2GK1B

X-ray crystal structure of ngt-bound hexa
Total Genus 5
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
5
sequence length
54
structure length
54
Chain Sequence
PALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFG
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic Structure of Human beta-Hexosaminidase A: Interpretation of Tay-Sachs Mutations and Loss of G(M2) Ganglioside Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-hexosaminidase subunit alpha
molecule tags Hydrolase
total genus 5
structure length 54
sequence length 54
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2006-03-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2gk1B02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2gk1B01
2BY0A 2VTFA 2XIBA 4KMQA 3WF0A 1GW1A 1PX3A 1V0NA 3BSGA 2FDMA 2ZUMA 4QLKA 1KQZA 1WZLA 1LF1A 3B9AA 3SCRA 4PUDA 1E56A 4D71A 3THDA 3AYRA 1JI2A 3K8KA 4W88A 3AISA 4AZ5A 5I23A 1PJ9A 4JFVA 4Q7NA 4U2YA 2EBNA 3WMCA 1S46A 4JKMA 2ZOXA 3W81A 3BCDA 1CECA 3WN6A 1EHAA 3SCQA 1JZ6A 2BXYA 3M7SA 3AI0A 4QP0A 2FGLA 1ZBKA 2W67A 3W6LA 1D7FA 1E6RA 2VO5A 3MUAA 1R86A 4XUYA 5JIPA 1HKJA 1WE5A 4ZENA 2NW0A 1U33A 2CETA 4X0VA 5A94A 2J7BA 1VFUA 4AD5A 1C7TA 5I78A 1J0IA 1GUVA 2J7EA 3I3DA 2J47A 3S2CA 1J18A 3MS8A 3OA5A 3WNMA 2CBUA 2WVVA 2HISA 1CGYA 5IHSA 2QPUA 2WKLA 4P8XA 1OM0A 2WBKA 2ZUVA 3GYCA 1XH0A 2VT0A 4HOWA 1LJYA 4MB4A 3D3AA 1QNSA 3VX0A 5A2CA 2V38A 1UH4A 1Y7VA 5M17A 3GBEA 1LL4A 3UR8A 3OB8A 2VR5A 4M82A 4NF7A 1U30A 4UQ9A 1VEPA 1SFSA 3N9KA 1ODUA 4RE2A 2AMGA 3FAXA 4AZ7A 3N11A 2WMHA 1OBAA 1NWTA 1Q6GA 5D4YA 2DQXA 3BCFA 2XYLA 1C92A 3OLGA 3THCA 3MV11 3W28A 2XPKA 2C7FA 5GPRA 3MSGA 4NZCA 2XTKA 3T2QA 1B90A 3GXFA 2CNCA 5EFFA 2D23A 1WDSA 4GKLA 3AZTA 2WMFA 1US2A 4CUCA 1QVBA 1E55A 1CXFA 1UH3A 3OGRA 4WLCA 3SCPA 2YL6A 3NSNA 1DWHM 4PMQA 4W7VA 3WFZA 3WQ6A 2J7GA 