2GUU | Genus

Total Genus 126

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	332
structure length	317
Chain Sequence	LKIKLQKRRDEVNTCLCIGLDPDEADIKSFMQSEKQNGYQSVKKNLSNSGELFAPQMGGQMLLAETPPKEAQEKDEFFYFFNHFCFYIINETKEYALAYKMNFAFYLPYGSLGVDVLKNVFDYLHHLNVPTILDIKMNDIGNTVKHYRKFIFDYLRSDSCTANIYMGTQMLRDICLDCKRYYSTFVLVKTTNADSHIFQNRLSLDGKEAYVVIAEEAQKMAKQLHLEENGEFVGFVVGANCYDEIKKIRELFPDCYILAPGVGAQKGDLRKMLCNGYSKNYEKVLINVGRAITKSGSPQQAAREYHQQIKEVLAELQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__548084762331769__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__548084762331769__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2GUU/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__548084762331769__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"548084762331769","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2GUU/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__548084762331769__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd1a9079a9a72ad1456816/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd1a9079a9a72ad1456816/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd1a9079a9a72ad1456816/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd1a9079a9a72ad1456816/pdb.gz): 284 ms

reading 317 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

317 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 48 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:316});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structural genomics, unknown function
source organism	Plasmodium vivax
publication title	Crystal structure of Plasmodium vivax orotidine 5-monophosphate decarboxylase with 6-aza-UMP bound rcsb
molecule keywords	ODcase
total genus	126
structure length	317
sequence length	332
ec nomenclature
pdb deposition date	2006-05-01

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2guuA00

