2J7CA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with phenylaminomethyl-derived glucoimidazole
Total Genus 176

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
443
structure length
437
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
50100150200250300350400400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 176
structure length 437
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7cA00
2BY0A 4P7QA 4P8WA 1E0XA 1W2PA 1ZU8A 1TE1A 3SCUA 4ZE4A 3AISA 2VZOA 4D6JA 1VBUA 2GJRA 1BYCA 1M53A 1UKTA 3RM8A 3GNOA 1EGZA 3ZO9A 1E43A 3W53A 4ZEPA 1E5JA 2J74A 4OOZA 5D9OA 1OT2A 1MQPA 3PZIA 3O2LA 4UQ9A 1D2KA 2D22A 1TUXA 2JE8A 1JDAA 1I1WA 3RCNA 5JBFA 2G3MA 2VO5A 3WD4A 4MTVA 3F4VA 4NZCA 3N12A 2GK1A 3AZTA 4PTWA 4MJ2A 2XWEA 4TOQA 4W5ZA 2YDQA 4B9ZA 1DEDA 2W61A 1R86A 4WKFA 4QCFA 1BHGA 2XSAA 2V3EA 4J7RA 3EDDA 3L2LA 4CCDA 5CZKA 3MUAA 2YA1A 3ARUA 1H0GA 2WMIA 1J0KA 1IV8A 2G4FA 2YBTA 1CYGA 1ODUA 1RPKA 4A3YA 2DH3A 2FHFA 4TX8A 1C8XA 1Q6EA 1YHTA 4AMCA 4B3KA 3WNPA 3PZVA 3RM4A 4QDMA 3WQ4A 3G6MA 4NSBA 3W24A 1E6XM 3M07A 1GVIA 1UYQA 2IXUA 4JFVA 5CG0A 4W8AA 5BYWA 1JYNA 4MDPA 2OWWA 1W1PA 5CPSA 1KR0A 2B31A 1WDSA 2WVTA 3A4WA 4AW7A 3NYDA 1QHZA 3N1AA 4S3JA 3T0BA 4J3XA 1DTUA 3PZTA 1G5AA 2A3EA 1GOOA 2HISA 4ATWA 1W9PA 2ZICA 1JFHA 1E6RA 1HXJA 1EOMA 4CU7A 3UERA 1PX8A 3F5JA 4UCFA 3VM7A 3SUSA 2UY4A 2NT0A 3KE0A 4UQDA 4C7GA 1ISZA 9CGTA 3ZQ9A 4CD5A 4MAZA 2BXYA 1H41A 3A3HA 2VT0A 4BZYA 3GXFA 2BNJA 2W4XA 4L4OA 4FK9A 2DIEA 2WMJA 3K8LA 4GI8A 3AFBA 4B16A 4MNLA 2J47A 3PTQA 4HZ8A 3AI0A 5D9MA 3E1F1 2XVGA 4LQ1A 5HPCA 3NDYA 1HJWA 2VQUA 1G9HA 2WMKA 1E4NA 3ALGA 5BXTA 1AMYA 4Z2GA 1JG9A 1GQJA 1PAMA 2Z1KA 4RE2A 5CPTA 1DHKA 2WANA 3BAXA 1WP6A 2D3NA 3HMCA 1UZ1A 4MB4A 1V3LA 4FF5A 4ZFMA 3MO4A 1UWQA 2YLLA 5JBEA 2UY3A 2VURA 3PZQA 