2J7DA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with methoxycarbonyl-substituted glucoimidazole
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
443
structure length
437
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 172
structure length 437
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7dA00
1BLIA 1V6WA 1C91A 3AHXA 4CVWA 2IXVA 1HJXA 3PZGA 3MMUA 5A6KA 1GJUA 3U5YA 3WBEA 5IXEA 1J0IA 1HIZA 4LYPA 5CQ1A 1K9EA 1JFXA 3L2LA 3N9KA 1DWHM 1BFNA 2YLAA 4UR9A 1UR8A 1E6PA 1HJQA 1JI1A 1B3ZA 4PSRA 4W86A 3IAPA 3OB8A 2XM1A 2FH8A 2Y5EA 3ZR5A 1A3HA 4FMVA 5I5RA 4PMOA 3CIVA 3DHPA 2W67A 2VZVA 3SCQA 1JL8A 1VFMA 1KB3A 2XVLA 5A6JA 4M8UA 4W85A 1J0ZA 1FHDA 1XSKA 2B31A 3EYPA 3OLGA 2X05A 3NJ3A 1Q6GA 3BXWA 1FP8A 2BVDA 2C0HA 1J11A 3SCPA 3WNPA 3VD5A 1YQ2A 2ZXQA 3DYPA 4PTMA 3DYMA 2XGBA 2CPUA 1OT2A 3W81A 1H4PA 1GPFA 1GVYA 4PTVA 4W5UA 3B9DA 1E0VA 3VM7A 1OD8A 2JIEA 3N15A 4MJ4A 5TD4A 1B3WA 2XGIA 4JKLA 3BMWA 3L4UA 3OGSA 1J9YA 1UZ4A 4KGJA 2WVVA 4HPGA 2JE8A 1H1NA 3OLIA 1L0PA 5HPCA 1Q6EA 5A2AA 1BYAA 3AQUA 3N11A 3B9AA 5EFDA 3QHOA 1E6RA 1BF2A 1HJWA 4OOUA 3RM4A 1PZ3A 2WBKA 1US2A 2PWDA 4URIA 3GXIA 1BHGA 1WB0A 1MXDA 1N82A 3CUFA 3AOFA 5CPSA 3OBAA 3F5KA 4QCFA 2XPKA 1WZKA 1NWTA 2XHYA 1KQYA 1HP5A 3KL3A 2WLZA 1WCGA 1D7FA 3VGBA 2CYGA 4JFSA 4U2YA 1H0IA 3L4XA 5A6BA 1QBAA 3FN9A 3GM8A 3AJ7A 4OZOA 3NIYA 1GONA 2WBGA 5C70A 4F66A 1UD3A 2WC3A 2CERA 5JIPA 2ZX8A 4GO9A 3O9NA 1LJYA 1JDCA 2BY1A 4W7UA 3W0KA 4AMCA 2J74A 3F4VA 4GI6A 1CGVA 2VT0A 3WDIA 3AIWA 5E6YA 1J12A 3I3EA 3AIQA 1UKTA 3KE0A 4NRSA 1TVPA 2FH6A 3VDAA 3S2CA 5A8PA 1SR0A 2Z1SA 2GDVA 5CPQA 3THDA 3VKKA 2VCAA 5C8BB 5I0DA 1G1YA 1GHSA 3ZOAA 2W62A 2W66A 2Y8KA 2JALA 1RP9A 4MNLA 1JAEA 4ML4A 1CECA 3RO8A 4ATLA 4TUFA 3HJEA 1MVYA 4UZUA 3VMNA 1EO5A 5DEZA 