2J78 | Genus

Total Genus 186

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	186
sequence length	444
structure length	443
Chain Sequence	VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLED

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-GLUCOSIDASE A
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga maritima
total genus	186
structure length	443
sequence length	444
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2006-10-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2j78A00

1HVXA 2GJXB 2ZUUA 2E4TA 2V3GA 2ZWYA 2A3EA 1ITXA 1R7OA 3AROA 2WMGA 2WHJA 3WUEA 4YHEA 4HA4A 4PTXA 1BYCA 2OWWA 2OYLA 2GJPA 2GFTA 4JFSA 1TZ7A 3I3BA 1H11A 4TVUA 1UD4A 3AOFA 3TOPA 3WF2A 1HJSA 1Q4NX 3L4WA 2V3FA 2WSKA 1VFOA 3IK2A 5DEZA 1H5VA 6CGTA 1SMDA 1K9DA 2O9RA 4UFJA 4W89A 1JXJA 3WNNA 5AYBA 4H04A 3ZJ6A 3ARXA 1CXEA 1JGIA 4P8XA 1MVYA 2YKKA 3DYPA 1FH7A 1EDTA 4X9YA 4PSPA 3UEQA 3U5UA 3K4AA 4RE3A 4MDOA 1J01A 2DT2A 2DQXA 2EJ1A 3WUBA 5I24A 1C92A 5A6KA 3AZSA 3WBEA 5M3WA 1QW9A 3VMOA 4TUFA 3AISA 1VEPA 2YDQA 3ZO9A 3VDCA 1GW1A 1NP2A 5ABGA 1PPIA 5E6ZA 1K9EA 3BSGA 1KBBA 1BLIA 1KCKA 1LG1A 5JBFA 3TA9A 5BXRA 4QFUA 4B9YA 4TXEA 2G3MA 1CGUA 1ODUA 3W0KA 1M01A 4AZHA 1GOKA 1TUXA 4DUXA 2FHBA 2ZXAA 4F66A 3WSUA 1MXDA 2PWEA 1SR0A 5IHRA 1M53A 9CGTA 1AVAA 1JYNA 2JEQA 4GI9A 2PI6A 2GDUA 1HJQA 3GBEA 1ZBCA 1XV8A 3F5JA 1E72M 1KR1A 3UG4A 1OBAA 1CGXA 1WO2A 3BAIA 1GUVA 5EB8A 4HPHA 3WD3A 1UWTA 2CESA 2WVVB 1IT0A 4PTVA 2OWCA 3FN9A 2CIPA 1GQJA 3RM8A 2O9TA 2CERA 1E1EA 1E6RA 4AMCA 2CYGA 2WC3A 1PX4A 4RE4A 1XH2A 1E40A 3K8LA 3W82A 1F4HA 3N17A 3ZT5A 4A3YA 1JZ5A 3W24A 4PYSA 2XSBA 3ZM8A 1U30A 4AZ7A 1UQYA 6A3HA 1JAKA 1J12A 2WZEA 1TA3B 2OYKA 4Q22A 5D8WA 2BVYA 3GBDA 1QNRA 3MV01 3WEMA 2J8GA 1UWQA 4KH2A 1UWSA 1HN1A 2IUZA 1V3KA 1CNVA 3I3DA 3L4UA 2YLAA 3AYSA 3RJYA 4EK7A 3CMJA 2NW0A 2WVUA 1SFSA 3F5KA 4S3KA 3CZJA 2PWGA 2RGMA 1LL6A 2VT0A 4PTWA 1OM0A 4FLSA 1GHRA 4MDPA 1D3CA 2WBKA 1OINA 3ZSSA 2J77A 1ISZA 5I3DA 3BXWA 4FLRA 1MW2A 3GXMA 4NF7A 3WQ4A 1DTUA 1H4PA 3CIVA 1E71M 3CPUA 2EPOA 2ZX7A 5AC4A 4C7FA 5FD0A 4NRRA 3VUPA 3VMPA 4W86A 1CZ1A 3TTOA 1GQLA 3AHVA 2F8QA 4ZXLA 4OOUA 2WHKA 3VNZA 4DWSB 1W9DM 5CLWA 