2J7DA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with methoxycarbonyl-substituted glucoimidazole
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
443
structure length
437
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 172
structure length 437
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7dA00
1U2YA 1WZLA 2YBTA 5BXRA 4W84A 2VI0A 1JZ5A 1WKYA 3T0DA 4LPCA 1KGWA 4CD5A 4CCCA 3BAJA 4GPNA 1J9YA 3DYOA 1V3JA 4HA1A 4PMDA 3VDBA 2BV9A 3VNZA 1M04A 3O2LA 1CBGA 1CYGA 4D1IA 4P8VA 4AEFA 4ATWA 2YL5A 3MUIA 4UQBA 1KXTA 1E0WA 3N9KA 3VD3A 1TG7A 2ZX7A 1KCLA 1R7AA 4Z2IA 4J27A 3SCTA 1GQKA 3GH4A 1GNXA 3UEQA 1UHVA 4A4AA 4BS0A 5BXTA 3SCSA 4CU8A 1XRVA 2ZXBA 3VMPA 2WMGA 4M56A 4OOUA 2O9RA 1C7SA 4PMQA 5EFDA 1NOUA 4Z2JA 1CXHA 1JZ4A 3VGGA 3IJ8A 2DSVA 3MV01 4YN5A 1R7OA 3VIGA 4W5UA 4PMZA 4B3KA 1LQ0A 1HKKA 1OM0A 2ZUTA 4Q7NA 2O9TA 4UNIA 4F79A 2OLHA 4UQCA 2WM0A 3WDJA 2G4FA 3FN9A 1JDAA 2D3LA 1LWJA 5E0FA 3F5LA 1UR8A 4QP0A 1HVQA 1CENA 4DUXA 3HN3A 3OGSA 1OIFA 3NCOA 2W61A 4ACZA 3WDQA 1IZJA 3MUZ1 2GK1B 4P7RA 1F4AA 1UR2A 1V0NA 2E0PA 4AIOA 4EE9A 1TA3A 3GM8A 4GQQA 1ZU8A 3VMNA 3IAQA 4N42A 3AIRA 5A6BA 1EO5A 1HJSA 1DP0A 5D9MA 5FL0A 1V6YA 3LPGA 3CZKA 1L8NA 3NJ3A 4NRRA 4DUWA 1UWIA 4KGJA 4GQRA 4LYRA 4MB4A 1OSEA 1A47A 4BF7A 4AZCB 3RIKA 1NOFA 1EA9C 4JFUA 2RGMA 3U5UA 2WMIB 4MAVA 1UD5A 1XH0A 1QNPA 4U3AA 1H49A 4UQEA 2BHZA 5ABGA 3MUAA 1W3KA 3SUWA 3ZO9A 1ZJAA 5A6BD 2EPNA 3ARPA 4PN2A 2VR5A 1WAWA 1NH6A 2ZUVA 1M01A 1B30A 2WBKA 3BCFA 2VMFA 1TVNA 5E6YA 2WLZA 1QHOA 3I3DA 2OSXA 2DT3A 1B3WA 2WZIA 1H1NA 3IJ9A 1W9VA 1XSJA 3VIMA 3D5HA 4CUCA 1GONA 1TUXA 4C7FA 4AZ6A 1BAGA 4HTYA 2J79A 3WNNA 2YA2A 5A2BA 1E9LA 1U33A 2DSWA 4W86A 4RL3A 1OBAA 2VC9A 2TAAA 3T2OA 3ZOAA 5CSUA 4UOZA 4MJ4A 2W67A 1E6RA 3CUGA 4HU8A 1HKJA 