2GOUA

Structure of wild type, oxidized sye1, an oye homologue from s. oneidensis
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
MTQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPMTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand-induced conformational changes in the capping subdomain of a bacterial old yellow enzyme homologue and conserved sequence fingerprints provide new insights into substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords oxidoreductase, FMN-binding
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shewanella oneidensis
total genus 133
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2gouA00
4NJJA 4WOZA 2Y7DA 1G4PA 3UY7A 1HUVA 1FXQA 3W7LA 2YCEA 3W3OA 3EX6A 4JYDA 3BGJA 5IBXC 3B0UX 3I6RA 3T55A 5AYXA 4K6AA 1SFLA 4BF9A 5KTLA 1G4SA 4O4VA 2A1YA 3MW7A 3T40A 3C52A 4TX9A 2C19A 3NAVA 1H62A 4O15A 4O57A 3B03A 4O8RA 4GUJA 4GXMA 2J9YA 4WY0B 2ZZ4A 1ICQA 3B05A 1JJKA 1QO5A 3O63A 2RDWA 4M7TA 3TJLA 2V0TA 1P5BA 1ONRA 3DZ1A 4FXRA 5LNSA 1J5TA 5DXXA 3RK8A 1WOAA 5LSMA 3DAQA 3F4NA 4RK8A 3W22A 2EPHA 2TYSA 4OBTA 4UR7A 3E12A 5CZ0A 3M16A 4N9EA 3WJZA 4N9DA 1QPQA 3NM1A 3DKLA 3W7OA 1B9BA 2Y62A 3C2OA 1GQNA 1VLIA 4DF1A 2A85A 4IXXA 4LS1A 1PCWA 2ZA1A 4UUIA 2O7QA 5D09A 1XUZA 4IX0A 4JTUA 1C9DA 1TREA 1H7NA 3HG4A 4UR8A 1F73A 1OYAA 2BWGA 4KKXA 1X1OA 3EX2A 2R8WA 1O95A 1TPH1 3S5YA 5D05A 4HNUA 1I2OA 3TUUA 1JCYA 5LNRA 2XFWA 1SW3A 5CZTA 4MVAA 2ZBTA 3SR7A 3HIJA 3G3MA 4NVTA 3A5VA 5U4NA 4AWTA 3HG5A 1W8SA 3E96A 3QMRA 5L6UA 2G97A 2I14A 3QRHA 4BWLC 1G69A 2C16A 3L9CA 1PV8A 2NXGA 3GXNA 3UQNA 1MO0A 2ZRWA 3CEUA 3Q2DA 5DY2A 4XTDA 2NV2A 4JX4A 3TSBA 1SW0A 2A0NA 3BW3A 1DHPA 2YGYA 1TB3A 4MY9A 5CPNA 1GVRA 3O07A 3TQKA 4HNVA 4GRSA 3U2OA 2GJNA 1HFBA 4YL2A 1WA3A 1RVGA 5K9CA 4TU1A 2QUUA 2A6LA 2Z0IA 4IPJA 1OVDA 1SZEA 2ZA2A 3S1UA 1UBSA 5FF2A 5AOUA 5E93A 4I9AA 1LBFA 2CZFA 4O13A 5LGXA 2FTPA 3VCRA 1P4CA 3PR2A 3BLIA 3KVMA 1VJIA 3NQ8A 3C56A 3LCGA 3LHWA 2CW6A 5L9FA 5C54A 2BLEA 3PY2A 4JTGA 3B8DA 3LHVA 4O1CA 3BW2A 5J5DA 