2J7CA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with phenylaminomethyl-derived glucoimidazole
Total Genus 176

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
443
structure length
437
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
50100150200250300350400400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 176
structure length 437
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7cA00
3VD7A 1AVAA 1R86A 1L8NA 3BCFA 3MV11 4OOUA 4UOZA 2VX5A 5CPQA 3WQ8A 3N13A 5CPTA 3TA9A 1US2A 1WDSA 1V03A 4D1JA 1QNOA 3CO4A 1QPKA 4MB1A 3AS2A 4W7WA 5D9PA 3TOPA 4X0VA 5I6SA 2E8YA 4D6JA 1CZ1A 1E4LA 1PX4A 1BQCA 2W92A 3ZSSA 4DWSD 2XYLA 3PZIA 2BXZA 2ZWZA 1ZBVA 1HNYA 5E6YA 2ZUTA 2YA2A 1CIUA 1W1PA 3SCUA 3T2QA 4QFUA 1E3ZA 1HL9A 1BGGA 4D71A 4DUWA 1CGWA 1KBBA 1Q6DA 4P7QA 1EDGA 1Z32X 3BMVA 2X0HA 3VGGA 3VD3A 4JHOA 1FOBA 1J0KA 3VDAA 1CXIA 2J7HA 3WQVA 3WMCA 3AS1A 1PJ9A 1E6RA 4YHEA 2WMFA 1OT1A 1CYGA 3AQUA 3BAJA 1W3JA 4AMCA 5JBFA 3ARQA 5I5RA 1CBGA 4U5KA 4H8VA 4AD4A 1D2KA 3OIHA 1HP4A 3HMCA 2W91A 3AFBA 1E6QM 3GM8A 1DP0A 1W3HA 5TD4A 4GIAA 1UH4A 4GQRA 3WH5A 3GZAA 1IV8A 4HA1A 2YA1A 3VGEA 4ZFMA 3ZT7A 1ESWA 2EJ1A 3WF4A 3TP4A 5M17A 1EDTA 4W7VA 3F5KA 5ABHA 5I79A 3M46A 1V0KA 1QOXA 4HMCA 3VPLA 4W7UA 4OBSA 1XCXA 4XZBA 1C8QA 2WXDM 5BROA 3OLGA 3VGFA 4ZXLA 2OYLA 1G1YA 4AZIA 1UKTA 1ITCA 1NH6A 3WF2A 1OSEA 5GQBA 1NWRA 2EPOA 5E0FA 1OT2A 4ZE4A 1Q6CA 1KGUA 3HJEA 2WMJA 1H4PA 5I77A 1VFMA 4UOQA 1A3HA 4N0RA 2VCAA 3AS0A 3VDHA 4HU8A 1BG9A 1QHOA 3POCA 2YL9A 3PZNA 1K9FA 3AMKA 3VIFA 2BY2A 4GINA 2D3NA 2J7CA 4AD2A 1ZBCA 1BPLB 2D3LA 4UFMA 5FKYA 5CPSA 4W86A 4AEFA 1TR1A 1KWKA 3ARWA 3OGSA 2Z1SA 3TTSA 1ISZA 2PC8A 3CZ8A 1B9ZA 4QLJA 4AEEA 4WF7A 4IUGA 1G01A 4BQ4A 1AQ0A 2OWXA 2WWDA 4LPCA 1E6PA 2YOCA 1XCWA 2XFRA 3T09A 3SIMA 1AQMA 