3OGRA 4L4PA 3FY1A 2ZX9A 1GQJA 2ZUUA 2V3GA 4TTUA 5CGTA 4BZYA 3GZAA 4HZ7A 3CHDA 3CH9A 2A3AA 3VO0A 1S46A 2W4XA 1Q6GA 4LX4A 4OKDA 2A3CA 2ZUNA 3ARUA 1UZ4A 3KWXA 2VCBA 3HJEA 3FXYA 4PSPA 3VGDA 1LLOA 3DECA 4V28A 1US2A 2ZX5A 3KEHA 4TVUA 4B15A 1H3GA 2ZE0A 1PX4A 2EPKX 1GJUA 4E8CA 3BC9A 5AC4A 4WJXA 4UZUA 1QOXA 2CKSA 4D71A 3BH4A 1HL9A 5EMYA 4AD4A 1UH3A 3II1A 1W9XA 3S6TA 1PEZA 4K68A 1GOQA 3FAXA 3SCVA 3K4AA 4PUDA 3SUUA 1Q4NX 1MWOA 5D4YA 4P7LA 2WVVB 1AQHA 1KXQA 1R86A 1E40A 1NWUA 1HKMA 1GUVA 2GSJA 4H8VA 3SCQA 3TTQA 3L4TA 4BCEA 3BMVA 2OWWA 4CKQA 1O7AA 1XH1A 4RE3A 1W9PA 1BYCA 1QI5A 4R5EA 3ZT5A 3TONA 1DHKA 3PZMA 2WWDA 4CVUA 4MDOA 3AOFA 4D72A 1OWQA 2XVGA 3VINA 1JI2A 1BYDA 2Z1KA 3SUTA 1HJXA 4D1JA 4F66A 2CXGA 4LXFA 2VZTA 2PWEA 3PHAA 3AXHA 1Q6DA 3WNKA 5E9AA 1DWIM 2DPEA 4E4PA 2PC8A 3VD9A 3GNPA 3RJYA 2X2YA 3GNOA 3MMDA 5KZ6A 3ZJKA 4H8UA 3GH7A 2BY3A 3U5YA 5E70A 3BSHA 3PTMA 1B0IA 1EO7A 1XSKA 3IK2A 3FHAA 5A2AA 1HP5A 2E40A 4C7DA 5FCZA 4NRSA 3UETA 3AHVA 3CZ8A 4EK7A 3AHXA 4UQ9A 5CZKA 1LL7A 5ABFB 3ZT6A 4CCDA 1JZ2A 1BYAA 3PZNA 3CHCA 4AZGA 3ZQ9A 2XYLA 2D3NA 4ML4A 3WF4A 4UZSA 4BQ2A 5CPTA 5TD4A 1QBAA 1GVYA 3AJ7A 1ZBVA 2BHYA 2VX5A 2GDVA 1SFSA 3ARWA 1CGVA 2WKLA 4ZXLA 3W37A 3VIHA 3W81A 5M3WA 2A3EA 5A6JA 2FDMA 3NSNA 4CD7A 1N82A 2Y4SA 2XFYA 3AZRA 3PZIA 4J7RA 2EQDA 2F61A 4BA0A 2YA0A 1K9FA 2WCGA 2PI6A 1UH4A 3ALGA 1CGYA 4D6HA 1G0CA 1V3IA 1BGAA 5A95A 1EOMA 1LJYA 3ZSTA 1QHZA 1FOBA 2NT0A 4URIA 3WDHA 1HJUA 2VZVA 4DM1A 1E15A 2GK1A 4KWUA 2Y2WA 2J78A 1R87A 2VO5A 3CZGA 3K46A 1QW9A 4M8UA 1UA3A 3ECQA 3W24A 1JZ8A 1C7TA 1JXJA 1E4MM 4UOQA 1FH9A 2WMHA 3S2CA 4ATDA 6TAAA 2IUZA 4M29A 4P7NA 3AXXA 1GVIA 2PWFA 1CLVA 1E1EA 2XFRA 1DTUA 4F9JA 1MW0A 3AZSA 3RO8A 1UKTA 2E9MA 1QNOA 4W8LA 1MYRA 1NOWA 5D9OA 4FMVA 5HPCA 1OD0A 1W9DM 2CHOA 