4QLLA 4UQCA 4Z2IA 4DUWA 1E6NA 4HTYA 3RM4A 1GONA 1KBKA 3RDKA 3SCUA 1RD6A 1EOKA 4W84A 2Z1SA 3SCOA 1OGGA 5TD4A 4UQAA 3T0BA 4CD5A 3TTYA 4QCEA 2W92A 4JHZA 1HP5A 4CD6A 4FK9A 2W67A 2DT1A 2JF6A 4GINA 1X1NA 3KWXA 1EQPA 1B1YA 2J74A 1VF8A 3SEPA 3T2OA 3AS2A 1HKIA 3BLKA 3CHCA 2CBUA 2PF0A 2CKRA 4XX6A 2J4GA 4U2ZA 1MFVA 2D24A 3K4DA 4YHGA 2FGLA 3VGGA 3L4YA 2DSVA 5JIWA 3PN8A 2XYLA 1ZBKA 3PZOA 4GZIA 3DC0A 1SYTA 1OSEA 1MQRA 3PZGA 2J7HA 1JNDA 4HMCA 1HF6A 1SMAA 1YQ2A 4DM2A 4W8BA 1CXHA 3DYMA 4JAWA 5IHSA 2C0HA 1WZMA 2E9BA 1BG4A 3ZIZA 3WIJA 3AHYA 1PJ9A 1JFHA 3ARSA 1W3KA 2C8NA 3AMGA 3W53A 2XM1A 3GNOA 7A3HA 3VGFA 4L4PA 1WCGA 4JFWA 4BQ2A 4DUVA 3AFBA 4AIEA 1MXGA 3SCSA 5C8BB 3IJ7A 3BMVA 3SUVA 1CXIA 1F4AA 3ALGA 1J0IA 3W25A 3PZVA 3IJ9A 3UR7A 3KZSA 4H7VA 2ZUTA 2AMGA 2WC4A 1MYRA 2V5DA 2D20A 1JI2A 1J0YA 1UKTA 1MW0A 3BLPX 3CZKA 3WD0A 3PZQA 2NT1A 5ABFA 3AMKA 4K68A 4ZE5A 2WCSA 1RH9A 2CBVA 3CGTA 2ZE0A 3SCWA 1UWRA 3A6OA 3WDRA 1PX3A 3MMDA 4MJ2A 3THCA 1U2YA 2DSZA 3ARYA 3T0DA 1W9PA 3T08A 3RIKA 2ZIDA 3AIUA 3WNMA 1FHLA 2EPLX 3ZQ9A 1OGSA 4DWSD 2F61A 1NOUA 1G9HA 2WWDA 3W26A 2XUCA 3W27A 1XRVA 2PBGA 5KEZA 2G3NA 5DFAA 3IAPA 4P7LA 1KGXA 2AOSA 4CVWA 1LWJA 5HXMA 4D6GA 4MTVA 3GTNA 1BG9A 5C70A 1V6WA 1P6WA 4HOWA 5CSUA 1HJVA 4WKFA 2V5CA 4J3WA 5IFPA 4ZFMA 3OA5A 5GPRA 3VKKA 1NWSA 5A6BD 1PEZA 4AYSA 1E6ZA 1W91A 4UFIA 3OLGA 3W6LA 1CXLA 2Q8XA 1TCMA 2J7CA 1Q6FA 3DHPA 1JNEA 3ZJ7A 3I3EA 2EXOA 1CPUA 6TAAA 3ZJ8A 4EANA 4TVDA 2V38A 2VX7A 2G3IA 1JYWA 1W1YA 3AS0A 4OJYA 2XVNA 4W7WA 5DT7A 3AIEA 5BRQA 5I79A 3AS1A 5E70A 3M6DA 3ZR5A 1BFNA 1E9LA 3AMDA 2D2OA 1UR8A 1AQMA 3SURA 2IXUA 1LF1A 4M80A 2UY3A 4AD4A 2VRKA 1UHVA 3ZT6A 2WZIA 1XHGA 5GNYA 3N18A 5LA1A 1FFRA 4MB3A 1JDAA 1FP9A 1D2KA 1UKOA 1YHTA 4MB4A 2VRJA 5CXPA 2YDSA 5GQBA 4WSKA 1MQQA 4EKJA 2GJXA 1DWFM 2XHYA 3FAWA 5HNNA 2CETA 3HMCA 4AZCB 1CLVA 4PMOA 1UH3A 1KXTA 1OWQA 5A2BA 1WZAA 2CKSA 1C90A 3FHAA 4W8LA 1G1YA 4BQ4A 4QLKA 2FHFA 1EH9A 1JFXA 4A3HA 3CMGA 4UQEA 1KQYA 2DPEA 1CXKA 1D7FA 1Y7VA 5I23A 2D22A 2VL4A 4PUDA 2OSWA 3M7SA 4M24A 3VGBA 2VZUA 2WMJA 3SCRA 1UA7A 3VIMA 4D71A 4MAZA 2XVKA 1OGBA 5HBFA 1FOBA 2J25A 1W3HA 5DT5A 2WMIB 4WJXA 2WKGA 2W4XA 4WLCA 1QNSA 4TOQA 2CXGA 1V6VA 5I2UA 