2HSAA

Crystal structure of 12-oxophytodienoate reductase 3 (opr3) from tomato
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
NPLFSPYKMGKFNLSHRVVLAPMTRCRALNNIPQAALGEYYEQRATAGGFLITEGTMISPTSAGFPHVPGIFTKEQVREWKKIVDVVHAKGAVIFCQLWHVGRASHEVYQPAGAAPISSTEKPISNRWRILMPDGTHGIYPKPRAIGTYEISQVVEDYRRSALNAIEAGFDGIEIHGAHGYLIDQFLKDGINDRTDEYGGSLANRCKFITQVVQAVVSAIGADRVGVRVSPAIDHLDAMDSNPLSLGLAVVERLNKIQLHSGSKLAYLHVTQPRYVAYGQTEAGRLGSEEEEARLMRTLRNAYQGTFICSGGYTRELGIEAVAQGDADLVSYGRLFISNPDLVMRIKLNAPLNKYNRKTFYTQDPVVGYTDYPFLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of 12-oxophytodienoate reductase 3 from tomato: Self-inhibition by dimerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 12-oxophytodienoate reductase 3
molecule tags Oxidoreductase
source organism Solanum lycopersicum
total genus 136
structure length 376
sequence length 376
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2006-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2hsaA00
2ZA2A 1GVFA 1W3IA 1P4CA 1J5TA 1FXQA 4CQ9A 1W3NA 2J88A 3TW7A 3HBLA 5EPDA 2TYSA 3MHFA 3EWXA 1TPB1 3G1YA 4NXKA 5D04C 1XCFA 1HO1A 5AHIA 3NOEA 3THQA 3W84A 3PVFA 4JD4A 4AWSA 3NL2A 3B0UX 3QQ1A 2W6RA 3EX1A 3GDMA 2QCMA 4LT9A 2ZZ3A 1LRNA 4GRSA 5AHMA 3M1ZA 1O60A 3KAOA 3PUOA 5CSSA 3G18A 1I45A 1QO2A 3PSWA 2AQWA 4NX0A 1ZFJA 3W1LA 5D03A 3UWQA 3FEMA 4PCFA 3RF9A 2ABAA 3THAA 4N9BA 3UNDA 2GQ8A 1DKWA 1H5YA 2OJPA 2V82A 4MLJA 5G4EA 3W7JA 1S5TA 5L6UA 4JEQA 1AW1A 1S5VA 3FA5A 3H55A 1B9BA 1M7OA 1TB3A 3TFXA 1KM6A 3P60A 5A8GA 1LDCA 2F7FA 2RDTA 3W1PA 3BGGA 1KM4A 2B7OA 4A2SA 3L9CA 4JTGA 3TK7A 5TIMA 4AWUA 3LTYA 3NZ1A 4IOTA 2B7PA 2J9XA 1W0MA 4FNTA 5K3VA 1H60A 1DQWA 2V8ZA 1W31A 4RXGA 3MJYA 1L6YA 3DFNA 4JX5A 3LHUA 5I3HA 1FY6A 3QF0A 3G3MA 3IGUA 5AC8A 4UTHA 1W5MA 5K4ZA 5FF0A 2Z1BA 3B06A 1FCVA 4M6PA 3W07A 5DCDA 3LXCA 4FB7A 1TPFA 3MP4A 3W3OA 1JVNA 3UY8A 2Q3OA 3W70A 4LVAA 