2GQA | Genus

Total Genus 132

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	364
structure length	364
Chain Sequence	TQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPMTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__954758278328444__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__954758278328444__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2GQA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__954758278328444__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"954758278328444","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2GQA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__954758278328444__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd17978199e9cd72c2aaac/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd17978199e9cd72c2aaac/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd17978199e9cd72c2aaac/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd17978199e9cd72c2aaac/pdb.gz): 957 ms

reading 364 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

364 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:363});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Shewanella oneidensis
publication title	Ligand-induced conformational changes in the capping subdomain of a bacterial old yellow enzyme homologue and conserved sequence fingerprints provide new insights into substrate binding. pubmed doi rcsb
molecule keywords	oxidoreductase, FMN-binding
total genus	132
structure length	364
sequence length	364
ec nomenclature
pdb deposition date	2006-04-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2gqaA00

2KZHA 4RX0A 3W7HA 4ZQPA 4FIRA 3S1VA 4IUOA 4JTJA 4NU7A 4MZ8A 4BWLC 3R13A 4MY8A 2YW3A 1TPFA 2ZRZA 4P2VA 4BI7A 1SO5A 5CZ0A 2WQPA 1LRNA 3G3MA 3TE9A 1IIGA 4HKPA 1W1ZA 1KTCA 2FIQA 3T78A 3LHYA 3TQ0A 1K7FA 2ZDRA 4MY9A 3ZFHA 3D0CA 4OU1A 3B06A 1K02A 1S3HA 3G0UA 1QDSA 1H5YA 3UZ5A 3S0CA 3S5ZA 3STEA 1W5NA 4UTUA 3DKJA 3HGOA 2HS8A 3NPWA 3LRMA 1AMKA 5G4EA 2OX1A 3HPZA 3C2EA 4ZVJA 1PS9A 5I3KA 4K8HA 3NQ6A 1MEIA 4MZYA 1YPFA 1H61A 2Z6IA 3IIVA 3UNDA 4C1LA 3TXZA 5EBUA 5K3VA 4N4QA 4NVTA 2A1YA 3G1YA 1WQ5A 3NL5A 1H7WA 2VENA 4Y90A 3IIOA 3HG2A 3U2OA 1FCBA 5FF7A 2WPBA 3W2NA 3L65A 4PCFA 4EF8A 2GUUA 3A5VA 2HMCA 4GRSA 3MW7A 1XBXA 1QOPA 3BW2A 1MO0A 2ABBA 3PM6A 3GIYA 3IRDA 4DO5A 5LGZA 3GKAA 3FFSA 2Z2UA 1WBJA 4TIMA 4NNAA 1W5QA 5DLCA 2WNQA 3M44A 3W7IA 