2HS8A

Crystal structure of the y364f mutant of 12-oxophytodienoate reductase 3 from tomato
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
378
structure length
367
Chain Sequence
DGNNPLFSPYKMGKFNLSHRVVLAPMTRCRALNNIPQAALGEYYEQRATAGGFLITEGTMISPTSAGFPHVPGIFTKEQVREWKKIVDVVHAKGAVIFCQLWHVGRASHEVYQPAGAAPISSTEKPISNRWRILMPDGTHGIYPKPRAIGTYEISQVVEDYRRSALNAIEAGFDGIEIHGAHGYLIDQFLKDGINDRTDEYGGSLANRCKFITQVVQAVVSAIGADRVGVRVSPAIDHLDAMDSNPLSLGLAVVERLNKIQLHSGSKLAYLHVTQPRLGSEEEEARLMRTLRNAYQGTFICSGGYTRELGIEAVAQGDADLVSYGRLFISNPDLVMRIKLNAPLNKFNRKTFYTQDPVVGYTDYPFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of 12-oxophytodienoate reductase 3 from tomato: Self-inhibition by dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 12-oxophytodienoate reductase 3
molecule tags Oxidoreductase
source organism Solanum lycopersicum
total genus 137
structure length 367
sequence length 378
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2006-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2hs8A00
1ME7A 3DZ1A 1RPXA 1GZGA 1YDOA 2V9DA 4DELA 5K9XA 1V7YA 4K7YA 3SIZA 2W0UA 3QRHA 3IGSA 3S1UA 2VKZG 3W83A 1DBTA 2VFGA 3UWUA 3LTPA 4LC8A 2JKPA 4R53A 2FFCA 3HMJG 5D05A 2BZNA 2HMCA 5U4NA 3WK3A 4K7VA 3TW6A 5BRBA 1OG0A 1KM4A 3S6DA 1M5WA 3NQEA 4H6KA 2J6XA 5MHBA 2QCFA 2PURA 2GVGA 4KWWA 3NQAA 4LVFA 4PL2A 5KTLA 3MI6A 3FJLA 1LBLA 3CT7A 3NQ8A 1DV7A 4GUJA 3HG5A 1AW1A 3QSRA 1XBVA 4OWGA 3KRSA 1XFBA 3NPUA 3TROA 1W3IA 1JJKA 3C4UA 1VH7A 1QAPA 1E51A 5G5IA 1GQNA 1EP2A 1TPDA 1XBYA 3CEPA 3EWWA 5D33A 3TR2A 3H55A 1NVMA 3W76A 2V0TA 2JGYA 5AB3A 4CQ9A 2RHGA 2OT0A 5LHEA 1K8XA 3GR8A 2CLHA 5KITA 3W71A 3W84A 3L5LA 3LCLA 3MYOA 1FCQA 4KFPA 3EKLA 5E93A 4ADSA 4NZFA 4S2BA 3GNDA 3NL6A 3NPVA 5CKSA 1TCDA 5AN7A 1TQXA 3LGEA 3H53A 3QZEA 1OFRA 2J9YA 1HUVA 5F4XA 4NX5A 3L0KA 5HMSA 1SR9A 1WDWA 2H8XA 1EP1A 3NPXA 2VFEA 4DF2A 3W1NA 7TIMA 4AHQA 4YCPA 3QF0A 2WSQA 2C18A 5FEZA 3LXAA 3A5FA 4WOZA 3FKKA 4LW7A 3G1AA 3DBPA 2DZPA 1EEPA 1SZEA 2AAMA 3IIZA 2H3BA 1AMKA 3L2IA 3NVTA 4RR4A 3TIMA 2NZLA 3S1WA 3W7HA 4WY0F 3KRUA 3LCIA 1EIXA 4A21A 4IQLA 3IIPA 4LY8A 4TO8A 2A7NA 