3SEPA 4GZEA 5ABFA 4F9JA 4F66A 4HA4A 4BF7A 2JE8A 1ZB5A 1PZ2A 3FNDA 4AC1X 1TA3A 3BGAA 3DC0A 4J7RA 4CD7A 1OD8A 5CPTA 1XD1A 4N42A 5EB8A 4AD3A 4AD0A 1BGAA 1SYTA 2WVVB 2J75A 4DUXA 1I1XA 4EE9A 3IAQA 2UWFA 3GM8A 5FCZA 3WBEA 5GNXA 2VRJA 4LGXA 4AEEA 1V3IA 1VB9A 1V6VA 1DHKA 1TE1A 3RCNA 2ZX8A 3TP4A 3SUWA 1H3GA 5DT5A 1VFOA 3ARVA 3AXHA 4HP5A 1QHZA 1TUXA 1DTUA 4YHEA 2VNCA 5HPOA 1CLVA 2Z1SA 1KXQA 4CD8A 3WL0A 3QGVA 5HNNA 1J0KA 2XFRA 2X2YA 3CZKA 2CHNA 1BQCA 5CQ1A 5DEZA 2D22A 1UWSA 4CCEA 5IHRA 1KXVA 1W3HA 3B8SA 1PIGA 2WW5A 1BYAA 3B9EA 3SIMA 4AZCA 3WDPP 3IJ9A 5ABEA 4ZEPA 5A69A 2DH2A 3ECQA 3QR3A 2GUYA 1GVIA 5A6BA 3VIPA 1D3CA 3HU7A 4P8VA 5HXMA 5JBEA 1UWQA 2V5DA 1AQMA 3EBVA 1RD6A 4CVUA 4V2XA 3AMGA 2XVLA 5A1AA 2V3EA 3NCOA 1OINA 4TX6A 1BHGA 3POHA 4HU8A 1V02A 3ZO9A 2D24A 1EDTA 3G6MA 4H2CA 2D3LA 5I3DA 4H8VA 3BLKA 1MWOA 4E8DA 1UA7A 2UY2A 1JFHA 1JNDA 3MUIA 2WZHA 1Q6FA 4N0RA 3AHZA 3TTQA 2PWEA 3ARRA 3PTKA 1J11A 1KGUA 2XWDA 1HXJA 1QI2A 3RO8A 1E5JA 1UKTA 4AWEA 4Y7EA 1W3JA 3VIKA 2PI6A 4PMUA 3A3HA 2WLZA 2J7FA 1W2PA 1CZ1A 2ZUTA 3VIMA 4EAMA 2OWXA 2GJXB 2J7CA 3FAWA 2ZE0A 5I79A 1QI4A 3UG5A 3N18A 1NOUA 5F7UA 1GOIA 3APGA 1DWGM 1KB3A 1UD2A 3HJEA 4P7LA 4IM4A 4ATWA 1W91A 2WCGA 4J3TA 4AXNA 4JFSA 4CCCA 2ZXDA 2VX4A 5AC4A 5CSUA 1QBBA 3VINA 3RM9A 1J0JA 4UCFA 3GH4A 4FF5A 5C70A 3BAJA 1WZAA 3MMUA 1FH8A 3CUJA 4AW7A 4DWSA 1XRVA 2YDSA 3WQ5A 2Y8KA 2XJ7A 4MJ4A 1JNEA 4AZIA 3VM7A 3UR7A 4AISA 1HL9A 4B3KA 3AQUA 5LA2A 1CENA 1M03A 1CYGA 1MQRA 1IV8A 3E1F1 3T0AA 2PBOA 1DEDA 1FHLA 1JYWA 1VJZA 3SCSA 2CXGA 3CBWA 2ZX9A 3ARUA 5CSYA 4MB3A 2Q8XA 1UKQA 5ABGA 3VX1A 5EFDA 3TTOA 3CHDA 2WZIA 3SCWA 4Z2JA 1EH9A 1ITCA 2Y2WA 4DUVA 1E1FA 1WPCA 3ZT7A 4KGLA 1M7XA 1MQPA 3ZSTA 1C90A 1WO2A 1CGTA 4MDPA 1EHNA 4H8HA 5E6YA 2OWCA 3PBGA 4HPGA 3VIIA 3WD1A 1UR4A 2ZUUA 2YL5A 2VVSA 1BSIA 4UNIA 4AIOA 4GI9A 2CEQA 1XSIA 2VQTA 