3W7EA 5EBUA 1N7KA 5HR6A 5U4NA 1FWWA 3NVTA 3C0JA 4BI7A 4DPQA 1HG3A 3UYCA 1UCWA 2XFWA 1OK4A 2FDSA 4IXHA 2NZLA 4WUIA 1JRBA 2X1RA 3NA8A 4NQ1A 4JYFA 3B03A 5AHLA 2V5LA 3WK1A 2G97A 3PSVA 4AHOA 1EPXA 1TPH1 2Z0IA 1W3TA 1A5SA 4GUHA 3W88A 3NQ7A 3WFAA 3A22A 4LUIA 5KSWA 1TRDA 1YLVA 3O1NA 1KFBA 3EX2A 4BI6A 4M6VA 3LV6A 4LVDA 4CLMA 4GE8A 2FTPA 4Z0JA 5LNVA 1ZHAA 4Y96A 1TTQA 3BLIA 3WK2A 1FDYA 3QYQA 1PVNA 3DU0A 1XI3A 3W74A 1D3GA 3MP5A 3P8JA 5FEWA 5CGQA 1LBMA 2NV1A 2E6DA 1QPNA 2ZRYA 4EWND 2VELA 3L5LA 1FWSA 5HR7A 4TX9A 4OE7A 4FX7A 5A5WA 4O57A 1THFD 2EHHA 2VFGA 2BWGA 1LROA 1GT8A 4WXZA 4AB4A 5J5DA 3BARA 4FX6M 3W7QA 3NQ8A 2HMCA 3E96A 3ZFHA 3E49A 1R2SA 3P8IA 1KFJA 2Q8LA 2XN2A 2Y7DA 4S2BA 3TSMA 3I6RA 5AYXA 4QSHA 2CZ5A 1YXCA 1XL9A 2RDWA 4YL2A 4NJIA 3LI1A 1VHNA 4EIVA 1W5QA 2Q3RA 1TQXA 1ME9A 1DJQA 3PBYA 1I8JA 1UUOA 3EX4A 4IJBA 4OU1A 5LNUA 3TE9A 1TPWA 4HNUA 4AF0B 4A2RA 1P1XA 1WDWA 3EEGA 4XTDA 3N2MA 4O0KA 1FWTA 2OCZA 5F4XA 2OZ0A 1P5BA 3I65A 2VXNA 2V0TA 2PCQA 4UTJA 3EXRA 3N2XA 1SSGA 4IMEA 1YYAA 4ADTA 2GPTA 2HS6A 5F2IA 1GVSA 3GIYA 3T7VA 4JR5A 2YPIA 3OG3A 3HGJA 4N4QA 2E5BA 1MZHA 3B05A 3SJ3A 1XBXA 1LTDA 3W7IA 1OX4B 4OWGA 4PODA 5D02A 5LHEA 2VFEA 3LHZA 1H7XA 1I2PA 4BF9A 4DEFA 4W9TA 1OX5A 4FF7A 5CZJA 2WOQA 3AO0A 4LS2A 2CLHA 2C0AA 4TMCA 5SWUA 4AHPA 1AL7A 3OEXA 2NXHA 1PCKA 3I68A 3O05A 2CLIA 1R30A 4IMGA 1IIGA 5IM51 3W71A 2JGYA 3HG4A 4O0ZA 4FNPA 4UNLA 3BG9A 4QJ1A 3MYOA 3LXBA 1FDZA 3W1RA 3HIJA 3B0VC 5FEZA 3TMLA 1J2WA 4DF1A 4CCEA 1F5ZA 2CLEA 2P0OA 3LX9A 4WZHA 1W8SA 1VZWA 3BPWA 4DPPA 1DVJA 1EIXA 1XBZA 3MBFA 4RCXA 4JIQA 5F4WA 1UUMA 3W2UA 3W85A 2FPVA 1GG1A 3NL6A 4WY0B 1K7XA 1ZNNA 4DO5A 5LHFA 3W7PA 4K39A 1JCLA 2E6AA 5AYZA 5CZTA 6ALDA 4O10A 1F73A 1RZMA 3TJLA 5BMWA 1PL9A 4UXDA 3UWUA 5FF2A 3W22A 1K3UA 1MEWA 3UZJA 4OGZA 2ISVA 1EUAA 2J27A 3LHTA 3HB9A 4JTUA 1YDNA 1XDLA 1FWNA 3PAJA 3S1UA 1GYLA 3DBPA 1H50A 1GZGA 1OFQA 1OX6A 2FIQA 4NVTA 