2HS8A

Crystal structure of the y364f mutant of 12-oxophytodienoate reductase 3 from tomato
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
378
structure length
367
Chain Sequence
DGNNPLFSPYKMGKFNLSHRVVLAPMTRCRALNNIPQAALGEYYEQRATAGGFLITEGTMISPTSAGFPHVPGIFTKEQVREWKKIVDVVHAKGAVIFCQLWHVGRASHEVYQPAGAAPISSTEKPISNRWRILMPDGTHGIYPKPRAIGTYEISQVVEDYRRSALNAIEAGFDGIEIHGAHGYLIDQFLKDGINDRTDEYGGSLANRCKFITQVVQAVVSAIGADRVGVRVSPAIDHLDAMDSNPLSLGLAVVERLNKIQLHSGSKLAYLHVTQPRLGSEEEEARLMRTLRNAYQGTFICSGGYTRELGIEAVAQGDADLVSYGRLFISNPDLVMRIKLNAPLNKFNRKTFYTQDPVVGYTDYPFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of 12-oxophytodienoate reductase 3 from tomato: Self-inhibition by dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 12-oxophytodienoate reductase 3
molecule tags Oxidoreductase
source organism Solanum lycopersicum
total genus 137
structure length 367
sequence length 378
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2006-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2hs8A00
1FDZA 2C18A 1U83A 1LORA 3W7KA 2RDWA 3G24A 4PA8A 1XUUA 5K9CA 4FB7A 4MYXA 4Z08A 1SZNA 5G5IA 3W1AA 4JTUA 3P5YA 3Q94A 4OBTA 2QAPA 3FKRA 1TPH1 3MBFA 5DXXA 2VXNA 2CLEA 2NZLA 3DU0A 3M6YA 1XL9A 3DENA 4WY0A 2QJIA 2B7OA 4NUWA 3TUUA 5D2WA 1TPEA 4N9CA 3N9RA 1B57A 3PUDA 3CU2A 5EL1A 3IV3A 4AHQA 3M44A 4JIQA 2VFEA 4IPIA 2H90A 3MP4A 4KFOA 3CWNA 4UFMA 2VFIA 2FFCA 4WXYA 1TMHA 2FQIA 4J9JA 2CLOA 1SPQA 3WJXA 5F4WA 2X1TA 2WOQA 3N2XA 1RR2A 3W7NA 2ZRUA 3M47A 4LVFA 4YXGA 1Y0EA 3EX4A 1FBAA 3GNDA 2WNNA 4LV4A 3LM7A 3QW3A 4O10A 4MLRA 1HL2A 3LHYA 5U4NA 2H8ZA 5F2IA 3DFTA 2NXHA 3TU9A 4A21A 3UZ5A 1KLYA 3S6DA 1Z44A 4UFLA 4Q4KA 3FIGA 4O0KA 3L21A 3G22A 5D2VA 3TH6A 2G95A 1ZJIA 3PBWA 5CPOA 1WX0A 4MYAA 1QOQA 2A5HA 4UC5A 1WA3A 1KFCA 2HS6A 5E0KA 3NA8A 1RD5A 5SWUA 3S5ZA 1KTBA 3GR8A 5K2ZA 1YDOA 1UUMA 2QR6A 4AWUA 1XM3A 5BMWA 1EP1A 3W9ZA 2A0NA 4Y9AA 3W6YA 1F76A 