2J77A

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with deoxynojirimycin
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
443
structure length
436
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 176
structure length 436
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j77A00
1WDPA 1FH9A 1UQZA 2G3JA 4MB1A 3AHTA 3VGGA 5C71A 3CHFA 1RD6A 4DWSB 1ZJBA 1G0CA 3BH4A 2O9OA 1KQYA 3AXIA 4J3TA 2UY5A 3UR7A 4WLCA 3AMDA 3T0BA 2CKRA 3ARZA 4GZIA 1W9BM 2VX7A 1J18A 2WC4A 1PIFA 2DSZA 3A4WA 4J3SA 2WBKA 1JZ7A 4UOZA 3VDCA 2PBOA 2WKGA 4HOXA 4C7GA 3B8SA 1C93A 1QNQA 2E8YA 1TR1A 2GJPA 3GNPA 3NIYA 3S2CA 4CD5A 5IXEA 1E6XM 1KGWA 7A3HA 1HKIA 1BSIA 1E56A 2WMKA 1MYRA 1PBGA 1PAMA 3VILA 1HIZA 3CZJA 4HOWA 3QHOA 4UFKA 3AOFA 4W5ZA 2YIHA 4D71A 3OA5A 3PTKA 1E0WA 2WMJA 4F8XA 1XH0A 3K4DA 1UD5A 3WEOA 2PWGA 4CU6A 1B1YA 1WZMA 1H1NA 2OSWA 1JZ3A 4X0VA 4M8UA 4KMQA 1W3LA 3GTNA 5CZKA 2WYSA 2VZTA 2BY0A 3IANA 1H2JA 4PMZA 5ABGA 1JYVA 1W1PA 1OIFA 2PWFA 1J0KA 5D9PA 1ITCA 1V6UA 3BSHA 4YPJA 3APGA 3MU7A 2VR4A 1ZU8A 1Y7VA 3AYSA 2ZWZA 3T09A 3L4VA 3KE0A 2VCAA 2OYKA 3SUVA 3AQUA 4MDPA 2FGZA 2YKKA 2ZUVA 2J7CA 4GI9A 3PZUA 1GUVA 1S46A 4GQRA 2VX6A 1VAHA 4KRTA 4QP0A 1UZ1A 2D0HA 3BAIA 2QV4A 3GDBA 1W2VA 5M5DA 1US3A 2DIJA 1QI0A 5HNNA 4W86A 1E70M 3MS8A 2Y8VA 1HL9A 1J0JA 3WKZA 3W6MA 2JALA 3CHCA 1HP5A 1EIBA 3K8KA 5A8PA 1NWUA 2VR5A 1W3HA 1EGZA 2CBVA 3DC0A 4PUEA 1MQQA 3W24A 1X1NA 2V38A 1E55A 3A6OA 3NDYA 3LMYA 3CO4A 4NRSA 1F4AA 3L4TA 1N82A 4WKFA 2WHMA 4ATWA 3IJ9A 1BYDA 2W92A 3BAKA 4W8AA 1HX0A 4AEFA 1W32A 1JDDA 1OD8A 3K4AA 2CERA 3VU2A 3EDKA 4MJ4A 3UG5A 3PZQA 4AC1X 4ACZB 1KB3A 4AXNA 1OWQA 1VBRA 1UA7A 1NWRA 4PCSA 3K8LA 4UOQA 3WNKA 1UH2A 1LG2A 4LYRA 3B9AA 1KCKA 1XSIA 1TCMA 1D3CA 2WANA 3OB8A 2DSUA 3PZOA 1EXPA 4ZEPA 