2J7DA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with methoxycarbonyl-substituted glucoimidazole
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
443
structure length
437
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 172
structure length 437
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7dA00
1V02E 4BQ4A 1C90A 2C0HA 5C71A 3FHQA 2G3MA 5A8PA 2MANA 2WVTA 1F4AA 1E15A 3VIIA 1H2JA 1OD0A 4U5KA 1AQHA 2A3EA 1UOKA 4FLQA 1ZJBA 3DYMA 1EGZA 2Y8KA 4W7WA 2FHBA 3RCNA 3TONA 2W61A 1E1FA 5JBFA 3MU7A 1CZ1A 3FY1A 2ZUSA 3DECA 3VX1A 3AMLA 1SMDA 4E8CA 4D72A 4W5ZA 3U5UA 2J7CA 2W92A 2XGIA 2WBKA 2VZTA 3N17A 1E6QM 2OSYA 1BYDA 1CGYA 1FH8A 1BFNA 2XG9A 3WBEA 3IJ8A 4WSKA 4MJ4A 1B0IA 3CUGA 2VT0A 3F5JA 3GNOA 1K9DA 1O6IA 1WKYA 4IPNB 4BA0A 1R7AA 2WYSA 1W9VA 1LG1A 3KL3A 5BROA 1HT6A 3ZO9A 4ZXLA 3IANA 2O9OA 5IXEA 1ZBKA 5E09A 1QI2A 2Y2WA 1Q6DA 1E73M 3HN3A 3ZJ8A 3AXXA 4PMQA 1V3MA 1LJYA 4CD6A 2J7HA 3N04A 2FDMA 6CGTA 4H41A 4JKKA 1XGZA 2X1IA 3EMZA 3IAPA 5EFDA 1MVYA 2YL8A 2BXZA 2BY0A 1FH9A 4J3SA 5GPRA 1W9BM 2FHFA 5GNXA 3UG4A 3CO4A 3RJYA 5JIPA 4AD1A 1J0HA 1U33A 4PYSA 1V3HA 3T2QA 4AMCA 3WF0A 2J7FA 2DSKA 4F9DA 1X6LA 2XWDA 1E5JA 2EQDA 3AHYA 3ECQA 2W62A 3BXWA 1OBAA 3CIVA 2IUZA 5D8WA 1A3HA 3SUWA 3ZM8A 5LYRA 3OLDA 1PIGA 4HA1A 4LGXA 4P7NA 2XGBA 1CGWA 4A4AA 3U7BA 1MW3A 1W1YA 1UD2A 3VDCA 1E4IA 1GW1A 2V3DA 1HN1A 2WNWA 4W93A 2ZX7A 3WBAA 5CLTA 5CLWA 2VRQA 1RP9A 2PBOA 2D3NA 3AMGA 4P7LA 1U2YA 5EBAA 4ACZA 4MDPA 1K9TA 4GI8A 3SUVA 4DWSA 3VGBA 1L8NA 1XRVA 4IPLA 1ITXA 1XH0A 3AIEA 4V28A 1E0WA 1HVQA 4H2CA 1QNPA 2XIIA 2WLZA 1C8XA 1QHZA 4S3JA 3AISA 4AC1X 5DT7A 1R7OA 1ISYA 1QBBA 1UD8A 4QLKA 2WSKA 2BVYA 1H3GA 2VCCA 1PEZA 5A8MA 1MW0A 1OT2A 4HMEA 2V38A 1Q6GA 1M04A 3AZTA 3WUGA 1KXVA 3WQ6A 3BAIA 4TTGA 4XZBA 1KGUA 1KBKA 2WC4A 1PBGA 4H7VA 1IZJA 5ABEA 5AC4A 2A3CA 2QMKA 1V02A 2VCAA 1KBBA 1GCYA 1GHSA 1HXJA 1XC6A 3RM9A 5BXSA 2J7BA 2O9PA 1MQPA 2BVDA 3ZQ9A 4FLSA 4AD3A 2J25A 3PHAA 3PTQA 1HNYA 4HP5A 1JI2A 1KB3A 2E8YA 