2GJXB

Crystallographic structure of human beta-hexosaminidase a
Total Genus 154
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
154
sequence length
499
structure length
480
Chain Sequence
PALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFGTQVQQLLVSITLQSECDAFPNISSDESYTLLVKEPVAVLKANRVWGALRGLETFSQLVYQDSYGTFTINESTIIDSPRFSHRGILIDTSRHYLPVKIILKTLDAMAFNKFNVLHWHIVDDQSFPYQSITFPELSNKGSYSLSHVYTPNDVRMVIEYARLRGIRVLPEFDTPGHTLSWGKGQKDLLTPCYSDSFGPINPTLNTTYSFLTTFFKEISEVFPDQFIHLGGDEVEFKCWESNPKIQDFMRQKGFGTDFKKLESFYIQKVLDIIATINKGSIVWQEVFDDKAKLAPGTIVEVWKDSAYPEELSRVTASGFPVILSAPWYLDLISYGQDWRKYYKVEPLDFGGTQKQKQLFIGGEACLWGEYVDATNLTPRLWPRASAVGERLWSSKDVRDMDDAYDRLTRHRCRMVERGIAAQPLYAGYCN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic structure of human beta-Hexosaminidase A: Interpretation of Tay-Sachs Mutations and Loss of GM2 Ganglioside Hydrolysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-hexosaminidase alpha chain
molecule tags Hydrolase
total genus 154
structure length 480
sequence length 499
chains with identical sequence C, F, G
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2006-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
B PF14845 Glycohydro_20b2 beta-acetyl hexosaminidase like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2gjxB02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2gjxB01
5A6BD 5I77A 2FHFA 1CXKA 2EXOA 1H4PA 2J7EA 1QNSA 1W9DM 4LYQA 4AD4A 1CDGA 1J0YA 1GONA 2YLLA 3ALFA 2DSKA 2D3LA 3WELA 1W2PA 2DIJA 1JFHA 2CBJA 5ABGA 4MNLA 3PZUA 1WPCA 3VD3A 3VDBA 4HA3A 1UG6A 3UETA 3WDRA 1ZBVA 3ZJKA 2WHJA 2ESCA 3PZMA 2VZUA 5EFDA 3OLDA 4YHGA 1JZ2A 3BLKA 4AC1X 4GO9A 1SMAA 4W86A 2WVVB 4NF7A 1G1YA 2V38A 4DUVA 4HOXA 2G8ZA 2DIEA 4QLJA 1XD1A 4TVDA 1J0KA 1PX4A 1GVIA 2XGBA 5D4YA 1BF2A 4MDPA 3BAJA 2VJXA 5GNXA 3VPLA 4W7VA 4P8UA 2WMGA 1OIMA 4W8AA 5CZKA 1H5VA 5E6YA 3N1AA 1MYRA 2WHLA 4BS0A 1UYQA 1GOQA 3WEOA 1UWQA 4PTXA 4UFKA 3ARQA 1Y7VA 4FLSA 1QNPA 