1BG4A 3UCQA 4QCFA 3M46A 1VFFA 1JG9A 5I24A 2VX5A 3BAYA 2J7DA 5BYWA 3MMDA 3W37A 2GSJA 4D1IA 1UR1A 1V6YA 3WENA 4J7RA 3WL0A 1OINA 1GCYA 3ZT5A 1NQ6A 3PN8A 4XZBA 2J7BA 2WVVA 1MFVA 4OOZA 1YHTA 2YL6A 2YDRA 4Y7EA 3BAXA 3T0AA 4D6EA 1JNDA 1FH8A 3VD7A 2DEPA 4M82A 1HKKA 2QPUA 3TTSA 2RGLA 2EO7A 4RL3A 1UD3A 5AC5A 2A3BA 3W26A 4OBRA 1MQPA 1UWTA 4CKQA 3W81A 3J7HA 1IZJA 4UQAA 3AISA 4YHGA 4EKJA 4D6JA 3MMWA 4W8BA 1ZBWA 1TMQA 4V28A 3T08A 5KZ6A 1Q6CA 3ZJ6A 1VEPA 4Z2HA 3DHUA 3SCVA 1E1FA 4UQEA 3AS2A 3W25A 1GHSA 4HMEA 1MWOA 1NWSA 1Q6DA 4DWSC 1UHVA 3PZIA 4TTUA 1KWGA 5A8MA 1XHGA 2CPUA 5BCAA 1CXEA 1HJVA 2G4FA 3AMGA 2DT1A 5LYRA 5M03A 1ISXA 2NT0A 5A8QA 3AMKA 1JAEA 4HZ6A 3O6AA 1V3IA 4UQBA 1V03A 3SIMA 1FHLA 5CPSA 5HOSA 4LX4A 1O6IA 1EOMA 2PWEA 2J62A 3IAQA 1M03A 2DSVA 1LWJA 4U2ZA 3ZJKA 2BXZA 2ZXQA 1Q6FA 3ARVA 1VFMA 2XM1A 1JXKA 3VD3A 3AI0A 1JZ8A 1KXQA 4TX6A 1R8LA 5BWFA 1GHRA 1MVYA 2QMJA 4U3CA 1QI4A 1BLIA 3F4VA 2OSXA 4ZXLA 4Z2KA 1E6SM 1CGXA 1QW8A 1NOFA 2PC8A 1LJYA 1JI2A 3I3EA 1DWJM 3CZGA 3VO0A 4GXPA 3IAPA 1A47A 1UWUA 3W82A 4C7FA 3AMLA 3SUUA 3VNZA 5IFPA 2PI6A 3MO4A 3WUEA 5A2CA 1M53A 5A6JA 1W3KA 1FH7A 4PSPA 1AMYA 1U30A 1TUXA 2J75A 4HZ7A 2WCGA 3CUJA 1UOKA 2Y4SA 1OGGA 1E6ZA 1UUQA 1GQLA 4E8DA 1E0VA 1CLVA 2XGIA 4UCFA 1AQHA 2WLZA 3F5JA 3BC9A 3WF0A 3D3AA 3AHXA 4MNKA 1WB0A 1I1XA 3VUPA 4BQ5A 1SFSA 4BZYA 3VD4A 2CBJA 3TTOA 2V5DA 4V27A 4P7QA 5DO8A 4JL1A 3U5YA 2EPOA 4RE4A 4DUVA 6CGTA 3DYMA 1EA9C 3SCUA 4H8UA 5AYBA 3GZAA 2CETA 3WBEA 4W88A 2E9MA 2VQUA 4JKKA 4WKAA 1UH3A 1C91A 2CYGA 1EHAA 4F9JA 4B9ZA 4KWUA 3VIJA 1CEOA 2EBNA 3MUZ1 4JCMA 3IJ7A 3NSNA 3WQVA 1B30A 4YHEA 1G94A 2WK2A 5BRQA 4P7RA 3WDHA 2V3GA 4HA4A 2ZX8A 2EPNA 2XSBA 3AS1A 4E4PA 3VGFA 2W66A 1IZKA 2EQDA 4RE2A 2ZX6A 3DYOA 2JEPA 4OBSA 2OWCA 3VMNA 1V0KA 5EMYA 