1HKMA 2D0FA 1V6WA 3CHDA 3WUBA 1F4HA 3FAXA 4J3XA 2YL8A 2ZUUA 4P7LA 5M5DA 1X1NA 4UQDA 1OWQA 4PSRA 1V02E 2UY4A 4M56A 5A69A 3UESA 3CZEA 2A3AA 3PZOA 1PPIA 1NM9A 3VO0A 4U3AA 3WD2A 3WD1A 1CECA 2GSJA 3MS8A 3ARZA 1LJYA 5HPCA 3RJXA 5HXMA 4U2YA 2GVYA 3SCTA 1E43A 1J0JA 3GH7A 5EFFA 4AD3A 2YKKA 2XM1A 2WSPA 5GNYA 1WNOA 5A6BD 3UG4A 2QLYA 3OLDA 3RDKA 3KE0A 4WKAA 1UKOA 1RP8A 3MO4A 4B16A 2ZUSA 1E9LA 3OBAA 3LPFA 1CENA 2XIBA 2CPUA 2UY2A 4HP5A 4J3SA 1JZ2A 4UZUA 2XSAA 5HOSA 4FLQA 3WDQA 1US3A 2ZICA 2OYKA 5IHRA 4QLKA 2ZIDA 4RE2A 3SCNA 1LQ0A 1PZ3A 5AC4A 2J78A 4H41A 2FH6A 5D9OA 1UWRA 4MDPA 2CITA 3A3HA 1GOKA 5IXEA 1BFNA 4AY1A 1M01A 3W37A 1RP9A 2WCSA 5BYWA 3ALGA 2EBNA 3N17A 1TA3A 3AIBA 2X8RA 1KQYA 5FCZA 2WW5A 4UQBA 3WNPA 3UEQA 2O92A 1JZ6A 6TAAA 1JF5A 1Q4NX 1B30A 1V3HA 3QOMA 1SMAA 3GBEA 1JXKA 4M81A 3GXMA 1O7AA 3DHUA 4W85A 1PX8A 1W1VA 3F5JA 3WSUA 4B3KA 2X09A 4Z2HA 1QBBA 1D3CA 2BHUA 3O6AA 3VX0A 2ZWYA 4C7DA 3BH4A 3I3EA 5DEZA 1DEDA 3E1F1 4D6EA 2W63A 4ZXOA 4U5IA 3BCDA 1V3JA 4DUVA 3B9DA 1GOQA 3WQ4A 1JNEA 4XZWA 4BQ3A 1EQCA 1I1XA 2XVPA 3A4XA 5CSUA 5FL0A 3BGAA 1HIZA 2D24A 1HKJA 3ZJ6A 2D0GA 1E5NA 2EEXA 3IK2A 4PTVA 2YLAA 3AIQA 3B9EA 1EDQA 3K1DA 3VD4A 3BXWA 1JDDA 1KCKA 2CCRA 4H04A 2BVYA 5E09A 4AZ7A 3WDHA 4GZIA 4C7GA 2A3CA 2E9MA 4OIFA 3AZSA 5A6KA 5BCAA 1H0GA 4AC1X 3I3DA 2ZX8A 4QCEA 1CXFA 1GHRA 4JCLA 4MB5A 4M82A 2G8ZA 1MQRA 5DT5A 1W3KA 3SUVA 4AYSA 2GK1B 3PTMA 5HBFA 1UR0A 1H3GA 1TUXA 1UHVA 3B8SA 1V6UA 3IANA 1BYAA 1J0HA 1JDAA 3VIPA 2ZOXA 2BS9A 5BXTA 2VX7A 1NOFA 5A8PA 1FP9A 3U5YA 5I3DA 3FNDA 1G0CA 2D22A 3VIHA 2OLHA 1J01A 1TG7A 2JE8A 4XX6A 1K9TA 2E4TA 3HN3A 1V3IA 4K68A 3VD9A 3CUFA 1HJSA 3OZOA 1TCMA 1OCQA 4NSBA 1DWAM 5JIWA 2W4XA 1C92A 3WNLA 4BS0A 3CZKA 2BXYA 3WENA 3N04A 4WIWA 1M03A 5HPOA 4GQQA 2DIEA 1XYFA 3AHZA 3QR3A 2J74A 1XC6A 