2GQ8 | Genus

Total Genus 133

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	133
sequence length	365
structure length	365
Chain Sequence	MTQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPMTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__785938524318381__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__785938524318381__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2GQ8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__785938524318381__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"785938524318381","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2GQ8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__785938524318381__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd18138199e9cd72c2aace/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd18138199e9cd72c2aace/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd18138199e9cd72c2aace/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd18138199e9cd72c2aace/pdb.gz): 440 ms

reading 365 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

365 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 32 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:364});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Shewanella oneidensis
publication title	Ligand-induced conformational changes in the capping subdomain of a bacterial old yellow enzyme homologue and conserved sequence fingerprints provide new insights into substrate binding. pubmed doi rcsb
molecule keywords	oxidoreductase, FMN-binding
total genus	133
structure length	365
sequence length	365
ec nomenclature
pdb deposition date	2006-04-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2gq8A00

5DY3A 3W72A 1LORA 4JX5A 2E1DA 2YSWA 3W1XA 5U4NA 2Z6JA 4O15A 3M5ZA 4LT9A 3B03A 4X2RA 3PBVA 2V8ZA 2H3BA 6ALDA 5D2YA 3TJXA 1S3HA 5AN7A 2JKEA 4FHAA 1XDMA 1YPIA 1I2NA 1H61A 3HQ1A 4QAIA 1TPB1 3LDVA 1ME8A 1DV7A 4JTIA 5DCEA 3UY8A 1JVNA 3NQDA 4WX2A 1GQNA 4LVDA 3PUDA 4FX8A 3P82A 4I9AA 4IX2A 3LTYA 1VCVA 3L5MA 4XZ9A 4CNOA 4NJKA 1VR6A 1FDJA 4LVAA 2QCMA 3BG9A 3OIXA 1DJNA 1HO4A 3GR8A 4NX5A 5D2TA 1GTEA 5D09A 1U83A 3PVFA 4K37A 