2J77A

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with deoxynojirimycin
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
443
structure length
436
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 176
structure length 436
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j77A00
2QMKA 5I77A 1EHAA 2MANA 2VR5A 5FCZA 1KXHA 2J4GA 2WKLA 4PMYA 1GZJA 1ZBWA 3SIMA 1QNPA 4RE4A 3WFLA 2YLLA 4OOZA 2A3EA 1TR1A 1UYQA 4J3VA 3SCSA 1PAMA 4OUEA 1O7AA 3WEMA 3WL1A 1UA7A 2F2HA 2TAAA 3AXHA 4L4PA 3BAJA 4OBSA 1ZBCA 4PMVA 1LL7A 1GORA 1VENA 1UKPA 3NCOA 3IK2A 1UHVA 1XRVA 3CZJA 4PEEA 2QF8A 2JEPA 3SCQA 3WKZA 3T09A 4V27A 1CGTA 1J01A 3SCPA 3ZJ7A 3ARSA 1OB0A 2ZUVA 4UFLA 1JD7A 3WQ5A 1JF6A 2W92A 3MMUA 5JBFA 1ZB5A 3T0DA 3AYSA 1JI2A 2BFGA 1HVXA 3APGA 1VAHA 2ZXQA 4W7VA 2DIEA 3SCWA 4UZUA 1HL9A 5HOSA 1CENA 1QNSA 2XGBA 4LPCA 3WBAA 1LJYA 2VUYA 3VD3A 3GM8A 3W4RA 2J7EA 3TOPA 4KH2A 3CHFA 1XYFA 4JHOA 1HNYA 3WNOA 4W5UA 1MXGA 5AC4A 1GQLA 3EDJA 3BSHA 1HP5A 3GXDA 4AD0A 2BHUA 1HT6A 5A94A 2AOSA 2ZICA 1Q6CA 3VILA 4D6GA 1LG2A 2A3BA 1UZ4A 2OLHA 3M6DA 4P8WA 1DWJM 3AHYA 4BQ4A 4MB5A 2VT0A 1NARA 3NDZA 1LF1A 1V3JA 2J62A 1EQPA 1HIZA 2EPLX 2CHNA 3ZIZA 1XCWA 3BLPX 4ATLA 1TVNA 4KWUA 4MAZA 1JYNA 4HOWA 1HJWA 1B3VA 1E0XA 2PWHA 2BNJA 1EQCA 2X8RA 3A3HA 1XH0A 1BSIA 2ZUUA 3OGSA 3VINA 2WC3A 5EBAA 4AZ5A 1P6WA 1QI3A 4GZEA 4HPGA 3RIKA 2XJ7A 3I3EA 1B9ZA 3RMEA 3AOFA 3L4VA 3OA5A 3PZIA 1E6XM 1QI0A 3WNLA 4HA1A 2G3JA 1JZ3A 3AQUA 2CXGA 1OIFA 1K9EA 1V6XA 1A3HA 6TAAA 1WCGA 3MO4A 1C8YA 2EO7A 1C92A 3W53A 2XWDA 2E0PA 3TTSA 3L4TA 4LYRA 5CXPA 2YDRA 1W2PA 1ZJAA 6CGTA 1Q6DA 1IZKA 3VUPA 1E6PA 4ACZA 4UOZA 4FK9A 3WQVA 3AYRA 1W9DM 1W9XA 1OGBA 4WLCA 2VZSA 1PX8A 4Z2GA 3EBVA 4HZ8A 8A3HA 1XH2A 3KL3A 1D3CA 4J3SA 4J28A 3WQWA 5GQBA 4NSBA 2JIEA 5AYBA 1KXVA 2BY2A 3FAWA 4WK9A 2XVLA 1LG1A 4PSRA 4PMUA 3RM9A 1UR0A 1XSKA 3BAXA 1B90A 3K8MA 4N42A 4WF7A 1BQCA 3WMSA 4H7VA 4JCLA 3VIGA 1M01A 1R86A 1V3LA 4W8LA 3ARYA 3ZJKA 3CUJA 1DTUA 4BCEA 3LPFA 3K4DA 