1C7SA 2WHJA 5FD0A 1AQHA 1KQYA 4WIWA 3MUY1 4U5KA 4BQ4A 1CIUA 1EA9C 4WK9A 1UQZA 3A47A 4BQ2A 1HL8A 2G41A 1E6QM 1GHRA 2VCCA 1UD4A 1Q6DA 4NRRA 5KEZA 3GTNA 5A8MA 1QW8A 1HJXA 2DSVA 2WMIB 4HMDA 4M56A 1FP9A 5CZKA 2W91A 1UR1A 3DYOA 3NYDA 3WNOA 3AMLA 1ODZA 1QI0A 3ZR5A 2GK1A 3A6OA 1XCXA 1H0GA 1FH9A 3K46A 2BS9A 4W5ZA 2ZUSA 3OZPA 3T09A 1AMYA 1NM9A 3MANA 1UR2A 3NDYA 1K9EA 3WH9A 3VNZA 4CGTA 3ARPA 1BVNP 1V0LA 3W29A 3WUBA 1KWGA 3W25A 3EMCA 1OT2A 1RH9A 1K9FA 2ZIDA 3ARWA 4AZBA 4P8UA 1B1YA 1JYNA 1TZ7A 1UZ4A 4J27A 4WKAA 2WC3A 3OIHA 4MNLA 4QCFA 2TAAA 4D1IA 4XB3A 3GDBA 4Q22A 4ZXOA 1CPUA 1LWJA 2D2OA 5E9AA 2W62A 2BY2A 5C71A 5BXTA 2WAGA 3ZSSA 5IFPA 2O92A 3WF1A 1UUQA 3VKKA 2YBUA 3AZSA 2O9RA 2YIHA 3AHYA 3L4XA 2XWEA 5HPCA 1B3VA 7TAAA 1WP6A 1V08A 1CWYA 3A4XA 1GOOA 4XZBA 5AY7A 3K4DA 4L4OA 3K8MA 5E0CA 4M81A 4UFIA 1QW9A 4MTVA 3PZTA 1FFQA 1PZ3A 1WCGA 4W8AA 1EDQA 1XH1A 2EPMX 1K6AA 3W26A 4HZ7A 2Y4SA 1IZJA 2YJQA 1EQCA 3UG4A 4GIAA 1V0KA 3WQWA 2GDUA 3WQ4A 3PZNA 2W61A 1QI5A 2PF0A 1G01A 2PWFA 1NWUA 3MSDA 3BAKA 1B3XA 3TTSA 4JCLA 4K68A 1B0IA 3L4WA 3WUFA 1JZ3A 5GQBA 3ALGA 4FLRA 2DEPA 4UTFA 3D5HA 4W87A 4CN4A 2DH3A 4W86A 2XVPA 4LQ1A 1W1TA 3NDZA 4UZSA 1HX0A 3BMWA 2BHUA 2JFEX 5I0DA 3RIKA 4MB5A 4PEEA 1H5VA 1JYVA 1LQ0A 4LPCA 2UY4A 4ZE5A 5TD4A 2G3MA 1BF2A 4MNKA 2CCRA 2DSKA 1E6PA 1VEMA 4L4PA 3T08A 3VDBA 3BAIA 2G8ZA 1FH7A 3EDKA 1VAHA 3OLEA 3W38A 5HOSA 1XYZA 4OIFA 1W1VA 2E8ZA 3AIRA 3VD4A 1XV8A 3WD2A 3VILA 3WUEA 4TX8A 3VDAA 1V6YA 5BYWA 2EPOA 3QOMA 2QPSA 1MYRA 2J62A 1BG9A 1BPLB 1W9DM 2DT0A 1HKIA 3PN8A 3NIYA 2WHKA 3PZVA 4KH2A 1FOBA 1V6UA 5IFTA 2XSAA 4M24A 5FKYA 4TTUA 3WH5A 1V6WA 3VIHA 3AS0A 3AIEA 3WENA 3N12A 4HPHA 3VD7A 1V03A 1JAEA 4C7GA 4IUGA 1DWIM 4GI6A 3DHPA 4S3KA 3SUVA 3AIUA 2NSXA 5A6AA 1UR8A 1SMDA 4D1JA 3U7VA 4QLLA 1V02E 1H4PA 3LMYA 1WDQA 3WEZA 4V28A 4ML4A 4PMVA 1J0ZA 3ZQ9A 5I6SA 3I3BA 