2GJL | Genus

Total Genus 109

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	VFRTRFTETFGVEHPIMQGGMQWVGRAEMAAAVANAGGLATLSALTQPSPEALAAEIARCRELTDRPFGVNLTLLPTQKPVPYAEYRAAIIEAGIRVVETAGNDPGEHIAEFRRHGVKVIHKCTAVRHALKAERLGVDAVSIDGFECAGHPGEDDIPGLVLLPAAANRLRVPIIASGGFADGRGLVAALALGADAINMGTRFLATRECPIHPAVKAAIRAADERSTDLIMRSLRNTARVARNAISQEVLAIEARGGAGYADIAALVSGQRGRQVYQQGDTDLGIWSAGMVQGLIDDEPACAELLRDIVEQARQLVRQRLEGMLA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of 2-Nitropropane Dioxygenase Complexed with FMN and Substrate: identification of the catalytic base pubmed doi rcsb
molecule keywords	hypothetical protein PA1024
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas aeruginosa pao1
total genus	109
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 1.6.5.11: NADH dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	2006-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03060	NMO	Nitronate monooxygenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2gjlA00

4PEKA 3G8EA 4CNNA 3W7GA 3W1MA 1VH7A 3OEXA 5K7JA 4JX4A 2VENA 4Z0JA 4ADUA 2WV8A 5DELA 3W22A 1MO0A 3NQMA 1YXDA 1PS9A 3S0CA 1W5NA 3NQ6A 1W5PA 2CLOA 5HUPA 3T78A 3MHFA 1X1ZA 3GXPA 5DXXA 3W07A 3QRHA 4DPQA 2R91A 1HFBA 3O16A 1EX5A 3EXSA 4Q4KA 5HWJA 3W72A 4LV9A 2CLEA 4O50A 1QDSA 2V0TA 3A24A 1L6WA 5D09A 1H7PA 1D9EA 1QPOA 1S5WA 1VYPX 1S3HA 4ZQOA 1FDYA 2JK2A 3A21A 2XN2A 4FX7A 3F4WA 3C56A 1QO5A 3DFOA 3S5ZA 5T26A 3W1RA 1KTNA 3TQ0A 3HGOA 2ABBA 2ZA3A 5BNKA 3W88A 3KVLA 4HNVA 3W85A 1K8ZA 5AC8A 2I14A 4BFAA 3SY5A 3MP4A 4QSHA 2RHGA 3M41A 1SPQA 2HS6A 4JXCA 4OU1A 3SZ8A 3P62A 3P80A 3W1PA 4NVTA 3AO0A 3TKFA 2BSLA 2QJGA 1QPRA 4Z1BA 3W73A 4KFPA 3PBUA 1BKSA 1GT8A 5LHFA 3W84A 1H1YA 1EB3A 2DZXA 1JR1A 4OT7A 3B03A 1B4KA 2VC6A 1GYNA 1C9DA 4LVBA 4TR9A 3CIWA 5D37A 1JRCA 5D38A 5LNRA 2NLIA 5AFDA 1PL9A 1G4EA 5D02A 3P8JA 4JDBA 3CC1A 1B9BA 5F4XA 3ABOA 1UUMA 1G7VA 1I8JA 4Q32A 1FCBA 4A2SA 1KM2A 3B06A 5A8GA 4JX6A 4N6FA 1K03A 4O13A 3ANYA 3V75A 4AF0A 4JTTA 5D2VA 2QCLA 3W75A 2H6RA 3C2FA 4LU0A 4UTIA 2NWSA 2ALDA 4GC4A 2NUWA 4EOUA 4O57A 3MYPA 3DAQA 5I3KA 1H7OA 1GVOA 4WZHA 4GE8A 3INPA 