4DWSB 4TX6A 3SCNA 2PF0A 1IT0A 1BLIA 2VQUA 4V28A 1HXJA 1K6AA 2WZEA 4B9ZA 2C0HA 2PBGA 2WMKA 1BYBA 3CZLA 3OGVA 3GZAA 4ZXLA 1V3HA 2BV9A 4ZXOA 4HA3A 4YHGA 1V03A 2GJXA 1BGGA 1EIBA 2DH3A 1ECEA 4Q22A 4GXPA 3N12A 2DGAA 2YL5A 3M07A 3OIHA 2OYLA 5A8MA 4E8CA 5A2CA 1H5VA 3RJXA 5JBDA 1E73M 1JNEA 3ARRA 4HU8A 3EDKA 1JDDA 2J7DA 1B0IA 2ZUSA 1E0WA 3WH9A 4AIEA 1F4AA 2WBGA 4PUDA 3WF0A 4CU8A 5BYWA 2NW0A 4U3CA 3KL5A 3LPOA 5EFDA 3RO8A 5D9PA 3MUZ1 2ZOXA 3VIJA 1H0GA 2VC9A 4PTVA 1V02E 1W3KA 1R8LA 4OKDA 2PWGA 4M56A 1FFRA 4GQQA 4IISA 1UKOA 1GUVA 2PB1A 4OIFA 2D3NA 4GIAA 2V3FA 2E9BA 2ZX9A 3VIIA 2DSZA 5LA0A 1YQ2A 2BY1A 3RCNA 2VCBA 3WDHA 4PSPA 4PN2A 3VTRA 5CG0A 2WMIA 3CHCA 3VO0A 1Q6FA 1G94A 1UR9A 1S46A 3QHOA 5FL1A 2GDVA 3U7VA 1V08A 1XHGA 1J0YA 4DUXA 2WVUA 1WZMA 3AIVA 2RGMA 3OLDA 4S3KA 1BYDA 1GPFA 1WP6A 3FN9A 1XV8A 1CGYA 1TVPA 1ODZA 2DSUA 1J12A 1OCQA 1ITCA 4JKKA 4TVCA 3F4VA 2IUZA 1KBKA 3DC0A 3BCFA 1BG4A 1US3A 2QPSA 2O9RA 5E09A 4W8BA 1BG9A 1RH9A 3GBEA 1HJQA 4UQCA 1UZ1A 1W9UA 3CUGA 5IFPA 1JZ5A 2F61A 1FH7A 2BVTA 1KB3A 4HMCA 3ZOAA 3VU2A 2FHBA 4EAMA 1FA2A 1IV8A 1PJ9A 1CXLA 5CLWA 4AZIA 4LYQA 3T2OA 2GFTA 5I5RA 2WZIA 1NQ6A 3DYOA 4CD5A 4AISA 2EPOA 1AMYA 3F5KA 1CXKA 4CVWA 1Q6GA 1C93A 3BMVA 1U33A 2OSWA 3AZRA 4H41A 3FHAA 4AZ7A 1FP8A 1JZ2A 1E6QM 2VZOA 2XVPA 3TA9A 1XYZA 3AMDA 3VGBA 5CSUA 3VMPA 2BVYA 3PTKA 3ZT5A 1B3YA 2PC8A 1M7XA 3IJ9A 1EOMA 2J7CA 3OLEA 4IPNB 3PTQA 3CO4A 2BVDA 2OWWA 2XIBA 3VOCA 2Z1SA 3PZNA 1UR4A 1WAWA 1W2VA 1C91A 3N04A 3K46A 5FKYA 1GJWA 3W27A 1LL6A 5LYRA 1C8QA 2OYMA 4AZ6A 2FGZA 2VZUA 4CCDA 3T0BA 4UQEA 2VZVA 4PCSA 4W85A 4PMNA 2J78A 4AD3A 1M04A 4UFHA 4CU6A 4FLSA 5DF0A 3W37A 1QPKA 1W3JA 2ZIDA 1JFXA 2E8ZA 3RM8A 2J7GA 4PMQA 1EOKA 2D24A 3MSGA 1MW2A 4ATDA 4FLRA 3AZTA 4UR9A 2VRQA 5D4YA 3BH4A 2GUYA 4W7WA 1J0ZA 1KR0A 1JFHA 3FXYA 4M1RA 5A8QA 1JF5A 4U5KA 4U2ZA 3ARXA 2X2YA 5TD4A 3VIFA 1EDQA 5A8PA 5JBEA 4Z2JA 1MQPA 3HMCA 1EO5A 1AVAA 5CLTA 3AZSA 1RD6A 2FH8A 5ABFB 2WCGA 4TVDA 3BMWA 1BTCA 3VD5A 1V6YA 