2GQAA

Structure of nadh-reduced sye1, an oye homologue from s. oneidensis
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
TQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPMTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand-induced conformational changes in the capping subdomain of a bacterial old yellow enzyme homologue and conserved sequence fingerprints provide new insights into substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords oxidoreductase, FMN-binding
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shewanella oneidensis
total genus 132
structure length 364
sequence length 364
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2gqaA00
4MFDA 4OHQA 3BV4A 5CZJA 3P67A 3W7QA 4DO5A 4JD4A 4C1KA 2ZDRA 1H7WA 2YX0A 1FCQA 1W56A 3STEA 2DZWA 4GRSA 2A2IA 3G0XA 4QQ3A 4FIQA 3IGUA 2CZ5A 3UY8A 1M7OA 2BXVA 4MUZA 3GAYA 1H1ZA 1GVSA 1KM4A 4E38A 1OF8A 1R47A 4E2DA 4MY9A 2CLOA 1H63A 2PC4A 1KFJA 1Z44A 2YSWA 2VFEA 4O16A 3BPWA 2A1YA 1BTMA 3G1AA 5LSMA 3RMJA 1EA0A 3LV5A 5I3JA 5AC7A 3TW7A 2W6RA 4YWIA 3C2OA 4PC8A 3M5YA 2CFFA 1FXPA 1VCVA 4TX9A 5IBXA 2ZTJA 4Z0JA 3BLEA 1O4UA 3ZS4A 3W7KA 5C6MA 2RDWA 3KVJA 5DCBA 3INPA 5CPMA 3C61A 3LXBA 5G5IA 3P62A 4NVTA 1F6PA 2B7PA 4U4MA 3SSJA 3EX3A 1KFEA 1WOAA 4MOZA 1XBYA 3LRMA 4MIMA 1XCFA 3S5OA 2YFNA 2EF9A 1SSGA 4WD0A 4O4VA 4UR7A 4IMDA 4MY1A 1VGAA 3O05A 3ZFHA 4JYDA 5I3KA 1IGSA 4PL2A 2GPTA 1K7XA 3LI0A 1LYXA 3IVTA 3E9AA 5TQLA 3W2NA 4DBEA 4FX8A 3MYOA 4U28A 5GVJA 1QCWA 1H5YA 5F4XA 1K8XA 2ZZ6A 3PBYA 4K36A 4B5NA 3GXNA 4WX2A 1FWNA 1NSJA 5HJLA 2YW3A 3BW3A 2QKFA 2VEKA 4UTJA 1QMLA 3PY2A 4JYFA 1VHCA 3SR7A 1QOPA 3LCIA 3PAJA 3M9YA 4QITA 4RCXA 2YZRA 1KTBA 3G24A 2WV8A 1TB3A 1RZMA 4UTMA 5CSSA 4PFMA 2ZA2A 3M47A 1QFEA 3E12A 3W2UA 3MJYA 1LP6A 1MEIA 4M7SA 4UIOA 1YXYA 1W5QA 2ZZ2A 3W7LA 3W85A 2J9YA 2A6LA 2Y7EA 3P60A 4GUFA 4MZYA 3KRUA 4UFHA 3B0PA 3NNTA 4WOQA 3G8RA 1EWDA 4LRTA 4K37A 4UXDA 5LNRA 3NOEA 2E6YA 3LCXA 1JRBA 2Y61A 5U4NA 1GVOA 2YYUA 1DL3A 3Q94A 4NNBA 3NXFA 4MJMA 4LV4A 5K3VA 3TA6A 