3EWZA 5D2WA 2E6AA 3WK2A 1OFOA 1EP3A 3LXAA 1TTJA 1TPWA 3W7JA 2A7PA 2QDHA 2ZA3A 2QAPA 1VHNA 2RHGA 5BMXA 1IXNA 1OFRA 2JGYA 1M7OA 2A5HA 3NOEA 2WQPA 5FF4A 3CHVA 1AMKA 4K38A 3IGUA 4MFEA 1LLWA 1H7XA 1FWSA 3A22A 2BSLA 1VC4A 1J4EA 2NX3A 4UNKA 4GUFA 3E9AA 4ZQNA 4EF9A 1M6JA 4TR9A 3CLMA 3O8AA 2YZRA 1W3IA 2Q3RA 5D04C 3QQ1A 4UFKA 5BMWA 4O12A 1A50A 2GVJA 4MFDA 2FFCA 2BTMA 5F4XA 3USBA 1LTDA 2CLKA 4GWEA 1EEPA 1MZHA 3M1ZA 3PUDA 4GC4A 2LLEA 4LVAA 5HINA 5HNRA 1WDWA 1GTHA 3R13A 3KRSA 2WOQA 3P67A 1FDZA 4UTTA 4O17A 3MBFA 2GQ8A 2IQTA 4RR4A 3TIMA 3FKKA 4MY8A 1H61A 3NQMA 3S1VA 2I9EA 4C1KA 3W1PA 4JYEA 4O1BA 4XZ9A 2WV8A 3D0CA 2ALDA 3MO7A 3M41A 4E2BA 3A21A 1Q6LA 1SZFA 3QC3A 2Y7EA 4PODA 5D2YA 1T8XA 4GUGA 5EYWA 3OEXA 1Q45A 5D2XA 1RD5A 2RKXA 4WJEA 3V1PA 2YXGA 3W7RA 1H7RA 1QWGA 2OZ0A 4UMBA 3PG8A 5EL1A 2DJXA 3GAYA 1KV5A 4ML9A 4RCXA 2TMDA 4JTTA 3G0SA 1H50A 1C29A 3RLVA 3G1DA 3W87A 5G5IA 4M6QA 1H60A 1RPXA 4N9CA 1UASA 4CQAA 5FEZA 2DP3A 2JGQA 1EA0A 3IV3A 2FLIA 3PB2A 2CLLA 3BV4A 3RFAA 2YYUA 5LNUA 1JRBA 4NJGA 1OFPA 3ABQA 3GXPA 2B7NA 1XL9A 3W1MA 4CNNA 1YPIA 1FQ0A 4PC8A 1GTEA 5DCEA 5H2ZA 3BLEA 4OGZA 2TRSA 4A2RA 1XBYA 3R89A 1FCBA 4FX6M 3C61A 5C2XA 1Q6RA 3G0XA 4EIVA 1KFCA 3W85A 5E1QA 2VEIA 2CU0A 5F1UA 1A5CA 5AC8A 4CNPA 3W76A 4IMGA 1DQWA 1S5TA 1DJNA 1GEQA 1E51A 2ZZ5A 1SR9A 2TPSA 3PUEA 2QCGA 4RV8A 3LTYA 3TW6A 2RDUA 3TE9A 3QZEA 3TFXA 3Q94A 1OJXA 6TIMA 3M5XA 3C4UA 3LHZA 2X1UA 2X1TA 3S6DA 2VEKA 1A5BA 3UY8A 3NPXA 1EUNA 2PCQA 1PHQA 5HR7A 3PWAA 3BGGA 4JTLA 5I3JA 3W88A 3MP3A 1XC4A 1DVJA 1KBIA 2RFGA 4CCCA 1TPFA 3V75A 2VELA 3A5FA 4MJMA 3QH2A 3HPXA 2YW3A 2V81A 3P5ZA 4FNQA 1M5WA 3LXCA 3L0GA 3GR7A 3EX3A 1LZOA 4AXKA 3W2NA 2FPTA 3O6DA 3GAKA 4ALDA 2VOMA 1QAPA 3M5YA 1VH7A 2V2CA 4DQWA 1Q3NA 4K7YA 4S2BA 1YYAA 4MIMA 3W2JA 3PVFA 2A6NA 2Y7GA 2G96A 4LV9A 4LV4A 3ANYA 3TSMA 1IGSA 2A4AA 3QYQA 1GYNA 1QFEA 1VPXA 4GE8A 2WSYA 1JR1A 2E5CA 4POCA 1VYRA 1XBVA 3ATZA 5AC6A 4ADSA 1VRDA 1G67A 4LNYA 3L21A 4NXKA 4OV9A 5DLCA 3P74A 4LRTA 1WQ5A 1K8ZA 2QEZA 1VHCA 4TO8A 3S5ZA 3CWNA 2Y63A 