2J7FA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with carboxylate- substituted glucoimidazole
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
435
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASERAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 178
structure length 435
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7fA00
5KEZA 5IFTA 1OIMA 3NSNA 4BCEA 1CNVA 3NSMA 1DHKA 4AWEA 1JZ8A 3K8KA 4H8VA 1FP8A 5A2CA 4PBGA 1UR8A 1OINA 3BAXA 3M7SA 3W4RA 4M80A 2J77A 3SUUA 4AW7A 2WC4A 3AHTA 1V03A 5KZ6A 4CCEA 4Z2LA 3EDFA 4PMRA 1US2A 4C7DA 1V3JA 5ABFB 3OG2A 3WDJA 1BGGA 1K9FA 4AY1A 3NIYA 2ZXBA 1E3ZA 4P7OA 4KGJA 1CECA 2QPSA 1BGAA 6CGTA 4LGXA 1OT2A 3CZLA 1C3FA 1E73M 4CD4A 3PTKA 2DQXA 3OBAA 1H41A 1JG9A 2YA2A 2BVDA 2WHKA 4PUEA 2OWCA 1V3LA 1NM9A 3ARPA 1E1FA 1OT1A 3KEHA 2GJXA 3U5UA 2WANA 2BY3A 1OIFA 2YL6A 1UKTA 1PAMA 1ECEA 1HF6A 2WAGA 7CGTA 3WD3A 1VBRA 2W5FA 2YL9A 1J0IA 3AICA 4QLLA 3M46A 1ZS2A 1XSKA 5DO8A 2WVVB 1BYDA 1JDCA 1QI0A 1GNXA 1QHPA 3IANA 3VX1A 3MUZ1 3DYPA 4D1JA 1JAKA 1CXEA 1NWRA 1XYFA 4WSKA 1IZKA 3WD2A 2V5CA 1EOMA 2ZUWA 3WENA 3VPLA 4AIEA 4M56A 4FK9A 4XX6A 2WCSA 3EMCA 3WNNA 3WDRA 1JI1A 2J7HA 5I3DA 5D4YA 1XD1A 3AI0A 1CTNA 2WHJA 5I24A 5I6SA 1PIGA 3UR8A 1E4LA 1D2KA 1C93A 2YL5A 4D6FA 3DHPA 4GINA 5CSYA 4JKLA 3WFLA 2XWDA 4PMZA 2A3AA 3UR7A 2JFEX 1ZL1A 4M1RA 4JFWA 2V3EA 5A95A 1PX3A 2VQUA 1QI5A 4GQQA 1E0VA 3BLKA 2DDXA 3MUIA 5D9MA 1JZ3A 3W0KA 1I75A 4AMCA 4PMXA 3BAWA 3VD9A 1FFRA 4MNKA 4ZE5A 3WH6A 2VX7A 3WD1A 2WHLA 2VX6A 3OGRA 1GOQA 2D0FA 1C7TA 2OWWA 3SUVA 5BCAA 1D3CA 5A1AA 2W92A 4MAVA 1XYZA 1JIBA 2XM1A 4U2YA 1KQYA 1BYBA 4IPLA 3RPMA 3WQ6A 4TVUA 2WC7A 1B3VA 3S2CA 3W6LA 4ZE4A 3WQ8A 4CGTA 3EDEA 3BAIA 4H04A 4D6JA 2YL8A 1KCLA 2WZIA 4MADA 1MW2A 4A3HA 5F7UA 1AMYA 2VCAA 