3SUWA 3WUBA 3AS3A 3DYMA 2V3EA 4MJ2A 3AHTA 4KGJA 1KGWA 1BAGA 2BXYA 3IAQA 3O2LA 3MU7A 4PMZA 2NSXA 2XM1A 1R87A 1GVIA 2D20A 1G01A 5LA1A 3K8KA 2PWFA 1UH4A 1J0IA 1TA3B 2WANA 1E6SM 1OSEA 1CXIA 4UOJA 1HKMA 1VFOA 2WZHA 2X0HA 2NT0A 2CIPA 5ABHA 4W86A 2VI0A 3DHUA 2DH2A 1M03A 1UKQA 3LMYA 1W1YA 1BHGA 2VR4A 4P7NA 2PWDA 1JYXA 5E70A 4QAWA 2WB5A 4GPNA 3VD7A 3FAXA 4MJ4A 1TFVA 1HJVA 1U2YA 2YA1A 1E0VA 2J7BA 4D6IA 4CCEA 3AXXA 5LA2A 3WEZA 3W6MA 3EMCA 4J27A 1PEZA 3AS0A 7CGTA 1O6IA 1H4PA 2X05A 1VEOA 2CPUA 3D5HA 3GH7A 3VDHA 2YL9A 4MNMA 5HBFA 4WKFA 1WDRA 4AZCB 2GK1A 5IDIA 3MUY1 4EKJA 3MUAA 2E9LA 4C7GA 4M82A 4CKQA 3A6OA 4PRWA 4JL1A 2VVNA 3TTOA 2VOTA 1OT2A 2XG9A 1UD6A 3WBEA 3WQ8A 2DDXA 5JIWA 1GHSA 3AISA 1X6LA 3AFBA 3GTNA 2V5DA 2WMGA 1E70M 4OBRA 3PZMA 1KQZA 1DWHM 1E5NA 1V3MA 3EYPA 3OZPA 5A2BA 3B8SA 2VCCA 4MDPA 3OBAA 1GONA 1C8XA 2E3ZA 4PMDA 3L2MA 3WNKA 4PUEA 2WKGA 3NJ3A 1MFVA 2W67A 3WUGA 4N0RA 3WDPP 2YLAA 4DWSC 4DWSA 2BY3A 2NT1A 5CJ5A 2E9MA 3ZSSA 1JZ8A 1WKYA 1DWFM 1E56A 3CMGA 1CYGA 1TUXA 1E71M 5HPCA 4R27A 2PWEA 2CBJA 1EH9A 3N9KA 3AIEA 1D7FA 4WKHA 5GNYA 3NSNA 1XCXA 5A2AA 5D8WA 1X1NA 4MB3A 3CIVA 4NRSA 2FDMA 3VM5A 4B3KA 1UWSA 4W89A 1NOUA 2JE8A 2ZX7A 1GOMA 2QV4A 4CN1A 2UY4A 3GBDA 3PZTA 4EE9A 1B3WA 1E4IA 3GNOA 2OSXA 5IFTA 4TXEA 1KQYA 2WMJA 1E15A 3WQ4A 1MQRA 5A8NA 4EK7A 1NH6A 1UWRA 1WDPA 2BS9A 3EDFA 1B31A 1US2A 2JF7A 1VFMA 5BROA 3K4AA 2W91A 3VDBA 4MTVA 2ZUNA 3ALFA 2YKKA 3U5YA 1W3HA 4AWEA 4F9DA 1QW8A 4CN4A 4ML4A 1H11A 3CTTA 1JDAA 3JUGA 3AIUA 1NM9A 3CGTA 1PX4A 4DUVA 5E6YA 1SYTA 3NSMA 2EJ1A 1TG7A 5I24A 2J47A 1KXTA 5D8ZA 1WDSA 2D3LA 2Y24A 5A6BD 2B31A 4KRUA 2XVKA 3WH8A 4GI8A 1ISYA 1VIWA 1BVZA 1JNDA 3WMCA 2YIHA 4AY1A 3QOMA 4D1IA 4HZ7A 1HKIA 1W9VA 1KFWA 2YA2A 2HISA 3TTQA 2X0YA 3N15A 2WK2A 3ZR5A 1PZ2A 2EBNA 4AYSA 4ATWA 3VNZA 4HA4A 1ZS2A 1DHKA 2CETA 1UR1A 2GVYA 1KBBA 1CXFA 4AZHA 1XH1A 3U7BA 1JZ4A 1G0CA 1NP0A 5A6KA 3CHEA 1OIMA 4PMXA 4CCCA 2WC4A 4A3HA 4AD2A 5A6BA 3UESA 3GYCA 1SMAA 3I3DA 3L4XA 2WVVA 1GQJA 