2ESCA 1V3KA 4CCDA 4R5EA 1W9UA 4PRWA 3WF2A 3OA5A 2QV4A 4W87A 1GOMA 1GVIA 3QR3A 4PMYA 1JAKA 1QPKA 2OSXA 2VRJA 2OLHA 1PEZA 2J7GA 3EMCA 4F9DA 4PMZA 3WKZA 1ZJAA 1L8NA 1PJ9A 3WUEA 3IANA 1V02A 2PF0A 5IFTA 3O2LA 4BZYA 2WMJA 3AMDA 4AXNA 1JDDA 4Z2IA 2FHFA 5EB8A 1DWFM 2FDMA 4TVDA 2DH3A 4U5IA 3N18A 1KGWA 3CUIA 3SUSA 3A4WA 4TOQA 1UWTA 5BRPA 3WQ8A 3CH9A 4FLRA 6CGTA 2ZIDA 2CESA 2WMHA 4Q22A 2ZE0A 3CHFA 1U33A 3U7BA 2A3EA 2J79A 4ATDA 1ZJBA 4NSBA 1MFVA 1BYBA 1HL9A 5DO8A 2D2OA 4S3KA 2HVMA 4JKMA 3HU7A 3CZEA 2GK1A 1V6XA 1K9FA 3IK2A 1V0NA 1VRXA 1WNOA 4TX8A 3LPPA 2ZUMA 4WKAA 3ZJ7A 4PUEA 4CD8A 2ZX7A 5A2CA 4TVUA 1VEPA 1BG9A 1KBBA 1M53A 3CZ8A 2G41A 2D22A 3N1AA 4W84A 1G94A 2ZUWA 1HX0A 3AROA 2QPUA 4F9JA 1H49A 2PB1A 2NT0A 3ZM8A 3POCA 4S3JA 1PPIA 5BYWA 1V08A 4PBGA 1O6IA 3FNDA 9CGTA 3DC0A 3F5LA 4WK9A 4BA0A 1ECEA 3GH4A 2WM0A 1UYQA 1B1YA 3MANA 4HMCA 4YN5A 4PMNA 4P7LA 1JYWA 1WE5A 3VVGA 2OWCA 2BV9A 4UFKA 4W8BA 4BQ3A 2WMFA 4TVCA 1ODZA 2WANA 1VBUA 2NW0A 2ZX9A 3MUAA 4OBRA 5EMYA 4DWSC 2Y8VA 4H2CA 3SUWA 2A3BA 3TONA 3RIKA 4D6JA 4BS0A 3AXIA 3VU2A 3WD0A 3UG5A 1VEMA 3B8SA 3BSGA 2OSWA 1UKPA 3ZJ6A 1NWUA 2VZOA 2YA1A 4AD1A 1V6UA 3SCVA 3VNYA 2WCSA 1ESWA 4AEFA 3IJ8A 3AMGA 3GZAA 3N17A 3EDEA 4WJXA 1JZ5A 2D0FA 4UQBA 4N0RA 4D6GA 1FH8A 2X0YA 4FLSA 2VO5A 4XX6A 3WMSA 1VFUA 6A3HA 2AAAA 1TG7A 1E3XA 2J4GA 3ARTA 5ABEA 1GORA 1GQKA 2J7DA 3MV11 4KH2A 3VIOA 4P8XA 3ALGA 2VTFA 1M04A 3WH6A 1RP8A 5GNYA 1QI2A 2ZUTA 2DIJA 4QLLA 5FKYA 1SYTA 2QLYA 4GZJA 4UFLA 1QNRA 3AMLA 2A3HA 2G3JA 2W61A 3OG2A 3WENA 4J3SA 2Y2WA 5EFFA 2YL5A 5D9NA 4HU8A 3WNOA 1Z32X 1D3CA 3I3DA 3A6OA 2F2HA 4TTUA 3PHAA 1JZ8A 2CEQA 4ZEPA 3ARRA 3GYCA 3WQ6A 1Q6DA 1V6VA 5A6AA 4CVUA 4HTYA 3WNNA 1G01A 1W1PA 3CHEA 2DPEA 3K8MA 4PMXA 1GQJA 2PBGA 3NYDA 3RPMA 2D23A 3NSXA 2BVYA 2WVSA 