2GJN | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	VFRTRFTETFGVEHPIMQGGMQWVGRAEMAAAVANAGGLATLSALTQPSPEALAAEIARCRELTDRPFGVNLTLLPTQKPVPYAEYRAAIIEAGIRVVETAGNDPGEHIAEFRRHGVKVIHKCTAVRHALKAERLGVDAVSIDGFECAGHPGEDDIPGLVLLPAAANRLRVPIIASGGFADGRGLVAALALGADAINMGTRFLATRECPIHPAVKAAIRAADERSTDLIMRSLRNTARVARNAISQEVLAIEARGGAGYADIAALVSGQRGRQVYQQGDTDLGIWSAGMVQGLIDDEPACAELLRDIVEQARQLVRQRLEGMLA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of 2-Nitropropane Dioxygenase Complexed with FMN and Substrate: identification of the catalytic base pubmed doi rcsb
molecule keywords	hypothetical protein PA1024
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas aeruginosa pao1
total genus	110
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 1.6.5.11: NADH dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	2006-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03060	NMO	Nitronate monooxygenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2gjnA00

1H7RA 4ZQMA 3QW3A 1VYRA 4AHPA 1PHWA 3BK0A 3OHIA 2UV8G 4NJHA 1TTIA 1IXNA 3ZR4A 4FB7A 4QIUA 3D0CA 3FFSA 2G97A 1JCYA 3UWUA 1HTIA 4NUWA 2WKJA 1I2OA 4ADUA 1I45A 4BI5A 1KFCA 5AFDA 3DI1A 3QSRA 4MZ1A 1SQ7A 1JJKA 2B7NA 4K37A 4LU0A 4GJ1A 2E1DA 3E96A 3GVGA 3L2IA 5DCBA 3TJXA 3E0IA 4QNEA 2I14A 2ZRUA 4N6FA 3DGRA 4ORIA 2VEKA 3W07A 3FKKA 4RZ4A 1XCFA 5D03A 4UFJA 5J5RA 3H53A 1PS9A 1J5TA 1KV5A 4JS3A 4Y8FA 3PBWA 4U4MA 1NF7A 3DFTA 2WSRA 3O05A 4BF9A 4H3DA 3KHJA 5IBXA 2HS6A 5DELA 4KFOA 4AWTA 3NNTA 3IVTA 4NJIA 1H1YA 2PRMA 2J9ZA 2C13A 3FYPA 4MVAA 4EF9A 1S5TA 2V2DA 4K7VA 3TAOA 3KVKA 4XKYB 3P8IA 4N6EA 3O63A 5TBOA 4KFPA 3M5VA 1BEUA 3PY2A 4X2RA 4RR4A 1MXSA 2FDSA 1TRDA 1SU5A 4JIQA 3TMLA 2BXVA 1TTPA 4LS1A 1OYCA 2DZWA 4HHPA 3LTPA 1K7FA 4GUJA 3GDRA 1FDJA 2X1SA 2Q8ZA 4JY8A 3IVUA 5E93A 1YXYA 3TNOA 1A5AA 4ZZ9A 1W5PA 2QCHA 3NO5A 3P60A 3MWAA 1Y0EA 3T40A 5FEXA 3UY7A 4S1FA 1C8VA 1LORA 3R13A 4E2DA 2QJIA 4CQ8A 1QOQA 1QPQA 4UR8A 5LKYA 4XBKA 1PV8A 3G3DA 4WXYA 1VQTA 3M7WA 2CU0A 3T55A 3USBA 1X7FA 4UCGA 5AHMA 3NQ6A 1VCFA 4X22A 2VEMA 4LS2A 2YYUA 5FEWA 1WYIA 4NX0A 4UIOA 4JTHA 5FI8A 