3AIUA 3VOCA 2WWDA 2AAAA 1BVNP 1E9LA 1CBGA 3WFZA 5FOOA 3N1AA 4GZJA 2CBIA 4M82A 1ISXA 1F4HA 2GK1B 2BVYA 4TXEA 2W66A 3W38A 3TA9A 2WMIA 1WKYA 3CH9A 1BG4A 1MW3A 1V3IA 3W26A 2DSVA 2J7GA 1VJZA 3K4DA 2NSXA 1KBBA 1ZBWA 1GUVA 2GFTA 4LYRA 1A47A 3AMCA 4QLJA 5E9AA 1E5JA 4LQ1A 1YQ2A 1E6ZA 1J0JA 3PZUA 1E6QM 1KFWA 5IXEA 2EXOA 3CHDA 3GH7A 4MJ4A 5CPTA 1FA2A 1C8YA 4AYSA 3VDHA 3L4WA 3OZPA 1UD8A 3AIQA 4H41A 4HZ8A 4V27A 1UKOA 2XFRA 1KWGA 2XYLA 5HPOA 1XGZA 3EBVA 3G6LA 3GH5A 4XZWA 1GVYA 4XUYA 3GTNA 1TG7A 1CGTA 4RE3A 5A6AA 3VD4A 1XH1A 1K6AA 2WBKA 4HPGA 3ZJ6A 3RCNA 5ABHA 4WIWA 4CCDA 4J28A 3SIMA 3WSUA 1JDDA 4CCCA 3AHVA 1DTUA 2OLHA 3I3DA 1Q6CA 2O9RA 4D71A 4D6GA 4MB4A 1OD0A 4HMDA 1KXQA 1EDTA 1OSEA 3SCTA 1JAEA 1G1YA 1MQRA 3AMKA 1I1XA 4PMVA 1WDRA 5M5DA 2VRKA 2XG9A 2WSKA 1Y7VA 2DT0A 4H2CA 3SUWA 4AZCB 1RPKA 4HU0A 3NDYA 4UQDA 1AQMA 1JF5A 4KMQA 4HZ6A 3T2QA 3ARRA 4UZUA 3IJ8A 4B15A 2NT0A 1LWHA 1VFMA 2PB1A 2WCGA 1UWIA 3F5LA 1H11A 3PN8A 1PPIA 5CJ5A 2VRQA 2W61A 3ZJ8A 2WK2A 4D6EA 4PUDA 1EGZA 1W2PA 2J47A 3AXIA 3GNOA 4AD5A 4F79A 1NWTA 1UD5A 3WBEA 1VFFA 1V6UA 3W29A 2CHOA 2Y8VA 2V38A 4DM1A 3VGDA 2XVGA 1UD2A 1Q6EA 4E4PA 1KGWA 3QOMA 5A3HA 2OYKA 4TX8A 3WNLA 3F5KA 4HA1A 2J4GA 1OB0A 1K9EA 1LJYA 2EO7A 1E55A 2D0HA 4DWSA 3FNDA 1KR1A 2OSYA 3PZQA 3VIOA 1UD6A 3WDHA 4CN6A 4AZHA 1JDAA 1EHNA 1ZJAA 3WEZA 2BY2A 2GJPA 2ZX5A 2ZWYA 3K1DA 5EB8A 4L4OA 1W2VA 3AQUA 3SUTA 4HU8A 1LG1A 2VZOA 2VQTA 2WVUA 3VUPA 3CZKA 3WD4A 1CPUA 1SR0A 5FCZA 2ZX8A 4Q22A 2EPKX 2GJRA 4J3SA 3DECA 5A8NA 5DEZA 3AXHA 1UR4A 2BY0A 5A8PA 3W37A 1V0MA 2OWXA 3WDIA 4OZOA 2G3IA 4HA3A 1XH0A 3PZTA 3UETA 4HPHA 5I78A 1HN1A 2G3MA 4GKLA 2VT0A 5C8BB 2JIWA 4PSRA 3LPPA 2J7FA 3QHOA 3AHZA 2VR4A 1KQZA 1QBBA 5JBDA 4AD0A 3A6OA 3OLEA 3VIIA 4BA0A 4EANA 1J01A 3VIHA 2XFFA 4B9YA 1X6LA 4TX6A 