2J27 | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEAVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Functional Role of the Conserved Active Site Proline of Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE GLYCOSOMAL
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	95
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2006-08-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2j27A00

1YDOA 3NYZA 3P74A 3HG4A 3CPRA 1LORA 2OJPA 2BSLA 4RZ4A 4WY0B 3O15A 1VS1A 3IGXA 4JTIA 2PCQA 2J9ZA 2F7FA 1KTNA 3A21A 4O13A 1JCYA 1X8FA 3M0ZA 3R2GA 4O54A 1TPWA 3TA6A 2GPTA 3MHFA 3ATZA 3M5XA 1M7PA 4UUIA 4JXCA 4IMCA 2E77A 2NWRA 2NV1A 4WJEA 3UWVA 1W37A 3AO0A 5F4WA 5AC7A 1RV8A 1G4SA 2A7NA 2GUUA 2Q8LA 1W3TA 1WX0A 2ZZ4A 2Z6IA 2WV8A 1XBXA 3UY8A 3VE7A 2Y7FA 2QEZA 2BTMA 1EP3A 2DZVA 4NJJA 4UR8A 3TMQA 4UNKA 3KRUA 3O6DA 6ALDA 3FKRA 3LHWA 1TREA 3PG9A 3TAKA 3TSMA 1KM2A 4JTUA 2PRMA 5KSWA 1I4NA 3CIXA 5L6UA 5K9CA 1FCVA 4K36A 4NXSA 4X3ZA 2NX3A 3NVTA 3FS2A 2VC6A 3LHVA 5AFDA 1XCFA 3KXQA 1EWDA 3HF3A 4JDBA 3GNNA 1KM6A 3PSVA 2VEPA 1ONRA 1W5QA 5A5WA 3LXBA 1YPFA 3P8IA 1PVNA 3ZS4A 4UFLA 1GYNA 2X1SA 1ADOA 4A2RA 4NX0A 5DCBA 5F1VA 1SZEA 3KVJA 2PE4A 3FA5A 2VKZG 3NZRA 2O7QA 4HNTA 2BLEA 1YDNA 5BMXA 3FKKA 3BV4A 1NEYA 4JX5A 3FFSA 4UTWA 3G1FA 4H6KA 3TROA 4A2SA 1KLZA 5C5YA 3BGGA 3G1DA 3NQ6A 1VH7A 1QPNA 1XBYA 5LSMA 3DKLA 4FNSA 4O50A 4UCGA 4AWTA 1TQXA 2ZQ0A 5DELA 3WFAA 1OFDA 3NQ2A 3N9SA 2DZUA 1LTDA 1LLWA 1X1OA 1YXYA 4AWUA 1YXDA 1Z44A 5K3VA 3T40A 1JCMP 2YX0A 1LBMA 2V82A 3U8GA 2CLHA 2A1YA 3B06A 4ZL1A 2CWNA 3QZEA 1HFBA 3MHGA 5EMUA 3C52A 4AXKA 5FF2A 4O52A 4O1CA 3PR2A 3HOJA 3B0VC 4N4QA 5FESA 4O53A 3LM7A 4UNLA 2ZRUA 5K2ZA 2G97A 4ONVA 3PSWA 3NPVA 4RX0A 3QSRA 1K7FA 2NUXA 2CZDA 3A23A 4M6QA 4LW7A 3E96A 5FF3A 1G4PA 3G3DA 1AW1A 3TW6A 3BLEA 4IGHA 3W2UA 2V5BA 4NU7A 1EP1A 4DO5A 3S1WA 2WNZA 1LM1A 3HB9A 1DJQA 4FX8A 3VCRA 5AC6A 4ZQCA 2W0UA 4O16A 3QMRA 5HINA 3DI1A 4QSHA 4MZ1A 1K02A 1DBTA 3ZFHA 