2OLHA 1PIFA 1QVBA 3ZJ7A 4U5IA 2E9BA 4UFKA 3W26A 1HJUA 3AICA 5E0CA 2WXDM 3EBVA 2NT1A 4PRWA 4MADA 2J7EA 3KL0A 3VDHA 4V27A 2AMGA 4J3WA 3L4YA 4WIWA 3CHCA 1EQPA 8CGTA 1JD9A 3GBDA 1LL4A 1KXVA 5DFAA 4F8XA 4C7FA 4GKLA 1CXHA 1JZ6A 4ACZA 3ZSTA 1C3FA 1V6UA 2DEPA 2ZX5A 3HU7A 4WKHA 3SUVA 5IHSA 1JDDA 3WEOA 4URIA 3WF4A 3WQWA 2FHBA 1PZ3A 2D3LA 4U5KA 4Z2LA 4W7VA 5E9AA 3W81A 2XVLA 2ZX7A 4QFUA 2EPKX 3KZSA 2BY2A 1ITCA 4M29A 5IFPA 2D2OA 3W6MA 3B9AA 3RM9A 1KCLA 4XV0A 3RMEA 4MB5A 2W66A 4B9YA 2CKSA 3MS8A 1OD8A 2WB5A 1LQ0A 1EXPA 3AIWA 1JF6A 3PZGA 1W2VA 5KZ6A 1KBBA 7A3HA 4GI6A 4CGTA 1DWGM 3IAQA 3T2OA 1GJUA 4ATDA 3BC9A 4D6FA 1QI5A 4MJ4A 4J3VA 5EMYA 1RP8A 1W3KA 3AHZA 3RO8A 1HKMA 4EAMA 2Z1SA 4HTYA 2CBUA 2A3CA 2FHCA 5A94A 3KWXA 2X0YA 1LWJA 1W9BM 4LGXA 3WL1A 2WWDA 1EO5A 1M04A 1W3LA 2Y8VA 3M46A 4KMQA 5I5RA 3VX0A 3PZNA 2DGAA 5I79A 3WD3A 2WK2A 3SUWA 2WC7A 3BLPX 5D8ZA 3KL3A 3WD1A 3GZAA 4AZ7A 2E40A 3UETA 4DUVA 1C8YA 1E0WA 1F4HA 3A4AA 2VL4A 5A6AA 1JYXA 4LYQA 3CUGA 3SCWA 3OLIA 4X9YA 3WD0A 3PN8A 4GZIA 5IHRA 1HT6A 3D3AA 4HA1A 3VGHA 5CPQA 5A2AA 1R8LA 1UD6A 1CPUA 1UH4A 4K68A 1FH7A 4BF7A 4F9DA 3SCRA 4U2ZA 5DT5A 3PZ9A 4PMYA 2VZTA 3EDJA 3AXIA 4WKAA 4PMVA 5E0FA 4UQEA 2Y24A 2VZVA 1KCKA 4AXNA 1PX3A 3WBAA 1H1NA 4CD6A 5D4YA 4ATLA 1U33A 5DO8A 1QW9A 3T09A 1HJQA 1CDGA 5E70A 2JIEA 1OCQA 1CXIA 1BPLB 1XGZA 4YHEA 3VGEA 1E4MM 1E70M 3PTKA 2WVVA 5CSYA 1B31A 2A3BA 3WQ8A 4KH2A 1VFMA 2ZUUA 1CXKA 1K9DA 2ZUNA 3ARXA 4JAWA 4J3SA 4TX6A 1J9YA 2J4GA 4AEFA 3AXXA 4PMQA 2XYLA 4PUEA 3GDBA 4TTGA 1TCMA 1GQIA 4DM2A 2JEPA 1UH2A 2WLZA 4W8LA 4MNMA 1CGVA 2WM0A 1VRXA 2JFEX 1Q6GA 1BAGA 3SUTA 4NRRA 3EYPA 2WBGA 4D6CA 3VD9A 2XJ7A 3OIHA 2XSBA 1CXFA 2BXZA 3MUZ1 4H2CA 1CWYA 2ZXAA 2BHUA 4MAVA 3RJYA 4U2YA 3ZR6A 3ZJKA 4MB1A 5CLTA 4HMDA 4AD5A 5I78A 3ARZA 4D72A 4D6HA 1X1NA 