2GK1A

X-ray crystal structure of ngt-bound hexa
Total Genus 8

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
8
sequence length
52
structure length
52
Chain Sequence
LWPWPQNFQTSDQRYVLYPNNFQFQYDVSSAAQPGCSVLDEAFQRYRDLLFG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
TIV1 (23-26)TIV2 (40-43)TIV3 (41-44)EMPTYTVIII1 (27-30)TI1 (49-52)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title Crystallographic Structure of Human beta-Hexosaminidase A: Interpretation of Tay-Sachs Mutations and Loss of G(M2) Ganglioside Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-hexosaminidase subunit alpha
total genus 8
structure length 52
sequence length 52
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2006-03-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2gk1A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2gk1A01
4Q22A 2O9RA 4M56A 1F4HA 3WQVA 2G8ZA 2HISA 4C91A 1JD9A 3I3DA 3WD1A 3T08A 3A6OA 1X6NA 1MQQA 1GUVA 4NSBA 1JD7A 3NSMA 5D9NA 2J8GA 5EFDA 2CPUA 5D8WA 4V27A 3ZOAA 1OCQA 1FP8A 2F61A 3WDIA 1UH3A 1MW0A 3NSNA 2W62A 3A47A 2PC8A 3VGGA 2XGBA 4X0NA 2YL6A 4W7VA 1OT2A 3A3HA 5CG0A 1V02E 3ARQA 3OGRA 2UY5A 4JHOA 1UR8A 1H0GA 1Q4NX 3VINA 2WSKA 2BVDA 3OG2A 5HXMA 4MNKA 1XYZA 3VIJA 2ZX6A 3N11A 1UZ4A 3O9NA 3APGA 3SUUA 1C93A 1B3YA 3AMCA 4H8VA 2JEQA 2YA2A 1FHDA 1V3LA 4GZJA 3DC0A 4DWSD 5C71A 2DEPA 3NYDA 3AHYA 1MQRA 1GONA 4YN5A 2XFFA 2E3ZA 1HKMA 3WDHA 3W24A 1BGGA 3LMYA 4AZHA 3ZJKA 3DHPA 1VFUA 3RDKA 1PZ3A 2JEPA 4JFVA 1V0MA 3BCDA 1V0LA 4FK9A 1L8NA 4WK9A 4U2YA 2FHFA 3CHFA 4HZ6A 1BG9A 1JG9A 1GJUA 5CLWA 4UFLA 1QI2A 4ATWA 2W5FA 4PMYA 5A1AA 1UR9A 2EPNA 2D23A 5BROA 2D3NA 4X0VA 3WQ8A 4R27A 4PMOA 2VCAA 3WH5A 3GNRA 1J0JA 3WUGA 1DWGM 2YDQA 5BXTA 5E70A 3EDDA 3W53A 1JYVA 3GBDA 5I2UA 4MPKA 3L4ZA 3SCQA 3U5YA 3T2OA 3WL1A 4CD4A 4E8CA 1LWJA 2VX5A 1CECA 2VO5A 3DHUA 3PBGA 