5AYZA 1PIIA 4QIUA 1XFBA 3I7RA 2PRHA 1I45A 3UY7A 3G0XA 1TQXA 3IIXA 3C2RA 2LLEA 3CB8A 2WSRA 4BFAA 1AMKA 3DHFA 1LLZA 4FEZA 3NQ8A 2RHGA 4IPIA 2ZA3A 3UPWA 2YCEA 1LRQA 3UWUA 2WQPA 5K3VA 5KMYA 3M6YA 5AHMA 4JIQA 3LCGA 1ME9A 1LP6A 1YDNA 3NVTA 5K4ZA 3E9AA 3I7SA 3JS3A 3U8GA 1OFOA 3S1WA 3KAOA 3NQEA 4A2RA 2NV2A 3W7CA 2VELA 3MI3A 1GVFA 1LBFA 5DELA 2GVLA 3NZRA 4LTSA 3W1QA 1J4EA 2ZDRA 2OZ0A 4LS2A 3MO7A 3CEPA 4G1KA 5FF7A 5D09A 1VLIA 3W7IA 4JYEA 1IXNA 2CWNA 4DBDA 3B0PA 4PEKA 2GUUA 4U4MA 1G4SA 5LZLA 3QFEA 1AL8A 1U83A 1W5PA 1LOQA 3HPSA 3ZS4A 3TMQA 2J9YA 4HSOA 3HG4A 2H3DA 3GR7A 2VFEA 1K7FA 3QSRA 1A5BA 3M5XA 1H61A 1A53A 1KLYA 5AC7A 1ONRA 2ZZ6A 5AC8A 4NZFA 2ZFAA 1IIGA 1XCFA 4ZQPA 3TU9A 1H1YA 4DXVA 3PULA 1W5OA 3VE9A 4AHOA 1SO5A 3LXCA 4MKNA 2YFNA 5CSRA 3EWUA 1K02A 2I1OA 4RXGA 4AHPA 1Q3NA 4WY0F 4DF1A 3O15A 2O7SA 2YYUA 4KWWA 1WOBA 4CQ8A 3DKLA 2R91A 5AC6A 3W88A 5KZEA 2WPBA 1S3HA 3HBLA 4UFKA 1W3NA 3TQKA 5AN7A 1F73A 3W2UA 2B4GA 3L9CA 2VOMA 4KFPA 2QCHA 3W1XA 3TFXA 4UR7A 3W83A 3NG3A 5LHFA 2Y7EA 5LHEA 2NXHA 2C16A 4JTGA 3QPYA 3W7GA 1TJRA 3SSJA 4GUHA 5D2WA 1W5NA 3G1FA 1SFJA 4JYFA 4QISA 1MEHA 1ICPA 1KV5A 4I7WA 1F76A 3TA6A 4DO6A 4RJEA 3T40A 3UXDA 1GYLA 4UTUA 2XN1A 1TIMA 3E96A 3HIJA 2J9XA 4ZQCA 4S1FA 1IGSA 3TW7A 3NL2A 1OHLA 2ISWA 5U7SA 1XBZA 4NJJA 2W6RA 2EHHA 2VEIA 4R7JA 4O0ZA 3MW7A 4LC6A 2GOUA 3PBUA 3EXSA 4UTKA 3NNTA 3PWAA 5KZDA 3SI9A 3LRMA 4MJZA 5EKYA 2AQWA 3W7JA 4O28A 3GNDA 3ZFHA 2Q8ZA 5K9DA 3W9ZA 3DI0A 2YR1A 1F6KA 4K38A 1NF7A 3HG2A 1KFBA 1DL3A 1VHNA 2WNQA 3M47A 1OYAA 3FJLA 2EAWA 3Q58A 4AMAA 3KRZA 1I4NA 4AXKA 4MZ1A 4K7VA 4LRSA 1I2OA 2CFFA 3CU2A 3QYQA 4Z0SA 2H6RA 1HTIA 2CLLA 1K7EA 3EWBX 2PRLA 1PHWA 1TQJA 3L0KA 3UZJA 4PCFA 2YZRA 4UIOA 3EX3A 1D3GA 3ABOA 2FB2A 2FTPA 2RFGA 3MHGA 3GNNA 3U6WA 3NQGA 1QAPA 4EIVA 1RZMA 1Q6QA 1KM4A 3UY8A 1GPWA 1HL2A 5D38A 2CLIA 3PUEA 4LS1A 5LSMA 1LCOA 1QNVA 3M0ZA 3BG3A 2TMDA 3GLCA 1C29A 2E6FA 3GX9A 4JTIA 4UR8A 5IM51 4O1AA 2NXGA 4QNEA 3PAJA 3A22A 4O53A 4IX0A 1OVDA 3C0JA 3BLIA 3TUUA 1U5JA 3C2FA 3EKZA 3O07A 2A0NA 1I2QA 3PG8A 1QCWA 4O8RA 5SWUA 2X1TA 4JICA 1YXDA 3CWNA 4BI5A 3G8RA 5AYYA 3IIPA 4JIPA 1ZFJA 1LBLA 2V2CA 4OE7A 2NWRA 4JDBA 4NJHA 1FCUA 1FWRA 4XTDA 2QUTA 3TC7A 3W7OA 1E51A 4ORMA 2VFHA 2DZSA 5G1YA 3B05A 3LCFA 