4BQ3A 1MFUA 3MSDA 4QLJA 4AIOA 1ODZA 1I1WA 4QDMA 3A4XA 3MUZ1 1R8LA 4PSRA 1HKKA 2VTFA 3EDKA 2BY1A 4D6FA 2JF7A 2VJXA 4B16A 3L4ZA 3N9KA 3VTRA 1GQIA 2WYSA 2ZX5A 1E73M 1BAGA 3PZUA 3VD9A 2XWEA 1XD0A 2CBJA 1JYVA 2XWDA 5FCZA 3OG2A 3RM9A 1H0GA 1BGGA 3CZ8A 3D5HA 2IXVA 4NZCA 4P7OA 4D6JA 1K9TA 4RL3A 4F8XA 4GQQA 4EE9A 4E2OA 2J7FA 2WANA 3VIJA 5A95A 5LA0A 2GJRA 3NDZA 4MB5A 3AMLA 4AD5A 2CHOA 1E55A 3CZLA 4D72A 1WAWA 3FW6A 2WMKA 4AXNA 4UFLA 5A8QA 3CZEA 1GVIA 1V0NA 2DT3A 4U5KA 2DDXA 5CG0A 1GOMA 3SUSA 3VIGA 3FXYA 1V08A 2OWXA 3NYDA 1GJWA 1GNXA 1BVZA 3BAXA 1E6SM 4UZUA 2PWFA 2G3JA 4P8UA 3RO8A 1U33A 3LPPA 4GXPA 1V02E 4JHOA 1VENA 3KE0A 4V27A 5M17A 2WVVA 3QHOA 2W62A 1QPKA 3FNDA 4CU7A 4PMYA 1E6QM 3AZTA 4TTGA 2XIIA 4AZIA 1HKJA 1QW8A 1K6AA 4AZ6A 4UQBA 3VIKA 3W81A 3SIMA 4HOZA 3ECQA 2JE8A 1UA3A 1NWRA 4QAWA 3FHQA 3POHA 2WW5A 1QNPA 3APGA 2ZXQA 2J8FA 5BYWA 3ALFA 1NWUA 2YBUA 1CBGA 3CUIA 1C8XA 3N12A 1EO7A 4GZJA 2JEPA 4P8VA 3AICA 3BC9A 1E1FA 3VMNA 2VCBA 1CDGA 4CU8A 4JIEA 1JDCA 3PZMA 4HMEA 1E0VA 4CUCA 1BF2A 2RGLA 3BGAA 3DHUA 3VVGA 1KXVA 1V02A 2ZX6A 5I0DA 3IAQA 1V6YA 2OSYA 1LLOA 3BAJA 4PBGA 5GNXA 1J0KA 4UTFA 1HXJA 3NJ3A 5LA2A 5A8OA 3L4TA 1J0ZA 4ATWA 3UR8A 2DEPA 1JI1A 1MW1A 1V6XA 5CJ5A 1LG2A 1E70M 1B2YA 2YDRA 1VFUA 1ZBWA 2WMFA 1BYBA 4UOZA 1IZJA 3BCDA 4H8VA 2D1ZA 4D6IA 1OT2A 3J7HA 2BHYA 2BNJA 1MW3A 2E0PA 3AS3A 4LYQA 2X8RA 3MSGA 5A8PA 2A3CA 1R85A 2E40A 4Z2LA 2PC8A 3NUKA 1WDSA 3AIQA 1L0PA 3LPFA 1OD8A 5CSYA 4KRTA 2XFYA 2BY3A 4PN2A 1UD2A 3UG5A 1J0JA 2YBTA 3OGSA 3ZT7A 2BS9A 2EO7A 3AXIA 1JXKA 4AEEA 1JZ6A 4JFUA 5BXPA 1QBBA 4IM4A 3EMCA 3EMZA 1JZ7A 1B90A 1UQZA 3WD4A 1ECEA 1NWTA 4CN6A 3MUIA 2J79A 1US3A 1B9ZA 1TR1A 3PBGA 1W1PA 2DIEA 1W9XA 5D9OA 2VZSA 2C7FA 2XJ7A 1HL9A 1TG7A 4MB1A 1VB9A 4PMDA 3KL5A 4FLOA 7TAAA 3EBVA 3RILA 2CNCA 1QI4A 4W7UA 2X0HA 1WKYA 4ACYA 4UOQA 2NSXA 2VX6A 2CITA 2ZX9A 4M8UA 5E09A 2QPUA 1E6PA 4ZEPA 1TE1A 1X6NA 3RMEA 3WUGA 3WQVA 2UY5A 3CH9A 3S6TA 4FF5A 2EBNA 3L4VA 4W5UA 3AHZA 3A4WA 4M81A 3UERA 1BSIA 1V0MA 4GZEA 1CLXA 4X0NA 2W91A 3WFZA 1XSJA 2QHAA 1DEDA 2BHUA 1JF6A 3B9DA 4HA3A 4AY1A 1V3LA 2XPKA 5A6SA 1EO5A 1JZ8A 1M7XA 1E4IA 2AAAA 4AD0A 2ZXBA 4JKMA 2YJQA 1FA2A 4OOZA 3PZNA 4V28A 