3AI0A 1PIGA 3EDJA 3VO0A 2XYLA 1JDCA 2YDRA 1O6IA 3VIOA 4CN4A 4AWEA 4PN2A 2EPMX 2G4FA 4KH2A 1B90A 2VUYA 2G3MA 4LX4A 2WVSA 1TR1A 4PSRA 4B3KA 2FH8A 4ACZA 3PZVA 4W88A 1VENA 3N12A 2GFTA 2ZXDA 1NWTA 3W6MA 2WMFA 1W2PA 2J79A 2XVKA 1CGUA 5A6SA 3MSDA 4BCEA 3MUY1 4LYRA 1UKTA 1E6QM 4LXFA 4Z2LA 1B3WA 8A3HA 4EK7A 3AZSA 1JFHA 2CYGA 1GORA 1UKQA 2VRJA 4D6IA 1AQHA 3VIHA 4EE9A 1GOQA 1BVZA 1CGWA 4PUDA 4JFSA 1SR0A 3MUAA 5CPQA 1R86A 2VR5A 3W81A 1H1NA 3FHQA 1GQJA 1CBGA 2WMJA 2OLHA 5BXPA 2AMGA 1QHZA 1DEDA 5I6SA 2CHOA 4RE2A 3WD2A 1ZB5A 3UETA 1W91A 4CN6A 2WCAA 1CXIA 2ZUUA 2XPKA 4J3XA 2WB5A 4AY1A 1XD0A 5D8ZA 1E73M 4QCEA 1J12A 2YLAA 4TVDA 4Z2GA 5IFPA 4CVUA 4WKAA 1BYAA 4GI8A 2OWXA 4MJ4A 4CN1A 1E4IA 1CXLA 1CGXA 1E6XM 4C7DA 5D4YA 2J25A 1CGYA 2WWDA 5D9OA 1J0YA 3MUIA 1JDDA 3IANA 1D2KA 4UFMA 1WE5A 3GH7A 4UOZA 2ZXQA 1XSKA 1CWYA 4DUVA 1JZ6A 2QMKA 2W63A 4JCMA 4EANA 3VDCA 1UWTA 2Y5EA 1QW9A 3VGFA 1GOWA 1GHSA 3EDFA 4HA1A 3D3AA 1MFVA 4HPGA 4JKLA 2JF6A 3AS0A 4W7UA 1Q6DA 1X1NA 3AIRA 1KXHA 2XSAA 5AYBA 4CGTA 3CGTA 2ZIDA 5AC4A 1JDAA 4Q7NA 2ZUSA 1BVNP 4UOJA 1HJVA 2Q8XA 3EBVA 2E4TA 2BHUA 4BQ3A 4JL2A 5A2CA 2AAAA 2VZSA 1UWIA 3IK2A 3ECQA 2WHJA 3PZIA 2VQTA 1ODZA 3VD5A 4ACZB 4HP5A 1XGZA 4B3LA 3KE0A 5M03A 4R5EA 3WIJA 5IHRA 1GQIA 2D22A 1K6AA 1DP0A 4CKQA 3WQ6A 3MKKA 4PMUA 2Y4SA 3PZOA 2QLYA 1KXQA 2YBTA 3U7BA 3TONA 4FLSA 1WPCA 5ABHA 2JFEX 1FH8A 2MANA 5JBDA 4P8XA 3THCA 4UTFA 1QPKA 4NRSA 4PTXA 5FD0A 1D7FA 1WDSA 1TZ7A 2XUCA 1WZMA 3SCVA 1B31A 1B2YA 1WDRA 4WIWA 6CGTA 1JYNA 3EMZA 5A94A 1OIMA 1H0IA 3KWXA 2W4XA 4MB5A 4UQBA 3M6DA 2FGZA 1BYCA 3PZ9A 4W93A 3VIMA 4U3AA 4U2ZA 5DFAA 1Z32X 1FOBA 1VFFA 1M53A 1FFRA 3EDKA 4QCFA 1OGGA 1HJXA 2CBVA 4Z2IA 4JHZA 1HJQA 4ML4A 4GIAA 3AYSA 1QBBA 4Y7EA 1V3JA 5A6MA 3AZRA 1ISYA 1HJSA 4PTWA 4E8DA 3B8SA 1HL9A 2WMKA 1VRXA 1JAEA 3RMEA 1AVAA 2X09A 1BAGA 1H49A 3RPMA 3VX1A 4HA4A 2WKGA 5D9PA 3G6LA 