4WSKA 3WDJA 2W63A 1ISZA 1E1FA 3VVGA 1GW1A 2WLZA 4E8DA 4CVUA 2D0GA 4Z2KA 1ZU8A 2YOCA 2W62A 3CUIA 2WM0A 1JXKA 1QHZA 3AS1A 1PIGA 2VCAA 3TONA 1QHPA 3ARQA 2CITA 3BSGA 3THDA 2YDQA 3ECQA 1G9HA 1OM0A 4B3LA 2QHAA 4JHZA 1GVYA 1CGXA 3PZUA 1OWQA 2WSKA 2ZWZA 5I2UA 4U2YA 3WUEA 1HJSA 4M81A 1X6NA 1UA3A 4MPKA 1WB0A 4B16A 4M80A 2YBUA 3SEPA 4LXFA 2WMHA 3WEOA 2ZXAA 3CUFA 1CXHA 3FY1A 1MW1A 4Q7NA 5A6LA 4CD8A 5I23A 1W32A 3UERA 3W6LA 1OINA 2XPKA 4C7FA 4H8UA 4AEEA 1MQQA 2J7HA 3GH5A 3RPMA 1UWTA 1I1XA 1OBAA 5CPTA 2CNCA 4D6DA 2J8GA 2QMJA 5A8OA 5AC5A 1JG9A 4H04A 2O9TA 3WN6A 4F79A 4P8VA 5BXSA 2D2OA 4U31A 4UFJA 4JFTA 4UQBA 3PTMA 4HP5A 3AHVA 4AIUA 3AIWA 2WLYA 1VF8A 3B9EA 3W25A 2XFYA 2V38A 3EDEA 2Y4SA 5A6AA 1QI2A 2VRJA 1K9TA 4E4PA 4D6FA 2UY5A 3VGGA 4HU0A 2DT2A 2CBVA 5E0CA 4TTUA 5E0FA 1JXJA 1LQ0A 1RP8A 2UWFA 2X1IA 5D9OA 3T0AA 1V0MA 1HKKA 1ZL1A 3BCDA 2RGLA 2V3DA 1E5JA 4MNLA 2EPKX 2WHMA 5FL0A 4GINA 2WC7A 7A3HA 1TA3A 3RM4A 5EB8A 4ACZB 1K9FA 3BAKA 3ZSTA 1W91A 1WO2A 4KRTA 3WENA 4S3JA 1LL4A 3ARTA 4MNKA 3A4WA 1B3XA 4MB4A 2XYLA 4H8VA 1MW0A 3ARWA 3FNDA 4Z2IA 4A3YA 4F9JA 3SURA 4W88A 3ZJ8A 4XZBA 4JL2A 3DHPA 3AIQA 3VMOA 3F5LA 3MKKA 3QHMA 5DFAA 2JIWA 1JDCA 2O9OA 3NYDA 1L8NA 1V6VA 1HKJA 1QOXA 1EA9C 1IZJA 4GO9A 4MAVA 4P7RA 3QOKA 1WZLA 2DSWA 5A95A 2FHCA 4KGLA 4BA0A 4J3WA 2ZUMA 1E3ZA 2VNCA 3DYPA 4QLKA 4Z2HA 3WY1A 1J0HA 2XHYA 5DO8A 2E40A 1E40A 2DIJA 1NWUA 1CGWA 3UG3A 1JL8A 2CKRA 3POHA 3OLIA 4TX8A 1W3LA 3GXIA 3LPPA 4GZJA 4P8XA 4NRRA 3AHXA 2GJXB 1V02A 4QP0A 2DEPA 5C71A 3O6AA 4PBGA 2ZX5A 4YN5A 2ZXBA 1G5AA 5D9MA 5CPQA 1H41A 1J18A 4XX6A 7TAAA 3QHNA 3AMGA 4CD6A 3D3AA 3MANA 4B9YA 1R85A 3ZQ9A 3W28A 4TTGA 4P8UA 4CU7A 4AC1X 4J7RA 3N17A 1U30A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QMK A;  5I77 A;  1EHA A;  2MAN A;  2VR5 A;  5FCZ A;  1KXH A;  2J4G A;  2WKL A;  4PMY A;  1GZJ A;  1ZBW A;  3SIM A;  1QNP A;  4RE4 A;  3WFL A;  2YLL A;  4OOZ A;  2A3E A;  1TR1 A;  1UYQ A;  4J3V A;  3SCS A;  1PAM A;  4OUE A;  1O7A