1V6VA 1L0PA 1V3LA 1VEMA 3BAWA 2D0HA 4QP0A 4B3KA 4AEFA 3VPLA 4QLLA 2VMFA 1GOWA 1MQRA 3VMOA 3MKKA 4W8BA 4Z2LA 2WCGA 4ZFMA 3GH7A 3HU7A 4GO8A 5CJ5A 2WMJA 4UCFA 3WY1A 1W3JA 2WWDA 4PMDA 1JZ8A 2YBUA 3AIRA 3WNOA 1WZKA 2X8RA 4PSRA 5CXPA 1BYBA 4XX6A 4W85A 5IHRA 1ZJAA 4U2ZA 3ARQA 3ZJ7A 3VIPA 2DH3A 5I24A 1J9YA 3G6LA 1ISZA 1GQJA 4CD4A 2V5CA 1B3XA 1KQZA 1TFVA 2W5FA 3WD0A 5A6LA 1E9LA 4W84A 4M29A 4W87A 2VNCA 1UWTA 2CIPA 3AICA 1LL4A 1E3ZA 1W1PA 1QNQA 1KXHA 2CXGA 1HJQA 1K9FA 1PZ2A 2IXUA 3AMCA 3LPGA 1PAMA 2G3JA 5LA2A 1GOIA 1ZU8A 4U3CA 2X05A 3BC9A 4HZ6A 5DMYA 1GORA 1WDSA 1ISWA 1H49A 2ZOXA 3RMEA 4EAMA 1R86A 1DWGM 5A6BA 3SCWA 1K9EA 3QGVA 2JEPA 4TVCA 1C91A 1IZKA 3WH6A 1E4NA 3O2LA 3WUBA 4N0RA 4GO9A 3N9KA 1QI0A 1JYNA 1ZBCA 5FL1A 5A94A 2BHUA 3T0DA 4GI9A 4M80A 2J47A 3NCOA 3WDQA 1GPFA 3PZOA 3KL5A 4AZIA 2PWFA 4JFWA 2VZUA 3CHEA 3F5LA 4PN2A 1OM0A 3WELA 2XVNA 1UWIA 4E4PA 2E4TA 2J62A 5A2AA 3ZIZA 2WSPA 3T2PA 4UFKA 5GQBA 1UR4A 4UQEA 5EFFA 1UD6A 2AOSA 4E8DA 2QHAA 1J12A 1KFWA 4TTUA 4P7OA 4P7QA 1VENA 1CWYA 1NWSA 1JAKA 1HJSA 4PCTA 3WF2A 3PZUA 1D2KA 7CGTA 1C92A 1JNDA 1SR0A 3BSGA 3AOFA 1IT0A 5A8QA 3G6MA 4AZCA 3MMWA 1PIFA 3AYRA 1ECEA 4AZ7A 3TTQA 3SUSA 1Q6FA 1E1EA 4HPGA 2CKRA 3GXMA 1EH9A 5JUVA 4PSPA 1JZ7A 3O9NA 3A4WA 1OIFA 1H0GA 4XUYA 2ZX6A 2BV9A 2ZE0A 1WDRA 1NM9A 4BS0A 4GQQA 3BAYA 2BXYA 2YLLA 3PZQA 4PMVA 2J7DA 4MTVA 1B3WA 5A6SA 3WN6A 1CDGA 3N13A 1M01A 3QHOA 1MW1A 2WW5A 1XD1A 2HISA 2GDVA 4J7RA 1TVPA 2WXDM 1E40A 2ZX8A 1C8YA 2CHNA 3WL1A 1BHGA 1E3XA 4AZ5A 4EANA 2ZXDA 3MMDA 3PZNA 1PPIA 3VD9A 1P6WA 2BHYA 1JF5A 2BHZA 3W4RA 4LQ1A 1KQYA 5HXMA 2WZIA 3I3EA 2E0PA 3VIMA 4MNLA 5HDRA 4BQ5A 3T2OA 1FP9A 1N82A 3D5HA 1MFUA 3OGVA 1LLOA 2YA0A 3OLEA 3VO0A 4D1JA 1C7TA 1J18A 4CD8A 3WDHA 1XHGA 3OIHA 1UD4A 1TA3B 4XV0A 1XSJA 3CHDA 3GNPA 3ARXA 4JCMA 3LMYA 5BXPA 2J4GA 1CLXA 2X0HA 5JBDA 4WLCA 3A6OA 4B9YA 3WQVA 5DF0A 1QI4A 1BQCA 1V03A 4MDOA 2CEQA 4W7UA 5I3DA 4AIUA 2OWXA 1TMQA 4F9JA 3RM8A 1V3KA 3WQ4A 4AD5A 3W38A 4U5IA 3EDFA 5C70A 