2H8Z | Genus

Total Genus 130

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	130
sequence length	359
structure length	359
Chain Sequence	SALFEPYTLKDVTLRNRIAIPPMCQYMAEDGMINDWHHVHLAGLARGGAGLLVVEATAVAPEGRITPGCAGIWSDAHAQAFVPVVQAIKAAGSVPGIQIAHAGRKASANRPWEGDDHIAADDTRGWETIAPSAIAFGAHLPKVPREMTLDDIARVKQDFVDAARRARDAGFEWIELHFAHGYLGQSFFSEHSNKRTDAYGGSFDNRSRFLLETLAAVREVWPENLPLTARFGVLEYDGRDEQTLEESIELARRFKAGGLDLLSVSVGFTIPDTNIPWGPAFMGPIAERVRREAKLPVTSAWGFGTPQLAEAALQANQLDLVSVGRAHLADPHWAYFAAKELGVEKASWTLPAPYAHWLE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__517589069296123__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__517589069296123__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2H8Z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__517589069296123__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"517589069296123","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2H8Z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__517589069296123__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas putida
publication title	Xenobiotic reductase A in the degradation of quinoline by Pseudomonas putida 86: physiological function, structure and mechanism of 8-hydroxycoumarin reduction. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Xenobiotic reductase A
total genus	130
structure length	359
sequence length	359
ec nomenclature
pdb deposition date	2006-06-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2h8zA00

3A23A 1H7RA 3GNNA 4EWND 2CZEA 2GVLA 3LLDA 2ZFAA 3TC7A 1IXPA 3O6DA 3LX9A 4I7VA 5CSSA 1GEQA 5AYYA 3PUEA 3W7EA 1X1OA 2V2HA 3USBA 5KSWA 2VFDA 3MI3A 5I3KA 4CNOA 3QQ0A 4UFKA 4LWWA 2W0UA 3I7QA 4HHPA 2LLEA 3P84A 2CU0A 4K39A 4ZQNA 4A29A 3NGJA 5CZSA 3UNDA 2FIQA 2GJLA 2ZRYA 1DV7A 1MO0A 1PS9A 1RR2A 1I2OA 1RVGA 6ALDA 1G6CA 2B7OA 3TV8A 3W7MA 2ZQ0A 3SZ8A 3NZ1A 3BARA 1XKYA 1DQWA 2DZSA 1PCWA 4RK8A 3F03K 2JBMA 2YFOA 3HO8A 1C8VA 4FIQA 1KTCA 4P61A 1OG0A 