1OFAA 1KM1A 2FB3A 2Y70A 3BW3A 2CLMA 2NX9A 3T44A 1WOAA 2C13A 2YZRA 3O16A 3BVJA 2Z2UA 4MZ1A 4U4MA 4XBSA 3LDVA 1K03A 2FJKA 5D2VA 1SUXA 5CKSA 1TPEA 3F4NA 3KFTA 3W75A 2ZA3A 5HWJA 4NJJA 3C52A 2ZZ6A 3G1DA 4PH6A 3TXVA 1LBLA 4K37A 4K8HA 3NZRA 2OX1A 1KM0A 3KVLA 1KTNA 3F1QA 3TUUA 3SY5A 3Q2DA 3I7SA 3A9IA 3LTPA 1ME8A 1SQ7A 4GXMA 1WAUA 3EXTA 4O1BA 1I2QA 2ZRZA 1ZAJA 4E2BA 3TNOA 4I7VA 4KFPA 5DBTA 2GJNA 1QO5A 3MYPA 1LLWA 4MKNA 1ME7A 2QCEA 2NV2A 3HG2A 3ABSA 4I9AA 4ADUA 2Z6JA 4MY1A 3IRDA 3BLEA 1H51A 1EWDA 3BV4A 1LCOA 3TW6A 1WBHA 3PBVA 3HG3A 1F74A 1ICSA 2A0NA 3BO9A 3C61A 5L9FA 1XC4A 2J9YA 4A29A 4H6KA 4LTSA 4JY9A 5CPMA 1KM5A 1G7UA 5EY5A 5AHEA 2DZWA 2CZEA 3W76A 4Z1BA 4GUIA 1XUZA 1TQJA 4KKXA 1H7RA 3HPXA 5G2WA 3DHFA 3S5ZA 3GK0A 3IIVA 2V30A 3PUDA 1ZALA 4X2RA 1Q6OA 3L68A 2CFFA 3VE9A 4CNOA 3W7MA 3LM7A 1VJIA 1I2OA 3O6CA 2A1YA 3LCGA 2BTMA 4UFKA 3B8DA 2E5DA 1TJPA 3SW6A 1LOQA 2I9EA 3P67A 2C19A 5D2YA 4N9CA 1AK5A 4GUJA 3T40A 1VCVA 3QW4B 5G1TA 2EPHA 1HTIA 2PRHA 1QCWA 2AAMA 4MZYA 2ZRVA 4MY8A 3QFEA 4N9EA 2CLKA 3S42A 3MWAA 5D33A 1EEPA 3PC0A 4NT0A 4AF0A 2BZNA 4JDYA 4ONVA 1PCWA 2JKEA 3HO8A 3DKLA 5K4XA 4N02A 2ZDRA 1RV8A 3IGXA 4M7SA 4L4MA 2C3ZA 4NU7A 5D05A 2E09A 1OFEA 1ZAIA 1QWGA 3L2IA 3S1VA 1OVDA 4JYEA 2NWRA 2Y61A 3ANYA 3CM4A 3ABRA 3NQ2A 3R12A 1OG0A 1JUBA 1TMHA 3N3MA 2VC6A 1G4PA 1OX4A 5K9XA 2CU0A 2Y62A 1U5JA 1L6WA 4NNAA 2QAFA 4IMDA 3ZWTA 4GUFA 4IMCA 3C2VA 2DZXA 3T4CA 1V7YA 1SR9A 3INPA 1LP6A 3LHYA 4QNWA 3LCIA 3NQDA 1E51A 3GXTA 3LXAA 3DFQA 2R8WA 1F76A 2B0MA 2P1FA 3W7NA 3WJWA 4BFAA 3RNDA 4O1AA 4BI5A 4O17A 3HQ1A 3O8AA 1WQ5A 4JIPA 1QOQA 5LZLA 2OT1A 3G22A 4TO8A 3NL3A 2QJHA 2UV8G 2EAWA 2YSWA 2WPBA 1ZCOA 3GB6A 4UIOA 5KZMA 2KZHA 2QCLA 3DHDA 2WKJA 3FKKA 4FXRA 4WY0A 2E1DA 3M43A 2YXGA 2TPSA 2QCGA 3VCRA 2YW3A 4MOZA 4Q32A 3SGUA 1IXQA 3GZ3A 4GUGA 4XZ9A 4BK9A 4ZQCA 4R33A 3PB0A 4NZJA 3H53A 1BWLA 1KFEA 1LOSA 4PTNA 3TSDA 1ZAHA 1MXSA 