1G4EA 4PC8A 1W8SA 3NNTA 4HSNA 4O13A 2E09A 3PBYA 5I3IA 3NDOA 1TPC1 1XBZA 1TSIA 1UASA 1W5OA 2G97A 1FDJA 2VFHA 3BLEA 3GDRA 4RZ4A 2ZDRA 3NM3A 4JDBA 3G1AA 3ABQA 4K36A 4RKAA 3TV8A 1TQJA 5HQEA 3NAVA 3W85A 1NEYA 4Q33A 3RMJA 3EKZA 3NPWA 1FWRA 3DFNA 5TIMA 1EA0A 4DF0A 1VS1A 2B7NA 3LBCA 3A5FA 3T55A 4FX8A 4IUOA 2CLLA 4JN6A 4UNLA 5DXYA 1DJNA 2VEPA 3ATZA 4GUFA 1GPWA 4PCFA 1EIXA 2ZRVA 4O53A 2OCZA 1CX9A 1F73A 4FHAA 4RJEA 4ZZ9A 1C9DA 3OVRA 5KITA 1EP3A 3QZEA 1WAUA 2YYTA 2YZRA 4AF0B 2BTMA 1GTHA 4ZQOA 3PB0A 3HBLA 1BKSA 1TTIA 3R8RA 2YW3A 4XWUA 1ME7A 4A2RA 2VFFA 2ZZ4A 4AWTA 3GZ3A 5G4EA 3W7QA 5BOOA 2VEMA 4MY9A 1G4TA 3PUOA 5D04C 4TIMA 3I7SA 3QF0A 4XKYB 5J5DA 2B4GA 3NOEA 1HO4A 1EX5A 3DXIA 3UPBA 4LRSA 1NAL1 3EEGA 2J24A 1KM5A 4YMZA 2TYSA 4G1KA 2VC6A 3UYCA 4IPJA 2DJXA 3NQCA 3DI0A 3GYEA 1YXDA 4CCEA 2RHGA 3U8GA 4OHQA 3W1MA 2Z0IA 4LV9A 3HGSA 3NZRA 4LOCA 1CI1A 1EUAA 3LHVA 2JBMA 2A6NA 3GDLA 3VFLA 3IRDA 1TPB1 3N34A 1B4KA 3G18A 5K4ZA 1OG0A 3QM3A 4AAJA 4PH6A 3A23A 1MO0A 3LRMA 5C5YA 1H51A 1GEQA 3MHUA 4JTFA 3W88A 3TQVA 1IF2A 1SO6A 1VC4A 4UTWA 3TIMA 1K7FA 5C6MA 2Y61A 1KFEA 3WK0A 1VGAA 5I3HA 1SO3A 2C0AA 3PBUA 1PHQA 1RQHA 2GVGA 4LNYA 3TQKA 3LHWA 4ADUA 1OX5A 1YPFA 2Y63A 3NQ6A 4JD4A 3MUXA 4ORIA 3KVJA 1VCGA 1DVJA 4M6QA 5HUOA 1HTIA 4XUGA 3KOFA 4YLWA 1ICQA 2ZRZA 5H91A 2DZUA 1LOLA 3MWAA 4MJMA 4O4WA 2QF7A 5LNSA 3QRHA 2Y70A 4RZ6A 4HNNA 4IWWA 4ZQMA 5BMXA 3O07A 4N9BA 2O7QA 1XBYA 1SU5A 2NXIA 2EKCA 2CZ5A 1M5WA 3KVMA 3KX6A 5G4WA 4JX6A 2Y7FA 3GKFA 4UTHA 4JNMA 4QNWA 1L6WA 2VFGA 4DELA 5LKYA 5LGXA 5F2LA 5EKYA 1AW1A 4JY9A 2ZRYA 1DQWA 4KWWA 2ZRWA 3WJYA 3EB2A 2H8XA 3MHGA 3C52A 5LZLA 2A7NA 1GG1A 1XXXA 4FO4A 4O1DA 5DCBA 3TROA 3UWYA 3W1RA 1MXSA 3C2FA 3HG2A 3W07A 2E6YA 5T26A 2E5BA 2XN2A 1LBLA 3TSBA 4O50A 1Q6RA 3KRSA 3UY8A 5IBXC 3LCHA 3CB8A 4MKNA 3N9SA 3E02A 3LHTA 1O60A 3VKJA 4M6PA 4OV9A 2CFFA 1VPXA 1H50A 4OWGA 1FDYA 1ZHAA 1A53A 3TW7A 1B9BA 3NL3A 1D9EA 4JTSA 