4NJIA 4YCPA 4O1CA 4ONVA 1K7EA 2GOUA 3TSDA 4DO6A 1KM0A 3GDTA 3QH2A 2TSYA 4M6PA 1I2RA 2WSRA 1SFJA 2Z6IA 3NL6A 2H90A 4OV9A 2WKJA 3NQGA 4JX5A 3LXAA 5D2VA 3LTSA 2BXVA 4DPQA 3MP5A 2QCNA 2WNZA 2Y70A 3O15A 1C9DA 4JYDA 3ZFHA 1ONRA 5KTLA 4BI7A 1LOLA 5F2GA 4NVTA 1V5XA 1JCXA 3S6DA 3TQVA 4Z08A 4JEQA 3BW2A 4UTLA 3M41A 1THFD 1NAL1 3CT7A 3G18A 4WOZA 5AN7A 5HUOA 1TYGA 1CI1A 3P80A 2QAPA 3BV4A 3PM6A 3NL5A 1AK5A 3CHVA 3L21A 3TNOA 3KAOA 2X1TA 1WBJA 3M5ZA 1WAUA 1H50A 2V9DA 3E12A 1QDSA 2VKZG 1SZFA 1PIIA 4BR1A 1A5AA 3EWYA 4OGZA 5FF2A 3W7HA 4EF9A 2QEZA 1EP2A 4EVZA 3W1NA 1FXQA 4JX4A 2G96A 4FF7A 3MBFA 3P60A 2WOQA 1JULA 1UUOA 4E38A 3ANYA 4Z1AA 3SJ3A 4HPXA 4JTKA 4AVFA 3OG3A 1W8SA 1OFEA 1SFLA 4JTSA 3LHWA 4NZJA 3EX4A 4QM1A 4LVDA 1YPFA 1JR1A 1O4UA 4FNSA 1Q6QA 4O4VA 1OYAA 5HWJA 1DL3A 2J9ZA 1B57A 3R89A 3TSBA 5F4WA 5HJLA 4ZZ9A 5MHBA 5U4NA 3W7DA 4N4QA 2J6XA 2Y7EA 3O6CA 3B8DA 1FCQA 1GG1A 3RU6A 3U6WA 3MUXA 3BW4A 4JS3A 3DU0A 3M5VA 3UPWA 3HIJA 1WOBA 5I3HA 3W83A 3DH7A 3LHUA 2ZRXA 3ZR4A 1KM2A 4UTTA 1FWSA 1ZCOA 3PUDA 2EPHA 2ZA1A 3MWAA 4XTDA 5DXXA 4DBDA 4H3DA 3SW6A 4KFNA 4IPJA 1GYLA 3BGJA 1S5VA 1X6UA 5HWNA 1KM5A 1K8YA 1F7BA 2V30A 5F2MA 3S8HA 3BGGA 3M47A 5IBXC 5F4SA 4MVAA 3PWAA 2TYSA 4H4IA 1AW2A 5D2XA 2QCLA 1ME9A 3W1UA 4PH6A 3W74A 2P0OA 4LC6A 4UFLA 1FXPA 2E09A 4A2SA 3MMTA 1NF7A 3SECA 4N9EA 3IIOA 3BPWA 2FQIA 4FIRA 2VOMA 3EKZA 4LS2A 5DY3A 3TFCA 4LVBA 1IGSA 4RZ4A 2YXGA 2JGYA 4RJEA 1QPQA 1WXJA 1MEWA 1F74A 4GFSA 1ZNNA 3NM1A 2DP3A 1JCLA 2QKFA 3E0IA 4OV4A 1OX6A 4Y90A 2RDTA 2O7SA 4W9TA 4ZQCA 2BSLA 4NX0A 1KLZA 4K8EA 3L2IA 3NDOA 4ORMA 1NEYA 1KBJA 3TDFA 2E1DA 4KWWA 3C6CA 4UC5A 5DLCA 4NJHA 3YPIA 1M5WA 3MHGA 4JXCA 3NQ6A 3GR7A 1EWEA 4CQ9A 3FKKA 3GR8A 4QISA 2E68A 3C0JA 3LCFA 2ZA2A 5AHEA 5I3FA 4O19A 3C2VA 4WJEA 1GPWA 1YDNA 3MI6A 2G97A 3C2RA 3LCXA 1TTPA 2EKCA 5G2IA 4UTKA 4FB7A 1XUZA 4RZ6A 1K8XA 3HPXA 1CX9A 3DI0A 2WPBA 2CZ5A 3PAJA 3A24A 3T7VA 2YYTA 1UBSA 2WNQA 3NQCA 3HQ1A 5KITA 2QCMA 2VEKA 2VFIA 3LBMA 2VENA 1KTNA 3C2FA 1P4CA 2P10A 