2GQAA

Structure of nadh-reduced sye1, an oye homologue from s. oneidensis
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
TQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPMTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand-induced conformational changes in the capping subdomain of a bacterial old yellow enzyme homologue and conserved sequence fingerprints provide new insights into substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords oxidoreductase, FMN-binding
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shewanella oneidensis
total genus 132
structure length 364
sequence length 364
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2gqaA00
3HBLA 3QMTA 5AHFA 1DVJA 4YLWA 5U4NA 2EF9A 1TPWA 3GNDA 4NUWA 1PIIA 3S8HA 4FXRA 1H1ZA 3W7RA 1X8FA 3N9RA 4RZ5A 1AL7A 2JKAA 2I1OA 3DKLA 4TX9A 3QW4B 1I2PA 3C61A 4NJIA 3GXTA 4O4WA 2EHHA 1UB3A 5HUOA 2QJIA 4M5PA 3IIVA 2NZLA 4HNUA 4JD4A 5LNSA 1H7RA 4JTJA 1Z42A 1YTKA 5CZJA 3P8JA 4O1BA 3WJWA 2Y7DA 3MHFA 3W84A 3LRLA 3Q58A 4BI6A 3QFEA 2BZNA 1HO4A 1XDLA 5KTLA 1TPFA 4OU1A 3LHWA 4O52A 4GC4A 4IX0A 1OFBA 3B8DA 2ABBA 1AMKA 2NX3A 3A23A 1Q45A 4UCGA 4I7VA 4D2JA 2AAMA 1I45A 1DL3A 5K3VA 4BK9A 3LHYA 4NJKA 1Q6OA 2A0NA 5EKYA 3NO5A 4M7SA 1KTCA 1DJNA 3WK0A 3C0JA 1TPC1 1G4TA 5AC7A 4AMAA 3CTLA 2WPBA 3G1FA 4JYFA 3BW2A 3H53A 3B0UX 1QOQA 4NQ1A 3NQAA 3HF3A 3DXIA 3S5OA 3B06A 4I9AA 3OEXA 4AF0A 5BW6A 2ZQ0A 1H61A 3MHGA 1ZY9A 5D32A 2X30A 3TROA 1T0OA 1ML1A 5C55A 4AAJA 1G6CA 3QEZA 4DPPA 4LRSA 4ALDA 4JTFA 2WSRA 3RNDA 3UZJA 1H7XA 1XBZA 2H3BA 3QJAA 1ZAHA 3CC1A 4N9DA 4QJ1A 1XDMA 3NGJA 1M6JA 4DF0A 4BWLC 3G1HA 1JR1A 4QAIA 4Z1AA 2X1SA 4S2CA 2QDHA 1M5WA 3CB8A 3W7GA 1OK6A 1TPEA 2FPVA 2QCGA 1FCUA 3GXPA 1THFD 1R46A 3CWOX 4E38A 2ZZ5A 3HQ1A 1GPWA 3QPYA 1HUVA 1OX5A 1F2JA 3C8FA 5F2MA 4QISA 4FF7A 2QKFA 3UWQA 3NR0A 