3NSMA 5EMYA 2FHBA 1VEOA 1GJUA 4M29A 5IFPA 3A4WA 5A6LA 2FGLA 3VIIA 4CU7A 1CTNA 1VJZA 4MDOA 4PMZA 3K4DA 2OSYA 2EXOA 3AHYA 4W8LA 1VFFA 5A94A 4MTVA 2WWCA 1XYZA 4CD8A 4UFKA 4DWSA 1GOMA 2CHNA 3WH6A 3T08A 4PMQA 2YIHA 5BWFA 5AYIA 1KQZA 2DSKA 4E8DA 5CSYA 2YJQA 4CN4A 5HNNA 1CXLA 1BGAA 2DSVA 1BAGA 3BLKA 1W2PA 8A3HA 1KXQA 2WHJA 3L4WA 2ZE0A 3L4UA 1UR4A 3WNNA 5D9MA 1QNQA 2VUYA 2D2OA 3CMJA 5DO8A 4LYQA 2NT1A 1E72M 1LL4A 1XSKA 3W27A 4EK7A 1KBKA 2XM2A 3PZTA 1BF2A 1W1TA 4CCEA 1HN1A 4X9YA 3WL0A 1W9PA 1HP5A 1NQ6A 3ZR6A 4J27A 2VO5A 5AY7A 3AMDA 4KGLA 3UR7A 1RD6A 2VX6A 2WZHA 4PSPA 1E6SM 4AD0A 2WC7A 1CGXA 5I23A 1H09A 1MFVA 1ISWA 4MNMA 1Q6FA 1VF8A 2G3MA 1QNRA 3AZRA 5DF0A 5A8MA 3BAYA 3VIMA 4U33A 4AZ5A 3VUPA 2MANA 2XVKA 1RH9A 1MVYA 3WUFA 2A3BA 3F4VA 4PMDA 3ARVA 2XWDA 4FLSA 4UCFA 2Y4SA 2VI0A 1ISXA 2XG9A 3RMEA 5A6AA 1E70M 3UG5A 1BVZA 3LPPA 1AMYA 1H1NA 3K8KA 4P8WA 1YQ2A 4JIEA 4PCSA 1EA9C 5M3WA 4MNJA 1CWYA 1JAEA 1NOWA 3AISA 1G5AA 4Y7EA 1JFHA 1GQIA 1QHPA 5KZ6A 1KR0A 1UZ4A 3GNPA 2XFFA 4ATDA 2YDQA 1U33A 1WZMA 4HA4A 4Z2KA 5DFAA 1CXHA 1E1EA 1X6LA 1R7OA 2YBTA 1MW2A 1J10A 1H49A 1ISYA 4PMVA 5C71A 1C8XA 3L2MA 1EHAA 1JZ3A 1UR9A 3ZMRA 4D72A 3VX1A 2YLLA 1JGIA 3GNRA 3QOKA 1E15A 2WZEA 4GZEA 2DT0A 3OB8A 3RM4A 4PTMA 2BHZA 2FGZA 2XSBA 4U3CA 2FHCA 3T2OA 1B0IA 1UWSA 2G3IA 2WCAA 9CGTA 1EXPA 1H5VA 3T0BA 2PB1A 1E3XA 2J7DA 2V38A 3AMLA 3KL5A 3ARYA 1VJSA 2XJ7A 4BF7A 2CBVA 2WK2A 1MW0A 1CGUA 2WVVA 3AIRA 4JHZA 1WZAA 3W26A 2O9PA 1FFQA 1NP0A 4NRSA 4UNIA 2AOSA 1OGGA 2DT2A 2EPNA 3U57A 4E4PA 1GHSA 4AZHA 2E9BA 1QVBA 2A3EA 3ZJKA 2NW0A 5A8QA 1XD1A 3U5UA 2WAGA 3A47A 1TMQA 3MMWA 2Y24A 4OBRA 2GJRA 5D8ZA 1W91A 3A4AA 5CQ1A 2V3DA 5A6JA 1BYBA 4D6GA 4PMUA 2WMKA 1VBUA 5EBAA 4ACYA 4MJ4A 4KH2A 4LQ1A 5A6BA 3CPUA 1BYCA 2D1ZA 4TXEA 1BLIA 3AMCA 1UWQA 2WC4A 4DWSB 