2JF6A 4CD4A 5E9AA 4L4OA 1OCQA 1G5AA 1BYBA 1Q6GA 1ZBKA 1SR0A 4KH2A 2J25A 1BPLB 2C7FA 3CLWA 1JZ6A 5JBEA 1Z32X 3K8MA 4S3KA 3CUFA 4AIUA 2XHYA 4BS0A 5E6YA 1Q4NX 3ZR5A 1C8QA 3WH6A 4ZE5A 4UQCA 3TONA 3TTYA 3ARRA 4MNLA 3VD5A 1BTCA 2VRJA 1NOUA 1QNPA 4UFHA 2DDXA 1GJWA 4GO8A 2JEQA 1QHZA 4N0RA 4FLSA 3FAXA 3MANA 1XV8A 1E5JA 1CNVA 4EK7A 4JFSA 2BVDA 1V0NA 1M7XA 2PB1A 4W85A 4D72A 4QAWA 2VC9A 4JKMA 4NSBA 4ACYA 1FFRA 1CYGA 2J77A 3E1F1 3WNPA 2G3IA 1V3MA 4TVDA 3OG2A 3VIKA 2VZUA 2F61A 2ZX5A 1WP6A 2DSWA 2WZIA 2JIEA 4JFUA 1H5VA 4HMDA 2AAAA 3G6LA 4Q22A 5C8BB 1UKTA 3VIHA 1V0LA 2ZUMA 2NW0A 1V6VA 2CITA 3K46A 4HP5A 1JAKA 1ZL1A 2VI0A 2C0HA 3A3HA 2VUYA 2ZX7A 1XC6A 1ISWA 2VT0A 1LLOA 2FH6A 1B3YA 4R27A 4AMCA 5CPQA 3KWXA 3GXFA 3ZIZA 3VMPA 1BAGA 1KXTA 2GUYA 4LQ1A 1JI1A 3DECA 1KXVA 3GM8A 2VVNA 4UFIA 5A6MA 1MW0A 1RPKA 3VNYA 1XSJA 4M56A 3PZTA 1LL7A 4AZ7A 2J8GA 4MJ2A 5A6AA 2HVMA 2XWDA 3ZSSA 4HU8A 1E4LA 2J47A 3RJXA 5BXTA 5A95A 2ZUUA 1OBAA 1HP4A 2UY2A 4EAMA 3AS0A 4E8CA 3NSMA 5CLWA 3N1AA 2VCBA 2XGBA 4AD1A 1V08A 3MUY1 2D0FA 3ARWA 3HJEA 2W67A 2D22A 3AIQA 2WBGA 3ALFA 1FHDA 1EQCA 1UR9A 1VFOA 1JFXA 3ECQA 1WE5A 3ZM8A 1ZJAA 3GH7A 1E6PA 2DT3A 2WNWA 4CU8A 4B3KA 2XVLA 4WSKA 5HPOA 3WMCA 4LXFA 3WQ6A 3G6MA 1HVQA 4WK9A 2ZIDA 1BGAA 4MB5A 2DGAA 3OLIA 1VJSA 3AIVA 1XD1A 1FOBA 2VVSA 1XCWA 1E0XA 2YJQA 3NYDA 2BVYA 2ZICA 3VGEA 4UQDA 4AD2A 2CNCA 4KGJA 1TVNA 2YDSA 3NSXA 1LF1A 3FN9A 3WDJA 3WF1A 2E40A 3L4UA 3N12A 1P6WA 2DT2A 3PZ9A 3VGBA 3SURA 3WIJA 1ITXA 2Q8XA 1J9YA 3U57A 1KBKA 3WDIA 3KL3A 3O2LA 4U31A 2WHJA 1AVAA 1QHPA 1UG6A 4TXEA 2WZHA 1CXHA 3GH5A 3D5HA 3QHNA 1H41A 4GINA 2PWHA 1QBAA 1PX3A 1V6WA 2EPLX 4GQQA 5FIPA 1H4PA 4V2XA 2VURA 2E9BA 5E70A 3RDKA 2VQTA 3L4WA 5D4YA 1GOIA 3WH9A 2F8QA 1TE1A 1E4MM 3EDEA 3SCOA 3W53A 3BAJA 5A3HA 