3PB2A 1QAPA 2B7OA 4MJMA 3TQKA 4N9DA 1TREA 4P2VA 4UNLA 4OHQA 5EYWA 4N9EA 2NWSA 1LOLA 1ZHAA 2NX3A 4U28A 2CZDA 2ZZ4A 4CCDA 3W72A 4IPIA 1VLWA 4WQ6A 4LRTA 4QNWA 1OHLA 4HSNA 3O06A 1DQWA 5EL1A 3UQNA 3T78A 3B05A 4M6PA 3L5AA 3W1UA 3NPXA 3THQA 3G8EA 1OK6A 4OT7A 2WSQA 2DJXA 1QR7A 4R33A 3W87A 4LUIA 2WSYA 5D2TA 1A5SA 3M5YA 4Z1DA 1OFBA 3GNDA 1IGSA 3WJZA 2WPBA 1F6KA 1SPQA 4UFHA 3GXTA 2YW4A 4UMAA 1QOPA 2X30A 1XUUA 1WOAA 2OT0A 4PTNA 1SFJA 1TPWA 1B9BA 3C61A 2VFEA 1ZAIA 4K8EA 3IV3A 4Q32A 3ANYA 2QAFA 1PCWA 4IPJA 2JBMA 3NOEA 1LLZA 3LCHA 2J6XA 2QAPA 1RR2A 3CPRA 2B7PA 4DQWA 3KX6A 1WOBA 1YXDA 3F03K 3S1VA 3NQAA 4IMGA 1O5KA 2V5LA 2QDHA 3E02A 4UFLA 2ZYFA 3ZWSA 1X1ZA 4E38A 1EWDA 2OCZA 4IMFA 1VPXA 2Y89A 1UBSA 3NDOA 5K4ZA 1JQXA 3W1PA 1F5ZA 2NWRA 3G1VA 3IEBA 3GX9A 2QF7A 5DBUA 3NPVA 1VYSX 4C1KA 5K3VA 1W5QA 4MLJA 4NU7A 1I2QA 2NZLA 1LLWA 2YZRA 4RX0A 4RLIA 4O19A 4CCEA 1B57A 4AAJA 4AB4A 1M7OA 3DENA 1LDCA 2WO5A 3WJYA 2C19A 1TB3A 2QUUA 4LS0A 4O13A 4OE7A 4UFMA 1GJPA 3BLFA 5D2WA 2ZTJA 2Y85A 5AB3A 2RDUA 4IGHA 5FF4A 1LBFA 3TROA 1F73A 2E6DA 3G3MA 2QCGA 1LROA 4CQ9A 1FCVA 4UTWC 3ATZA 3UWZA 4M7SA 3PBYA 1DHPA 1TTJA 5D38A 1YPFA 3PC0A 3W2JA 2ZZ3A 1GTEA 1XBVA 4FO4A 1KM6A 2ZRXA 3NQEA 5F4WA 5HJLA 4JX5A 1W31A 1TPVA 2YGYA 2GJNA 1FXPA 5J5DA 3M6YA 3NYZA 4HSOA 1H7WA 4GUIA 2C15A 2GQAA 3EX6A 1W3NA 1OFAA 1F6PA 4JTSA 4DEFA 1KFBA 3W74A 2HTMA 5F2IA 4RCXA 4K36A 1TJPA 3ZS4A 5ABTA 3HG3A 3IIOA 4ZMGA 3CM4A 3SJ3A 2NUXA 3NR0A 1TYGA 3LM7A 3ABRA 3PVFA 3S6DA 1OFOA 3IIZA 4EVZA 2FB2A 2D73A 3QMTA 1FDYA 3C0JA 1BWLA 1OABA 3S5OA 1F05A 5L6UA 1V5XA 4Y96A 4GE8A 3N3MA 1GZGA 1NFBA 4LV4A 3PBVA 3NM3A 1G69A 1U83A 2RH9A 1E51A 4O28A 1W1ZA 4PCFA 3TXVA 4WOZA 4GBUA 2CZ5A 1WA3A 4ZQPA 1YDOA 5CPOA 4POCA 4R7JA 3O16A 5DXXA 5AC6A 1HL2A 3PB0A 2CZFA 4TR9A 3GXNA 1Q6LA 3S5ZA 3G18A 4O1BA 3DXIA 3STCA 2XN2A 4K39A 3BW4A 4GWEA 1VGAA 2TYSA 3P8JA 1TPUA 2E5BA 4HKPA 3GNNA 4O1CA 3N14A 4DF2A 3GZ3A 3G1FA 3TCEA 4LOCA 4LC6A 4A3UA 3W1AA 1L6WA 1KM5A 2EKCA 2DP3A 2A7RA 1H62A 5AHFA 3ELFA 2Z0IA 3A21A 3HBLA 3O6CA 4YCOA 1DORA 4NZJA 3LHWA 3W7EA 4ORMA 3MW7A 4LVAA 2A7NA 1FQ0A 2H6RA 1TV5A 4FNTA 3DKLA 