2J7BA 1HVQA 3L4UA 4GQQA 3QHMA 4HA4A 3T0AA 2J7CA 4ML4A 4F79A 4AISA 2FH8A 4UNIA 2JF6A 2J77A 3G6LA 4BA0A 2Q8XA 1PPIA 5KEZA 3WMSA 4LYRA 3WIJA 2Y8KA 2C7FA 3AXHA 1TA3B 1UQZA 4JL1A 1XH2A 2VR5A 1C92A 3HJEA 4HOXA 2WYSA 1PX4A 4LYPA 1V02E 2WCSA 2YBUA 1R7AA 3AIQA 4W86A 1C8QA 4ACYA 2X0HA 4JIEA 2QPUA 2YL9A 3IJ9A 4GZJA 4P7OA 1WZKA 1WDRA 5GNZA 3PZOA 2D20A 3OLDA 1JXJA 4JKMA 1W3HA 1CZ1A 3VGDA 3UG4A 1EIBA 5HDRA 2YDSA 2YL6A 4HU0A 2EPMX 3MKKA 5A8NA 4AZCA 3WH9A 2VC9A 3SUUA 1CGXA 5ECUA 2F61A 5IDIA 3OGSA 3AYSA 3CZEA 3W37A 3ZIZA 1US2A 4AZIA 3WN6A 4XX6A 2J62A 3UG5A 4JFTA 4PCSA 1GOWA 2PB1A 1BQCA 4HMCA 2D0GA 3U5YA 3WF2A 1B3XA 1B3VA 1K6AA 4PTMA 5E6YA 4AZHA 3VILA 3BH4A 4FLQA 2VRJA 3UCQA 3UG3A 1HKIA 3GBEA 4V28A 3W4RA 1ZJAA 1H0IA 2GJPA 2J8FA 3NSXA 3SURA 3JUGA 5I77A 4LPCA 1E71M 3WDIA 2DH2A 2VCCA 4JL2A 2GDVA 3NIYA 1HKKA 4JFSA 1VB9A 1HF6A 4PSRA 3VMOA 1V0LA 2RGLA 3WL0A 2WWCA 1C90A 1J0IA 1JI2A 3VDAA 3NDZA 2ZXBA 1J01A 1LG2A 4JCMA 2CBJA 3WD2A 3B8SA 3CZKA 2XTKA 3GTNA 1I1XA 5A6BA 1UR0A 2VR4A 1ECEA 2ZE0A 8A3HA 1QBAA 2FGZA 1G1YA 4GQRA 2WCAA 4M81A 4X0VA 1NM9A 1V6VA 2ZUTA 4JFUA 3FHQA 1BYDA 2YLAA 3I3BA 3BAWA 3WQ6A 1MW0A 3THDA 1EHNA 3OZOA 3OA5A 2GK1B 4KGJA 1KXTA 2TAAA 1JNEA 1KGXA 3ZJ8A 1DP0A 3QHOA 1GVYA 2WLYA 1MXDA 3T2QA 4YPJA 2CHOA 4JKKA 1I75A 4UFLA 1V6YA 5BCAA 1LL6A 2OSWA 3VIJA 5EFFA 3AIVA 3VMPA 4WJXA 1EH9A 5HXMA 2FDMA 2BHYA 2WMIB 3T08A 1V3IA 4HPHA 1UG6A 1S46A 4AZ6A 3IJ7A 1W9UA 4AY1A 1OSEA 3IANA 3LPOA 4JCLA 3AMKA 3MU7A 4ZE5A 3LPFA 3TTOA 1VFOA 5M3WA 2XFFA 1E4LA 5A2CA 2PF0A 1B0IA 3ARPA 2E8YA 1XHGA 3BAIA 1H4PA 2G3JA 1E3ZA 4W7UA 4CN6A 3UR7A 3FN9A 1JFXA 1V3HA 5TD4A 1KWKA 1QNSA 2ZX6A 2O9RA 2WC4A 3VNYA 4PMZA 1EA9C 3A47A 5FKYA 3AHTA 3VGFA 4UTFA 1ZJBA 1M01A 5HNNA 1BYAA 1OGBA 4DM1A 1QNOA 3AMDA 3EDKA 1FH8A 3W25A 1WPCA 4P7NA 1W1TA 1ISWA 