1GQNA 2C19A 3ABOA 1L2UA 3DKJA 4IMEA 3NZRA 1SW7A 5D33A 5AN7A 1EUAA 1B57A 1TPC1 4AB4A 4ZZ9A 1ICPA 1R30A 1IF2A 3B05A 5KZDA 4LS0A 2JKPA 3W1NA 2GOUA 3I7RA 2V0TA 3QW4B 4YCPA 2ZRYA 3W75A 4HN4A 3YPIA 3UWUA 3MBDA 3KAOA 4DO6A 1TJPA 5LHFA 1KTCA 1A50A 3TMLA 1TPFA 2LLEA 4NX5A 1TV5A 3IGSA 1G7UA 3SJ3A 1TPDA 2X1TA 3DGRA 2BTMA 5BOOA 1LLZA 2QF7A 2Y85A 4FNSA 2JKAA 4WJEA 2CWNA 1FDZA 2RKXA 2ZRZA 3RLUA 3VE7A 3LXAA 1AL7A 1S3HA 2QCGA 1L6WA 3DFTA 2YCEA 3WJSA 3CEUA 3GKAA 5EL1A 3QMSA 3EX4A 5G2IA 1H7PA 2VFFA 3EWYA 3TX9A 1OX6A 2NWSA 4S2CA 4CQ9A 3DFPA 3LB0A 5KZEA 2QJHA 4NJIA 1OHLA 5HULA 1GWJA 2NUWA 4LT9A 2GQ9A 5CZ0A 1LLWA 4O12A 4WXYA 3NL5A 2O7SA 3MI3A 5BMWA 1P0KA 3O15A 2ZA1A 4LUIA 4JY8A 1KFLA 1JCMP 1LOLA 1ZY9A 2DZXA 4M6VA 4MYAA 3V1PA 1D3GA 4IMGA 2NWRA 5FEPA 3A23A 4UCGA 2DORA 1H61A 4LC8A 4ZQNA 1DJQA 4UTWA 2CW6A 4Y96A 3MHUA 3QPZA 4NJGA 1OFAA 1R2SA 1F2JA 3PBWA 2G96A 4IMCA 2GVGA 2X16A 1EB3A 1OF6A 4OE7A 3IVUA 2WOQA 4WZHA 3NL2A 3PG8A 2YW4A 3SIZA 2OT1A 3W2KA 3R12A 3C56A 3S1UA 4LOCA 4IXXA 5LGXA 2QCCA 1XBVA 1KM3A 1OX4B 3G1FA 5LNSA 5DLCA 3SZ8A 5EKYA 1NF7A 4BI7A 5DBTA 3V75A 2RFGA 3L65A 7TIMA 3G1XA 2Y70A 1B4KA 1U83A 1PE1A 1XM3A 1W3IA 2AAMA 1MSSA 3B04A 3MW7A 3NQGA 1XFBA 5G4WA 5LZLA 3STCA 2X30A 2OT0A 1W54A 4MFEA 3FOKA 2D73A 3M6YA 2E5DA 3PM6A 4IUOA 3TXVA 2QCLA 2WNNA 2WNZA 1IXOA 5TIMA 3BG5A 2FPTA 3EKZA 4O4WA 3P82A 2NXGA 3MO7A 1FXQA 5AYXA 4BI6A 1RVGA 3WJWA 1P5BA 1GTHA 1Z42A 4LU0A 1JCJA 5E0KA 1ZAJA 2A4AA 2Z1BA 4RR4A 1P0NA 3D0CA 3W1UA 1QR7A 1VCGA 3HPSA 3MHFA 3TQ0A 4X2RA 1EWEA 1FCUA 4MZ1A 4P61A 4LVBA 1XI3A 2ATSA 5L9FA 5EYWA 5F2LA 1C8VA 1JUKA 3NQ2A 3W7IA 4A2RA 1UBSA 5D30A 3HF3A 2W79A 1BEUA 1TTQA 4JDBA 2ISWA 1Z48A 3HG4A 1TTPA 2CLLA 4PODA 3EXSA 1UCWA 5LGZA 2E77A 4IOTA 3BGGA 4JTUA 3VCRA 1Q6OA 1KFBA 1MZHA 1YDOA 1H7OA 4AWTA 1ZJIA 1FWWA 3BVJA 3HGSA 3DBPA 1QPRA 5AHFA 3THQA 4LY8A 1TPH1 4KFNA 4OGZA 2FPVA 1SR9A 3UZJA 3GDMA 2A85A 3GK0A 4ZL1A 1MO0A 3KHJA 1ZFJA 1H7XA 1TCDA 1FDYA 5D38A 4XKYB 1GYNA 3W2MA 4HNNA 1KV8A 3LX9A 2DZVA 4DF1A 1PS9A 3NQ7A 2PE4A 2Q3OA 4OWGA 4ML9A 