2CESA 2NSXA 1MXGA 5A6MA 4EKJA 2J25A 1CEOA 2CYGA 4P7NA 2ESCA 1X6NA 1ZJBA 2J47A 4ML4A 2WBGA 1OB0A 4DM1A 3PZUA 3K8MA 2XWEA 2IXVA 1SFSA 2WNWA 2E40A 3W53A 1UYQA 1CXEA 3LPGA 2QMKA 4BCEA 3GH5A 2YDSA 5CLWA 5FIPA 3W25A 3D3AA 3GNOA 4TX6A 1E73M 2OWCA 1XV8A 5A2AA 2WBKA 3EDKA 2NT0A 4D6DA 4CGTA 3ZT6A 5D4YA 3ARUA 3WN6A 4TVDA 2GK1A 1DWHM 2WSKA 1ZB5A 1W9DM 3FHAA 3APGA 2TAAA 5C70A 1F4AA 4PCTA 4GPNA 1J18A 1GZJA 1TFVA 1BSIA 2ZXAA 1KCLA 3B9AA 1ZL1A 2VZSA 5I2UA 2DSUA 3MUZ1 2D23A 2E0PA 4LX4A 1K9DA 1VBRA 3CHEA 1KGXA 3EBVA 3MUY1 4P8UA 4J7RA 4UQAA 3AXIA 4J3VA 3AI0A 2QF8A 1W2VA 1UG6A 1OIMA 1UWIA 2WHKA 1B3YA 2ZUNA 2ZXBA 3RIKA 4W87A 4BZYA 4AISA 2GFTA 2O9RA 4DUXA 1FH8A 3NDZA 4JL2A 1JZ7A 3O2LA 1NWTA 2F8QA 4LYRA 1JG9A 3NYDA 4GO9A 1OGSA 3PZQA 1HF6A 2BFGA 1V3LA 2X1IA 5A6SA 2CHOA 3CUHA 4JCMA 4H8UA 5I24A 1C3FA 1ISVA 2WVUA 1V3KA 4H2CA 3WF0A 3WD3A 4UQCA 3FY1A 3MSGA 1B2YA 2J7FA 1ZS2A 2E3ZA 1JZ4A 3GXDA 1NP2A 2G4FA 3MSDA 2VVSA 4WJXA 2W66A 3ZJ7A 3RM8A 7TAAA 3WD0A 1QI0A 2XVNA 4AIUA 1BYDA 1WZLA 2WANA 3N12A 4V2XA 1WCGA 3WQ6A 3FAWA 2V3EA 1KXHA 4Z2GA 1MW3A 2JF7A 5GNZA 2WVVB 4FLOA 3WF3A 3A6OA 3VDBA 2XPKA 2PWFA 1EO5A 3VM5A 1JYNA 2X05A 3ARTA 3D5HA 2OSXA 1GOWA 5A2CA 4ZEPA 2YDRA 3BAXA 1G94A 3GXIA 5A95A 2WC3A 2BY3A 2JALA 1V02A 4PUEA 4AD1A 4D6IA 4MJ2A 4F79A 4TVUA 4J3TA 5ABEA 2X0YA 3TTQA 4AZGA 4C7FA 3WEOA 4KMQA 4H7VA 2D20A 2J8GA 4D1IA 2CBJA 4AW7A 5FD0A 1NWSA 3AS3A 1CGYA 4E2OA 3AICA 3ZM8A 3VIGA 3VMPA 1MWOA 3RM9A 3WMSA 2GDUA 1OBAA 2J7BA 1QW8A 3PZ9A 1E6ZA 2FHFA 1UD8A 2J7GA 1RPKA 2VNCA 5EFDA 3WUGA 5A3HA 3LMYA 3WKZA 1FHDA 1EO7A 1U2YA 2ZXQA 2VQUA 1B3ZA 1CXKA 2XUCA 1HJUA 2V5CA 2YL6A 3S6TA 4QDMA 3WH9A 2JEPA 1QW9A 5CLTA 3JUGA 3DECA 2BVDA 4HMEA 4RE4A 2VR4A 1UD6A 3WNKA 1K6AA 4A3YA 5CZKA 4FF5A 4HZ6A 2JFEX 3W82A 1JAKA 1GONA 1DTUA 1MW1A 4XB3A 2RGLA 