2WVTA 3A4XA 3ARPA 5M5DA 1KCLA 2V3GA 4UOQA 1QVBA 5A8NA 1Q4NX 1DEDA 1OGBA 1QNPA 1QHPA 1KXQA 1C8XA 1UWIA 3VINA 4MB3A 1E6NA 5HNNA 2W92A 1E4LA 4UQDA 2DT1A 3WMCA 4UQEA 1HKJA 2WVUA 1J0YA 1PIGA 4H8UA 4B15A 4EKJA 3MMDA 4E4PA 1CLVA 2E0PA 1NARA 2WSKA 2ZX5A 5E09A 1M01A 2XWDA 3UESA 1R86A 4YHGA 3WEMA 2PWEA 3M7SA 7A3HA 3WDHA 4UQCA 1M03A 4ACZA 3O6AA 4LPCA 4JFVA 2BY0A 4EK7A 3MSGA 1AQHA 2OYKA 1OWQA 1CYGA 1VIWA 3ZJKA 1V03A 1BYDA 2WXDM 5BXTA 2VZUA 2ZUNA 3AIUA 4HP5A 1PBGA 3M46A 2GSJA 5ECUA 3W82A 1CZ1A 3CMJA 3A4AA 2J25A 5A95A 1BPLB 1DWGM 2EPKX 4HPHA 2VRQA 2YBUA 5CPTA 2W63A 2WHJA 3AS2A 2GUYA 3WD3A 3UG3A 2JF7A 4JL1A 2VOTA 3NSNA 3ARYA 2GDUA 1X1NA 2J77A 4HOXA 1W9PA 4X0VA 4D6CA 3PZOA 3IAQA 3L4VA 3WQ4A 1QI4A 1JZ4A 1JYVA 1EQPA 4KRTA 2ZUUA 2E4TA 1C90A 1QBBA 1MFUA 5A1AA 2WYSA 4YPJA 3ZT7A 1OCQA 4C7GA 4FLOA 2JF6A 2ZUVA 3VDHA 3EDJA 4PTXA 1CTNA 5JBDA 1LF1A 4ZE5A 4H41A 4JCMA 3VIFA 4OUEA 3VIGA 1WZMA 3W37A 2XSAA 1GQIA 2OWXA 3UETA 2YLLA 4WLCA 5LA2A 1ISWA 2C7FA 4XZWA 3J7HA 3VIMA 5FIPA 1E0WA 5IHSA 2X0HA 1KXVA 1HN1A 3SCNA 1BVNP 1UG6A 3WH5A 3WMBA 1KBKA 3GXFA 2GVYA 3QHMA 3ZT5A 4JL2A 4KRUA 4UOJA 1ISYA 5A8OA 3A47A 2XIIA 1GW1A 1W3LA 2J7BA 4KWUA 2D24A 3OLDA 1PX3A 3UR7A 3WF3A 1GOOA 4IPNB 2BFGA 1QHZA 3RMEA 1TA3A 1MW0A 2YDRA 4LX4A 4NI3A 4V28A 4M24A 3HN3A 1FP9A 1NOFA 3PZVA 1BYCA 1LG2A 1OIMA 1G5AA 4CD4A 4HMDA 2CXGA 2DEPA 4MB1A 3LPGA 2X1IA 2VQUA 2YL8A 3MUZ1 3PZTA 1XC6A 1UKOA 1PX4A 3WL0A 1KR0A 3VPLA 3OZPA 4FLQA 5KEZA 4KMQA 5A8MA 2YL9A 3F5JA 3GNRA 3GH7A 3NDZA 4PMUA 4AWEA 1E6ZA 3BCDA 1Y7VA 1QOXA 4CGTA 1XH1A 3BAJA 3AISA 3AHVA 1WDRA 3N04A 4U31A 4UFHA 5BRQA 1MQRA 3VIHA 1E6SM 1JIBA 1HVQA 1HF6A 2DGAA 1NM9A 4GQQA 3U57A 4JZ5A 1OB0A 5GNXA 3RM8A 1ZB5A 3VD7A 4P7NA 4AD0A 3AFBA 4Y7EA 1OT1A 4UQAA 2D20A 1R87A 3AS1A 3AXHA 2EXOA 1XSJA 