1TA3A 4PUDA 2BXZA 4P8VA 5BXSA 4FK9A 1PBGA 1QI4A 4F66A 3AMLA 4HPHA 2ZE0A 5A69A 1V3IA 4W8LA 4J27A 3WF2A 1AQHA 2PWDA 4ACYA 5IHRA 1US2A 1HX0A 1YQ2A 3AIRA 5BYWA 4JL2A 3K8MA 4UOQA 1H3GA 3GH7A 1B30A 1CLVA 5I23A 1XCXA 3POCA 1V02E 5CSUA 1SFSA 3WQ6A 2GJRA 3CIVA 2CBVA 3AZRA 4U5IA 3L4VA 3HMCA 4UQCA 1AQMA 3O6AA 1HKIA 3AMCA 4PMRA 1D7FA 4UCFA 4PMDA 3AI0A 2BY3A 1CLXA 2X1IA 4B9ZA 2WZIA 4WJXA 3MUY1 2D0GA 5E6ZA 4BZYA 1KFWA 3MS8A 5CGTA 2E9LA 2WMHA 1O6IA 4HOWA 3AS1A 3T08A 4MAZA 4JFTA 2VTFA 4MNMA 4UFIA 4DWSB 1QI3A 1J01A 3SUWA 1JZ3A 3AHVA 3AJ7A 3AS2A 5DT7A 1W9PA 4AMCA 2IXVA 2XSBA 1EOMA 4IISA 3WQ8A 3OBAA 3VD5A 4EANA 1GHRA 4WIWA 1V0LA 4CD6A 3CUIA 2Y4SA 3MU7A 1IV8A 3W29A 3AYRA 1C7SA 3WDJA 1AMYA 3PZ9A 1CWYA 5A1AA 3OZPA 2O9RA 2PWFA 1E70M 3CH9A 3WMSA 2XGIA 1JAEA 4CD7A 3MANA 5FCZA 3VTRA 4U3CA 4Q7NA 3AYSA 3MV01 3W53A 1JI1A 3WY1A 3L2MA 3VX0A 2BFGA 3PZGA 3ARSA 2AOSA 3W27A 1GQKA 2XIBA 1UD8A 3QGVA 3GXFA 1V3MA 2JEQA 1QPKA 2J78A 1V6XA 3FY1A 3MSGA 4PMOA 3OA5A 2C8NA 2VL4A 3VNZA 4B3LA 1V3JA 3BAKA 5E0FA 3WF3A 4ACZB 4W5ZA 5A6LA 4QP0A 3AMKA 2CESA 2E40A 3ZT7A 1JYNA 2VZOA 1G5AA 1ISVA 4BQ4A 1KXVA 3VMOA 4HMDA 4GPNA 3T09A 3VIKA 3UG3A 3CZ8A 1J9YA 2VC9A 2DPEA 3N15A 4W7WA 2EBNA 3SCPA 2E9BA 1UH4A 5FIPA 4TX8A 1H49A 4M80A 2ZUWA 3WKZA 1V6VA 1R86A 2V3FA 5FL0A 2JEPA 1W3KA 1ZBCA 1UWRA 3CHEA 2WK2A 3SCNA 1PEZA 3GBEA 1OGSA 2EEXA 3IAPA 1QNQA 5KEZA 1ZJBA 2VCCA 4PRWA 3WUFA 1JXJA 1BSIA 1UA7A 3G6MA 5JIPA 1B9ZA 2BV9A 2BVDA 2WVVA 5JIWA 2OYKA 1B2YA 3B8SA 3WN6A 1HJQA 3EBVA 1GUVA 4M8UA 3VGFA 4J3UA 2X8RA 3W6MA 2V3EA 2NT0A 3PTQA 4ZE5A 1PJ9A 3KL0A 3OGVA 3VVGA 3ZT5A 2WKGA 2XHYA 1NWUA 1EH9A 3TA9A 3POHA 4C90A 3WBEA 3WH7A 3AIEA 1KCKA 2PWEA 1XRVA 2QMKA 1BTCA 3BSHA 4UZSA 1E55A 1QVBA 1FFRA 4QLKA 5BXPA 2D2OA 3W26A 2W4XA 4F9DA 1QI2A 2JF7A 1VJZA 2WW5A 4ATLA 1GOWA 1W3JA 5BROA 3EYPA 3F5KA 3IJ9A 3CBWA 2JIEA 3E1F1 5A8OA 3NDZA 1CEOA 3QOKA 4ZENA 1UD3A 2VVNA 1VFOA 1KXQA 4W7UA 3ZO9A 2YLAA 1W91A 3I3BA 3FHQA 1GQIA 1UWUA 3A47A 3VD7A 4XV0A 1JZ5A 2NSXA 2EJ1A 