1KR1A 3ALGA 3SCNA 3VIOA 1W9DM 4WSJA 5FKYA 2O9TA 3ARUA 5A6KA 3AIVA 4NRSA 4D6GA 2DT2A 4A3HA 4OJYA 2V3GA 5AYBA 3GDBA 1NH6A 3CZEA 2Q8XA 3OA5A 4D6CA 2QV4A 1ISXA 1CIUA 1JFXA 5FCZA 1R8LA 1JFHA 4P8UA 1JIBA 5E6YA 5A8NA 2B31A 2PWEA 4GPNA 5C8BB 4ACZB 4CVUA 2WMGA 1B30A 4DWSB 2FGZA 5CQ1A 5DT5A 1JG9A 3UETA 1C7SA 1W9PA 3M07A 1CTNA 4CN1A 4W8LA 3W37A 3THCA 3ARVA 1LWHA 3AXHA 3VUPA 1JDCA 3AS1A 1FFRA 1XH2A 2VZSA 4IUGA 4L4OA 4WKFA 1QW9A 2CBJA 3DYPA 3GXDA 3VGHA 4CU7A 1CEOA 1UHVA 4P8XA 2EXOA 5CPSA 2JIWA 1E5NA 3T0AA 4RE4A 1DWHM 2WMHA 4URIA 2PF0A 5BXRA 4ZE4A 1NQ6A 1S46A 4MAVA 3VD7A 1JZ4A 2V3EA 1TCMA 3O6AA 2BY3A 3L4ZA 4YHGA 4JKLA 3EDJA 5M5DA 1WCGA 1OSEA 1JI1A 2OYKA 3TTYA 2JFEX 4PMZA 1H5VA 2WZEA 2CITA 3QHNA 5I77A 2X0YA 2PI6A 2X2YA 2G4FA 4M81A 4Z2JA 4P7RA 3AFBA 4AW7A 2D1ZA 4PTWA 4CD5A 5CZKA 1VFOA 3VDBA 5HPCA 2JF6A 1W9UA 3ARTA 3GBDA 3U57A 2WK2A 1M7XA 1CBGA 2YDRA 1GNXA 4J28A 2GJRA 4UFLA 2CNCA 4XZWA 3ARWA 1BF2A 1YQ2A 4JIEA 5FOOA 1HKKA 1UH2A 4ZENA 3GH5A 4FK9A 4W88A 3VD5A 3W0KA 1OINA 4JKMA 3K8MA 1UZ4A 2Z1SA 2DH2A 1JZ2A 1QVBA 5A2CA 1VEPA 4ACYA 1J01A 2C7FA 4KH2A 2XPKA 3ZJ6A 2EJ1A 2GK1B 1US3A 4CCCA 1CXKA 2WHJA 3W6LA 3AXIA 4ZEPA 4M82A 3MS8A 1TR1A 5A6AA 2EPLX 3BAKA 2GDUA 1JF6A 5HPOA 3OLGA 4ATLA 3MANA 3CUFA 5M17A 3NYDA 3NJ3A 4J3UA 4QCFA 2WVVA 4MB5A 4TVUA 8CGTA 5HOSA 1UWQA 2PWGA 1H09A 4AZ6A 2DQXA 1TA3A 3GM8A 5GNZA 2YIHA 3WENA 3WQWA 1JD9A 3MSDA 1J10A 2RGLA 2YLAA 3VIFA 3KE0A 5I79A 4KGLA 3VMNA 1VRXA 1CECA 3AJ7A 3HJEA 3AYSA 1TG7A 2OSWA 4TXEA 1XSKA 3APGA 2XTKA 3RILA 2WWCA 3ZR6A 4DWSD 1G0CA 4AXNA 4BQ3A 2JALA 3MUZ1 2WBGA 1JNEA 4XB3A 4P8VA 4CD7A 4UFMA 3CMGA 2WKLA 4UTFA 2E9MA 1VJZA 3N18A 4KRTA 3LPOA 2WC7A 4FMVA 2WVSA 1JYWA 1XH1A 3CBWA 2IXVA 4H8HA 1UR2A 3MV11 1W3LA 5IFPA 5DFAA 5I6SA 1C93A 3EYPA 1KGWA 2FGLA 1ZL1A 3UCQA 2E9BA 5A3HA 1UWUA 3M6DA 2CERA 2CHOA 4UZUA 4AD0A 3TTSA 4FLRA 2DSVA 3CHFA 3AZRA 4AZCB 1E6ZA 1FHDA 5M3WA 1O7AA 4UFJA 1RP8A 2WHMA 3WD3A 2ZUWA 2DSZA 1OT1A 2J77A 3TOPA 4JZ5A 4MNKA 3ZJKA 2EBNA 5A95A 