2J74 | Genus

Total Genus 147

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	147
sequence length	386
structure length	386
Chain Sequence	GLYVEKVSGLRKDFIKGVDVSSIIALEESGVAFYNESGKKQDIFKTLKEAGVNYVRVRIWNDPYDANGNGYGGGNNDLEKAIQIGKRATANGMKLLADFHYSDFWADPAKQKAPKAWANLNFEDKKTALYQYTKQSLKAMKAAGIDIGMVQVGNETNGGLAGETDWAKMSQLFNAGSQAVRETDSNILVALHFTNPETSGRYAWIAETLHRHHVDYDVFASSYYPFWHGTLKNLTSVLTSVADTYGKKVMVAETSYTYTAEDGDGHGNTAPKNGQTLNNPVTVQGQANAVRDVIQAVSDVGEAGIGVFYWEPAWIPVGPAHRLEKNKALWETYGSGWATSYAAEYDPEDAGKWFGGSAVDNQALFDFKGRPLPSLHVFQYVDTGTP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1183184311153664__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1183184311153664__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2J74/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1183184311153664__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1183184311153664","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2J74/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1183184311153664__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd3e1cb12dd41bc272468b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd3e1cb12dd41bc272468b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd3e1cb12dd41bc272468b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd3e1cb12dd41bc272468b/pdb.gz): 531 ms

reading 386 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

386 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:385});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus licheniformis
publication title	Investigating the Binding of Beta-1,4-Galactan to Bacillus Licheniformis Beta-1,4-Galactanase by Crystallography and Computational Modeling. pubmed doi rcsb
molecule keywords	YVFO
total genus	147
structure length	386
sequence length	386
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date	2006-10-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07745	Glyco_hydro_53	Glycosyl hydrolase family 53

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2j74A00