1ONRA 3E9AA 1NFBA 2B7NA 4AF0A 2E5DA 1OX4B 2FPYA 3TX9A 2CZFA 2W6RA 2OZ0A 2BX7A 1ZENA 1SW3A 3EWZA 3HG4A 2QCNA 1FXPA 1HG3A 2E6FA 1QPQA 4BFAA 2CLKA 4Z1DA 5TQLA 3GDRA 3HPSA 4AB4A 3EXSA 2ZZ7A 4KWVA 3ATYA 1RPXA 4CNPA 2VC6A 4A29A 2ATSA 3QQ0A 2V5BA 1W56A 3ABRA 1QR7A 3W85A 1LOLA 3HOJA 3KXQA 2W0UA 4ONVA 4ZQMA 3LHUA 3MWAA 3B03A 3CT7A 3GYEA 2ZZ1A 1B3OA 3LLFA 1F7BA 3O07A 5D03A 2ABAA 3VCRA 3G1SA 5DCDA 1IXQA 1VCFA 3KVLA 5CZSA 3RF9A 1KW1A 2WNNA 2ALDA 3KX6A 3L9CA 4IGHA 1JCLA 4D2JA 3UYCA 3EX4A 1JUBA 3KOFA 3NG3A 3AO0A 3P80A 1KM6A 3TJXA 3R8RA 1QO2A 1BWKA 1KLYA 4Q32A 3QW3A 1KBJA 3EWBX 3F03K 1XBZA 2VXNA 1RVGA 1PV8A 1FWNA 3W1TA 2YSWA 4NJKA 2AQWA 1Z41A 3QMRA 5DXYA 4WQ6A 1ZJIA 4CNOA 4GBUA 3DFOA 2BXVA 4CCCA 2EKCA 2WSRA 1LBMA 3HJZA 1HO1A 3KRUA 3M5ZA 2Z1BA 3I7RA 3EXTA 1FX6A 2Y89A 1H1YA 3UPWA 3CTLA 1I2RA 3W7QA 3LCIA 4UFIA 3TH6A 3W7GA 2BSLA 3I7QA 5D37A 3DI1A 3IV3A 2QCDA 4RZ5A 2QF7A 4FIQA 1TPH1 1TPEA 5C2XA 1EP3A 5BNKA 2GJLA 3PSWA 3Q58A 4GUHA 4RXFA 3M43A 4M6VA 4WOQA 3UD6A 3I68A 5D05A 4LS1A 3BW3A 1EP2A 3S42A 4QQ3A 1YPIA 3CQ0A 3KVMA 4GFSA 2IQTA 1FCUA 2NXIA 2WSYA 4UNLA 4JTLA 3NQ2A 3NPUA 4G1KA 4PEKA 4NNCA 1JCNA 5KZDA 3PBVA 1B4EA 3DAQA 3F4WA 5C55A 3DENA 3P67A 5CPNA 2QDHA 5BMXA 4XBSA 5SWUA 3B0PA 5LSMA 5HULA 2A6LA 5H91A 5AN7A 2XN1A 1FWRA 1J5TA 4ORMA 4OE7A 1QPOA 1T8XA 1M5WA 4WXYA 5D2VA 3TV8A 3FJLA 2R8WA 4WD0A 5LNVA 3TCEA 3MUXA 2A2IA 4GUJA 3L0KA 3WJWA 3SFKA 3CWOX 4LS0A 3EX1A 1G4EA 3G18A 4YL2A 5D2YA 1XDLA 3WJSA 3P81A 3THQA 4JTFA 1DORA 4O18A 1KFKA 2C19A 2PC4A 1W3IA 4MFDA 4UTTA 1EWEA 2DU2A 3MP3A 3V1PA 4DEFA 3Q37A 1VLWA 4JTEA 2QCEA 4LRSA 1Q6QA 4KKXA 5KINA 2GQ8A 1JCJA 1DBTA 1AL8A 1B57A 4UFJA 1TTIA 2H8XA 2NLIA 3PC0A 5HUPA 3U6WA 4IX2A 4J9JA 4FXSA 2JK2A 3N73A 1PE1A 2OT1A 5DBUA 1SSDA 1VYRA 3IIPA 2VEPA 4JD4A 2ZZ6A 3QC3A 4RKAA 3QMTA 4YCOA 5G2WA 3W73A 2TSYA 4WX2A 5LNWA 3L2IA 3W1RA 1RZMA 3M7WA 3DKLA 1FDZA 1LBFA 2VFEA 2A7RA 2TYSA 3BLIA 1GPWA 4M6PA 1AG1O 5DELA 4K39A 3L5LA 4O57A 3PBYA 4GC4A 1LTDA 3VFLA 4RR4A 1JULA 5D09A 3O06A 4DF2A 1W5PA 1A5BA 1CX9A 3NQVA 3S9YA 2BLEA 2ZA3A 4LT9A 3PAJA 3CIWA 1RR2A 1F6KA 1KFEA 3W22A 1DV7A 1SR9A 2X16A 2VFFA 4Z0JA 3STGA 4HPJA 4JTTA 1NEYA 4O15A 3P74A 3L68A 3P8IA 1TV8A 1IF2A 3L0GA 4FEZA 4MIMA 3NA8A 3C2VA 2EAWA 4IMEA 1JQVA 1QCWA 4IQLA 3QSRA 1GTEA 1I2PA 3TU9A 2ZRUA 3W7OA 3E49A 3NOEA 2G96A 5HNRA 3M0ZA 4CNNA 4S1FA 5F1UA 5C6MA 1SFLA 4MLJA 1KM5A 1X7FA 4JS3A 3UWYA 2CLHA 3UWVA 3OVRA 4YCPA 2NXGA 3W7RA 1FCQA 3H54A 1TRIA 4AWUA 2JBMA 