3MMWA 1UWRA 1UWUA 3AICA 3GXMA 1BGAA 4PMXA 2XSBA 4JAWA 2CBIA 3AS3A 1H3GA 3VIKA 1OGBA 4W7WA 2FGLA 3WELA 3T2PA 4PMQA 1V3MA 3AFBA 4AEFA 1LL6A 1IZKA 3RJXA 1UD4A 1C92A 2UY3A 1CGTA 2GDUA 5DEZA 2WVTA 1EDQA 1JXKA 1TE1A 1EDTA 3AIUA 1LL7A 3OIHA 1HT6A 2QV4A 2V5DA 3K8MA 4HZ8A 2YLLA 3QHNA 4UFKA 3TP4A 3ZJ8A 2ZWYA 1UD8A 3AXIA 1B30A 2J8FA 4C90A 1CZ1A 1LG2A 1KBKA 2CESA 2GJXA 1XCWA 2A3EA 1KQYA 3L4YA 4XZBA 3WH8A 5M17A 2EXOA 1E55A 1NH6A 3FNDA 4M81A 1V3HA 4URIA 3VVGA 2E9LA 4MTVA 4F8XA 1KXTA 4CU7A 4AD4A 1CLVA 3PZTA 1JYWA 3CIVA 1J0ZA 2J75A 3VDHA 5HDRA 4XUYA 3LPFA 2OSXA 3PHAA 6A3HA 2XJ7A 5A2AA 1QI0A 1E3XA 1JZ8A 2VL4A 1US3A 4P7LA 5LA0A 5HPOA 2EBNA 1V3IA 5E6ZA 4AW7A 3CMJA 3AS1A 4B15A 3K8LA 2XTKA 3ZT5A 4IPNB 3WDPP 1UR4A 1V6WA 1ODUA 5GQBA 3B9AA 3WQ4A 2ESCA 2O92A 2V38A 4KGLA 3MMDA 2WBGA 1E4MM 3NSXA 4J3SA 1E3ZA 4FLOA 3ARYA 3ALGA 3CUFA 4FLQA 1R85A 3AXHA 1G1YA 5DF0A 2YL9A 4XV0A 2CETA 3VMOA 2YKKA 3MV11 1RPKA 2WZEA 4PBGA 3KL0A 1EOKA 1E5NA 3SCOA 1ESWA 1NP2A 2CXGA 4D72A 1GPFA 3PZUA 1EO5A 2O9OA 3NDYA 4GQRA 1QI5A 1JXJA 1HL8A 3VNYA 1OM0A 1F4AA 4Z2JA 2WNWA 2J62A 3SCRA 1TVNA 4D71A 2QPSA 4U5IA 3HU7A 4XX6A 3U7VA 3GZAA 4U5KA 3VX0A 1E9LA 1HP5A 3AZTA 3WF4A 4PUEA 2WC7A 1W1PA 1EHNA 4DWSC 1JF6A 2YL5A 1XC6A 4TTUA 8CGTA 1UA7A 4D6HA 3HJEA 1JNDA 2UWFA 1WB0A 1G0CA 2D1ZA 5IXEA 4X9YA 1DWHM 2X2YA 1UG6A 4W5UA 2XIBA 2Z1SA 2O9PA 5CZKA 3MS8A 2ZE0A 4MNMA 2VZUA 5E09A 1NWUA 5A8MA 4PYSA 3SCUA 2GJXB 1W9BM 1QOXA 1BYDA 5D9MA 3WQWA 1OGSA 2G41A 4D1JA 2WLZA 3FN9A 4MDOA 1OBAA 1G01A 1QNSA 4WF7A 4PCSA 4MB3A 5FOOA 1HNYA 4OZOA 1OD8A 2ZX8A 1RP9A 3CUIA 1RH9A 3EMCA 2YJQA 2X05A 1PEZA 3UG5A 4YHEA 1E0VA 1ZJBA 4AZ7A 2DIJA 1C7SA 1XV8A 2WCGA 1E4LA 5E0CA 1PBGA 2VX4A 1CXFA 1XHGA 1EIBA 1A3HA 2YDSA 1KFWA 4ZE5A 3SCWA 3CZ8A 2DH3A 4NI3A 1OB0A 1KXVA 1W9PA 3QHOA 4JFUA 4BA0A 4BZYA 1UWQA 3RM4A 1WDPA 3VDAA 5EFFA 4FF5A 7A3HA 1I1WA 5HBFA 1XH2A 5ABFA 5GNZA 