4O0ZA 1IIGA 4UNLA 4IPJA 3W7CA 2ZCGA 1WYIA 1AK5A 4R33A 3PULA 3LV5A 5DXYA 1ICQA 1CX9A 3O6YX 3P74A 4LUIA 1ZFJA 3W7NA 3GR8A 1Y0EA 3TH6A 1SSDA 5DBUA 2F7FA 1JRBA 1V7YA 2WNNA 1F6KA 3NQ8A 4K36A 3QW4B 4H4IA 3W1AA 1DJQA 3U6WA 1TTJA 1VHNA 3IV3A 1D3HA 2ZZ7A 2W79A 5D30A 4HIBA 1XXXA 1WAUA 4JTGA 1VHCA 4WXYA 3TNOA 3PY2A 3NQEA 3MJYA 2B7PA 2GJLA 2AQWA 2WPBA 3PS7A 2NX3A 1EIXA 1FQ0A 3LOTA 5AC6A 2BX7A 4HNNA 4AWTA 3WJYA 1TV7A 2X2GA 3KFTA 5HR7A 1SUXA 2YFNA 2P10A 2EGZA 4BF9A 5U4NA 4BI5A 3LCFA 3W2LA 2A21A 1XBVA 3IVSA 1C29A 1MEIA 2YW4A 5I3GA 4LVDA 3QSRA 3UYCA 1W5QA 1H50A 4WJEA 3N14A 1XI3A 1H62A 4JNMA 1A5BA 5L6UA 2C0AA 2ZRVA 1TMHA 3EWZA 7TIMA 5G4WA 2VFGA 1W5OA 3SECA 1FWSA 2QKFA 1ICSA 1G4TA 1F2JA 2V81A 2QCMA 3W2JA 1H5YA 4MY9A 1L2UA 4AXKA 2QAFA 3GIYA 1H61A 1IF2A 1LP6A 1VC4A 2LLEA 3QW3A 3EWYA 1VJIA 3CT7A 4POCA 3SGZA 5C6MA 3DHDA 1VRDA 3DFTA 1AMKA 1TPFA 2QDHA 1OFDA 1SR9A 2Y70A 3NL6A 5AC7A 4FO4A 4O18A 2QF7A 3RLVA 4EIVA 3PB0A 2X1UA 3Q58A 4O1BA 3O1NA 1LORA 3C4UA 2QCDB 4FNRA 3W7KA 4C1LA 3P82A 1T0OA 2DJLA 4ADSA 1AL7A 4JEQA 2X1SA 4UTTC 1TTIA 1TQJA 3R5EA 1H60A 3M5XA 2DP3A 4JTFA 1KTBA 2NXHA 5H2ZA 3TAKA 3PSVA 4QIUA 3NPUA 2E77A 3I68A 4ZQMA 4N9EA 3STFA 1LOQA 4RZ5A 5K3VA 5K9XA 3WJSA 2FB2A 3GK0A 4HT3A 2HTMA 1FXPA 1M7OA 1OK4A 2TMDA 1XCFA 2DORA 4CNPA 5F2GA 4XBSA 4ZQPA 2WQPA 3THAA 3GX9A 5C5YA 3LRMA 3N9RA 2B7NA 4FNUA 4IGHA 1J5TA 4WOQA 1TIMA 5AHLA 4LW7A 3NQ2A 2FIQA 3LHTA 3LCWA 2ZRWA 3RLUA 3PF3A 4YMZA 3FFSA 4TX9A 1O94A 3QPYA 3LTPA 4CCEA 4B5NA 1OYCA 1SZGA 2A6LA 2ZDRA 1AG1O 2Y7GA 1GZGA 1ZAIA 3DFNA 2OX1A 1RPXA 4LWWA 5F2IA 1G6CA 1ZALA 3O6CA 1SSGA 1SFLA 2GVLA 2NX1A 4JTLA 5DN1A 4RZ6A 3BG3A 2FQIA 1KV8A 2E6AA 5FF0A 3G1AA 1KW1A 2IQTA 4A21A 4LS0A 5K4ZA 1LBMA 1W54A 5LGZA 1PHWA 3ZFHA 5KZMA 1ADOA 4HN4A 4IXHA 3PUDA 3NOEA 1UUOA 2B7OA 4K39A 3EEGA 2QCDA 4IMEA 4UTMA 2ISSA 5AHMA 5G2IA 2QR6A 3UWWA 4UC5A 1WOBA 2V2HA 2C15A 3PBYA 2QJIA 3O05A 4GUHA 1OFAA 1OVDA 2H3DA 5IBXC 4ZQCA 1K02A 1TJPA 2CW6A 3HPXA 4GWEA 3CM4A 3TXVA 1X8FA 3L5LA 4QITA 4O8RA 1OFRA 1KTCA 1RZMA 3EX1A 3DFPA 4YWIA 3G1VA 1JUKA 5D03A 1TPB1 3GZ3A 4JTSA 5IBXA 4O15A 4IPIA 3STEA 1DV7A 3SJ3A 4OV9A 4E2DA 4NJIA 1Z48A 