1ZBVA 5E70A 3K4AA 5I23A 2CITA 3PTKA 1VAHA 1V0LA 1SMAA 2G8ZA 1WO2A 3GH5A 1UWRA 4PYSA 4WSKA 4OBSA 4TX6A 3WD2A 5KZ6A 2D3NA 5M03A 1K9TA 1KGXA 2UY4A 4H7VA 3W28A 3GNOA 4Z2HA 3WUGA 5I79A 3WF1A 2AMGA 1GCYA 1WP6A 2DIEA 3AYSA 2VC9A 2JEPA 3MO4A 4GXPA 1JZ6A 1UZ1A 4UCFA 1H3GA 1LL7A 1JF5A 2WHMA 2NSXA 3PZ9A 1GQLA 2G3NA 1AVAA 3SUTA 3SCTA 3GXDA 1OSEA 2FHCA 5CZKA 8CGTA 2XTKA 4B3KA 1W3KA 2WB5A 5AC4A 2YBTA 5JBEA 4H8HA 2QPSA 2XVPA 1BTCA 1I75A 5E0CA 2VL4A 1W9BM 4CU7A 7CGTA 1XYFA 1E0XA 4CN1A 1BVZA 3D3AA 4RE2A 4Z2GA 4U5KA 4JFTA 3UERA 1JG9A 1NOWA 2WZHA 1ZU8A 4AD4A 1GJWA 1W9VA 3CZGA 2WMGA 1G9HA 3OZOA 1UR0A 1LG1A 1VF8A 1MQQA 2E9LA 1XCXA 2G4FA 2QMJA 4P8UA 2QF8A 2PWHA 2RGLA 1CGYA 4U3CA 1HL8A 1UH2A 2O9TA 4U3AA 2VUYA 3CLWA 1EHAA 2VCCA 3CBWA 4L4PA 4D6HA 1H11A 5BXRA 2V3FA 4BF7A 3W27A 3WH9A 1EQCA 2WWCA 3TTQA 3L4ZA 4WKFA 2YA2A 3KEHA 4BQ4A 4LGXA 3BLPX 3GNPA 2CBJA 1EIBA 4GKLA 3VD9A 2EPLX 2XJ7A 1CDGA 1XD1A 3WQWA 4OJYA 1E15A 4QLKA 4P7QA 2BXYA 1ZBKA 2PC8A 3AS3A 1GUVA 1FHLA 1CXIA 1W91A 4QP0A 4CD6A 3SCOA 1W1YA 2HISA 1VB9A 1XYZA 3SCRA 1ITCA 4JAWA 3VM5A 5JUVA 1HJSA 4ZFMA 1B30A 1XCWA 3CUJA 4DWSB 2BHZA 5GPRA 4U33A 1OBAA 4AZ7A 1VENA 1UOKA 4AZ6A 3ARWA 1NWSA 2ZWYA 2O9OA 3TP4A 3KL5A 5A6MA 1HKIA 3WN6A 4MB4A 1SMDA 4AZHA 2DSWA 3EMZA 4AYSA 4V27A 2WZIA 1XRVA 2WKGA 2X09A 3OGRA 1VFOA 4F8XA 1KQZA 4GQRA 1UD2A 1TCMA 1E4NA 4MNKA 2A3CA 3OIHA 3RJXA 3VILA 2PWGA 4A3YA 1IV8A 3W6MA 5BCAA 1BGAA 3DYOA 5E9AA 2UWFA 5DMYA 4AIOA 2VJXA 3NDYA 3RCNA 5D8WA 1OIFA 4DM1A 3QGVA 1E5NA 1UD6A 5DT7A 1JD9A 5FOOA 1KXHA 2WNWA 1J0KA 1E73M 1EGZA 1E72M 1DP0A 5C71A 1AQ0A 1K6AA 3CZKA 1TUXA 4D1IA 3N12A 4TTGA 3VO0A 4DM2A 3ZIZA 1ODUA 4DWSA 5A8QA 3CUGA 4J3VA 5CG0A 3APGA 5I24A 1R85A 3I3BA 3TOPA 4NZCA 2XG9A 3VNZA 1MXGA 1UKQA 4MADA 2GFTA 5HOSA 3AZSA 3VD3A 