7CGTA 1MXDA 1FP9A 1R8LA 1ZJAA 2A3HA 4AISA 3J7HA 4KRTA 1JI1A 2DSZA 1E6SM 1AMYA 3A4WA 5I0DA 1EDGA 1XSJA 3VM7A 2Y24A 2D0HA 2J7CA 3GXIA 1H09A 3ARSA 4PTVA 4TX6A 3CH9A 5GPRA 2D0GA 1V3KA 2XIIA 4AZ6A 1J0KA 2EJ1A 1JFXA 1PIFA 3BMVA 2QF8A 5I5RA 4TVUA 3OLEA 5C70A 2VZOA 1LWHA 5LYRA 1J11A 5FCZA 3CBWA 3FAWA 2F8QA 3PZGA 3CUGA 4TTGA 1SMAA 4GPNA 3TTQA 3SCNA 2BY2A 2CBJA 4LYPA 3ZQ9A 1L0PA 3WDJA 1B0IA 1MVYA 3RM9A 3FAXA 1UKSA 3CZJA 1CGVA 4P7QA 1DTUA 1SFSA 2G3NA 1OD0A 2WVVA 5CJ5A 2ZUMA 2WWCA 1EXPA 1W9XA 4AIEA 1UR0A 3WBEA 2GJRA 3AMDA 2PBOA 2XVPA 1EGZA 3WF0A 1M7XA 1WO2A 5FIPA 1QI4A 2BXYA 3WNMA 4D6GA 4GQQA 3NIYA 1XD1A 3ARPA 4WLCA 3RM8A 1JZ2A 4HA3A 1M01A 1QNRA 3WMSA 1KBBA 3CZGA 3T0AA 2DSUA 1CXEA 2GUYA 3KL5A 5I24A 3PZNA 2XVLA 1O7AA 1UOKA 3VKKA 1J10A 2CCRA 4J3WA 2YIHA 3UR8A 4DUXA 4QP0A 4WKHA 1ITCA 4D6JA 2Y8KA 1VF8A 1B3VA 3GTNA 3IJ7A 2BVYA 2J7HA 4J28A 1BQCA 1K9FA 2DPEA 3GM8A 2X0HA 1XH1A 4L4PA 4GI9A 2J78A 1FH9A 2OYMA 4J3TA 2XHYA 1CLXA 1HF6A 1ZL1A 2IUZA 2V3DA 2JF7A 3N18A 2V5CA 1PAMA 3VNZA 1MYRA 4N0RA 3VIFA 4AD0A 4D1IA 1EA9C 3U5UA 3SUWA 4GXPA 4V2XA 2F2HA 4A3YA 1OIFA 5E0FA 2WBKA 3O6AA 2ZUNA 5JBFA 1S46A 2XGIA 1C91A 3A4XA 5CGMA 3BAIA 4AZCA 2A3AA 1NOUA 3AMLA 3AROA 3WNOA 1VEMA 5I23A 2ZOXA 1NWSA 1OWQA 4B9ZA 5C8BB 3I3BA 3BAXA 5IFTA 2DSKA 1ISZA 4J7RA 1US2A 1TG7A 3DECA 4BF7A 5F7UA 3BXWA 3EDEA 4P7RA 1E0XA 3GDBA 3CLWA 2B31A 2CHNA 2CBUA 5A8QA 3POHA 3WN6A 1XYFA 4MDPA 4UR9A 3GXFA 3L4TA 3VGBA 5A8OA 2GVYA 2VVSA 4S3KA 3UEQA 4H7VA 1UHVA 1VB9A 3VD7A 1CNVA 3W82A 4OBRA 1E6PA 3RILA 2J74A 2XWDA 2BY0A 2QHAA 2VI0A 3AIVA 2OYKA 2GK1A 2WVVB 5AYIA 1VFOA 3JUGA 1V0NA 4KGJA 3UERA 1H5VA 3GH5A 4MNJA 1W1TA 4C7GA 3ZR5A 3VUPA 2J7GA 3IAQA 2PWFA 3L4XA 1OSEA 4LGXA 1U30A 4IPLA 3W27A 3CHDA 4H2CA 4Z2HA 3BAYA 4CD6A 3VD4A 3WUFA 4E2OA 5BXSA 2AOSA 1V02A 1HX0A 1MW3A 1W1VA 1GOKA 5DT7A 4U33A 2CKRA 1HKKA 1Q6FA 2DSVA 1EOMA 1XH0A 1W3HA 