3HG5A 3LI1A 3NVTA 1RQBA 2PRHA 2ZBTA 4QNEA 1J2WA 1RPXA 2QCHA 4UC5A 3AO0A 3GYEA 3N9RA 4UTUA 1I8JA 2V81A 4A3UA 4FX6M 4M6QA 1EP2A 4UTWC 1VLWA 1JCXA 3W1AA 3L66A 4NT0A 5K4XA 2VKZG 3UY7A 4N9BA 2ATMA 1HL2A 1YTDA 4N9EA 4DO4A 1W37A 1RQEA 4FX7A 3QYQA 4QISA 3A22A 4KFOA 1DV7A 1XC4A 2F84A 5F1VA 5AC6A 4JX5A 2HSAA 8TIMA 4JTSA 2J27A 4LVFA 4IPJA 3BG3A 1TTJA 4WY0F 1WBJA 1TSIA 3PUEA 4P2VA 1A5CA 3PBVA 3PULA 1QO2A 3W88A 3TXZA 1F73A 1SSDA 3U2OA 4NNAA 2NX1A 3GNNA 2FQIA 1TREA 4Z08A 1JUEA 4JNMA 3QW3A 4TMBA 1P4CA 4GUGA 4FNQA 3KVMA 1BWLA 4GFSA 4RZ6A 1W5OA 1NEYA 5SWUA 5D2WA 2CLMA 1Q6QA 1M6JA 4AHQA 4IGHA 3KX6A 4CNOA 4JTFA 5KZMA 5FI8A 4IJBA 2QDGA 2ZRUA 1K7EA 2HS6A 5LHEA 3MP5A 1U5JA 1M7PA 1H7NA 5AYZA 3S42A 3L5LA 1OABA 4HSOA 3ATYA 2NX9A 3NEVA 5K9DA 2FLIA 3G1SA 4R53A 1X1ZA 3CT7A 2FIQA 3MBFA 3LCGA 1JCNA 3BO9A 4ADSA 3TQKA 3H53A 3C8FA 2C1HA 3E49A 1YYAA 4ORIA 1PHQA 3LRKA 3M1ZA 2QCFA 3W7NA 3G3MA 4HPXA 5KITA 2VENA 3N3MA 1QWGA 4O1DA 3NPVA 5H91A 3WFAA 3DFNA 2Y7GA 3O63A 4PEKA 2CU0A 1VCFA 1AMKA 1FCVA 1OYCA 4O10A 3P84A 5AOUA 3NGJA 4FNTA 3G0UA 5DCDA 3T40A 5K9CA 3ELFA 2CLIA 5LNUA 1JULA 4MVAA 3S1WA 3W83A 4ORMA 4M7TA 3S8HA 1S5VA 4O19A 5TBOA 2H3DA 3EB2A 1C9DA 3FKRA 4YXGA 4W9TA 2VEPA 4NXKA 1M5WA 5D2YA 1QPOA 2CZEA 3O8AA 1DHPA 4GUHA 2GJNA 3PBUA 3C4UA 4FF7A 4IQLA 2PRLA 1AW5A 1FCBA 3R2GA 4L4LA 1OYAA 4UUIA 1ME8A 3ABSA 2YPIA 1EEPA 1XDMA 4JYEA 5G1TA 2ISSA 2RHGA 3NQCA 3CM4A 2QEZA 5DXYA 2ZRXA 2V2DA 4ALDA 5D2VA 2ZZ4A 3TSDA 1WBHA 3C6CA 1DKWA 3W9ZA 1F7BA 3LHWA 1BKSA 1O94A 3N19B 1ZENA 2ZZ3A 2QAPA 4A21A 2QCEA 4FNPA 3KFTA 4XTDA 4HT3A 1DBTA 3UYCA 1I2OA 1ZHAA 4AWUA 2V30A 1J5TA 1OJXA 3DKLA 3GIYA 5FF4A 4UMCA 3NPWA 3IIVA 1TIMA 4TIMA 3TV8A 2VXNA 5F4WA 4JGDA 3S9YA 1LCOA 4BFAA 1PCKA 1F05A 1JQVA 4IPIA 3M44A 2NLIA 1YDNA 3M0ZA 3IGXA 1SU5A 1WXJA 2CLKA 1ICSA 4KWVA 3T7VA 1FBAA 2FB3A 3C3NA 2B7NA 1K02A 3C2VA 1B3OA 3N73A 3G1HA 4H6KA 4Y8FA 4ZQRA 1UUMA 3AJXA 1G69A 3LV6A 3LHTA 4D2JA 3TIMA 1UJPA 1H50A 5LNWA 1SW0A 3DHDA 4RXFA 5FEZA 2ABAA 4ZQCA 3DENA 4Z0SA 2QJIA 1LORA 3UWZA 1SZFA 3DH7A 2HTMA 2J6XA 