2WLYA 4HPHA 2Y8KA 3FN9A 1Y7VA 4OOZA 4DWSC 3NIYA 5IHSA 5D9NA 1MQPA 6A3HA 2CBIA 3BAIA 3OLIA 3OGRA 2WHLA 3CHCA 3SCSA 3AYSA 1JDCA 4M24A 1WDPA 2AMGA 1WAWA 1DWFM 2QPSA 1V0MA 2JF6A 2ZX7A 4NI3A 2XVLA 3QHOA 2X2YA 3M7SA 1R85A 4GZJA 3VIOA 3CZGA 2DPEA 4UQEA 2PWHA 3LPOA 5BXPA 3AHTA 3M6DA 4JFTA 4N42A 5ABFB 2UY5A 2VURA 1PZ2A 3MV01 4W8BA 2GJXB 4A3HA 3FXYA 2O9TA 1MQQA 2XVGA 3WQ5A 1E4IA 5IFTA 1VEMA 1ODZA 2BVTA 1UKPA 4MNLA 2PF0A 1WPCA 4P7RA 2Z1KA 1TVPA 2BHYA 4LGXA 1VEPA 1C91A 2J75A 5LA2A 4AXNA 1E55A 1C8YA 3EDDA 3GBDA 2WMHA 3OLEA 4GI8A 4HU0A 5GNXA 3SURA 1XGZA 4P7OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VD7 A;  1AVA A;  1R86 A;  1L8N A;  3BCF A;  3MV1 1;  4OOU A;  4UOZ A;  2VX5 A;  5CPQ A;  3WQ8 A;  3N13 A;  5CPT A;  3TA9 A;  1US2 A;  1WDS A;  1V03 A;  4D1J A;  1QNO A;  3CO4 A;  1QPK A;  4MB1 A;  3AS2 A;  4W7W A;  5D9P A;  3TOP A;  4X0V A;  5I6S A;  2E8Y A;  4D6J A;  1CZ1 A;  1E4L A;  1PX4 A;  1BQC A;  2W92 A;  3ZSS A;  4DWS D;  2XYL A;  3PZI A;  2BXZ A;  2ZWZ A;  1ZBV A;  1HNY A;  5E6Y A;  2ZUT A;  2YA2 A;  1CIU A;  1W1P A;  3SCU A;  3T2Q A;  4QFU A;  1E3Z A;  1HL9 A;  1BGG A;  4D71 A;  4DUW A;  1CGW A;  1KBB A;  1Q6D A;  4P7Q A;  1EDG A;  1Z32 X;  3BMV A;  2X0H A;  3VGG A;  3VD3 A;  4JHO A;  1FOB A;  1J0K A;  3VDA A;  1CXI A;  2J7H A;  3WQV A;  3WMC A;  3AS1 A;  1PJ9 A;  1E6R A;  4YHE A;  2WMF A;  1OT1 A;  1CYG A;  3AQU A;  3BAJ A;  1W3J A;  4AMC A;  5JBF A;  3ARQ A;  5I5R A;  1CBG A;  4U5K A;  4H8V A;  4AD4 A;  1D2K A;  3OIH A;  1HP4 A;  3HMC A;  2W91 A;  3AFB A;  1E6Q M;  3GM8 A;  1DP0 A;  1W3H A;  5TD4 A;  4GIA A;  1UH4 A;  4GQR A;  3WH5 A;  3GZA A;  1IV8 A;  4HA1 A;  2YA1 A;  3VGE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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