2J77A

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with deoxynojirimycin
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
443
structure length
436
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 176
structure length 436
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j77A00
4AZ5A 4BQ3A 1GOIA 3K8LA 1UA7A 3N9KA 5E0FA 5FD0A 2BV9A 1GOKA 4FF5A 4TXEA 2WLZA 3M07A 3RIKA 3WQ6A 1MQRA 4LPCA 3HN3A 3QHNA 1F4HA 2BY0A 2ZX5A 3NCOA 1XC6A 1PX4A 3FAXA 4P7LA 1H49A 1OB0A 5JBEA 1ZBCA 3L2LA 2X05A 1HL9A 2CBIA 4PMVA 3F5KA 4GI6A 1OGSA 4XV0A 1KR1A 1LQ0A 3VIOA 1GJUA 3DYMA 2WB5A 3SCUA 1E72M 4F9JA 4UTFA 1WAWA 4E8CA 3W6MA 1ISXA 3BH4A 3MANA 1NP2A 3VX0A 4ZXLA 2GDUA 3AJ7A 1FFQA 4AIEA 3NSXA 1PEZA 2VMFA 4HOWA 2VTFA 1E0XA 1CWYA 1H09A 4D1IA 1K6AA 2J7GA 1KQYA 2WHMA 1B3VA 3BC9A 4CD8A 1OIFA 3AS2A 1PJ9A 3RO8A 5HBFA 2D2OA 3SUVA 3TONA 2DH2A 1U2YA 3W82A 3ARTA 3N04A 1B90A 1E9LA 3SUWA 1WPCA 1E6RA 2D3LA 4U5KA 5A3HA 2Y2WA 2VNCA 4BF7A 1WP6A 2ZX7A 5M03A 1FH7A 3DC0A 1J18A 4U31A 3NSMA 2EPLX 1JDCA 4BQ5A 1VJZA 2VURA 3BCDA 1TCMA 4JFSA 2A3BA 3AMCA 3VIMA 1M03A 2GJPA 1UD5A 2XIBA 4CN1A 1J10A 2GK1B 5BWFA 3VD3A 1QI4A 1GORA 2JEPA 4AWEA 2Y24A 3ARXA 2J77A 4AD5A 1E40A 3CHDA 1HJWA 3AHXA 4HOXA 3BSGA 3N12A 3EDDA 1E5NA 2WZIA 2CHNA 5JIPA 3B9AA 1PBGA 2WC3A 2W4XA 4URIA 3ZJKA 3IAPA 2WK2A 5FOOA 1ISZA 1EO7A 4CVWA 3L4ZA 1SMDA 2XSAA 2ZUVA 5HNNA 2G41A 4QLKA 4U33A 1QI5A 1CGWA 3WIJA 3WF0A 4L4OA 1MW1A 1JZ2A 1SMAA 1V3LA 4KWUA 4MJ4A 2V3GA 1WDRA 3ARSA 1UZ4A 3AMGA 4PN2A 1OCQA 3L4WA 1GZJA 2J7DA 2VX7A 1HNYA 3VDAA 3AQUA 5JIWA 1W9PA 4X9YA 1JXJA 5CLTA 1CGUA 4U2YA 4GXPA 3WSUA 1D2KA 5A6MA 4EKJA 1QI0A 3G6MA 3T2PA 4E8DA 1DWHM 3TOPA 1MW2A 3L4YA 4A4AA 3VIGA 3ARQA 1CECA 4JFWA 5A69A 4NRRA 2Z1KA 4QLJA 2YBTA 2PI6A 1JYNA 1YHTA 5A8MA 4W5UA 5BROA 3NDYA 4LYRA 4AZGA 4A3YA 4RE3A 1KB3A 1JAEA 4W88A 3WFZA 3UG5A 2WVUA 2OSWA 2CBVA 3WD4A 3VVGA 1GQJA 1ESWA 5EMYA 2OWCA 2Q8XA 3L4TA 2E9LA 3CZEA 4DUXA 4GQQA 1G0CA 1EH9A 5A6SA 3CHFA 5I78A 3N15A 2GFTA 