1W32A 3ARUA 4MAVA 1UR4A 3AJ7A 1VBRA 3BAKA 1LQ0A 5KZ6A 5I78A 3BSHA 2BXYA 1W9VA 1MQPA 1DWHM 3VILA 1ZS2A 4HOXA 1GOIA 3WNOA 4C7DA 4BQ5A 1JG9A 3QGVA 3LPOA 3WF1A 4PMXA 2PBOA 2BHZA 2J7EA 2CBIA 2ZUWA 4Z2KA 3ZR6A 3GH5A 4R5EA 1C93A 1JYXA 2WAGA 1H41A 1TVPA 4FMVA 4A4AA 1CYGA 1WDPA 3N1AA 3GXDA 1HJXA 2E9LA 1CIUA 1UWUA 4UQDA 1HVQA 1EHAA 5EMYA 4H8UA 3WF3A 1KXHA 3WNLA 3LPGA 3TTQA 3WEOA 2Y2WA 1DHKA 3L4XA 1E3ZA 2DIJA 5JBEA 1W9UA 3O6AA 4AZGA 1NP0A 3GDBA 3WENA 3VIIA 3N11A 3GNRA 1CEOA 3VDHA 1WZKA 3WBAA 3RCNA 5A94A 4UFHA 2YL6A 1QVBA 2VZTA 1EGZA 1QI3A 1XH1A 1CGVA 2VI0A 3U7BA 3VIOA 3AI0A 5D4YA 1QI0A 2CEQA 1WZLA 1GORA 4UFMA 4AC1X 2HISA 2WSPA 1US2A 1X6LA 2HVMA 2O92A 3OBAA 1KGUA 1EQCA 1UD6A 1C8QA 1LWHA 2WVSA 4NSBA 4CCDA 3N04A 2YIHA 2XVPA 4GI8A 1R87A 1XD1A 1A47A 4WIWA 1E15A 4OKDA 3GZAA 4MNKA 3WDQA 4CKQA 2VUYA 4PCTA 4MJ4A 3NSXA 2O9OA 2QMKA 2ZICA 2QV4A 4CD8A 1KXQA 3M46A 1UH4A 1IZKA 1ISXA 1CWYA 2JFEX 1UR0A 3VO0A 4GO9A 2E8YA 3G6MA 1M04A 1E0XA 4OBSA 1J10A 1H49A 1WP6A 1KB3A 1JDDA 4AZCA 1KWGA 3TTSA 4W5ZA 1DWGM 5E9AA 1JAEA 4PMRA 1UWIA 4Z2JA 3CHFA 2QLYA 3F4VA 1J0HA 2VCAA 2DH2A 4ACZB 5E6YA 4J3TA 4TX8A 2J7GA 1HJUA 3QOMA 4QP0A 1XYFA 5AYIA 1Q6DA 3FY1A 5BROA 1QI2A 3SCNA 3OZPA 3UESA 1WB0A 1W2PA 3O2LA 1HKMA 3VIFA 2WMIA 1LL7A 5JIPA 3OLDA 2UWFA 3PTMA 5D9PA 5EBAA 5BRPA 2Y8VA 3T2PA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3NSN A;  2BFG A;  3ARZ A;  3WF0 A;  1PZ2 A;  4JKK A;  1XCW A;  5A1A A;  5CPS A;  4IPL A;  3PTQ A;  4ZXO A;  2VX4 A;  3WL1 A;  1XCX A;  1WNO A;  2VZO A;  5HDR A;  3U57 A;  4CCE A;  2D3N A;  3PZI A;  3CUJ A;  4H41 A;  4AW7 A;  5A3H A;  5IDI A;  3VDB A;  4OZO A;  2QPS A;  3WEL A;  4E8C A;  2D0H A;  3QHN A;  2D3L A;  3NIY A;  5I5R A;  1M03 A;  2QMJ A;  3AIB A;  1W1T A;  1DWI M;  3A3H A;  5A6J A;  1W2V A;  4HMD A;  4JL2 A;  2JIW A;  1RP9 A;  5ECU A;  3SUU A;  8CGT A;  4KRU A;  1HIZ A;  3WQ6 A;  2WNW A;  5CZK A;  3VOC A;  1E4N A;  3MAN A;  2JIE A;  2BVD A;  3WF4 A;  2XTK A;  4HU8 A;  1PAM A;  3SCT A;  4W93 A;  3GNP A;  3UG3 A;  5I6S A;  1Q6E A;  5EFF A;  3OIH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2J78A

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