3LOTA 3W7DA 3MMTA 4JTKA 3Q58A 2BWGA 5AHEA 1QWGA 1LRNA 2RDTA 2ZCGA 1YADA 5LNWA 3DFNA 3W7IA 3P84A 1GVQA 5D33A 4JGDA 2ABBA 3A5VA 3KVLA 3R8RA 3EKZA 3EWWA 4P61A 4JTIA 1KLYA 1UUOA 3U6WA 2ATMA 2R14A 2PRHA 2Y6ZA 3G24A 3N2XA 3PUDA 2Y61A 5D2XA 4FHAA 1UUMA 2VEPA 1LZOA 5I3FA 1VRDA 5L9FA 1G4EA 5KITA 2Q8LA 3GAYA 4BWLA 4JTGA 3NL6A 4LWWA 1H7PA 1IIHA 1GPWA 3TXZA 1DV7A 2V2HA 2DORA 3K30A 5AC8A 3HQ1A 4HNVA 1CI1A 3GDKA 3LV5A 3NQCA 5F2MA 3UWYA 3FYOA 2CWNA 3INPA 4G1KA 1D3GA 3IVSA 1MO0A 4IWWA 3LCIA 4MKNA 1XI3A 3NZRA 1AG1O 3L9CA 1P5BA 3B4UA 2YCEA 3FKRA 1OJXA 5HWNA 8TIMA 3GR8A 2A2IA 1OVDA 4OV4A 5LNUA 1NVMA 2R91A 3B04A 1RPXA 3G1DA 1KFJA 1LYXA 2ZQ0A 5CPNA 4O12A 1LBLA 3FJLA 3SW6A 3CQ0A 3S1XA 1K3UA 3PG9A 3BG9A 4N4PA 3N73A 4JTJA 3QMSA 1Z41A 1G6CA 4FXSA 2KZHA 4WY0B 3DFSA 2GPTA 4FXRA 3WJXA 1F7BA 3W7NA 2QDGA 4WOQA 2GVLA 5AC7A 1ME7A 1O95A 2ALDA 1ML1A 1K7EA 3MYPA 4PA8A 2VC6A 1Q45A 1LOSA 1PL9A 3PBUA 1GYNA 1T8XA 4O0KA 2YDAA 3SSJA 3A24A 3GB6A 4IMEA 1TPFA 3I6RA 3NM1A 3W71A 1M7PA 3L5MA 3GDMA 4O57A 4YXGA 5LHEA 2J88A 4DBDA 3W1RA 3GYEA 2I1OA 1XBYA 1XKYA 3H54A 3HB9A 3MYOA 3S8HA 1AW2A 3HMJG 4BI6A 4LV9A 3KFTA 3CT7A 5BW6A 1UCWA 1NF0A 1NSJA 2FTPA 2OMAA 3DZ1A 4TMBA 3W84A 4XTIA 2H8ZA 2GVJA 3UY8A 2ZA1A 2ZBTA 3QW4B 2YYTA 3LHTA 3M41A 1GVSA 5HULA 4GFSA 2BX7A 2IQTA 3P81A 4IXXA 3P67A 3LCLA 4UTMA 2V9DA 3BARA 2ISWA 4FNQA 2TRSA 1X1OA 5SWUA 1DBTA 3EXTA 3M47A 4NJGA 1LBMA 4IX0A 4RJEA 1CX9A 4TMCA 5G4WA 5LNSA 1SW0A 1JCMP 1KTBA 4UFKA 1Q6OA 1S5WA 3JS3A 1Z42A 2ZFAA 1EUAA 2X16A 4QM1A 4A2RA 1GT8A 2ZDRA 4WZHA 3O07A 1B4EA 1QDSA 3TC7A 3PF3A 4S2CA 2RFGA 1YDNA 4RXGA 1Q6QA 4LTSA 1SO3A 3HPSA 1LRTA 4JYEA 4Y6GA 3SECA 1Q3NA 4QJ1A 4LW7A 1SFLA 3LI1A 3NPUA 4GRSA 3N34A 2CLLA 1Z48A 3O15A 3AO0A 1QPNA 1VS1A 2PCQA 4ZQCA 5K4XA 1TCDA 4EWND 1JCLA 3CTLA 2FFCA 3C2RA 4AMAA 2A85A 3EWXA 3C56A 3RU6A 3P62A 5CZJA 1K8ZA 4JX6A 3KAOA 1JRCA 4MPQA 3LRMA 1O94A 5G1YA 4PC8A 4ZQOA 1H1ZA 4M6QA 4ONVA 4XZ9A 2BLEA 4O1DA 1JQVA 3EX2A 4ZL1A 1XUZA 3PSVA 1FWNA 2GUUA 3NZ1A 4UTUA 3G1AA 4O10A 2E6FA 1LOQA 3NQGA 4H6KA 2A6NA 1OF6A 3UXAA 5G2IA 3CC1A 3GKAA 3PUOA 4UMCA 4FF7A 3NQDA 4IMDA 5FEZA 5LNRA 