1Q6FA 4GI9A 1GW1A 1UR2A 4MNLA 4TTUA 5A6MA 4UQBA 2J7BA 1H5VA 2VJXA 1R8LA 3OB8A 2VO5A 3BCFA 5A6BD 5D8WA 1WDPA 2W67A 2PWGA 4IISA 2QF8A 3FXYA 3WF1A 4JCMA 2BHUA 2G3JA 1JYNA 3VTRA 1WB0A 3WBAA 3WMBA 3CPUA 2VX5A 3ZSTA 2QMKA 1PX8A 4W5ZA 1VENA 3WQWA 3RM8A 1UWQA 5GNXA 1WZAA 5AC4A 2WM0A 4P8WA 2BHYA 1SMDA 4KGLA 5FL0A 3WEMA 3L4TA 1BG9A 1V6WA 2BS9A 3MSDA 4OKDA 4TVDA 4EKJA 1UWUA 2J78A 3D5HA 5A2BA 2Y24A 1FP9A 5LYRA 3VM7A 5A6LA 2JF6A 4DM2A 2J74A 4PMYA 4GO9A 6A3HA 1JZ5A 3EMQA 2ZUMA 2G3NA 2DPEA 2CBJA 4PMDA 3TTYA 6TAAA 3NJ3A 3QGVA 2WLZA 1WDSA 3CBWA 1V3MA 1UKSA 4OOZA 4LX4A 5D9OA 1BYAA 1H0GA 4V2XA 4JL1A 3CO4A 2ZXDA 4F66A 1QHOA 1YHTA 1UH4A 2Y8KA 4B3LA 2F2HA 3PTQA 2CHNA 4NI3A 3MKKA 1NOWA 3PHAA 5DF0A 4MPKA 4U33A 2YLAA 1B2YA 1H4PA 3T2PA 4QP0A 2E9BA 3EDKA 3SCNA 2WMJA 3W6MA 1E0WA 3VIFA 1UA3A 4MDPA 1MXDA 2DH2A 4W5UA 4W8AA 4ZXOA 4FLSA 1NARA 4ZEPA 3CMJA 4BZYA 4XV0A 3ECQA 5JIWA 7A3HA 2IXUA 3UG4A 3VINA 1E56A 1LL7A 1VEOA 2PWDA 1HIZA 3W82A 4ZFMA 1PZ2A 4AZGA 2WB5A 3LPOA 3ZJ7A 2GUYA 3LPFA 1BAGA 5FKYA 3TTQA 1EDQA 3KL3A 1CXKA 2XSBA 2EEXA 2JF7A 2XM2A 5D8ZA 4CVUA 3DC0A 2YOCA 5HOSA 1J18A 3IJ9A 4BQ3A 1TVNA 3OZOA 1CENA 3IJ7A 4EK7A 5LA0A 1WPCA 3ALGA 3BCDA 3UG3A 3MANA 4MNJA 3F5JA 4L4PA 1GPFA 1W32A 1WCGA 3GYCA 3QHNA 3VILA 8A3HA 1D7FA 5GNZA 1ZBKA 2XTKA 5E09A 1E6RA 2TAAA 4J27A 3SCUA 1SMAA 1XV8A 1E5NA 2PI6A 4JFUA 2WKGA 3WH8A 4MJ2A 2GSJA 2E8ZA 4NSBA 4U31A 2J8GA 3ARZA 2EPLX 3GXMA 3CLWA 2FH8A 3WQ5A 4J3WA 2GK1A 2X0YA 3K46A 2WZEA 1QNQA 2X05A 2QHAA 3LMYA 3N11A 2O9TA 2WMKA 5I2UA 4C7FA 3WELA 4CD8A 2C7FA 1E0XA 5CPSA 3WIJA 2XVNA 3BXWA 2A3EA 4JZ5A 1E4IA 3T08A 3KWXA 4IPNB 4ZXLA 2VI0A 2X0HA 3SCPA 2D3LA 2DT1A 4Q7NA 5JBEA 3ARXA 1QI3A 5BRQA 3BC9A 3AIEA 3VD7A 1GQJA 3BMWA 5I77A 4AD3A 3CHCA 4C7GA 4PMNA 3AHXA 2WMFA 3FY1A 1W91A 3AIWA 2YDQA 