3VX0A 4UR9A 3VDHA 3EDJA 4NF7A 2X0YA 4Z2JA 3W38A 2VZVA 3AXXA 1GQKA 5E6ZA 3RJYA 2ZXBA 2MANA 5I3DA 1U33A 1JD9A 4UFMA 1VJZA 1MW3A 6TAAA 5CPTA 5ABFA 2GJXA 5GPRA 1GOKA 4TVUA 5BXRA 1ODUA 1BYCA 1U2YA 2XG9A 3WD2A 1QOXA 4JL2A 2CCRA 3AIRA 2BY2A 1W91A 3HN3A 2EJ1A 5EFDA 3EMQA 1GORA 4AEEA 1UWSA 1EDTA 2VZOA 1XD0A 2UY3A 3CUIA 4CN4A 4WSJA 5GNYA 3RILA 3FXYA 3GH4A 1IT0A 5D9OA 3WQ8A 1B0IA 3AHYA 1BQCA 4OUEA 1UKPA 3MV11 1ZBVA 3PZMA 1J10A 4BA0A 1CBGA 5IFTA 1BYAA 2CKSA 4PSRA 1NARA 4HTYA 4UFLA 3BGAA 1FP8A 2V3DA 1OT2A 4HOZA 3PZGA 3WNMA 1W3JA 2A3AA 3WH7A 1CGYA 2WB5A 1JZ2A 2VNCA 3BMWA 3CZ8A 1M01A 1SMAA 4JAWA 1DWIM 1TA3A 1US2A 3OLEA 1QNRA 1RH9A 3CMGA 3MV01 2D3LA 4IUGA 4BF7A 3RM9A 3ZMRA 5DF0A 3S6TA 1TZ7A 2CHNA 1MXGA 3WF2A 3AICA 2AMGA 2BHZA 4AZCB 2WSKA 4P8XA 3NDZA 4KGLA 4A4AA 3WUGA 4J27A 1JDCA 3CPUA 4UZUA 2QMKA 5A6KA 5IDIA 3L2LA 1E6NA 5DT5A 4K68A 5FL0A 1J0YA 1VB9A 3L4YA 1CIUA 4U2YA 3CUGA 3VIPA 4AZBA 2J7GA 3NJ3A 4CVUA 1TFVA 3OGSA 4W8LA 2WSPA 1UH4A 4OJYA 1MW1A 1CGVA 4YN5A 1E43A 5FD0A 4M81A 3AIBA 2D2OA 1PX8A 4DUXA 4J28A 4PMVA 4PEEA 2ZUTA 1R7AA 2GJRA 4PMQA 4AYSA 1D2KA 3WBAA 3O9NA 4JHZA 1GOWA 3LPGA 3AS3A 5HXMA 1DWHM 5LA0A 1RP8A 1QBBA 1VENA 4CD7A 2RGMA 5FKYA 2FHBA 4W5UA 1CGWA 4PYSA 3ARYA 3L2MA 1VEOA 3F5KA 3BXWA 4W7VA 1I1WA 4Q7NA 1G9HA 4D6IA 1GQJA 1UD4A 4D6HA 1GOMA 3F5LA 1X6LA 1X6NA 1UYQA 4JZ5A 2GDVA 2VRKA 4JKLA 3PZVA 1V3KA 1UD8A 1C3FA 1ISYA 2OYMA 1E9LA 4QLLA 4Z2GA 4ZXOA 4FK9A 3AJ7A 1UR4A 2DQXA 1QNOA 2WMGA 1E1EA 2GK1A 1MW2A 3QR3A 2ZUWA 3U7BA 1GNXA 1HJWA 2NT1A 1C8YA 4OIFA 4A3YA 2UWFA 4PN2A 4X0NA 2WMHA 1I75A 5AC4A 3VM5A 2WWCA 2XTKA 1BHGA 4HMCA 6A3HA 2XVGA 1GPFA 3A4AA 3OZPA 2CBUA 1J0ZA 4CN1A 5DMYA 1E6RA 1KBBA 4PMXA 3WD0A 2CXGA 1F4HA 3VKKA 3RM8A 1E40A 2XIIA 4DWSA 3WD4A 4Z2IA 2O92A 1H0GA 3EDFA 4IPNB 