3M16A 1YXCA 3K30A 2J9YA 2YPIA 3TNOA 5F2GA 3HPSA 3CPRA 3C2FA 3G24A 2NLIA 2PURA 1R46A 4QQ3A 4IUOA 4X3ZA 3S42A 2NWRA 1SU5A 3MI6A 2J27A 1FQ0A 3EWXA 3NZ1A 1SO5A 2A1YA 3G1DA 5I3JA 3B8DA 3TE9A 2BWGA 4CQ8A 3LI1A 5K4ZA 4AB4A 3W1PA 4IX0A 4LVFA 3E9AA 3LCGA 1TPEA 1F05A 4I7VA 3LHWA 2NX9A 3R8RA 3HJZA 4N2YA 4P2VA 4YLWA 4GJ1A 3T78A 3W1MA 3PR2A 4RV8A 3GDKA 3QPZA 2QDHA 3BV4A 3L67A 3G18A 4ZQOA 3L21A 1W5NA 1OYAA 2NXGA 2VENA 3L65A 4N9EA 3U8GA 4K39A 5J5DA 4JIQA 3CU2A 4KFOA 4FEZA 3TCEA 4BFAA 2NUXA 3O8AA 3S8HA 3HO8A 4TU1A 1MO0A 2TYSA 4NJHA 1P1XA 4NJGA 4OV9A 2FFCA 1ONRA 4EF9A 1U5JA 3B0PA 4X9SA 1O5KA 4RX0A 4IMEA 4AHOA 1LLWA 3IVUA 3P62A 1LBFA 3TAOA 3NA8A 3MP3A 2P0OA 1LRTA 2UV8G 5L6UA 4JDBA 1L2UA 2OX1A 3S1VA 3ELFA 1SQ7A 4MFDA 5CZJA 2FIQA 3VNDA 2BX7A 4FNRA 3M44A 1SO3A 2JGQA 2YYUA 2ISWA 4FX7A 4BR1A 3N2MA 4A2RA 3SFKA 4XTDA 2O7QA 4ZQMA 3W6YA 2VOMA 1DVJA 3MP4A 4PTNA 3KVMA 3YPIA 4LS1A 1KM1A 3W2UA 4ZZ9A 1UUMA 4PODA 3MJYA 2PC4A 3FKKA 1OK6A 4A3UA 4OQVA 1QFEA 3W2KA 5D2XA 3O15A 1AW1A 3UWZA 4L4LA 2NV2A 2QCNA 2A85A 1DQWA 2WSRA 3NQ7A 3KVLA 4JY8A 3DKJA 5CSRA 1Z48A 3O05A 3WFAA 3M7WA 3JS3A 1X7FA 1TV5A 3KOFA 1ML1A 2I14A 4M6QA 5T26A 4JY9A 3HG5A 1ZAIA 3DZ1A 4JXCA 3QRHA 1VLWA 1GJPA 3C2RA 5HMSA 2QCEA 3E0IA 3W2MA 5HUOA 1VPXA 3DENA 1C29A 3IVTA 1X1OA 3LHVA 3PSWA 4JN6A 3W7OA 2W6RA 1M7PA 2QCDB 3EX6A 1T99A 1NSJA 5DXXA 5G2IA 1Z44A 4BK9A 3L66A 4IJBA 4N4PA 3TA6A 5HQEA 1OFAA 1KM3A 4K7VA 1GVFA 1S5WA 2ZQ0A 5D03A 3DFQA 5HINA 1SO4A 3SGUA 5F2IA 4A2SA 3W1RA 3S1XA 3NPVA 3EX1A 1XL9A 2A7PA 2H90A 3NQ2A 1TIMA 5CGQA 3DH7A 4YCPA 1QCWA 4YL2A 3CC1A 1OF6A 3TSMA 4UMBA 3KFTA 3QZEA 1YDVA 3CM4A 4DBEA 3GIYA 4YXGA 3STFA 1PE1A 1Z41A 3NL3A 4ZMGA 5LZLA 1K02A 4UFKA 2C1HA 3QW4B 3W71A 3M5YA 2CWNA 2TMDA 1EWDA 2P10A 4OE7A 1F74A 1KV8A 3B05A 4Y90A 3OVRA 2NV1A 4O1BA 2GQAA 3ABOA 4JGDA 3HG2A 4Z0SA 2KZHA 1AG1O 1TTIA 2B4GA 3UZJA 4DEFA 2WKJA 1RZMA 2PRMA 3S9YA 2JBMA 4PA8A 5C55A 4DO5A 3T44A 4G1KA 4ALDA 4FIQA 3EEGA 3S5YA 1WXJA 1IXOA 1CX9A 2FLIA 5AC7A 4JR5A 3I7QA 4PCFA 1PV8A 3W9ZA 1Q6OA 3M5VA 2NUYA 2CLKA 2YDAA 1QPNA 2V2HA 3NR0A 1ZALA 2DZVA 2EHHA 2FPVA 2PRHA 4FIRA 3QC3A 4Z08A 2CZEA 2ZCGA 2Y6ZA 1TRDA 4TMCA 2ZZ1A 1NFBA 2DP3A 5F4WA 5FF3A 1Q3NA 1XUUA 1PHWA 1ZCOA 3IVSA 3W7CA 