4UFHA 5G2IA 2ZTJA 5DELA 3VCRA 1LBFA 5D2XA 1KM4A 3TQ0A 3EX3A 4BWLA 2WQPA 5LGZA 3NPUA 3TAOA 4A2SA 2OT1A 5KMYA 1A50A 3WK2A 3EXRA 1QDSA 1KM3A 4WX2A 1A5CA 3CC1A 4FX6M 3W2JA 4WZHA 2A2IA 4L4MA 2NXGA 3HGJA 4GUGA 2NUYA 3IIZA 5MHBA 3BVJA 2ZCGA 3NL6A 5D32A 4JYEA 1ICSA 2WJZA 1W3IA 2BZNA 2CZEA 1TRDA 1WBHA 3BG3A 5AHIA 3L5LA 5KTLA 3ABSA 3EXTA 3TK7A 3B0VC 1IIHA 1IXPA 1VLIA 1BWLA 2QEZA 4PTNA 1LRTA 1G7UA 4OT7A 5FF0A 4DBDA 3DBPA 3PR2A 3WK3A 1G7VA 3P7YA 2WSRA 4TU1A 2H3DA 4FNUA 4O0ZA 4OU1A 4AVFA 2DZTA 1NSJA 1JQXA 3BPWA 4JEQA 2QUUA 2NWSA 4KFPA 3FEMA 3MI2A 5TQLA 3DGRA 1RPXA 3NQAA 1OK6A 1XC4A 3TC6A 2QCDA 2BLEA 3UWWA 3F03K 4NNAA 1VHCA 3OHIA 2V8ZA 1W5QA 1EPXA 3P61A 4NVTA 2Y7DA 2V5BA 3WK1A 4QIUA 1BWKA 4A22A 1VRDA 3NO5A 3PBVA 1ICPA 2BXVA 3EWUA 4FNRA 4YCOA 4RCXA 2KZHA 4O14A 3LI1A 4JYDA 5F1VA 5D38A 4ZMGA 3KVLA 3CPRA 2DZXA 2NX9A 3CTLA 5AC6A 3WJSA 3SZ8A 3GIYA 1ALDA 3S8HA 1P0NA 5HWNA 3QMTA 3TDFA 3E49A 3Q37A 3LB0A 1ONRA 1TPFA 1Z48A 3NQMA 2ABAA 3NYZA 2X1SA 3BW2A 1KM0A 3LHUA 3GR7A 1SO4A 2R14A 4BF9A 2BSLA 3OA3A 1G4PA 4LW7A 5G1TA 5HNRA 2GVJA 3NQDA 1OFAA 1Q6QA 2WO5A 3G1FA 4O4VA 5AYZA 2Q8LA 5HR6A 4BR1A 4M7TA 3DI1A 1OFDA 3P84A 1TRIA 2HMCA 1Q6OA 1LLZA 3W7CA 2ZQ0A 1NF0A 2PC4A 4ADSA 5K4XA 1YPIA 3LX9A 5E93A 4BFAA 2RKXA 4CNOA 3S42A 4MJZA 4NZFA 3GX9A 2X30A 2X1UA 3MMTA 3FLUA 3E12A 1JCLA 1YXCA 4X9SA 3O8AA 3O05A 1KM1A 4O17A 1U5JA 1V7YA 2FPTA 3W7LA 3O06A 2ZZ1A 1M7PA 2Q8ZA 3N14A 3T44A 1EWEA 3VE9A 4DBEA 4O54A 4CQ9A 3P82A 2YR1A 4QM1A 2ISWA 2ATMA 3NVTA 3F4NA 1Q3NA 1TPUA 3IGSA 1VYSX 1W1ZA 1EB3A 1LBMA 2EPHA 4LY8A 5K3VA 2R94A 2W0UA 3W23A 4ZL1A 3L5AA 2NUXA 4RK8A 3C56A 3EX2A 1TQXA 2G5WA 4IQLA 1OK4A 3W84A 1OFPA 1IXQA 4D2JA 1J5TA 3BW4A 2Z2UA 1H7WA 4JDYA 1SZEA 4DEFA 1GVSA 1W5MA 4WY0F 3QJAA 4MY1A 2VENA 2NWRA 2DORA 3M0ZA 5AHNA 1RZMA 3NR0A 3GDMA 2QDGA 1DBTA 3N2MA 3PS7A 1QFEA 3GDKA 3IEBA 1QO2A 3OVQA 5FF2A 6TIMA 1KFLA 1S5TA 5LNRA 2TPSA 2DU2A 1VQTA 5LHEA 1AW5A 