1UB3A 1J4EA 3NGJA 3L0GA 2ZFAA 4IMEA 5CGQA 1QPRA 3GXTA 3LCXA 1KM2A 2TPSA 5D02A 3ATZA 2QUUA 3FYOA 4WUIA 1BEUA 2CU0A 3G18A 3NNTA 2QF7A 4M5PA 3TK7A 1VQTA 3IIXA 3P82A 1RD5A 1I4NA 4NX0A 1OX4A 3EX1A 1GPWA 3PF3A 1DJQA 4MYAA 4X9SA 1W3NA 3LDVA 3R89A 1MZHA 2NV2A 3FA5A 3HIJA 1IIHA 3UWYA 3DGRA 5FF3A 3NQDA 1LM1A 3EKZA 3OHIA 3NQFA 4K37A 3W1UA 1SW7A 1D3HA 5DY2A 5LNWA 3FKRA 3DXIA 1YXCA 4NJIA 3RFAA 3N2MA 1HL2A 2TSYA 3QSTA 2Y85A 3O06A 2WSRA 1KLZA 2QCHA 4FF7A 2ZRWA 4RXGA 2P0OA 2Y7FA 1QWGA 4HNUA 4WJEA 3TXVA 1DOSA 3P8JA 2YGYA 3TQKA 3TA6A 4JDBA 4GWEA 1T0OA 5DLCA 4Z1AA 2RDTA 3VE7A 2F84A 3KOFA 1EUAA 4FIQA 4YWIA 1KTCA 1LOLA 4BI7A 5CZTA 3WJYA 3E02A 3LCFA 3N34A 2QDHA 4LU0A 2OCZA 1KM1A 1TB3A 1Y0EA 3QH2A 3UXDA 4QITA 2NUWA 1I8JA 4QSHA 2Y89A 4UFMA 3SSJA 1G4EA 3GDMA 1KV5A 2Y63A 4OBTA 4O14A 4QJ1A 1CW2A 3LLDA 2JKAA 4NXKA 4UTJA 5L6UA 2AQWA 5LNUA 4JTHA 1OVDA 1YXYA 5DN1A 1Q45A 1W5NA 2A4AA 2E09A 4NJJA 5T26A 4DPQA 1FX6A 3A23A 1VGAA 1YLVA 1ZY9A 1YPIA 1TSIA 3RLUA 4WD0A 3G3MA 1XM3A 3VFLA 3F4WA 2VFDA 2CZDA 4BI5A 3GXNA 2B7PA 2QCLA 3LHVA 3TC7A 2FPTA 3W7PA 1O4UA 2GPTA 2ZA2A 5F2GA 3TJXA 1RZMA 1NAL1 3EWBX 4RZ6A 5IBXA 4CCCA 5AC6A 4O50A 3ZWSA 3JS3A 3DKLA 1AW2A 1G7UA 1LBMA 3L21A 3P5ZA 2CZEA 4MY1A 3P7YA 3C2RA 3NQMA 3TH6A 5GVJA 1ZAIA 2I9EA 3TSDA 2VEKA 5FESA 1JCLA 5A5WA 2CZ5A 3NQCA 4MLRA 4PCFA 2YSWA 3PG8A 3M9YA 4MPQA 3TAOA 2QUVA 4JTFA 4S1FA 3M5VA 3LTYA 2TRSA 2DZWA 1PHQA 3KHJA 2V30A 3JR2A 3L66A 1A5CA 2TYSA 2WQPA 5AHEA 1DKWA 2Q8ZA 3R5EA 4S2CA 3ABRA 1BWKA 3UD6A 5J5RA 1H7XA 4E38A 2W6RA 1TPVA 2ZZ7A 3WFAA 1M7OA 4K38A 1BTMA 1MO0A 1XDMA 4XKYA 3FFSA 3QFEA 5LHFA 1G67A 2Z6IA 1WXJA 1WQ5A 2C6QA 1VC4A 1H61A 4DBDA 3THQA 1Z48A 3W2UA 2G97A 1K7XA 3VE9A 5D2VA 1S3HA 3EWYA 1RV8A 1JUBA 2DU2A 2DORA 2DZXA 1JCMP 3T55A 5CZJA 2BTMA 4NJGA 5C2XA 3IEBA 4N4PA 2J9ZA 2ZDRA 2FDSA 3UPWA 2J9XA 4CLMA 3CTLA 3NM3A 2QAFA 4UTHA 3S8HA 3BGGA 2YR1A 3W1QA 4WY0A 4QM1A 5EL1A 1B57A 2CLFA 5D37A 5K3VA 3PM6A 3USBA 3M5ZA 5LGZA 3Q2DA 3NEVA 3SY5A 5I3IA 5D03A 2C1HA 4TMCA 1Q3NA 5BW6A 2NX1A 1UUMA 1LDCA 2WPBA 4ADUA 4GRSA 3O05A 1VS1A 3NOEA 3LX9A 4ORIA 5H2ZA 2E5BA 5BOOA 4Y6GA 4NNBA 4PC8A 2ZRZA 