5BOOA 3G0XA 3E49A 3DFOA 2FB2A 5FF3A 4Y9AA 1KM1A 1JCXA 2ZA2A 1XXXA 4GWEA 2DZWA 3MO7A 1S3HA 4AF0B 2Q8LA 1VJIA 1MO0A 4UFIA 3TMQA 3F4NA 3VKJA 1PS9A 4LVFA 4QNEA 4GJ1A 3PBWA 1XFBA 3UPBA 2G97A 3NXFA 2YX0A 1VR6A 3HO8A 1IXNA 1U83A 1QPOA 2UV8G 2YXGA 5EPDA 4U4MA 4UFKA 5A5WA 3TW7A 3W22A 1JUKA 1SO4A 3W2UA 5D2WA 1PHQA 3T78A 3NQ2A 4AHOA 3W86A 5C6MA 1YPIA 2H8ZA 5E1QA 1GYNA 8TIMA 3GXNA 5DY2A 3LRMA 3WK1A 4Q33A 4C1KA 4MFEA 4YCPA 3NZ1A 4PTNA 2WNQA 3FKKA 1K7XA 2PC4A 1I2OA 3KRZA 3C56A 1I2RA 1O5KA 3BGGA 3E02A 3ELFA 3DFPA 1W37A 2TSYA 4IWWA 5D2TA 2ZDRA 3DFNA 3LGEA 1B4EA 3GDLA 3IIXA 2JBMA 2QCCA 2FB3A 1W3NA 2J9ZA 5HWMA 1OYBA 5G2WA 2GVGA 5DCBA 2WO5A 4O16A 1LROA 3PSVA 1TTJA 2DZTA 3LCWA 2CU0A 1TTIA 4JTSA 3NYZA 3UWZA 3U8GA 3W1LA 4MYXA 3R12A 3L5LA 3CQ0A 2XN0A 5TBOA 2I9EA 3LCXA 2R8WA 2CW6A 4H3DA 3QYQA 5LKYA 3UWYA 1OJXA 3DENA 2P1FA 3S42A 3W2JA 4LVGA 4C1LA 3KFTA 1TYGA 5D05A 3LM7A 4NZFA 5F1VA 2J6XA 1B4KA 1MSSA 1XBXA 4FX6M 1GWJA 4DBDA 3DU0A 4DO5A 3USBA 2V2HA 4A29A 1F73A 2CLMA 2FJKA 3MW7A 3NL5A 4GUHA 1OYCA 3STCA 1KFJA 1J2WA 4IMDA 4WXYA 2TYSA 4M6QA 1I2NA 4ZZ9A 4N4QA 4TU1A 4H4IA 2Q8ZA 3GB6A 3MJYA 1DJQA 3IIZA 1F76A 1UUOA 1VCFA 3LI1A 2G96A 2WNNA 4ZQNA 4HNNA 2WJZA 3SECA 5DY3A 3W73A 5LGZA 5K9XA 3DZ1A 3NA8A 3EWWA 4ORMA 3W75A 2NXHA 3W7PA 3M0ZA 3EB2A 1PE1A 4DO4A 4ADSA 2ALDA 1MEHA 4JEQA 3G0UA 3UQNA 1JCJA 3TK7A 3SJ3A 5F4XA 4ADTA 1J4EA 3LLFA 3VCRA 3SFKA 3PF3A 1FX6A 2WQPA 1EWDA 3PG8A 1CX9A 1A53A 1TO3A 3FYPA 3MYOA 4JR5A 4DEFA 2W79A 1TTPA 4AWTA 5HULA 2QF7A 3PBYA 1KV5A 3EXRA 5EY5A 2C18A 3UWWA 4RXFA 2BWGA 4JY9A 4WD0A 1NEYA 1WOAA 3PUEA 3TA6A 2DZSA 3PG9A 1TSIA 4IQLA 5AC8A 1TPB1 4KKXA 4TMCA 5TIMA 3EX6A 3P81A 5CPOA 4XZ9A 4LRTA 5AHNA 3AJXA 3W3OA 3LHVA 4U28A 3C2OA 4MOZA 3FOKA 3M43A 2PURA 5FF7A 4HT3A 2B7OA 6TIMA 4IMEA 3O06A 4JTLA 3CT7A 1FCQA 4WOQA 4UMCA 4IOTA 1HO1A 1HTIA 4LV9A 3GNNA 4PFMA 5FESA 