5EPDA 1UBSA 1WOAA 3P5ZA 3W7QA 3M9YA 2E6YA 3M43A 2GQAA 2A6NA 3NGJA 3GLCA 2G95A 4NJGA 4CCDA 3OVRA 3HMJG 2FJKA 2E09A 4UMBA 5I3FA 3ZWTA 3MHGA 4PA8A 2VFHA 4JY9A 4OV4A 1G67A 2Q8ZA 4FHAA 1MSSA 4RXFA 1SO3A 1PE1A 2CU0A 3TSMA 1LLWA 4EF9A 1TSIA 3TJLA 5BOOA 4G1KA 4MFDA 3TC7A 3L68A 3DFSA 3R89A 1GOXA 2I9EA 1TO3A 3SI9A 4WUIA 4S2CA 2J6XA 1ZAJA 1JCLA 3DHFA 3FYOA 4MLJA 1P0NA 4RZ4A 2YX0A 1K3UA 3A9IA 3T40A 1AW1A 4XTIA 2GOUA 4RCXA 3IIZA 3FIGA 3A22A 1KFLA 4X22A 5F4SA 4IMFA 4NNCA 4RK8A 2NXGA 2C14A 3TSDA 5LSMA 5HWMA 3L21A 2VFDA 1S5TA 3UQNA 3W70A 8TIMA 3IVUA 4HSNA 2ZZ2A 5CG7A 3S6DA 3N73A 1FDZA 5H91A 1I45A 1KM4A 5TIMA 1KLYA 1DVJA 1ZNNA 4MPQA 3W7HA 4QM1A 3P61A 4UFIA 1TPDA 1Z44A 4K8EA 2C1HA 1JQVA 2WNZA 4JIQA 4N9BA 1UB3A 2CLFA 4UR8A 1DQWA 1O5KA 3NM3A 3BGGA 2QCEA 3M5YA 4QISA 3NQDA 2J27A 4DO6A 3L67A 2B0MA 3HG4A 5HMSA 3FYPA 4RLIA 1TRIA 1O4UA 1GG0A 2EF9A 4JDYA 3EX2A 1YTKA 4AAJA 3SSJA 3V1PA 1QAPA 4PH6A 2VEKA 3E02A 4KWVA 4PODA 1X1OA 1YPIA 4ZQNA 4FXRA 3UPWA 2BZNA 3SIZA 3G1XA 1B3OA 4MJMA 3S1WA 4NZFA 1SO5A 3QM3A 1U5JA 2YXGA 2JGYA 5FF7A 3NR0A 3CU2A 3M1ZA 5CPMA 2P0OA 1SZFA 3NDOA 1LDCA 2EPHA 3HOJA 2A7RA 2TRSA 4HPJA 4HPXA 5CZ0A 3KX6A 4PFMA 1LZOA 1LYXA 1OF6A 6TIMA 3S8HA 4TIMA 2V2CA 5AN7A 3G24A 4HKPA 1GVQA 3WK2A 3HQ1A 1YDVA 3CTLA 3MI6A 1EA0A 2YDAA 4BK9A 1IXPA 4Z1DA 3T55A 2JKPA 1K7XA 2DZSA 1OFOA 2NV1A 3LXBA 4Z0SA 4XBKA 4MLRA 4M6VA 3W7MA 2ZRUA 4AEOA 3LHYA 5FF2A 3DI0A 3LCIA 3F1QA 1H7RA 5I3JA 4N9DA 2GUUA 3GXNA 4O11A 1YYAA 3IGUA 3UWUA 3NO5A 4ZVJA 4ZL1A 1I2NA 1IIHA 3NL5A 2G97A 3SR7A 1H7WA 3L0NA 1TRDA 2QCHA 1XBXA 4O17A 5G1TA 3Q2DA 1EP2A 2J24A 4GFSA 4H6KA 4IOTA 1DJNA 3PUOA 5CPNA 4JTHA 1TTQA 4UXDA 5D2XA 1SW3A 4LC8A 3EWUA 3NA8A 2DJXA 3IIXA 3U2OA 3TW7A 3QF0A 1ZJIA 1F74A 3YPIA 4O1CA 3VE9A 1MXSA 2ZZ5A 3MBFA 1XC4A 2CWNA 4N4QA 3TROA 1QMLA 2B4GA 3THQA 1NF0A 4JTEA 1H7XA 1WBJA 4MZ1A 4OHQA 4M6QA 4AWUA 2FPVA 4N2YA 2YYUA 3ELFA 3KVMA 1SO4A 1XUZA 3USBA 1J4EA 2Y7FA 1TREA 3KRZA 1KBIA 2E5CA 3KOFA 1QOQA 3T4CA 1QR7A 4O1DA 4TO8A 4PTNA 3WK1A 1MZHA 3BG9A 2QDGA 4AWSA 5FF4A 3TXZA 3MHUA 1EWDA 4DPPA 1CI1A 5AOUA 1PIIA 4GUGA 2Z6IA 1VQTA 1WXJA 2QJHA 3PG9A 3G1YA 5FF3A 5FEWA 3MUXA 