4YHEA 1QI0A 4Q22A 3GH4A 1CBGA 3GXMA 4KRTA 3K8LA 4OZOA 4HA4A 1WP6A 4WKHA 3ZMRA 3ZR5A 4MADA 4TVUA 2CBIA 1PIFA 2VX4A 4QFUA 3SCSA 1M7XA 3M07A 4FLQA 4GZIA 3BXWA 4CU7A 2YDSA 1UR4A 3K4DA 3G6LA 5FL1A 1B3YA 3L4TA 3VNYA 2OWCA 1DWFM 3N18A 3WH5A 1K9DA 4KMQA 2QPUA 4DWSA 3VGGA 2WC3A 4UQAA 3O2LA 1GQLA 3ZIZA 4GINA 4JFVA 1UKOA 4FMVA 2ZX5A 3W0KA 4PCSA 5DO8A 1LJYA 2UY3A 1UWSA 2FHCA 4EKJA 1P6WA 3OZOA 3PZVA 5I79A 3W81A 3K8KA 2V3DA 4MDOA 1BYAA 2YJQA 2DGAA 3TP4A 1PX8A 5CXPA 4JKLA 2PWGA 3DYPA 4RL3A 1J0ZA 2J7DA 4MB1A 3MSDA 2A3HA 3L2LA 3CTTA 3UEQA 3A6OA 2V3GA 4B16A 4JIEA 5LYRA 5I3DA 4Z2LA 1GHSA 3ARTA 1HL8A 1VENA 3M46A 1KWKA 2ZXAA 4JHOA 4BF7A 3M6DA 2BNJA 5A8PA 3BCDA 1FHDA 1C93A 4GO8A 1UWTA 3JUGA 4P8WA 4JZ5A 3U5UA 3WFLA 1UZ1A 3VO0A 1E6NA 4AEEA 5HXMA 3GH5A 1CNVA 1DEDA 2CHOA 1W1YA 5IFPA 4CCCA 2EPLX 5GQBA 2XWDA 1UHVA 4TVCA 2GDVA 2XVLA 2PBOA 3NSNA 2W91A 2OWWA 2YA2A 1VEOA 4H41A 1F4HA 2YKKA 1EO7A 3KE0A 5BWFA 1MFVA 3VGBA 4IPLA 2BXYA 1TMQA 5C8BB 5E9AA 4WK9A 5A6KA 1HL9A 5AY7A 3VKKA 1OT2A 1V0KA 4B9YA 2VNCA 4U33A 5GPRA 3WH8A 3VIFA 1EHNA 3U57A 2O9TA 3N12A 1JZ6A 2J4GA 3DHUA 1W9VA 4D6FA 3VIHA 5JBDA 1EOKA 4C7GA 1GJUA 2ZUUA 2OWXA 5CJ5A 4PTWA 2WCAA 5CSYA 4OOZA 5A95A 1OT1A 2AMGA 1BHGA 1C8YA 2VURA 2ZX7A 3UCQA 3W24A 5BRPA 2W5FA 1JL8A 3VGEA 1BGAA 2OSXA 1G01A 4AISA 3BMWA 4ATDA 1KQYA 2ZXQA 1MQPA 4MTVA 4NRSA 2TAAA 1G94A 1UD4A 3AS0A 5JBFA 1XYFA 2J77A 5E09A 1ZJAA 5I24A 1GCYA 2ZX9A 3MV11 1MFUA 3QHNA 3TTQA 4KGJA 3WUBA 1HNYA 3PZOA 3K46A 2C7FA 4PSRA 1GVYA 3WUGA 3NCOA 1BYCA 2ZUMA 5FKYA 1HIZA 1VIWA 4ZE4A 2EPKX 3W82A 3AIQA 1NP0A 3OLGA 3T2QA 3APGA 1JZ4A 2WYSA 3SUSA 1WZKA 4L4PA 1OINA 2DSUA 3WF1A 1A47A 2EPOA 1FA2A 2E9MA 2V5CA 3ARUA 5KZ6A 1CGYA 3WDPP 1CGUA 5I2UA 2D23A 1TR1A 5BCAA 2XFRA 2EO7A 4E8DA 1XSIA 2JF6A 1V02A 4NI3A 3ARZA 1OD0A 1US3A 2YA1A 4C7DA 4MNJA 4M82A 1E3XA 2UWFA 2A3AA 1UH2A 3AQUA 1CIUA 1NWRA 4CD8A 2FDMA 4PMUA 3DYMA 3NSXA 5A8MA 4D6HA 4FF5A 1KGXA 5LA1A 2UY2A 2XWEA 4J7RA 2VRQA 2Y8VA 1ISWA 2BVYA 1CZ1A 1VFMA 2VCAA 4AZGA 