4JFVA 4AIOA 1GVIA 2OYLA 2CCRA 3AMDA 2UWFA 3ZT5A 2X1IA 3MUAA 1CXLA 1JZ6A 3WN6A 4BS0A 4BQ2A 3U7BA 1CGYA 2J25A 4AIUA 4UQ9A 5BXSA 4J3TA 1WO2A 5E0CA 2WMHA 4PMUA 1BFNA 3AYSA 3VO0A 1G94A 2JE8A 2FDMA 1A3HA 3OGSA 4HMEA 1Z32X 4AZCA 5AYBA 2IXVA 2IUZA 1GOWA 1RP8A 5BYWA 3O2LA 5FD0A 1E6PA 3VGFA 3HU7A 3DYOA 3WMCA 3SCVA 3CGTA 2WCAA 1WE5A 4PCTA 1KXVA 4HMCA 3AYRA 1GQKA 1NP2A 4UFJA 3UEQA 4E2OA 1E71M 3K4AA 1PX4A 2D0GA 5CZKA 3CZJA 2DIJA 3AOFA 3CZEA 5E0FA 4HTYA 2XPKA 1UHVA 1SFSA 1QOXA 4RL3A 4D6DA 4TVCA 4GQRA 1ISWA 4EAMA 1FH7A 1DWAM 5A94A 3MMDA 5A8QA 3RJXA 5DMYA 3D3AA 1WP6A 3CZ8A 1N82A 1TUXA 4U5IA 2ZUNA 3WUFA 2NT1A 2V5DA 4W7VA 3WEOA 1CLXA 1QNPA 2BVTA 3S6TA 4OIFA 1J0KA 3SCRA 3ZOAA 4GI6A 2VCCA 1VEMA 3CMGA 3AS2A 1UQZA 1PZ3A 4DUXA 1HT6A 1V3HA 4GXPA 1BYCA 3VX0A 4JHOA 4AISA 2Y2WA 1FH9A 1QNSA 1GOOA 1RH9A 2CXGA 2ESCA 4N0RA 1QHZA 1JNEA 4UR9A 1V3KA 1KXHA 4Z2JA 1ISVA 3SURA 2ZXQA 4X0VA 4AXNA 5CSUA 1JF6A 1J11A 1GOMA 2VVNA 1M03A 5A6SA 1UOKA 4CN4A 2YKKA 1EA9C 1GORA 4P8VA 1TCMA 1AVAA 1XHGA 2QMJA 1W1YA 5CGTA 3WQVA 3NCOA 4UQEA 2OSWA 1JYXA 3GH4A 4CD6A 1BTCA 2XIIA 3O6AA 5HNNA 2FGZA 4PSPA 3MS8A 3PZGA 4HZ7A 3WUGA 2VRJA 3I3EA 2AMGA 1JZ4A 1W9XA 1EO7A 1HL8A 1G01A 1W3HA 2G8ZA 2J62A 3TTOA 1QI2A 4GZEA 2YA1A 2VZTA 1RP9A 1QPKA 2E9LA 4TUFA 2F8QA 1UWRA 5HPCA 5CGMA 3VIJA 4U5KA 3VKKA 4P8UA 4M29A 1CDGA 3J7HA 3FAWA 2DT2A 2MANA 3RJYA 1EQPA 1QVBA 4W89A 5JIPA 2CYGA 9CGTA 1B30A 3NDZA 3BMVA 1V6XA 1FH8A 2E0PA 3WKZA 3MSGA 3TP4A 3U5YA 1H1NA 2WW5A 2UY5A 3AS1A 4AEEA 2O9PA 5D9PA 3N15A 2D1ZA 5CLTA 2B31A 3KZSA 1S46A 4KRUA 4IUGA 1IV8A 4AEFA 3POCA 4UNIA 4B16A 1MWOA 1UZ1A 1NOFA 3EDDA 4K68A 3ALFA 2GDVA 2ZICA 4CN1A 1DWHM 4GPNA 1J10A 2DH3A 1UUQA 3WDPP 1HJUA 1UKPA 2DEPA 3CUHA 1E6XM 4B9ZA 3CHFA 4N42A 1MFVA 1JFHA 2EQDA 1JD7A 2X09A 2EPOA 4P7NA 1BHGA 