4U3CA 1VRXA 2J7HA 3M7SA 2UY3A 2C8NA 3QR3A 1R8LA 4X0NA 3TTYA 2WMIA 5CLWA 4UTFA 1JNEA 2QV4A 3MANA 1BLIA 2X0YA 4H8HA 2W66A 3U7BA 3AYSA 3A3HA 2J8GA 4BQ3A 1KWGA 1K9TA 2YBUA 1CDGA 3WF0A 4DWSD 4OUEA 1ISWA 3GDBA 4IUGA 1QW8A 4OIFA 5EBAA 1XCWA 3L4WA 4UFMA 3CLWA 3TTOA 2XFFA 3WQVA 3BCDA 3B9DA 3UG4A 2QMJA 4J3TA 5CSYA 4QAWA 2X0HA 2PBGA 2EO7A 7A3HA 3FHQA 4PEEA 4PMYA 2XWEA 5JIPA 1C90A 4CN4A 5A8NA 3ZM8A 1NWTA 3WBEA 1GOWA 1K9DA 4M81A 3AMDA 3THCA 1GOOA 3VM5A 1H41A 5IHSA 2JF7A 3BLKA 1GQIA 2WHMA 1CLXA 1W9BM 4B9ZA 1FA2A 3CUFA 4FLOA 4OZOA 2ZICA 3RM4A 1LL6A 2EPOA 5D9NA 4HMEA 2XWDA 5DMYA 3WFLA 3AISA 5D9PA 3K8MA 2IXVA 4LGXA 4X0VA 2D0GA 1E0XA 1WNOA 3L2MA 2XHYA 4JAWA 5BRQA 1SMDA 1BPLB 4CU6A 1FH7A 3OBAA 4J3UA 3WQ5A 3SCRA 3QGVA 4MADA 2WHLA 1MXDA 5CPQA 1VBRA 3W38A 3HU7A 1CTNA 1ODZA 1NP2A 1AQ0A 3VUPA 2WLYA 1M7XA 5A6SA 2WKGA 2JIEA 1GPFA 2PWHA 2CETA 2ZX8A 3A47A 3WH5A 2E8YA 2W63A 1FP8A 5LA1A 4H04A 2G3IA 3RCNA 3WELA 4TTGA 1LG1A 2OWCA 2Y5EA 4AMCA 1JD7A 4U2ZA 2CERA 2XIBA 4QLKA 2YLLA 2WVVA 3F4VA 4MB3A 1GOKA 3SCUA 2JALA 2CCRA 4GKLA 2G8ZA 4F9DA 3WNPA 3EDFA 1GJWA 3VDCA 1OGGA 2PWGA 1BG4A 2WVTA 3POCA 2WVSA 2ZX6A 1W91A 3VGHA 2ZUMA 1VF8A 3EDDA 4AXNA 2VCCA 3PZGA 1GCYA 5KEZA 5D8ZA 4P8UA 2J77A 4WIWA 2UWFA 1JZ7A 1IZKA 2O92A 3WNMA 1JYXA 2D23A 5I23A 5EB8A 1RD6A 3VGBA 3VKKA 1MFUA 3EBVA 3CTTA 3WUEA 2Y8KA 2CNCA 2XVLA 2VX6A 3JUGA 3SUVA 2O9PA 5DEZA 4UFHA 2PF0A 1NWSA 1C8QA 1X1NA 1JYNA 4PUEA 5HOSA 4HOWA 4R27A 1W1TA 3WMBA 4MTVA 1P6WA 2YDQA 1E4NA 1JZ6A 2ZWZA 2WANA 3PTQA 4YPJA 5ABFA 1B3YA 4MNLA 4AY1A 1EQPA 4Z2HA 3ALFA 2FHBA 2BY2A 4MAZA 3CBWA 3KL0A 4AW7A 5A8OA 3MS8A 3N1AA 2VOTA 3MMWA 3WD0A 1RP8A 1GZJA 4JIEA 2JEPA 4P7QA 1B3XA 3RMEA 1ZS2A 4P8WA 2DDXA 3WUBA 3IAPA 5A69A 1XSIA 1VFUA 4W85A 1JYVA 5JUVA 1IT0A 1E72M 1EGZA 3IJ7A 3MSGA 