5I2UA 1J18A 3PZQA 4MAVA 1V6YA 1MWOA 4YHEA 1CGTA 3N13A 1MW2A 4CD5A 3QHNA 4U2ZA 5JBFA 1E40A 2WWDA 4CU8A 2XFFA 4E2OA 3WNLA 1HVXA 4GPNA 3QOKA 5LA0A 2YKKA 4D6FA 2WC4A 4AY1A 3SIMA 4JIEA 3U5UA 5ABHA 4MAZA 2XVNA 3VGEA 4D6DA 3CMGA 1KGUA 5HDRA 3VGHA 2WCGA 1TFVA 1P6WA 3PBGA 3ZSTA 3K46A 2VX4A 3D5HA 3WELA 1NH6A 2J8GA 1F4AA 3FHAA 4W88A 3TTSA 1A47A 3EDKA 4B16A 1DWJM 2CNCA 1E1EA 3A3HA 4M81A 1QNQA 1UUQA 1BGGA 1QI0A 5A6BD 2VR4A 1OD0A 1QHOA 1NWRA 4ZXOA 3T09A 1XSIA 5BROA 1UWSA 4GINA 4H04A 4PEEA 2XSBA 3ARUA 2V5CA 4AC1X 2YA0A 2WCAA 4LYRA 3MUY1 4DUWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BLI A;  1V6W A;  1C91 A;  3AHX A;  4CVW A;  2IXV A;  1HJX A;  3PZG A;  3MMU A;  5A6K A;  1GJU A;  3U5Y A;  3WBE A;  5IXE A;  1J0I A;  1HIZ A;  4LYP A;  5CQ1 A;  1K9E A;  1JFX A;  3L2L A;  3N9K A;  1DWH M;  1BFN A;  2YLA A;  4UR9 A;  1UR8 A;  1E6P A;  1HJQ A;  1JI1 A;  1B3Z A;  4PSR A;  4W86 A;  3IAP A;  3OB8 A;  2XM1 A;  2FH8 A;  2Y5E A;  3ZR5 A;  1A3H A;  4FMV A;  5I5R A;  4PMO A;  3CIV A;  3DHP A;  2W67 A;  2VZV A;  3SCQ A;  1JL8 A;  1VFM A;  1KB3 A;  2XVL A;  5A6J A;  4M8U A;  4W85 A;  1J0Z A;  1FHD A;  1XSK A;  2B31 A;  3EYP A;  3OLG A;  2X05 A;  3NJ3 A;  1Q6G A;  3BXW A;  1FP8 A;  2BVD A;  2C0H A;  1J11 A;  3SCP A;  3WNP A;  3VD5 A;  1YQ2 A;  2ZXQ A;  3DYP A;  4PTM A;  3DYM A;  2XGB A;  2CPU A;  1OT2 A;  3W81 A;  1H4P A;  1GPF A;  1GVY A;  4PTV A;  4W5U A;  3B9D A;  1E0V A;  3VM7 A;  1OD8 A;  2JIE A;  3N15 A;  4MJ4 A;  5TD4 A;  1B3W A;  2XGI A;  4JKL A;  3BMW A;  3L4U A;  3OGS A;  1J9Y A;  1UZ4 A;  4KGJ A;  2WVV A;  4HPG A;  2JE8 A;  1H1N A;  3OLI A;  1L0P A;  5HPC A;  1Q6E A;  5A2A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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