3I68A 4FIRA 3M5ZA 1R2TA 3MUXA 1JUEA 4O17A 1JQXA 1AG1O 4N6EA 1WAUA 3LV5A 1KM3A 4Y90A 1H7OA 1W0MA 4GUJA 4DPPA 4UTMA 3WJSA 2RDUA 2ZZ1A 2ZZ5A 1ICQA 5D32A 4DF2A 4CNNA 2LLEA 4JTKA 1W56A 2VFHA 3G1XA 3P5YA 4JGDA 3G8EA 1ALDA 4JTHA 3EWZA 4PFMA 1I45A 3LHTA 3L5LA 3QSTA 1MEIA 3NPWA 1OHLA 3MWAA 1H60A 1H50A 5G2WA 3EXSA 1SW3A 4WY0A 1VYRA 3EX3A 1LRNA 5TIMA 3HPXA 3HGOA 1VYSX 2C3ZA 3I6RA 2NZLA 4HN4A 2NUWA 3W23A 2CLLA 4M7TA 4EWND 3T7VA 1ZALA 3OIXA 4O14A 4BWLA 1GVOA 3OBKA 1MO0A 4RR4A 2HS8A 4TIMA 1LP6A 5D2XA 4PA8A 4MLJA 1TTJA 1K7EA 1GVQA 3G1AA 3NGJA 4AH7A 4MY1A 5KTLA 3BARA 1XUUA 5KITA 3N2MA 5E93A 3W87A 4LVDA 4DEFA 2J88A 4WUIA 3E12A 4QITA 4QAIA 1OVDA 3PS7A 1ZNNA 3CWNA 4MKNA 2FIQA 1HL2A 3NPXA 3M44A 3L21A 4UTTC 3UWYA 2RKXA 3PVFA 4HPXA 3LCFA 3W86A 4QJ1A 3P84A 5G2IA 2HMCA 4YLWA 3L66A 3S1UA 4PCFA 1W1ZA 1VCFA 4Z0JA 3UZJA 3M47A 1VZWA 4RZ5A 4XKYB 3W88A 2UV8G 2ZRVA 1JJKA 3W9ZA 3O05A 3DFNA 1WOAA 1M7OA 1ZY9A 1ZCOA 1GYLA 1KFKA 4DELA 3W7HA 3TKFA 5KMYA 4JX4A 5LNUA 2WSQA 4KWVA 1E51A 3FEMA 4HNVA 1HG3A 3O8AA 5HUOA 5EPDA 4AHOA 4IJBA 3KOFA 5KZMA 3L67A 4XTDA 3B03A 1FXPA 4MPQA 4ZVJA 2CZ5A 4BI6A 1S5WA 4RV8A 4PH6A 2ZDRA 1F76A 2W79A 1PCWA 2C6QA 1W5OA 2QJGA 1ZHAA 1I2PA 1VRDA 3M7WA 2HSAA 3GDMA 2NLIA 3LRMA 3DAQA 4OT7A 5HMSA 4E2DA 3V1PA 2VFIA 4B5NA 2DZPA 4RCXA 3UWZA 3HGRA 3W7CA 4GUGA 2C18A 3O07A 4IOTA 3LTYA 4AF0A 1I2RA 2EF9A 1UUMA 1DJNA 3A9IA 2CLFA 5G1TA 1FUYA 1ZENA 3DZ1A 3TXVA 5D37A 5CZSA 3W7DA 4WOZA 3L5MA 1DV7A 1OK6A 2RFGA 2Z1BA 4K37A 2QR6A 2ISSA 5EL1A 2V0TA 3W1UA 4AVFA 3DKJA 4JYDA 1EUNA 3C61A 3ABSA 5CPMA 3G18A 1ICPA 2XN0A 3MMTA 5DCEA 3TDFA 2EHHA 4BI7A 1ME7A 3W7NA 2YGYA 3C2VA 4UTTA 1KV5A 4LVBA 4HNNA 3NOEA 1WXJA 4CQ8A 5HR7A 3W75A 1OX6A 2XN2A 3KRSA 2P0OA 4OBTA 3DHDA 4JX6A 5HNRA 1UUOA 4R7JA 1RQEA 3BW4A 3EKZA 1PHQA 3M43A 5CPNA 1TRIA 1XKYA 4LVAA 1FCUA 2Z6JA 4MLRA 1KV8A 1YADA 2F84A 1I2QA 1ZAIA 1EP2A 4O19A 3CU2A 2I14A 3STEA 2NX1A 2PC4A 5MHBA 1SR9A 1JRCA 4GNJA 5I3KA 2YCEA 5CPOA 1QPQA 4JY9A 3G24A 1K03A 