3SCPA 2EEXA 3KE0A 1VFFA 2YKKA 1X6LA 4GZJA 3UR7A 2XGIA 3BXWA 2BVDA 2PBOA 1TZ7A 2ZXAA 1E4IA 2J75A 1BG9A 1QHPA 3QOMA 2GJXB 2XIIA 1J0YA 3WBAA 1ESWA 1GOIA 1JDCA 2WAGA 1OGSA 2QPSA 4W7VA 1KFWA 2YJQA 1BFNA 2E3ZA 3VIIA 1AQMA 2HISA 1W9UA 3NIYA 1QPKA 4IPLA 5C71A 3NDYA 1SMAA 4W7WA 4CN6A 3CUHA 2VTFA 4J3XA 1KBBA 2G41A 2WMJA 3OLDA 5AYBA 5A6LA 1UWSA 3FAWA 4HP5A 4AYSA 4F8XA 1HJVA 1TVPA 2IXUA 4GO8A 4PRWA 1BGGA 4PTWA 1XD1A 2DH2A 2W5FA 1QI4A 3WQ8A 1DWJM 2X8RA 1W3HA 4AZHA 3EMQA 3A4AA 1AVAA 4TX6A 3AMCA 4AZBA 5A8QA 3ZR5A 3WH7A 1HXJA 4B9YA 3K8KA 3BMWA 2OSYA 4W87A 2J25A 2FH6A 3AIQA 1B3VA 1NWRA 2CHNA 3WF2A 1B90A 1J11A 3GBEA 4AZ7A 2XVKA 1VFMA 4KRUA 4UQDA 2HVMA 1E43A 3EMZA 1A3HA 3VMOA 3W0KA 3AI0A 1SYTA 1W1PA 4LYPA 9CGTA 3WL1A 1B9ZA 3K8LA 3AXIA 2F2HA 5BWFA 1BSIA 1H5VA 3UESA 1FHDA 5BROA 3W6LA 1V3MA 4TVDA 1GORA 3B8SA 2CPUA 1OT1A 1F4HA 4EAMA 1MXGA 3WQWA 3ZMRA 4QLJA 5M5DA 5A3HA 3GXFA 3UG3A 5HNNA 2D0HA 3WNLA 3VILA 2YL8A 3CO4A 3N15A 1XYZA 2ZXQA 3VM7A 2ZUWA 5I3DA 1WDPA 1E55A 4IISA 1UOKA 2RGLA 2QPUA 1C3FA 4WSKA 1IV8A 1XGZA 3K1DA 3MU7A 1KR1A 5C70A 1D2KA 2UY4A 7CGTA 3ZIZA 2JE8A 3QHMA 1WZAA 5M03A 3N04A 1JFHA 1HKIA 1CPUA 2AAAA 4AD5A 2A3HA 1VFOA 3ARSA 4ZXOA 4Z2GA 1ODUA 3WD1A 3NYDA 3N11A 2NSXA 4KMQA 4CVWA 5DT7A 1QI0A 4WSJA 3M46A 1UR9A 1CGTA 2GFTA 4P7OA 3ARZA 5HXMA 2OSWA 2XM2A 2J47A 1KXVA 5JBFA 3VGFA 1VENA 2WBGA 5ABHA 4XV0A 4UQAA 4JHOA 2PB1A 1J0JA 4DUVA 3LPFA 2CBUA 4HA4A 4JCMA 1TFVA 3CMGA 1W32A 1DWGM 3CMJA 4TOQA 3WENA 3AIEA 2DQXA 1EH9A 4DWSC 1JAKA 4HPHA 4AZ5A 3VD4A 3WD4A 1WZMA 3T2QA 5GNYA 4XB3A 4HPGA 3GBDA 2EPLX 2D20A 1V3LA 3UERA 4WF7A 1TA3B 3OG2A 3QHNA 5DT5A 4JKKA 3HMCA 2WYSA 1CXFA 2V3FA 3MV11 5I5RA 1V6XA 4AIUA 3DYMA 4PMXA 3SCOA 4EKJA 4AIEA 4CCEA 3W27A 4U5IA 4ZENA 1PZ3A 5GQBA 1PAMA 3SCWA 3TOPA 1JXKA 1KBKA 