1I45A 3BG9A 3STEA 4LUIA 4N6EA 5AHFA 3HG3A 3S5NA 3B4UA 4LRTA 4AH7A 3S1XA 2H6RA 5AN7A 3W7PA 3FYOA 1N8FA 1OHLA 3EWYA 2NLIA 3HGRA 5AB3A 1L9WA 2C15A 2E68A 3DFOA 4IX0A 5HUPA 3G1VA 2OZ0A 3G3MA 4UFIA 4CCDA 1QPNA 2VFDA 4HPJA 1ZALA 1GVOA 1GYNA 2ZZ6A 3FJ6A 3R5EA 4NU7A 1TO3A 2H3BA 4KFNA 4MZ8A 1W3TA 2A1YA 1EEPA 3TJLA 1ZY9A 3QQ0A 3RFAA 4O15A 2CLKA 2OMAA 1OVDA 3QSRA 1AL7A 1FY6A 2XN1A 3IIOA 4M5PA 2G96A 5I3FA 1H61A 1K8ZA 5HMSA 1JRCA 2XN0A 1OFOA 1X7FA 5D37A 3HPXA 1TJPA 3BLFA 2JKPA 3L2IA 5HR7A 3GNNA 3RLUA 4AMAA 3DZ1A 3KHJA 4MVAA 4QISA 2C16A 4UMCA 4M7SA 1M7OA 3S9YA 3C2VA 3FFSA 1OFQA 2OX1A 2ISVA 4YL2A 1H62A 1W5PA 1JRBA 3SIZA 2B0MA 3W7MA 1SZFA 1WYIA 2P10A 1TV8A 2IQTA 1LOQA 3LCFA 3G1XA 3W7IA 1DV7A 3QC3A 4R7JA 1Z41A 5CZSA 4S1FA 3C61A 1A5SA 2D73A 1LCOA 1PVNA 3DFSA 3MI3A 3SGZA 3RLVA 3RK8A 5BNKA 1SUXA 3HG4A 1W31A 2WSYA 4JIPA 5AYXA 3G1SA 2BWGA 5CPLA 3S0CA 4NNBA 3TNOA 4XZ9A 4FNPA 3C8FA 4QQ3A 4Z0SA 4LS0A 5CSRA 3USBA 1QOPA 3TA6A 1BTMA 1R47A 3QW4B 4S2BA 4CNNA 3A5VA 4NZJA 3C2RA 4O1BA 1OX6A 1FCQA 3ABRA 2V82A 2PRMA 4E0CA 3SJ3A 4LC8A 1FXQA 1T99A 4MY8A 1LTDA 4IMGA 1AMKA 4FNQA 3QMSA 3DHFA 4JX5A 3EWXA 2C13A 2VEKA 4ORMA 4E2BA 1GVFA 5DBUA 3O16A 1YXYA 2PURA 3FS2A 1OYBA 4K7VA 2A6LA 4WD0A 3P67A 4BK9A 5C55A 3R12A 3L0KA 3TKFA 3STFA 4UTJA 1SSGA 5LSMA 3EXSA 1XFBA 8TIMA 4JTGA 5D05A 3KVKA 3A9IA 3TCEA 3E9AA 3LTSA 1ZAHA 2QAFA 2V30A 3W83A 2R91A 4QITA 4R33A 5I3KA 2NX3A 4AEOA 5C54A 4H3DA 1OX4B 3R89A 2PRLA 5D09A 5K9XA 1OYCA 2JGYA 4OQVA 3CHVA 1VLWA 1VHNA 3LGEA 3NG3A 4UFKA 3IVUA 4M19A 3HIJA 2CWNA 4RX0A 1TPWA 3ANYA 4IMFA 1WQ5A 3BO9A 3LTYA 2I9EA 3ELFA 3H54A 4HSOA 3QPZA 4XTIA 5E1QA 4LWWA 4P2VA 4E38A 1AL8A 1GJPA 3V75A 5HINA 3G1DA 4NT0A 4TMBA 5HJLA 3EKLA 2Y7EA 3LXCA 1AK5A 2ATSA 1PHWA 3HQ1A 1TTJA 3LI0A 5J5RA 3S1VA 4I7WA 1KBJA 5CGQA 3AO0A 1YTDA 5D33A 1HO1A 1R2RA 1DQXA 2ZZ3A 2E5DA 1PCKA 4FNSA 4UTTC 4N2YA 1K7EA 1ZENA 1H1YA 3QYQA 4N02A 1ZCOA 1LDCA 5HULA 3U2OA 5AC7A 