1O5XA 1QR7A 3LHTA 1OFOA 4UR8A 1VGAA 3Q2DA 3HG2A 4XUGA 3QMRA 4FX7A 1SZNA 1BTMA 2J88A 3HGRA 3M47A 3TUUA 4Y6GA 5LZLA 1TMHA 1EP2A 1TIMA 2QR6A 1F6KA 2DJLA 1OF8A 3W87A 5EL1A 1FDJA 1JRBA 5HMSA 1H7NA 1LOSA 5HQEA 1OFDA 3TV8A 3EXTA 5I3JA 1YXDA 1N55A 3HPXA 4N9EA 3C2VA 3IRDA 5KZMA 2GJNA 2W6RA 3QQ1A 5G2IA 5CSRA 4FIQA 4JICA 1VYRA 3NM1A 5CPLA 5A8GA 3M44A 2GPTA 3M9YA 3N2MA 2GQ8A 2CZDA 2Y88A 3SIZA 4WJEA 4WY0A 5FEWA 3INPA 2PE4A 1G4PA 2B4GA 1G67A 4MLJA 1D9EA 1KM2A 2YW3A 4YWIA 4X9SA 1ZJIA 2C14A 3A5VA 1XKYA 1WX0A 3ABSA 3BO9A 5DCEA 2VEIA 1FDYA 1YDVA 4CQ9A 4MZ1A 1YDOA 4LNYA 2C16A 3NL3A 2PRMA 1UJPA 4NJJA 4MUZA 4RKAA 4LU0A 2GQ9A 2ABAA 3W7NA 3B05A 1KM0A 5BRBA 4QITA 1FDZA 3DI1A 3S6DA 3TXVA 5SWUA 3BVJA 3ABOA 5K9DA 2CFFA 2DJXA 1FUYA 1GG0A 1H7OA 5AC6A 3NG3A 4UTIA 3QW3A 1C8VA 4JX5A 2GVLA 3DKJA 3TX9A 4NNBA 4FX8A 2J24A 1SQ7A 4LS0A 1P0KA 3W7OA 4WY0B 5HR6A 2ZRXA 2Z6IA 3C6CA 2WSQA 3N19B 1IF2A 1ZAJA 2EPHA 3R2GA 3PAJA 1AW1A 4CLMA 1P0NA 2HS6A 3M1ZA 4XBKA 5LNVA 4IUOA 5KINA 4ICNA 2YCEA 1SZGA 4KFOA 2JGQA 3FKRA 4HN4A 3CU2A 3GVGA 4QNWA 2CLEA 5G4WA 4ONVA 1Z44A 2H3DA 1ZENA 3NOEA 4CCDA 5DN1A 4UFLA 3GYEA 5CZTA 1SSDA 3A22A 2QUUA 2QUTA 3RMJA 5CZ0A 1DQWA 3FS2A 4EOUA 3NPXA 4Q4KA 5KZDA 4UUIA 5EMUA 3SW6A 1RPXA 3N34A 1P1XA 2DORA 3LHUA 1W54A 5AN7A 1NF0A 1TREA 1PCKA 4OWGA 3SI9A 3T7VA 2WNZA 1PVNA 5DXYA 2RH9A 2X1TA 2TRSA 2Y85A 2NXGA 5D02A 2WKJA 2R94A 1YXCA 4B5NA 1YTDA 5K2ZA 1GQNA 4WXZA 3O07A 3EX4A 4UFMA 1RD5A 3OG3A 4O11A 2YSWA 1OF6A 4MZYA 2HTMA 4IXHA 4JDBA 2ZTJA 2E5CA 3HIJA 1FWSA 5DXXA 1W0MA 1KM3A 3NQ7A 2QCDA 4A2SA 1DBTA 1ME8A 5E93A 1KFKA 2FQIA 4CNPA 3W9ZA 2NV2A 4WX2A 2V30A 5D09A 3T44A 4NX5A 3TC6A 4DBEA 4JTIA 5AHEA 1ALDA 3LV5A 1SW7A 2GQAA 1GTHA 1TPVA 3BGJA 4GUJA 3FLUA 1HG3A 4QM1A 4UFJA 4TO8A 2G5WA 3IV3A 3LCFA 3PWAA 1H5YA 2CLFA 3TFXA 1OABA 2A6NA 3LX9A 3T40A 2VEMA 2C13A 5FF4A 4H6KA 2RKXA 2IQTA 