2B7QA 3MI3A 1AL8A 4AVFA 5DN1A 4JTFA 4R34A 3HGRA 1TO3A 3W88A 2A21A 2OZ0A 1OFEA 3M5XA 2ISVA 4I7WA 3JR2A 2G96A 5KTLA 5KSWA 4O14A 5T26A 4RZ6A 2CLOA 4OV9A 4J9JA 3FOKA 4ADTA 3ABSA 3W7HA 3M1ZA 2WNQA 1I2PA 2NUYA 4LVDA 5HR6A 1SSDA 3QM3A 1TSIA 4XKYA 4AWUA 1MZHA 3NAVA 2X1RA 3N19B 3NXFA 2H8XA 5U7SA 4LT9A 2ABAA 3EX1A 2CLEA 2V0TA 3TIMA 5CGQA 4DELA 1I8JA 1VH7A 5D04C 2VFFA 3C6CA 4QSHA 2G95A 3LHYA 4MZYA 4PL1A 1BKSA 4WJEA 4BWLC 3W7LA 5AYZA 2VEIA 3L21A 4O18A 5C54A 1C29A 3UD6A 4YL2A 3S5YA 3LI0A 5F1UA 3MHFA 3TH6A 2GJLA 3QSTA 1YYAA 1L6YA 1OX6A 4LY8A 5DCDA 2E68A 3TQ0A 5AN7A 4AEOA 3B8DA 1TJRA 5A5WA 3R12A 1DL3A 5D32A 4NX5A 4RV8A 3W22A 4IUOA 5CZ0A 1XBXA 5GVJA 3ATYA 3Q94A 5C2XA 1H60A 3LTSA 4PL2A 5AHNA 4A21A 1KBIA 3B06A 3HGOA 3L0GA 1W0MA 3W7KA 3CIXA 2NXHA 1QPRA 3HF3A 3PS7A 3LX9A 1ME8A 5HINA 5D02A 1FX6A 4FX7A 5I3KA 2DZPA 4RK8A 2RKXA 3M9YA 3SY5A 3QEZA 3HGJA 3TU9A 3FEMA 2CFFA 3I7SA 3I7RA 3ZFHA 5D09A 1QFEA 4LUJA 1JUBA 5K9XA 3BW2A 3PUEA 4Y90A 3M43A 2P1FA 3W86A 3O8AA 2YFNA 3N2MA 1MEWA 5IM51 2GQ9A 1G4PA 2C3ZA 2CW6A 3G1SA 1UJPA 4TU1A 4FNSA 2F7FA 4MY8A 1HUVA 5I3IA 3TKFA 1YLVA 2QCFA 3HPXA 3S5NA 1X6UA 3TW6A 3C2FA 5FF2A 5AHLA 2HMCA 3TQVA 4I7VA 4AHQA 3NQ8A 1K03A 1DQXA 4XQ6A 1PIIA 1DVJA 1AW1A 3PR2A 1GVOA 3OIXA 3FLUA 3FS2A 5TQLA 3TFCA 4HN4A 2VENA 3BG3A 3WK3A 3F4NA 3W7JA 1SW7A 1W8SA 2JGYA 1M6JA 1KM1A 3LBCA 1LCOA 1SUXA 2Z1BA 1ALDA 1KLZA 1OX4B 2DJLA 5G5IA 3DFPA 3EWYA 2X1TA 4DO5A 3OVRA 5FESA 1PHQA 6TIMA 1MEHA 1L6SA 5D05A 1YTDA 4JYFA 3I7QA 4OQVA 4UFIA 3LLFA 3VE9A 2A6LA 5I3HA 3BGJA 3V75A 2Y88A 2FIQA 3C52A 5E1QA 4ZQNA 3UPBA 4O16A 4Q4KA 1AW5A 4UR7A 2OT1A 5KZMA 3TX9A 1H7NA 3TSDA 3WK1A 4LC8A 5AOUA 3N9SA 5DXYA 6ALDA 2XFWA 4JICA 1P4CA 3G1HA 5EMUA 2YSWA 3S1WA 3A9IA 1I4NA 1RD5A 1TQXA 2PURA 3QRHA 2YPIA 5C5YA 4TIMA 3UNDA 1SO5A 3EWZA 4AF0B 3G1YA 1TV8A 4MYAA 3RLVA 2CLMA 1A5CA 5A8GA 3W9ZA 2NXIA 3QMRA 5EKYA 3LB0A 4YLWA 5K9DA 2VOMA 3MBFA 1O60A 4A22A 1H51A 4JDYA 5C55A 1TIMA 1JCXA 3BGGA 1FDZA 2JKPA 1H5YA 2ZRWA 4RXFA 3L68A 3KRSA 2W79A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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