1JCJA 2H8ZA 3H55A 2QCCA 4UTHA 3GYEA 2YSWA 3IRDA 3TXZA 1OABA 1NAL1 3NQFA 1J2WA 3NQAA 3TJXA 3L2IA 2ZDRA 1LCOA 4HNTA 3H54A 5AHFA 4OQVA 3STEA 3W86A 3UWYA 4ZQMA 2ABAA 4JEQA 4DF2A 3DI1A 1KM6A 4FNTA 5F2IA 5AC7A 3P80A 5CPOA 3CWOX 4X9SA 4IQLA 2J9XA 4N4PA 4O50A 1SSGA 5D2VA 1YDVA 3TXVA 1G4EA 3LLFA 3G8RA 3UWZA 1QMLA 1VYPX 1K03A 4DBEA 2E6YA 4H3DA 4M7SA 3W83A 3STGA 5DBUA 4N4QA 4H6KA 1SO4A 1O5XA 3L5LA 2WNNA 4JXCA 2E5BA 7TIMA 1YTEA 3YPIA 1F76A 1KLZA 3LCXA 4KWVA 3RF9A 3VE9A 3DFSA 1F2JA 4HSOA 4NNBA 5MHBA 4I7VA 5K9DA 4NJIA 2QCDB 4K8EA 5ABTA 4FNRA 8TIMA 4UFMA 1JCMP 3EB2A 4WZHA 2CZDA 2FJKA 1F05A 4IX2A 1N7KA 5KINA 1GVOA 3N9SA 1SFJA 2QUTA 3THQA 5SWUA 4UTMA 4GBUA 2GOUA 1VZWA 5A5WA 5F2GA 4JS3A 2G95A 3MBDA 3OVPA 3IIVA 3LRMA 3PAJA 5G1YA 2C1HA 1SO3A 3E02A 1M7PA 3ZWTA 3PS7A 3R8RA 1FY6A 3G1XA 1GVFA 2ZZ1A 3C8FA 4RLIA 2X1RA 3P7YA 3HPSA 2Y6ZA 2V2DA 1BEUA 1NSJA 3UWVA 5LHFA 1T0OA 2AAMA 2DZUA 1ZY9A 2V30A 1OYBA 1EWDA 1GYLA 4K8HA 1NFBA 3NZ1A 4AWSA 5AHNA 1ZAHA 4ZL1A 3M9YA 2JKAA 3TR2A 3NQVA 3VNDA 4B5NA 4AEOA 3W74A 1ALDA 1AW5A 1DJQA 3I7QA 3T44A 3UXAA 3THAA 1ME9A 2CLOA 1PS9A 1LM1A 2A2IA 5J5RA 1H1YA 1TRDA 1V5XA 3QEZA 1R2TA 3B4UA 1JUBA 3W1UA 3T78A 4FNSA 3HGOA 3NQDA 3W6YA 5I3GA 3W7KA 1OFBA 4UFLA 2Z6JA 2GVLA 3OBKA 2DZTA 1EIXA 3MI3A 3ABSA 2ZRVA 3B0PA 3FJLA 4MYXA 4HSNA 1OFDA 3W7DA 4O52A 3S5OA 5AFDA 3HG2A 3RU6A 4G1KA 1MEWA 1XBZA 3HG3A 3K30A 5KZDA 3GNDA 1QPRA 3LGEA 3MHFA 1WOBA 2V5BA 4RKAA 2Z1BA 3W70A 1GG0A 4XKYB 3LTSA 1OG0A 4HN4A 3VI2A 1L6SA 3KXQA 1DOSA 3GB6A 3JRKA 3RNDA 5A8GA 2W6RA 3QM3A 3NNTA 4Z0SA 1THFD 4Y8FA 1KLYA 4I7UA 3CC1A 5HQEA 1JCXA 4FIRA 5HWNA 4WX2A 3I68A 1DBTA 3PUOA 4WQ6A 5G4WA 3S8HA 2PRHA 3O1NA 5K9XA 2YW4A 2X2GA 1Q6QA 4YLWA 2NWSA 2OX1A 4KFPA 3EKLA 1X8FA 5KMYA 1R30A 1KM5A 2B7OA 1U5JA 4JTFA 2VENA 1XDLA 2J88A 2ZRYA 2C14A 1KM2A 1LBLA 3W84A 3W2MA 2CLEA 5G2IA 4CLMA 1MSSA 1QOPA 2YDAA 3P84A 4PL1A 4Z1DA 2YR1A 4WUIA 1MXSA 1IIHA 3FA5A 2FQIA 1W3TA 2ZZ7A 1F74A 1HG3A 1RQBA 2J24A 3KFTA 4NNCA 5TQLA 3W1TA 5U7SA 1IXQA 5EMUA 5D32A 1ZHAA 3W7PA 5BOOA 5HULA 