3EX1A 2F84A 3W22A 1XUUA 5HWMA 3G22A 4O18A 5F1VA 1SW3A 3ATZA 4O14A 3O1NA 3TXVA 1KFEA 4Z0JA 4DF1A 3GDRA 3NM3A 3MYPA 4RCXA 4JTUA 1O5KA 3UXAA 5AB3A 3QMRA 1VYPX 1QAPA 1Q6OA 3HPSA 4UUIA 5AHLA 3W7IA 4NNCA 5LSMA 1KM3A 1JQVA 4IMDA 4O13A 3DKLA 4YL2A 3WK0A 2I1OA 4TU1A 3G3DA 4UTTC 1T99A 3B06A 1A5SA 4RX0A 3BG9A 3QZEA 3A9IA 1KFKA 3NAVA 1SW7A 3QF0A 4UFJA 1RV8A 1UB3A 3EX6A 3NQDA 3NR0A 1WOAA 1GTEA 3NQEA 1LRQA 3MBDA 5AYXA 4CNNA 3PC0A 4BI5A 1YXCA 3HPZA 1SZEA 3UWZA 1C29A 4PCFA 5G4EA 1PE1A 1YTDA 1DJNA 5D38A 1TPVA 1CW2A 1G7VA 3P62A 5BMXA 2CLIA 3HBLA 1JJKA 5C5YA 3JRKA 5TBOA 3PG8A 4IMGA 4AF0A 2NLIA 4O16A 1N7KA 2OT1A 4IQLA 3UY7A 1SW0A 2VFGA 4A3UA 4N9CA 1JCMP 2EHHA 4JICA 1O94A 3EXTA 5CZTA 5HMSA 5KZDA 4JIQA 4PFMA 2A5HA 2A7PA 1LBLA 1X8FA 4BF9A 4O11A 4CCEA 3WJWA 3W6YA 4AF0B 4KWVA 2ABAA 2C16A 2E5CA 4LTSA 3TX9A 4O15A 2Y7DA 5AC6A 1SQ7A 3S5OA 3EXRA 1JVNA 3M16A 3M5YA 2NXGA 3S42A 2OJPA 2KZHA 1TQXA 2CLMA 3C56A 5DCBA 2ZTJA 1SZGA 1JUEA 3IV3A 1K8ZA 5CPNA 3W76A 4TX9A 3TROA 3MO7A 2C3ZA 3G0SA 3LHTA 4NX5A 1JUBA 3LCHA 1JQXA 4O1BA 5K7JA 4NUWA 3W1MA 5KZEA 1GQNA 5HULA 3M5XA 4JTLA 1X7FA 3I7SA 4GUIA 1LBMA 3T40A 1QO5A 4CLMA 3AO0A 4K36A 1OJXA 4LW7A 2FFCA 2C6QA 3DHDA 4FXRA 3N73A 1AL7A 1K7FA 1Q6LA 2EGZA 1GVRA 1VRDA 1W54A 2WJZA 5G4WA 1GYNA 1HTIA 1VHCA 3HGSA 3PG9A 2H8ZA 3A5FA 4MY8A 3W1PA 1LYXA 1TJRA 1XC4A 1KV5A 3H55A 3DENA 4HNUA 1QNVA 2OT0A 1VZWA 3C2EA 2YFNA 3GK0A 2C14A 1R2SA 5EL1A 3W1TA 4Z1CA 2CW6A 4GUHA 3CB8A 4JIPA 3GVGA 3FFSA 1IXOA 4O52A 4RXGA 1WQ5A 2UV8G 3W7LA 1N55A 5DBUA 5K9DA 3W1LA 1JCNA 3RFAA 3PY2A 1U83A 1J2WA 4I9AA 3GDKA 1QMLA 4FXSA 1ICQA 4ZMGA 2R14A 1W3TA 4UR7A 2WNNA 3TK7A 2ZYFA 2E77A 2A4AA 5D2YA 4PL1A 3TJXA 3TW7A 3A5VA 2J24A 3KRZA 3DAQA 3LV6A 3QJAA 2V81A 4JX6A 3CIXA 2GJNA 1OFAA 2ZZ7A 2ATSA 1R2TA 3N9SA 3EWZA 4Y9AA 2V2CA 3STCA 3DFQA 4QIUA 2JK2A 3PUOA 4O1DA 4EOUA 3G1YA 3TXZA 1EEPA 2GUUA 3NG3A 5K9CA 4WZHA 1GVQA 3PS7A 5L9FA 4AWTA 1OFBA 5DCEA 4LNYA 4XBKA 3WFAA 3ZWSA 1FWNA 5CKSA 2BLEA 5A5WA 3L67A 3FYOA 2E5BA 3WK2A 