2ZUWA 1FHDA 1H41A 5GNZA 4CD5A 4PTXA 2WNWA 1E3XA 2QPUA 5E0CA 1WCGA 5I78A 3NYDA 4IISA 4MNJA 3BSGA 3W37A 1BQCA 2VZVA 4BQ5A 1TVPA 3WNKA 2JFEX 2VZSA 1XYFA 3A4XA 1EH9A 4LYRA 5A2AA 4HOXA 1QI2A 4AZCB 2D24A 1QI3A 5CSYA 3PTKA 4MPKA 4B3KA 2BVDA 2A3EA 3VDBA 3VGGA 1US2A 4QLJA 4MNMA 3UESA 7A3HA 1J12A 4CD6A 1XSKA 5DMYA 1V6UA 3WDJA 3L4VA 4Z2GA 1L0PA 3VU2A 4HU8A 1CXLA 2VCBA 1I1XA 1IZJA 2VC9A 1GORA 1RPKA 3VIFA 5E0FA 5A6BD 1GOKA 4ZFMA 2X05A 1O6IA 3POCA 1IZKA 3IJ7A 1CIUA 4HP5A 2FGZA 1UZ1A 1V6YA 5FCZA 1TFVA 3WNLA 2BVYA 2VL4A 2W4XA 3QOMA 3LPPA 4URIA 2QV4A 1WDSA 1E56A 4WF7A 4HTYA 5BXTA 2D0FA 3THCA 3RIKA 5JIPA 1ZS2A 2J7FA 2Y2WA 4OUEA 1FH9A 5CQ1A 3I3DA 1PZ2A 3AMLA 4TVDA 3TTSA 1KXVA 2EPOA 1VBRA 1VAHA 1C92A 4DWSA 1HXJA 4UNIA 4AD0A 2ZWZA 1HKJA 4AY1A 4A3YA 1KWGA 4W84A 1HX0A 3ARWA 4E4PA 4AZGA 5A1AA 1EOMA 2DSZA 2PC8A 1V0MA 1LL7A 2Y8KA 4E8DA 4PTMA 3EMQA 3VX1A 3T0AA 2WC3A 1WB0A 4F9JA 3OLGA 2CKSA 3WFZA 2VVSA 4XUYA 3VM5A 3RPMA 4PN2A 5I77A 2TAAA 2V5CA 3QR3A 2PWGA 1FHLA 4Y7EA 5JBFA 2CPUA 3CPUA 2J7GA 3NSNA 4H41A 3GYCA 1XD0A 1CGWA 1C3FA 3AHYA 3WN6A 4CN1A 3OZPA 2JF6A 3AHZA 3EYPA 3OG2A 3CMGA 2XWDA 4W8BA 2VUYA 3MUY1 1ITCA 1JAEA 3MMWA 3WQWA 2W63A 5IXEA 1UWQA 1HNYA 2FH6A 2O9OA 2G3IA 4PUDA 3ZSTA 4CGTA 3TTQA 3OA5A 3AIVA 3VNZA 1CLXA 4D6CA 1PIFA 1XV8A 3GNRA 2E0PA 1BYCA 1UD4A 4TVUA 1N82A 3L4WA 2OYLA 1CGVA 1CGXA 4YPJA 1Q6GA 1H49A 4MNKA 2GK1B 2E9LA 3AMKA 2CNCA 1S46A 1NH6A 1HJQA 1JZ3A 4HOWA 2W5FA 4H8HA 2ZE0A 2XHYA 1M03A 2A3BA 2QMKA 4M82A 5A6AA 2UY2A 2A3AA 3M7SA 2QMJA 3IAPA 2J4GA 8A3HA 3VGBA 1BGAA 1BAGA 1WPCA 3QOKA 8CGTA 3PZ9A 1BF2A 2NT1A 4WJXA 2E40A 1MFVA 4PMRA 4QCFA 3GTNA 3WUGA 1J0YA 2X0HA 3CMJA 2OWCA 2YJQA 4Z2JA 3O2LA 5A6LA 5A6JA 1CECA 2DH2A 2YLAA 1LF1A 3GNOA 1ZB5A 1GHSA 4UFJA 3VIHA 3PZNA 3CH9A 3WUEA 1E6NA 1VFUA 3UEQA 4DWSD 1UKPA 1GCYA 1GJWA 3VDAA 1E55A 2VX4A 2WVVB 3MMDA 3HN3A 4PMXA 2XVGA 4LPCA 2ZX7A 3KZSA 2XFRA 1UD2A 4JHOA 3WH5A 4B9ZA 4PUEA 4OBSA 1QHZA 1CXIA 1QPKA 4U2YA 3ZJ8A 5HNNA 2D3NA 1JYXA 4WLCA 2BY1A 2V3DA 5JBDA 2MANA 1V0KA 5FD0A 1W3HA 4U5KA 1NOFA 1B3VA 2WBKA 3GXFA 3SCTA 1J01A 4JKLA 3O6AA 4D6IA 3SUSA 1ODUA 3FHAA 4ATWA 1GOOA 3MMUA 4GXPA 3RJYA 1PBGA 2WAGA 4ATDA 2GJXA 3AHVA 1J10A 1H0IA 2VT0A 1OCQA 5BXRA 2O9RA 2GJPA 4PMVA 2CBJA 2J62A 5DEZA 1J0KA 2E3ZA 1C7SA 2VQUA 1U2YA 1W9PA 5M5DA 1G5AA 3RO8A 1J0ZA 4ZENA 5CPTA 1JDCA 2VO5A 5CSUA 4EE9A 1TA3B 2ZUUA 3GBDA 5KEZA 4AISA 1E6RA 5CGMA 1G0CA 3AMCA 1KQYA 1H5VA 4OOUA 1OIMA 4YHEA 2PWHA 1E4LA 4MB5A 4OKDA 4FMVA 4NRSA 1WZLA 1HF6A 3OZOA 2D3LA 1X1NA 3UERA 3LMYA 1CYGA 3W38A 3VGFA 3BAIA 3VINA 1UG6A 