1WDRA 3AS0A 4H41A 6A3HA 3PBGA 2XPKA 2CIPA 5E09A 4QCEA 1HT6A 3VX0A 2DSUA 4ZEPA 2WSPA 1TCMA 3BAXA 4J3VA 1D3CA 1GQLA 2UY5A 2XSBA 3DHUA 1H11A 4Y7EA 3W6MA 4M80A 3W53A 1E56A 4S3JA 3GNRA 5DFAA 4AWEA 2YOCA 1UR0A 2CBJA 4MB1A 1PPIA 2G3JA 1BQCA 4AC1X 4HZ6A 3PZOA 3UCQA 4AISA 2VRJA 2D2OA 3WMSA 1XD0A 4M24A 4GIAA 1H0GA 4AZCA 3KZSA 2BY0A 1MW3A 4JKLA 1G1YA 2VNCA 1HJQA 1MVYA 2DT2A 2ESCA 1JD9A 1GHRA 3PZ9A 1US3A 4PTVA 2GVYA 1UKPA 1OIMA 4ATLA 1X6NA 2XTKA 3L4ZA 4ZE5A 4V2XA 2YL9A 2G3NA 3OA5A 3CGTA 1HX0A 5JIWA 3VGEA 3OZOA 2VL4A 2FH8A 1UKOA 1J0IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1U2Y A;  1WZL A;  2YBT A;  5BXR A;  4W84 A;  2VI0 A;  1JZ5 A;  1WKY A;  3T0D A;  4LPC A;  1KGW A;  4CD5 A;  4CCC A;  3BAJ A;  4GPN A;  1J9Y A;  3DYO A;  1V3J A;  4HA1 A;  4PMD A;  3VDB A;  2BV9 A;  3VNZ A;  1M04 A;  3O2L A;  1CBG A;  1CYG A;  4D1I A;  4P8V A;  4AEF A;  4ATW A;  2YL5 A;  3MUI A;  4UQB A;  1KXT A;  1E0W A;  3N9K A;  3VD3 A;  1TG7 A;  2ZX7 A;  1KCL A;  1R7A A;  4Z2I A;  4J27 A;  3SCT A;  1GQK A;  3GH4 A;  1GNX A;  3UEQ A;  1UHV A;  4A4A A;  4BS0 A;  5BXT A;  3SCS A;  4CU8 A;  1XRV A;  2ZXB A;  3VMP A;  2WMG A;  4M56 A;  4OOU A;  2O9R A;  1C7S A;  4PMQ A;  5EFD A;  1NOU A;  4Z2J A;  1CXH A;  1JZ4 A;  3VGG A;  3IJ8 A;  2DSV A;  3MV0 1;  4YN5 A;  1R7O A;  3VIG A;  4W5U A;  4PMZ A;  4B3K A;  1LQ0 A;  1HKK A;  1OM0 A;  2ZUT A;  4Q7N A;  2O9T A;  4UNI A;  4F79 A;  2OLH A;  4UQC A;  2WM0 A;  3WDJ A;  2G4F A;  3FN9 A;  1JDA A;  2D3L A;  1LWJ A;  5E0F A;  3F5L A;  1UR8 A;  4QP0 A;  1HVQ A;  1CEN A;  4DUX A;  3HN3 A;  3OGS A;  1OIF A;  3NCO A;  2W61 A;  4ACZ A;  3WDQ A;  1IZJ A;  3MUZ 1; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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