1R7AA 2ZXAA 5JBFA 1H2JA 2WMJA 2XGIA 5I24A 2OYLA 2EPKX 2OWWA 3L2LA 3AHXA 1E6NA 3S6TA 3RMEA 1I75A 2VZSA 3EMZA 4IPLA 3WKZA 3WQ8A 4OUEA 3SUSA 5CXPA 3WFLA 1FFRA 4BCEA 1P6WA 1XSJA 3BH4A 3IJ8A 3SCTA 2JALA 2J8GA 1HJSA 1FP8A 5ECUA 3VM5A 2YKKA 4A3HA 4PMDA 2WWDA 2DIEA 5BWFA 1Q6EA 1H09A 3OBAA 4UQEA 4Z2LA 1GOWA 3LPOA 5CGMA 1EGZA 4HZ6A 3AJ7A 3SCOA 4P7QA 3F5LA 2WPGA 3WH8A 1W2VA 1H41A 1RPKA 3BAXA 3CHFA 3AXIA 2WYSA 3WD0A 2J7DA 2WCAA 3QHNA 2WZEA 2WKGA 1V3KA 2DGAA 3ZJ8A 1M01A 2VC9A 1RP8A 4W8LA 2BHZA 2D0HA 3CZLA 3PHAA 1EDGA 3K4AA 1EO7A 3GXDA 4KRTA 1IT0A 4MB1A 4P7RA 1TG7A 1HVXA 2X1IA 2XFFA 3M07A 1VRXA 4PN2A 3W6MA 2W92A 2WK2A 2F2HA 4JIEA 1OWQA 1UKPA 1HT6A 5A6LA 4H04A 3BC9A 5M03A 1GJUA 3AHVA 2VX6A 4TVDA 2WB5A 1J9YA 1KGWA 1KCKA 3ZJ7A 3VD5A 4A4AA 2VVNA 3ZT6A 1GNXA 1VFFA 1UD8A 1DWFM 1JAKA 2W63A 2GVYA 2GJXA 3EDFA 3L4ZA 5JUVA 1JZ4A 2XFYA 4PCSA 1TFVA 3ARZA 3WL1A 8A3HA 1ZU8A 3QHMA 2VR4A 3WDHA 5FL0A 4BQ3A 2Y24A 1FA2A 4Z2IA 2DT3A 3FY1A 4UQAA 1QPKA 5D9PA 2PC8A 1E6ZA 4OJYA 3PZMA 1HP5A 2RGLA 2J8FA 4JAWA 3WELA 2WVSA 3AMDA 3A4WA 4P7NA 3B9DA 3PZOA 4UR9A 3EDEA 1E6XM 1EOKA 2WLYA 2WVUA 4D6IA 4X0NA 1NH6A 4XX6A 2YA0A 1JZ7A 9CGTA 3CZJA 4LYQA 1N82A 2ESCA 4RE4A 5A6JA 1YHTA 1LLOA 4TXEA 4J3UA 4J3WA 4QLJA 1E5NA 2EXOA 2YL9A 1J0YA 2O9OA 3VO0A 3BAWA 1PPIA 4J3VA 3W0KA 1E15A 1VFMA 3LPFA 2DT2A 4WJXA 2BHYA 4CCDA 5D8WA 3WDJA 3U57A 4U3AA 4HMEA 4JFTA 1UWTA 1HP4A 4B9ZA 2J7HA 1SR0A 2BXZA 1MXGA 4KRUA 2J78A 1TCMA 3WEMA 1HJQA 1DP0A 3F4VA 1F4HA 3VDCA 1G5AA 3MKKA 2VUYA 4D6JA 3ZT5A 4BZYA 2JIEA 4TVCA 3G6LA 1FHDA 1I1WA 1ECEA 3VD3A 1KFWA 3KE0A 3RM8A 4CU7A 5CLTA 3KL5A 4P7OA 2CIPA 1E4LA 4PMZA 1JI1A 2GFTA 1HF6A 3AMCA 3T0BA 2WMIA 3WNPA 4NI3A 2UY5A 1QI3A 5DF0A 3ARSA 1UD5A 2X0HA 4GINA 1GOQA 3W82A 1U2YA 1BGGA 1MW0A 1GONA 1JZ8A 4V27A 3SCUA 4FK9A 5A6MA 3BSHA 4CN6A 1BG4A 4A3YA 2O9TA 2BNJA 1PX8A 5AYBA 1OCQA 4UFHA 