5A8PA 3BCDA 1W3LA 4ACZA 1B3XA 3K8LA 1K6AA 2OYKA 1M7XA 4CCDA 1JYWA 3WUBA 3AHXA 2BFGA 3KL5A 1UQYA 3MSGA 1Q6FA 3IANA 4PCTA 2XIIA 1UD6A 1PX4A 5DF0A 5E6YA 2DDXA 2QLYA 3WD0A 3ECQA 4D6GA 1YQ2A 3VD7A 3ZSSA 1Q6DA 4OZOA 4X0VA 4MB1A 4P7RA 2V38A 1AQHA 1E71M 1R87A 2DSWA 3FN9A 4CD7A 1EDQA 3CZEA 4QLKA 3U5YA 1MWOA 3VKKA 1CBGA 3DYPA 5LA1A 3F5LA 1ODZA 4E8CA 4W7WA 1KGXA 3T09A 4PMDA 4OOZA 4C7GA 3N15A 2VR4A 2ZUVA 1ZBKA 3RM4A 1JZ7A 4NZCA 3AXHA 4UQBA 1C8XA 1V3JA 1EQPA 3B9EA 1EO5A 2XYLA 3IJ8A 2VURA 3WQ8A 3U7BA 2EO7A 2UY4A 3WEZA 1E70M 1GQKA 2PI6A 4AC1X 6A3HA 1R7OA 1WZAA 1JNDA 1WZMA 3B8SA 1VRXA 4K68A 3MANA 1UH2A 2O9PA 2CEQA 4UFHA 2EEXA 3CHCA 1CEOA 1W9BM 5E9AA 4XZWA 3K4DA 2VCAA 2ZXQA 3BMWA 3AIQA 4MDOA 1OBAA 4CD4A 3WF4A 3ALFA 4A4AA 1JD7A 3WDPP 4HA1A 2YDQA 3VUPA 1B90A 4AD5A 5HDRA 1CXEA 2J75A 2J47A 1ISXA 3CZGA 3PZTA 3ZIZA 3EDKA 1I1WA 4ZE5A 3SCNA 2G4FA 2EQDA 1CDGA 1VEPA 5ABGA 4CD8A 1W1PA 2VMFA 4A3HA 2XM2A 1EGZA 1DWAM 4P8XA 1V3IA 3T2OA 4JFUA 4J3TA 3SCRA 4QLLA 2JE8A 1HVXA 1BG4A 1RP9A 3VGDA 3APGA 4IM4A 1JL8A 4AZCA 1CLVA 4MB4A 2IXUA 2Y8VA 3UG4A 3FXYA 5FKYA 4F8XA 1Q6EA 5A2BA 1K9FA 1AQ0A 3BH4A 4WSKA 1UQZA 4GQRA 4AWEA 2C0HA 3ARPA 4JCMA 4YN5A 2JEQA 1PIGA 1E40A 4BS0A 1KR0A 1GVIA 4HOZA 3WY1A 4JFVA 1ISYA 2WVTA 4CCEA 2VZUA 2V3FA 3CUJA 1MFUA 3MO4A 1PJ9A 1Y7VA 3DHPA 2W62A 2WLYA 4HPGA 4KMQA 2J8FA 3EDDA 2W61A 3GXIA 1TG7A 3NSXA 1UKTA 3QGVA 5LYRA 4E2OA 1HL8A 3ZR5A 3A3HA 3VO0A 3AIEA 4LQ1A 1DTUA 3IK2A 3QHNA 2RGMA 2OYMA 1M53A 4NI3A 1IV8A 1K9TA 1CENA 3VIJA 4JKKA 1QNRA 1GOWA 2DIJA 3MV01 4XB3A 2G3NA 5HBFA 1ITXA 5D9OA 1QNQA 3WBAA 2CHOA 1KGUA 2WC7A 3UCQA 1Q4NX 3ZT6A 2E4TA 4EKJA 3I3EA 1E5JA 2EBNA 3W6LA 3WDQA 2J25A 2YLLA 1JNEA 4IPLA 1F4AA 3TP4A 5A95A 3WEMA 3AFBA 9CGTA 3AYRA 1XSIA 5CLTA 4AEEA 2ZX9A 1VFFA 3ZJ7A 4AZIA 3ARUA 3AOFA 2O9TA 2ZUTA 3PHAA 4PMQA 3VNYA 1QBAA 3HU7A 3WH9A 1W3KA 3LPGA 2PBOA 1K9DA 3CHFA 3RCNA 3N9KA 3WDRA 2WC4A 2WMFA 2ZIDA 3VDHA 3A4AA 1GQJA 2D23A 2OSXA 5D9NA 1WP6A 2PB1A 2ZICA 1W9UA 5HXMA 3WMBA 1LG2A 2DIEA 1J18A 3GH5A 1JD9A 4UZSA 1UUQA 3K4AA 3HJEA 1BTCA 3WF1A 1D3CA 1W2PA 2C8NA 5D4YA 2J7EA 5DO8A 2EPKX 4D6HA 3AZRA 3T08A 1E6ZA 2CBIA 4FLSA 3ZQ9A 4MJ2A 3W82A 2XG9A 4AIOA 4P7OA 1V02A 3DECA 3L4TA 4W5UA 3SCVA 1ZU8A 1ZBCA 1L8NA 3AMGA 2GK1A 1E6QM 2CESA 2WCGA 1EDGA 3M6DA 3FAWA 4GI6A 5M17A 3OBAA 1XSJA 5EFDA 2WZEA 1W9VA 4W93A 2YKKA 