3M6YA 2CW6A 1VLWA 1WBJA 3NO5A 3IVUA 4AVFA 4OV9A 4YMZA 4UTMA 1VPXA 5EYWA 2A85A 4O19A 4Y96A 3YPIA 1DQWA 3P84A 4M19A 3EWUA 1IIGA 1G4TA 4X2RA 3W1MA 3W2NA 3C56A 3W23A 3O16A 3N9RA 2A6NA 4O17A 2NX9A 5HWJA 2WJZA 3DFPA 3W7LA 1H7NA 2R94A 4WX2A 3QW4B 5AYXA 3W7IA 5KZMA 3TW7A 1F74A 1K8ZA 5HJLA 3M1ZA 4X3ZA 5K2ZA 5SWUA 4ZQPA 1JVNA 1SZGA 3M5YA 2R8WA 4IXXA 4ZL1A 4TU1A 1F5ZA 4AAJA 5G2IA 2C15A 4LRSA 1P4CA 5BMWA 3OEXA 4Z1DA 5K9DA 3W1AA 2CLOA 4DO4A 3G1HA 4I7WA 4TX9A 3WK2A 3STFA 2E6AA 4MVAA 1S5WA 5K4ZA 5EMUA 1YDNA 3B0VC 3B0UX 3KVMA 3QQ0A 3RU6A 5F1VA 1TTPA 2V2CA 3GNNA 4U28A 3DFSA 4FXRA 3PC0A 4P61A 3E9AA 1TMHA 1KV8A 2OT1A 5EA9A 2Y6ZA 4IOTA 3W3OA 4NQ1A 6ALDA 1LOSA 1OF6A 2Q3RA 1KFLA 1PCKA 3THAA 3QPYA 3LI0A 4NZJA 4OGZA 3TNOA 3W2KA 3GXPA 3QMRA 1X6UA 3DFNA 3OBKA 1D9EA 1RR2A 4HHPA 3L5AA 4KFNA 3WJXA 1LLWA 1SO5A 2J88A 4FEZA 4MYXA 3HGRA 1TPH1 1RQHA 1OFPA 3VI2A 5J5DA 2X2GA 4I7VA 2EAWA 1GVRA 1JQXA 5KMYA 4UTWC 4Z08A 3IRDA 3KFTA 2UV8G 4IMGA 4RX0A 3L68A 1YDVA 5FEPA 1OFDA 3LRMA 1TIMA 1F6PA 3SI9A 2P1FA 2V2HA 4ZQNA 3KRZA 1WA3A 3SFKA 2G5WA 1JUKA 1FWNA 3NR0A 3LXBA 3OG3A 1DVJA 1WOAA 4RLIA 3CM4A 5LNRA 1KTNA 1Z44A 1H1ZA 1YXDA 1A5AA 3NQ7A 4UTIA 4QNWA 3LB0A 3MHUA 3P81A 3TFCA 1GVOA 2LLEA 4CQ8A 2QJGA 5AC8A 1HTIA 4YXGA 2GQAA 4DPPA 3PBYA 4LV4A 4M7SA 3ZS4A 2CLLA 3Q94A 5F4WA 2WOQA 3I7RA 3RMJA 3W1XA 3GB6A 1KFJA 2V5BA 3P62A 3LLFA 1OHLA 4MJZA 3G1DA 3MP5A 3TCEA 4AF0A 3K30A 1ICSA 5D2WA 1GVQA 3MHFA 2NXGA 2H6RA 3VKJA 1W37A 5HWMA 3B03A 4J9JA 4O1AA 1LBFA 4K6AA 1THFD 1R2RA 1ALDA 3W7GA 1P0NA 3NZRA 2IQTA 4LOCA 5HUPA 4C1KA 1XXXA 2H90A 2YPIA 3TUUA 2QDGA 1YADA 1VCGA 1VYSX 3CWOX 3HG2A 2H8ZA 2QJHA 4LRTA 3EB2A 3PUEA 3FEMA 2YDAA 3QJAA 1H62A 4Y9AA 5I3JA 2E77A 3GKAA 4ALDA 3MHGA 4IPIA 4QAIA 5K9CA 3PY2A 4JDYA 3CIXA 3PB0A 1Z41A 1SPQA 1S5TA 2C16A 4WY0B 3C2VA 4ZMGA 5G2WA 4JTIA 5DBUA 1PL9A 1KM3A 2GQ9A 1OYBA 2E6YA 2GQ8A 4C1LA 2DP3A 1TPWA 5TIMA 4HPJA 3TMLA 4BFAA 1SZNA 5KSWA 2VEPA 4EIVA 4YCOA 2PE4A 2FTPA 3HGJA 2ZZ3A 2FLIA 2WV8A 4UFHA 3STEA 2QEZA 1FXPA 4N9CA 2O7QA 3GIYA 3QM3A 3R2GA 4O1DA 4AHOA 4FNSA 1S5VA 3F4NA 4JYEA 4N4QA 3PSWA 1FWRA 2BWGA 4DO6A 3LXCA 2ZBTA 4O0ZA 1GT8A 