1BYBA 5M17A 2BVTA 2EEXA 3NCOA 4WSJA 1HNYA 3QOMA 1DWFM 4CVWA 1NARA 3PTMA 4AIUA 1EDQA 1JZ4A 3O6AA 3AHYA 3CZJA 1UR2A 3CIVA 4GO8A 2PBGA 1QI3A 2BY1A 1U2YA 3FXYA 4BQ3A 5FIPA 2EPOA 1HN1A 2NW0A 3RDKA 3WBEA 4H8HA 1H49A 4PMNA 2WBKA 2X05A 4PYSA 3AHVA 2ZUMA 1E4IA 1E6PA 1LLOA 3S6TA 1MW2A 2CERA 1EHAA 4AYSA 3WUEA 2DDXA 3K4DA 5AY7A 3ALFA 4UOJA 2CXGA 4JHZA 2BHZA 1E9LA 3IK2A 4UOZA 4OJYA 2OYLA 1H3GA 4JHOA 2DT3A 3AQUA 1J12A 4Q22A 1OB0A 4E2OA 1WO2A 5D9NA 2XFRA 2WHLA 1UD4A 3WKZA 4M80A 4P8XA 1BF2A 1W1YA 1W9XA 3QR3A 4WF7A 1WB0A 1YQ2A 1A3HA 1W9VA 2C0HA 1LL7A 2CBIA 4W8BA 3WEMA 2GVYA 2PWHA 3DC0A 4HA3A 2VUYA 2CHNA 2HVMA 1UKSA 2CKRA 1VEMA 3VDBA 2XHYA 2J8GA 3POCA 5E6ZA 2QPSA 2QHAA 2WKLA 4QAWA 4UFIA 1GORA 2JEQA 5FCZA 2O9OA 3QGVA 5D8WA 5ABHA 1MW1A 4TVDA 3AYRA 1J0JA 4OUEA 3L4ZA 3SCPA 2VZUA 1Q6DA 1QI2A 2E4TA 4WK9A 2C8NA 2EQDA 1ISYA 2YDRA 3N18A 1BGGA 3CUFA 1E55A 1TFVA 1SMDA 4CN4A 1ZB5A 4EKJA 4PCTA 1IZKA 1NWSA 2VTFA 3W29A 5A69A 2VOTA 2CCRA 5JBDA 1HL8A 3CMJA 3OBAA 3BAJA 2E9LA 5HOSA 2WAGA 1EDGA 5M5DA 3AMGA 4NI3A 2ESCA 5A6KA 1QNRA 3TTSA 2GFTA 3BCFA 3VUPA 3K46A 4D6EA 2YOCA 5CXPA 4CD8A 1VJZA 2XM1A 4PMOA 4MB3A 3WELA 4RE4A 5M03A 1E6QM 3GH7A 2WKGA 1QI4A 2XIIA 3ARWA 3VD3A 4H8VA 5A95A 3VGBA 1VF8A 2A3HA 1ODZA 4E4PA 1XSKA 3S2CA 2DSUA 4HOZA 3RIKA 3MANA 5ABFA 1TZ7A 1RP9A 5A8PA 2DIJA 1V0KA 3AMLA 2X1IA 2J7DA 2NSXA 1XSJA 4B3LA 1C7TA 1NOFA 1WDQA 3BGAA 4HPGA 3VX1A 3WDHA 4W5UA 2WMFA 3VM5A 5F7UA 5IFTA 4ZXLA 2YL5A 3WF1A 4PUDA 2WPGA 3A6OA 2EBNA 3VIPA 4P7RA 3ARRA 3BSGA 3VIIA 3VVGA 1V3KA 2MANA 5FL1A 4EANA 1JD7A 1BSIA 1ISVA 4CVUA 3U57A 1W32A 4IPNB 2EXOA 5BXRA 1B9ZA 4U33A 1R87A 4BQ2A 2CETA 1FFRA 4D1IA 3IJ8A 5IXEA 1JGIA 3WNKA 1ZS2A 3OG2A 3U7VA 2PC8A 5CLWA 1JYWA 1CLVA 2ZXDA 4UQAA 1V3JA 2QV4A 3ZM8A 4JZ5A 3MMWA 1OBAA 1JNDA 3L2MA 1UKQA 5EBAA 1HL9A 