1U83A 4JTJA 3ZS4A 3ABRA 1LOSA 3TC6A 5DN1A 1G7VA 4K37A 1UUOA 5TBOA 4O10A 3U6WA 4XBKA 3W1QA 1IIGA 3TROA 3TCEA 4HKPA 3GR8A 5GVJA 2QF7A 4IXHA 2DU2A 4J9JA 4Y96A 1GJPA 1DQXA 1TO3A 4MZYA 1QNVA 5F2MA 2P1FA 1FCUA 1FXPA 1I45A 4LVDA 3AO0A 1CW2A 1ZALA 4Y90A 2D73A 3UWQA 5HR6A 2ATMA 4NUWA 1KW1A 4AVFA 3OVQA 3UZJA 1FWNA 1XXXA 3W7GA 1QCWA 2ABBA 1SW7A 4LOCA 4DPPA 4R34A 2QJHA 5LZLA 4JIPA 4EWND 1A5AA 4X2RA 4QAIA 3T7VA 1XKYA 3SZ8A 3I7RA 3QW3A 3HJZA 4GFSA 2ISVA 2ZRXA 2DZXA 4JICA 3TFCA 3TV8A 1DV7A 4WOQA 2CZEA 4FNPA 2VKZG 4LS0A 5FEXA 3OA3A 3P82A 3BG3A 3FLUA 1AG1O 3TNOA 3L67A 3R12A 5EBUA 1R47A 4O16A 1K8YA 5D38A 2F7FA 1MEHA 3DENA 3IVTA 3LCHA 3S1XA 3LTPA 2QJGA 1YTDA 1TPVA 1HO4A 3LDVA 1GOXA 3EWBX 1GZGA 3SJ3A 4IMDA 4NNAA 3CEPA 4OT7A 2CZ5A 4EOUA 4JY9A 3UXDA 2C15A 3KRZA 2Z2UA 4RZ4A 3GDKA 4MUZA 3W1NA 2VFDA 3DHDA 1B4KA 4UIOA 3DI0A 2GUUA 1WAUA 1ZENA 3HOJA 4CCEA 2ZRZA 3LERA 4QISA 3TAKA 4JDBA 3B0VC 3TQVA 3TAOA 4IMEA 4QIUA 1NVMA 4MOZA 2CLFA 2TSYA 1JULA 2Q8ZA 3NPVA 2B4GA 2PC4A 1S3HA 2NV1A 1V7YA 3MP4A 1UCWA 4PTNA 4UXDA 2PURA 3TC7A 4XQ6A 5FI8A 4Z1CA 4I7WA 3WJYA 3FYPA 2JBMA 4BR1A 4EVZA 2W79A 1EP1A 3EXSA 3QQ0A 4JYFA 1H63A 4AF0A 3W73A 3R2GA 3W07A 5EA9A 2OT0A 2E09A 4RJEA 4HNNA 1IXPA 2NZLA 5FF0A 4UMCA 4JR5A 2GPTA 3IIPA 1K3UA 5G2WA 1JCLA 4AHQA 3KOFA 5FF3A 5G4EA 4OHQA 4QNEA 1TPEA 1UB3A 3IGSA 1ZJIA 3W7MA 4O1AA 3O15A 3FS2A 2ZQ0A 1Q6OA 1W5NA 4XWUA 2EGZA 2G5WA 3GXTA 2QCFA 1KA9F 3L68A 1H1ZA 3IIZA 2YX0A 1YXCA 1N55A 1JCNA 5K7JA 3W2LA 6ALDA 1KFLA 1YLVA 4PL2A 4ICNA 1YTKA 1SQ7A 1A5SA 5CZJA 1Z42A 3FJ6A 4UTIA 3QFEA 3LCFA 3UD6A 1EB3A 5CG7A 2NXHA 2BXVA 3GDMA 1WBHA 2V5LA 3C2FA 4IJBA 2A21A 3NGJA 4UTJA 1SU5A 4N6EA 1R46A 2GJLA 3BO9A 3U8GA 1B57A 5I3KA 5CZSA 5FF7A 4E38A 2A7RA 1CX9A 3GDLA 4L4MA 4Q4KA 1S5VA 2CFFA 3QMTA 4FX8A 3N19B 4AH7A 4Z08A 3QSRA 1XM3A 1PIIA 4LVBA 1Z41A 2DORA 3I7SA 1QPOA 4E2DA 1I2PA 4CNOA 1WX0A 3EWWA 1TV5A 5T26A 1QR7A 3DFNA 3R5EA 3EWYA 4WD0A 3KX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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