4GJ1A 4JTLA 4UMCA 4L4MA 1L6SA 3I68A 3UWWA 3PVFA 3DU0A 1VRDA 4CCDA 2NLIA 1OX5A 1QOQA 3SECA 4FHAA 3HG3A 3UWQA 2XFWA 5IM51 1TTIA 4HSNA 5C54A 2A7PA 4Z1BA 3GDRA 1GTHA 4IMCA 4JTSA 1W54A 3NL3A 4UFJA 4TR9A 4NT0A 3T4CA 2QCDB 1R47A 2B7NA 4GFSA 1JRBA 3R12A 4IJBA 5H91A 5U7SA 4LT9A 3U6WA 2FQIA 4LVAA 3W1LA 1X1ZA 2PRLA 4BWLC 2ABBA 1XBZA 3SR7A 3BLFA 4LC6A 4N9DA 2XN2A 4ZQOA 3G8RA 4MFDA 1W3TA 3NZ1A 3A21A 4NNCA 4RZ4A 1K3UA 3B0PA 3I7QA 2WO5A 3UWZA 3LHYA 4JYFA 1C8VA 1KBJA 3BPWA 2DJLA 1TYGA 1QNVA 5CPNA 3ZFHA 3HPZA 1N8FA 4AXKA 4N9BA 1H7WA 3LCHA 2ZTKA 4EWND 3P74A 2XN1A 2NX3A 4K39A 3W7EA 3ELFA 5D32A 1A5BA 2B0MA 2YXGA 1ICPA 1P0KA 2C3ZA 3BV4A 1TTJA 3KAOA 3MUXA 4O11A 4AH7A 1F76A 1OYAA 1XUZA 3R8RA 5K4XA 2NXHA 3MW7A 3A24A 1HO1A 2I1OA 3NQGA 5AHNA 3W1TA 4TMBA 3TDFA 4JS3A 2VEIA 4RXFA 5FEXA 1FDJA 4B5NA 2QR6A 3P61A 3LCGA 3G1VA 4OQVA 1TPUA 1FCBA 4M6QA 4Q33A 1AK5A 5DXXA 4HKPA 1FDYA 3G0UA 3QMTA 4JNMA 5I3KA 4EF8A 4ADTA 5FF2A 1IXNA 2X30A 1RQBA 3STCA 3UQNA 4MFEA 4UTLA 1JQVA 4LUJA 1AG1O 1TREA 3HQ1A 3T78A 1OFEA 2ZZ1A 4Z1CA 3BVJA 3LM7A 2ISVA 2Y70A 3W7MA 3DKJA 1JCNA 4EF9A 5DCEA 2V8ZA 4MZYA 1OFAA 4AF0B 3O63A 3W7RA 2Z2UA 1N55A 1UCWA 1I2NA 4O18A 5EKYA 5G4EA 1Q6LA 3W1RA 4L4LA 4JD4A 1ME9A 1EB3A 1PVNA 2VOMA 4IMFA 3W87A 4NXSA 3GDTA 5CG7A 3NL2A 4UFIA 4JYDA 1ONRA 4WQ6A 2QCEA 2YCEA 4KKXA 3M41A 4DF1A 3OIXA 1PE1A 1UUOA 3KVJA 2FPYA 2CLMA 5DY3A 4M7TA 1SSDA 1EPXA 2YYTA 4MUZA 2PRHA 3CQ0A 3GR7A 4XWUA 3W22A 2GOUA 1TQJA 3BW2A 4FX7A 5D30A 4ONVA 3N19B 3A5VA 4XTDA 4UCGA 3EX6A 5F4SA 3W73A 1EWEA 1H7PA 4UIOA 1TPB1 4RKAA 1R30A 3SJ3A 2KZHA 5C55A 3SZ8A 3LCWA 2V2DA 3WJZA 4GBUA 5HINA 3G24A 4UUIA 4O53A 5LGXA 4K8HA 3ABQA 4ZQRA 1RQEA 3L5MA 4KFOA 5HWNA 4UTWA 3CC1A 3HBLA 1HFBA 3KXQA 2EGZA 1F7BA 3MP4A 1PS9A 4XBSA 1TV5A 4FIRA 5CPOA 5AHIA 2WNQA 3WJSA 1R2SA 3E49A 1XCFA 3STGA 4JGDA 3S9YA 4R33A 3A22A 4GUFA 3CB8A 3NQ6A 3IV3A 2RH9A 3L9CA 1VHCA 3N9SA 1SW0A 2W79A 1CI1A 3ATYA 2NUYA 1OYCA 1SO3A 5CSRA 1TRDA 4GC4A 2PCQA 1V5XA 5C5YA 1ZENA 3W70A 4AWSA 1TPEA 1W1ZA 3GX9A 4LWWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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