1E0WA 3VD4A 3KE0A 2ZXAA 3WQ6A 2BY3A 4AD2A 1HP5A 2WBGA 3PN8A 1XH2A 5CG0A 6CGTA 4DUXA 2D20A 2OSWA 1UR8A 3BAXA 1ZBVA 3EMCA 1FOBA 3L4YA 1VENA 1LLOA 1SFSA 3M07A 2CETA 3AQUA 4P8VA 2J8GA 1MQRA 5GQBA 3W4RA 2FDMA 1BFNA 1UA3A 7TAAA 1GVYA 4H2CA 4GINA 3SEPA 1M04A 4NRRA 1UWSA 4HZ6A 1NWRA 3WIJA 4DUWA 4HMDA 5CZKA 3KEHA 2VRKA 4JKMA 3POHA 2ZUSA 1LJYA 1UR4A 3N17A 3SCUA 1CNVA 1HJSA 2WVVA 3DYMA 1V3HA 4KRUA 4AZ5A 1HT6A 3GH7A 5IHRA 3RILA 1W1VA 3ARYA 1XCXA 1UKSA 4GI9A 1TVNA 4JFTA 4LYPA 3WNOA 2PBGA 1V3MA 3WNMA 1AVAA 3VIPA 3PZMA 4D1JA 2GVYA 2XUCA 1V0LA 4NSBA 2VQTA 1PX8A 1DHKA 3AROA 3B9AA 5A69A 3WF3A 4AD4A 1V08A 2WMGA 2CBUA 3D3AA 3U5UA 2EPNA 4TVCA 5BWFA 1KBKA 2AAAA 4GQQA 4LYQA 4U3AA 4UOZA 1J11A 3ARZA 2CHNA 1GPFA 7CGTA 4PMOA 2E8ZA 3ALGA 3FNDA 1MQQA 4AZBA 2YDRA 3ARTA 1B9ZA 3NUKA 3VTRA 3WD3A 1PZ3A 2QHAA 1ISVA 1PPIA 3NDYA 2W91A 2VNCA 1ZJAA 4PRWA 4XZBA 3PTMA 3W6MA 3IJ9A 1BGGA 1G01A 1DWHM 1E9LA 3W0KA 5HOSA 2WHJA 3WF2A 1TA3A 1LG1A 2ZX5A 3W27A 5D8WA 5A8MA 1EO7A 4JAWA 2PWDA 5DT7A 2WW5A 1E73M 3AXIA 2WMIB 1QW9A 1BVNP 4GZIA 1KFWA 1UR2A 2OWXA 3M46A 1E4NA 3VD5A 2E9MA 1LWHA 1EIBA 4W5ZA 4H8UA 1B30A 5ABHA 2XGIA 3CHEA 4D6DA 1P6WA 1UOKA 2UY5A 1R8LA 3L4UA 4UFKA 3VD3A 1JZ6A 4JCLA 1QI0A 4D71A 4PYSA 4AD1A 3OIHA 2F61A 1BPLB 2DT1A 5CPQA 4GO8A 2HVMA 4WIWA 5BXSA 1F4HA 4BF7A 5I6SA 1V0NA 2BS9A 5ABFB 3VOCA 4UQ9A 1PEZA 4D6EA 1EA9C 2EPLX 3GDBA 1SMAA 2J7CA 4CN6A 1H4PA 1OGBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1EDT A;  2GDU A;  1MW3 A;  3MKK A;  1HJV A;  5I24 A;  5FL1 A;  2WSP A;  5TD4 A;  5FOO A;  4GI8 A;  4JIE A;  3F5K A;  2D0H A;  1NM9 A;  1JYN A;  2WSK A;  1HJW A;  1MVY A;  3CUF A;  3KWX A;  1B0I A;  4U2Z A;  5ECU A;  4CU7 A;  3GZA A;  5IFT A;  2WXD M;  3WNP A;  1CGT A;  2Y24 A;  3CBW A;  4Z2H A;  1WAW A;  4M56 A;  1TE1 A;  4JFS A;  1CTN A;  2Y5E A;  3T0D A;  3L4X A;  5D8Z A;  1LL4 A;  1KXQ A;  2DT0 A;  3DHU A;  3GH4 A;  2ZUM A;  1NQ6 A;  1GHR A;  1JGI A;  2G3M A;  2WHL A;  4D1I A;  2X0Y A;  3CO4 A;  2QF8 A;  4CVU A;  3K8K A;  1PX3 A;  1CGY A;  3GXD A;  2WK2 A;  1JZ2 A;  3WH7 A;  4R27 A;  1ZBW A;  5C71 A;  4DWS C;  3VIK A;  2D2O A;  2DH3 A;  1RD6 A;  4W87 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2J74A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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