2D20A 3QOKA 1MFUA 1JIBA 1OIMA 2A3HA 1TVPA 2VMFA 3CMJA 5I79A 4WJXA 5CSUA 1CWYA 3ARTA 4B3LA 2XVKA 1V3JA 3SUTA 3WNOA 3ZSTA 2VZSA 3TP4A 1HNYA 1UWRA 1E73M 2BHUA 2IXUA 4CU7A 1LQ0A 1YQ2A 5AYIA 1KQZA 4ZENA 2OLHA 5LA1A 3CZEA 4OOUA 1CPUA 2E9LA 5A69A 1OGSA 2W61A 1HL8A 4GIAA 3WD1A 4ZFMA 4MNMA 1B31A 3LPFA 7TAAA 1E6QM 1VEMA 2FHCA 1W9UA 3VDAA 3IK2A 1XRVA 4PTWA 4GI8A 2O9PA 4UFJA 1JYWA 3GYCA 3WQ5A 3WD3A 3L4ZA 2BS9A 1DTUA 1HT6A 3ZQ9A 2WC3A 3VIGA 4MAZA 2VL4A 5A6SA 3U7VA 3UG4A 4GZJA 1DEDA 1QHOA 1CGTA 1C7SA 2FHFA 2WC7A 3VGDA 1CECA 1DHKA 3A47A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WDP A;  1FH9 A;  1UQZ A;  2G3J A;  4MB1 A;  3AHT A;  3VGG A;  5C71 A;  3CHF A;  1RD6 A;  4DWS B;  1ZJB A;  1G0C A;  3BH4 A;  2O9O A;  1KQY A;  3AXI A;  4J3T A;  2UY5 A;  3UR7 A;  4WLC A;  3AMD A;  3T0B A;  2CKR A;  3ARZ A;  4GZI A;  1W9B M;  2VX7 A;  1J18 A;  2WC4 A;  1PIF A;  2DSZ A;  3A4W A;  4J3S A;  2WBK A;  1JZ7 A;  4UOZ A;  3VDC A;  2PBO A;  2WKG A;  4HOX A;  4C7G A;  3B8S A;  1C93 A;  1QNQ A;  2E8Y A;  1TR1 A;  2GJP A;  3GNP A;  3NIY A;  3S2C A;  4CD5 A;  5IXE A;  1E6X M;  1KGW A;  7A3H A;  1HKI A;  1BSI A;  1E56 A;  2WMK A;  1MYR A;  1PBG A;  1PAM A;  3VIL A;  1HIZ A;  3CZJ A;  4HOW A;  3QHO A;  4UFK A;  3AOF A;  4W5Z A;  2YIH A;  4D71 A;  3OA5 A;  3PTK A;  1E0W A;  2WMJ A;  4F8X A;  1XH0 A;  3K4D A;  1UD5 A;  3WEO A;  2PWG A;  4CU6 A;  1B1Y A;  1WZM A;  1H1N A;  2OSW A;  1JZ3 A;  4X0V A;  4M8U A;  4KMQ A;  1W3L A;  3GTN A;  5CZK A;  2WYS A;  2VZT A;  2BY0 A;  3IAN A;  1H2J A;  4PMZ A;  5ABG A;  1JYV A;  1W1P A;  1OIF A;  2PWF A;  1J0K A;  5D9P A;  1ITC A;  1V6U A;  3BSH A;  4YPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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