3LI0A 4K6AA 4BR1A 3VKJA 5AC7A 5CPLA 4E38A 3F03K 4ZQNA 3L21A 2RHGA 3ZS4A 4FNSA 1OABA 4QAIA 4DELA 2H6RA 4N6FA 3W2JA 2CLOA 5K9CA 1H63A 4LOCA 4CCCA 2ZRWA 4O28A 3GDKA 3UWVA 2ZZ2A 4R34A 4LVBA 3T55A 4JN6A 3NO5A 2ATMA 3G8RA 1O4UA 4HNTA 3L67A 1LRQA 1KFLA 4AWTA 1C9DA 5IBXA 2ZQ0A 3QMTA 4JX6A 4ZVJA 5DLCA 4DQWA 3EWYA 1EWEA 1T0OA 1KM3A 1XBVA 4O52A 3WK0A 1P0KA 1WBJA 4UCGA 3TFCA 4UFMA 3IIXA 3NM3A 3R13A 1LRTA 3GKAA 3TKFA 4MY9A 2V5BA 2R91A 1DV7A 4NUWA 4HSNA 2YFNA 4LC6A 3MI6A 4XQ6A 4YCPA 4IQLA 1WV2A 4CQ8A 2A7PA 3FYOA 3W86A 4WJEA 4ZZ9A 3ELFA 4O13A 1X7FA 3OBKA 3LCFA 5AN7A 4Z1AA 1G4SA 3LERA 2B7QA 5I3IA 4LVGA 1LLZA 1B4EA 4UTKA 3FFSA 3W87A 3NYZA 4H3DA 4C1KA 5CPNA 3CHVA 4TMBA 4HN4A 1F6KA 4WQ6A 3R2GA 1SO5A 1KFKA 3A23A 2A5HA 3T78A 3KVMA 1KLZA 3LRMA 1UASA 2QUVA 1G4TA 3N73A 1OHLA 1VHCA 1BTMA 2WO5A 4HIBA 4AEOA 3M16A 4KFOA 2YR1A 3IVTA 1EP1A 1H7PA 2A6LA 2V81A 3VI2A 3BW4A 4M19A 2OMAA 5KITA 1Z48A 2A2IA 1KA9F 3NGJA 2ZRXA 3S1WA 1PHQA 2EF9A 3TDFA 3W1XA 1FCUA 3O07A 5HWNA 5D2TA 1O5KA 1XKYA 3DFTA 4BWLC 2ISWA 2GQAA 2Y7GA 3G24A 1G4EA 4AMAA 1GVRA 5H2ZA 1O5XA 3LGEA 4QQ3A 1FDJA 4PL1A 3W7RA 1JJKA 1Q6QA 5LNSA 4OQVA 2X16A 1KW1A 4WOQA 4XBKA 2EKCA 4UTMA 4NNBA 2R14A 3SFKA 5DXYA 3HF3A 3BK0A 3TV8A 3FYPA 3KRZA 3M41A 4Y8FA 3SECA 3L0GA 1LBFA 2V2DA 2X1UA 3KOFA 3TQVA 1OF8A 1YTKA 1S5WA 3P5ZA 2WNZA 1SFLA 1W37A 1LM1A 2QCDB 4JTKA 4C1LA 1B57A 2QCNA 3NR0A 3A5VA 1FBAA 2PRMA 3N14A 4WD0A 1OF6A 4JTLA 5G5IA 3QSTA 4O19A 3EWBX 3GR7A 3UWZA 4FX8A 5HUOA 1KBJA 3TH6A 3DAQA 5LSMA 4RK8A 3G1SA 2C1HA 2GOUA 1QPOA 2H3BA 5FF3A 3P81A 4J9JA 4DBDA 1TCDA 4K7VA 4UMAA 3M0ZA 4LWWA 5FESA 3G1HA 4GWEA 3Q37A 1G69A 3TC7A 1UJPA 1KV5A 1VR6A 2YGYA 4ML9A 5I3GA 1H61A 3Q58A 4LRTA 3W2LA 2E6YA 4JTIA 4GNJA 3PULA 1UB3A 1TTJA 1GOXA 3SSJA 2QUUA 3SGZA 4ZQMA 3E02A 1K8ZA 3S5NA 1KBIA 1CX9A 3GYEA 1BEUA 1YPFA 1JUKA 3NQEA 5G1YA 4Y6GA 2GVGA 2PC4A 2V2CA 4R7JA 4U28A 5TQLA 4CNNA 4M5PA 5D32A 4AH7A 