5AFDA 2B7OA 2FLIA 2V82A 4O18A 2R14A 3E02A 3UWQA 1HO4A 2YW4A 2ZRZA 4R33A 1A5AA 3RFAA 1D3HA 3OVQA 5HQEA 3QMTA 4N4PA 5KZMA 3F1QA 3OA3A 4ZMGA 4O57A 5G5IA 2V9DA 4OT7A 4ZQOA 2W79A 1H63A 1OFAA 5K4XA 5D2XA 1YPIA 5EPDA 3C3NA 1XBVA 1M5WA 3ZR4A 2CZFA 3FYOA 3RLVA 4RKAA 1FX6A 3W73A 2YGYA 3G1HA 3LHZA 1TPWA 5BOOA 1G67A 1UB3A 2V81A 3KRUA 1JQVA 2V5BA 1KBJA 4O15A 1RQHA 5D03A 3W87A 3CT7A 4LWWA 1O5XA 3G1DA 5I3IA 2Y7DA 1QWGA 3NL3A 1H5YA 1LYXA 3TQVA 3MP3A 1GEQA 1QPOA 1KFLA 3EWYA 1EIXA 1SO3A 5DXYA 4HKPA 3NDOA 3M44A 4ORIA 1FCBA 3LCWA 3S5NA 4PL2A 4YCOA 1H7WA 3OVPA 2JKEA 4C1LA 1A5SA 1W54A 1KBIA 5I3HA 2NUWA 1FCVA 1W8SA 4K8HA 1HFBA 2YX0A 2Y62A 2TPSA 5LNUA 2E5BA 3QPZA 1QFEA 4IMFA 1L2UA 4JTHA 3GZ3A 3TK7A 3LRKA 5CPNA 3HMJG 3A23A 5D33A 2YSWA 3GDRA 4YL2A 4HNTA 1DBTA 3PSWA 2A6NA 4NVTA 3Q37A 3M43A 2ALDA 1FDYA 4M5PA 3H53A 3L5MA 3P7YA 2FB3A 3DENA 4OQVA 3TMLA 1AW2A 1ZENA 4EWND 2CW6A 2R8WA 1S5WA 1TPC1 2B0MA 1F6PA 2FFCA 4ZVJA 3O16A 1OYCA 3NL5A 4Z1CA 3EX2A 1ZJIA 4LVAA 1EWEA 4UMAA 3NQ7A 4FNSA 3TJLA 5BW6A 1OFPA 1YTEA 3TKFA 2TSYA 1B4KA 4N2YA 1KM5A 2V5LA 1QPQA 3MP5A 1G6CA 1VC4A 1UUMA 4IQLA 4UTWC 1FWSA 4K7YA 1OK6A 4N9DA 4MPQA 1LORA 3CIWA 1SW7A 2CU0A 4QJ1A 1K3UA 3ABQA 2Q3RA 3NQFA 3TR2A 4E0CA 3C2OA 4PODA 5CPMA 5F4WA 1D9EA 6TIMA 3EEGA 4M7SA 4AF0B 5I3FA 1SPQA 4RX0A 1K03A 1KM2A 4IWWA 3GXPA 2C3ZA 4JGDA 4HNUA 4LV4A 2QCFA 1EP3A 3R89A 2C6QA 4FXSA 1EB3A 4O4WA 1FXQA 1JR1A 3DI1A 2WJZA 3NR0A 4LUIA 1KTCA 2PC4A 3M5YA 3RNDA 2NX9A 3T78A 4IXHA 3TIMA 3W7EA 3A24A 4LRTA 1M7PA 2NZLA 2P1FA 1OF6A 3ATYA 1RPXA 3W76A 3LHVA 1SW0A 5DN1A 3U2OA 3INPA 2V30A 2TYSA 5CPLA 3LLDA 1PHQA 2VXNA 3BG5A 1M6JA 5LNRA 3OHIA 2YDAA 2FPTA 3S0CA 3HG5A 3P81A 1KFKA 5HULA 4IGHA 3MI2A 4IX2A 2NX1A 2E77A 3TSBA 4QQ3A 1WOAA 3CWOX 3SGUA 1EWDA 1I2PA 3IIZA 1W31A 3KFTA 1YDVA 3TW6A 4NX5A 4LUJA 4O1CA 1IF2A 5G4WA 4Z1AA 3EWZA 4CLMA 4NNAA 2C14A 4HT3A 1S5VA 4O1BA 3UPBA 2ZA1A 4AHQA 4DQWA 1ME8A 2A2IA 3NXFA 4IPJA 3M41A 4NXSA 3ZWSA 3G0UA 1TRIA 2VC6A 3HF3A 5BMXA 2EF9A 4N9BA 2A85A 3G3MA 3NEVA 3NQVA 1KFCA 1TTIA 4O10A 3G0SA 4UFMA 1H7OA 2DP3A 3WJSA 3GKAA 3O05A 1SFLA 3CQ0A 1W3IA 1XBXA 3M16A 