3NR0A 3TK7A 3UY8A 1OX4A 1S5TA 3NDOA 3O05A 3RK8A 4DELA 1C29A 1FY6A 2GVJA 2V5LA 4JY9A 4M6QA 4YLWA 3NQFA 1XFBA 2NX3A 4LTSA 5KMYA 2Y88A 3MI6A 3W7JA 3GB6A 2C14A 1T96A 1L6SA 5FF3A 5I3HA 1LDCA 1F05A 3C52A 3NQCA 2H8ZA 3EKLA 3CHVA 4LVBA 2J88A 1NAL1 2J6XA 3BARA 4U28A 1O60A 3NM3A 4CQ8A 3DGRA 4FNTA 2J9ZA 3VE7A 3Q2DA 5FI8A 4TU1A 3NPXA 4IOTA 4Y8FA 1TB3A 2ZA1A 3NVTA 1MSSA 1XDMA 3ANYA 5AYXA 5HR6A 2RDWA 4LS2A 1RQEA 4LVAA 3NZRA 4LU0A 1UASA 4BR1A 5DY2A 1JQXA 2E5BA 4FF7A 2YW4A 1FDJA 3NQGA 2Y85A 2YR1A 3N14A 4AXKA 4O1DA 5D2WA 4YXGA 2G95A 1KFLA 3W7CA 3UZJA 3LOTA 1H7PA 2RFGA 1FBAA 1AL7A 2WNZA 1MXSA 2A6NA 5F4SA 3HG3A 3BG3A 3BGGA 2ISWA 4AWSA 2PRMA 1H51A 3CEPA 2CZ5A 4JNMA 3G0XA 4R33A 2WO5A 4NQ1A 1TIMA 1R2SA 4H3DA 3MYPA 2Z0IA 1TJPA 4UTTC 1TPUA 2C16A 1H1ZA 1XC4A 3TSDA 4JICA 1OFPA 2J27A 2G97A 3BG5A 3HBLA 1NF7A 4NZFA 4I9AA 3WK3A 2TPSA 1KTBA 4XWUA 3ZWTA 1T0OA 4DPPA 1FCVA 5KZMA 1LM1A 3OG3A 2NXHA 3LXBA 2NV2A 3W1NA 3BPWA 5C5YA 3QSTA 3W1AA 3TA6A 5KITA 3H55A 3PUEA 3G8RA 2ZZ3A 2AGKA 2WJZA 3RMJA 3MBDA 3W1QA 1EA0A 5AC7A 5G5IA 4O11A 5I3JA 4UTIA 2PRLA 1QWGA 2GOUA 3QMSA 2ZRXA 4AEOA 1R2RA 1VS1A 3LTSA 3R12A 4AHOA 4UIOA 2HTMA 3A24A 4IWWA 3LI1A 3ZR4A 4MUZA 5CPLA 1M7OA 3QPYA 5F2MA 1OFOA 3G3DA 5G2HA 3ZWSA 4S2BA 3LHTA 5AFDA 4OHQA 5I3FA 1ZCOA 3IIXA 1RQBA 4ZQNA 3BK0A 4YWIA 3W76A 3GR8A 3UWZA 3C56A 3W1UA 2YFOA 3GXNA 3B04A 1FQ0A 4HHPA 2VEMA 2J9XA 4WY0B 5F1VA 3TIMA 2E77A 1RV8A 4S2CA 4LVFA 3RU6A 3S5YA 2QUVA 4JTKA 3TUUA 4QIUA 3A21A 3FKRA 4JEQA 5D2TA 1GTHA 3W72A 3GK0A 5HQEA 4IMFA 1N8FA 1SUXA 2RDUA 3S5NA 1TPWA 1GVRA 2J24A 1OX6A 1TPC1 3K30A 5HMSA 4K38A 2A7PA 4RV8A 3B8DA 2BTMA 1F76A 2DORA 3NQMA 3STFA 3SGUA 1OF8A 1ZHAA 4O14A 4RK8A 3F4NA 3DFQA 2Q8ZA 2WV8A 1F73A 4JX6A 4QNEA 3EX3A 1VPXA 4FNRA 3G1VA 1JJKA 5AHMA 5DCEA 3DFPA 3P5YA 4EWND 4XQ6A 1TV5A 2V9DA 1H60A 1PCWA 3PULA 1U5JA 3E12A 3G1XA 4OT7A 2D73A 3B0VC 1XUZA 1VCGA 4RCXA 4A2RA 1OYCA 3C2OA 1P0NA 1WXJA 2C18A 3BO9A 2Y7GA 1TREA 1FDYA 2HSAA 4QITA 3YPIA 3C8FA 3BLFA 4O17A 5HR7A 3A22A 1AW5A 1KBIA 4MJZA 2B7PA 1J4EA 3GAYA 4NX0A 4Z0SA 3WFAA 1B4KA 3DFTA 2PE4A 3TSBA 4RJEA 1K8ZA 1EX5A 4DF1A 1JCYA 4K8EA 4X9SA 1GOXA 2GVGA 2E09A 2NWSA 1GVFA 3LBMA 3O16A 3B4UA 3TR2A 2O7SA 2CLLA 3NL2A 1K03A 3BV4A 3W2LA 3TMQA 3W86A 2CLOA 2O7QA 1ZALA 2R94A 1KFBA 1YTDA 2VFIA 5AHLA 5TBOA 3MMTA 4GNJA 3UY7A 3P84A 5L6UA 2V8ZA 4OWGA 1D3HA 3MYOA 2JKPA 1NF0A 3CWNA 2JGQA 3GLCA 2DJXA 3GXTA 3LDVA 1WOBA 3EWYA 3CIXA 4OBTA 1IIHA 4DQWA 1Z48A 4ZQOA 3HF3A 4KFNA 3P8JA 