3IGSA 1RQEA 1SPQA 1SW7A 3SI9A 2F84A 1KM2A 2BLEA 5AHNA 1Q6RA 3KVJA 1TPC1 4O4WA 2GQ9A 3E0IA 2JK2A 4AXKA 3UWWA 3HPSA 2NXGA 2Z6IA 3QQ0A 1VYPX 4P61A 1EP3A 2A7RA 3QJAA 2ALDA 3L66A 3M5VA 4NNCA 3C2FA 1VS1A 4AAJA 1AW2A 4NX5A 4D2JA 1TYGA 1YPIA 3CEUA 1T99A 3LLDA 1LORA 2DJXA 1JUEA 3OA3A 3B04A 2QCFA 1G7VA 4S2CA 3ATYA 4HPXA 3CPRA 2AGKA 1CW2A 3L5AA 1OFOA 1SSDA 1DBTA 2WSRA 4OT7A 3WJZA 2YYTA 3B0PA 4RV8A 3STGA 3NG3A 1JCXA 2QKFA 3W2MA 3W9ZA 3GR8A 5E0KA 4MJMA 2O7QA 2WNNA 1EA0A 2IQTA 3JS3A 1QR7A 3DZ1A 2DZTA 1EUNA 4QNEA 4CNPA 4FIRA 2XN0A 5BMXA 1O94A 2OT0A 5LKYA 5K2ZA 1K7EA 1XDMA 4X3ZA 4IWWA 1ALDA 1TV5A 3LRLA 4S1FA 2PURA 3UWYA 4O12A 5EL1A 1HUVA 1WOBA 2ABBA 5G2IA 2VEKA 3M5YA 3A5FA 1O95A 1FUYA 2J6XA 4ZQRA 5AOUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KRU A;  4L4P A;  4XZN X;  5FCZ A;  1X7I A;  4NF7 A;  2GDU A;  1ISZ A;  2YCJ A;  3LPF A;  4A3Y A;  1HXJ A;  3TW7 A;  4GVF A;  2XIQ A;  2TYS A;  2D20 A;  2ZE3 A;  1OB0 A;  4NXK A;  3V0S A;  1HO1 A;  4QLJ A;  4AD2 A;  3W84 A;  4EKJ A;  4TOQ A;  4JD4 A;  4AWS A;  3B0U X;  3C8N A;  4HZM A;  2W6R A;  3B8U A;  4LT9 A;  1KRB C;  2ZZ3 A;  1LRN A;  2VMF A;  4GZE A;  3W6L A;  1BWV A;  4Z2G A;  4DIA A;  3M1Z A;  4C91 A;  3KAO A;  4QRO A;  5AVH A;  4ROP A;  4Z2J A;  4ZB2 A;  1KCL A;  1BLI A;  1ZFJ A;  1OT2 A;  3M0H A;  5E5C A;  5D03 A;  3E1F 1;  3BUV A;  4PCF A;  1QI4 A;  5DEZ A;  3TTE A;  3UND A;  1VP5 A;  1H5Y A;  1GQJ A;  1PWM A;  1UKT A;  1AOD A;  1OQF A;  3W7J A;  1S5T A;  1VJZ A;  3L7R A;  4JEQ A;  2GK1 A;  4JCL A;  4LB4 A;  3MMU A;  9XIA A;  4HA3 A;  1M7O A;  3P2V A;  1NM9 A;  1Z9A A;  5A8G A;  1LDC A;  3WLN A;  3CL6 A;  2RDT A;  3L9C A;  1W1P A;  3AU6 A;  4H7C A;  1N8W A;  4IOT A;  2B7P A;  3LU2 A;  2DIJ A;  2PAJ A;  2BGQ A;  3WN6 A;  1H60 A;  2V8Z A;  4C6O A;  3BIC A;  4RXG A;  1HW6 A;  1BSI A; 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