2WVVB 2DSZA 1UD8A 1IZJA 2WZHA 3TONA 1FHLA 2XWDA 1JDCA 1DWHM 1ITXA 1VFUA 1VBRA 1GJWA 4QLKA 2ZX8A 3WDRA 1C93A 1E6SM 1NQ6A 1V6WA 3KL5A 6CGTA 2OYKA 5CSUA 2GJXA 2CYGA 2PWGA 3CHEA 4M8UA 2XVKA 3NUKA 3RPMA 1XSIA 3ARVA 3TP4A 1HJVA 5LYRA 1QHOA 4X0NA 1SR0A 4MNJA 3AJ7A 4PBGA 3II1A 3VTRA 4NF7A 1PZ2A 3ZT7A 4UFMA 1TVNA 3WSUA 1JAKA 2V3GA 1XCWA 2E8ZA 3ARYA 3N13A 3NSNA 4CKQA 2PI6A 1ISXA 4R5EA 4OIFA 5D9PA 2E3ZA 1B90A 4PMUA 1V6XA 5A6LA 5CGMA 1K9FA 2WVSA 3UEQA 4AZ5A 5BXSA 1Q6FA 1PEZA 3TTYA 3AIBA 3CZGA 4UFJA 3DYPA 4PMDA 4HU8A 2VQTA 1ZL1A 1NH6A 1X6LA 2FGLA 2JF7A 1HP5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BY0 A;  4P7Q A;  4P8W A;  1E0X A;  1W2P A;  1ZU8 A;  1TE1 A;  3SCU A;  4ZE4 A;  3AIS A;  2VZO A;  4D6J A;  1VBU A;  2GJR A;  1BYC A;  1M53 A;  1UKT A;  3RM8 A;  3GNO A;  1EGZ A;  3ZO9 A;  1E43 A;  3W53 A;  4ZEP A;  1E5J A;  2J74 A;  4OOZ A;  5D9O A;  1OT2 A;  1MQP A;  3PZI A;  3O2L A;  4UQ9 A;  1D2K A;  2D22 A;  1TUX A;  2JE8 A;  1JDA A;  1I1W A;  3RCN A;  5JBF A;  2G3M A;  2VO5 A;  3WD4 A;  4MTV A;  3F4V A;  4NZC A;  3N12 A;  2GK1 A;  3AZT A;  4PTW A;  4MJ2 A;  2XWE A;  4TOQ A;  4W5Z A;  2YDQ A;  4B9Z A;  1DED A;  2W61 A;  1R86 A;  4WKF A;  4QCF A;  1BHG A;  2XSA A;  2V3E A;  4J7R A;  3EDD A;  3L2L A;  4CCD A;  5CZK A;  3MUA A;  2YA1 A;  3ARU A;  1H0G A;  2WMI A;  1J0K A;  1IV8 A;  2G4F A;  2YBT A;  1CYG A;  1ODU A;  1RPK A;  4A3Y A;  2DH3 A;  2FHF A;  4TX8 A;  1C8X A;  1Q6E A;  1YHT A;  4AMC A;  4B3K A;  3WNP A;  3PZV A;  3RM4 A;  4QDM A;  3WQ4 A;  3G6M A;  4NSB A;  3W24 A;  1E6X M;  3M07 A;  1GVI A;  1UYQ A;  2IXU A;  4JFV A;  5CG0 A;  4W8A A;  5BYW A;  1JYN A;  4MDP A;  2OWW A;  1W1P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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