3N17A 3AS0A 5AC5A 2VCBA 1DWJM 2CKSA 2FGLA 2E4TA 1CEOA 1EH9A 4MB5A 4PTXA 4BQ4A 1H09A 5GQBA 3ZT7A 4ATDA 3VIGA 3MMUA 1GQIA 1W1PA 2XGIA 2CETA 1NP0A 2XFYA 3MV11 3N12A 1V02E 1LL6A 2DSWA 4ATLA 3PZMA 3POHA 1E15A 4M8UA 5I79A 1ZBCA 5A69A 2XGBA 1GCYA 4W7UA 1UG6A 1QI4A 1DP0A 5HBFA 4U2ZA 1HX0A 5E6ZA 3BAYA 1Q4NX 3RM9A 3SCSA 2F61A 3UESA 3GXIA 3T2OA 1TA3A 3VDAA 3ZSSA 1CGVA 1VBUA 3WF0A 2CIPA 3RIKA 2DGAA 4OUEA 3SEPA 3AMLA 1B3YA 3DYMA 5TD4A 4JHZA 4X9YA 4UFIA 2DSKA 2CKRA 1PEZA 3L2MA 3IAQA 5CPQA 1R87A 3APGA 5BWFA 2QPUA 4KWUA 2J7CA 1C8QA 4MTVA 3N04A 5BRPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KEZ A;  5IFT A;  1OIM A;  3NSN A;  4BCE A;  1CNV A;  3NSM A;  1DHK A;  4AWE A;  1JZ8 A;  3K8K A;  4H8V A;  1FP8 A;  5A2C A;  4PBG A;  1UR8 A;  1OIN A;  3BAX A;  3M7S A;  3W4R A;  4M80 A;  2J77 A;  3SUU A;  4AW7 A;  2WC4 A;  3AHT A;  1V03 A;  5KZ6 A;  4CCE A;  4Z2L A;  3EDF A;  4PMR A;  1US2 A;  4C7D A;  1V3J A;  5ABF B;  3OG2 A;  3WDJ A;  1BGG A;  1K9F A;  4AY1 A;  3NIY A;  2ZXB A;  1E3Z A;  4P7O A;  4KGJ A;  1CEC A;  2QPS A;  1BGA A;  6CGT A;  4LGX A;  1OT2 A;  3CZL A;  1C3F A;  1E73 M;  4CD4 A;  3PTK A;  2DQX A;  3OBA A;  1H41 A;  1JG9 A;  2YA2 A;  2BVD A;  2WHK A;  4PUE A;  2OWC A;  1V3L A;  1NM9 A;  3ARP A;  1E1F A;  1OT1 A;  3KEH A;  2GJX A;  3U5U A;  2WAN A;  2BY3 A;  1OIF A;  2YL6 A;  1UKT A;  1PAM A;  1ECE A;  1HF6 A;  2WAG A;  7CGT A;  3WD3 A;  1VBR A;  2W5F A;  2YL9 A;  1J0I A;  3AIC A;  4QLL A;  3M46 A;  1ZS2 A;  1XSK A;  5DO8 A;  2WVV B;  1BYD A;  1JDC A;  1QI0 A;  1GNX A;  1QHP A;  3IAN A;  3VX1 A;  3MUZ 1;  3DYP A;  4D1J A;  1JAK A;  1CXE A;  1NWR A;  1XYF A;  4WSK A;  1IZK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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