2Z2UA 3NZRA 2V5BA 3P60A 3LXAA 3FA5A 3W7IA 2ABAA 3O06A 3G1YA 5FI8A 4HIBA 3B0VC 1B4KA 3ZWSA 1W1ZA 4TR9A 3B4UA 1SZGA 5EBUA 5ABTA 3HMJG 3P80A 4Z1DA 1UB3A 1VYSX 1K7XA 2QCGA 4TO8A 1WBHA 5KTLA 2FPYA 1OX6A 2VFGA 3EX2A 2ZRUA 1UASA 3MI3A 4WOZA 5TBOA 3UPWA 3HGJA 3FJ6A 3TC7A 4AAJA 2QKFA 4MUZA 2E6AA 2RHGA 1W0MA 3WK1A 1TPH1 2ABBA 2V0TA 3W74A 4PEKA 2VEMA 1LOSA 2HS6A 2XFWA 3G1XA 5K2ZA 4GXMA 1HUVA 1TPVA 5I3KA 5AHFA 5E1QA 1IXPA 5AB3A 4POCA 3W7RA 3E96A 2WV8A 4GUIA 1IXNA 3P74A 4QM1A 4UC5A 1QMLA 1QPQA 3GVGA 2GJNA 3M1ZA 3QMTA 2JKPA 1AW2A 3TQ0A 1K03A 1FCUA 4UTWA 1KM0A 3A24A 1D3GA 4N9DA 1ICQA 4YCOA 4FNPA 3EWBX 3C4UA 3EXSA 4A29A 1DJQA 5BMWA 1XM3A 3FOKA 3KX6A 3EX3A 2DZWA 3UYCA 2RDTA 4MY9A 1H7NA 5EL1A 4WOQA 4UTHA 3W85A 1DL3A 1LRQA 5TQLA 3C2OA 5LSMA 2E77A 4DO6A 2A5HA 3S5NA 3BLFA 3DAQA 3UWQA 1F7BA 4DPPA 5HWNA 2QCDA 4H3DA 1UUOA 1TQXA 5FEWA 3UWYA 3EKLA 3PSVA 1RQBA 2YW3A 4OT7A 3W2LA 1P0NA 3B0UX 3MBFA 1ICPA 1LLZA 2DJLA 4O12A 4XTIA 4UMAA 1VYRA 2GJLA 3TW7A 2CZDA 2E68A 2V2DA 1QWGA 1B57A 3KAOA 1TYGA 5AYZA 2BXVA 4MZ8A 2Y89A 1DBTA 2G5WA 2Y61A 1M5WA 2Y70A 3I6RA 3SY5A 4LWWA 4WZHA 3PBYA 5DCDA 2WO5A 3TQVA 2TPSA 4HNTA 1ALDA 1TPWA 2VFDA 5J5RA 1XFBA 3MHFA 1TTPA 4LRSA 4DBDA 4FNUA 4UFMA 1H62A 3W1TA 1KM6A 2RKXA 3L0GA 3GB6A 4NXKA 1A50A 3QQ0A 2J88A 3GDLA 4U28A 2QUVA 5K9CA 3P7YA 1H51A 3G22A 4RZ6A 1RR2A 2VFIA 2J6XA 2Y85A 2R8WA 2ZZ4A 2Z6IA 3TV8A 3ZR4A 3DI1A 2WNNA 2NXHA 4IQLA 2B7NA 1G6CA 5AOUA 1WX0A 4BI6A 4O14A 1PL9A 2E6FA 1LOLA 5EPDA 3NAVA 4XWUA 1K7EA 3I68A 1WQ5A 3IIXA 4OWGA 1PCKA 4PC8A 2FTPA 1SO6A 4IWWA 3QQ1A 3MHUA 1A5AA 3UY7A 4MYXA 2ZDRA 1TTQA 1LBLA 1PHQA 1N55A 3WJYA 4LS0A 2Z0IA 2ZRYA 1DORA 2NX1A 1KFKA 3O6CA 3NQAA 3QSTA 2X2GA 1W3TA 4O52A 3W7KA 4KWVA 2ZFAA 1L9WA 4FNQA 1QR7A 1TB3A 3UQNA 1SSGA 4O13A 4IMFA 3LCWA 4RCXA 4MJZA 4U4MA 3LGEA 4LTSA 1VCGA 3TKFA 4MLJA 2CLFA 3QW3A 2VFFA 3QM3A 2O7SA 1JQVA 3TXZA 4M7TA 2QEZA 3L0NA 1GTHA 3LTPA 3PBUA 3FEMA 3LB0A 2GPTA 5HWMA 2ZYFA 3M41A 3DFNA 3GR7A 4WY0A 2C13A 3UXDA 1DQXA 3MUXA 3N19B 1J2WA 1YXYA 1H1ZA 6TIMA 5D2VA 1GPWA 5LKYA 4IMDA 3P61A 4O0ZA 4NNBA 1QO5A 4JDYA 1NF7A 1JCYA 4A21A 5CPNA 1GZGA 4MVAA 1TQJA 4CNNA 3HGRA 1XCFA 2VEIA 3UXAA 3G8RA 2ZA1A 3GXTA 4GFSA 1JJKA 2OT1A 3C61A 4IMCA 4K7YA 3G0SA 