3KRSA 3GDRA 1YDNA 1EP1A 3VNDA 2A2IA 3EX4A 5KZEA 2YW3A 1Q45A 1AL8A 1NSJA 1GWJA 1LCOA 4JTUA 2CLHA 2OZ0A 3IIVA 3HPZA 1R47A 2ATMA 1W1ZA 3EWXA 2CLMA 3UZJA 1EWEA 1ZY9A 3QYQA 3N9SA 1FCQA 2NZLA 4LUJA 1TPWA 1A5CA 1G4SA 3A5FA 4MZYA 5DLCA 5CGQA 5LKYA 3C2VA 3M0ZA 2VOMA 4ZMGA 3OHIA 4MYXA 2BWGA 5CZSA 4I9AA 4XQ6A 4K38A 3H54A 3ZWSA 1XFBA 1H51A 1ZENA 4M5PA 2NXIA 1LM1A 2E5DA 2W6RA 3BLFA 2TPSA 1DL3A 1RQEA 2HS8A 2V30A 1VLIA 3FKKA 2ISWA 1WV2A 4IWWA 3EXRA 3DXIA 1HO1A 3CWOX 1RQHA 3DH7A 1LRNA 3H55A 5EL1A 2D73A 3P67A 2WSYA 5K9DA 2NX9A 5J5DA 3B0VC 4O54A 4NUWA 2C13A 1W3NA 3MO7A 4DEFA 3CQ0A 3B8DA 1HUVA 2VEIA 1VCVA 3I6RA 3W83A 3NG3A 4X3ZA 1XDMA 3DKLA 2PRLA 2X30A 5BW6A 1Q6QA 4BI7A 2V9DA 3MW7A 3S5OA 1WBHA 4JIPA 5I3HA 5AYZA 2YSWA 1R30A 2CZEA 3TU9A 5EBUA 5E93A 2A7NA 3KVKA 2E1DA 3U8GA 5J5RA 1I2RA 1KFCA 2ZZ3A 3G1SA 3C3NA 1RV8A 2H3BA 5FEZA 4I7VA 4LTSA 2QCCA 4Y90A 4KWWA 4P61A 3LB0A 1SZEA 4LVFA 3G8RA 1ZAHA 3DFQA 3PG8A 1N55A 5CSRA 2ZYFA 3P84A 3ATYA 5K9CA 5EKYA 4NXKA 3IGXA 4MFEA 5LHEA 4UTKA 1ME9A 3TIMA 4O19A 3UY8A 2EHHA 2J9YA 2RDWA 3WK3A 5BRBA 3PR2A 2DZUA 1SW0A 3CHVA 3HBLA 3TSBA 3HGRA 3G18A 3F03K 3W7RA 4UFMA 3RFAA 5LNSA 2Y63A 3LLFA 5DCBA 5LZLA 3G0UA 2ZRZA 4EF8A 4QJ1A 3I65A 3BVJA 1OHLA 1I2QA 5AHFA 5G1YA 5AHNA 4XZ9A 3NQGA 3W86A 4UTUA 2PRMA 3ZR4A 3GVGA 3GDTA 4PC8A 2F84A 1PCWA 3IIOA 3WJXA 1Q3NA 2HMCA 1JUBA 4YLWA 4Z1CA 3GKAA 1TCDA 4R7JA 2ZA1A 3HG5A 5KSWA 4QNWA 3QPZA 5CZJA 4NJHA 1I4NA 2Y89A 1JCMP 1KM3A 4O53A 2V82A 3LRKA 2R94A 3TQVA 4UR7A 4ALDA 1TPC1 5EA9A 3G3DA 1FWWA 3OA3A 4LS2A 3G1DA 3Q37A 3VKJA 4CLMA 4QNEA 1Q6RA 3BARA 2Q8LA 2ISVA 4CCCA 2C19A 4JICA 3TC6A 3NL2A 1M6JA 2QUTA 4LRTA 5HUOA 3G0XA 1DKWA 4WY0F 3BW2A 5G2HA 2BLEA 3S9YA 4ICNA 3SFKA 1TJRA 3UY7A 4FIRA 3TV8A 2E5BA 1QCWA 3P5YA 3FJ6A 4MZ8A 2FLIA 4DF0A 2OT0A 2Y6ZA 3HB9A 2RFGA 5F1VA 2GQ8A 5EY5A 4UTHA 1A50A 2AGKA 3TMQA 3B0PA 2G96A 4IMGA 1G7UA 4TMCA 4FNQA 2W0UA 5EYWA 2H90A 5DY3A 1RVGA 3B04A 2OJPA 2ZZ6A 3S1UA 2ZQ0A 3G0SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2GJLA

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Chord Diagram

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