3IANA 3KEHA 1NWRA 2YLAA 2ZX5A 5A6SA 3CZEA 1HJUA 5A95A 1WB0A 1CGUA 3VGHA 2NT0A 2E4TA 1ISYA 3M46A 1B9ZA 3VU2A 4GZJA 4PMOA 5CGTA 3N17A 1PEZA 3DYPA 3AXXA 1W9BM 2YL8A 4UFLA 4CN1A 5CG0A 4AYSA 5A2BA 3WEOA 3AYSA 4D6FA 1MXDA 3PZ9A 1RP9A 2UY3A 1HJWA 1Q6CA 4FMVA 2V3DA 2FHFA 2J4GA 2D3NA 2VCBA 4KWUA 4C91A 1UKOA 2DSUA 1H49A 3U5UA 1HIZA 5JIWA 1KBBA 3K1DA 1R87A 2WWCA 4OBRA 3ZOAA 4OKDA 1UG6A 1NOFA 1VF8A 1H11A 2WANA 4UZUA 3UETA 1KCLA 1W9UA 2X09A 3BXWA 2DSWA 3UG3A 5A2AA 4JL2A 1KBKA 5EMYA 3WF2A 3CHEA 4PMRA 1JDCA 4YN5A 2CERA 3JUGA 4B15A 4PTWA 3CMJA 4ATDA 3MUZ1 1BAGA 3KL3A 2E0PA 4ATLA 2WC4A 1ISXA 2BV9A 2VJXA 3ZR6A 4TTGA 1OGGA 1XD0A 4M80A 1CLXA 2WSKA 3VNYA 2CBJA 3CUFA 2XG9A 4P8WA 1O7AA 1WDPA 1JL8A 2CBIA 2OSYA 5E6ZA 4AZ6A 4R5EA 1W9PA 5LYRA 1MVYA 1TVNA 3ARXA 1JXKA 1LG1A 3VMOA 4UOJA 1C3FA 1KR0A 1JZ5A 4UFJA 4WSJA 3CUGA 1QNOA 3GH7A 2EQDA 4H7VA 3ZIZA 4C90A 3AROA 1B3YA 4AZHA 2QLYA 2VZUA 3T2PA 2XVNA 4CU6A 4ZFMA 1H0IA 4CD4A 4D72A 4D6DA 3CO4A 1JGIA 1HJVA 3RJXA 5I5RA 1K9DA 2A3CA 1J10A 1LWHA 1ZBWA 3NJ3A 4MNJA 5BCAA 1ISWA 4AD2A 3WH7A 2EO7A 4KGJA 1CGXA 3TOPA 3MMDA 1GPFA 5D8ZA 1AQ0A 2Y8VA 2VRQA 2GSJA 3O2LA 2BFGA 4Z2GA 1X1NA 1E0XA 1B3WA 1C93A 4HOXA 3W4RA 2XHYA 1EO5A 1DWAM 3KL0A 4W7UA 2OSWA 3MU7A 4CU8A 1LG2A 3SUUA 4W84A 2RGMA 1OT1A 1E4NA 2QHAA 2CPUA 1QOXA 1US3A 3BMVA 1ZBCA 2C8NA 1E72M 2XIIA 3K8LA 1F4AA 1CXHA 4UOQA 3U5YA 5A8OA 4DM1A 2EEXA 3WIJA 1DWJM 5D9MA 4ACYA 1J12A 1NARA 1KWKA 2WMKA 1EQPA 1V6XA 2FHCA 2VOTA 4FLSA 1WKYA 4D6EA 4FLOA 3KWXA 3AMKA 1B3ZA 4URIA 5EBAA 4LYRA 3FHQA 1CBGA 3PZGA 3DHUA 4CD5A 4QDMA 1E43A 4CKQA 4D6HA 3CUHA 3AOFA 1PBGA 2JEQA 1VBRA 3NSXA 2YOCA 4PMXA 1EXPA 3HN3A 1UOKA 4AEFA 1D2KA 4OBSA 3AIVA 2DPEA 4MNMA 4H8UA 3VUPA 5JBDA 1UKSA 2FHBA 2D1ZA 3CLWA 1J0HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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