4HNUA 3M5XA 4H6KA 3N73A 1SSDA 1W56A 3C3NA 4EVZA 4ZQRA 2VOMA 1XUZA 3GXNA 1H7XA 3ZFHA 1LP6A 2ZZ7A 5FF3A 1LRNA 2QCLA 3CWOX 3M16A 1THFD 2E77A 3THQA 2DZPA 2DZVA 3UWZA 2ZA2A 1KA9F 4NXKA 4WY0B 1NF7A 1F74A 3CEPA 3M41A 4UTKA 4WOZA 3DHDA 1UJPA 1KLZA 1B4EA 2QCNA 3LHZA 5AOUA 4UNKA 4K8EA 4ADTA 4Y6GA 3NQFA 4X3ZA 5D30A 4EF8A 2OJPA 3C2EA 4KKXA 4JTHA 4JS3A 3W86A 2Y6ZA 5KZMA 1JJKA 5H2ZA 2V2CA 4LU0A 3P60A 3NPXA 1P0KA 3KRUA 3HO8A 5GVJA 5L9FA 1R2TA 3W7RA 3B0PA 3S1UA 2ZBTA 3BG5A 3GKAA 5G1YA 2Q3RA 2J6XA 4MZYA 3CM4A 2NX1A 3EWWA 3BGGA 1TTQA 2QKFA 1N55A 2C3ZA 2HTMA 3NQGA 1LYXA 3IIVA 5C2XA 3W2KA 4Z1CA 1FQ0A 3NQ8A 3P81A 3P5ZA 2PRHA 2ABBA 3T78A 1SFJA 2FDSA 4QSHA 1VYRA 3M5ZA 2WSQA 2CU0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UP3 A;  2C18 A;  1A5M C;  2RDW A;  1H0G A;  3AIB A;  1TWD A;  1XUU A;  4L65 A;  4MYX A;  4Z08 A;  1SZN A;  3ALG A;  5G5I A;  3W1A A;  3F2C A;  4JTU A;  1XIS A;  4OBT A;  3MBF A;  3M0Y A;  2VXN A;  3SGG A;  5E09 A;  3TTQ A;  1IGW A;  3WLK X;  4MB3 A;  4BZY A;  3V5F A;  1TPE A;  4CQB A;  3M44 A;  4JIQ A;  1E6Q M;  4UFM A;  3I6E A;  1LWH A;  4CQC A;  1EFZ A;  4QLL A;  5F4W A;  2X40 A;  4PCN A;  2X1T A;  4QEH A;  3DC8 A;  3M47 A;  1UC4 A;  2IXV A;  3LM7 A;  4O10 A;  5AY7 A;  3TA9 A;  1HL2 A;  2ZIC A;  3NDZ A;  3TU9 A;  3VD3 A;  2PCE A;  3S6D A;  4JHM A;  3WDP P;  4UFL A;  4BA0 A;  3TWA A;  4Q4K A;  3VZZ A;  3WQ5 A;  5MF5 A;  4Q4P A;  4NRS A;  4JQ3 A;  4MYA A;  1QOQ A;  3GU2 A;  1R8L A;  5D9N A;  1WA3 A;  1O66 A;  4CN6 A;  5SWU A;  1E0T A;  5E0K A;  1RD5 A;  1XYM A;  2WKG A;  4LX4 A;  1DJG A;  1KTB A;  1YDO A;  1UUM A;  1YNQ A;  1DHK A;  4AWU A;  3UT0 A;  5BMW A;  1BXN A;  1EP1 A;  3W9Z A;  2PWD A;  1NY1 A;  3W6Y A;  3AFB A;  1CGV A;  5I03 A;  5A2C A;  1G4E A;  3MZN A;  3ZXW A;  1EBG A;  3PBY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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