3PM6A 3G1SA 1OFEA 4N02A 4NJHA 4NZJA 5DY2A 2YZRA 5K9XA 3B8DA 2X2GA 1N8FA 3CQ0A 3HIJA 5F2LA 2ZZ3A 5CPLA 1FDZA 1L9WA 4Q4KA 3LHUA 1QO2A 3N19B 3YPIA 3C3NA 1KFLA 2YYUA 2G5WA 3PB2A 3MP4A 1TO3A 4FF7A 2J9XA 3E0IA 4DBEA 4GUIA 4FNPA 3W1XA 5I3FA 3HG2A 4O1DA 4JIQA 3ZWTA 1N55A 3CWOX 5F2MA 4MFDA 3TQVA 3WJXA 1TTQA 3THQA 4UFMA 3B05A 1DL3A 3RNDA 1FWSA 1GG0A 1UJPA 4JN6A 3LCWA 5IBXA 3CIWA 2J9YA 2YFOA 1WOBA 3G0UA 4M5PA 5DXYA 1B9BA 3MI6A 4XWUA 1P0NA 3M5VA 1QAPA 2PRLA 4LUJA 1OFRA 4Q33A 5FF4A 2DU2A 3P61A 4WQ6A 2B7NA 3PUEA 4MVAA 4H4IA 3P5ZA 1VCVA 3UXAA 3QPZA 1ME8A 1WYIA 4JICA 3N9RA 1EPXA 1SZNA 1KW1A 1U83A 3QEZA 4BF9A 1VGAA 4EVZA 1QOPA 2V9DA 3MBDA 5I3HA 4UR7A 3U2OA 3LX9A 2CW6A 4NX5A 4X22A 4LS2A 3QQ0A 5AYYA 4XKYA 4AAJA 1G7VA 1TJRA 3EXTA 3W7EA 4WY0F 2OT1A 5AHEA 3NZ1A 1XFBA 1H62A 2QUUA 4TMCA 3W2NA 3H53A 1FY6A 2QCGA 4C1LA 1OF6A 2DJXA 2B7OA 4QQ3A 3STCA 4LS0A 3MJYA 3HQ1A 1FQ0A 1P5BA 2Y7DA 3QF0A 3W7JA 1DOSA 5D02A 1OG0A 3UD6A 1OABA 3L2IA 4FNTA 3LBCA 3W7GA 1GG1A 4IX2A 4FNUA 2ABAA 4BR1A 3STFA 4R34A 3LLFA 2JKEA 3OG3A 4ZQOA 1XDLA 4UXDA 3IV3A 4XZ9A 3BLIA 1FWTA 2WSYA 1TPFA 4R33A 3SGZA 3C56A 4UTKA 4LV4A 3C6CA 3R8RA 3PBVA 4O15A 1O94A 2ZRYA 1VJIA 3DU0A 4GUFA 3PBYA 4CNOA 3M41A 2Y63A 4S2CA 3W7PA 3BLFA 4Y6GA 1LCOA 4JYEA 1KBJA 1X6UA 4IMGA 1PIIA 4TX9A 1YTEA 1Q6RA 2ZA1A 3S8HA 4HSOA 1ZJIA 3QQ1A 1FDYA 1TPC1 1W5MA 1SSGA 4X2RA 2V8ZA 2R91A 1ZFJA 1HO4A 4QIUA 2JGYA 3W1TA 3ELFA 3W2MA 2QUVA 4A3UA 1P1XA 2NXGA 3RLVA 3G3MA 1PHWA 3B04A 3IEBA 4WOQA 4UTJA 3W76A 1W31A 3GAYA 5LNRA 5FI8A 1JUBA 4IXHA 4MIMA 2E09A 3T78A 2E6AA 5L9FA 2E5CA 3NM1A 2FFCA 5AYXA 1B4EA 4PODA 1TJPA 1QPRA 5LGXA 1G7UA 4MY8A 1H7NA 3WK0A 4BI5A 4YWIA 3O16A 1KTCA 3G1YA 4DF0A 3HO8A 2CZEA 3GDTA 1IF2A 2QCCA 3CB8A 3S0CA 3LTSA 4LC6A 3A5FA 2EPHA 4DXVA 4M6PA 4UTLA 3NQ8A 4YL2A 1C8VA 5AHIA 1MEWA 4UMAA 2CLKA 1YTKA 2GJNA 3TCEA 3NXFA 3EWWA 5LHEA 4GJ1A 4IUOA 4YXGA 2OCZA 5I3JA 3HGSA 4AWSA 4AF0B 2DORA 5K7JA 4RKAA 1A5SA 4NNCA 1S5TA 2H6RA 1LYXA 4FXRA 3RU6A 