3QC3A 3PB2A 2JK2A 2OT0A 1JVNA 1I2QA 5ABTA 2A7RA 3KHJA 1W5OA 3TKFA 3R5EA 3BW3A 1H7PA 1W56A 2B7PA 4K36A 3GK0A 1EB3A 2QCDB 1RV8A 1X6UA 1JRCA 1ZCOA 2Y63A 1L6SA 5I3KA 1LORA 1GVRA 4HHPA 4M7TA 4OE7A 1PV8A 2YYUA 1JCLA 4JYDA 3UXAA 2G95A 4P2VA 3WJSA 1LRTA 4FHAA 2VFFA 3BG9A 4R7JA 5CGQA 1K03A 3OVQA 1TV8A 2A1YA 2CZ5A 1VYPX 4RLIA 4E2DA 4POCA 3S5YA 1SSGA 3ANYA 3THQA 1KBIA 2V2CA 3HG4A 1ZHAA 3C3NA 1AW5A 3QMSA 2VFHA 3UPWA 1IGSA 5KSWA 3MMTA 4FEZA 2YDAA 3B4UA 2QAPA 4Z0JA 5HR7A 5CPNA 1SR9A 3EEGA 4BWLA 3W07A 4EWND 2RDTA 1PCWA 2B0MA 1VH7A 4QSHA 1ICSA 3LCGA 4LVBA 3QRHA 3G1YA 3N73A 1Z48A 2GUUA 4RZ4A 3C4UA 5LHEA 3PM6A 3SSJA 5G5IA 3MP3A 2V2DA 3S1VA 3GR7A 3MI2A 1LBFA 1VCVA 4EF8A 1M7PA 3G1DA 3IGUA 4LV4A 3P61A 3W76A 2JKEA 3NZRA 3AO0A 1EP1A 4AVFA 4EIVA 2Y62A 4NT0A 3HGJA 3A21A 1VC4A 3VNDA 4Z1CA 3KVMA 1VHCA 3TSMA 3P8IA 2E5BA 3M41A 1AL8A 3TXZA 2QAFA 1IXOA 5HWNA 3MBDA 1FQ0A 2DP3A 5I3HA 4HPXA 3TJLA 1G69A 4Z0SA 3S5NA 2AQWA 4RJEA 3CHVA 5G1YA 4MLRA 3G0SA 4LUIA 3RF9A 1RQEA 2E6YA 2YFNA 4OV4A 4XTDA 4FNTA 4P61A 3W1NA 3B0PA 4IXXA 3QF0A 1SUXA 2DZXA 1MXSA 3T55A 3M5YA 4CCCA 1WBJA 3HPZA 4I7WA 1VQTA 4FO4A 3NQMA 1SFJA 4KWWA 1Q6RA 4UC5A 1QPQA 3N14A 4GUFA 3NQCA 2CWNA 4O1CA 4N02A 3H54A 1NAL1 1WAUA 2D73A 2VELA 2NUWA 3WFAA 3P74A 4ZL1A 2V82A 2EKCA 4GUGA 5MHBA 4MKNA 3FEMA 4K37A 1K8ZA 1T99A 3O6CA 3BK0A 3CWNA 2QEZA 1QO2A 2X16A 4A3UA 3DHFA 3L5MA 4M6PA 1R2SA 5L9FA 3W1XA 3FJLA 1UBSA 4DPQA 1GG1A 3GKFA 4O8RA 1Y0EA 1XBYA 3W23A 3BG5A 3GAYA 4RXGA 3KX6A 5LHFA 1JCNA 2VOMA 3G3MA 7TIMA 3B0VC 3EWUA 4LW7A 2A6LA 4CQAA 2LLEA 3HB9A 3TMLA 1X1ZA 3TFCA 1JULA 2FLIA 4O1AA 2JGYA 3W85A 1OX4A 3ZWTA 3G18A 2NWSA 1DOSA 1IIHA 2P10A 1SO5A 2ZZ2A 4UTWC 2X2GA 1RQHA 1YLVA 1ICQA 3STGA 3FA5A 3LERA 4UTTC 2B7NA 1OHLA 2ZCGA 2VFGA 1GJPA 1TJRA 3RK8A 3MP5A 1WBHA 3DH7A 3LOTA 1F5ZA 1KA9F 4MJZA 4PH6A 1KW1A 4YXGA 1YADA 3QSRA 2YFOA 1C9DA 