4B3LA 2VI0A 4LYPA 2J7BA 3KEHA 3CH9A 3WQVA 3LPOA 3BXWA 4P7RA 3WMSA 2DT2A 4FK9A 3WNNA 1E4IA 2QV4A 5ECUA 3KZSA 1E0WA 1VENA 1JGIA 4WLCA 1V3MA 3AROA 2CEQA 3K4AA 1CIUA 3PZOA 4H8UA 1CLVA 5D9MA 3B9DA 2YOCA 4S3KA 5D4YA 1Z32X 1JFHA 1UOKA 3MO4A 2F8QA 3FW6A 5FIPA 2Z1SA 3KL3A 3TTQA 3WQ8A 1TFVA 2O9TA 2CBUA 4DWSB 4C7DA 3W27A 1FHDA 2XGIA 5CXPA 1Q6FA 1C8QA 3CZ8A 3MSGA 3ZSSA 1NARA 1KBBA 3CHEA 1B3YA 1KGWA 5ABFB 5IFTA 4J3XA 3W25A 1C91A 1UWTA 3AICA 3IJ9A 3ARWA 3HMCA 5C71A 3AOFA 2DT1A 1I1XA 4DUVA 1B31A 1C3FA 1KBKA 4AZCB 3BSHA 1UR9A 4QLLA 3SCRA 1I1WA 3WDPP 1MW0A 3GDBA 3JUGA 3GH7A 1CXLA 4CGTA 3SUTA 4OOZA 1UZ1A 3DECA 3MSDA 4OIFA 4GKLA 4GI9A 1AMYA 1WE5A 3HJEA 3ZO9A 4U3AA 1E43A 4OOUA 4KGLA 4Z2LA 5FL0A 4CD5A 3AXIA 3VIHA 1VEMA 3GNRA 1DWGM 5M3WA 1K9TA 3AXHA 3IJ8A 3WD1A 2WMJA 1J9YA 5HDRA 1B3XA 1EXPA 3OZOA 3EDFA 4TVUA 4HOZA 2VRJA 3BCFA 3KWXA 3AFBA 4MNJA 1VFMA 3THCA 4UFLA 1VB9A 3AS3A 3RM9A 1MFUA 3ZOAA 2WLYA 1HP4A 2W63A 4H41A 2J7FA 1E4NA 1CXEA 1UD6A 5CLWA 2XFFA 1JZ3A 1CDGA 1TUXA 1V6YA 3TA9A 2DSWA 1E70M 4QP0A 5BYWA 3WUGA 2V5DA 1V6UA 2XFRA 3WQ4A 4XUYA 2A3AA 4W86A 1DWFM 2IXUA 1LG2A 3AS0A 1J0IA 4DUWA 1UWQA 4C7FA 2DPEA 2A3CA 2OYLA 1JL8A 1O6IA 4NI3A 2OWXA 4TUFA 1KXVA 1XYZA 3BAXA 2MANA 2AAAA 1CPUA 2JF7A 2VCCA 3WDRA 1PX3A 5FL1A 1CGVA 4UOQA 3BMVA 1M7XA 3WUFA 5CZKA 4CN4A 3T0DA 3GXDA 4TOQA 3B9EA 5JBFA 3WFLA 1KXHA 5A8PA 1QHPA 4UFJA 3EMZA 3U7BA 4OBSA 2WMKA 1E71M 1E6QM 4YN5A 4A3HA 1BPLB 2WVVA 1JZ7A 1US2A 4CU8A 1E0VA 5BXTA 4HZ7A 4WF7A 2QLYA 1C7SA 1FOBA 4PMRA 2OSXA 2DH3A 2W92A 2NSXA 1ODUA 2VL4A 4HMEA 2WWDA 2XIIA 3OLDA 2CKSA 2CETA 4KH2A 2FHBA 2D22A 2ZXDA 3RCNA 1EGZA 4D1JA 2YA2A 2CPUA 1W32A 1UWRA 3TTOA 2X2YA 1JDDA 2BVYA 3O9NA 1J11A 2PC8A 3A4AA 3GNPA 1ZJBA 3UCQA 2CERA 1NWTA 1UWSA 4YHGA 3VGFA 3AIEA 1G1YA 1LL6A 3GM8A 4UFIA 3AIRA 3ARPA 2GJXA 3PZMA 1HJXA 1OBAA 5GPRA 3MS8A 3RJYA 4JFVA 3U5UA 4J3TA 2FH6A 1GQLA 1VIWA 3ZQ9A 2ZWZA 3VDHA 1R8LA 4CCEA 5I0DA 1MQQA 3CPUA 3WH5A 4FLQA 5DO8A 1BYBA 4BZYA 1VF8A 4UFMA 2WKGA 