1OFOA 1F6PA 1OYCA 1SPQA 5CZJA 3W70A 3P82A 3EXRA 2GVGA 3W7OA 1LOQA 4TR9A 1QWGA 1XC4A 1M5WA 1B57A 2X1RA 1J2WA 3QW4B 3DFSA 4MJMA 2EAWA 2V30A 4UTUA 4QNWA 7TIMA 1KFBA 4CCEA 2GVLA 1T96A 4MYAA 1KM4A 1KLYA 3Q94A 2ZBTA 2B4GA 4O18A 2ZRWA 3LBMA 5LNSA 3NQMA 3HPSA 3CEPA 3I7RA 4OHQA 2IQTA 3RMJA 4DO4A 2YW4A 2BX7A 1MZHA 4O11A 2X1UA 3W1PA 2A4AA 2R14A 4FB7A 4NNBA 1AW5A 3TQ0A 3KVMA 1GJPA 3GKAA 1DKWA 4OWGA 4LVGA 2FPVA 4YCOA 4UFHA 5AHMA 1JCXA 1TRDA 3K30A 4Y8FA 5BMWA 3CTLA 5BNKA 1YYAA 1NAL1 2I1OA 1AL7A 4XBSA 1Q6QA 2G95A 3L0NA 3PG8A 3IGUA 5EBUA 4Z0SA 3NQVA 2E6YA 2ZZ7A 1YPIA 3E49A 5T26A 1H61A 5D30A 1FWRA 1QDSA 3TH6A 3DENA 1ME9A 3NO5A 3JRKA 3W7QA 4DPQA 3LCIA 3FYPA 2ATMA 4UTIA 2OZ0A 3N73A 2BZNA 3ATYA 3UYCA 3WJZA 1G69A 3OVQA 1SZGA 3PC0A 2JK2A 4XUGA 1GVRA 1SO5A 1YXCA 2V2CA 5FF7A 3HMJG 5D09A 3M5YA 2GQAA 1VLWA 4HSNA 1VC4A 2PURA 4JDYA 3P60A 3UWWA 1YDVA 4P61A 2C19A 3LCGA 3KVKA 3TNOA 3W84A 2GQ9A 1QOQA 1JCJA 4CNPA 3MI3A 3Q58A 1PE1A 5J5DA 4E0CA 3W7IA 1IXPA 1L6WA 3W73A 2OX1A 1F5ZA 1R2RA 3LXAA 4FEZA 5K4ZA 2JKAA 1QMLA 4CLMA 5DLCA 2ZYFA 4FXSA 5SWUA 3BVJA 1RR2A 3OA3A 3UWUA 3B4UA 1SO4A 2VEKA 3W7RA 1RQBA 5D2YA 1H63A 1HUVA 2H90A 5G4EA 3T55A 3SJ3A 4MOZA 3MI2A 5G1YA 1IIGA 3NQFA 2OMAA 4FO4A 1FBAA 3S5NA 2GOUA 1I2NA 3HBLA 3SZ8A 3I7QA 4IPJA 3GDLA 3L9CA 5LNVA 2AAMA 1DHPA 1UBSA 4K7VA 4GBUA 4UFJA 1GZGA 3LCLA 1OX5A 5G4WA 5EA9A 3C2RA 3S1XA 3QPYA 1GEQA 1W3IA 2Q3OA 3OHIA 3PUDA 1LDCA 5CGQA 3W2LA 1R2SA 3GDRA 3LRKA 2ZZ6A 3W1RA 1PS9A 4I9AA 3DH7A 1B4KA 1GQNA 3LERA 4ZQMA 5G2HA 3NNTA 3IIZA 3NAVA 4GE8A 4U28A 3G22A 2ZCGA 2ZTKA 2XFWA 1QO5A 3KFTA 3C2EA 4HPJA 4UIOA 4XBKA 3TK7A 5D38A 1SUXA 3NR0A 2DP3A 3LHZA 4QISA 5FF0A 4IMEA 2G96A 2Y70A 5I3IA 2A7PA 1D3HA 3W3OA 1XM3A 4R53A 1W3NA 1XBVA 3P62A 2A21A 4I7VA 1A5AA 1SW7A 3TC7A 2QF7A 1O5XA 2X1TA 4WXZA 1NF0A 3KVLA 2C16A 2RDTA 4PC8A 3UNDA 3LHYA 4AMAA 1JR1A 4RXFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2J27A

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