1H63A 1FXPA 1I8JA 1RVGA 3LV6A 1MEWA 4WOZA 1AK5A 1LZOA 2WV8A 5F2LA 3UXDA 4HNTA 5F1UA 1S5WA 1OG0A 3SGUA 1LTDA 4UTMA 1SZEA 5U7SA 3UZ5A 3W1AA 1RZMA 2ZA1A 4HPJA 4NVTA 1A50A 1TTQA 3I7QA 3V1PA 1W5MA 2ATMA 3EKLA 5FEXA 2I14A 3O16A 1OX4B 4UMBA 3MUXA 5BMWA 3L5AA 4FNQA 2Z6JA 4PODA 2X1UA 5K4XA 3K30A 4NNCA 4BR1A 5GVJA 3W1MA 2QCNA 2E6FA 3NL2A 1H1YA 3P82A 2CZFA 3WJYA 4O0ZA 2V8ZA 4PCFA 3S1WA 1XBVA 3W71A 4X22A 1DQXA 2J27A 5TQLA 3P7YA 4JDYA 1JCYA 1F05A 1GVSA 4UMAA 3RLVA 4UTHA 1EWEA 3I7SA 2QJGA 4O53A 1RR2A 4JIPA 2C3ZA 4OBTA 3U2OA 3GZ3A 4NJGA 3FIGA 1BKSA 4JGDA 1FBAA 1TRIA 1OK4A 3I6RA 1EEPA 3YPIA 2OMAA 4HKPA 1YXYA 2A5HA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5CAH A;  3T8Q A;  1RCO B;  4RNJ A;  4RNF A;  2EF9 A;  2Z28 A;  4B2D A;  2FH6 A;  2J4G A;  1PII A;  4IID A;  1HGY A;  1EXP A;  3DKL A;  1IEX A;  3LPP A;  1I2P A;  4GYP C;  1J0Z A;  2EHH A;  4R7W A;  3L7R A;  2CXE A;  1UWQ A;  3VGG A;  5HUO A;  4C1N A;  2E9B A;  2EKG A;  5ECV A;  1UR1 A;  1NIU A;  5LNS A;  1F61 A;  1H7R A;  1YTK A;  2Q8X A;  3P8J A;  5I2U A;  4A35 A;  3KW3 A;  2D69 A;  4DJF C;  3UR5 A;  3S47 A;  1R9Z A;  4V33 A;  3LRL A;  4GYP A;  4BI6 A;  1K9D A;  3V5O A;  4W5U A;  3FCP A;  2D3N A;  5KTL A;  1TPF A;  2IKG A;  5M17 A;  4FMV A;  1OFB A;  3B8D A;  1ZJA A;  2C0H A;  2NX3 A;  3AS1 A;  3TC3 A;  4OUE A;  3QV6 A;  4HPN A;  5E6Z A;  2FJU B;  3NZQ A;  5CAK A;  3ANU A;  3W00 A;  4AX6 A;  3LHY A;  2ZVR A;  1CXL A;  4M7S A;  4PB3 A;  4J3W A;  1TPC 1;  2HXT A;  3OBE A;  1C92 A;  3IJ7 A;  2WPB A;  4C1N B;  4IIF A;  4JYF A;  3H53 A;  2XFF A;  3WQO A;  3OLE A;  3WSU A;  3B06 A;  5A6S A;  1M1B A;  5BW6 A;  1H61 A;  3MHG A;  2VX7 A;  1ZY9 A;  3N2C A;  5BXR A;  3W81 A;  4W7W A;  5C55 A;  4Y9M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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