1A3HA 4MAVA 4W85A 2J75A 1F4AA 1E56A 4E2OA 3VDCA 1E0VA 2CEQA 4JCLA 3U7BA 4V27A 2YA0A 4PCTA 3EMQA 3AIBA 3GNPA 1U33A 3BSGA 4J3TA 2VR5A 4JKMA 2XTKA 3VIPA 4AWEA 3CGTA 3IANA 1FOBA 3HJEA 1VBRA 4JL1A 8CGTA 1GW1A 1V6WA 2AAAA 2WBGA 3NSMA 5GNZA 1UD2A 2VZTA 1NOUA 4TTGA 1XYZA 1OGBA 5D9MA 4DM1A 2CXGA 1J0HA 2F61A 4S3JA 3N17A 3SCRA 2FH8A 4M24A 4U2ZA 3CUGA 3AXIA 1GPFA 2WZEA 3MMDA 2VZSA 4AZ6A 3WD2A 1U2YA 4W93A 2WM0A 3WFZA 5DMYA 2W67A 4UFMA 3VM7A 2BS9A 3IAQA 2Z1SA 4U31A 1VBUA 2WWCA 2BHZA 1H0IA 4D6EA 2YBTA 1E6PA 2XFFA 1M03A 3DC0A 1B3VA 1R85A 3OB8A 2DH3A 4CCDA 4QAWA 5BRQA 2YIHA 4GZEA 2VRKA 1IZJA 4PTVA 3RM4A 1UR9A 1WO2A 2XJ7A 4XZWA 4WSJA 1X6LA 2DT1A 4W87A 1JNDA 3L4ZA 1V3KA 3TOPA 6A3HA 1E72M 1MQQA 5E70A 2D3NA 3WD4A 3TTSA 1EQPA 3RM8A 1UD5A 5BXTA 4W88A 1ITXA 1NM9A 1VEMA 3CHFA 3AS3A 4BQ5A 2WMFA 1E43A 3LPGA 2VR4A 1VF8A 3WQ4A 1Q4NX 4N0RA 4TOQA 4AD3A 4OBSA 1EQCA 3WBAA 1WB0A 1GNXA 3DHPA 1QNRA 3VD4A 1OGGA 2ZUSA 5ABFB 2QF8A 2O9OA 4PMXA 2VRJA 5HBFA 3MO4A 1E6XM 1E73M 3BLPX 1UKPA 2DT0A 3RIKA 3W28A 1CYGA 4U2YA 3WF0A 4P7OA 1H41A 4P7QA 2BHUA 1WCGA 4MNKA 1W3HA 3N04A 2VO5A 4H2CA 1H2JA 3VX1A 2D0HA 2X05A 2Y24A 3FW6A 1WDQA 1AVAA 2ZUVA 4F79A 4PMNA 1OD8A 3PZQA 1E5JA 4KGLA 3WF4A 4PTMA 1G0CA 2J7BA 1M04A 3L4WA 1PAMA 3ARRA 1H1NA 3W4RA 4M29A 3GM8A 2VMFA 4EAMA 1LL6A 3W38A 1OM0A 4AIUA 4MJ4A 5LA0A 2CYGA 1E15A 3OIHA 3OGRA 1HXJA 1EXPA 3WQ5A 1J11A 1UKTA 4BQ2A 4KWUA 1B31A 3BCFA 2ZOXA 3T2PA 1Q6CA 4P7NA 3AHXA 1MQRA 3ZJ8A 3VIMA 4W89A 5F7UA 4HP5A 5A94A 4WSKA 3VM5A 5DF0A 2X0HA 4BQ3A 1ZB5A 1R7AA 4CN4A 8A3HA 4DUWA 1I75A 4HMEA 2GJPA 4M56A 2XPKA 4AZIA 2CBUA 3IK2A 4JHZA 2J62A 1ISYA 3MUZ1 3OG2A 3AISA 4NSBA 3VD9A 3AHZA 3SUVA 3KL3A 1ZL1A 4EE9A 2CERA 2CKRA 5A8NA 1NP2A 3LMYA 4CVWA 3PTKA 1KR1A 5A6SA 2XVKA 1BFNA 1KCLA 2J74A 1BYDA 2YL8A 3CHDA 3SCWA 3BAYA 4R5EA 5AC5A 2YL9A 2PB1A 4PBGA 3I3EA 5M17A 1D3CA 4GQQA 4PMYA 3ARYA 4K68A 4QCEA 3RMEA 4WKAA 2E8ZA 1W9BM 2D0FA 4JCMA 1E4MM 3AXHA 5EFFA 4MB5A 1UQZA 2E3ZA 2PWHA 1Q6EA 4PMZA 5E0CA 1MVYA 