3MMUA 3WNNA 4MNJA 4KRUA 4ZE5A 3ZSSA 2WC3A 5A6MA 4LPCA 2XVPA 2FH6A 3VTRA 3ZSTA 1B3ZA 1W3KA 1OCQA 4DM1A 2J7GA 1VFFA 4AIOA 2QPSA 4AWEA 2VR4A 2JF7A 3OB8A 2BFGA 4OZOA 2PWHA 1E72M 2X09A 4QAWA 4TX8A 2WHKA 3UR8A 4MB3A 5D9NA 3ZR5A 3I3BA 3SCRA 4FF5A 3AHTA 4NF7A 5D9PA 1VB9A 3B9AA 2D0GA 2FH8A 3CZGA 3WUFA 2VX6A 2YOCA 1TZ7A 2D0FA 1H41A 1CGVA 4IM4A 4HZ7A 5HBFA 1ZS2A 4PTMA 1RH9A 2V3FA 2J8FA 2PWDA 1HJVA 4AZHA 2ESCA 1DWAM 2WPGA 3QHMA 2YA1A 4EK7A 3WDPP 4JCLA 3WMBA 3VD4A 2QMJA 3ZT5A 4CN4A 1WO2A 3GH4A 1XCWA 3CH9A 1W2VA 4H8UA 2PC8A 2GK1A 1H4PA 3WNLA 1WNOA 3DC0A 2ZUMA 1GVIA 3W82A 1W32A 2WMKA 1GHRA 2DPEA 1BTCA 1TUXA 1GJWA 3POCA 5DEZA 3L4TA 1BYAA 4HA3A 3PZTA 4AZGA 5A6BD 4CGTA 1CENA 1QI3A 2OWWA 3QOKA 3B9DA 3CUIA 2ZX9A 3BCFA 1DEDA 3WNMA 1JDAA 2VCBA 1UH4A 1FOBA 2CBIA 1CGTA 1NOWA 3VINA 4D6FA 2ZXQA 1E70M 2ZWYA 1JD7A 2OYLA 4N42A 5KZ6A 1VFMA 1EOKA 3L2LA 1OB0A 3PZMA 2UWFA 2VQUA 3F5KA 2YL6A 3DHUA 3T09A 1YHTA 1HKMA 3PBGA 3WFZA 2WHLA 4EE9A 5IFTA 4J27A 2XWEA 1ODUA 2YDSA 4UQCA 2Y5EA 1BVZA 2J74A 2JE8A 1J0KA 3ARSA 1BGGA 3AIQA 3K4DA 3AMDA 4EKJA 3RIKA 4D71A 4WJXA 1CXLA 3MUAA 1W1TA 1GOQA 1CNVA 2BY2A 1QOXA 1OIMA 3K4AA 3WUEA 3U7VA 3NSXA 4C7FA 2CKSA 3L4YA 4OOUA 3UR7A 3WH9A 1OWQA 4AY1A 4RE3A 3RPMA 4BF7A 5BRPA 2F61A 7TAAA 1AQMA 1HVXA 5I2UA 4K68A 2HVMA 1GQIA 3CLWA 1XSIA 3WEZA 2WAGA 2D22A 3AROA 1W91A 1WDPA 1WE5A 3AHVA 4LX4A 1KXTA 3B9EA 4GKLA 3L4WA 2WCSA 4UFHA 1RD6A 2OYMA 4HTYA 4D6EA 2DT0A 1EDTA 1HIZA 3WF1A 1W2PA 4NRRA 1CXEA 5D9MA 2ZX5A 3VGFA 1V6XA 3CPUA 3MUIA 5DO8A 1BSIA 1GUVA 1ITCA 2VX5A 3OZOA 2DT3A 1BG4A 4L4PA 1NWTA 2XIBA 2ZIDA 1B31A 2XSBA 1QBAA 4MB4A 4OIFA 1EDGA 2WMIA 5E0CA 7A3HA 2XM2A 2ZWZA 1MYRA 2E9LA 3VIKA 2VRKA 3NDZA 2VL4A 4PMYA 2WB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1V02 E;  4BQ4 A;  1C90 A;  2C0H A;  5C71 A;  3FHQ A;  2G3M A;  5A8P A;  2MAN A;  2WVT A;  1F4A A;  1E15 A;  3VII A;  1H2J A;  1OD0 A;  4U5K A;  1AQH A;  2A3E A;  1UOK A;  4FLQ A;  1ZJB A;  3DYM A;  1EGZ A;  2Y8K A;  4W7W A;  