2YPIA 4Q4KA 2JK2A 3IGUA 3C61A 1PL9A 1H60A 1PVNA 4HPXA 3N34A 3A21A 2BXVA 3PF3A 5FEPA 5D32A 4L4MA 3B04A 1JVNA 1RVGA 4Z1DA 3WJWA 2Y89A 3OIXA 1FWNA 5T26A 1XKYA 4FX8A 4UUIA 5DY3A 3HGJA 4JTSA 1TPUA 4FNPA 2PCQA 4EVZA 4CNOA 4LC8A 3GDKA 3LHTA 2C13A 2GQ9A 1L9WA 3QF0A 2RDWA 4GE8A 3QSTA 5AYXA 3W1PA 3UD6A 2NV1A 3DXIA 1RQBA 4HNNA 1LDCA 4FO4A 3W22A 3I68A 1BKSA 1W0MA 4ZQRA 3ABRA 5BNKA 4DEFA 1V5XA 3GVGA 2ZRUA 3W3OA 1R46A 3QW4B 4UMBA 3USBA 3S1XA 2A4AA 3W1UA 4AF0A 1LLWA 3GAYA 1CW2A 3LB0A 2P0OA 3W75A 3TH6A 5C2XA 1K7XA 1QR7A 3SIZA 3MJYA 1OFBA 4Y90A 3S5YA 2VFDA 1FXPA 3BLFA 2BLEA 2B7PA 1ICSA 2ZZ7A 1OK4A 5DCDA 5D05A 3DU0A 3LERA 1JCMP 3FEMA 3TROA 4I9AA 2E68A 2QUUA 1Q6OA 5EY5A 2QEZA 1DQXA 1GZGA 5I3KA 1GVOA 1DV7A 1X7FA 3DFQA 2A7RA 3BO9A 3FOKA 3UWVA 1Z42A 4AWTA 3W7LA 1MSSA 1YXCA 3EXRA 4FX6M 5CSSA 2W0UA 4H6KA 1I2RA 4NJKA 5AHIA 1PCWA 3IIVA 2FPYA 2H90A 3NOEA 1YADA 3C52A 3DFPA 3DFOA 3W7PA 4ALDA 5ABTA 3FKKA 2VFFA 1VQTA 3ABSA 2C18A 5FEZA 4AAJA 1XC4A 3SR7A 3VNDA 3T4CA 1J5TA 1KM6A 3TV8A 1LM1A 3TCEA 4BI7A 1GTEA 3QRHA 1PCKA 2CLFA 3BVJA 4ZZ9A 5CZTA 3VE7A 2CLMA 4FX7A 4K39A 3BGJA 4GNJA 2ISSA 2OT0A 2QCCA 3IEBA 3STGA 4Q33A 5CPOA 2TRSA 2E5CA 4N9CA 4RXFA 4A21A 2EKCA 2GQAA 2X1SA 3NGJA 5G2HA 4E2BA 1ZALA 3QM3A 3BGGA 3W7MA 3G18A 4XTIA 1FBAA 2ABBA 3PBVA 4UFJA 1T8XA 3W7KA 2RH9A 3TSDA 1XDLA 2HTMA 5F1VA 1S5TA 4R34A 1EUNA 2O7QA 3LBCA 1WAUA 2BX7A 5F4XA 5TBOA 3LHYA 1C8VA 1JUEA 2EGZA 4NQ1A 3VKJA 4NT0A 4YMZA 1YPFA 4N02A 2Q8LA 3S42A 2HS6A 3CTLA 1RR2A 1H7XA 4GUIA 3TXZA 1WXJA 4RZ6A 4HN4A 3UWZA 1OJXA 1NEYA 3PB2A 4WD0A 1LROA 3ZWTA 3AJXA 4W9TA 4QAIA 4RV8A 4UTIA 4CNNA 4IXXA 3N2XA 1ZY9A 3L67A 3NQMA 4XKYA 3M7WA 3BW2A 1P4CA 3MHUA 3NZ1A 5D30A 3C56A 4NNCA 1JRCA 4IMEA 4PH6A 4KKXA 2GQ8A 1O94A 3A5VA 4MUZA 3GB6A 1TREA 3DH7A 4CNPA 2WNNA 1G4PA 2E1DA 3M5ZA 3A9IA 5EA9A 5TQLA 5MHBA 2J24A 1O60A 4KWVA 2NXIA 1H7NA 3P8IA 4JTTA 1ZAJA 2CLKA 5FEWA 5J5RA 1TPDA 3W1NA 3LI0A 4JR5A 1F74A 3NQDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2GUUA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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