2YA0A 1JXKA 3N18A 4JHOA 3CBWA 2GSJA 3LPFA 4PMQA 2D0FA 4KRTA 2VR5A 3AMLA 5I6SA 3VO0A 5DEZA 3VGEA 4MNMA 2O9PA 4WJXA 1DWIM 3SCWA 1V02E 1QNQA 1OGBA 3GXIA 4JL1A 4JKLA 2J7EA 1YQ2A 1V0MA 4P7QA 3VIJA 1WKYA 2EPMX 2WHJA 1QNRA 2DIJA 2EO7A 1PIFA 1MW3A 1DWAM 4EE9A 3NSNA 2BXZA 3CTTA 3VD7A 3ZJ8A 5I5RA 1GONA 3CUGA 4L4PA 4W7VA 4F66A 2PWDA 1JYXA 1BAGA 6A3HA 1D7FA 2V3EA 3IAQA 3BAKA 4MDOA 1H3GA 1JF6A 4P7NA 5IHRA 4P8UA 3VDBA 4AYSA 4UCFA 3ECQA 1VFUA 2E3ZA 3VMNA 3CUIA 3VD5A 5A6BA 3ARYA 1UHVA 1B1YA 2XM1A 1BGAA 4LYQA 4HA1A 2D23A 3SCTA 4MPKA 4N42A 3THDA 1TA3A 4GQRA 1C8YA 4R5EA 4Z2GA 5E70A 4XZBA 1W9VA 2RGLA 3AMKA 1JZ6A 1H4PA 2D24A 4PTVA 4WSJA 1LJYA 1W9BM 3ZJ6A 4H7VA 2VZVA 1TE1A 1CGTA 1IT0A 1X1NA 4ML4A 3EDEA 1UH3A 2QHAA 1E6PA 4B3KA 4PMUA 4W85A 1EQPA 3WN6A 3EDJA 1B3WA 2O9OA 1W1YA 2YKKA 3CO4A 1NOWA 1PX8A 2WW5A 3BAJA 1OT2A 3GYCA 1CBGA 4D6CA 1UUQA 2EQDA 2XWDA 1UA3A 2HVMA 1HF6A 9CGTA 1CENA 1V0LA 3WY1A 3BMWA 2XVKA 4GINA 1EDGA 1JG9A 4HMDA 1OGGA 5A6JA 4V2XA 3PHAA 3IJ7A 4PCTA 2W5FA 4F8XA 4W8LA 3VGDA 4OBRA 2QMJA 1TG7A 3I3DA 4JZ5A 5IDIA 4JHZA 3ZJ7A 1V03A 5F7UA 3FAWA 4LX4A 1XSJA 2QPSA 1XV8A 1M01A 1E3XA 1XD0A 1TVPA 2YJQA 4D6DA 3FHQA 5A8QA 2PB1A 5A1AA 1DP0A 1J0JA 1HKJA 3ARZA 2XVGA 4Q22A 1FH8A 4DM1A 2J74A 3A47A 3AS1A 5AC4A 3AIQA 4CD6A 2UWFA 3VOCA 3L4VA 3WENA 4MJ2A 3RDKA 3W53A 3VTRA 2O92A 2X09A 3PZQA 3APGA 4ACYA 1QI3A 1C8XA 1CLXA 3OGRA 5GNZA 2YDQA 2OSYA 4U3CA 4CCCA 2WMFA 1V3JA 2ESCA 1BFNA 4YHEA 3CUJA 3ZT6A 2YLLA 4X0VA 3K8KA 4PMDA 2BXYA 1WZAA 1HKMA 2WMIA 4PTMA 3UR8A 2OYMA 3F5JA 3SUSA 1CXHA 2WAGA 4IPNB 4Z2KA 1PZ2A 1RPKA 1GPFA 2XFYA 2JFEX 2WVVB 2WBGA 3RM8A 5A2CA 2JE8A 1I75A 3AIWA 3BAWA 1BYAA 4GO9A 2WSPA 1VBUA 1VEPA 1MXGA 4J3SA 1HP5A 3I3BA 5E9AA 3SEPA 4TVCA 3FHAA 3AIVA 3BLKA 1RH9A 1V6VA 1JI1A 4K68A 3K1DA 4JAWA 1OINA 1NWUA 2EPKX 3K4DA 2UY2A 2VZTA 1E1FA 3GXFA 4AZ6A 2F61A 2O9RA 3MV11 3UEQA 4LXFA 5I3DA 4TTGA 2DSVA 3WQWA 1WDQA 2B31A 3U7VA 1OSEA 1WDSA 1OWQA 1H5VA 1NOFA 4W5ZA 1QPKA 3J7HA 4PSRA 3EDKA 2ZUMA 3AI0A 