKA 2WHLA 3WUEA 3WUGA 1LJYA 5A95A 5KZ6A 1H2JA 3GXMA 1ECEA 1PZ2A 1EXPA 3TTSA 1K6AA 2ZUVA 1X6NA 3CIVA 1PIGA 3CBWA 3MUY1 5DO8A 3BMVA 1H4PA 3DHUA 4TTUA 3VM7A 1E70M 3WNOA 4DWSC 1RPKA 4HZ6A 2FGZA 1WB0A 3AFBA 5HNNA 2ESCA 2WAGA 4PMZA 2OWCA 3CZEA 5JIWA 3L4UA 4ATLA 3WQ5A 3WDQA 2JF6A 3MKKA 3SCVA 1LQ0A 1LG2A 4H41A 1HJQA 3M6DA 4MAVA 4AMCA 4DWSA 4AD2A 4QFUA 1D7FA 1HF6A 1UG6A 4HMDA 4GZIA 1E6RA 4CUCA 5FD0A 5JBFA 2XWEA 4U31A 2GJXA 1W91A 2J79A 2VJXA 2YLLA 3TTOA 1WNOA 4AISA 1CGXA 1HX0A 1QI0A 1VAHA 3B8SA 4PMVA 4BQ5A 1NM9A 1V6UA 2WCAA 2QHAA 4P7LA 1EHAA 3OBAA 4JFWA 3UEQA 1KCLA 2NT1A 4W5ZA 1ZS2A 4GI8A 4LX4A 3U57A 2J62A 1QI4A 2DEPA 2XJ7A 3WL1A 4EE9A 2XFYA 4TX6A 1GORA 2NT0A 1GOMA 2DH3A 5CZKA 1JDDA 2ZIDA 5IXEA 1ZBKA 3BAKA 4V27A 1UKQA 3SUUA 1E6PA 5M17A 1RD6A 3TTYA 3N9KA 3VD3A 4BS0A 3SCPA 2A3AA 3SCNA 1J11A 3OGSA 4HOZA 1NP0A 1CGUA 3PHAA 2VOTA 2VNCA 4CD6A 1O7AA 4AZHA 3BMWA 1ITCA 3WDJA 4AD5A 3WQ4A 5DF0A 4UOJA 5ABFA 3TTQA 3TONA 1J12A 4R5EA 2OSXA 1UKOA 2F8QA 1OT2A 2E9LA 2J78A 3L2LA 2NSXA 4UFJA 1FH8A 2OSYA 1DWJM 4WKAA 4AZCA 3CZ8A 5I78A 2G3NA 2GDUA 2WZEA 3AYRA 1N82A 2DT3A 4BF7A 1VEPA 4EKJA 3WNLA 2WZHA 1JAKA 1US2A 2V3DA 1AQMA 3SUSA 5A2CA 3CUJA 4E2OA 2BS9A 4OOUA 1LL7A 3CGTA 2YA1A 3SCRA 2D20A 1JI1A 1XC6A 3PZQA 1UA7A 3NJ3A 4N42A 3BC9A 1KXHA 1TFVA 1OB0A 1X1NA 2FHFA 1C7SA 2XYLA 1GHRA 4WIWA 1BPLB 4UQBA 1Q4NX 2PBGA 1C8QA 2XSBA 3NDYA 1TMQA 1U33A 1EO7A 3AIUA 4J27A 1OBAA 1WDQA 3W81A 2VX4A 4H04A 1W9XA 1J9YA 1VBRA 3DC0A 3AIEA 2BNJA 3AZSA 1BG9A 3MV11 1LWJA 2J25A 4DWSD 1DWHM 2WVVB 1J0KA 2XHYA 2W61A 1RP9A 2V5DA 4UQDA 3W24A 1LLOA 4J3VA 4MNJA 1KWKA 3RM9A 1EHNA 4BA0A 3DYMA 1C8YA 1V3IA 4QAWA 4UFHA 2ZX9A 2ZUUA 3BLPX 3MMUA 1R86A 7CGTA 2XIIA 2JALA 1GVIA 4ZENA 3IJ9A 1QW8A 4MB4A 4AXNA 2X05A 3W25A 1BGAA 3QR3A 1UQZA 5A6KA 2BFGA 1UH4A 3FHQA 1HIZA 2GJRA 4YPJA 1R7OA 3BAJA 2X0HA 3WQWA 4FLRA 5I24A 5LA1A 4L4OA 3T0BA 1LG1A 1TA3A 4W85A 4GKLA 4XUYA 1U30A 5LYRA 3RILA 1NWRA 4HP5A 4PYSA 3WF1A 3AIWA 1CENA 4MNLA 2X09A 4W7UA 1O6IA 4Z2HA 3AS0A 3WFLA 1NWTA 3QOKA 5JIPA 3G6LA 3ARYA 3N11A 2G4FA 1KXQA 3VGBA 3VGFA 3WF4A 2G3MA 1JD7A 5D8WA 1Q6GA 2FHBA 5BXSA 2BVTA 1BSIA 5HDRA 5I3DA 5E9AA 3WH7A 4AZ6A 1J01A 2WVUA 1NOWA 1UR8A 2VUYA 4C7DA 4YHGA 5DMYA 5BROA 2WVSA 1ISXA 1IZJA 5AY7A 3EYPA 3L4TA 5CSYA 1UR9A 3ZO9A 2PB1A 2PF0A 3CMGA 3NCOA 5FL1A 4K68A 4AC1X 2XM2A 1C92A 2D0GA 1R87A 3K4AA 3IJ7A 4M80A 1LF1A 2TAAA 5AC4A 4HZ7A 3WNNA 1XSKA 3VIGA 3FY1A 3ARXA 3W6LA 1UQYA 5DFAA 4PMQA 4W7WA 5E09A 1QPKA 1K9EA 4GINA 4JZ5A 4DUWA 3AHXA 3WH6A 2O9RA 1J0YA 4M56A 4EANA 2G41A 1VENA 2YBUA 3VM5A 2WC3A 4GQRA 2HVMA 4DM2A 1HL8A 2VTFA 4WK9A 3SUVA 1BVZA 4HA3A 3AHZA 1Q6DA 2W67A 1EDTA 3RM4A 3VIMA 4XZBA 4HPHA 1CZ1A 3W53A 4D6EA 2A3BA 1W9DM 3VIIA 1OWQA 5D9PA 2AAAA 1M03A 1W3KA 3W37A 1GNXA 3RMEA 2GSJA 3M46A 2VL4A 3VX1A 3ARQA 1HT6A 2XVLA 2J74A 3AMCA 1ZBWA 4HA1A 3KEHA 4CD5A 4UFIA 1KQZA 5A8OA 1JNDA 1H09A 2BY1A 1FA2A 1UD3A 1ZBVA 1OGGA 8A3HA 4PUEA 1XSJA 3VGHA 1CGWA 4AD1A 3S2CA 3AMDA 2GK1B 1IV8A 3ZM8A 3ZQ9A 4CCDA 1AMYA 4V28A 2YL9A 1E9LA 2ZUTA 2PBOA 2DGAA 4PN2A 2J75A 2QMKA 2WBGA 2O92A 2WYSA 1E6NA 3VOCA 1E0XA 4B3KA 1NH6A 1ZJAA 5FCZA 3ZT7A 1OD8A 2W62A 1CBGA 5M5DA 1J10A 1UD5A 2JEQA 3CZKA 3N1AA 4DM1A 1CWYA 2WW5A 4MAZA 1C7TA 1UD4A 2VCBA 3WIJA 1JZ2A 3MUAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chord Diagram

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