3HN3A 1ISXA 1V03A 4PCTA 4CD5A 1JIBA 3CUHA 1GOOA 1UQYA 5ECUA 1GNXA 2D3LA 4W87A 1EO7A 3ARVA 5HOSA 5LA2A 3BSHA 2DQXA 3ZT7A 2D0FA 3PTMA 4HOWA 4IISA 1TA3A 3II1A 1JL8A 1I1XA 2WHKA 3EMQA 4UCFA 1VJZA 1C8QA 4M1RA 2VQUA 2WAGA 4GKLA 3T09A 4AC1X 4OOUA 3GYCA 4OIFA 3WBAA 5CQ1A 3WD3A 1UD3A 4GINA 1V0KA 1WAWA 5DT5A 3L4WA 3F4VA 3AHZA 1H2JA 3ARXA 3WQ5A 4ZEPA 2J7FA 3WEMA 3KZSA 4MAVA 2VJXA 3T2QA 4ZE4A 3CZKA 2EO7A 1PPIA 1M03A 4AZCB 3PZQA 1LF1A 3BMWA 2ZX5A 3N13A 3VIPA 3GH4A 4QLLA 1K9TA 1IV8A 3WY1A 4CU8A 2WHLA 3ARWA 2XM2A 2DT1A 2J47A 5IDIA 1HVQA 1A47A 2Y2WA 3E1F1 1WDQA 3I3EA 4OBSA 4H8HA 3L2MA 2PWHA 5JBEA 4UQDA 1J0HA 3ALFA 1VEPA 4U3CA 3AMGA 4OJYA 1CDGA 1E71M 3VGEA 1GVIA 3VD3A 4HU0A 2OWCA 2ZX7A 1CPUA 4JCLA 2XWEA 1EHAA 2RGLA 2JIWA 3W6LA 2X0YA 2VVNA 4FMVA 1X6LA 3DYMA 4W8BA 5A6AA 2GK1B 4ZENA 1FH7A 4PMDA 4L4OA 2JE8A 1E43A 3WEOA 1BFNA 3RJYA 3VMNA 3SUSA 3POCA 3WEZA 1QI3A 4AZGA 4AD3A 2VCBA 1XSIA 1UR2A 4AD1A 1V6UA 2FH6A 3LPOA 1VIWA 3FY1A 1HIZA 1ISWA 1E0WA 2BHZA 3SCTA 1ECEA 2WC4A 1YQ2A 1PX8A 4OUEA 5CSYA 2ZX9A 4WJXA 1KGXA 2PWEA 2ZUVA 1BLIA 3W4RA 4P8UA 2FHCA 2Z1KA 5AC5A 1CIUA 1UD2A 1ITXA 3AMKA 1B9ZA 3UG3A 4PMZA 2DT3A 1UH4A 2WSPA 1XRVA 4YHGA 2WVUA 4JIEA 5A69A 4LQ1A 1GOMA 3WENA 4JKKA 1JF5A 2V3FA 3ZIZA 1KR1A 3VILA 2BNJA 3U57A 3WD0A 3WH6A 3ZT6A 1TA3B 3ARRA 4QAWA 4NF7A 2PI6A 2WM0A 1YHTA 1HKJA 1GQLA 1DWJM 1MWOA 3FXYA 2WANA 1KB3A 3W29A 3W38A 5I3DA 2CERA 1AQMA 2VX7A 2WW5A 1WZAA 1ZBCA 2GJPA 1JNEA 1ZBVA 3L2LA 1E56A 2YOCA 2IXUA 4AZIA 2UY2A 4PMRA 1LLOA 3ZSTA 5DMYA 2FDMA 4P8WA 3O2LA 2VZVA 4MAZA 4JL1A 5TD4A 2WPGA 2XVNA 3VMPA 4D6EA 5ABEA 1FA2A 1U33A 3UESA 3WNPA 2VOTA 1CXKA 3WNLA 1E40A 2JIEA 3AOFA 1GVYA 3OB8A 3A4AA 3NDZA 4FLRA 1TFVA 4WKFA 3N9KA 2J7EA 3MV01 1GW1A 3CHEA 3AJ7A 7TAAA 3OLGA 4PEEA 4F66A 3OGSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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