A;  3WEM A;  3WL1 A;  1UA7 A;  2F2H A;  2TAA A;  3AXH A;  4L4P A;  3BAJ A;  4OBS A;  1ZBC A;  4PMV A;  1LL7 A;  1GOR A;  1VEN A;  1UKP A;  3NCO A;  3IK2 A;  1UHV A;  1XRV A;  3CZJ A;  4PEE A;  2QF8 A;  2JEP A;  3SCQ A;  3WKZ A;  3T09 A;  4V27 A;  1CGT A;  1J01 A;  3SCP A;  3ZJ7 A;  3ARS A;  1OB0 A;  2ZUV A;  4UFL A;  1JD7 A;  3WQ5 A;  1JF6 A;  2W92 A;  3MMU A;  5JBF A;  1ZB5 A;  3T0D A;  3AYS A;  1JI2 A;  2BFG A;  1HVX A;  3APG A;  1VAH A;  2ZXQ A;  4W7V A;  2DIE A;  3SCW A;  4UZU A;  1HL9 A;  5HOS A;  1CEN A;  1QNS A;  2XGB A;  4LPC A;  3WBA A;  1LJY A;  2VUY A;  3VD3 A;  3GM8 A;  3W4R A;  2J7E A;  3TOP A;  4KH2 A;  3CHF A;  1XYF A;  4JHO A;  1HNY A;  3WNO A;  4W5U A;  1MXG A;  5AC4 A;  1GQL A;  3EDJ A;  3BSH A;  1HP5 A;  3GXD A;  4AD0 A;  2BHU A;  1HT6 A;  5A94 A;  2AOS A;  2ZIC A;  1Q6C A;  3VIL A;  4D6G A;  1LG2 A;  2A3B A;  1UZ4 A;  2OLH A;  3M6D A;  4P8W A;  1DWJ M;  3AHY A;  4BQ4 A;  4MB5 A;  2VT0 A;  1NAR A;  3NDZ A;  1LF1 A;  1V3J A;  2J62 A;  1EQP A;  1HIZ A;  2EPL X;  2CHN A;  3ZIZ A;  1XCW A;  3BLP X;  4ATL A;  1TVN A;  4KWU A;  4MAZ A;  1JYN A;  4HOW A;  1HJW A;  1B3V A;  1E0X A;  2PWH A;  2BNJ A;  1EQC A;  2X8R A;  3A3H A;  1XH0 A;  1BSI A;  2ZUU A;  3OGS A;  3VIN A;  2WC3 A;  5EBA A;  4AZ5 A;  1P6W A;  1QI3 A;  4GZE A;  4HPG A;  3RIK A;  2XJ7 A;  3I3E A;  1B9Z A;  3RME A;  3AOF A;  3L4V A;  3OA5 A;  3PZI A;  1E6X M;  1QI0 A;  3WNL A;  4HA1 A;  2G3J A;  1JZ3 A;  3AQU A;  2CXG A;  1OIF A;  1K9E A;  1V6X A;  1A3H A;  6TAA A;  1WCG A;  3MO4 A;  1C8Y A;  2EO7 A;  1C92 A;  3W53 A;  2XWD A;  2E0P A;  3TTS A;  3L4T A;  4LYR A;  5CXP A;  2YDR A;  1W2P A;  1ZJA A;  6CGT A;  1Q6D A;  1IZK A;  3VUP A;  1E6P A;  4ACZ A;  4UOZ A;  4FK9 A;  3WQV A;  3AYR A;  1W9D M;  1W9X A;  1OGB A;  4WLC A;  2VZS A;  1PX8 A;  4Z2G A;  3EBV A;  4HZ8 A;  8A3H A;  1XH2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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