3GH5A 2WMGA 1KCLA 1ITCA 1XRVA 3IANA 5AY7A 4MB3A 3KE0A 1SYTA 4GZEA 2ZUTA 2F2HA 2XVLA 3VD9A 1UR0A 2WCGA 3VINA 1W1PA 4IM4A 1FA2A 3WDJA 2BHUA 1QW9A 2WZEA 5ABGA 4B16A 2Y8KA 5BXSA 2WM0A 3DYOA 1C92A 3MUAA 2J4GA 2PWEA 1Q6GA 2WCSA 1UWIA 2E0PA 5TD4A 3T0BA 4AIOA 2E40A 2PWGA 4AD3A 4W84A 5A6AA 4PMOA 4MNLA 3GZAA 1TZ7A 2JALA 2EBNA 1NM9A 1F4AA 1LL7A 1OD0A 3AZRA 3D3AA 4QDMA 1JF5A 5CPTA 1W3HA 3F4VA 4PBGA 2VO5A 2BY3A 1Q4NX 3NJ3A 2YBUA 1VBRA 1W3LA 2VVSA 4MTVA 5FCZA 3N17A 1MYRA 2G4FA 2EJ1A 1VRXA 4W7WA 4B15A 1EDTA 4ZEPA 3EMQA 3PN8A 2NT1A 3W37A 3A6OA 3L4UA 3T0AA 2J75A 1E6NA 3CMGA 2CIPA 2W66A 2BVTA 2TAAA 1R7AA 3AIBA 1BLIA 1QBAA 1FFRA 4UZSA 4ATDA 3WD2A 2WPGA 3PZ9A 3S6TA 3UG4A 3CIVA 4B9ZA 5M5DA 2FGLA 3OA5A 1B0IA 3MUZ1 4FMVA 2UY5A 3PTMA 3ZSTA 2CESA 1W91A 4M29A 2BY1A 2ZUNA 3FN9A 3MUIA 1C93A 1DTUA 5BXRA 1A47A 3PZUA 3MU7A 2BY2A 2VQTA 1XSIA 4D71A 4AD0A 3UETA 1KGUA 2YL9A 1OM0A 4GZIA 1WZMA 4AW7A 1XCWA 4PSPA 3WBEA 2JF6A 3WNOA 3VD4A 3OLEA 3WKZA 1HXJA 4Z2HA 1GOOA 1M53A 4QAWA 1UG6A 2GK1A 1K9EA 3W24A 3ZIZA 2BFGA 2E9MA 2JIEA 2FDMA 2C0HA 4QCFA 2ZX6A 4NSBA 1W9DM 1GVIA 1CTNA 5CQ1A 1V3KA 1WNOA 1CGXA 3VM5A 4HA4A 3VGHA 3VM7A 2ZIDA 1ISWA 4E4PA 1UQZA 3M46A 1WO2A 3AHVA 1QW8A 1L8NA 1JAKA 1ZS2A 3EMCA 4OJYA 2XG9A 3BAIA 1XHGA 2JEQA 3WH8A 3LPGA 1JZ5A 3AXXA 4HPHA 2CHOA 4V27A 1UD4A 1LL4A 1E3ZA 5GNYA 3ZMRA 2VCBA 2EEXA 4JFTA 5LA0A 2ZXAA 5D9NA 2VZSA 3UERA 4GPNA 4WKFA 3WUBA 1H0GA 1U30A 1ZBVA 4H04A 4QFUA 3WEMA 1LG1A 5GNXA 4KMQA 1Q6DA 3DHUA 4XX6A 2J47A 1JFXA 1E6XM 3OGSA 1E4LA 3WF4A 3I3EA 4WK9A 3WEOA 4ZE4A 4HA3A 1HJQA 5A6KA 3WEZA 5GQBA 1NP0A 2ZX9A 1KGXA 1NQ6A 1G9HA 1O7AA 4PRWA 1TVNA 4PMYA 3CGTA 3AISA 2XUCA 3WH9A 2DEPA 1QI2A 3N13A 4AEEA 4NRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AZ5 A;  4BQ3 A;  1GOI A;  3K8L A;  1UA7 A;  3N9K A;  5E0F A;  5FD0 A;  2BV9 A;  1GOK A;  4FF5 A;  4TXE A;  2WLZ A;  3M07 A;  3RIK A;  3WQ6 A;  1MQR A;  4LPC A;  3HN3 A;  3QHN A;  1F4H A;  2BY0 A;  2ZX5 A;  3NCO A;  1XC6 A;  1PX4 