5G1TA 5LHFA 2Z6JA 4TIMA 1KV8A 2A2IA 1EPXA 1TTQA 3B04A 4N9BA 5LNWA 3GB6A 3W7PA 1T0OA 4UTJA 1XM3A 3DFNA 2A7RA 4M6VA 4MZYA 1TV5A 1SPQA 4NJJA 2VEPA 3N9RA 3NO5A 3W2JA 4OWGA 5G2WA 4TO8A 3R8RA 4EIVA 2ZZ3A 4FNUA 2EAWA 4LV4A 3UWYA 1B4EA 3TC6A 3U8GA 3NQVA 5I3IA 3W1RA 2QF7A 4Q33A 2ZZ6A 4R33A 1H7NA 1VLWA 3W7NA 2CZFA 3PR2A 3R13A 3DFTA 5DCDA 3GYEA 3QW4B 3HG2A 3DXIA 1WDWA 2V8ZA 1YDVA 4Q32A 1IIHA 4BFAA 3HB9A 4GBUA 5AFDA 1PVNA 3G0XA 5BMWA 4S2BA 3T44A 4MJMA 1QOQA 5J5RA 2YX0A 5D04C 3G1FA 3GXPA 3W87A 2W79A 3TSMA 3W2KA 2ISVA 5LGZA 3DFOA 4ZQRA 3QYQA 1KM6A 3BLEA 3CWNA 4ICNA 5SWUA 3S1XA 3KVMA 3GAYA 4O1AA 4KKXA 1LLWA 3RMJA 2Q3OA 4GNJA 1FWWA 4Y96A 1EB3A 3G1VA 2Y7FA 3W1QA 1KW1A 3UWUA 3C3NA 4MOZA 3N14A 3TH6A 3L5LA 4LUIA 4DO5A 2A0NA 4K37A 3DGRA 3E96A 4OE7A 3OEXA 5EMUA 3HGRA 3KFTA 3NPXA 3EKLA 1EUAA 3QW3A 3CPRA 3DBPA 4ZQMA 2HTMA 5AYZA 3IVUA 1TRIA 5G2HA 3P82A 3LBCA 4E0CA 5ABTA 5FEZA 3MHUA 1UJPA 3PBVA 1GVFA 1BWLA 3LRLA 4QITA 1NF0A 3GDMA 3L0NA 3E02A 2WV8A 3LXCA 1Z44A 5HQEA 1LM1A 1SUXA 1TPEA 3T4CA 1GG0A 1L9WA 3QMSA 1OHLA 3S5YA 4UCGA 4Q4KA 3W7KA 4N6FA 3DKJA 3NL3A 4JGDA 5DY2A 4JYFA 3WJZA 3SI9A 2V0TA 1TV7A 4IOTA 2DZTA 3TKFA 1OFRA 1GOXA 5LGXA 2DJLA 1NVMA 1OYBA 4GE8A 4N02A 3G1HA 3TA6A 1EIXA 2G95A 1P0NA 1PV8A 3FJLA 3LERA 3OVRA 3LHZA 3Q37A 3QQ1A 4BI6A 4LS0A 3LI1A 3FYPA 2QAFA 1KM1A 1HG3A 2FB3A 4MLJA 3P61A 4RZ5A 1DKWA 2X1RA 3HG4A 2CLHA 5FF0A 4IMFA 3SGZA 4JTJA 1KFCA 1TTIA 1FWRA 3BK0A 4C1LA 1RQEA 3CU2A 3HMJG 4DPPA 2CLLA 3W7QA 3PULA 5D03A 5HR7A 4QQ3A 1TPFA 2C1HA 1VJIA 1FDZA 1Z41A 1LP6A 3LHYA 4NT0A 4XWUA 1XDMA 1W3NA 3UQNA 4HSOA 1OF8A 3G1XA 2Y6ZA 5DXYA 2QCHA 3M0ZA 4AEOA 5U7SA 1IXNA 1V7YA 3TCEA 2HS8A 1G7UA 3W7CA 5FEPA 1FDJA 1LDCA 3V75A 4L4LA 2Q3RA 2TRSA 5TQLA 4O54A 7TIMA 4X3ZA 2TMDA 1H5YA 4A22A 1VHNA 3W7JA 3QPYA 2ZDRA 1RQBA 1RPXA 1W5NA 3OVPA 1G67A 2PC4A 1VR6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2H8ZA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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