2WQPA 3LHUA 3MWAA 4CCEA 5K4ZA 2PURA 4BWLC 4JTLA 3WJZA 2TYSA 5F4SA 1OFBA 3GLCA 4PL1A 1SFJA 3W71A 1SQ7A 4FXSA 4GXMA 4HKPA 1QO5A 3IIOA 1VLIA 1F6KA 4FNRA 2V8ZA 4JTHA 4JY9A 5C2XA 2XN1A 4QAIA 1GVRA 4JXCA 5T26A 3B0VC 2F7FA 4JS3A 2ZRVA 1NAL1 2QAFA 2H90A 1OFDA 3G22A 4RKAA 3W87A 3Q37A 1TPWA 2NZLA 4A29A 2BSLA 2YYTA 4RK8A 3KRZA 5KSWA 3R89A 5E1QA 4GJ1A 5FF3A 3O07A 2B7QA 1XXXA 2ZFAA 3W7OA 4WOZA 1KV5A 3QF0A 4O52A 1RQHA 1W5PA 2C0AA 4UR8A 4O1CA 3QH2A 5HUPA 1HO1A 1G4EA 4I7VA 3H54A 1D3HA 3TKFA 3KOFA 1X8FA 3Q2DA 5CPNA 3G8EA 5D03A 2TPSA 4LW7A 2A7RA 2W0UA 3SW6A 1ZAIA 1NVMA 2C3ZA 2NX3A 1YXCA 4LVAA 4O50A 2RDUA 1V5XA 1K03A 5I3GA 3TJLA 3CB8A 3L0GA 2YFOA 4NJHA 3LTSA 2NXHA 1OYBA 4NUWA 3W7GA 1SFLA 3EWZA 3NAVA 1PIIA 1GG0A 3NPXA 2GQAA 5IBXC 3L2IA 3K30A 1VYRA 2V2CA 4MJZA 5EY5A 1WAUA 4NU7A 1CX9A 4LS1A 1G4SA 4OBTA 3HBLA 3SFKA 3CEPA 3IVSA 3LHZA 4MLJA 3UXAA 3W72A 4FNUA 3WK2A 3S5ZA 3FIGA 1LBMA 4O17A 3BK0A 3OVPA 4O54A 3HGJA 3B4UA 4LUJA 4AXKA 3RFAA 3DZ1A 5I3IA 4M19A 1I2QA 4KWWA 4GUJA 2H8XA 1IXNA 5AHMA 5A8GA 4WXZA 1OX4A 1ZCOA 3KRSA 5DY2A 5AHIA 3MUXA 3R13A 3GR8A 1G67A 5C54A 2ZA3A 1W5MA 1F76A 4WY0A 4CCDA 1SPQA 3GX9A 2CLFA 2ISVA 4TU1A 3LTYA 2Y63A 2E5CA 3DI1A 2X1RA 4Z1AA 3OA3A 4O15A 2H8ZA 3BLIA 5I3HA 3KVLA 2Q8LA 4ZQMA 3LLFA 2NV1A 2OMAA 3OG3A 2FJKA 3W7HA 3PR2A 3N2XA 1W5NA 4Z1CA 2DJLA 4DXVA 3M7WA 1K8YA 1DQWA 1Z41A 1TYGA 1WV2A 3W2JA 3KVKA 2I1OA 1H60A 2EPHA 3P7YA 5D02A 5C55A 4HPJA 3UWYA 1I4NA 2C6QA 1AW1A 1XBXA 4IXHA 5AHNA 1VC4A 4ZVJA 2CLEA 1ME7A 4R34A 5HWNA 1PL9A 3TAOA 3BW4A 5LKYA 3TCEA 4UMAA 1YADA 1EP1A 3TMQA 2BX7A 4I9AA 3E02A 4JICA 1BWKA 2XFWA 1O60A 4FHAA 4A2SA 3MMTA 3P61A 4XWUA 1VS1A 3QZEA 3VNDA 3GDLA 4UFJA 4UTTA 1YDVA 4S2BA 4NXSA 1HTIA 1MEHA 4JX6A 3N2MA 3JRKA 3U8GA 5CZTA 2ZQ0A 1IXPA 5DXXA 4AF0B 6ALDA 1W1ZA 1DOSA 4IMFA 2I14A 2OJPA 4GBUA 1SO5A 1OFEA 3RF9A 1SZGA 4O0ZA 2UV8G 2FDSA 4I7UA 1EIXA 5F2GA 1I2PA 1I45A 4JTKA 4RZ4A 3FYOA 1JR1A 3L5AA 1B4EA 1IIGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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