4UTTA 4Z1BA 1QOQA 5CPMA 3W07A 3NL5A 1V7YA 3RLUA 5AHIA 4ZQRA 4JEQA 3L5LA 2Y7DA 3DBPA 3WK2A 3TFXA 1FWTA 2A6NA 5G1YA 1OVDA 3MW7A 3CIWA 4O4VA 1JCLA 2OZ0A 1EPXA 2V5LA 3PB2A 4O19A 4UIOA 4W9TA 4DO4A 5A5WA 2QCHA 2QCCA 3N34A 1BWLA 2EGZA 3DU0A 4IXXA 5D32A 3R13A 4JTKA 4ADTA 5CG7A 2R91A 4M19A 1GVSA 1FCQA 2DU2A 3S1UA 2B7PA 1MEIA 4C1KA 3BG5A 5DBTA 3RMJA 1QPOA 2GQ8A 4FNSA 4OBTA 5TIMA 2E09A 2DORA 3PB0A 5LNRA 3O1NA 1K8YA 1ZENA 5K3VA 3W2NA 3NOEA 1W3IA 3L5AA 1VC4A 4EOUA 4BF9A 4FX6M 1P0KA 1PIIA 5G4WA 1FDYA 3RU6A 3W76A 4FB7A 1T0OA 3GZ3A 3VE9A 4EWND 1SR9A 1TMHA 4O1DA 3OVPA 4ML9A 3NEVA 3WJXA 2C19A 1NEYA 5D30A 3S5ZA 3G3DA 2FB3A 1X8FA 4RXGA 2BSLA 2ZRZA 1DHPA 3GKFA 1JULA 2A6LA 4BWLC 1ZFJA 4K6AA 1BKSA 3T7VA 2HTMA 2W79A 3PG9A 1KFJA 2VXNA 3MI2A 3NQFA 4WXZA 4DPQA 3SI9A 1ZY9A 5BMXA 1UBSA 4E2BA 2A7NA 4JYDA 4QNWA 1LYXA 3INPA 3FS2A 5AHNA 3IIVA 1IGSA 3HBLA 3OG3A 4UTJA 5IBXA 4S1FA 2YZRA 2XN1A 3L0KA 4JTTA 2DZXA 1WA3A 5F2MA 1M7OA 2NUWA 1SPQA 3MO7A 3N2XA 2VC6A 2WPBA 2YCEA 4HNNA 1YADA 4XBKA 2ZTJA 3TSBA 3Q2DA 5F4XA 2E5CA 3W7LA 2ALDA 4BI5A 1KFLA 3FFSA 2I1OA 5HNRA 5LGZA 4JIPA 1KFBA 2FDSA 4AF0A 1FWRA 2Y63A 5F1VA 2WQPA 2CU0A 4UNKA 3PS7A 1BEUA 1IIGA 2ZRWA 1TPUA 4KFPA 3NPUA 4LNYA 3TMQA 1T8XA 3SZ8A 1KM5A 1H5YA 1YPFA 2GQ9A 5EKYA 2G97A 3BW3A 3MMTA 3NYZA 1W5PA 5G2WA 4MY8A 5I3FA 3E12A 3LHTA 3FYOA 2VEKA 3IV3A 1KTNA 4NZJA 4TIMA 2DZUA 3HB9A 1FXPA 5L9FA 4PL1A 4H4IA 1JUEA 3PAJA 5AHLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4WJE A;  3AZR A;  4O8A A;  3I7S A;  1OFE A;  1Q6R A;  1I45 A;  1F76 A;  3IIZ A;  3SCQ A;  4F0H A;  4MUP A;  2IQT A;  1LZO A;  3LBC A;  4MYA A;  2PMQ A;  3B8S A;  3EWW A;  3LHY A;  4YTR A;  1EA9 C;  1Q45 A;  5JXQ A;  3VTR A;  2ALR A;  1KWG A;  5GJP A;  4WIW A;  2IXV A;  3NQ8 A;  2YXG A;  3IPW A;  3TYB A;  4ZTY A;  3N11 A;  1G01 A;  2ZWZ A;  1E15 A;  4HMC A;  5CZT A;  3PWA A;  3D47 A;  2WOQ A;  2EXO A;  2Q09 A;  1US0 A;  3SR7 A;  2WCG A;  1MNZ A;  1KFE A;  4H9T A;  2DVX A;  4WXY A;  2ZA3 A;  5CZK A;  4AZ5 A;  1KBK A;  4HU0 A;  3L2I A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2GQ8A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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