2FHB A;  3RCN A;  3TON A;  2W61 A;  1E1F A;  5JBF A;  3MU7 A;  1CZ1 A;  3FY1 A;  2ZUS A;  3DEC A;  3VX1 A;  3AML A;  1SMD A;  4E8C A;  4D72 A;  4W5Z A;  3U5U A;  2J7C A;  2W92 A;  2XGI A;  2WBK A;  2VZT A;  3N17 A;  1E6Q M;  2OSY A;  1BYD A;  1CGY A;  1FH8 A;  1BFN A;  2XG9 A;  3WBE A;  3IJ8 A;  4WSK A;  4MJ4 A;  1B0I A;  3CUG A;  2VT0 A;  3F5J A;  3GNO A;  1K9D A;  1O6I A;  1WKY A;  4IPN B;  4BA0 A;  1R7A A;  2WYS A;  1W9V A;  1LG1 A;  3KL3 A;  5BRO A;  1HT6 A;  3ZO9 A;  4ZXL A;  3IAN A;  2O9O A;  5IXE A;  1ZBK A;  5E09 A;  1QI2 A;  2Y2W A;  1Q6D A;  1E73 M;  3HN3 A;  3ZJ8 A;  3AXX A;  4PMQ A;  1V3M A;  1LJY A;  4CD6 A;  2J7H A;  3N04 A;  2FDM A;  6CGT A;  4H41 A;  4JKK A;  1XGZ A;  2X1I A;  3EMZ A;  3IAP A;  5EFD A;  1MVY A;  2YL8 A;  2BXZ A;  2BY0 A;  1FH9 A;  4J3S A;  5GPR A;  1W9B M;  2FHF A;  5GNX A;  3UG4 A;  3CO4 A;  3RJY A;  5JIP A;  4AD1 A;  1J0H A;  1U33 A;  4PYS A;  1V3H A;  3T2Q A;  4AMC A;  3WF0 A;  2J7F A;  2DSK A;  4F9D A;  1X6L A;  2XWD A;  1E5J A;  2EQD A;  3AHY A;  3ECQ A;  2W62 A;  3BXW A;  1OBA A;  3CIV A;  2IUZ A;  5D8W A;  1A3H A;  3SUW A;  3ZM8 A;  5LYR A;  3OLD A;  1PIG A;  4HA1 A;  4LGX A;  4P7N A;  2XGB A;  1CGW A;  4A4A A;  3U7B A;  1MW3 A;  1W1Y A;  1UD2 A;  3VDC A;  1E4I A;  1GW1 A;  2V3D A;  1HN1 A;  2WNW A;  4W93 A;  2ZX7 A;  3WBA A;  5CLT A;  5CLW A;  2VRQ A;  1RP9 A;  2PBO A;  2D3N A;  3AMG A;  4P7L A;  1U2Y A;  5EBA A;  4ACZ A;  4MDP A;  1K9T A;  4GI8 A;  3SUV A;  4DWS A;  3VGB A;  1L8N A;  1XRV A;  4IPL A;  1ITX A;  1XH0 A;  3AIE A;  4V28 A;  1E0W A;  1HVQ A;  4H2C A;  1QNP A;  2XII A;  2WLZ A;  1C8X A;  1QHZ A;  4S3J A;  3AIS A;  4AC1 X;  5DT7 A;  1R7O A;  1ISY A;  1QBB A;  1UD8 A;  4QLK A;  2WSK A;  2BVY A;  1H3G A;  2VCC A;  1PEZ A;  5A8M A;  1MW0 A;  1OT2 A;  4HME A;  2V38 A;  1Q6G A;  1M04 A;  3AZT A;  3WUG A;  1KXV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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