2J79A 2DQXA 1UR8A 1LQ0A 3VIJA 2QHAA 4HZ7A 3IJ7A 4PMQA 3VMPA 1QHOA 5CQ1A 1BPLB 2WMIB 1EHAA 3WIJA 1E0XA 2D24A 3GNOA 4TX6A 3F5JA 3ZJ7A 5DT5A 1UKQA 4LYPA 3ZSTA 4P7RA 4X0NA 3SCOA 1OWQA 4LYRA 1DWIM 1JDDA 1W9XA 4E8CA 1SR0A 5EMYA 2ZXDA 1EA9C 3CZLA 1XCWA 2WC7A 4DM2A 1JGIA 2VQTA 4N42A 3ZSSA 4A3HA 2CIPA 1BG9A 1CXHA 1E40A 2CITA 1WDRA 1C7TA 4UOJA 3SUUA 3MUIA 2G4FA 2WBKA 4C7FA 3S2CA 3M7SA 1KB3A 3BC9A 1E3ZA 2YBUA 1JI2A 4J3WA 3EMZA 1KQZA 2WB5A 2ZWZA 3WMCA 4AD1A 3BH4A 2WCGA 1ECEA 2G3IA 2ZIDA 1GJWA 3CUJA 2MANA 2E0PA 1CGTA 2E4TA 5D9OA 2DSVA 3RO8A 2WSPA 1GOOA 2DDXA 2FGLA 3A4WA 2WC4A 3BAXA 3AFBA 1WAWA 1NOWA 1D2KA 1AQ0A 1CENA 4DWSD 4IPNB 1V6UA 4QDMA 3UR7A 2WCSA 2DEPA 4HTYA 4D6GA 5ABFA 4QLLA 9CGTA 1DWGM 4OJYA 4F9JA 5D8WA 3CHCA 4X0VA 2DH2A 4ZXLA 3NYDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A6B D;  5I77 A;  2FHF A;  1CXK A;  2EXO A;  1H4P A;  2J7E A;  1QNS A;  1W9D M;  4LYQ A;  4AD4 A;  1CDG A;  1J0Y A;  1GON A;  2YLL A;  3ALF A;  2DSK A;  2D3L A;  3WEL A;  1W2P A;  2DIJ A;  1JFH A;  2CBJ A;  5ABG A;  4MNL A;  3PZU A;  1WPC A;  3VD3 A;  3VDB A;  4HA3 A;  1UG6 A;  3UET A;  3WDR A;  1ZBV A;  3ZJK A;  2WHJ A;  2ESC A;  3PZM A;  2VZU A;  5EFD A;  3OLD A;  4YHG A;  1JZ2 A;  3BLK A;  4AC1 X;  4GO9 A;  1SMA A;  4W86 A;  2WVV B;  4NF7 A;  1G1Y A;  2V38 A;  4DUV A;  4HOX A;  2G8Z A;  2DIE A;  4QLJ A;  1XD1 A;  4TVD A;  1J0K A;  1PX4 A;  1GVI A;  2XGB A;  5D4Y A;  1BF2 A;  4MDP A;  3BAJ A;  2VJX A;  5GNX A;  3VPL A;  4W7V A;  4P8U A;  2WMG A;  1OIM A;  4W8A A;  5CZK A;  1H5V A;  5E6Y A;  3N1A A;  1MYR A;  2WHL A;  4BS0 A;  1UYQ A;  1GOQ A;  3WEO A;  1UWQ A;  4PTX A;  4UFK A;  3ARQ A;  1Y7V A;  4FLS A;  1QNP A;  1TA3 A;  4PUD A;  2BXZ A;  4P8V A;  5BXS A;  4FK9 A;  1PBG A;  1QI4 A;  4F66 A;  3AML A;  4HPH A;  2ZE0 A;  5A69 A;  1V3I A;  4W8L A;  4J27 A;  3WF2 A;  1AQH A;  2PWD A;  4ACY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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