A;  3FAX A;  4P7L A;  1H49 A;  1OB0 A;  5JBE A;  1ZBC A;  3L2L A;  2X05 A;  1HL9 A;  2CBI A;  4PMV A;  3F5K A;  4GI6 A;  1OGS A;  4XV0 A;  1KR1 A;  1LQ0 A;  3VIO A;  1GJU A;  3DYM A;  2WB5 A;  3SCU A;  1E72 M;  4F9J A;  4UTF A;  1WAW A;  4E8C A;  3W6M A;  1ISX A;  3BH4 A;  3MAN A;  1NP2 A;  3VX0 A;  4ZXL A;  2GDU A;  3AJ7 A;  1FFQ A;  4AIE A;  3NSX A;  1PEZ A;  2VMF A;  4HOW A;  2VTF A;  1E0X A;  1CWY A;  1H09 A;  4D1I A;  1K6A A;  2J7G A;  1KQY A;  2WHM A;  1B3V A;  3BC9 A;  4CD8 A;  1OIF A;  3AS2 A;  1PJ9 A;  3RO8 A;  5HBF A;  2D2O A;  3SUV A;  3TON A;  2DH2 A;  1U2Y A;  3W82 A;  3ART A;  3N04 A;  1B90 A;  1E9L A;  3SUW A;  1WPC A;  1E6R A;  2D3L A;  4U5K A;  5A3H A;  2Y2W A;  2VNC A;  4BF7 A;  1WP6 A;  2ZX7 A;  5M03 A;  1FH7 A;  3DC0 A;  1J18 A;  4U31 A;  3NSM A;  2EPL X;  1JDC A;  4BQ5 A;  1VJZ A;  2VUR A;  3BCD A;  1TCM A;  4JFS A;  2A3B A;  3AMC A;  3VIM A;  1M03 A;  2GJP A;  1UD5 A;  2XIB A;  4CN1 A;  1J10 A;  2GK1 B;  5BWF A;  3VD3 A;  1QI4 A;  1GOR A;  2JEP A;  4AWE A;  2Y24 A;  3ARX A;  2J77 A;  4AD5 A;  1E40 A;  3CHD A;  1HJW A;  3AHX A;  4HOX A;  3BSG A;  3N12 A;  3EDD A;  1E5N A;  2WZI A;  2CHN A;  5JIP A;  3B9A A;  1PBG A;  2WC3 A;  2W4X A;  4URI A;  3ZJK A;  3IAP A;  2WK2 A;  5FOO A;  1ISZ A;  1EO7 A;  4CVW A;  3L4Z A;  1SMD A;  2XSA A;  2ZUV A;  5HNN A;  2G41 A;  4QLK A;  4U33 A;  1QI5 A;  1CGW A;  3WIJ A;  3WF0 A;  4L4O A;  1MW1 A;  1JZ2 A;  1SMA A;  1V3L A;  4KWU A;  4MJ4 A;  2V3G A;  1WDR A;  3ARS A;  1UZ4 A;  3AMG A;  4PN2 A;  1OCQ A;  3L4W A;  1GZJ A;  2J7D A;  2VX7 A;  1HNY A;  3VDA A;  3AQU A;  5JIW A;  1W9P A;  4X9Y A;  1JXJ A;  5CLT A;  1CGU A;  4U2Y A;  4GXP A;  3WSU A;  1D2K A;  5A6M A;  4EKJ A;  1QI0 A;  3G6M A;  3T2P A;  4E8D A;  1DWH M;  3TOP A;  1MW2 A;  3L4Y A;  4A4A A;  3VIG A;  3ARQ A;  1CEC A;  4JFW A;  5A69 A;  4NRR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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