3QJAA 5DY3A 5HWMA 3W1PA 1KM2A 4JTUA 3W88A 2QJGA 3PB2A 5LZLA 3DBPA 3QW4B 1I2QA 3BVJA 2A0NA 1LOSA 4AVFA 5U4NA 5FEWA 4RZ4A 4ALDA 2I9EA 1K7XA 3LHWA 2CWNA 3P5ZA 4MKNA 1ZFJA 5F2LA 3DH7A 5EKYA 3VE9A 4LV4A 3WJYA 2H6RA 2GPTA 1P5BA 5AHFA 1XBVA 4BI5A 2NUXA 1NVMA 1OFAA 3UWUA 1ZNNA 2DZTA 2GQAA 4JYDA 3INPA 1BEUA 3W71A 3THAA 3FS2A 3NXFA 4WUIA 1GYLA 5CPMA 5K4ZA 3M16A 3TKFA 4HIBA 2Y7DA 2CZEA 1Q6LA 1ME7A 3T4CA 1VC4A 4JN6A 3M47A 2E6AA 3G8EA 3R89A 1O4UA 2FTPA 4HSNA 4LUJA 1TYGA 3N34A 4N9BA 3C4UA 2Q3RA 3GKFA 4O0ZA 3EKZA 2QCHA 5LNRA 1W0MA 3R2GA 4WJEA 4XKYB 3SIZA 1I8JA 1P4CA 1O5KA 1W31A 2DP3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1J0I A;  3VD9 A;  2BOD X;  3H2A A;  1DIK A;  4HNO A;  4C6K A;  1B30 A;  3IEB A;  2W66 A;  3TJL A;  2CU0 A;  3S5S A;  1X1O A;  3O6D A;  1CYG A;  2WCA A;  1KD0 A;  2V3F A;  4BA0 A;  2ZIC A;  1WX0 A;  4DUW A;  1OVD A;  3TWB A;  2P0O A;  2ZUM A;  1A3W A;  3NAV A;  1I75 A;  4YS1 A;  1FWT A;  3H2O A;  4YTS A;  2RAG A;  1RJQ A;  3O63 A;  3ANV A;  2ACS A;  2PDQ A;  3S8H A;  4EK7 A;  4QLJ A;  1ZBC A;  3N6H A;  4XKM A;  1PWL A;  4UQB A;  1XD1 A;  4Y9N A;  3QHM A;  2V82 A;  4FB7 A;  1ECE A;  3URN A;  2BVD A;  5D9N A;  5TAO A;  4MWA E;  1K9T A;  1F07 A;  2WC7 A;  3WDR A;  2A3H A;  2F2H A;  4ACZ A;  3UZX A;  1MUW A;  3IUD A;  4R9X A;  1QXL A;  4L4O A;  1XH1 A;  4GD0 A;  4JKM A;  1YXC A;  3P0W A;  3FOK A;  4ML4 A;  4C6O A;  4UFK A;  2HE8 A;  1S2A A;  2Z2A A;  2OWW A;  1WV2 A;  1V6Y A;  4XUG A;  5U7S A;  4MDP A;  3LG3 A;  5H6H A;  4HCD A;  3A4X A;  3ZT7 A;  1VBJ A;  3GUG A;  3GHT A;  2D3N A;  2VTF A;  3WDQ A;  4Q4R A;  4FX8 A;  1JRB A;  4HQV A;  5HBF A;  2J8T A;  3QBU A;  2R1K A;  2WJF A;  3AJ7 A;  4A8N A;  1YTK A;  3UWQ A;  1TMH A;  1WDQ A;  2OKO A;  3GBE A;  5IBX C;  2GDV A;  3N29 A;  3AML A;  4GOA A;  2Z1X A;  3OZY A;  4NRS A;  3TQV A;  2HVN A;  3RLG A;  3AIR A;  1ZS2 A;  4KRZ A;  1QW9 A;  1TV3 A;  2PTZ A;  3WQV A;  4XAY A;  1QNQ A;  2V3E A;  4O19 A;  5HNN A;  2BP1 A;  4UTJ A;  3RIK A;  2X1R A;  1WKD A;  2PPG A;  1DIE A;  2I5I A;  5CBB A;  5EB8 A;  4O4V A;  2CBI A;  2ZRV A;  1RUS A;  4X61 A;  1BYD A;  5DMY A;  4QSH A;  2DZV A;  3SUW A;  1CGU A;  4GIS A;  3IGX A;  2VRK A;  3NTY A;  1TTQ A;  2GL5 A;  3WQ5 A;  3W81 A;  1W37 A;  6A3H A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2GQAA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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